人易感H10N8禽流感病毒血凝素蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析

目的应用生物信息学方法分析人H10N8禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法采用Prot Param预测H10N8禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,并采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位。结果人易感H10N8禽流感病毒HA为亲水性蛋白,二级结构中包含218个α-螺旋、108个β-片层、64个β-转角和171个无规卷曲,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。经综合各种参数,预测出H10N8禽流感病毒HA蛋白可能存在的7个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和8个Th细胞表位。结论 HA蛋白B/T细胞抗原表位的预测为人易感H10N8染禽流感病毒的疫苗研制奠定了一定的基础。     

嗜肺军团菌MompS抗原二级结构分析及表位预测

目的 分析嗜肺军团菌MompS抗原的二级结构并预测其B细胞表位,初步判断其活性多肽所在区域.方法 联合运用多种方法对MompS的二级结构和表面特性,如亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位.结果 MompS存在多个潜在抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位分布于三个区域:M1(353-546)、M2(1-215)、M3(216-399).体外实验证明,所预测抗原表位区域基本能与免疫血清发生抗原特异性反应.结论 应用DNA Star和胞外区在线分析软件能够成功预测MompS抗原的B细胞表位,M3区域可用于后续的活性肽表位筛选区域.     

热带无爪螨主要变应原Blo t 21抗原表位的预测

目的预测热带无爪螨主要变应原Blo t 21的抗原表位。方法利用DNAStar Protean软件分析热带无爪螨主要变应原Blo t 21的二级结构和表面特性,如理化性质、亲水性、表面可及性、柔韧性等,预测Blo t 21蛋白的B抗原表位和T抗原表位,同时利用Bepi Pred在线分析预测其可能的B细胞抗原表位。结果 Blo t 21蛋白的二级结构以α螺旋为主,存在7个潜在的B抗原表位位点,可能的B抗原表位区域有:2-11,19-28,35-54,55-70,72-83,96-112,123-129氨基酸残基或其附近。含有8个潜在的T细胞抗原表位区域:13-17,22-31,37-46,51-64,69-75,80-84,95-99,102-105氨基酸残基或其附近。结论应用Protean软件和Bepi Pred在线预测了热带无爪螨主要变应原Blo t 21的抗原表位,为进一步研究Blo t 21变应原的结构与功能,研制针对热带螨的预防性和治疗性疫苗、开发相应的诊断试剂盒奠定了基础。     

MUC1抗原的B细胞表位预测

目的预测MUC1抗原的B细胞表位.方法联合运用多种方法对MUC1的二级结构和表面特性,如理化性质、亲水性、可塑性、溶剂可及性及免疫原性等方面进行分析,预测MUC1的抗原表位.结果MUC1存在有多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:1-10,24-54,65-77,84-91,108-134,140-156,159-174,179-196,199-210,220-233,237-265,270-299,316-337,351-362,369-396,411-420,445-502.结论应用多参数预测MUC1抗原的B细胞表位,为进一步研究MUC1结构和功能、构建MUC1突变体和选择表达新型MUC1分子奠定了基础.     

Eppin抗原的二级结构分析B细胞表位预测

目的 分析Eppin抗原的二级结构并预测其B细胞表位.方法 联合运用多种方法对Eppin的二级结构和表面特性,如亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位.结果 Eppin存在多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:14～23,30～44,48～54,56～68,78～85,97～106,109～116,125～132.体外实验证明,所预测抗原表位区域基本能与免疫抗血清发生抗原特异性反应.结论 应用多参数成功预测了Eppin抗原的B细胞表位.     

