润滑障碍中的lncRNA⁃mRNA共表达网络的构建及功能预测

目的：通过构建阴道润滑障碍（lubrication disorder,LD）女性阴道上皮组织差异表达lncRNA?mRNA共表达网络,探索LD患者的潜在发病机制。方法：利用以|Log2FC|≥2且校正后P值＜0.05,鉴别LD和正常对照组之间的长链非编码RNA（long non?coding RNA,LncRNA）以及mRNA的表达谱,利用Cytoscape软件构建差异表达lncRNA及差异表达mRNA网络,采用Gene Ontology（GO）和KEGG Pathway分析共表达网络中mRNA的生物学功能。结果：通过下一代测序技术,根据|Log2FC|≥2且校正后P值＜0.05标准筛选出LD组和正常对照组中共计499条上调表达的lncRNA、337条下调表达的lncRNA,以及1 582条上调表达mRNA、633条下调表达的mRNA。随后,通过其中100个lncRNA与311个mRNA构建了基于差异表达的lncRNA和mRNA的共表达网络。最后,共表达网络的功能富集分析表明mRNA主要与心肌相关的疾病和功能有关。结论：LD的发病机制可能与血液循环功能障碍、局部肌肉功能障碍以及cGMP通路等有关,需要相关研究来进一步证实。     

BCG感染牛肺泡巨噬细胞的转录组测序和分析

目的：通过卡介苗（BCG）感染牛肺泡巨噬细胞（BAM）的转录组测序及生物信息学分析,揭示差异表达的基因和长链非编码RNA （lncRNA）,为巨噬细胞抗结核分枝杆菌感染的免疫调控机制研究提供理论依据。方法：采用肺脏灌洗离心法收集并培养BAM,分为感染组和未感染组,感染组经BCG感染后12h,利用转录组测序技术（RNA-Seq）检测感染组和未感染组BAM mRNA表达谱及lncRNA表达谱,并进行生物信息学相关分析。结果：与未感染组比较,感染组BAM差异表达的lncRNAs共有119个（P<0.05）,差异表达的mRNA共有1 111个（P<0.05）。在差异表达基因的功能富集分析中,最显著富集项与免疫功能相关（GO：0006955,P<0.05）,共有125个基因,其中有63个基因表达上调,62个基因表达下调,且白细胞介素6（IL-6）、白细胞介素17（IL-17）和白细胞介素23A （IL-23A）等促炎因子表达上调。lncRNA靶基因预测,差异表达的lncRNA参与转化生长因子β（TGF-β）信号通路及ABC转运体信号通路的调控（P<0.05）。结论：BCG感染BAM后,激发宿主细胞产生强烈的免疫反应,引起lncRNA和mRNA表达谱的改变。     

达格列净保护PDK1基因敲除心衰小鼠表达谱系研究

探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白 2（SGLT2）抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1（PDK1）基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法 将PDK1敲除HF小鼠分为对照组（KO组,n=10）和达格列净治疗组（KO+DAPA组,n=15）；使用Arraystar小鼠lncRNA微阵列通过测序和筛选分析lncRNA表达谱；实时定量PCR验证差异表达的LncRNA；构建lncRNA-mRNA共表达网络。结果 KO+DAPA组显著延长HF小鼠生存期；两组表达水平变化＞1.5倍lncRNAs有2653个；生信分析表明lncRNAs参与能量代谢过程；差异表达大于3倍以上且人鼠同源的7个LncRNAs构建lncRNA-mRNA共表达网络提示uc.347和uc.321分别关联141个mRNA和108个mRNA；uc.347 在心肌细胞中的过表达促进了ATP能量的产生。结论 本研究揭示了达格列净影响PDK1基因敲除心衰小鼠lncRNA表达谱，差异表达的LncRNA可能参与能量代谢过程，从而改善心衰预后     

