3种提取接触性检材脱落表皮细胞DNA方法的实验研究

目的对3种提取接触性检材脱落表皮细胞DNA的方法进行实验研究和比较,以获得最佳的方法.方法分别采用Chelex-100小体系法、磁珠法、改良磁珠法法对脱落表皮细胞的DNA进行提取,并对检测结果进行分析比较,探讨提取接触性检材脱落表皮细胞DNA的方法.结果磁珠法和改良磁珠法均能获得较高质量的细胞核DNA STR基因座分型,且后者的分型效果更好.Chelex-100小体系法的STR基因座分型效果不佳.结论磁珠法和改良磁珠法均能有效检测接触性检材脱落细胞DNA,故在法医检案中遇到接触性检材时考虑选择改良磁珠法.     

用Chelex-100方法提取肋软骨DNA105例

目的研究尸体所处环境、死亡时间的条件下,用Chelex-100方法提取肋软骨DNA。方法对案件中不同条件腐败尸体，采用Chelex-100方法提取肋软骨DNA，进行PCR扩增及STR分型。结果提取肋软骨均可获得STR分型。结论肋软骨是法医检案中的一类具有实用价值的检材。     

口腔粘膜脱落细胞DNA多态性分型检测在法医学应用的初步研究

目的研究各类口腔粘膜脱落细胞的微量生物性捡材中DNA提取和检验的方法,初步论证牙刷等载体作为法医物证检材的可能性。方法分别采用Chelex-100法、有机萃取法、联合抽提法三种方法提取口腔粘膜脱落细胞载体的样本DNA,进行CTTv四个STR位点单步复合扩增和两步级联扩增两种STR-PCR方式的扩增及各位点的等位基因检测。结果实验样本中,除了1例牙刷和2例牙签未能STR位点的正确分型外,其余各无关个体口腔粘膜脱落细胞载体均可以得到与标准血痕阳性相同的STR基因型。结论根据检材的PCR相对模板DNA量,选择适宜的DNA多态性检测分型方法,各类常见的含有口腔粘膜脱落细胞检材可以进行DNA检测分型,这类检材在法医检案中具有应用价值。     

法医DNA试剂盒在人员血样检验中应用

目的 验证法医DNA试剂盒在人员血样检验中的分型效果.方法 提取DNA扩增或直接扩增,AB公司3500XL或3130测序仪电泳检测,GeneMapperID-X软件进行等位基因分型.结果 7种商业化的法医DNA试剂盒在人员血样DNA检验中均获得满意的STR分型.结论 使用文中介绍DNA试剂盒,可以满足法医DNA人员血样检验需求.     

汽车安全气囊上微量检材DNA检测方法的探讨

目的探讨汽车安全气囊上微量人体脱落上皮细胞DNA检测的有效方法.方法分别采用棉线载体直接扩增法、小体积Chelex-100法和磁珠法对汽车安全气囊上提取的微量人体脱落上皮细胞的DNA进行检测,并对检测结果进行分析比较,以获得有效方法.结果棉线载体直接扩增法和磁珠法均能得到满意的人体脱落上皮细胞核DNA STR基因座分型结果,小体积Chelex-100法不能获得STR基因座分型结果.结论棉线载体直接扩增法和磁珠法均能有效地检测微量人体DNA,获得STR基因座分型结果,提高DNA检出率,操作简单、节约时间和试剂成本,特点在法医物证学实际检案工作中具有较高的应用价值.     

腐败及角化组织的DNA提取及mtDNA(CA)n重复子分型

目的建立腐败及角化组织的mtDNA（CA）n重复子分型方法。方法收集腐败肌肉、指（趾）甲及毛干各10份,采用Chelex-100法、含有DTT的Chelex-100处理法及PCR缓冲液处理法三种方法提取DNA。经PCR扩增,PAG电泳分离、银染技术进行mtDNA（CA）n重复子分型。结果10份腐败肌肉用3种方法提取DNA均获得分型成功;10份指（趾）甲及毛干,用Chelex-100法提取DNA,只有1份指甲分型成功,用含有DTT的Chelex—100处理法及PCR缓冲液处理法提取DNA均获得分型成功。结论用本文建立的方法提取DNA适用于腐败及角化组织的mtDNA（CA）n重复子分型检验,在法医学上具有一定的应用价值。     

