中国新型布尼亚病毒分离株序列基因特征分析

目的分析中国新型布尼亚病毒分离株的基因型分布和进化规律,了解分子流行病学特征。方法利用MEGA6.0软件,对GenBank数据库收录的中国地区分离株的完整S片段基因序列进行分析,构建系统进化树,并分析毒株间的核苷酸和氨基酸的同源性。结果在GenBank数据库收集到248株中国地区新型布尼亚病毒分离株,主要为人源毒株232株,占93.55%,核酸和氨基酸序列同源性分别为94.9%~96.8%和91.4%~95.2%;系统进化树分析显示中国地区流行优势株为C2基因亚型,占58.06%;5种亚型的核苷酸序列和氨基酸序列同源性为94.9%~96.8%、91.4%~95.2%,同亚型毒株核苷酸序列和氨基酸序列同源性为96.3%~99.1%、96.8%~98.6%。与汉坦病毒属和白蛉病毒属亲缘较远,毒株核苷酸序列同源性分别为39.3%~40.2%和47.3%~48.1%,氨基酸序列同源性13.6%~14.4%和22.5%~23.9%。人源毒株与宿主动物分离株高度同源,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为96.3%~97.1%和94.0%~95.7%。结论我国近年来新型布尼亚病毒流行毒株以基因亚型C2为主,存在多种基因亚型间循环交替流行。     

江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型分子流行病学特征分析

目的 了解江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CA16）流行毒株基因型概况。方法 收集江苏省2012-2014年儿童手足口病标本并送样,进行病毒分离培养获取相应毒株,用CA16特异性引物通过反转录聚合酶链反应技术进行VP1区基因片段扩增和测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,并与CA16参比株序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果 分离得到82株CA16毒株,测序结果显示全部属于基因亚型B1,VP1基因分析显示其中9株毒株序列的基因亚型为B1a,另外73株毒株序列的基因亚型为B1b。CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为87.8%～100.0%和97.5%～100.0%;与CA16国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别为75.2%～78.2%和90.5%～91.9%。结论 江苏省2012-2014年分离获得CA16毒株属于基因亚型B1,以B1a和B1b两个分支共同进化和流行,其中又以B1b为优势亚型。     

2017年盐城市1例人感染新布尼亚病毒全基因组分子特征分析

目的分析盐城市2017年1例发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)全基因组序列,对其来源、地理分布特征以及病毒遗传特征进行分子溯源,为防控盐城市人感染新布尼亚病毒疫情提供实验室依据。方法采用荧光定量RTPCR的方法,对该SFTSV病例及其相关媒介宿主进行核酸检测,测定其全基因组序列,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果确诊病例分离出SFTSV盐城株,其L、M、S基因与不同基因型参考株核苷酸同源性分别为94.9%～98.7%,94.1%～97.5%,94.6%～98.7%;氨基酸同源性分别为98.8%～100.0%,97.3%～98.7%,93.0%～98.4%;人与4种媒介宿主间毒株序列高度同源,L、M、S基因核苷酸序列同源性分别为95.8%～96.3%,94.3%～96.1%,95.7%～96.0%;氨基酸序列分别为98.8%～100.0%,98.2%～98.7%,93.6%～94.5%。遗传进化树显示:盐城株L、M、S基因属于C3基因亚群,具有独特的进化分支,为非主流优势流行株。结论盐城SFTSV毒株与江苏代表株不属于同一进化分支的毒株,可能有独特的传播途径。     

江苏省发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒的核酸检测及全基因组序列分析

目的 对江苏省2010年发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)进行核酸检测并分析其全基因组序列.方法 用荧光定量PCR的方法对江苏省2010年SFTSV感染病例进行核酸检测,将所有阳性标本进行病毒分离,取8株代表性毒株测定其全基因组序列,序列结果用DNA Star和MEGA4软件进行分析.结果 33例发热伴血小板减少综合征疑似病例中,20例SFTSV核酸检测阳性.1例狗标本SFTSV检测也为阳性.8株SFTSV毒株全基因组序列与国内其他地区流行株的序列高度同源,其中M片段核苷酸序列同源性介于95.8％～98.7％之间,氨基酸序列同源性介于98.7％～99.7％之间;而与汉坦病毒属和白蛉热病毒属的相关序列相比差异较大,M段核苷酸序列同源性最高仅为27.1％,氨基酸序列同源性最高仅为7.3％.与一代病例密切接触后发病的二代病例序列与一代病例序列完全一致;狗携带的SFTSV序列与病人序列高度同源.结论 SFTSV江苏株与国内参考株序列无明显差异,与布尼亚病毒科的其他属序列差异巨大;SFTSV存在人传人的可能性;狗可能是SFTSV的传播宿主之一.     

