先天性巨结肠肠管lncRNA-mRNA共表达谱芯片初步筛查研究

目的：研究先天性巨结肠（Hirschsprung’s disease,HD）病变段肠管与正常段肠管lncRNA-mRNA表达谱的差异。方法：采用lncRNA-mRNA共表达谱芯片筛查5例HD肠管和5例配对的正常肠管差异表达的lncRNA和mRNA,并以17对样本对其中显著差异的5个lncRNA进行qRT-PCR验证,同时应用生物信息学的方法构建lncRNA-mRNA共表达网络,预测差异lncRNA的靶基因,并对预测的靶基因进行基因本体论（gene ontology,GO）分析和通路（pathway）分析。结果：lncRNA-mRNA共表达谱芯片筛查出HD肠管中存在353个表达上调,474个下调的lncRNA,以及865个上调,461个下调的mRNA。并验证出5个差异表达的lncRNA。lncRNA与mRNA相互关联,通过调控相应的靶mRNA,参与包括细胞增殖、分化和迁移等多种生物学过程,与HD的发病有一定相关性。结论：HD肠管中存在大量差异表达的lncRNA和mRNA。lncRNA和mRNA之间具有广泛的联系,形成共表达网络,lncRNA可能是通过调控相应的靶mRNA参与HD的发病。     

βB2基因敲除小鼠睾丸组织长链非编码RNA的差异性表达分析

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在βB2基因敲除小鼠睾丸中的表达及其影响睾丸发育的可能机制.方法 采用lncRNA芯片技术,筛选野生型(WT)和βb2基因敲除(KO)小鼠睾丸组织(均n=3)中lncRNA及信使RNA(mRNA)表达谱的变化;对差异表达lncRNA和mRNA进行GO数据库分析及KEGG数据库分析,建立调控网络图;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的lncRNA和mRNA,探讨调控通路.结果 (1)两组小鼠睾丸组织差异表达的lncRNA共140条,mRNA共477条;(2)通过GO数据库分析,筛选出差异表达lncRNA共12条,其中上调7条,下调5条;(3)经KEGG数据库进行路径分析,发现差异表达mRNA主要经由Ca2+信号、配体-受体相互作用等信号通路起作用;(4)用关联矩阵法建立了lncRNA和mRNA共表达网络图,共有17个节点,12条连接,包含9条lncRNA和8条mRNA;其中Rsl1由3条lncRNA调控,Lpo和Mpo各由2条lncRNA调控,Hdac1、Ephb4等各由1条lncRNA调控.(5) qRT-PCR分析结果表明,在βB2基因敲除小鼠睾丸组织中,lncRNA A-30-P01019163和P2rx7的表达均下调(P＜0.05).结论 lncRNA与βB2基因的晶状体外功能密切相关,其中lncRNA A-30-P01019163可能通过调控下游P2rx7 mRNA的表达影响睾丸组织细胞周期及信号转导,进而调控睾丸发育.     

宫内发育迟缓小鼠妊娠期胰岛lncRNA和mRNA的表达谱分析

目的：对正常孕鼠和宫内发育迟缓(intrauterine growth retardation,IUGR)小鼠孕期胰岛RNA进行高通量测序分析, 筛选出差异表达的长链非编码RNA(long non?coding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA),为深入探讨IUGR孕鼠胰岛功能障碍的发病机制提供理论基础。方法：提取IUGR成年后孕鼠和正常孕鼠胰岛RNA并进行高通量测序,筛选出差异表达的lncRNA和mRNA,进行lncRNA和mRNA关联分析,对lncRNA相关的靶mRNA进行GO功能注释分析、KEGG通路富集分析,重点关注高差异表达且可能影响孕期胰岛功能的lncRNA。结果：IUGR孕鼠和正常孕鼠差异表达的lncRNA 1 007个, 其中483个上调,524个下调;差异表达的mRNA 50个,其中22个上调,28个下调。对差异lncRNA的靶mRNA和差异mRNA进行功能分析,GO分析示它们参与的生物学途径集中于细胞及组织过程、生物调节、代谢及应激过程;分子功能集中在整合、催化活性、转运活性、分子功能调节等方面;KEGG分析示它们主要集中在代谢、癌症、次生代谢产物的生物合成、PI3K?AKT及 MAPK 通路。对差异表达的lncRNA FTX 和Neat1进一步分析表明,IUGR 孕鼠和正常孕鼠的FTX 表达量分别较未孕时下降 (P ＜ 0.001),而 Neat1上升(P ＜ 0.01);FTX、Neat1表达量在IUGR孕鼠和正常孕鼠间有显著差异(P ＜ 0.05),且表达量受糖浓度调节。lncRNA FTX与其靶mRNA均为反式(trans)作用,lncRNA Neat1与Frmd8为顺式(cis)作用,余为trans作用。结论：本研究筛选出IUGR孕鼠和正常孕鼠胰岛中差异表达的lncRNA和mRNA,lncRNA通过不同互作关系调控靶mRNA,调节糖代谢过程。     

