中山市2014－2016年6株Ⅱ型登革病毒E基因分子特征分析

目的 分离鉴定中山市2014－2016年Ⅱ型登革病毒,从分子水平进行分析其地域来源和系统进化情况。方法 选取中山市2014－2016年核酸阳性血清6份,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR扩增毒株E基因并进行序列测定,分析其与不同区域流行株和国际标准株的同源性和系统进化情况。结果 成功分离培养出2株2014年登革Ⅱ病毒、2株2015年登革Ⅱ病毒、2株2016年登革Ⅱ病毒。ZS2014-02、ZS2014-03与2014年广州分离株D14115在进化关系上最近,2014年的3株病毒氨基酸和核苷酸同源性均达到91.3%以上;2015年ZS2015-01与广州分离株D14115在进化关系上最近,2015年2株病毒氨基酸和核苷酸同源性分别为98.8%和92.8%;2016年ZS2016-01与2010年巴布新几内亚分离株JN568270.1进化关系较近,2016年2株病毒氨基酸和核苷酸同源性分别为91.4%和88.8%。结论 6株毒株与国际标准株New Guinea C 登革Ⅱ型比较均存在氨基酸位点的差异。2014年2株毒株为广州输入病例,2015年的2株毒株ZS2015-01为广州输入,ZS2015-02为中山市本地二代病例,2016年的ZS2016-01为巴布新几内亚输入,而ZS2016-02为菲律宾输入病例。     

金山区柯萨奇病毒A组6型基因特征分析

目的分析上海市金山区2017—2018年分离的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6) VP1基因特征和氨基酸位点突变,为手足口病防控提供依据。方法对金山区2017—2018年采集并分离到16株Cox A6分离株VP1全长基因进行扩增、测序、序列比对,构建系统发生树,分析核苷酸和氨基酸同源性以及氨基酸位点突变。结果金山区16株Cox A6分离株均属于E2亚型同一个进化分支,16株间VP1基因核苷酸同源性为92.3%～97.7%,氨基酸同源性为98.4%～100.0%。与金山区16株分离株同源性最高的是2018年山东分离株MK357081/CHN/SD/JN/2018,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7%～99.3%和98.7%～99.7%。13株Cox A6分离株VP1氨基酸序列存在氨基酸位点变异,涉及8个氨基酸变异位点,但在抗原表位重要位点201D、243H、245R、247Y、248M和249R均未检测到抗原漂移。结论 16株Cox A6分离株核苷酸和氨基酸序列高度同源且位于E2亚型同一进化分支;Cox A6 E2亚型可能是金山区2017—2018年流行的主导基因型,金山区Cox A6 VP1存在氨基酸突变位点但未涉及关键的抗原表位。     

2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒分子进化特征研究

目的 了解镇江地区甲型H1N1流感病毒流行和变异特点。方法 收集2014-2016年镇江地区哨点医院流感样病例标本,进行核酸检测和病毒分离。在病毒流行期按月随机抽取13株甲型H1N1毒株,设计特异性的引物扩增血凝素（hemagglutinin,HA）、神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因,进行测序并分析其遗传进化特征。结果 13株分离株与疫苗株A/California/07/2009的HA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.3%~100.0%和96.6%~100.0%;NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为95.6%~97.5%和93.8%~96.6%。系统进化分析表明,13株病毒HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为12株HA氨基酸序列均发生了抗原位点Sa区K173Q突变,1株同时发生了Sa区K181E突变;3株还发生了Ca1区V183I突变。受体结合位点和糖基化位点的氨基酸序列均未发生变异。结论 2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒与疫苗株相比,其HA、NA基因出现了一定程度的变异,但是抗原性并未发生改变,需进一步加强监测。     

连云港地区2017—2018年乙型流感病毒HA1基因特征分析

目的了解连云港地区2017—2018年乙型流感病毒表面血凝素HA1基因特征及抗原变异情况。方法随机选取2017—2018年连云港地区分离的6株乙型流感病毒株,用一步RT-PCR法对HA1基因进行扩增测序,采用Lasergene软件包中MegAlign进行核苷酸和氨基酸同源性分析,用MEGA6.0软件进行基因种系进化分析。结果 2017—2018年连云港地区人群中同时流行着乙型Yamagata系和Victoria系毒株。分离的Yamagata系毒株与B/Brisbane/9/2014比较,在血凝素基因HA1区发生3个氨基酸替换,在248位少了一个糖基化位点;分离的Victoria系毒株与B/Brisbane/63/2014、B/Florida/33/2014比较,在血凝素基因HA1区发生6个氨基酸替换,在248位增加一个糖基化位点。结论连云港地区人群中流行的乙型流感病毒与疫苗推荐株相比,基因特性已发生一定改变。     