肺炎支原体肺炎患儿血液中差异表达miRNAs的筛选及鉴定

目的：筛选鉴定与肺炎支原体肺炎相关的特异性miRNAs。方法：收集肺炎支原体肺炎患儿的血液,通过miRNA芯片技术分析肺炎支原体肺炎患儿和正常人血液淋巴细胞中miRNAs的表达谱变化,通过RT-PCR方法验证芯片检测结果的准确性,确认与肺炎支原体肺炎相关的特异性miRNAs。利用靶基因软件预测各自可能的靶基因,利用RT-PCT验证mRNA表达差异。结果：肺炎支原体肺炎患儿血液淋巴细胞中筛选出表达上调的miRNA 105个,表达下调的133个。其中上调（大于5倍）的30个,上调（大于10倍）的10个,下调（小于0.5倍）的133个(P＜0.05)。选取表达差异显著的miR-20a-3p、miR-100-5p、miR-93-5p以及let-7b-5进行后续RT-PCR的验证,结果与芯片一致;Bcl-2、IGF-1R、PTEN、TGFβR1 mRNA表达有不同程度的降低。结论：miRNAs在肺炎支原体肺炎患儿血液淋巴细胞中存在差异表达,而这些差异表达的miRNAs及其潜在靶基因可能参与肺炎支原体导致的感染与免疫反应。     

βB2基因敲除小鼠睾丸组织长链非编码RNA的差异性表达分析

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在βB2基因敲除小鼠睾丸中的表达及其影响睾丸发育的可能机制.方法 采用lncRNA芯片技术,筛选野生型(WT)和βb2基因敲除(KO)小鼠睾丸组织(均n=3)中lncRNA及信使RNA(mRNA)表达谱的变化;对差异表达lncRNA和mRNA进行GO数据库分析及KEGG数据库分析,建立调控网络图;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的lncRNA和mRNA,探讨调控通路.结果 (1)两组小鼠睾丸组织差异表达的lncRNA共140条,mRNA共477条;(2)通过GO数据库分析,筛选出差异表达lncRNA共12条,其中上调7条,下调5条;(3)经KEGG数据库进行路径分析,发现差异表达mRNA主要经由Ca2+信号、配体-受体相互作用等信号通路起作用;(4)用关联矩阵法建立了lncRNA和mRNA共表达网络图,共有17个节点,12条连接,包含9条lncRNA和8条mRNA;其中Rsl1由3条lncRNA调控,Lpo和Mpo各由2条lncRNA调控,Hdac1、Ephb4等各由1条lncRNA调控.(5) qRT-PCR分析结果表明,在βB2基因敲除小鼠睾丸组织中,lncRNA A-30-P01019163和P2rx7的表达均下调(P＜0.05).结论 lncRNA与βB2基因的晶状体外功能密切相关,其中lncRNA A-30-P01019163可能通过调控下游P2rx7 mRNA的表达影响睾丸组织细胞周期及信号转导,进而调控睾丸发育.     

基于二代测序技术ghrelin作用后人卵巢癌细胞差异表达lncRNA的生物信息学分析

目的 分析二代测序技术ghrelin作用后的人卵巢癌细胞株SK-OV-3中长链非编码RNA（lncRNA）的差异表达。方法 从对照组（不添加ghrelin）和实验组（添加600 ng/mL ghrelin 24 h）的人卵巢癌细胞株SK-OV-3中分别提取RNA进行测序，筛选出实验组发生差异表达的lncRNA，对其进行靶基因预测并将预测结果与差异mRNA取交集，对取交集后的基因进行GO分析和KEGG通路分析。结果 筛选获得差异表达的lncRNA有236个（上调130个，下调106个）；差异表达mRNA有71个（上调66个，下调5个）。差异表达lncRNA靶基因与差异表达mRNA取交集筛选获得57个基因。GO和KEGG通路富集分析结果显示：这些差异表达lncRNA主要与精、赖氨酸跨膜转运，氧化应激反应及发育过程相关，并且主要富集在细胞因子受体信号通路、胰高血糖素和胰岛素信号通路及癌症相关信号通路上。结论 ghrelin作用后的人卵巢癌细胞中lncRNA的表达有差异，其可能参与卵巢癌的发生、发展，提示ghrelin可能在卵巢癌治疗中具有重要作用。     