PCR及Real-time PCR评价细菌DNA提取方法

目的:比较几种不同的细菌DNA提取方法,建立一种适于PCR和Real-time PCR的细菌DNA提取方法.方法:分别用蛋白酶K法、碱裂解法、Chelex-100 NP40、Chelex-100 TritonX-100法和水煮法提取同种浓度大肠杆菌DNA,测定OD260/280;用不同方法提取不同浓度的大肠杆菌DNA,进行PCR和实时荧光定量PCR扩增,比较灵敏度.结果:5种方法提取细菌DNA,其中Chelex-100 NP40 法纯度(OD260/280=1.79±0.03)最高,此方法所提取的DNA产物进行PCR及Real-time PCR扩增未见假阳性及假阴性,其灵敏度为10个/ml细菌浓度.结论:Chelex-100 NP40的细菌DNA提取方法纯度及灵敏度高,且适应于PCR及Real-time PCR.     

直接扩增技术在接触性检材 DNA检验中的应用

目的：将DNA直接扩增技术引入案件现场不同的接触性检材的检验中,构建有效的接触性DNA的生物检材的检验方法。方法采用剪取、擦拭等方法对手套、烟蒂、衣服、饮料瓶、吸管及残缺指纹等检材进行取样,采用DNA直接扩增技术获得短串联康复序列（short tandem repeat ,STR）分型。结果 DNA直接扩增技术在5种不同检材中检出的基因型均为单一个体来源,其对手套、烟蒂、衣服、饮料瓶和吸管、残缺指纹检材的成功率分别为90％、100％、70％、90％和60％,平均成功率在70％以上。分别对5种检材多处取点样品进行平行扩增,手套、烟蒂检材3个点位成功率均在90％以上;饮料瓶、吸管3个点位的成功率达80％～90％;衣服3个点位的成功率在60％～70％;残缺指纹3个点位的成功率在50％～60％。结论 DNA直接扩增技术对接触性DNA检材检验具有较高的有效应,其结果可靠,重复性强。     

低模板量DNA的分型方法及其相关问题

随着法医DNA分析技术的发展,越来越多低模板量DNA的生物检材被提取,并要求进行STR分型。在此对快速发展的各种低模板量DNA STR分型方法如增加聚合酶链反应(PCR)循环数、纯化PCR扩增产物、激光捕获显微切割和PCR扩增前的全基因组扩增等予以介绍,并就LT-DNA法庭科学应用中存在的相关问题予以论述。     

多种纯化方法提取接触性DNA检材在法医学中的应用

目的观察分析多种纯化方法提取接触性DNA检材在法医学中的应用效果。方法将自2014年12月至2016年11月间我处留置的各类常见接触性DNA检材为研究对象(烟蒂、饮料瓶、手套),并采用三种方法(Chelex-100纯化法、M48磁珠法、硅珠法)进行提取检测,后对评价指标进行统计分析对比。结果 3种方法在烟蒂中的检出率基本接近,P0.05,无统计学意义。硅珠法在饮料瓶的检出率优于M48磁珠法和Chelex-100纯化法(后两种方法基本接近,P0.05),P0.05;在手套的检出率上硅珠法优于M48磁珠法,M48磁珠法优于Chelex-100纯化法,相互间P0.05;硅珠法对3种样本的OD比值分别为1.275、1.244、1.276优于其它两种方法,P0.05;均有统计学意义。结论硅珠法对接触性DNA检材具有较高的DNA检出率,且提取效果更佳,适合法医学中的DNA提取测定应用。     

一种有效的寄蝇基因组DNA的提取方法

目的提出了一种有效的酒精浸泡的双翅目寄蝇科昆虫基因组DNA的提取方法,通过对实验结果的分析,表明该方法可行。     

快速高效提取白色念珠菌DNA

目的建立两种简便的白色念珠菌ＤＮＡ提取方法，即纯ＤＮＡ提取法和快速ＤＮＡ提取法。方法以原生质体提取法为基础进行改良，两种方法均用Ｌｙｔｉｃａｓｅ破壁。结果与结论纯ＮＤＡ提取法提取ＤＮＡ耗时６～７ｈ，产量较高，每１０~（１０）个菌细胞可提取４μｇＤＮＡ，且纯度高，ＯＤ_（２６０）ＯＤ_（２８０）＞１．７，对核酸限制性内切酶敏感，适用于各种分子生物学方面的研究。快速ＤＮＡ提取法全过程仅需３～４ｈ，每１０~（１０）个菌细胞提取１μｇＤＮＡ，ＯＤ_（２６０）：ＯＤ_（２８０）＝１．４，不能进行核酸限制性内切酶酶切，但可用于作ＰＣＲ扩增。     