济南市发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒基因组特征分析

目的 分析济南市发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(Severe fever with thrombocytopenia syndrome bunyavirus, SFTSV)基因组特征。方法 通过参考文献并对引物进行矫正,获得SFTSV全基因组序列。应用DNAstar 7.1、MEGA等软件对基因组序列进行基因位点、遗传进化、同源比对分析,建立L、M、S片段基因系统进化树。结果 成功获得7株济南市SFTSV全基因组序列,每株分离株基因组全长均为11 490 bp,其中L片段6 368 bp,M片段3 378 bp,S片段1 744 bp。济南市SFTSV属C基因型C3分支。与湖北、河南及山东省泰安和青岛市基因序列同源性高,呈现出明显地域性特点。核苷酸变异以碱基转(颠)换为主,2018年SFTSV分离株共存在0.03%氨基酸突变位点,2019年存在0.02%氨基酸突变位点,2020年存在0.11%氨基酸突变,2020年较2018、2019年明显增多。 结论 利用测序方法测定的济南市SFTSV,其基因组序列分析表明与我国流行的SFTSV相近,氨基酸序列突变有增多趋势,需密切关注其致病力、毒力及传播力的改变。     

江苏省2007年麻疹野毒株基因特征分析

目的 阐明江苏省2007年流行的麻疹野病毒分离株的基因特征,为控制、消除麻疹提供依据.方法 用Ve-ro-Slam细胞从麻疹患者的咽拭子标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)从分离到的麻疹病毒株中扩增出核蛋白(Nucleoprotein,N)基因羧基末端600个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析.结果 江苏省2007年分离的14株麻疹野病毒全部为H1基囚型中的H1a基因亚型,在基因树上有多个分支.14株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.7%～100.0%,氨基酸同源性为94.0%～100.0%.与中国沪191麻疹疫苗株的核苷酸同源性为90.1%～91.6%,氨基酸同源性为84.7%～88.0%;与H2基因型代表株China94-1的核廿酸问源性为91.6%～93.4 0A,氨基酸同源性为88.0%～91.3%.结论 江苏省2007年流行的麻疹野病毒优势基闪亚型为H1a,与我国大陆其它省份流行的优势基因亚型相同.     

羊及其体表蜱中SFTSV的分离培养与全基因序列分析

目的调查2012年春季江苏省某县羊及其体表蜱中发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)感染情况,并对分离到的毒株进行全基因序列分析。方法采用荧光定量RT-PCR法对标本进行SFTSV核酸检测,所有阳性标本进行病毒分离并测序,序列结果用Lasergene和MEGA4软件进行拼接和分析。结果 7只羊和从羊体上采集的93只长角血蜱中,1只羊的血清和淋巴结SFTSV核酸检测呈阳性,附着于该羊体表的1只长角血蜱病毒核酸也呈阳性,通过病毒分离获得2株SFTSV毒株,JS2012-yang01(羊)和JS2012-pi01(蜱)。序列分析结果显示,JS2012-yang01和JS2012-pi01的L、M和S基因片段的核苷酸同源性分别为99.8%、99.8%、100.0%,氨基酸同源性分别为99.6%、99.6%、100.0%,进化树分析显示两株病毒处于同一亚分支。2株毒株与中国其他地区流行的SFTSV毒株核苷酸序列同源性介于95.9%⁹9.6%(L基因),94.7%99.6%(L基因),94.7%⁹9.5%(M基因)和95.0%99.5%(M基因)和95.0%⁹9.5%(S基因),与布尼亚病毒科白蛉病毒属其他毒株序列差异较大。结论该调查中分离自羊和蜱的SFTSV高度同源。蜱虫通过叮咬吸血,可能在SFTSV从动物到人的传播过程中起媒介作用。     

中国部分地区埃可病毒30型分离株VP1区基因序列的特征分析

目的研究中国部分地区埃可病毒30型(Echovirus 30,Echo30)分离株的基因特征和遗传进化规律。方法利用Mega6.0软件对Gen Bank核苷酸数据库收录的分离于中国10个地区的Echo30分离株全长VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸的同源性,计算核苷酸分子进化速率。结果纳入中国10个地区E-cho30分离株合计361株,分析结果显示中国10个地区地区Echo30流行毒株潜在的优势基因型为D。收录中国10个地区Echo30分离株间核苷酸和氨基酸差异性为7.8%～26.1%和1.2%～9.1%,与其他基因型分离株间核苷酸和氨基酸差异性为17.3%～28.5%和5.3%～9.5%。基因型D分离株核苷酸进化速率为5×10-3/(位点/年)。结论 Gen Bank数据库收录的中国地区Echo30分离株以基因型D为主,各亚型间毒株序列核苷酸差异性较小,亲缘性较近。     