原发性大隐静脉曲张中lncRNAs的差异表达

目的 比较大隐静脉（great saphenous vein, GSV）曲张血管与正常血管差异表达的lncRNA对大隐静脉曲张的影响,并预测其可能潜在的功能。方法应用表达谱芯片检测6对配对的曲张静脉（varicose vein, VV）和相邻正常节段大隐静脉（normal vein, NV）组织lncRNA表达差异,以qRT-PCR对32例患者样本进行验证;同时以基因芯片lncRNAs和mRNA差异的分层聚类分析、基因本体及通路分析注释差异表达的mRNA通路。结果在6对VV和NV中,存在557个lncRNAs和980个mRNA表达差异;其中6个通路与代谢相关,均得到了qRT-PCR验证。编码-非编码基因共表达网络提示,这6个lncRNA中有4个可能与11个mRNAs相关,且可能与8个代谢通路有关。结论曲张大隐静脉中存在lncRNA异常表达,为lncRNAs生理功能和静脉曲张病理发生提供了新视角。     

HBV+肝细胞癌患者lncRNA-mRNA共表达网络分析及作用

目的 分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用.方法 下载GEO(GSE54238) lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关系数＞0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和p-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1 I3与患者生存曲线具有极显著相关性(P＜0.01).结论 LINC01018、EHHADH-AS1、F11-AS1等lncRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,在HBV+肝细胞癌发生、发展中具有关键作用,有望成为HBV+肝细胞癌新的诊断和预后指标.     

先天性小耳畸形microRNA及mRNA表达谱的变化及关键靶基因的筛选

目的 筛查先天性小耳畸形患者整个基因组存在表达水平异常的microRNAs （miRNAs）和mRNAs,从中找出关键靶基因,进而探讨关键靶基因表达水平的异常及其调控网络与先天性小耳畸形发病之间的关系。方法 收集先天性小耳畸形患者的残耳软骨组织为研究对象,以同一患者的健侧正常耳软骨组织作为自身对照。选用Exiqon miRCURY LNA^TM microRNA Array芯片及Arraystar Human mRNA/LncRNA Microarray芯片,对实验组3例及对照组3例样本的基因组miRNAs和mRNAs表达水平进行扫描,利用差异表达的倍数变化筛选存在表达水平差异的差异miRNAs和mRNAs。通过miRanda、miRDB、miRWalk、RNA22、Targetscan这5个数据库进行检索,预测差异miRNAs调节的靶基因。将预测靶基因与差异mRNAs对应的基因进行交叉对比,寻找同时存在miRNA和mRNA表达水平差异的关键靶基因及其对应的关键miRNAs。结果 本研究筛选出24个具有表达水平差异的miRNAs,同时筛选出515个表达水平差异的mRNAs;将预测到的miRNAs调节的靶基因与mRNA表达谱中的差异基因进行交叉对比,得到对应的miRNA和mRNA表达水平均存在显著性差异的关键靶基因6个（CAST、MLL、MMP13、OTUD4、PDE5A、TGOLN2）。结论 初步建立了先天性小耳畸形的miRNA表达谱和mRNA表达谱,找到了先天性小耳畸形表达异常的关键靶基因;初步建立了1个与miRNA以及mRNA表达水平相关的调控网络,有利于进一步探讨关键靶基因及其调控网络与先天性小耳畸形发病的关系。     