广西壮族自治区首次检出的GⅡ.4型诺如病毒N/S区基因特征

目的 了解广西壮族自治区一起感染性腹泻疫情中GⅡ.4型诺如病毒(Norovirus)的基因特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应,对采集于这起疫情的34份粪便标本进行诺如病毒核糖核酸(RNA)的检测,并对随机选取的1份阳性样本进行N/S区核苷酸序列测定和分析,并构建系统进化树.结果 34份粪便标本中,有29份检测诺如病毒RNA阳性,阳性率为85.3%.随机选取的1株诺如病毒株(LC17株)的N/S区核苷酸序列与GⅡ型所有亚型参考株相比,其与第4亚型(GⅡ.4型)的参考株--Lordsdale/1993/UK株的核苷酸序列同源性为93.3%,在遗传进化树图中,与GⅡ.4型株病毒在一簇.与早年流行的GⅡ.4型流行株同源性为94.7%～96.5%,与国内外2006年流行株同源性为98.2%～98.6%,但与1株广州株相比,同源性仅为94.7%.结论 此次感染性腹泻疫情是由诺如病毒GⅡ.4型感染所致,其病毒基因型在广西壮族自治区是首次发现和报导.GⅡ.4型毒株在不断的进化,并在核甘酸序列特征和毒株地域分布上表现出多样性,需加强对诺如病毒的分子流行病学研究,了解基因型的分布,鉴别其来源和传播途径,对控制诺如病毒感染有重要意义.     

2015年盐城市甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因分子进化特征分析

目的了解盐城市2015年甲型H3N2流感病毒分离株表面血凝素HA1基因分子进化特征。方法对哨点医院流感样病例标本进行核酸检测、病毒分离;选取甲型H3N2毒株,采用一步法RT-PCR扩增其HA1区,并进行序列分析,采用DNAStar软件包中MegAlign进行核苷酸及氨基酸同源性分析,以MEGA6.0软件进行序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2015年盐城市流感样病例(ILI)监测样本中流感病毒核酸阳性率为8.36%,乙型、甲型H3N2、新甲H1N1型交替流行。抽取的7株甲型H3N2分离株,其HA1基因核苷酸同源性为98.7%~100.0%,氨基酸同源性为97.9%~100.0%;其HA1区氨基酸位点变异呈散在性分布,均未发生氨基酸的丢失和插入,氨基酸突变主要位于抗原决定簇的A、B和C区。除A/JSYC/11025/2015外,其余6株新增2个糖基化位点,其中158aa位点位于抗原决定簇B区。结论 2015年盐城市流感流行以甲型H3N2和乙型Yamagata系为主,具有典型的冬、夏双高峰特点。病毒HA1区基因特性逐渐发生变异,可能导致抗原变化,应进一步加强流感病原学监测。     

中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型的分子流行病学特征分析

目的 分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型（coxsackievirus group A type 10,CA10）流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法 利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA10毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株彼此间的核苷酸和氨基酸同源性进行计算。结果 纳入本研究的中国大陆地区CA10毒株共计218株,中国大陆地区CA10流行毒株的基因型以C型为主。与原型株CA10-Kowalik相比,中国大陆地区CA10毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为69.4%~73.9%和90.6%~93.6%;中国大陆地区CA10毒株内部的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.4%~100.0%和92.9%~100.0%。结论 本研究提示应针对CA10毒株流行趋势和基因型分布情况,采取有效措施防控手足口病。     