HBV+肝细胞癌患者lncRNA-mRNA共表达网络分析及作用

目的 分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用.方法 下载GEO(GSE54238) lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关系数＞0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和p-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1 I3与患者生存曲线具有极显著相关性(P＜0.01).结论 LINC01018、EHHADH-AS1、F11-AS1等lncRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,在HBV+肝细胞癌发生、发展中具有关键作用,有望成为HBV+肝细胞癌新的诊断和预后指标.     

高氧诱导支气管肺发育不良新生小鼠肺组织中lncRNA表达谱的变化

目的:分析长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)在高氧诱导支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasi,BPD)小鼠模型肺中表达谱的变化?方法:构建高氧诱导支气管肺发育不良新生小鼠模型,利用lncRNA芯片技术检测正常小鼠肺及BPD小鼠肺组织中lncRNA表达谱的变化,经过对原始数据进行预处理,筛选出差异表达的lncRNA?结果:与对照组相比,模型组差异表达的lncRNA(差异倍数≥2倍且P < 0.05)共1 769条,其中882条上调,887条下调;5倍以上上调的共140条,下调的共71条;10倍以上上调的共28条,下调的有2条?结论:高氧诱导BPD发生时,肺组织中lncRNA的表达谱发生了显著变化;这些差异表达的lncRNA,可能参与了BPD发生?发展过程?     

肾细胞癌外周血中长链非编码RNA差异表达分析

目的 探讨肾细胞癌(RCC)外周血中长链非编码RNA(lncRNA)及mRNA的表达情况。方法 选择5例病理学诊断RCC患者的外周血血浆为实验组,同期5例健康人的外周血血浆作为对照组,采用基因芯片技术检测lncRNA及mRNA表达情况,实时荧光定量PCR进行验证分析。结果 与对照组相比,实验组RCC患者外周血中3 664个lncRNA异常表达(fold change≥2,P＜0.05),其中1 511个lncRNA上调表达,2 153个lncRNA下调表达;mRNA差异表达有2 268个(fold change≥2,P＜0.05),其中932个mRNA上调表达,1 336个mRNA下调表达。随机挑选上调表达的ENST00000547549、ENST00000591689及下调表达的NR_038263进行实时荧光定量PCR验证,其检测结果与芯片检测结果一致。结论 lncRNA基因芯片是检测RCC外周血差异表达基因高效、快速的检测手段。外周血中异常表达的lncRNA与mRNA可能是RCC潜在诊断及随访的生物分子,并可能成为治疗的靶点。     

侵袭性垂体腺瘤中lncRNA-mRNA的共表达网络

  目的   利用二代测序技术筛选侵袭性垂体腺瘤组织中差异表达的lncRNA，分析其在侵袭性垂体腺瘤发病机制中可能发挥的潜在作用。   方法   通过RNA测序分析4例侵袭性垂体腺瘤患者和3例非侵袭性垂体腺瘤患者的lncRNA和mRNA的表达情况，筛选出差异表达的lncRNA和mRNA。据此，构建lncRNA-mRNA共表达网络，并进行GO和KEGG通路分析。   结果   对侵袭性和非侵袭性垂体瘤的lncRNA和mRNA差异表达分析，共获得35个差异表达的lncRNA和463个差异表达的mRNA。共表达网络显示FAM66A、TPTEP1、AC017116.11、RP11-1114A5.4和RP11-246K15.1在网络中处于关键位置。   结论   lncRNA-mRNA共表达网络的建立，发现一些差异表达的lncRNA可能在侵袭性垂体腺瘤的发病机制中发挥关键作用，可能成为侵袭性垂体腺瘤新的诊断标志物和治疗靶点。      