通络地龟汤对1型糖尿病小鼠肾脏lncRNA、mRNA表达谱的影响

目的:通过对糖尿病肾病小鼠肾组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱的检测,探讨通络地龟汤(TLDGD)治疗糖尿病肾病的作用机制。方法:C57BL/6N小鼠随机分为正常组、DKD模型组、DKD+TLDGD组,TLDGD灌胃8周后检测血肌酐(serum creatinine,Scr)、尿素氮(blood urea nitrogen,BUN)、24 h尿蛋白(24 h protein,24 hPro)、空腹血糖(fasting blood glucose,FBG);HE染色、Masson染色、PAS染色观察各组小鼠肾脏病理改变;应用基因芯片技术,检测与TLDGD治疗糖尿病肾病作用密切相关的差异lncRNA和mRNA,进行聚类分析。运用生物信息学方法预测差异lncRNA调控的靶基因,并对其进行功能和通路分析。结果:与正常组相比,DKD模型组Scr、BUN、24 hPro、FBG均升高,差异均有统计学意义(P<0.01),与DKD模型组相比,DKD+TLDGD组上述指标均降低,差异均有统计学意义(P<0.05),DKD+TLDGD组肾脏病理损伤明显改善;TLDGD调控了84个lncRNA差异表达,其中上调42个,下调42个,差异均有统计学意义(P<0.05)。差异表达的mRNA共189个,其中上调132个、下调57个,差异均有统计学意义(P<0.05);使用GO分析方法,发现下调或上调的靶基因主要参与了炎症中的细胞迁移、炎症反应、细胞黏附、免疫学过程等生物学过程。靶基因分子功能分析显示,下调或上调的靶基因主要具有肽链内切酶抑制剂活性、肝素结合、信号受体结合等功能;信号通路预测显示TLDGD可调控PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架、黏着斑等。结论:TLDGD可能通过调控多种lncRNA和mRNA的表达及下游相关信号通路来发挥治疗糖尿病肾病的作用。     

侵袭性垂体腺瘤中lncRNA-mRNA的共表达网络

  目的   利用二代测序技术筛选侵袭性垂体腺瘤组织中差异表达的lncRNA，分析其在侵袭性垂体腺瘤发病机制中可能发挥的潜在作用。   方法   通过RNA测序分析4例侵袭性垂体腺瘤患者和3例非侵袭性垂体腺瘤患者的lncRNA和mRNA的表达情况，筛选出差异表达的lncRNA和mRNA。据此，构建lncRNA-mRNA共表达网络，并进行GO和KEGG通路分析。   结果   对侵袭性和非侵袭性垂体瘤的lncRNA和mRNA差异表达分析，共获得35个差异表达的lncRNA和463个差异表达的mRNA。共表达网络显示FAM66A、TPTEP1、AC017116.11、RP11-1114A5.4和RP11-246K15.1在网络中处于关键位置。   结论   lncRNA-mRNA共表达网络的建立，发现一些差异表达的lncRNA可能在侵袭性垂体腺瘤的发病机制中发挥关键作用，可能成为侵袭性垂体腺瘤新的诊断标志物和治疗靶点。      

长链非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的表达谱分析

目的 长链非编码RNA (lncRNA)在肿瘤的发生和发展中起重要作用。本研究使用基因芯片技术筛选甲状腺乳头状癌中差异表达的lncRNA,并对这些lncRNA调控的靶基因进行预测和分析。 方法 本研究使用微阵列来研究3例甲状腺乳头状癌(PTC)和配对的邻近非癌性甲状腺组织中lncRNA的表达。基因功能通过GO (Gene Ontology,GO)和通路分析进行评估，并预测lncRNA潜在的靶基因。 结果 与邻近的非癌性甲状腺组织相比，共有855个差异表达lncRNA，上调195个，下调660个(FC>2，P<0.05)；2 370个差异表达mRNA，上调801个，下调1 569个(FC>2，P<0.05)。其中差异较大的lncRNA有23个，mRNA有79个(FC>4)。lncRNA-SLC34A2和它相关的mRNA GRCh38(NM_001177998)差异表达最为显著(FC=23.5)。差异表达的mRNA中显著富集的GO途径显示:一些与肿瘤有关，如“焦粘连”“ECM-受体相互作用”“MAPK信号传导途径”和“PI3K/AKT信号传导途径”。经过通路分析，42条信号通路在差异表达的转录后显著富集，其中“焦粘连”最为显著(P=8.499×10-7)并与47个差异表达基因有关。239个与其相关mRNA的lncRNAs可能与顺式调控有关。lncRNAs和mRNAs的位点之间的相对位置关系在基因的不同位点。 结论 本研究是甲状腺肿瘤相关的LNCRNA谱的补充，发现了一定数量的差异表达的LNCRNA，并预测其功能靶向基因和途径。今后，笔者将选择更多的样本，深化对lncRNA分子机制和生化功能的研究，为甲状腺癌的早期诊断和治疗提供新的准确方法。      