2014—2016年镇江市甲型H3N2流感病毒HA和NA基因遗传进化研究

目的对2014—2016年镇江市甲型H3N2流感病毒的HA和NA基因进行分子流行病学分析,了解其进化特征。方法收集2014—2016年镇江市流感样病例咽拭子标本,对核酸检测鉴定为阳性的标本进行病毒分离;随机抽取13株经血凝抑制试验(HI)鉴定确认为甲型H3N2亚型毒株,用特异性的引物扩增其HA和NA基因,进行序列分析。对分离株和疫苗株、参比毒株的核苷酸、氨基酸同源性进行分析,对其抗原表位、耐药位点和糖基化位点进行分析。结果 2014—2016年镇江市共采集9 532份流感样标本,流感病毒阳性检出率为11.77%,3年分别为11.23%、13.82%和10.61%,差异有统计学意义(χ~2=16.602,P0.001)。甲型H3N2亚型为最主要的亚型(占43.76%),其次为乙型BY型(占35.65%);除2015年乙型BY亚型为主(占70.13%),2014年、2016年均以甲型H3N2亚型为主(分别占48.30%、54.80%)。与北半球疫苗株A/Texas/50/2012(2013—2015)及A/Switzerland/9715293/2013(2015—2016)比对,选取的13株甲型H3N2镇江分离株的HA和NA基因核苷酸、氨基酸的同源性均≥97.4%,与北半球疫苗株HA和NA基因核苷酸、氨基酸的同源性均≥94.8%。13株镇江分离H3N2毒株主要分为4个进化分支。13株均未出现主要抗原位点氨基酸序列缺失,存在Y94H、A128T、S138A、G142R等散点性突变。与M2、NA蛋白相关的耐药位点未发现变异;3株糖基化位点发生D329N氨基酸替换。结论甲型H3N2亚型流感病毒是镇江市优势流行亚型。主要抗原位点、耐药位点均未发现重要突变,糖基化位点相对保守,仍应继续加强监测。     

2013年南京市柯萨奇病毒A6型基因特征分析

目的研究2013年南京市手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CA6)的基因特征。方法从2013年采集的HFMD病例标本中挑选CA6阳性标本,选取VP1区进行扩增,并测定基因序列,对比其他参考序列进行进化分析。结果中国南京市CA6流行株与中国泰州、中国福建、中国上海、中国山西、中国台湾等地区和日本的流行株亲缘关系较近,而与中国山东流行株(JQ364886.1-SD1992)和美国原型株(AF081297)亲缘关系较远。序列比对发现南京市CA6病毒核苷酸序列同源性为92.8%~100.0%,氨基酸同源性为94.7%~100.0%;与CA6原型株和1992年山东流行株JQ364886的核苷酸同源性分别为82.9%和84.3%。结论 CA6型柯萨奇病毒是2013年南京地区手足口病的重要病原。     

宁波市狂犬病病毒NB0901株核蛋白基因的序列分析

目的通过RT-PCR方法对2009年宁波市狂犬病病毒分离株（NB0901）的N基因扩增并测序,了解宁波地区狂犬病病毒的流行特点。方法运用RT-PCR方法和序列测定方法获得NB0901株的N基因序列,并在核苷酸和氨基酸水平与疫苗株（3aG和CNT-1）进行同源性比较,同时进行遗传进化分析。结果狂犬病病毒NB0901株与疫苗株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别在86.6%～90.1%和95.5%～98.8%之间。NB0901株N蛋白的抗原表位与疫苗株相比后发现在NⅠ和NⅡ抗原表位存在突变。而在Th细胞表位上,NB0901株与CNT-1株完全一致,与3aG株相比变异较大。进化结果表明NB0901株属于狂犬病病毒Ⅰ群中的A亚型。结论狂犬病病毒NB0901株和当前疫苗株虽同属于Ⅰ群,但是与疫苗株相比存在差异,从氨基酸序列水平上分析,CNT-1株较3aG株更能有效保护流行毒株感染。     

2016年6月至2017年4月辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 本文对2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征分析。方法 使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对选取的4株H7N9禽流感病毒株HA和NA基因进行扩增并测序,用生物信息学软件分析其基因进化变异特征。结果 2016年6月至2017年4月辽宁省4株毒株的HA和NA基因与WHO最新推荐的A/Hunan/02650/2016疫苗株的同源性最高,其HA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为99.3%~99.6%,99.8%~100%;NA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%;98.3%~99.6%。本省所有毒株均属长江三角洲谱系,但主要聚集在两个次分支。4株病毒HA蛋白裂解位点333-342氨基酸序列均为PEIPKGR↓GLF,在338-339位点无连续的多个氨基酸插入(KRTA),属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA受体结合位点均出现S138A、G186V、Q226L、T221P氨基酸的突变,NA茎部区均出现“QISNT”缺失,且NA蛋白上相关耐药位点上的氨基酸并未发生突变,3株毒株NA蛋白上糖基化位点第42位发生氨基酸序列NCSH→NCTH突变。结论 2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因关键位点氨基酸发生突变,使病毒具有双受体结合特性以及毒力增强。     