基于生物信息学的脑胶质瘤预后风险长链非编码RNA筛选

目的：应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA（lncRNA）。方法：从开放的癌症基因图谱（TCGA）和基因型组织表达（GTEx）数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据,采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因,使用Cox分析构建风险模型,通过DAVID基因功能和KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。利用qPCR评价HOXA-AS2的表达量与脑胶质瘤的临床组织特征之间的关系。结果：通过比较分析脑胶质瘤样本和正常脑组织样本基因组表达数据,获得差异表达的lncRNA 424个（211个上调,213个下调）,mRNA 3 827个（1 618个上调,2 209个下调）。构建了包含9个lncRNA的风险模型,参与介导的信号转导通路主要集中于免疫缺陷病毒感染,神经信号转导等相关通路。qPCR方法验证HOXA-AS2在脑胶质瘤中高表达。结论：筛选出HOXA-AS2可能是脑胶质瘤的预后风险lncRNA,为后续脑胶质瘤的机制研究提供参考依据。     

草酸钠结晶肾损伤肾小管上皮细胞中骨桥蛋白相关长链非编码RNA的差异表达

目的 检测草酸钠诱导的人肾小管上皮细胞结晶肾损伤模型中与骨桥蛋白(OPN)相关的长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达,并探讨OPN相关lncRNA在结晶肾损伤发病中的作用.方法 利用草酸钠(20 mmol/L)刺激人肾近曲小管上皮细胞HK-2建立草酸钠诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型.运用RNA干扰技术对其转染OPN小干扰RNA构建OPN敲低细胞模型(OPN-siRNA组),对照组细胞转染阴性随机对照序列(NC-siRNA组).采用Arraystar公司提供的人类全基因组lncRNA芯片(V4.0)检测两组结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中与OPN相关的lncRNA和mRNA的差异表达水平,并采用生物信息学方法分析lncRNA芯片结果.结果 全基因组lncRNA芯片结果显示草酸钠诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中与OPN相关的差异表达lncRNA共583个,其中OPN-siRNA组表达上调354个、下调229个;差异表达mRNA共235个,上调139个,下调96个.生物信息学分析结果显示差异表达lncRNA参与结晶肾损伤中细胞生长、酶活性调节等多种生物学过程.结论 草酸钠体外诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中存在OPN相关的差异表达的lncRNA.     

大鼠坐骨神经缺损后背根神经节组织lncRNA表达变化

目的:研究大鼠坐骨神经缺损后背根神经节中长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)的表达变化。方法:建立SD大鼠坐骨神经损伤0天、1天、4天和7天模型,取背根神经节组织进行lncRNA检测,进行差异基因的筛选,并应用实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应(qRT-PCR)对芯片结果进行验证;利用lncRNA与mRNA特异性表达的标准化信号强度,构建基因共表达网络。结果:共筛选出24个显著下调的lncRNAs,qRT-PCR检测的lncRNA AF130881和AB020616的表达变化与芯片一致。得到与lncRNA AF130881和AB020616正向或负向共表达的蛋白编码基因25个。结论:大鼠坐骨神经缺损后背根神经节组织中lncRNA的表达谱发生改变。     

LncRNA44372在卵巢癌中的差异表达及生物信息学分析

目的: 探讨lncRNA44372在卵巢癌中的表达及其在卵巢癌发生发展过程中的作用机制。方法: 从NCBI GEO数据库中下载卵巢癌样本及其对照样本的基因芯片数据GSE119054,选用在线工具CRN分析在卵巢癌中差异表达的lncRNA;利用在线工具Annolnc筛选与lncRNA44372有关的共表达基因,然后使用David进行基因本体论（Gene Ontology,GO） 分析、信号通路富集分析;通过starbase构建lncRNA44372可能存在的竞争性内源RNA网络;用qRT PCR检测lncRNA44372在卵巢癌细胞系中的表达。结果： GSE119054数据集中筛选出在卵巢癌中表达上调的lncRNA有6个,表达下调的lncRNA有 4个;GO分析显示,与lncRNA44372相关的共表达基因在细胞凋亡、细胞周期调控和蛋白苏氨酸/酪氨酸磷酸酶活性中具有调控作用。信号通路分析显示,与lncRNA44372相关的共表达基因主要参与细胞凋亡、肿瘤形成及发展相关的信号通路。lncRNA44372可与miR 190和miR 193结合并调控Unc 51自噬激活激酶 2（ULK2）和依赖LON的过氧化物酶体 2（LONP2）在卵巢癌中的表达。qRT PCR结果显示,lncRNA44372在卵巢癌细胞系中表达量较卵巢正常细胞系低（P<0.05）。结论： lncRNA44372在卵巢癌中呈低表达,其可能通过影响细胞凋亡、细胞周期等参与卵巢癌的发生发展。     