LncRNA44372在卵巢癌中的差异表达及生物信息学分析

目的: 探讨lncRNA44372在卵巢癌中的表达及其在卵巢癌发生发展过程中的作用机制。方法: 从NCBI GEO数据库中下载卵巢癌样本及其对照样本的基因芯片数据GSE119054,选用在线工具CRN分析在卵巢癌中差异表达的lncRNA;利用在线工具Annolnc筛选与lncRNA44372有关的共表达基因,然后使用David进行基因本体论（Gene Ontology,GO） 分析、信号通路富集分析;通过starbase构建lncRNA44372可能存在的竞争性内源RNA网络;用qRT PCR检测lncRNA44372在卵巢癌细胞系中的表达。结果： GSE119054数据集中筛选出在卵巢癌中表达上调的lncRNA有6个,表达下调的lncRNA有 4个;GO分析显示,与lncRNA44372相关的共表达基因在细胞凋亡、细胞周期调控和蛋白苏氨酸/酪氨酸磷酸酶活性中具有调控作用。信号通路分析显示,与lncRNA44372相关的共表达基因主要参与细胞凋亡、肿瘤形成及发展相关的信号通路。lncRNA44372可与miR 190和miR 193结合并调控Unc 51自噬激活激酶 2（ULK2）和依赖LON的过氧化物酶体 2（LONP2）在卵巢癌中的表达。qRT PCR结果显示,lncRNA44372在卵巢癌细胞系中表达量较卵巢正常细胞系低（P<0.05）。结论： lncRNA44372在卵巢癌中呈低表达,其可能通过影响细胞凋亡、细胞周期等参与卵巢癌的发生发展。     

患者血清microRNA表达谱及相关生物信息学分析

探讨慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者血清中microRNA(miRNA)的差异性表达谱,并通过生物信息学探索其意义。方法 下载GEO数据库开源数据集（GSE70080）,分析慢阻肺患者与正常人血清的miRNA差异性表达谱,分析其对慢阻肺的诊断价值,运用miRTarbase、Target Scan、PicTar 、miRDB等软件预测和筛选miRNAs的靶基因,并将得出的上述靶基因功能富集、信号通路及蛋白质互作网络分析。 结果 该数据集中慢阻肺与健康对照组血清差异表达的miRNA共62个(P＜0.05) ,其中较对照组上调8个,下调54个,上调miRNA和下调miRNA诊断慢阻肺的受试者曲线下面积分别为0.938和0.969。靶基因预测显示差异性表达miRNA共有15099个靶基因,GO功能分析显示上述靶基因主要涉及Wnt、MAPK、NF-κB等重要生物学过程,KEGG分析主要富集于Wnt、NF κB、MAPK等信号通路。miRNA和mRNA的网络图显示SLC4A8与多个miRNA相关。蛋白质互作网络显示靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,ACVR1B、ACVRL1、KRT2、KRT74、KRT82在互作网络中具有核心地位。结论 慢阻肺患者的血清miRNA存在差异性表达,miRNA可能通过调控靶基因参与调控相关的生物功能和通路参与慢阻肺发病机制调控     