金山区柯萨奇病毒A组6型基因特征分析

目的分析上海市金山区2017—2018年分离的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6) VP1基因特征和氨基酸位点突变,为手足口病防控提供依据。方法对金山区2017—2018年采集并分离到16株Cox A6分离株VP1全长基因进行扩增、测序、序列比对,构建系统发生树,分析核苷酸和氨基酸同源性以及氨基酸位点突变。结果金山区16株Cox A6分离株均属于E2亚型同一个进化分支,16株间VP1基因核苷酸同源性为92.3%～97.7%,氨基酸同源性为98.4%～100.0%。与金山区16株分离株同源性最高的是2018年山东分离株MK357081/CHN/SD/JN/2018,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7%～99.3%和98.7%～99.7%。13株Cox A6分离株VP1氨基酸序列存在氨基酸位点变异,涉及8个氨基酸变异位点,但在抗原表位重要位点201D、243H、245R、247Y、248M和249R均未检测到抗原漂移。结论 16株Cox A6分离株核苷酸和氨基酸序列高度同源且位于E2亚型同一进化分支;Cox A6 E2亚型可能是金山区2017—2018年流行的主导基因型,金山区Cox A6 VP1存在氨基酸突变位点但未涉及关键的抗原表位。     

2010一2011年湖南省郴州市手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010-2011年湖南省郴州市手足口病EV71病毒的基因特征,为手足口病的预防控制提供科学依据。方法从2010-2011年郴州市各县（市、区）送检的手足口病肛拭子标本中随机挑选60份标本采用RD细胞进行病毒分离,采用Realtime—RT—PCR方法检测肠道病毒核酸,挑选14株致细胞病变阳性且EV71核酸检测阳性的标本（其中2010年的4株均为郴州市手足口流行夏季高峰期分离株,2011年的毒株主要为冬季高峰期分离株）,采用RT—PCR法扩增出EV71分离株的VP1区片段,随后进行VP1区核苷酸序列测定和分析,并使用生物信息学方法作基因特性分析。结果郴州市14株EV71毒株在生物进化树上与CAa亚型的代表株属同一分支。14株EV71毒株之间核苷酸序列的同源性在96．1％～100．0％之间,氨基酸序列的同源性在99．3％～100．0％之间;与A、B、C各基因型和亚型代表株EV71VP1编码区核苷酸和氨基酸序列同源性分析表明,郴州各分离株与安徽阜阳2008年毒株C4a亚型代表株（EU703812）的同源性最高,其中核苷酸同源性在91．8％-93．3％之间,氨基酸同源性均为99．3％。14株分离株与安徽阜阳2008年毒株（C4a亚型代表株）VP1区段的氨基酸编码序列进行比较,发现K98E、S283T和A293S3处位点变异,重症病例与普通病例的EV71病毒VPI氨基酸变异无明显差异。结论2010-2011年郴州市手足口病的优势毒株EV71属于C4a基因亚型。郴州市各县（市、区）的EV71亲缘关系近,毒株基因较稳定,未发现氨基酸突变位点与病例类型有关联。     

2012-2013年广西桂林地区肠道病毒71型所致手足口病病例的病原学分析

目的对2012-2013年广西桂林地区的手足口病病例进行肠道病毒71型(EV71)相关病原学分析。方法收集手足口病病例样本737份,采用RT-PCR方法进行检测,选取EV71阳性样本分离病毒,将获取的毒株经RT-PCR方法扩增VP1基因序列并测序,对VP1基因进行进化分析。结果 737份病例中,荧光PCR检测出EV71感染共169例,阳性率为22.93%,测序获得的89株EV71的VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性为95.01%~100.00%和98.47%~100.00%,与C4亚型代表株核苷酸同源性大于95%,氨基酸同源性大于97%,并在系统进化树中与C4a亚型代表株处于同一分支,对89份样本VP1基因编码的氨基酸序列与安徽阜阳的FY23毒株进行了比较,发现89株病毒均在791位由S(丝氨酸)变为P(脯氨酸)。结论本研究所收集的2012-2013年广西桂林地区的89例EV71所致手足口病均为C4a亚型的EV71感染。     

