人细胞染色体上DNase-1敏感区的稳定性观察

对正常人淋巴细胞,人胚鼻咽上皮细胞,人胚肺成纤维细胞,及Burkitt淋巴瘤(Burkitt’s lymphoma,BL)细胞染色体上的DNase—1敏感区的稳定性进行了观察。结果提示,1)不同组织学类型的细胞及恶性肿瘤细胞染色单体上的DNase—1敏感区是染色体或染色单体断裂的好发部位;2)对恶性瘤细胞染色体上的DNase-1敏感区发生断裂的频率明显高于各种组织学类型的正常细胞。说明表达活跃的基因位点有遗传学上不稳定的表现,而恶性瘤细胞内异常表达的活性基因则可能是影响基因组稳定性的关键事件。     

哮喘的遗传学研究进展

哮喘是最为常见的复杂疾病,哮喘的发病既有遗传因素,也有环境风险因素的作用。哮喘病因学的研究有助于理解哮喘的发病途径。已有研究主要采用全基因组连锁分析和候选基因关联研究方法,发现大量与哮喘有关的易患基因及相关位点。未来研究的重点在于开发更优手段,对哮喘易患基因及表型特异的单核苷酸多态性(SNPs)位点进行精确定位,澄清哮喘的发病机制,从而最终为疾病的预防、诊断和治疗服务。该文仅对目前哮喘易患基因的研究方法、易患基因进行综述。     

Identification of chromosomal imbalances in pancreatic carcinoma using comparative genomic hybridization

Objective To identify genetic abnormalities in primary pancreatic carcinoma in humans.Methods Comparative genomic hybridization (CGH) was used to investigate genomic imbalances in 27 cases of pancreatic carcinomas. Multiple deletions and gains were observed in all tumor specimens.Results Losses affecting chromosomes 9p, 17p, 4q and 6p and gains involving 8q, 7q , 3q and 1q were commonly observed.Conclusions There are multiple regions of chromosomes with changes copy number in pancreatic carcinoma. The altered chromosomal regions may contain several candidate genes which are involved in the development and progress of pancreatic carcinogenesis.     

5p缺失综合征的表型分类及各相关区域的细胞遗传图

目的将５号染色体短臂缺失（５ｐ缺失）综合征的表型进行分类并分别在染色体上进行区域定位。方法采用常规染色体显带和高分辨显带法,对１０６例患者及他们中大多数的父母和同胞进行了细胞遗传学分析,并结合患者的临床诊断资料进行分析。结果将５ｐ缺失综合征的表型分为８类,并将各个类型分别定位在５号染色体的相关区域。结论提出了“５ｐ缺失综合征”的概念与定义,为５ｐ缺失综合征的临床诊断、细胞遗传学以及表型相关基因的定位克隆等方面进一步的研究提供参考。     

自身免疫性甲状腺病的易感基因研究进展

自身免疫性甲状腺病(AITD)是器官特异性自身免疫性疾病,遗传背景和环境因素相互作用导致该病的发生。遗传背景复杂,是否存在一个和(或)几个主效基因目前尚未肯定。目前已利用候选基因筛查和全基因组扫描的方法来识别AITD的易感基因和位点。通过这些方法,人们已经进行一些相关易感基因和位点的鉴定,以求揭示AITD的遗传学发病机制。本文就该领域研究进展进行综述。     

儿童及成人哮喘基因研究新进展

支气管哮喘(简称哮喘)是由免疫、遗传和环境因素等共同作用引起的慢性呼吸道炎症性疾病。目前,随着基因研究技术水平的进步,哮喘易感基因方面的研究已经取得很大进展。现对哮喘的特异性候选基因研究的新进展进行综述,借以阐述儿童哮喘与成人哮喘基因方面的不同之处,同时进一步了解环境因素、治疗手段与基因的相互作用关系,对哮喘的基因诊断与治疗具有一定的指导意义。     

BrdU替代的人外周血淋巴细胞染色体的DNase-1敏感区

用本室建立的染色体原位切口移位方法,详细描述了人淋巴细胞染色体上DNase-1敏感区的分布。与已知的G带、R带图谱和六对已发表的染色体D带图谱比较,表明所揭示的B带与G带、R带和D带有明显的差异,染色体原位切口移位后的DNase—1敏感区多分布在具有转录活性的常染色质区,而异染色质区则通常与失活的基因部位有关。作者对B带的生物学意义和应用价值进行了详细讨论。     

