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1.
目的分析转录调控因子甲状腺特异增强子结合蛋白(Nkx2.1)与长链非编码RNA(lnc RNA)NANCI在高氧诱导支气管肺发育不良(BPD)小鼠模型肺中的表达情况。方法通过高氧诱导构建模型,利用Western blot与Real-time PCR技术检测Nkx2.1蛋白与lnc RNA NANCI在正常小鼠肺及支气管肺发育不良小鼠肺组织中表达变化,统计分析二者之间的关系。结果高氧21 d,成功构建BPD小鼠模型,与对照组相比,实验组Nkx2.1蛋白与lnc RNA NANCI表达均明显降低,差异有统计学意义(P0.05),且Nkx2.1蛋白与lnc RNA NANCI二者正相关(R2=0.251 6,P0.05)。结论转录调控因子Nkx2.1与lnc RNA NANCI参与了支气管肺发育不良发生、发展过程。  相似文献   

2.
3.
[摘 要] 目的:探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)GM15886在高氧诱导新生小鼠支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)肺组织中表达水平的变化,并运用生物信息学分析,预测其在BPD模型中的作用机制。方法:在已建立BPD模型小鼠肺组织lncRNA基因芯片中选取并验证GM15886,应用lncRNATargets、Multi Experiment Matrix和Ensemble数据库预测其靶基因;将64只新出生C57BL/6J小鼠随机分为高氧组和空气组,每组各32只;高氧组新生小鼠置于95%高氧环境下,空气组暴露于空气环境下,分别选取生后第0天、3、5、7天处死小鼠取肺组织,HE染色评价肺组织病理变化;采用qPCR检测GM15886、HIPK1 mRNA表达水平;免疫组化检测HIPK1表达情况。结果:lncRNATargets预测GM15886碱基序列能够和HIPK1第二个外显子碱基序列完全结合。qPCR示高氧组第3、5、7天GM15886表达量升高,分别为1.91±0.28、2.12±0.38、2.35±0.43,与第0天相比,差异均具有统计学意义(P均<0.05);HIPK1在第3、5、7天相对表达量分别为1.16±0.33、0.92±0.31、3.12±0.46,第7天表达量高于第0、3、5天(P均<0.05);HIPK1免疫组化表现与RNA表达的结果相对应。结论:随着高氧暴露时间的延长,肺组织GM15886表达量增加;生信分析和上述实验表明GM15886可能靶向HIPK1参与BPD的发病机制。  相似文献   

4.
目的:探讨长链非编码RNA(long non?coding RNA,lncRNA)GM15886在高氧诱导新生小鼠支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)肺组织中表达水平的变化,及其可能的作用机制。方法:选取BPD模型小鼠肺组织lncRNA基因芯片中高表达的GM15886进行验证,应用IntaRNA、Multi Experiment Matrix和Ensemble数据库预测其靶基因;将64只新出生C57BL/6J小鼠随机分为高氧组和空气组,每组各32只;高氧组新生小鼠置于95%高氧环境下,空气组暴露于空气环境下,分别于生后第0、3、5、7天处死小鼠取肺组织,HE染色评价肺组织病理变化;采用qPCR检测GM15886和同源结构域相互作用蛋白激酶1(homeodomain?interacting protein kinase 1,HIPK1)表达水平;免疫组化检测HIPK1表达情况。结果:IntaRNA预测GM15886碱基序列能够和HIPK1第2个外显子碱基序列完全结合。qPCR示高氧组第3、5、7天GM15886表达量升高,分别为1.91±0.28、2.12±0.38、2.35±0.43,与第0天相比,差异均具有统计学意义(P均<0.05);HIPK1在第3、5、7天相对表达量分别为1.16±0.33、0.92±0.31、3.12±0.46,第7天表达量高于第0、3、5天(P均<0.05);HIPK1免疫组化表现与RNA表达的结果相对应。结论:随着高氧暴露时间的延长,肺组织GM15886表达量增加;GM15886可能靶向HIPK1参与BPD的发病机制。  相似文献   