安徽省2018-2022年风疹病毒流行株基因特征

目的 分析安徽省风疹病毒(Rubella virus, RV)流行株基因特征。方法 对安徽省2018-2022年RV阳性咽拭子标本开展RV分离、靶基因序列扩增和序列测定分析，构建与1E和2B基因亚型参考株之间的基因亲缘性关系树，鉴定RV基因亚型，分析核苷酸和氨基酸序列同源性。结果 2018-2021年共分离获得83株RV毒株，其中1E-L2基因亚型81株，来自2018-2020年13个地市；2B-L2c基因亚型2株，来自2019年和2021年2个地市；2022年未获得RV毒株。与其他省份同期的相应RV代表株相比，1E-L2基因亚型流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.32%-100%和98.78%-100%,2B-L2c基因亚型流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.59%-99.86%和100%。结论 安徽省2018-2021年RV流行株为输入性的1E-L2和2B-L2c基因亚型，其中1E-L2基因亚型RV为2018-2020年优势流行株。2022年流行RV基因型别不详，需加强风疹病原学监测。     

辽宁省汉滩型汉坦病毒基因特征及分布研究

目的探讨辽宁省汉滩型汉坦病毒(HTNV)的基因特征及其分布情况。方法在辽宁省肾综合征出血热(HFRS)主要流行地区收集鼠肺和HFRS患者标本,采用间接免疫荧光法检测鼠肺中HV抗原,以RTPCR方法扩增标本中M和S基因片段的特异性核苷酸序列,将HTNV的阳性产物测序,并进行同源性比对和系统发生分析。结果辽宁省HFRS疫区HTNV主要为黑线姬鼠所携带;从鼠肺标本中扩增出M片段4份,患者标本中扩增出M片段5份,S片段1份;M片段的核苷酸同源性分析表明,辽宁株与Bao14、CJAp267等株同源性最高,为95%～97%,与HTNV原型株76-118同源性为87.4%～89.0%;系统发生分析显示辽宁株均分布于同一支内,与Bao14、CJAp267等株构成一个独立的支系,同属于H4亚型;TL2S基因片段与YaluRiver13核苷酸同源性最高(97.1%),与HTNV原型株76-118同源性为91.2%;推导的S片段氨基酸同源性,TL2与Bao14、CJAp93同源性较高,为93.0%～96.2%,与其他代表株同源性多在74.1%～81.6%;而且基于S片段的系统发生分析提示与M片段的分型结果基本一致,与Bao14、CJAp93等株位于同一分支内,为H4亚型。结论目前辽宁省流行的HTNV主要为H4基因亚型,基因亚型的分布相对比较单一。     

埃可病毒11型分离株的分子流行病学研究

目的分析埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)分离株全长VP1区序列的遗传进化规律和流行趋势。方法从GenBank下载全球Echo11型病毒分离株全长VP1区序列,采用生物信息学技术手段构建进化树、测算序列同源性、预测正向选择位点、计算氨基酸置换熵值。结果合计纳入433株Echo11型病毒分离株,毒株来源于34个国家,时间跨度为1953—2018年;上传地区前3位是中国(143株,占33.0%)、俄罗斯(91株,占21.0%)和日本(36株,占8.3%);基因型A和D为流行优势株。433株分离株VP1区核苷酸和氨基酸序列平均同源性分别为81.9%和92.0%。不同基因型间平均同源性分别为75.6%～81.1%和86.8%～93.0%。核苷酸碱基总突变数10 844bp,总突变率2.9%;276位氨基酸为正向选择位点,存在34个氨基酸易突变位点,易突变率11.6%。结论全球Echo11型病毒存在不同基因型分离株循环流行,分子亲缘性较远。     

开封地区病毒性脑炎病原分离株Echo30的分子流行病学分析

目的研究开封地区2008年病毒性脑炎病原分离株Echo30VP1区基因特征及其分子流行病学特点。方法对开封地区2008年病毒性脑炎监测病例脑脊液标本中分离到的8株Echo30病毒进行VP1区全基因序列测定,与GeneBank上发表的ECHO30型VP1区进行同源性比较,通过构建进化树对其进行遗传进化分析。结果所测8株Echo30VP1区基因全长均为876bp,翻译的氨基酸全长292aa。8株病毒VP1区核苷酸同源性为92.8%～99.7%,氨基酸同源性为93.0%～99.7%;与GenBank相关毒株基因组序列比对显示开封地区2008年分离株均与江苏省2003年分离株同源性较高;进化分析表明属于第7组。结论 2008年开封地区Echo30分离株与2003年江苏省分离株亲缘关系最近,可能具有相同来源。     