一步法分离石蜡切片DNA的改进与鉴定

目的　改进一种以含蛋白酶K的裂解液作用于石蜡包埋处理的细胞、分离DNA粗提液用于PCR扩增的实验方案。方法　石蜡包埋组织切片经常规脱蜡处理,用蛋白酶K裂解液洗脱细胞,55　℃消化3　h后离心,吸取上清液;分光光度法检测DNA酶裂解液质量和浓度;以之为模板分别扩增人线粒体基因微卫星多态D310区、ATPase6基因区和核基因HBB、BRCA1等的DNA片段,琼脂糖凝胶电泳检测分析PCR扩增情况,并测序验证扩增产物。结果　以石蜡切片的DNA裂解粗提液为模板,扩增目的DNA片段阳性率可达100%;获得序列分析验证。结论　改进的蛋白酶K裂解液一步洗脱消化法操作简单、过程快捷、费用低廉,能快速有效地分离石蜡组织切片DNA,用于后续PCR扩增检测,具有较高效率。     

石蜡包埋组织快速DNA提取方法在诊断病理PCR分析中的应用研究

目的 改良石蜡组织DNA快速提取方法的流程,评价其提取效率,探讨其应用于病理诊断PCR分析的可行性.方法 选取包括淋巴瘤及反应性病变的52例存档蜡块,以缓冲液煮沸方法快速提取DNA,并以传统酚-氯仿抽提法和试剂盒提取法作为对照,采用PCR反应扩增看家基因β-Globin以确定模板DNA质量,并通过测序确定结果的可靠性;同时根据临床病理诊断选择性的进行免疫球蛋白重链基因(IgH)或T细胞受体γ基因(TCRγ)重排检测.结果 快速法提取DNA的浓度虽低于对照方法,但β-Globin扩增效率与对照方法相比差异没有统计学意义(P＞0.05),对IgH和TCRγ重排的检出率与对照相比差异亦没有统计学意义(P均＞0.05).测序结果显示扩增片段与目的基因序列完全符合.DNA可在-20 ℃保存至少4周.结论 快速DNA提取法可以从存档的石蜡包埋组织中提供足量的PCR反应模板,结果稳定可靠,且省时省力,在病理诊断PCR分析中具有应用价值.     

三种DNA抽提方法对新鲜血细胞及冻血细胞DNA抽提效能的比较

目的 比较3种血细胞DNA提取方法（进口试剂盒、国产试剂盒和改良苯酚抽提方法）对新鲜血细胞及冻血细胞DNA的提取效率及差异。 方法 收集20例胰腺癌患者5 mL外周血标本,经低速离心获得血细胞沉淀后分装,根据保存方式分为新鲜血细胞和冻血细胞。新鲜血细胞不经冻存,在12 h内迅速抽提DNA;冻血细胞在-40℃保存72 h后,室温解冻后抽提DNA。抽提方法分别采用进口试剂盒（Qiagen公司）、国产试剂盒（天根生化科技有限公司）和改良苯酚方法。琼脂糖电泳检测DNA片段的完整性,核酸蛋白检测仪测定DNA纯度和浓度,计算不同抽提方法的DNA得率。 结果 在获得的DNA完整性方面,改良苯酚方法抽提的基因组DNA断裂和降解较少,而进口和国产试剂盒抽提的DNA均有一定程度的降解小片段。在获得DNA的纯度方面,部分冻存血细胞无论应用进口试剂盒、国产试剂盒和改良苯酚方法,均表现出一定的污染杂峰。在DNA得率方面,无论新鲜血细胞和冻存血细胞,均是进口试剂盒得率最高,其次为国产试剂盒;冻血细胞的改良苯酚法DNA得率与国产试剂盒相当,新鲜血细胞的改良苯酚法DNA得率最低。在耗时和成本分析中,试剂盒较快但成本较高。 结论 改良苯酚抽提法可获得较进口和国产试剂盒片段更长、更完整的基因组DNA,虽然在得率和耗时方面稍逊色,但其成本较低,可推荐用于大规模、分批次、低成本冻存血细胞的基因组DNA抽提。     

