基于地理信息系统的中国人群HLA-A、B位点的空间遗传结构

目的分析中国人群HLA-A、B位点HLA的空间遗传结构, 为研究人口迁移、民族融合等群体遗传学和人类学问题、揭示HLA与疾病关联性以及合理设计多表位疫苗提供依据。方法应用主成分分析方法及地理信息系统中的空间插值技术，从基因频率矩阵中提取综合指标，用以反映中国人群HLA-A、B位点的空间遗传结构。结果中国人群HLA-A位点的第一主成分自北向南形成了明显的遗传地理梯度变异。在黄河流域以南，第一主成分梯度呈南北走向；在西北地区，呈西北东南走向；在华北及东北地区，呈东北西南走向。HLA-B位点第一主成分自北向南形成了明显的遗传地理梯度变异；HLA-B位点的空间遗传结构的异质性程度高，而 HLA-A位点空间遗传结构的异质性程度相对较低。结论中国群体HLA-A、B位点的空间遗传结构呈现明显的南北地理遗传梯度变异性；南方人群HLA-A、B位点空间遗传结构异质性程度高，群体之间差异较大；中国人群HLA B位点空间异质性程度高于HLA-A位点空间异质性程度     

中国北方汉族人群HLA基因多态性研究

目的：分析中国北方汉族人群HLA-A，-B，-DRB1位点基因多态性，获得完整、准确的北方汉族HLA分子遗传学数据。方法：应用PCR-SSP及SSOP技术对8924名北方汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA-A，-B，-DRB1位点基因分型。结果：共检出低分辨HLA-A基因18种，HLA-B基因44种，HLA-DRB1基因13种，其中包括某些以前国内未检出的低频率基因。北方汉族人群最常见的HLA基因为A^*02、B^*13和DRB1^*15，其相应基因频率分别为0.2886、0.1430和0.1759；北方汉族人群最常见的A-B单倍型为A^*30-B^*13，频率为0.0895，最常见的A-B-DRB1单倍型是A^*30-B^*13-DRB1^*07，频率为0.0742。结论：北方汉族人群HLA-A，-B，-DRB1基因具有显著多态性，大样本和DNA分型有助于HLA低频率基因的检出。     

中国22个人群3个Y-STR基因座的群体遗传学研究

目的：用Y-STR基因座的基因频率探讨中国22个人群的群体遗传关系。方法：收集中国22个人群DYS390、DYS391和DYS393基因座的基因频率资料，采用Phylip3．66统计软件包计算出Nei’s遗传距离，再用MEGA3．1输出系统发生树。结果：天津、安徽、浙江、福建、北京、云南、潮汕、湖南、成都汉族聚为Ⅰ簇；辽宁满族、新疆维吾尔族、陕西汉族、云南藏族、云南蒙古族、新疆柯尔克孜族和甘肃回族为Ⅱ簇；海南黎族和广西壮族、贵州水族和广州汉族为Ⅲ簇；云南普米族和纳西族为Ⅳ簇。结论：汉族人群间群体遗传关系较近，而少数民族群体间遗传关系较远。同时提示Y-STR基因座的基因频率分布与民族起源和地域有相关性。     

中国人群FGA、D5S818基因座的空间群体遗传结构分析

目的:分析中国87个人群常染色体FGA、D5S818基因座的空间群体遗传结构,为研究中华民族的起源、人口迁移、考古以及民族融合等群体遗传学和人类学问题提供分子生物学依据。方法:应用主成分分析的方法及GIS中的空间差值分析技术,从基因频率矩阵中提取综合指标,并采取可视化技术来反映中国人群2个短串联重复序列(STR)位点的空间群体遗传结构。结果:中国人群FGA、D5S818基因座的主成分空间分析结果划分出4大区域,显示出从东北向西南递增的趋势,同时在西北部也有增高趋势。结论:中国人群2个STR位点的空间群体遗传结构呈现明显的地理遗传梯度变异性,不同群体之间存在明显差异。     

遵义地区汉族HLA-A、B等位基因多态性的研究

目的从基因水平调查遵义地区汉族人群HLA-A、B等位基因频率，并了解其多态性分布状况。方法应用聚合酶链反应-序列特异性引物（PCR-SSP）方法对遵义汉族200名健康个体进行等位基因分型。结果遵义地区汉族HLA-A、B等位基因频率分布，在低分辨水平，共检出12个A＊基因，25个B＊基因，与我国北方、南方汉族比较，更接近南方汉族人群。南方汉族中分布频率极低的B＊07，在遵义汉族分布频率较高（GF值为2．0％）。结论遵义汉族人群HLA-A、B基因具有较为丰富的多态性，其分布符合南方汉族的特点，又具有高频B＊07地区性遗传特征。     