中国唇腭裂患者Sonic hedgehog信号通路相关单核苷酸多态性的分析

目的 探讨Sonic hedgehog(Shh)信号通路相关的单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism, SNP)与非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip and/or palate, NSCL/P) 之间的关联,并对唇腭裂疾病的致病风险因素进行探索。方法 收集197例个体的外周血(NSCL/P患者100例,健康对照97例),基于国际人类基因组单体型图计划中中国北京汉族人口数据,使用Haploview软件进行单倍体型分析和标签SNP选择。针对Shh 信号通路中的4个候选基因SHH、PTCH1、SMO和GLI2共选择了27个SNP。使用Sequenom质谱技术检测27个SNP在4个Shh信号通路中候选基因的基因型,并进行分析。结果 所选择的SNP基本涵盖了候选基因的潜在功能性SNP,其最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)>0.05:GLI2 73.5%, PTCH1 91.0%, SMO 100.0%, SHH 75.0%。发现位于SMO基因的SNP(rs12674259)和位于PTCH1基因的SNP(rs2066836)的基因型频率在NSCL/P病例组和对照组之间的差异有统计学意义。同时在4个候选基因所在的3条染色体(第2、7、9号染色体)中均发现了连锁不平衡,但在连锁不平衡单倍体型分析中,病例组和对照组之间的差异无统计学意义。结论 提示Shh信号通路参与NSCL/P的发生,其信号通路中关键基因的某些特殊SNP位点与唇腭裂相关,为NSCL/P的病因研究提供了新的探索方向,可能为NSCL/P的早期筛查与风险预测提供帮助。     

FLG基因及其突变与婴幼儿哮喘相关性研究进展

丝聚蛋白（FLG,filaggrin）基因是位于人类染色体1q21.3的一个基因,有多个突变位点,并突变点有明显的种族以及人群差异性.多项研究指出：FLG突变与鱼鳞病、特应性皮炎、过敏性鼻炎、哮喘等特应性疾病相关.哮喘（asthma）是儿科中最常见的慢性呼吸道疾病,并且哮喘的发病率和死亡率均有逐渐增加的趋势.近年来,哮喘的候选基因研究已经不断完善,FLG基因就是新发现的一个哮喘易感基因.通过对FLG基因与婴幼儿哮喘相关性的研究,可进一步认识哮喘的发病机制,并能为哮喘的早期诊断及早期干预提供新思路,为哮喘的基因诊断及治疗开辟新道路.     

慢白激酶Cζ亚型基因及Urotensin Ⅱ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关

目的 采用单核苷酸多态性（single mucleotide polymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域（1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法 通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应（single base extension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者（192例）及对照组（172例）进行分型及病例－对照关联分析。结果 23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cζ亚型（PRKCZ）基因中的一个位点（rs436045)及urotensin Ⅱ（UTS2）基因中的一个位点（rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义9P＜0．05）。结论 上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

白癜风易感基因单核苷酸多态性研究进展

白癜风是一种色素脱失性疾病,其发病受多种因素影响,其中遗传因素占据重要地位。单核苷酸多态性是遗传变异中最常见的一种,可通过候选基因分析、全基因组关联分析研究方法进行检测。近年来研究发现多个易感基因在白癜风发生发展中起着重要作用。本文按照基因功能对白癜风易感基因单核苷酸多态性进行了归纳与介绍。     

中国汉族人群Ⅱ型糖尿病家系1号染色体易感基因的精细定位

目的 通过增加微卫星位点密度、扩大样本量、对以前定位到1号染色体上的中国北方汉族人群2型糖尿病相关易感基因研究结果进行验证。方法 运用基因组扫描的方法,经多重PCR、电泳、GeneScan及Genotyper程序分析获取位点信息,最后经参数及非参数连锁分析,得到相关的P值、NPL值（Z值）。结果 共扫描了5个区域34个位点,检出约12000个基因型。经GENEHUNTER 2.0软件分析,其中的8个位点可能与糖尿病相连锁（P＜0.05,NPL值最大为2.17),它们分布于3个区域,尤其是第1个区域（1 p36.3-1p36.23),其每一个位点都显示与糖尿病相连锁,前后分布于1个长达16.9cM的范围内。另外2个区域未检出阳性结果。结论 证实了全基因组扫描所获得的结果。尤其是,在所研究的1P末端区域,所有研究位点都显示与疾病连锁,这些位点分布在一个很宽的范围内,提示该区域可能蛰伏着多个糖尿病易感基因。     