中国大陆柯萨奇病毒A组16型全基因参照序列的初步建立和分析

目的 建立中国大陆柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)流行株的全基因参照序列.方法 从GenBank中获得CoxA16中国大陆分离株的所有全基因序列和氨基酸序列,用DNAstar/MegAlign软件对所得序列进行多序列比对和进化分析,按照参照序列标准拟定CoxA16的全基因参照序列和氨基酸序列,并与参考序列进行比对分析.结果 中国大陆分离的CoxA16毒株全基因序列共8株,分离于2005-2009年,其中2008年5株,广东省5株;通过序列比对获得了大陆CoxA 16全基因和氨基酸参照序列;参考毒株间核苷酸序列同源性介于79.0％～98.8％,氨基酸序列同源性为94.3％～99.9％,与参照序列的核苷酸同源性为79.7％～97.0％,氨基酸同源性介于95.1％～99.5％之间,同源性最低的为2008年安徽阜阳的FY18株.结论 比对分析了中国大陆CoxA16毒株全序列,成功建立了中国大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列.     

四川省2003～2005年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解四川省2003~2005年流行的麻疹野病毒分离株基因特征,为控制、消除麻疹提供科学依据。方法用B95a、Vero/Slam细胞从疑似麻疹爆发和散发患者的标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)从分离到的22株麻疹病毒中扩增出核蛋白(nucleoprotein,N)基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析。结果四川省2003~2005年从6个市(自治州,下同)分离的22株麻疹野病毒全部为H1基因型,除2株为H1b基因亚型外,其余均为H1a基因亚型。22株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.2%~100.0%,氨基酸同源性为95.3%~100.0%。四川省11株麻疹病毒代表株与中国S191疫苗株的核苷酸同源性为90.0%~92.5%,氨基酸同源性为86.7%~91.6%。结论四川省2003~2005年流行的麻疹野病毒以H1a为绝对优势基因亚型,H1b为弱势基因亚型,未发现H1c基因亚型。其中以H1a基因亚型为主的病毒株引起的多个传播链造成四川省各市的麻疹流行。     

2006-2010年埃可病毒11型四川分离株的基因特征分析

目的 了解埃可病毒11型(Echovirus 11,E11)四川分离株的基因特征。 方法 对2006-2010年四川省急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例中分离到的9株E11进行全VP1区逆转录-聚合酶链(RT-PCR)反应扩增和核苷酸序列测定,构建遗传进化树进行基因特征分析。 结果 9株E11四川分离株之间核苷酸同源性为85.9%～96.0%,氨基酸同源性为96.0%～98.6%;与Gregory原型株之间的核苷酸同源性为77.6%～79.7%,氨基酸同源性为91.4%～93.1%。9株E11均为A基因型,其中8株为A6基因亚型,1株为A5基因亚型。 结论 2006-2010年E11四川分离株为A5和A6基因亚型,其中以A6基因亚型为主。     

2004～2006年江西省甲3亚型流感疫苗预防效果的基因分析

[目的]了解江西省2004～2006年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果. [方法]采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析. [结果]21株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.09%.2004年甲3亚型流感病毒分离株与当年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.8%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.17个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氢基酸替换.2005年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%～99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的甲3亚型流感上有良好的预防效果;对2006年度的甲3亚型流感预防效果不 够理想. 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%～99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的甲3亚型流感上有良好的预防效果;对2006年度的甲3亚型流感预防效果不 够理想. 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%～99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的     

肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 了解2009-2010年山东省临沂市肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征,初步探讨VP1区核苷酸或氨基酸变异与不同临床类型的关系.方法 从手足口病(HFMD)病例、重症病例和死亡病例的粪便标本中分离获得23株EV71病毒株,RT-PCR扩增VP1区,并进行序列测定和分析.结果 23株分离株与A、B基因型同源性较低;与C4亚型的C4a群代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别达到92.8％～93.5％和98.3％ ～99.3％,明显高于其他亚型代表株的同源性;各分离株间的氨基酸序列比对显示无特征性改变.结论 2009-2010年临沂地区流行的EV71是C4亚型的C4a群,HFMD病例、重症病例和死亡病例分离株VP1区核苷酸序列和氨基酸序列无特征性差异.