陕西汉族35个插入/缺失位点的多态性与遗传结构分析

目的 分型并评估35个插入/缺失多态性(DIP)位点在陕西汉族中的多态性及法医学应用效能,并探索陕西汉族的群体遗传结构。方法 收集来自陕西地区汉族305名无关健康个体血样,基于课题组前期甄选并构建的包含35个DIP位点的复合扩增体系进行检测和分型,并计算35个DIP位点的等位基因频率和法医学参数。通过分子方差分析、系统发育树的构建、多维尺度分析、主成分分析和遗传结构分析,进一步探索陕西汉族与29个参考群体之间的群体遗传关系。结果 35个DIP位点在陕西汉族中累积的个体识别率和非父排除率值分别为0.999 999 999 999 991 119和0.9991。群体遗传学分析结果显示陕西汉族与我国不同地区的汉族群体遗传关系更近。结论 35个DIP位点在陕西汉族的多态性较高,可应用于法医学个体识别,也为陕西汉族的群体遗传学研究提供了基础数据。     

云南地区汉族群体21个常染色体短串联重复序列基因座遗传多样性及群体遗传学关系

目的 调查21个常染色体短串联重复(short tandem repeats,STR)序列基因座在云南汉族人群中的遗传多态性，为法医学个体识别及亲子鉴定提供基础数据。同时基于不同试剂盒19个重叠位点的遗传信息，探索22个中国群体遗传结构及群体间的遗传关系。方法 采用AGCU EX22荧光检测试剂盒对1 418份云南汉族个体的21个STR基因座及Amelogenin基因进行扩增，利用3130xl基因分析仪对扩增产物进行分型，利用GeneMapper?ID软件进行分析，统计21个STR基因座的等位基因频率和群体遗传学参数。利用Phlip3.695软件计算遗传距离，并利用SPSS 21.0、MVSP和Mega 7.0软件分别作多维尺度分析、主成分分析和系统发生分析。结果 基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡，且各基因座之间均不存在连锁现象，21个STR基因座三联体累积非父排除概率为0.999 999 993，累积个体识别能力为0.999 999 999 999 999 999 999 999 93。群体遗传关系比较发现云南汉族群体和周边汉族群体有较近的遗传关系(Nei遗传距离≤0...     

广东汉族人群HLA-Cw多态性及单体型分析

目的检测广东汉族人群HLA．Cw及HLA-A、B、DRB1基因频率，分析该人群HLA-Cw等位基因多态性及其单体型特点。方法骨髓移植供者185例，抗凝血提取DNA，半量全自动PCR-RSSO分型检测HLA-A、B、Cw、DRB1基因型。结果在分辨水平检出Cw等位基因11个，其中分布频率较高的依次为：Cw*03(0．2580)、Cw*07(0．1887)、Cw*01(0．1732)、Cw*08(0．1070)。统计分析呈现显著连锁不平衡的HLA-Cw．A单体型7个，HLA-Cw-B单体型20个，HLA—Cw．DRB1单体型10个。结论广东汉族群体HLA-Cw基因具有较为丰富的多态性，其与HLA-A、B、DRB1间连锁不平衡单体型具有地区性遗传特征。     

四川彝族的起源初探--来自人类白细胞抗原-B基因的线索

目的：根据人类白细胞抗原（HLA）-B基因频率，探讨四川彝族的民族起源。方法：收集四川彝族群体的HLA-B基因频率和已报道国内其他主要民族人群的札A-B基因数据，运用唧口对HLA-B数据进行聚类分析。主成分分析由SPSS11．0完成。结果：从聚类树型结构图可知。我国主要民族明显分为南北两大群，四川彝族虽处于北方人群一组。但在遗传距离上介于南北方人群之间。主成分分析发现。彝族处于汉藏语系群体之中。与藏族群体关系最近。结论：从HLA-B基因的角度分析。四川彝族的HLA-B遗传特征表现为源于北方，与藏族关系密切。     

新疆维吾尔族群体及家系STR遗传结构的研究

目的 了解新疆维吾尔族群体4个STR位点的基因及基因型分布，获得4个基因座的群体遗传学数据。方法 采用PCR扩增技术和基因扫描技术进行样本STR遗传结构分析。并与其他种族、人群的等位基因频率进行比较。结果 4个STR位点在新疆维吾尔族人群中均具有遗传多态性。4个STR位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律（P＞0．05）。不同人群基因频率分布存在一定的差异。家系分析显示：4个STR位点等位基因均按孟德尔遗传定律呈共显性传递。结论 所得到的等位基因频率等数据可为遗传学研究、法医个体识别及亲子鉴定提供依据。     

