2010年浙江省输入性登革2型病毒分子特征研究

目的:为确证2010年浙江省输入性疑似登革热病例病因,分析病原的分子特征并进行溯源。方法:对患者血清标本分别检测登革IgM抗体、病毒核酸和病毒分离。对分离株E和NS1基因测序,并进行同源性和进化分析。结果:从血清中检测到登革IgM抗体和登革2型核酸,并分离到登革2型病毒株(ZJ/02/10);浙江登革2型分离株与标准株NGC在E基因的核苷酸(nt)和氨基酸(aa)同源性分别为94.7%和97.6%,而与登革1、3、4型的nt同源性分别为65.3%、64.3%和65.9%。ZJ/02/10株与菲律宾PHI/St68/00株E基因nt和aa同源性最高,进化树显示二者亲缘关系最近。NS1基因进化树结果与E基因相似。结论:从血清学、病原学和分子特征均证实输入性疑似登革病例由登革2型病毒引起,该毒株最有可能来源于菲律宾。     

广东省中山市登革Ⅰ型病毒的分离鉴定及E/NS1基因序列分析

目的分离鉴定中山市2007年及2012年流行的登革病毒,从分子水平分析其地域来源和系统进化情况。方法用C6/36细胞分离10份2007年登革病毒特异性IgM抗体阳性血清和4份2012年登革病毒核酸阳性血清中的病毒,采用Real time-PCR对毒株进行血清型鉴定,RT-PCR扩增毒株E/NS1基因并进行序列测定,分析其与不同区域流行株和国际标准株的同源性和系统进化情况。结果共分离鉴定到6株登革I型病毒,其中2株为2007年流行株,4株为2012年流行株,分别命名为2007ZSDengue1-2和2012ZSDengue1-4。2012ZSDengue1-2与柬埔寨、越南等东南亚国家近年流行的登革I型毒株相似性高(大于99.0%),进化距离最短(0.011~0.012)。2012ZSDengue3-4,2007ZSDengue1-2与广东省珠海市2007年流行和新加坡、日本、泰国等亚洲国家近年流行的登革I型毒株相似性高(大于99.0%),进化距离最短(0.007~0.024)。中山流行株与登革I型国际标准株、非洲和美洲流行株相似性在90.0%~94.0%之间,进化距离较远(0.065~0.108);与登革Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型国际标准株NGC、H87、H241相似性约为68.0%、66.0%、71.0%,进化距离最远(0.369~0.505)。结论中山市2007年及2012年流行株为登革I型病毒,可能属于东南亚国家输入性毒株,但输入源头有所不同。     

登革2型病毒浙江分离株的鉴定与分子流行病学研究

目的 为了对2004年浙江省报告的输入性疑似登革热病例查明病因，从分子水平分析流行毒株的生物学特征，追踪传染源，为疾病的预防控制提供实验室依据。方法 对疑似患者血清标本采用ELISA、IFA和荧光RT—PCR方法分别检测登革病毒IgM、IgG抗体和病毒核酸，并用C6／36和BHK-21细胞分离登革病毒。采用RT—PCR方法扩增病毒E基因和NS1基因后分别进行序列测定，并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性和进化树分析。结果 从患者血清中检测到登革病毒IgM、IgG抗体和登革2型病毒核酸，并分离到登革2型病毒；浙江省登革2型病毒分离株（ZJ／01／04）与登革2型国际标准株Jamaica、国内Fujian／10／99株和Saudi／92株在E基因上氨基酸的同源性分别为97．1％、99．2％和99．6％，而与登革1、3、4型毒株相同区域氨基酸同源性分别为68．7％、66．9％和63．6％。基因进化树显示ZJ／OI／04分离株与Saudi／92株亲缘关系最近，在进化树的同一分支上。结论 从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该输入病例是由登革2型病毒引起，该毒株最有可能来源于沙特阿拉伯。     

中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例病原学特征分析

目的 分析中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例的病原学特征。 方法 采集中山市2014－2015年6例疑似麻疹疫苗相关病例咽拭子样本并提取核酸,采用巢式PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基末端450个核苷酸片段并测序,分析其与世界卫生组织(WHO)参考株、麻疹病毒中国疫苗株沪₁₉₁(Shanghai₁₉₁,S₁₉₁)基因的亲缘关系、核苷酸与氨基酸序列相似度。 结果 6份样本中,2份未检出核酸,4份检出核酸,序列比对结果示3株病毒核苷酸、氨基酸序列相似度均为100%,与S₁₉₁株相比,核苷酸序列和氨基酸序列相似度也为100%,属于A基因型;1株病毒与Chin9322-H_1a株相比,核苷酸序列相似度为97.7%,氨基酸序列相似度为96.6%,为H_1a基因型。 结论 3例病例为疫苗株感染,1例为野毒株感染。     