FSHR胞外区抗原的二级结构预测和B细胞表位预测

目的:分析卵泡刺激素受体(Follicle stimulating hormone receptor,FSHR)胞外区蛋白的二级结构,在线预测FSHR胞外区潜在的B细胞表位.方法:利用DNAStar Protein软件对FSHR胞外区蛋白的二级结构和表面特性进行分析,联合在线B细胞表位预测,预测FSHR胞外区蛋白可能的抗原表位.合成预测的B细胞表位肽,对其抗原性进行鉴定.结果:FSHR胞外区蛋白可能的抗原表位区域为17～34、4244、116～122、142～147、179～193、239～241、266～270、279～282、288～307.选择4个区域合成肽段表位区域能与免疫抗血清发生抗原特异性反应.结论:应用多参数成功预测了FSHR胞外区蛋白抗原的B细胞表位.     

生物信息学预测小鼠转铁蛋白受体B细胞表位

目的：预测小鼠转铁蛋白受体（transferrin receptor, TfR）的B细胞表位,为构建以TfR抗体为脑转运载体的疫苗提供基础。方法：以小鼠转铁蛋白受体基因序列为基础,按Chou-Fasman和Gamier-Robson方法预测其编码蛋白的二级结构,按Kyte-Doolittle方法预测其亲水性,Emini方法预测其表面可能性以及按Jameson-Wolf方法预测其抗原指数。结果：Chou-Fasman和Gamier-Robson方法发现90 - 110, 120 - 145, 160 - 180, 240 - 250, 265 - 275, 290 - 304, 336 - 350, 375 - 383, 426 - 435, 504 - 517, 590 - 602, 613 - 630, 710 - 718这些区域可能为α螺旋的中心区域。用Kyte-Doolittle、 Emini、 Jameson-Wolf方法分别对小鼠TfR的B细胞表位进行预测,结果显示其共有区域为30 - 50, 100 - 115, 145 - 157, 310 - 320, 355 - 360, 440 - 445, 510 - 535, 655 - 660, 690 - 695, 705 - 710。根据抗原表位设计原则筛选出5段符合要求的抗原表位氨基酸序列：DGDNSH, AETEETDKS,NTYTP,MDKNKF,KHPVDGKSLYRDSNWISKV,它们可能为小鼠转铁蛋白受体的B细胞优势表位区域。结论：该结果有助于确定小鼠转铁蛋白受体的B细胞表位以及构建药物-载体复合物,发挥其脑药物转运载体的功能。     

问号钩端螺旋体属特异性外膜蛋白LipL41抗原表位预测及免疫学鉴定

目的：预测及筛选问号钩端螺旋体（简称钩体）属特异性外膜蛋白LipL41有效T和B细胞（T／B）联合表位，了解不同基因型LipL41s差异T／B联合表位的免疫反应性差别。方法：采用生物信息学方法预测LipL41／1和LipL41／2分子中T／B联合表位。采用PCR扩增候选T／B联合表位片段，采用噬菌体展示及SDS—PAGE等技术获得含不同T／B联合表位的重组PⅢ。分别以rLipL41／1和rLipL41／2抗血清、黄疸出血群赖型赖株全菌抗血清和钩体患者血清为一抗，采用WesternBlot检测各抗血清与各重组PⅢ免疫杂交反应性。结果：根据预测结果选择了LipL41s中8个共有或差异T／B联合表位。经PCR扩增获得了上述T／B联合表位片段。各T／B联合表位片段均准确插入噬菌体PⅢ蛋白N端并有效表达。各抗血清均能识别上述8个T／B联合表位，但其Western Blot杂交信号强度存在差异，其中共有T／B联合表位LipL41／1—30和LipL41／1—233与不同抗血清的信号较强且稳定。结论：所选择的8个T／B联合表位均为LipL41的有效抗原表位。共有T／B联合表位LipL41／1—30和LipL41／1—233可作为钩体MAP疫苗的首选抗原表位。差异T／B联合表位LipL41s-89和LipL41s-299与不同抗血清有免疫交叉现象。     