国内34个人群19个常染色体STR基因座的遗传关系

目的 研究国内不同地区不同民族34个群体19个常染色体STR基因座的遗传关系,进而应用于群体遗传学、民族和种族研究。方法 收集国内不同地区的34个群体19个常染色体STR基因座(D19S433、D5S818、D21S11、D18S51、D6S1043、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、Penta E、TH01、D12S391、D2S1338、FGA)的基因频率信息,通过统计群体间的遗传距离,进而构建系统发育树,并进行多维尺度分析。结果 经统计遗传距离,发现呼和浩特汉族与湖南沅陵土家族遗传距离最大(0.027)。经构建系统发育树,发现国内34个群体共分为四大支,新疆维吾尔族、新疆哈萨克族、宁夏回族和甘肃回族为一支;湖南沅陵土家族为一支;宁波汉族、海南汉族、福建汉族、福建漳州汉族、重庆汉族、贵州汉族、云南汉族、湖南汉族和南京汉族聚为一支;剩余群体为一支。经多维尺度分析,湖南沅陵土家族与其余的33个国内人群遗传距离相对较大。结论 以19个STR遗传标记的等位基因频率为基础得到的遗传距离、系统发育树和MDS分析,能够适用于群体遗传学、民族和种群研究。     

自然疫源性疾病疫源地空间结构的二维最小生成树模型及其应用

目的探讨二维最小生成树模型在分析自然疫源性疾病疫源地空间结构中的地理流行病学意义及其实际应用价值。方法遵循空间系统聚类的基本思想,将图论、泛生物地理学等学科的理论方法相结合,在地理信息系统(GIS)框架内,构建自然疫源性疾病疫源地空间结构的二维最小生成树(MST)模型,并以肾综合征出血热为例,验证模型的优良性。结果MST模型对分析疫源地空间结构的相似性、揭示疫源地内疫点之间的生态学或流行病学联系、推测疾病流行轨迹等具有良好的适用性。结论MST模型是分析自然疫源性疾病疫源地空间结构动态特征的良好方法。     

太原汉族人群17个Y-STR基因座等位基因频率及遗传关系

目的 研究太原汉族人群17个Y-STR等位基因的频率、遗传多态性分布、遗传距离和聚类分析及其在法医学应用研究. 方法 应用Y-filerTM试剂盒检测102例太原汉族无关男性个体的血样,运用3130 xl遗传分析仪进行基因分型,计算等位基因频率.应用相关分析软件,参考其他地区人群资料,对太原汉族群体的遗传距离和遗传关系进行研究. 结果 17个Y-STR基因座共有137个等位基因.基因多样性在0.433 5-0.894 0之间.根据遗传距离分析发现,与公开发表的国内其他群体相关数据资料相比,太原汉族与北京汉族之间的遗传距离最小（0.001 7）,与台湾泰雅族人群之间的距离最大（0.469 6）;与其他少数民族相比,太原汉族与辽宁满族群体之间的遗传距离最小（0.001 4）,与台湾泰雅族人群之间的距离最大（0.4696）. 结论 17个Y-STR基因座在太原汉族群体中有较好的遗传多态性,且有较强的个体识别能力及非父排除能力,对建立Y染色体数据库和法医学实际检案都有重要的意义.     

中国南北汉族人群HLA-A*02等位基因的分布差异

目的 研究中国南北汉族人群中HLA-A*02等位基因的分布并比较其差异性。方法 采用PCR-SBT方法,对随机抽取的经PCR-SSP方法确认为HLA-A*02阳性的208例南方和129例北方汉族骨髓志愿供者进行序列分型。结果 南、北汉族人两个群体中均检出具有不同基因频率的6种A*02等位基因(A*020101、A*0203、A*0205、A*0206、A*0207和A*0210)。南方汉族人中A*0207(37%)为优势等位基因,A*020101(31%)、A*0203(16%)和A*0206(14%)比较常见;而北方汉族人则以A*020101(48%)为优势等位基因,A*0206(21%)和A*0207(23%)比较常见。两个群体中的A*02等位基因总体分布以及A*020101、A*0203和A*0207的相对频率均存在显著性差异。在高、低分辨率两个水平上,南方和北方汉族A*02杂合度分别高于90%和80%,并且低分辨率A*02纯合子在高分辨率水平上表现高度多样性并呈现一定的分布规律。结论 HLA-A*02等位基因在中国南、北汉族人群中的分布呈现高度杂合和遗传多样性并具有显著性差异,HLA-A*020101、A*0203和A*0207可作为人类学研究中区分中国南北汉族人群的遗传标志。     