甲状腺微小乳头状癌患者血浆microRNA差异表达谱的研究

目的比较甲状腺微小乳头状癌患者与甲状腺良性结节患者血浆小分子RNA（miRNA）表达谱的差异,初步分析差异miRNA靶基因的功能。方法收集并分离5例甲状腺微小乳头状癌和5例甲状腺良性结节患者的血浆,采用miRNA-seq方法筛选出两组差异表达miRNA,进一步采用mirdbV5和TaregetScan7.1对差异表达miRNA进行靶基因预测,并运用GeneOntology（GO）分析和KEGG信号通路数据库初步分析靶基因功能。结果与甲状腺良性结节相比,甲状腺微小乳头状癌共有11个miRAN表达有显著差异,其中上调3个,下调8个;3个上调的miRNA通过两个软件共同预测到靶基因76个,8个下调miRNA共同预测到靶基因298个。上调miRNA靶基因GO分析提示与蛋白质修饰和细胞分解代谢有关。下调的miRNA靶基因GO分析结果提示与代谢以及生物合成有关。KEGG分析提示差异miRNA与RNA降解以及HIF-1信号通路相关。结论甲状腺微小乳头状癌与甲状腺良性结节miRNA表达谱存在明显差异,这些差异表达的miRNA可能与蛋白质修饰、细胞代谢以及生物合成、HIF-1信号通路有关。     

应用微阵列芯片分析人不同分化鼻咽癌细胞株miRNA的表达

目的 探讨分化角化型鼻咽癌(NPC)细胞系CNE1和未分化非角化型NPC细胞系C666-1中微小RNA(miRNA)的差异性表达,预测异常表达miRNA的靶基因.方法 常规培养NPC细胞株CNE1和C666-1,分别提取总RNA并进行质检;miRNA芯片技术检测miRNAs的表达并对其表达谱进行差异性分析;采用荧光定量RT-PCR进行验证;运用MIRanda、TargetScan、PicTar、Diana-microT软件预测可能调控的靶基因.结果 通过对NPC中has-miRNA表达谱的差异分析,在CNE1,677个miRNA中上调27个、下调25个.miRNA-323-3p和miRNA-574-5p分别是2个最显著差异表达的miRNA.实时定量PCR证实miRNA-323-3p在CNE1中高表达,而miRNA-574-5p低表达.对上述2个miRNA进行靶基因预测,分别筛选出28和18个靶基因.结论 获得了分化角化型和未分化非角化型NPC细胞miRNA的差异表达谱,部分miRNA可能通过调控其靶基因而参与NPC的发病机制.     

基因芯片技术对先天性巨结肠症相关基因的筛选

目的应用基因芯片技术筛选先天性巨结肠症(hirschsprung disease,HD)病变组织与自身正常组织之间的差异表达基因。方法采用全人类基因组表达谱芯片检测4对HD及其正常切缘组织的基因表达谱,并用RTPCR技术对个别差异表达基因进行验证。结果筛选出有表达意义的基因12 125个。筛选4对标本的差异表达基因共622个,其中下调基因584个(93.89%),上调基因38个(6.11%)。6个基因芯片与RT-PCR检测结果一致:其中碳酸酐酶平均上调76.05倍(芯片结果9.7倍),T细胞分化蛋白平均上调7.2倍(芯片结果5.3倍),细胞凋亡通路相关基因caspase-7平均上调3.04倍(芯片结果2.5倍),心脏和神经脊衍生蛋白2平均下调0.32倍(芯片结果0.23倍),神经降压素受体1平均下调0.32倍(芯片结果0.19倍),微管蛋白β-2B平均下调0.30倍(芯片结果0.19倍)。结论 HD组织与正常结肠组织间在基因的表达层面存在明显差异,筛选得到的基因可能参与了HD病变发生发展的生物学过程。     

从基因敲除小鼠心肌组织中筛选热休克反应中受HSF1调控的靶基因

目的：用cDNA芯片从热休克转录因子1（HSF1）基因敲除小鼠心肌组织中筛选热休克反应受HSF1调控的靶基因。方法：用cDNA芯片检测热休克反应（42℃ 15 min，恢复3 h）中HSF1 / 小鼠心肌组织基因表达谱的改变(以HSF1+/+小鼠为对照)；用RT PCR对cDNA芯片筛选结果进行验证；对差异表达的已命名基因进行启动子区转录因子结合位点的分析。结果：共筛选到差异表达基因1 142个；其中在HSF1 / 小鼠心肌中表达下调的基因为398个，已命名基因为173个；在HSF1 / 小鼠心肌中表达上调的基因为641个，已命名基因为235个。在HSF1 / 小鼠心肌中表达下调2.5倍的已命名基因中，有5个基因启动子区含有热休克元件（HSE）；在HSF1 / 小鼠心肌中表达上调2.5倍的已命名基因中，有6个基因启动子区含有HSE。结论：在热休克反应中，HSF1可对多个基因的表达进行直接或间接的调控。     