HLA-DQA1基因多态性与支气管哮喘及慢性支气管炎易感性的比较研究

目的　研究支气管哮喘与慢性支气管炎患者HLA DQA1等位基因的异同。方法　采用限制性片断长度多态性聚合酶链反应技术 (PCR RFLP) ,对 4 0例支气管哮喘及 2 1例慢性支气管炎江西籍汉族患者进行HLA DQA1等位基因频率的检测 ,与 4 2例江西籍汉族正常人进行比较分析。结果　与正常对照组比较 ,支气管哮喘及慢性支气管炎组HLA DQA1 0 4 0 1基因频率均明显增高 (P <0 0 1) ,且在支气管哮喘组中 ,HLA DQA1 0 6 0 1基因频率明显增高 (P <0 0 1) ;支气管哮喘组与慢性支气管炎组比较 ,HLA DQA1 0 4 0 1、 0 6 0 1基因频率的分布无显著性差异 (P >0 0 5 )。其余各等位基因频率在三组间分布也无显著性差异 (P >0 0 5 )。结论　江西汉族人群的HLA DQA1 0 4 0 1、 0 6 0 1基因可能为支气管哮喘的易感基因 ,HLA DQA1 0 4 0 1基因可能为慢性支气管炎的易感基因 ,提示哮喘和慢性支气管炎有部分相同的免疫遗传机制。     

颅内动脉瘤的遗传学研究进展

颅内动脉瘤是严重威胁人类生命健康的一种疾病,是造成自发性蛛网膜下腔出血的首位原因。遗传因素参与部分颅内动脉瘤的形成已经获得共识,而且动脉瘤常与某些遗传疾病伴发。但颅内动脉瘤形成的具体病因仍然是未知的,还没有确认单独的基因可以导致颅内动脉瘤的形成和破裂。现针对颅内动脉瘤的易感基因鉴定、候补基因分析及染色体基因座的连锁研究等遗传学方面的最新进展予以综述。     

前列腺腺癌基因组启动子超甲基化谱研究

目的 初步建立前列腺腺癌基因组超甲基化谱,为前列腺腺癌特异性基因的超甲基化研究提供理论依据.方法 本研究利用激光捕获显微切割技术和甲基化DNA免疫共沉淀芯片技术,初步建立3例前列腺腺癌及其癌旁腺体基因组启动子区甲基化谱,通过组间比较,筛选出一组前列腺腺癌基因组启动子区超甲基化谱.将筛选出的基因上传至Molecule Annotation System进行在线GO分析和Pathway分析.结果 前列腺腺癌和癌旁腺体分别有7459个和7182个启动子区发生超甲基化,超甲基化基因占芯片总基因的33.1％和31.8％,其中65.6％的超甲基化启动子区为高CpG密度启动子区.前列腺腺癌基因组超甲基化基因共273个.生物信息学分析提示启动子区超甲基化的基因涉及多个分子功能、生物过程和信号通路.结论 前列腺腺癌和癌旁腺体之间存在大量启动子超甲基化改变,前列腺腺癌的发生发展可能是一个复杂的表观遗传学过程.     

应用单核苷酸多态性技术筛查2型糖尿病易感基因

目的利用单核苷酸多态性(SNP)标记,在中国北方汉族2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23、1q24.3-25.1及1q42.12-42.13)内寻找疾病易感基因位点以及与疾病相关的单倍型.方法通过公共SNP数据库和对样本库全基因测序寻找SNP位点的途径,在定位区域内选择了33个候选基因中的124个SNP位点,用测序法对236例北方汉族散发2型糖尿病患者及152例正常对照个体进行SNP基因分型及病例-对照关联分析,并对具显著性差异的SNP位点进行单倍型分析.结果124个SNP位点中有4个SNP位点的分布频率在病例组和正常对照组存在显著差异(P＜0.05),分别为sAC基因中的rs203849(P=0.005,OR=1.60)和rs203826(P=0.016,OR=1.60),PANK4基因中的rs7535528(P=0.028,OR=1.45)和CASP9基因中的rs884363(P=0.043,OR=1.37).在这4个SNP位点构成的组合型中发现,有2种组合型的频率分布在病例组与对照组之间差异有显著性(P＜0.001).此外,对sAC基因的单倍型分析发现,有4种单倍型与疾病发生相关.结论sAC、PANK4和CASP9基因为中国北方汉族人群2型糖尿病候选易感基因,这3个基因可能在2型糖尿病易感性上有协同作用.     