一种提取肠道细菌总基因组DNA的方法

目的:尝试提取人体肠道菌群总DNA,为研究肠道菌群结构提供依据。方法:以人体粪便为样本,使用PBS多次清洗,离心样品,沉淀粪便中的菌体。使用裂解液、溶菌酶和蛋白酶K等裂解菌体,用酚/氯仿方法抽提DNA,以提取到的肠道细菌总DNA为模板进行ERIC-PCR扩增。结果:电泳显示样品DNA条带明亮,少数样品DNA存在降解现象;ERIC-PCR扩增得到较清晰的指纹图谱。结论:经改进后的方法操作简单、实用、经济,适用于肠道菌群结构的研究。     

四种微量石蜡组织DNA提取方法的比较

目的:探讨从微量福尔马林固定石蜡包埋组织(formalinfixation and paraffin embeddedtissues,FFPET)中提取DNA的简单而高效的方法。方法:采用Chelex-100提取法、酚氯仿抽提法、单纯消化法、水煮法4种方法提取组织DNA;应用聚合酶链反应扩增100~500bp长度DNA片段,然后进行电泳分析,1年后重复PCR电泳分析。结果:小于200bp长度DNA片段扩增,Chelex-100提取法、单纯消化法阳性率分别为88.8%、78.8%,明显优于酚氯仿抽提法(15.0%)(P<0.01)及水煮法(21.3%)(P<0.01)。随着扩增长度的增加,PCR扩增效率逐渐降低,Chelex-100提取法PCR反应总阳性率为82.5%,单纯消化法为66.5%,水煮法为13.4%,酚氯仿抽提法为13.4%。1年后重复PCR总阳性率分别为80.1%、31.7%、2.5%、9.2%。结论:Chelex-100提取法方便简单,适用于微量石蜡组织DNA扩增分析;单纯消化法及水煮法在一定条件下适用于微量石蜡组织短片段DNA的扩增。     

冻存血与新鲜血的DNA抽提效果的比较研究

目的探讨一种简单便捷、可用于PCR扩增的人体外周血标本冷冻保存的方法。方法外周血标本冷藏于普通冰箱冷冻室2-4周,采用常规方法,提取28例新鲜血标本及31例冻存血标本的DNA,经2%琼脂糖凝胶电泳,凝胶分析软件半定量分析,比较冻存血和新鲜血的DNA抽提效果。采用PCR方法扩增抽提DNA标本的ABCB4基因外显子6,研究冻存血中提取的DNA能否用于PCR实验。结果新鲜血组的光强度值为24948.98±10246.97,冻存血组DNA标本的光强度值为22917.65±11545.63,两组间无显著性差异(P>0.05)。所有冻存血中提取的DNA标本,经PCR扩增均有目标带。结论简易冷冻保存的外周血标本中提取的DNA质量与新鲜血无明显差别。冻存血的DNA标本可以用于PCR实验。     

一种从石蜡包埋组织中获取高质量基因组DNA的改良方法

目的:比较现有的DNA制备方法,建立一种从甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embedded tissues,FFPET)提取高质量基因组DNA的方法。方法:将传统基因组DNA提取方法与市场供应的DNA亲和层析柱结合在一起,以水浴脱腊法替代二甲苯脱腊法,设计一种改良的基因组DNA快速提取方法,从石蜡包埋宫颈癌组织标本提取基因组DNA,并用琼脂糖凝胶电泳法和聚合酶链式反应法进行鉴定。结果:改良的基因组DNA提取法整合了水浴脱蜡与DNA亲和层析柱的优点,从石蜡包埋宫颈癌组织中获得了高质量的基因组DNA,特别是能以很高的效率回收大于20 kb的基因组DNA大片段。结论:改良的基因组DNA提取方法简单快捷,是一种从石蜡包埋组织中回收高质量基因组DNA的有效途径。     

从OCT包埋冰冻组织中的DNA提取

利用－２０℃冰箱保存２年以上，ＯＣＴ包理的冰冻组织标本提取ＤＮＡ。结果表明，从清除掉ＯＣＴ的组织中提取ＤＮＡ与从新鲜手术标本中提取ＤＮＡ效果基本一致，进而证实ＯＣＴ对组织ＤＮＡ无不良影响。可利用旧有材料进行回顾性研究，尚可对同一病例进行组织病理学及分子生物学对比研究。