5.
目的观察高氧暴露新生鼠肺泡Ⅱ型细胞(AECⅡ)标记[甲状腺转录因子,(TTF-1)]及成纤维细胞标记[波形蛋白,(Vimentin)]的表达规律,探讨支气管肺发育不良(BPD)发病机制。方法新生小鼠随机分为:对照组及BPD组,高浓度氧暴露制作BPD小鼠模型,观察肺组织病理变化,于实验后3、7、14、21 d应用免疫荧光双标及荧光定量PCR技术检测TTF-1及Vimentin蛋白、mRNA的表达情况。结果与对照组比较,BPD组高氧暴露后小鼠肺组织逐渐出现肺泡发育障碍、胶原沉积明显;AECⅡ标记TTF-1表达逐渐减弱,成纤维细胞标记Vimentin表达逐渐增强,14、21 d时两者可见明显的共表达;BPD组21 d TTF-1mRNA表达较同时间对照组下调(P<0.05),而Vimentin mRNA表达较同时间对照组上调(P<0.05)。结论高氧致AECⅡ向成纤维细胞转化可能是BPD纤维化的重要机制。  相似文献   

6.
目的:观察铜绿假单胞菌(Pseudomonas aerltginosa,PA)分泌的信号分子N-3-氧代十二烷酰-L-同型丝氨酸内酯(N-3-oxododecanoy1-L-homoserine lactone,3-O-C12-HSL)阻碍单核细胞来源的树突细胞(monocytes derived-dendritic cells,Mo-DCs)成熟过程中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)表达谱的变化情况。方法:采用免疫磁珠法分选人外周血CD14+单核细胞,经重组人粒-单核细胞集落刺激因子和重组人白细胞介素-4诱导分化为Mo-DCs。不同因素处理Mo-DCs,实验组加入终浓度0.1 μg/mL的LPS和终浓度为40 μmol/L的3-O-C12-HSL,对照组加入相应体积的含0.1%DMSO的PBS,模型组加入终浓度0.1 μg/mL的LPS。利用lncRNA芯片技术检测对照组、模型组和实验组间lncRNA表达谱的差异。对筛选数据进行分析处理,利用散点图分析2倍以上差异lncRNA在各处理因素间的总体变异情况,利用聚类分析研究表达差异5倍以上lncRNA的聚类情况。结果:与对照组和模型组相比较,实验组筛选出2倍以上表达差异的lncRNA为1 386条,其中上调表达的548条,下调表达的838条。筛选出具有5倍以上表达差异的lncRNA共153条,占2倍表达差异lncRNA的11.04%,其中上调表达的22条,下调表达的131条。散点图发现2倍表达差异的lncRNA总体分布呈集中趋势,存在特征性改变。聚类分析发现5倍表达差异的lncRNA能根据处理因素进行有效的分层聚类。结合GO分析和mRNA通路分析,差异lncRNA的相关基因可富集至PPAR信号通路、钙信号通路和NF-κB信号通路中。结论:3-O-C12-HSL作用于Mo-DCs后,lncRNA表达谱发生了特征性变化,表达差异的lncRNA可能参与了3-O-C12-HSL阻碍Mo-DCs成熟过程。  相似文献   