东莞市一起Ⅳ型登革热暴发疫情流行病学调查分析及处置

目的 对2016年东莞市某街道发生的一起登革热暴发疫情进行调查,分析其感染来源,并对防控措施效果进行评价。 方法 采取描述性流行病学方法对东莞市2016年发生的一起登革热暴发疫情进行描述;用新发病例数和蚊媒密度变化来评价防控措施的效果。 结果 东莞市莞城街道在8月7日-9月3日之间发生3例登革热轻症病例,2男1女,为同一商铺工作人员。其中两名确诊患者血清标本Ⅳ型登革病毒核酸阳性并分离到2株登革病毒株, 2株病毒株E基因测序、进化分析同源性为99.3%,与印度2014年病毒株同源性为99.1%。经采取人工灭蚊、清除蚊虫孳生地、开展健康教育等措施,疫点核心区和监控区的蚊媒密度逐渐降低,疫情于9月3日平息。 结论 本起疫情为一起由输入性病例或病媒引起的本地感染的Ⅳ型登革热暴发疫情。采取杀灭成蚊和清除蚊虫孳生地为主的措施可有效控制蚊媒密度,进而控制疫情。     

潍坊市9例重症与轻症手足口病患者肠道病毒71型5′非编码区、VP1基因特征分析

目的 探讨重症手足口病肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)5′非编码区(untranslated region, UTR)、VP1区是否存在潜在的毒力位点。 方法 分离培养不同临床症状手足口病患者粪便标本中EV71,提取病毒总RNA,逆转录PCR扩增5′-UTR、VP1区后测定基因序列,对两个区域核苷酸序列及VP1区编码氨基酸序列进行比对和同源性分析,构建VP1区及不同临床症状EV71病毒5′- UTR基因进化树。 结果 本实验共获得9株EV71毒株(5株来源于重症病例,4株来源于轻症),5′-UTR、VP1区核苷酸同源性均为94.5%~ 99.7%,VP1区氨基酸同源性为97.3%~99.9%。9株EV71毒株5′-UTR共有67个核苷酸突变位点,与4株轻症EV71毒株相比,5株重症EV71毒株VP1区编码氨基酸有2处发生替换(S283T、A289T),5′-UTR共有37个核苷酸位点发生突变。VP1区基因进化树显示9个EV71毒株均属于C4a基因亚型,并且两组不同临床症状毒株处于同一较小分支中。5′-UTR核苷酸序列的系统进化树显示临床表现不同的EV71株呈交错分布,相同临床表现不单独聚类。 结论 9株EV71毒株均属于C4a基因亚型,5′-UTR核苷酸突变和VP1区氨基酸替换可能影响病毒毒力,对EV71病毒的全基因组序列特征分析及与宿主之间的相互作用机制进行研究非常必要。     

登革2型病毒深圳分离株的鉴定及E基因序列分析

分支上,核苷酸同源性最高,达99.8%,氨基酸同源性为100%,与Indonesia-76、Somalia-84和Sri Lanka-90同属基因Ⅳ亚型.结论 首次从深圳市登革热患者血清中分离到1株登革2型病毒,证实该毒株可能来源于马来西亚.     

深圳市大鹏新区首发登革热病例的分子病毒学分析

【目的】对深圳市大鹏新区首例疑似登革热病例的病原体进行分析及型别鉴定,从分子水平对病毒的生物学特征进行研究,以追溯病毒的地域来源。【方法】采用实时荧光RT-PCR方法对采集的疑似登革热患者血液样本进行登革病毒核酸检测及分型鉴定。扩增E基因并进行序列测定,与国内外不同地区登革热病毒株进行同源性比较和遗传进化分析。【结果】疑似登革热患者血清中检出登革1型病毒核酸。系统发育树显示分离株DP-DGR19001与MG894965/TW/CHN/2016、LC428079/VNM/2017、MG894867/TW/CHN/2015及MN512242/GX/CHN/2014的亲缘关系较近,属于genotypeⅠ型。E基因核苷酸序列同源性分别为99.87%、99.80%、99.60%和99.46%,氨基酸序列同源性均为100%。患者在发病前14 d内有前往登革热高发区的旅行史。【结论】大鹏新区首发登革热病例为登革1型病毒感染,属于输入性病例。     