中国北方汉族、维吾尔族、哈萨克族DYS19基因座的遗传多态性

目的;研究DYS19基因座在中国北方汉族、维吾尔族、哈萨克族群体中的遗传多态性及其法医学应用。方法：应用聚合酶链反应后变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离扩增产物结合银染显带的方法,对101例北方汉族、56例维吾尔族、30例哈萨克族无关男性个体的DYS19基因座进行检测。结果：DYS19基因座在3个群体中共检出5种等位基因,基因频率分布范围分别为0．069－0．594,0．071－0．500,0．100－0．667;个人识别机率分别为0．600,0．675,0．491。χ^2检验表明等位基因分布具有明显的人群差异。家系调查符合单体父系遗传方式。结论：DYS19基因座个人识别机率高,属较高鉴别能力的遗传标记系统,且具有明显的人群分布差异,在法医学及人类遗传学研究中具有重要的应用价值。     

河南汉族人群D7S3048基因座遗传多态性分布

目的:了解河南汉族人群中STR基因座D7S3048的遗传多态性.方法:采用PCR扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术分析河南地区119例无血缘关系汉族人群该STR位点的遗传多态性.结果:首次获得河南汉族人群中D7S3048的分布情况.D7S3048基因座检出10个等位基因,基因型为37个,基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡.汉族与蒙古族相比较,等位基因分布有差异.结论:河南地区汉族人群中D7S3048位点具有较高的多态性,在法医学和人类遗传学研究中是很好的遗传标记.     

福建地区汉族人乙型肝炎肝硬化与人类白细胞抗原Ⅰ类基因的相关性

目的：研究人白细胞抗原（HLA）-A基因多态性与福建地区汉族人乙型肝炎肝硬化的遗传易感性关系．方法：以93例福建地区汉族人群乙型肝炎肝硬化患者（病例组）为研究对象,以同一地区84例健康人为对照人群（对照组）,采用DNA测序分型技术（SBT）对HLA—A等位基因精确分型,计算各组等位基因频率．对对照人群等位基因分布进行Hardy—Weinberg遗传平衡检验,应用遗传统计方法进行关联分析,确定与乙型肝炎肝硬化相关的易感基因及基因型．结果：HLA—A等位基因差异显著性检验：病例组A＊24（20．33％vs9．52％,x^2=7．938,P=0．005）,A＊2402（19．23％vs8．33％,x^2=7．212,P=0．009）和A＊01（5．49％vs1．19％,x^2=4．878,P=0．027）,A＊0101（4．95％vs0．60％,x^2=5．955,P=0．015）等位基因频率明显高于对照组．病例组A＊33（3．85％vs9．52％,x^2=4．587,P=0．032）,A＊3303（4．40％vs9．52％,x^2=4．440,P=0．032）基因频率也低于对照组．等位基因多因素分析：HLA—A＊24主型（OR=2．397,95％CI：1．206～4．766,P=0．0126）和A＊2402亚型（OR=2．685,95％CI：1．306～5．521,P：0．0072）在病例组与对照组之间分布差异具有显著性．基因型多因素分析：A2402（OR=3．254,95％CI：1．320～8．021,x^2=6．5703,P=0．0104）和A0201（OR=2．411,95％CI：1．147～5．068,x^2=5．399,P=0．0203）在病例组与对照组之间的差异也具有显著性．基因型剂量一效应关系分析：乙型肝炎肝硬化与H1A—A2402基因型剂量线性相关（OR=2．020,95％CI：1．095—3．728,x^2=5．0624,P=0．0244）．结论：HLA-A＊2402等位基因及其基因型与乙型肝炎肝硬化存在阳性关联,可能是慢性乙型肝炎病毒感染肝硬化形成的易感基因．     

基于15个短串联重复基因座分析湖北土家族与湖北汉族的群体遗传结构及系统发育关系

目的 研究湖北土家族和汉族人群的群体遗传结构和系统发育关系,探讨湖北土家族的起源及其与湖北汉族等民族间的相互关系,为我国人群的法医学和遗传学研究以及民族政策的制定提供科学依据.方法 选取湖北土家族(333例)和湖北汉族(89例)3代均为本民族且无亲缘关系的个体,采用15个短串联重复(short tandem repea...