基于GEO数据库筛选心脏肥大差异表达mRNA及其网络构建

目的 基于GEO数据库筛选心脏肥大的差异表达mRNA,构建其相关的长链非编码RNA(lncRNA)的竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法 检索GEO数据库中心脏肥大的相关芯片数据集GSE60291,通过R语言分析差异表达mRNA;采用GO功能和KEGG富集分析差异表达mRNA的功能与机制;在lncRNA相关疾病中检索与心脏肥大相关的lncRNA,通过Starbase数据库预测lncRNA的靶向miRNA,构建lncRNA-miRNA ceRNA网络,在miRNet预测相关miRNA的靶向mRNA并构建miRNA-mRNA ceRNA调控网络,在此基础上构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络。结果 获得心脏肥大的差异mRNA 104个、lncRNA 6个及其关联miRNA 37个和靶向mRNA 16 724个;差异mRNA与靶向mRNA中获得86个相同的差异表达mRNA;GO分析及KEGG富集分析显示差异基因主要通过ATP酶活性、肌肉组织发育、前突触、黏着斑、MAPK信号通路、细胞周期、细胞凋亡等生物过程参与心脏肥大的发病。结论 筛选获得心脏肥大的差异表达mRNA并成功构建其调控网络,将为心脏肥大的防治提供潜在的新靶点。     

3-O-C12-HSL阻碍Mo-DCs成熟过程中lncRNA表达谱的变化

目的：观察铜绿假单胞菌（Pseudomonas aerltginosa,PA）分泌的信号分子N-3-氧代十二烷酰-L-同型丝氨酸内酯（N-3-oxododecanoy1-L-homoserine lactone,3-O-C12-HSL）阻碍单核细胞来源的树突细胞（monocytes derived-dendritic cells,Mo-DCs）成熟过程中长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）表达谱的变化情况。方法：采用免疫磁珠法分选人外周血CD14+单核细胞,经重组人粒-单核细胞集落刺激因子和重组人白细胞介素-4诱导分化为Mo-DCs。不同因素处理Mo-DCs,实验组加入终浓度0.1 μg/mL的LPS和终浓度为40 μmol/L的3-O-C12-HSL,对照组加入相应体积的含0.1%DMSO的PBS,模型组加入终浓度0.1 μg/mL的LPS。利用lncRNA芯片技术检测对照组、模型组和实验组间lncRNA表达谱的差异。对筛选数据进行分析处理,利用散点图分析2倍以上差异lncRNA在各处理因素间的总体变异情况,利用聚类分析研究表达差异5倍以上lncRNA的聚类情况。结果：与对照组和模型组相比较,实验组筛选出2倍以上表达差异的lncRNA为1 386条,其中上调表达的548条,下调表达的838条。筛选出具有5倍以上表达差异的lncRNA共153条,占2倍表达差异lncRNA的11.04％,其中上调表达的22条,下调表达的131条。散点图发现2倍表达差异的lncRNA总体分布呈集中趋势,存在特征性改变。聚类分析发现5倍表达差异的lncRNA能根据处理因素进行有效的分层聚类。结合GO分析和mRNA通路分析,差异lncRNA的相关基因可富集至PPAR信号通路、钙信号通路和NF-κB信号通路中。结论：3-O-C12-HSL作用于Mo-DCs后,lncRNA表达谱发生了特征性变化,表达差异的lncRNA可能参与了3-O-C12-HSL阻碍Mo-DCs成熟过程。     