金黄色葡萄球菌疫苗候选分子SirH的B细胞抗原表位预测

预测金葡菌疫苗候选分子SirH的B细胞抗原表位.用PCR方法从金葡菌临床分离株的基因组DNA中扩增出sirH基因,插入表达载体pET-28a(+)中,构建重组表达载体pET28a-sirH,双酶切鉴定并测序,通过与GenBank中登录的金葡菌sirH基因序列的比对,获得此临床分离株sirH的核苷酸序列和推导的氨基酸序列.在此基础上,应用生物信息学软件分析SirH蛋白的二级结构柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数等参数.综合各参数预测结果,SirH蛋白N-端第49 57、62-75、83-123、128-162、194-208、242-252、334-350、401-415、452-543、550-564、573-622区段很有可能存在B细胞抗原表位.SirH蛋白B细胞抗原表位的预测,为后续表达SirH主要抗原表位和研究其免疫保护作用奠定了基础.     

猪流行性腹泻病毒M蛋白B细胞表位预测分析

目的分析TGEV M蛋白的B细胞表位,为试验确定TGEV M蛋白的B细胞表位和开发TGEV重组亚单位疫苗研究奠定基础 方法以TGEV M蛋白氨基酸序列为基础,分别采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测M蛋白的二级结构,以及利用在线TMHMM Server v2.0软件分析M蛋白的跨膜区 之后,分别按Kyte-Doolittle,Emini和Jameson-Wolf方案预测TGEV M蛋白的B细胞表位 结果预测结果表明,在TGEV M蛋白N端共同α-螺旋区段为4个 共同的β-折叠区段分别为13个 共同的转角区域分别为7个 柔性区域为12个 M蛋跨膜区3个 结论TGEV M蛋白N端第19～43、103～109、138～155、198～205、220～228和237～257区段内或附近很可能是B细胞表位优势区城。     

Effects of the configuration of a multi-epitope chimeric malaria DNA vaccine on its antigenicity to mice

Ｔｈｅａｓｅｘｕａｌｂｌｏｏｄｓｔａｇｅｏｆｍａｌａｒｉａｐａｒａｓｉｔｅｓｉｓｔｈｅｏｎｌｙｓｔａｇｅｒｅｓｐｏｎｓｉｂｌｅｆｏｒｔｈｅｐａｔｈｏｌｏｇｙｏｆｔｈｅｄｉｓｅａｓｅａｎｄｈａｓ,ｔｈｅｒｅｆｏｒｅ,ｂｅｅｎｔｈｅｓｕｂｊｅｃｔｏｆｍｏｓｔｏｆｔｈｅｓｔｕｄｉｅｓｏｎｍａｌａｒｉａｖａｃｃｉｎｅＢａｓｅｄｏｎｉｎｖｉｖｏｐａｓｓｉｖｅｔｒａｎｓｆｅｒｏｆｉｍｍｕｎｉｔｙｉｎｈｕｍａｎｓ,ｃｏｎｓｉｄｅｒａｂｌｅｅｖｉｄｅｎｃｅｓｈａｖｅｐｒｏｖｅｎｔｈａｔＩｇＧｃｏｎｓｔｉｔｕｔ…     

复制型重组痘苗病毒TTK-EG特异性T细胞表位研究

目的筛选和确定TTK-EG包含的H-2~d限制的HIV-1特异性T细胞表位。方法 6~8周龄雌性BALB/c小鼠0周时分别经肌肉注射、皮内注射和滴鼻途径免疫5×10~6PFU TTK-EG,间隔4个月进行加强免疫。末次免疫后2周取小鼠脾细胞,采用IFN-γELISPOT方法筛选HIV-1 Env和Gag肽库,反应阳性的肽库进行第二轮单肽筛选。用流式细胞术(胞内因子染色,intracellular cytokine staining,ICS)对筛选出的单肽进行验证(小鼠免疫途径为肌肉注射),确定H-2~d限制的HIV-1特异性T细胞表位。结果经过ELISPOT筛选和ICS验证,确定2条Env多肽(gp140-9,氨基酸位点60~77;gp140-74,氨基酸位点548~565)和3条Gag多肽(Gag-49,氨基酸位点196~210;Gag-64,氨基酸位点256~270;Gag-65,氨基酸位点260~274)包含H-2~d限制的HIV-1特异性T细胞表位,其中gp140-74(IVQQQSNLLRAIEAQQHL)是首次发现的H-2~d限制的HIV-1特异性T细胞表位。Env、Gag优势表位肽与Env、Gag全肽池刺激小鼠T细胞分泌IFN-γ、IL-2、TNF-α三种细胞因子的能力基本相同。结论 Env多肽gp140-9、gp140-74和Gag多肽Gag-49、Gag-64、Gag-65包含H-2~d限制的T细胞表位,可用于重组痘苗病毒TTK-EG的T细胞免疫研究。     