寨卡病毒全基因组进化及变异情况分析

目的通过构建寨卡病毒基因进化树以及比较氨基酸序列差异,了解寨卡病毒进化及基因变异情况。方法从GenBank获取1947年后各来源、各地区的寨卡病毒全基因组序列以及氨基酸序列,构建进化树并对氨基酸序列进行比较与分析。结果寨卡病毒非洲型与亚洲型毒株可各自聚类,2007年之后分离的毒株均为亚洲型;2016年分离自中国的14株寨卡病毒均为亚洲型,同源性高达99.1%~100.0%,氨基酸变异位点11个。结论寨卡病毒的分子进化与地理分布有密切的关系;2015-2016年分离的毒株同源性较高,序列较为保守;中国的14株毒株序列相近,其中1118、1875、2445以及2634 4个氨基酸位点可能对各自蛋白的结构和功能有较大的影响。     

2018年广州市输入型登革病毒3型基因组全序列测定和特征分析

目的 分析广州市2018年输入型登革热病毒3型（DENV - III）毒生物学来源,为本地登革热防控提供科学依据和基线数据。方法 通过传染病监测网络收集广州市2018年输入型DENV - Ⅲ病例,对患者急性期血清进行病毒分离培养、全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果 共分离到4株DENV - Ⅲ型毒株,株间核苷酸（氨基酸）同源性为91.8%～97.3%（97.6%～99.4%）;泰国输入的分离株属于G - I型,与印度尼西亚2016年分离株的距离最近;其余3株分离株属于G - Ⅲ型,在进化树上处于同一分支,分别与老挝、巴基斯坦和新加坡分离株的距离最近;经过比对,4株分离株和13株参考株的E蛋白区域有18个氨基酸位点出现替换,NS1蛋白区域有7个氨基酸位点出现替换,NS5蛋白区域有21个氨基酸位点出现替换。结论 广州市2018年输入型DENV - Ⅲ毒株分属于2个不同的基因型亚群,在进化上距离较远,抗原性差异较大;通过全基因组测序和特征分析,逐步完善周边地区的病毒特征信息,为防控工作提供生物学溯源依据,具有重要意义。     

江西省风疹病毒E1基因特性与疫苗株基因差异分析

目的研究江西省2006年-2012年风疹病毒毒株的基因特性,为江西省的风疹防治策略提供科学依据。方法采集风疹疑似病例咽拭子标本进行病毒分离,对分离到的风疹病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒E1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit 7.0、Mega 3.0生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果江西省2006年-2012年共分离到13株风疹毒株,均为麻风疹1E基因型,为本省风疹病毒本土野毒株。各分离株之间E1基因核苷酸同源性为97.8%~100%,氨基酸同源性为98.8%~100%;与疫苗株BRDⅡ株(RVi/Beijing.CHN/80)核苷酸同源性为89.3%~89.7%,氨基酸同源性为98.8%~99.6%,大部分核苷酸的突变为无义突变,氨基酸序列比较保守。结论江西省2006年-2012年风疹病毒分离株为1E基因型,我国风疹疫苗株BRDⅡ株在分子水平上对本省疫苗保护效果较好。     

江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型分子流行病学特征分析

目的 了解江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CA16）流行毒株基因型概况。方法 收集江苏省2012-2014年儿童手足口病标本并送样,进行病毒分离培养获取相应毒株,用CA16特异性引物通过反转录聚合酶链反应技术进行VP1区基因片段扩增和测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,并与CA16参比株序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果 分离得到82株CA16毒株,测序结果显示全部属于基因亚型B1,VP1基因分析显示其中9株毒株序列的基因亚型为B1a,另外73株毒株序列的基因亚型为B1b。CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为87.8%～100.0%和97.5%～100.0%;与CA16国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别为75.2%～78.2%和90.5%～91.9%。结论 江苏省2012-2014年分离获得CA16毒株属于基因亚型B1,以B1a和B1b两个分支共同进化和流行,其中又以B1b为优势亚型。     

福建口岸首次截获输入性登革热病例实验室诊断

〔目的〕通过实验室检测发现福建口岸首次截获输入性登革病例,并进行分子追踪溯源。〔方法〕采用实时荧光RT-PCR和RT-PCR检测方法,并对RT-PCR扩增产物进行核苷酸序列分析。〔结果〕从血清样本中检出登革病毒1型核酸,序列分析表明,该病毒株与来自太平洋群岛分离株在系统进化树上最为接近,序列同源性高。〔结论〕福建口岸首次截获输入性登革热病例,病毒株来源于太平洋群岛地区。     