埃可病毒11型分离株的分子流行病学研究

目的分析埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)分离株全长VP1区序列的遗传进化规律和流行趋势。方法从GenBank下载全球Echo11型病毒分离株全长VP1区序列,采用生物信息学技术手段构建进化树、测算序列同源性、预测正向选择位点、计算氨基酸置换熵值。结果合计纳入433株Echo11型病毒分离株,毒株来源于34个国家,时间跨度为1953—2018年;上传地区前3位是中国(143株,占33.0%)、俄罗斯(91株,占21.0%)和日本(36株,占8.3%);基因型A和D为流行优势株。433株分离株VP1区核苷酸和氨基酸序列平均同源性分别为81.9%和92.0%。不同基因型间平均同源性分别为75.6%～81.1%和86.8%～93.0%。核苷酸碱基总突变数10 844bp,总突变率2.9%;276位氨基酸为正向选择位点,存在34个氨基酸易突变位点,易突变率11.6%。结论全球Echo11型病毒存在不同基因型分离株循环流行,分子亲缘性较远。     

莆田市2013-2018年流感病毒B/Yamagata系HA1基因特征分析

目的分析莆田市乙型流感病毒B/Yamagata系毒株血凝素HA1区基因变异特征和种系进化关系,为流感防控提供数据支持。方法选取2013—2018年的26株B/Yamagata系原始标本,对HA1区进行测序,运用DNAstar 7.1进行同源性分析,用Mega 7.0构建进化树。结果与相应年份WHO推荐的疫苗株相比,2013年和2015年莆田市B/Yamagata系毒株HA1区同源性分别为94.6%～95.0%和95.8%～95.9%,普遍存在150、165、202抗原决定簇氨基酸位点变异。2016—2018年B/Yamagata系毒株基因变异较小,同源性为98.1%～99.2%,均出现D196N位点的变异。结论莆田市2013年和2015年B/Yamagata系毒株与疫苗株匹配程度不高,且抗原特性改变较大。2016—2018年B/Yamagata系毒株HA1区基因同源性较高,WHO推荐疫苗株B/Phuket/3073/2013对人群仍有良好的免疫保护作用。     

宁夏H3N2流感病毒血凝素基因分子特征分析

目的 了解2014—2020年宁夏H3N2流感病毒血凝素( Haemagglutimin,HA)基因变异情况,为宁夏的流感防控提供科学依据。方法 选取2014—2020年宁夏分离的30株H3N2流感毒株,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 与疫苗株A/Texas/50/2012比较,宁夏H3N2流感毒株抗原表位在A区、B区和C区均有氨基酸变异,D区和E区抗原位点相对保守,未监测到变异。所有毒株在A区R142G/K、N145S,B区F159S/Y、P198P/S及C区N278K均发生变异。所有毒株受体结合位点左壁发生N225D变异,2016年和2017年部分毒株前壁发生T131K变异,2019—2020年宁夏流感毒株前壁发生T135K和S137F变异,底壁发生W153F变异,其他位点未发生变异。糖基化位点变异多发生于A区抗原位点和受体结合位点左壁、前壁及底壁。半胱氨酸相关位点均未发现氨基酸替换和插入。与分支带代表株比较,2014年、2015年及2016年部分毒株位于3C.3a分支,2016年部分毒株和2017年毒株位于3C.2a1分支,2019年和2020年毒株位于3C.2alb分支。结论 宁夏H3N2流感病毒HA蛋白重要氨基酸位点的变异表现出遗传多态性,在基因进化上呈现多分枝进化的特点,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化。     