miR-9在宫颈癌组织中的表达及其靶基因的预测和生物信息学分析

目的：探讨宫颈癌组织中miR-9表达,并对靶基因进行预测及生物信息学分析,为深入研究miR-9的调控机制及生物学功能提供理论依据。方法应用miRNAs芯片检测宫颈癌组织及正常宫颈组织中miRNAs表达,利用生物学软件对其中上调较明显的miR-9进行靶基因预测,同时利用基因芯片技术筛选转染miR-9后宫颈癌Hela细胞中差异表达的基因,将两者预测靶基因的交集作为miR-9的靶基因进行GO富集分析和生物通路富集分析。结果与正常宫颈组织比较,宫颈癌组织中有15个miRNAs表达为上调,10个miRNAs表达为下调,其中上调较明显的是miR-21和miR-9,下调较明显的是miR-376a和miR-218。芯片所示的miR-9调控的下调基因与软件预测的靶基因交集中共有148个基因,miR-9的预测靶基因富集在细胞内的生物学调控、合成和代谢等生物学过程以及转录调控和蛋白结合等分子功能上,其信号通路富集于调节肌动蛋白细胞骨架、脂质代谢和细胞黏附通路。结论 miR-9在宫颈癌组织中高表达,miR-9预测的靶基因富集于多个生物学功能和生物学过程及与肿瘤相关的信号通路。     

宫内发育迟缓小鼠妊娠期胰岛lncRNA和mRNA的表达谱分析

目的：对正常孕鼠和宫内发育迟缓(intrauterine growth retardation,IUGR)小鼠孕期胰岛RNA进行高通量测序分析, 筛选出差异表达的长链非编码RNA(long non?coding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA),为深入探讨IUGR孕鼠胰岛功能障碍的发病机制提供理论基础。方法：提取IUGR成年后孕鼠和正常孕鼠胰岛RNA并进行高通量测序,筛选出差异表达的lncRNA和mRNA,进行lncRNA和mRNA关联分析,对lncRNA相关的靶mRNA进行GO功能注释分析、KEGG通路富集分析,重点关注高差异表达且可能影响孕期胰岛功能的lncRNA。结果：IUGR孕鼠和正常孕鼠差异表达的lncRNA 1 007个, 其中483个上调,524个下调;差异表达的mRNA 50个,其中22个上调,28个下调。对差异lncRNA的靶mRNA和差异mRNA进行功能分析,GO分析示它们参与的生物学途径集中于细胞及组织过程、生物调节、代谢及应激过程;分子功能集中在整合、催化活性、转运活性、分子功能调节等方面;KEGG分析示它们主要集中在代谢、癌症、次生代谢产物的生物合成、PI3K?AKT及 MAPK 通路。对差异表达的lncRNA FTX 和Neat1进一步分析表明,IUGR 孕鼠和正常孕鼠的FTX 表达量分别较未孕时下降 (P ＜ 0.001),而 Neat1上升(P ＜ 0.01);FTX、Neat1表达量在IUGR孕鼠和正常孕鼠间有显著差异(P ＜ 0.05),且表达量受糖浓度调节。lncRNA FTX与其靶mRNA均为反式(trans)作用,lncRNA Neat1与Frmd8为顺式(cis)作用,余为trans作用。结论：本研究筛选出IUGR孕鼠和正常孕鼠胰岛中差异表达的lncRNA和mRNA,lncRNA通过不同互作关系调控靶mRNA,调节糖代谢过程。