中山市2014年麻疹病毒分子生物学特征分析

目的麻疹病毒学监测数据表明,H1基因型是中国本土优势基因型。本研究分析广东省中山市2014年麻疹病毒分子生物学流行特征,为麻疹消除策略修订或制定提供数据依据。方法采集广东省中山市2014-01-01-2014-12-31全年疑似患者的急性期咽拭子,通过RT-PCR和基因测序分析N基因碳末端450个核苷酸片段;应用BLASTn对序列进行相似性检索,分析麻疹病毒基因特征,并与WHO推荐的参考株进行对比;采用MEGA对麻疹核蛋白核苷酸构建NJ种系进化树。结果广东省中山市麻疹监测网络实验室收检疑似麻疹咽拭子306份,核酸阳性213份,阳性率69.61%。对213份咽拭子核酸阳性样品进行病毒分离,共分离出98株麻疹病毒,病毒分离率46.01%。除zhongshan2014-5为D8基因型外,其他均是H1基因型。zhongshan2014-5与越南病毒株(Viet Nam:Ho Chi Minh CityAB928200)序列同源性100%,属于D8型。结论 H1基因型是中山市2014年流行麻疹病毒的绝对优势基因型,中山市首次发现输入性D8型麻疹病毒感染病例。     

中国新型布尼亚病毒分离株序列基因特征分析

目的分析中国新型布尼亚病毒分离株的基因型分布和进化规律,了解分子流行病学特征。方法利用MEGA6.0软件,对GenBank数据库收录的中国地区分离株的完整S片段基因序列进行分析,构建系统进化树,并分析毒株间的核苷酸和氨基酸的同源性。结果在GenBank数据库收集到248株中国地区新型布尼亚病毒分离株,主要为人源毒株232株,占93.55%,核酸和氨基酸序列同源性分别为94.9%~96.8%和91.4%~95.2%;系统进化树分析显示中国地区流行优势株为C2基因亚型,占58.06%;5种亚型的核苷酸序列和氨基酸序列同源性为94.9%~96.8%、91.4%~95.2%,同亚型毒株核苷酸序列和氨基酸序列同源性为96.3%~99.1%、96.8%~98.6%。与汉坦病毒属和白蛉病毒属亲缘较远,毒株核苷酸序列同源性分别为39.3%~40.2%和47.3%~48.1%,氨基酸序列同源性13.6%~14.4%和22.5%~23.9%。人源毒株与宿主动物分离株高度同源,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为96.3%~97.1%和94.0%~95.7%。结论我国近年来新型布尼亚病毒流行毒株以基因亚型C2为主,存在多种基因亚型间循环交替流行。     

广西流行性乙型脑炎E基因分子流行病学分析

目的 了解广西流行性乙型脑炎(乙脑)病毒E基因特征和遗传变异状况.方法 采集不同地区蚊虫标本12 102只,进行乙脑病毒分离,阳性分离物进行乙脑E基因编码区核苷酸序列测定、序列同源性比较和遗传进化分析.结果 共分离到乙脑病毒4株,均属于基因Ⅰ型乙脑病毒;核苷酸同源性在98.3％ ～ 99.3％,氨基酸序列同源性99.4％ ～ 99.8％,核苷酸序列变异主要为沉默突变;与越南毒株核苷酸和氨基酸的同源性最大,分别为99.7％和100％;与乙脑减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸同源性为87.4％ ～ 88.0％,氨基酸同源性为96.8％～97.2％,决定病毒毒力的8个重要位点均存在差异;影响病毒毒力的关键氨基酸位点均未发生变异.结论 广西分离的4株乙脑病毒的影响病毒毒力的关键氨基酸位点均未发生变异,与疫苗株比较,决定病毒毒力的8个重要位点存在差异.     