2015年-2017年湖州诺如病毒感染的流行特征研究

目的研究湖州地区诺如病毒(NoV)的流行病学模式和遗传特征。方法2015年1月-2017年12月,收集急性胃肠炎患者的粪便标本,进行实时RT-PCR(qPCR)检测NoV。RT-PCR用于基因组扩增和序列测定。病毒基因型别使用在线NoV分型工具(http://www.rivm.nl/mpf/norovirus/typingtool)分型。结果NoV感染的总体流行率为23.7%(414/1757)。在414个NoV阳性标本中,393个被鉴定为NoV GⅡ,11个属于NoV GⅠ,10个是NoV GⅠ和GⅡ共同感染。共235份标本成功测序,这3年的主要流行型别是GⅡ.Pe-GⅡ.4 Sydney2012和GⅡ.P17-GⅡ.17,2017年还出现新的流行优势株GⅡ.P16-GⅡ.2。全年均检测到NoV感染,流行高峰发生在每年的冬春期间。结论在2014年10月GⅡ.17首次在湖州出现后,稳步取代了以前流行的GⅡ.4 Sydney 2012菌株。但在2016年GⅡ.4 Sydney 2012又回到主导地位,2017年出现新的流行优势株GⅡ.P16-GⅡ.2。     

2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化与变异

目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。     

江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型分子流行病学特征分析

目的 了解江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CA16）流行毒株基因型概况。方法 收集江苏省2012-2014年儿童手足口病标本并送样,进行病毒分离培养获取相应毒株,用CA16特异性引物通过反转录聚合酶链反应技术进行VP1区基因片段扩增和测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,并与CA16参比株序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果 分离得到82株CA16毒株,测序结果显示全部属于基因亚型B1,VP1基因分析显示其中9株毒株序列的基因亚型为B1a,另外73株毒株序列的基因亚型为B1b。CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为87.8%～100.0%和97.5%～100.0%;与CA16国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别为75.2%～78.2%和90.5%～91.9%。结论 江苏省2012-2014年分离获得CA16毒株属于基因亚型B1,以B1a和B1b两个分支共同进化和流行,其中又以B1b为优势亚型。     

新疆和田地区2016年甲型肝炎病毒流行株基因特征

目的了解新疆和田地区甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法收集新疆和田地区2016年甲型肝炎病例急性期血清标本,经核酸提取、逆转录、套式PCR、序列测定,进行HAV基因分型、主要中和抗原位点氨基酸序列分析,并与GenBank中HAV基因型和亚型代表株构建系统进化树,分析核苷酸和氨基酸序列差异或同源性。结果获得和田地区43株2016年IA基因亚型HAV流行株和2株减毒活疫苗株序列。43株流行株在VP1-2A区的核苷酸、氨基酸序列差异分别为0.0%-2.9%、0.0%-1.9%,在VP3-VP1-2A区分别为0.0%-2.2%、0.0%-0.7%;与2株减毒活疫苗株的氨基酸序列差异为0.5%-0.9%。HAV流行株的主要中和抗原位点未发现氨基酸变异,处于负向选择压力;与GenBank中中国新疆、中国四川或日本HAV序列的同源性最高。结论2016年和田地区HAV流行株为基因IA亚型且分为不同基因簇;HAV流行株和减毒活疫苗株的主要中和抗原位点氨基酸序列保守。     

GII.17型诺如病毒流行及进化特征的研究进展

人诺如病毒(Human Norovirus,HNoV)是单链正股RNA病毒,属于杯状病毒科诺如病毒属,是引起非细菌性急性胃肠炎的主要病原。近几十年来,GⅡ.4基因型诺如病毒是全球最主要的流行基因型,而GⅡ.17基因型很少报道。2013年以来,GⅡ.17基因型诺如病毒引起的感染增多,并在我国及日本等亚洲国家和地区引起暴发流行。研究显示此次GⅡ.17基因型诺如病毒的暴发流行是因其基因进化形成新的变异株导致,变异株在衣壳区P2结构域发生的突变导致其抗原性及组织血型抗原结合特性发生了重要变化。本文主要通过回顾GⅡ.17基因型诺如病毒的相关研究文献,对其流行及进化特征进行了综述。     

一起GⅡ.17型诺如病毒引起的聚集性腹泻疫情报告

目的调查一起GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情。方法收集该起疫情患者粪便标本,采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)检测诺如病毒核酸,阳性标本进行核苷酸序列测定并进行同源性分析。结果该起感染性腹泻疫情共36例患者,采集13例临床表现典型患者的粪便标本进行检测,诺如病毒核酸阳性8份,阳性率为61.54%。将5株测序成功序列进行比对,确定诺如病毒基因型为GⅡ.17型。与2014年中国香港分离的诺如病毒GⅡ.17型参考株Norovirus HK GⅡ.17 2014在同一个进化分支上,核苷酸序列同源性为99.3%~99.7%。结论本次疫情是由GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情,应加强对此毒株的监测工作。