癌胚抗原T、B细胞表位短肽诱导特异性体液免疫反应研究

目的筛选癌胚抗原含T、B细胞表位的短肽并分析其诱导机体产生体液免疫的特性。方法利用免疫信息学方法预测CEA CTL表位,结合我们早期对CEA B表位预测的结果,选择含多个CTL表位肽和B表位肽的CEA氨基酸序列580～598处短肽作为目的基因。目的基因密码子优化后采用pET32a(+)原核表达系统表达融合蛋白,经SDS-PAGE和Western blot-ting鉴定融合蛋白的抗原性;经镍螯合亲和层析柱(Ni-NTA Agarose)纯化CEA580～598全长融合蛋白,纯化蛋白用佐剂乳化后经日本大耳白家兔背部皮下多点免疫注射,采用Western blotting检测血清抗体的特异性,采用ELISA法检测血清抗体水平及变化趋势。结果含多个T、B细胞表位的短CEA580～598在大肠杆菌中获得了高效表达,表达量占总蛋白的25.6%;表达产物的相对分子质量(Mr)约21kDa,与预期Mr相符;Western blotting分析结果显示,在21kDa处出现特异性条带。日本大耳白兔经CEA580～598融合蛋白免疫后产生高水平的特异性抗体,与空载体和PBS对照组比较具有显著性差异(P<0.05),制备的免疫血清不但能特异识别CEA580～598短肽,而且能特异识别天然CEA抗原。结论 CEA580～598短肽融合蛋白具有较强的免疫原性,诱导的兔免疫血清能特异性结合CEA抗原,为基于CEA表位疫苗的研究奠定理论和实验基础。     

人源化卵巢癌单链抗体基因的构建与表达

目的：通过基因工程技术获得完全人源化的卵巢癌患者自身的单链抗体并在毕氏酵母中获得表达，为人源化单链抗体(ScFv)在卵巢癌的诊断与治疗的应用提供实验基础。方法：用TRIZOL法自卵巢癌患者的淋巴细胞中提取RNA,利用SOEingPCR方法分别获得V_H、V_L基因，构建真核表达载体pPICZα/ScFv。电转化毕赤酵母菌株X-33。用PCR法筛选转染阳性克隆,SDS-PAGE法鉴定甲醇诱导的培养上清液中的ScFv的表达,筛选高表达工程菌。结果：构建ScFv基因,V_H与V_L连接后得到700 bp左右的条带，ScFv基因在毕赤酵母中获得表达，在26 000处出现目的条带。结论：获得ScFv基因及其真核表达载体以及高效表达ScFv的毕赤酵母工程菌。     