7.
探讨脂氧素A4(lipoxin A4,LXA4)对新生小鼠高氧诱导所致的支气管发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)的保护作用及可能机制?方法:利用高氧损伤诱导BPD动物模型,将新生C57BL/6J小鼠随机分成:空气对照组?模型组?LXA4干预组?转化生长因子-β1(transforming growth factor-β1,TGF-β1)中和抗体(1D11)干预组,记录仔鼠体重和生存情况,HE染色观察出生后肺组织病理改变,qPCR法检测肺纤维化指标及转化生长因子-βⅠ型受体(transforming growth factor-β receptor 1,TGF-βR1)和转化生长因子-βⅡ型受体(transforming growth factor-β receptor 2,TGF-βR2)的表达水平?结果:①模型组新生小鼠较空气对照组体重减低且活力差?②肺组织大体标本观察:与空气对照组相比,各组小鼠肺体积减小,色泽暗淡?与空气对照组(d13)相比,LXA4干预组和1D11干预组小鼠肺外观与之相仿?③HE染色:除空气对照组外,各组肺组织均产生类似BPD的病理损伤?较模型组(d13)相比,LXA4干预组与1D11干预组的肺泡结构趋于正常化?④qPCR:与空气对照组相比,各组肺纤维化指标:纤维连接蛋白?平滑肌肌动蛋白-α?弹性蛋白?肌腱蛋白C?组织金属蛋白抑制剂-1及TGF-βR1?TGF-βR2的表达量均增加(P < 0.05)?与空气对照组相比,各组基质金属蛋白酶1相对表达量减少(P < 0.05);其中与模型组相比,LXA4干预组和1D11干预组基质金属蛋白酶1表达量上调(P < 0.05),且LXA4干预组上调更为显著(P < 0.05)?与空气组对照比较,模型组?LXA4干预组和1D11干预组Ⅰ型胶原表达量增高(P < 0.05);其中与模型组相比,LXA4干预组和1D11干预组Ⅰ型胶原表达减少(P < 0.05)?结论:LXA4可能是通过抑制TGF-β1信号通路下调肺纤维化相关因子,实现对高氧诱导BPD的保护作用?  相似文献   

8.
目的 检测姜黄素诱导肝癌细胞凋亡中lncRNA表达谱的改变及关键lncRNA的筛选鉴定。方法 使用不同浓度姜黄素刺激肝癌细胞株HepG2不同时间后,提取总RNA进行lncRNA芯片杂交检测lncRNA表达谱的改变,筛选出差异表达lncRNA;并利用MTT法和TUNEL染色观察HepG2细胞的凋亡,Real-time PCR验证差异表达的lncRNA AK125910在其中的作用。结果 与对照组细胞相比,姜黄素处理后的肝癌细胞中有5432条lncRNA表达出现改变,而其中变化倍数大于3的lncRNA有8条,表达差异化最显著的是lncRNA AK058003,上调7.62倍。在姜黄素诱导肝癌细胞凋亡中,lncRNA AK058003表达上调7.16倍,与芯片杂交结果基本一致。结论 姜黄素诱导肝癌细胞凋亡过程中lncRNA表达谱出现显著变化,其中差异性表达最显著的lncRNA AK058003可能参与了肝癌细胞的凋亡进程。   相似文献   

9.
目的:观察人骨髓间充质干细胞(hMSCs)成骨分化过程中长链非编码 RNA(lncRNA)的表达谱变化。方法以 hMSCs 及成骨诱导分化7、14、21 d 后的细胞为研究对象,利用 Agilent lncRNA 芯片技术筛选出成骨诱导分化前后2倍变化幅度的差异 lncRNA,并通过实时荧光定量 PCR(RT - PCR)对芯片结果进行验证。选取筛选结果中表达差异较大的 lncRNA 利用 UCSC Genome Browser 并结合芯片筛选结果分析 lncRNA 邻近蛋白编码基因。结果 hMSCs 经成骨诱导分化7、14、21 d 后,均具有成骨细胞特性;芯片筛选结果表明,与成骨诱导分化前的hMSCs 相比,成骨诱导分化7、14、21 d 后持续表达上调超过2倍的 lncRNA 有433条,下调超过2倍的有232条;选取其中部分 lncRNA,RT - PCR 验证与芯片结果相符合;对 lncRNA 邻近蛋白编码基因分析提示某些 lncRNA(如lncRNA ENST00000585537.1和 lncRNA eHIT00001595)可能在 hMSCs 成骨分化过程中发挥重要作用。结论 hM-SCs 成骨诱导分化前后,lncRNA 表达谱发生显著变化,提示差异表达的 lncRNA 可能与 hMSCs 成骨分化密切相关,由此可进一步解释 hMSCs 成骨分化机制。  相似文献   