北京市某区1例人感染H7N9禽流感病毒的HA和NA基因特征分析

目的 了解北京市某区1例人感染H7N9禽流感病毒基因特征,为禽流感病例的早期发现、疫情控制提供参考。方法 提取病例临床样本病毒核酸,反转录扩增后进行病毒血凝素基因(hemagglutinin, HA)、神经氨酸酶基因(neuraminidase, NA)序列测定。获得的病毒序列与全球流感共享数据库中H7N9禽流感病毒株进行序列分析,比较该病毒与北京市既往发现株和其他省市毒株同源性,构建系统发育树,并对部分耐药位点和糖基化位点进行分析。 结果 北京市某区1例H7N9禽流感病毒为低致病性禽流感。HA、NA与北京既往发现的29株毒株氨基酸同源性为97.2%~100%和96.8%~100%,基于系统进化分析与之最为相近的疫苗株为A/Hunan/02650/2016。HA蛋白受体结合位点发生了G186V、Q226L突变,HA和NA的糖基化位点均未发生变化。 结论 该区出现的H7N9病毒与北京地区既往发现H7N9毒株具有高度同源性,部分氨基酸位点存在变异,但未发生耐药突变。     

2009年浙江省义乌市登革热暴发疫情实验诊断和病原分子溯源

目的 对2009年浙江省义乌市发生疑似登革热暴发疫情进行实验诊断和病原分子溯源.方法 对40份疑似患者的血清样本同时进行登革病毒抗体、病毒核酸检测和病毒分离.对分离毒株提取病毒核酸后用RT-PCR方法扩增E基因,进行核苷酸序列测定和同源性与进化分析.结果 40份血清样本中登革病毒IgM抗体阳性17份(42.5%),IgG抗体阳性4份(10.0%);核酸阳性34份(85.0%);分离到登革病毒3型(D3)28株(70.0%).选取13株D3分离株测序,E基因全长均为1479个核苷酸(nt),无插入或缺失突变,推导编码493个氨基酸(aa).13株浙江D3分离株之间E基因同源性为100.0%.浙江D3株与2004年沙特阿拉伯分离株(Sandi Arabia/2004)的同源性最高,nt和aa同源性分别为99.3%和100.0%;与原型株(D3/H87/1956)相比同源性分别为93.4%和97.4%;与1980年中国广西D3分离株在该区域的同源性分别为93.6%和97.4%.E基因进化树显示浙江D3分离株在GⅢ进化支上,与浙江株亲缘关系最近的毒株为沙特阿拉伯株,均在同一进化支上.结论 引起2009年浙江省义乌市登革热暴发疫情的病原是登革3型GⅢ亚型,该病毒最有可能来源于沙特阿拉伯.     

江苏省新型布尼亚病毒分离株全长S片段基因特征分析

目的分析江苏省新型布尼亚病毒(SFTSV)分离株全长S片段基因的特征,为SFTSV监测和防控提供依据。方法通过GenBank获取江苏省上传的SFTSV毒株全长S片段基因序列信息,通过构建系统进化树鉴定基因型,分析各毒株间核苷酸和氨基酸序列的同源性。结果获取江苏省上传的35株SFTSV毒株基因信息,毒株分离年份为2010—2014年,主要为人源毒株,有28株,占80.00%。基因亚型主要为C4和C2,分别有16和14株,分别占45.71%和40.00%。35株SFTSV毒株全长S片段基因核苷酸序列同源性百分比为94.38%～100.00%,氨基酸序列同源性百分比为89.42%～100.00%;35株毒株与各亚型参考毒株间核苷酸序列同源性百分比为94.11%～100.00%,氨基酸序列同源性百分比为89.18%～100.00%;人源毒株与宿主动物分离株间核苷酸和氨基酸同源性为94.74%～99.91%和91.42%～99.80%。结论江苏省SFTSV分离株序列间亲缘性较近,其核苷酸和氨基酸高度同源。     

南京地区诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因特征

目的研究南京地区诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因特征和变化规律,了解其进化过程及高变区氨基酸变化情况,预测进化方向及流行趋势,为疫情预警和处置提供科学依据。方法应用荧光定量PCR和一步法RT-PCR,对南京地区2014—2017年分离的10株GⅡ.Pe-GⅡ.4的部分聚合酶—衣壳蛋白区及P2区进行测序,并利用分子生物学软件对序列进行比对分析。结果进化树分析发现,2014—2015年和2016—2017年南京流行株分别位于两个簇。氨基酸分析显示,10株南京流行株同源性达97.3%～100.0%,与21株国内外2011—2017年参考株同源性达97.1%～100.0%。与2008年前驱期澳洲株(KX789174)P2区相比较,10株南京株共19个氨基酸位点发生改变,其中10个位点位于5个抗原表位。南京株2016年后抗原表位A区有氨基酸位点改变。结论 2014—2017年南京地区分离的诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因型流行株氨基酸同源性较高,但仍呈现出随时间迁移某些抗原位点的氨基酸改变,应持续观察其进化趋势。