小鼠MHC-Ⅰ/MHC-Ⅱ类分子限制性表位MAGE-3多肽疫苗的设计及其免疫效应

[目的]设计小鼠MHC-Ⅰ/MHC-Ⅱ类分子限制性表位黑色素瘤抗原-3(MAGE-3)多肽疫苗即包含CD4~+一CD8~+T细胞表位的MAGE-3多肽抗原,并探讨其免疫效应.[方法]采用计算机模拟设计的方法,结合文献资料选择MHC-Ⅰ/MHC-Ⅱ类分子限制性表位的MAGE-3多肽.采用酶联免疫斑点实验(ELISPOT)、细胞毒性实验评价多肽诱导T淋巴细胞的增殖能力及刺激的T淋巴细胞释放细胞因子的能力.[结果]获得的联合表位多肽序列为FITC-YEEYYPLIFLDNDQETMETSEEEEYEEYYPLIF,高效液相色谱法分析多肽纯度≥90%.MAGE-3表位多肽抗原能够诱导T淋巴细胞增殖,并诱导T淋巴细胞分泌IFN-γ,高于对照组(49%vs spots/10~6,P≤0.05).MAGE-3表位多肽可诱导细胞毒T淋巴细胞使42%的MFC细胞溶解破裂,高于对照组(P≤0.05).[结论]包含CD~+-CD8~+T细胞表位的MAGE-3多肽抗原在体外实验中显示有一定的免疫效应,此抗原肽可作为多肽疫苗用于对表达MAGE-3抗原的H-2K<'K>型小鼠胃癌进行免疫治疗.     

肿瘤抗原MAGE-n HLA-A2限制性细胞毒性T细胞表位的预测及合成鉴定

目的　采用表位重建技术 ,对预测MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位结合活性进行研究。方法　用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式法结合的预测方法 ,筛选新的MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位作为候选表位。对预测的抗原表位进行多肽合成 ,并用HPLC进行纯化 ,质谱法 (MS)鉴定。候选表位与HLA A2位点的亲和力及结合稳定性用竞争结合抑制实验、T2结合稳定性实验及MHC 肽复合体稳定性实验测定。结果　用表位预测法筛选MAGE n抗原 5个HLA A2限制性CTL表位为候选表位。QLVFGIEVV(15 9 16 7)、IMPKTGFLI(195 2 0 3)和FLIIVLVMI(2 0 1 2 0 9) 3个表位具有较高的HLA A2结合力 (IC50 <15 μM)和结合稳定性 (DT5 0 >6h) ,可作为MAGE n抗原HLA A2限制性CTL候选表位进行进一步研究。结论　表位预测结合表位重建方法可提高肿瘤抗原CTL表位研究的效率。MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位经免疫学鉴定后 ,可望用于新型肝癌治疗性多肽疫苗的设计研究 ,为临床肝癌特异性治疗奠定基础。     

HPV18 E7抗原HLA-DRB1*0301限制性Th表位的预测与鉴定

目的:初步鉴定人乳头瘤病毒18型E7抗原的HLA-DRB1*0301限制性辅助T淋巴细胞(T-HelperCell)表位。方法:用SYFPEITHI软件预测HPV18E7抗原HLA-DRB1*0301限制性Th表位,候选表位分别命名为P1、P2、P3,以固相多肽合成技术合成,并运用HPLC进行纯化和质谱法(MS)鉴定。以密度梯度法分离HLA-DRB1*0301阳性健康人外周血单核细胞(PBMC),合成肽刺激PBMC,用5-溴脱氧尿嘧啶核苷(Brdu)检测淋巴细胞增殖活性,流式细胞仪分析细胞表型。结果:多肽P1(HPV18E780-94)在体外刺激PBMC后能够有效诱导CD4 T淋巴细胞增殖。结论:P1(HPV18 E780-94)可能为HPV18E7抗原HLA-DRB1*0301限制性Th细胞表位。     

肿瘤抗原MAGE-A亚家族HLA-A2限制性CTL表位的预测及分析

目的:预测肿瘤抗原MAGE-A亚家族的HLA-A2限制性CTL表位,为肿瘤治疗选择合适的CTL表位提供依据.方法:用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式结合的预测方法进行HLA-A2限制性CTL表位预测,采用DNAstar软件提供的蛋白质核酸序列编辑、分析工具,对MAGE-A亚家族成员进行CTL序列同源性分析.结果:共预测出了50个HLA-A2限制性CTL表位,且部分CTL表位高度相似或一致.结论:SYFPEITHI超基序法和量化基序多项式法结合的预测方法是一种高效、准确的表位预测方法,结合CTL表位的同源性分析,可为肿瘤治疗性疫苗的制备中选择合适的CTL表位提供依据.