10.
目的:了解肺泡形成基因P311在支气管肺发育不良(BPD)中的作用;方法:64只早产昆明小鼠随机均分为空气组和高氧组,空气组置于室内,高氧组置于密闭的氧浓度>90%的氧舱中复制BPD动物模型;分别于造模后第1、3、7及14天取小鼠肺组织,分别采用苏木精-伊红染色观察小鼠肺组织病理改变鉴定造模是否成功,实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)法检测P311基因mRNA表达水平.结果:早产小鼠肺组织发育不成熟,高氧组随着吸氧时间的延长,小鼠表现反应迟钝、体重增长缓慢、毛发发涩无光泽、鼻尖发绀、呼吸急促,肉眼见肺组织表面有散在甚至弥漫的淤血点、小血管扩张充血,第3天镜下见肺泡腔内有炎性细胞浸润,第7天肺泡腔增大、肺间质增生,第14天肺泡腔内间质增生、少数肺泡融合、肺泡数量减少、肺泡结构简单化,说明BPD模型造模成功;第3天时2组P311基因mRNA表达量最高,随后下降;高氧组P311基因mRNA表达水平均高于同一时点空气组(P<0.05).结论:长时间吸入高浓度氧成功构建支气管肺发育不良的动物模型,P311基因可能是影响肺损伤修复的调控因子.  相似文献   

11.
目的:探索长链非编码RNA(lncRNA)LINC00152在食管鳞癌组织中的表达及临床意义。方法:选取2008年1月至2013年12月在温州医科大学附属第一医院行手术切除并经病理科确认的95例食管鳞癌患者。采用lncRNA microarray基因芯片技术,对食管鳞癌患者转移组和非转移组间癌组织和对应的癌旁正常组织lncRNA的相对表达水平进行检测,寻找差异表达的lncRNA;应用qRT-PCR技术对差异表达的lncRNA在鳞癌组织样本中进行验证;分析目标lncRNA表达水平与临床特征的相关性;绘制ROC曲线评价LINC00152作为食管鳞癌转移预测因子的效能;检索国际基因芯片lncRNA数据库相关数据,分析LINC00152表达水平和生存期的关系。结果:LncRNA microarray基因芯片实验发现食管鳞癌转移组和非转移组间lncRNA相对表达量5倍以上差异表达的共有10条;qRT-PCR验证实验发现3条lncRNA(MIR205HG、LINC00152和FOXD2-AS1)的表达量在组间差异有统计学意义(P<0.05);统计分析发现LINC00152的相对表达量和食管鳞癌的淋巴结转移具有相关性(P<0.01);ROC曲线分析显示LINC00152判断食管鳞癌转移的AUC为0.781(95%CI=0.512~0.824,P=0.032);国际基因芯片食管癌组织数据库检索结果显示,LINC00152的高表达预示较差的生存期。结论:LINC00152可能参与了食管鳞癌的转移发生过程,是食管鳞癌预后判断新的生物标志物。  相似文献   

12.
目的 长链非编码RNA (lncRNA)在肿瘤的发生和发展中起重要作用。本研究使用基因芯片技术筛选甲状腺乳头状癌中差异表达的lncRNA,并对这些lncRNA调控的靶基因进行预测和分析。 方法 本研究使用微阵列来研究3例甲状腺乳头状癌(PTC)和配对的邻近非癌性甲状腺组织中lncRNA的表达。基因功能通过GO (Gene Ontology,GO)和通路分析进行评估,并预测lncRNA潜在的靶基因。 结果 与邻近的非癌性甲状腺组织相比,共有855个差异表达lncRNA,上调195个,下调660个(FC>2,P<0.05);2 370个差异表达mRNA,上调801个,下调1 569个(FC>2,P<0.05)。其中差异较大的lncRNA有23个,mRNA有79个(FC>4)。lncRNA-SLC34A2和它相关的mRNA GRCh38(NM_001177998)差异表达最为显著(FC=23.5)。差异表达的mRNA中显著富集的GO途径显示:一些与肿瘤有关,如“焦粘连”“ECM-受体相互作用”“MAPK信号传导途径”和“PI3K/AKT信号传导途径”。经过通路分析,42条信号通路在差异表达的转录后显著富集,其中“焦粘连”最为显著(P=8.499×10-7)并与47个差异表达基因有关。239个与其相关mRNA的lncRNAs可能与顺式调控有关。lncRNAs和mRNAs的位点之间的相对位置关系在基因的不同位点。 结论 本研究是甲状腺肿瘤相关的LNCRNA谱的补充,发现了一定数量的差异表达的LNCRNA,并预测其功能靶向基因和途径。今后,笔者将选择更多的样本,深化对lncRNA分子机制和生化功能的研究,为甲状腺癌的早期诊断和治疗提供新的准确方法。   相似文献   