利用RNA捕获法在全基因组进行egfr启动子片段的富集

目的以表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,egfr)启动子片段为目标靶序列,用RNA捕获法在全基因组进行靶序列的富集,结合第二代测序技术,实现候选基因区段的深度测序。方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa S3 egfr启动子为模型,提取基因组后用MboⅠ酶切,补平加PE接头,回收400 bp～1000 bp的DNA片段作为模板,并用egfr启动子RNA与制备的基因组模板杂交将egfr启动子片段富集,富集的DNA片段PCR扩增15轮后用Solexa高通量测序。结果通过生物信息学技术分析,从实验组中随机取总条数为106 reads,比对到egfr启动子片段reads条数为1 889条,而比对到随机挑选的notch 1、pdgf-B、src基因reads条数分别为2、3、3条。从人类全基因组随机取总条数为106的等长reads作为对照组,比对到notch 1、pdgf-B、src、egfr基因reads条数分别为3,2,3,2条。在本实验中egfr启动子片段通过RNA捕获法被富集了630倍。结论用本研究建立的RNA捕获法进行基因组靶序列捕获、富集、测序文库建立的技术路线可行,所建DNA文库可直接用于Solexa测序仪的测序。RNA捕获技术与第二代高通量测序技术结合能应用于靶区域的重测序,研究可变剪切、核小体分布,发现和分析新的单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphisms,SNPs)位点,寻找许多复杂疾病相关基因及位点,针对性强,简便易行,节约成本。     

New insight into genes in association with asthma: literature-based mining and network centrality analysis

Background Asthma is a heterogeneous disease for which a strong genetic basis has been firmly established.Until now no studies have been undertaken to systemically explore the network of asthma-related...     

Confirmation of susceptibility gene loci on chromosome 1 in Northern China Han families with type 2 diabetes

目的　为了证实本课题组在以前的研究所得到的中国北方汉族Ⅱ型糖尿病相关易感基因的定位结果 ,我们在定位区域内选用了新的微卫星位点 ,并扩大了标本量 ,进行一轮新的分析。方法　运用基因组扫描的方法 ,经多重PCR、电泳、GeneScan及Genotyper分析获取位点信息 ,最后经参数及非参数连锁分析 ,得到相关的P值、NPL值 (Z值 )。结果　实验共扫描了 5个区域 34个位点 ,产生了约 12 0 0 0个基因型 ,分析结果显示 ,其中的 8个位点的P值低于0 .0 5 ,Z值最大为 2 .17,它们分布于 3个区域 ,尤其是第一个区域 (1p36.3- 1p36.2 3) ,其每一个位点的P值都低于0 .0 5 ,前后分布于一个长达 16.9cM的范围内 ,另外 4个区域中的 2个也得到了阳性结果 ,但另 2个未能重复出来。结论　实验证实了全基因组扫描所获得的结果。尤其是 ,我们发现在所研究的 1p末端区域 ,所有位点都呈阳性 ,且分布于一个很宽的范围内 ,很可能意味着该区域蛰伏着多个糖尿病易感基因。     

胆管癌染色体DNA拷贝数的变化研究

目的探讨胆管癌全基因组DNA拷贝数的变化特征,寻找与胆管癌相关的癌基因和抑癌基因的染色体候选区域。方法采用比较基因组杂交方法分析18例胆管癌组织基因组的不平衡,即DNA拷贝数的扩增和丢失。结果胆管癌常见的染色体DNA扩增区域是8q、20q、5p、17q;染色体DNA缺失区域为3p、18q、17p、8p、9p。结论胆管癌中存在多条染色体拷贝数的改变,3p、5p、8p、8q、9p、17p、17q、18q、20q等部位可能分别存在与胆管癌密切相关的癌基因和抑癌基因。