长链非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的表达谱分析

目的 长链非编码RNA (lncRNA)在肿瘤的发生和发展中起重要作用。本研究使用基因芯片技术筛选甲状腺乳头状癌中差异表达的lncRNA,并对这些lncRNA调控的靶基因进行预测和分析。 方法 本研究使用微阵列来研究3例甲状腺乳头状癌(PTC)和配对的邻近非癌性甲状腺组织中lncRNA的表达。基因功能通过GO (Gene Ontology,GO)和通路分析进行评估，并预测lncRNA潜在的靶基因。 结果 与邻近的非癌性甲状腺组织相比，共有855个差异表达lncRNA，上调195个，下调660个(FC>2，P<0.05)；2 370个差异表达mRNA，上调801个，下调1 569个(FC>2，P<0.05)。其中差异较大的lncRNA有23个，mRNA有79个(FC>4)。lncRNA-SLC34A2和它相关的mRNA GRCh38(NM_001177998)差异表达最为显著(FC=23.5)。差异表达的mRNA中显著富集的GO途径显示:一些与肿瘤有关，如“焦粘连”“ECM-受体相互作用”“MAPK信号传导途径”和“PI3K/AKT信号传导途径”。经过通路分析，42条信号通路在差异表达的转录后显著富集，其中“焦粘连”最为显著(P=8.499×10-7)并与47个差异表达基因有关。239个与其相关mRNA的lncRNAs可能与顺式调控有关。lncRNAs和mRNAs的位点之间的相对位置关系在基因的不同位点。 结论 本研究是甲状腺肿瘤相关的LNCRNA谱的补充，发现了一定数量的差异表达的LNCRNA，并预测其功能靶向基因和途径。今后，笔者将选择更多的样本，深化对lncRNA分子机制和生化功能的研究，为甲状腺癌的早期诊断和治疗提供新的准确方法。      

调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子的筛选与初步鉴定

目的：利用RNA高通量测序和生物信息学分析筛选出调控食管胃结合部腺癌（adenocarcinoma of esophagogastric junc－tion,AEG）增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子,并对其作用方式进行初步探究。方法：提取22对食管胃结合部腺癌组织及癌旁正常黏膜组织的RNA。采用RNA高通量测序（测序深度200×）,利用生物信息分析云平台进行差异基因筛选,同时对差异表达的基因构建共表达网络和circRNAs-miRNAs-mRNAs间的内源性RNA竞争机制（ceRNA）网络;利用RNA图谱共表达网络构建和内源性竞争RNA负相关分析,筛选出在AEG发生过程中可能发挥关键作用的circRNAs。并预测可与该circRNA存在ceRNA关系的miRNAs和mRNAs;通过qRT-PCR等方法对该circRNA在胃癌组织、癌旁组织中的表达进行验证。结果：通过RNA高通量测序,共预测得到46 553个circRNAs,对测序数据进行严格质控,得到26个差异表达的circRNAs（fold change≥2或fold change≤0.5,false discovery rate<0.05）,其中10个circRNAs表达上调,16个circRNAs 表达下调。对组织样本进行mRNA和miRNA测序分析,构建circRNAs-miRNAs-mRNAs间的ceRNA网络、RNA图谱共表达网络和内源性竞争RNA负相关分析。结果表明,has_circ_0007766在AEG肿瘤组织中特异性高表达,可能在AEG发生发展过程中起关键作用;同时发现,miR4492与circRNA0007766和MET mRNA均有结合位点。结论：has_circ_0007766可能通过miR4492-circRNA0007766-MET mRNA的ceRNA网调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭,是AEG发生发展的关键circRNA。     

遗忘型轻度认知功能损害血浆中竞争内源性RNA网络构建及分析

目的 探讨阿尔茨海默病（Alzheimer′s disease,AD）轻度认知功能损害阶段（amentia mild cognitive impairment,aMCI）血浆中的非编码RNA（noncoding RNA,ncRNA）功能失调与AD的病理生理相关性,并探讨潜在的AD生物标志物和发病机制。 方法 纳入金标准诊断的aMCI受试者5例和正常对照组（normal control,NC）5例,应用微阵列技术分析aMCI和NC血浆中长链非编码RNA（long noncoding RNA,lncRNA）、微小RNA（microRNA,miRNA）和信使RNA（messenger RNA,mRNA）的表达谱,应用R软件筛选出差异表达的lncRNA、miRNA、mRNA,通过PicTar 2005、TargetScan 5.1和miRanda v5数据库对差异表达的RNA的关系进行分析,建立以上调lncRNA为中心的竞争内源性RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）网络,并对其中相关差异表达的mRNA进行基因本体论功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。 结果 在外周血浆中总共筛选出lncRNA 287个、miRNA 46个和mRNA 208个在aMCI和NC的表达差异有统计学意义（P＜0.05）,分别有lncRNA3个、 miRNA5个和mRNA7个参与构建了遗忘型轻度认知功能损害ceRNA调控网络。GO和KEGG结果显示差异表达mRNAs主要在RNA代谢过程、细胞质应激颗粒、转录调控因子活性等生物学过程,单纯疱疹感染通路、催产素信号通路和叶酸合成通路上显著聚集。 结论 不同的ncRNA参与AD的发病机制,构建的ceRNA网络有助于增进对AD发病分子生物学机制的认识,ncRNAs可能成为AD诊断的生物标志物和治疗干预的新靶点。     

鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析

  目的  分析鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株间差异表达的长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA），探索lncRNA在鼻咽癌同期放化疗抵抗中可能发挥的作用。  方法  体外构建鼻咽癌CEN1和CNE2细胞同期放化疗抵抗模型，诱导鼻咽癌细胞同期放化疗抵抗细胞株CEN1CRR和CNE2CRR，应用高通量测序筛选2组细胞株间差异表达的lncRNAs，对差异表达的lncRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析。  结果  以Log2FC > 1或 < -1，FDR < 0.05为差异表达标准，和CNE1相比，CNE1CRR差异表达的lncRNAs2746个（358个上调，2063 个下调）；和CNE2相比，CNE2CRR差异表达的lncRNAs3475个（265个上调，520个下调）；此外，387个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中表达同时下调，49个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中同时上调。在GO分析中发现，2组细胞中差异表达lncRNAs的靶基因在生物过程（biological process，BP）、分子功能（molecular function，MF）、细胞成分（cellular component，CC）等方面均有参与。在KEGG分析结果中发现，CNE1组细胞中，差异lncRNAs的靶基因主要富集的信号通路有细胞凋亡、病毒致癌、代谢途径等。CNE2组细胞中，差异lncRNAs的靶基因主要富集的信号通路有代谢途径（硫辛酸、磷酸戊糖、花生四烯酸、醚脂质）、T细胞受体信号通路、核苷酸切除修复等（P < 0.05）。  结论  同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株的lncRNA表达谱存在明显差异，这些差异表达的lncRNA可能参与了鼻咽癌的同期放化疗抵抗，并为其机制研究奠定基础。     

达格列净保护PDK1基因敲除心衰小鼠表达谱系研究

目的 探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1(PDK1)基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法 将PDK1敲除HF小鼠分为对照组(KO组,n=10)和达格列净治疗组(KO+DAPA组,n=15);使用Arraystar小鼠lncRNA微阵列通过测序和筛选分析lncRNA表达谱;实时定量PCR验证差异表达的LncRNA;构建lncRNA-mRNA共表达网络。结果 KO+DAPA组显著延长HF小鼠生存期;两组表达水平变化>1.5倍lncRNAs有2653个;生信分析表明lncRNAs参与能量代谢过程;差异表达大于3倍以上且人鼠同源的7个LncRNAs构建lncRNA-mRNA共表达网络提示uc.347和uc.321分别关联141个mRNA和108个mRNA;uc.347在心肌细胞中的过表达促进了ATP能量的产生。结论 本研究揭示了达格列净影响PDK1基因敲除心衰小鼠lncRNA表达谱,差异表达的LncRNA可能参与能量代谢过程,从而改善心衰预后。     

基于GEO数据库筛选巴雷特食管的关键基因及通路

目的 通过生物信息学方法筛选巴雷特食管的关键基因及信号通路。方法 从GEO数据库中下载GSE39491、GSE36223、GSE13083三组数据集，获得差异表达基因（|Log2FC|>1,调整后的P<0.01）并绘制火山图，并筛选出差异共表达基因，使用Web Gestalt数据库对差异共表达基因进行GO和KEGG分析，并使用String和Cytoscape构成蛋白-蛋白互作网络图，筛选显著模块和关键基因。结果 筛选出327个差异共表达基因，其中表达上调181个，表达下调146个，GO和KEGG分析提示基因在角质化、角化细胞分化、视黄醛脱氢酶的激活、白介素-1受体的结合、药物代谢、细胞色素P450的异生物质代谢等方面富集。利用Cytoscape筛选出的关键基因为PPL、EVPL、IVL、TGM1、PI3、DSG3、PKP1、SPRR1A、FLG、DSC3。结论 关键基因与巴雷特食管的发生发展相关，有望成为其生物标志物。