13.
目的 研究大黄素作用K562细胞后长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的变化,筛选并验证差异lncRNA。方法 利用lncRNA芯片技术检测大黄素作用K562细胞后长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,通过对原始数据进行处理,筛选出差异表达lncRNA并进行分析,挑选差异较大的4个lncRNA进行荧光定量PCR验证。结果 与DMSO对照组作用K562细胞后lncRNA表达谱相比,大黄素作用K562细胞后变化4倍以上lncRNA共11条。经过荧光定量PCR检测,大黄素作用K562细胞后CDR1AS和PROX1-AS1表达上调与芯片结果一致。结论 大黄素作用K562细胞后CDR1AS和PROX1-AS1等lncRNA表达的上调,为进一步深入研究大黄素抑制K562细胞增殖和促进K562细胞红细分化的分子机制打下基础。  相似文献   

14.
15.
的 研究长链非编码RNA(lncRNA)在宫颈癌中的表达水平,鉴定在宫颈癌组织中异常表达的lncRNA,初步分析其功能,并评估其预后价值。方法 宫颈癌组织和癌旁组织的转录组数据下载自癌症基因组图谱(TCGA),结合Genecode数据库中lncRNA注释信息,获取lncRNA的表达数据。通过limma软件包鉴定在宫颈癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA;同时对存在差异表达的lncRNA进行生存分析和功能预测。结果 在宫颈癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA有554个,其中在宫颈癌组织中表达下调245个,上调309个(校正后P?<0.05,倍数变化绝对值>2)。生存分析鉴定出11个与宫颈癌患者总体生存率相关的差异表达lncRNA(P?<0.01)。京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢途径富集分析显示这些lncRNA参与到环磷酸鸟苷酸-环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶(cGMP-PKG)信号通路、钙信号通路和细胞间隙连接等肿瘤发生、发展相关代谢途径。结论 通过对宫颈癌lncRNA数据的分析,鉴定11个具有预后意义的lncRNA,这些lncRNA有可能为宫颈癌治疗提供新的靶点和预后监测标志物。  相似文献   

16.
目的:分析非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatt y liver disease,NAFLD)中长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱 特征。方法:采用lncRNA-mRNA基因芯片检测单纯性胆囊结石伴或不伴NAFLD患者的肝组织样本,获得lncRNA差异 性表达谱。进一步使用生物信息学技术对差异表达的基因予以分析。结果:与正常样本相比,NAFLD肝样本内共有 1 735个lncRNAs和1 485个mRNAs异常表达,其中535个lncRNAs和760个mRNAs上调,1 200个lncRNAs和725个mRNAs下 调。结论:与正常肝组织相比,NAFLD组织中lncRNA表达谱明显异常,这些lncRNAs可能在NAFLD的发生和发展中 发挥重要作用。  相似文献   

17.
目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在βB2基因敲除小鼠睾丸中的表达及其影响睾丸发育的可能机制.方法 采用lncRNA芯片技术,筛选野生型(WT)和βb2基因敲除(KO)小鼠睾丸组织(均n=3)中lncRNA及信使RNA(mRNA)表达谱的变化;对差异表达lncRNA和mRNA进行GO数据库分析及KEGG数据库分析,建立调控网络图;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的lncRNA和mRNA,探讨调控通路.结果 (1)两组小鼠睾丸组织差异表达的lncRNA共140条,mRNA共477条;(2)通过GO数据库分析,筛选出差异表达lncRNA共12条,其中上调7条,下调5条;(3)经KEGG数据库进行路径分析,发现差异表达mRNA主要经由Ca2+信号、配体-受体相互作用等信号通路起作用;(4)用关联矩阵法建立了lncRNA和mRNA共表达网络图,共有17个节点,12条连接,包含9条lncRNA和8条mRNA;其中Rsl1由3条lncRNA调控,Lpo和Mpo各由2条lncRNA调控,Hdac1、Ephb4等各由1条lncRNA调控.(5) qRT-PCR分析结果表明,在βB2基因敲除小鼠睾丸组织中,lncRNA A-30-P01019163和P2rx7的表达均下调(P<0.05).结论 lncRNA与βB2基因的晶状体外功能密切相关,其中lncRNA A-30-P01019163可能通过调控下游P2rx7 mRNA的表达影响睾丸组织细胞周期及信号转导,进而调控睾丸发育.  相似文献   

18.
目的:研究乳腺癌细胞去甲基化处理株和亲本株的lncRNA的差异表达情况,并从差异表达谱中筛选lncRNA,探讨受DNA启动子甲基化调控的lncRNA是否参与乳腺癌发生与发展。方法:取乳腺癌BT474细胞株去甲基化处理后,采用高通量lncRNA芯片技术分别检测去甲基化组和亲本组中lncRNA的表达谱,并在BT474、MB231和BT549三株乳腺癌细胞株及乳腺癌组织中应用qRT-PCR技术检测lncRNA的表达。同时寻找lncRNA的基因甲基化位点,并以重亚硫酸盐测序法(BSP)确定甲基化情况。结果:去甲基化株和亲本株lncRNA表达谱发生了显著的变化。qRT-PCR检测结果与芯片检测结果基本一致。qRT-PCR检测发现乳腺癌细胞株中lncRNA uc003lxs及uc002btf相比正常乳腺上皮细胞株表达升高(P<0.01),乳腺癌组织中lncRNA uc003lxs及uc002btf相比癌旁组织表达升高(P<0.01)。BSP方法显示相比正常乳腺上皮细胞株,乳腺癌细胞株中lncRNA uc003lxs及uc002btf DNA甲基化水平显著降低(P<0.01);相比癌旁组织,乳腺癌组织中lncRNA uc003lxs及uc002btf DNA甲基化水平显著降低(P<0.01)。结论:乳腺癌细胞株去甲基化处理后lncRN表达谱发生显著变化,并在差异表达谱中筛选出lncRNA uc003lxs及uc002btf,为研究受甲基化调节的lncRNA调控乳腺癌发生发展奠定前期的研究基础。  相似文献   

19.
目的 筛选胎肝特异性癌胚RNA,探讨其对肝癌细胞增殖、侵袭能力的影响.方法 对小鼠肝发育和肝再生的长链非编码RNA(IncRNA)芯片数据进行生物信息学分析,筛选得到在胎肝和再生肝脏中均高表达的候选IncRNA,利用实时定量PCR在小鼠肝癌组织中对候选IncRNA进行表达水平检测,综合芯片分析及实时定量PCR结果,选择表达差异最明显的IncRNA行进一步研究.首先在胎肝和肝再生模型中验证该IncRNA的表达,然后利用siRNA技术干扰该IncRNA,再通过EdU标记技术和Transwell实验分别检测细胞的增殖能力和侵袭能力.结果 生物信息学分析筛选得到在胎肝和再生肝脏中均高表达的7条IncRNA,其中3条在小鼠肝癌组织中较正常肝组织高表达,3条表达无差异,1条无表达;高表达的3条IncRNA中,IncRNA-AK003710在小鼠肝发育和肝再生芯片中的差异表达倍数最高,可作为进一步研究对象.进一步验证显示IncRNA-AK003710在胎肝及多种肝损伤修复模型中表达上调;功能实验表明对IncRNA-AK003710靶向干扰后能降低小鼠肝癌细胞Hepa1-6的增殖和侵袭能力.结论 IncRNA-A003710在胎肝、再生肝组织及肝癌组织中均高表达,是胎肝特异性癌胚RNA,可调控肝癌细胞的增殖及侵袭过程,有望成为肝癌治疗的潜在靶点.  相似文献   

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