2010-2012年扬州市手足口病病原构成及柯萨奇A组16型病毒分离株VP1基因特征分析

目的分析2010-2012年扬州地区手足口病的病原构成,并对柯萨奇A组16型(CA16)的VP1基因进行基因特征分析,了解扬州地区CA16病毒基因组VP1基因变化趋势。方法对2010-2012年从扬州市各县市区医院采集的手足口病临床标本1 309例进行肠道病毒荧光PCR检测,挑选56株CA16阳性标本进行病毒分离培养鉴定,并对6株CA16病毒分离株进行VP1基因测序,测序后利用DNAstar7.0软件进行基因比对,构建系统发生树。结果1 309份标本中检测到372份EV71阳性,295份CA16阳性,157份其他肠道病毒阳性。56株CA16阳性标本接种RD细胞获得30株CA16阳性毒株,测定其中6株病毒的VP1核苷酸序列,其同源性为96.4%~99.9%,氨基酸同源性为99.0%~100.0%,同GenBank中77株CA16参比毒株序列进化分析显示其属于B1b基因群。结论2010-2012年扬州市HFMD的主要病原为CA16(35.80%)和EV71(45.15%),2011年以来其他肠道病毒比例显著上升。本地区分离CA16毒株同源性较高,与近年多数中国大陆分离株形成进化树上亲缘关系较近的一群,未出现明显毒力变化。     

2014-2019年琼山区儿童重症手足口病病原学与流行病学特征

目的探讨2014-2019年海南省海口市琼山区重症手足口病儿童的流行病学、病原学分布及VP1基因特征。方法收集海南省海口市琼山区2014-2019年手足口病、重症手足口病病例一般资料,采用实时荧光逆转录-聚合酶链反应检测通用肠道病毒、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)及肠道病毒71型(EV71)核酸,扩增VP1基因编码区并进行测序。结果 2014-2019年海南省海口市琼山区共报告手足口病11 248例,重症病例75例,死亡病例4例,2014-2019年海南省海口市琼山区手足口病总体发病率呈现先升高后下降趋势,其中2016年发病率最高;手足口病及重症病例在各个月份均有分布,其中5～8月发病率最高。随时间推移,EV71型病毒比例降低,其他肠道病毒比例升高。经培养、分离得到EV71毒株7株,毒株序列之间核甘酸、氨基酸同源性为97.1%～100.0%、99.1%～100.0%;7株毒株序列与C4a亚型同源性最高,核苷酸、氨基酸同源性为93.8%～96.0%、99.4%～99.8%。经培养、分离得到CVA16毒株6株,毒株序列之间核甘酸、氨基酸同源性分别为97.7%～100.0%、99.2%～100.0%;6株毒株序列与B1b亚型同源性最高,核苷酸、氨基酸同源性分别为92.7%～97.2%、96.5%～99.9%。结论 2014-2019年海南省海口市琼山区手足口病发病呈现先升高后降低趋势,其病原菌谱随时间推移也发生改变,在临床预防中应加强对病原菌的监测,密切观察,更好的开展手足口病防控工作。     

江苏省新型布尼亚病毒分离株全长S片段基因特征分析

目的分析江苏省新型布尼亚病毒(SFTSV)分离株全长S片段基因的特征,为SFTSV监测和防控提供依据。方法通过GenBank获取江苏省上传的SFTSV毒株全长S片段基因序列信息,通过构建系统进化树鉴定基因型,分析各毒株间核苷酸和氨基酸序列的同源性。结果获取江苏省上传的35株SFTSV毒株基因信息,毒株分离年份为2010—2014年,主要为人源毒株,有28株,占80.00%。基因亚型主要为C4和C2,分别有16和14株,分别占45.71%和40.00%。35株SFTSV毒株全长S片段基因核苷酸序列同源性百分比为94.38%～100.00%,氨基酸序列同源性百分比为89.42%～100.00%;35株毒株与各亚型参考毒株间核苷酸序列同源性百分比为94.11%～100.00%,氨基酸序列同源性百分比为89.18%～100.00%;人源毒株与宿主动物分离株间核苷酸和氨基酸同源性为94.74%～99.91%和91.42%～99.80%。结论江苏省SFTSV分离株序列间亲缘性较近,其核苷酸和氨基酸高度同源。     

2009-2012年安徽省人肠道病毒71型的分子流行病学特征

目的 探讨安徽省手足口病患儿中肠道病毒71型(human enterovirus 71,HEV71)的分子流行病学特征.方法 对2009-2012年HEV71所致手足口病患儿的19份咽拭子标本进行HEV71病毒VP1区全基因核苷酸序列测定,其中1份标本来自河南信阳患儿,其余均来自安徽省辖区患儿.所得序列与国内外HEV71毒株的核苷酸序列做比对分析,构建进化树.结果 19株病毒核酸VP1区全基因均为891个核苷酸,编码297个氨基酸.所得序列与A、B、C基因型的核苷酸同源性分别为82.6％～83.6％、83.3％～85.5％、86.7％ ～ 98.9％;氨基酸同源性分别为96.0％ ～97.0％、96.0％ ～97.7％、97.0％ ～ 100.0％.结论 六安市2009-2012年HEV71流行株在种系进化上与我国大陆近几年分离的毒株具有较高的同源性(94.6％～98.9％),同属于C4a基因亚型,与中国大陆前几年分离株C4b基因亚型较近.     

金山区柯萨奇病毒A组6型基因特征分析

目的分析上海市金山区2017—2018年分离的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6) VP1基因特征和氨基酸位点突变,为手足口病防控提供依据。方法对金山区2017—2018年采集并分离到16株Cox A6分离株VP1全长基因进行扩增、测序、序列比对,构建系统发生树,分析核苷酸和氨基酸同源性以及氨基酸位点突变。结果金山区16株Cox A6分离株均属于E2亚型同一个进化分支,16株间VP1基因核苷酸同源性为92.3%～97.7%,氨基酸同源性为98.4%～100.0%。与金山区16株分离株同源性最高的是2018年山东分离株MK357081/CHN/SD/JN/2018,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7%～99.3%和98.7%～99.7%。13株Cox A6分离株VP1氨基酸序列存在氨基酸位点变异,涉及8个氨基酸变异位点,但在抗原表位重要位点201D、243H、245R、247Y、248M和249R均未检测到抗原漂移。结论 16株Cox A6分离株核苷酸和氨基酸序列高度同源且位于E2亚型同一进化分支;Cox A6 E2亚型可能是金山区2017—2018年流行的主导基因型,金山区Cox A6 VP1存在氨基酸突变位点但未涉及关键的抗原表位。     

吉林省2013年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

目的了解吉林省2013年柯萨奇病毒A组16型(CVA16)流行特征、种系进化及基因分型。方法对吉林省2013年分离获得的9株CVA16阳性毒株的VP1编码区核苷酸进行扩增及序列测定,使用Mega 4.0和Bioedit软件进行序列分析。结果 9株CVA16流行株中,1株为B1a基因亚型,与3株B1a代表株相比,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为95.6%~96.8%和99.6%;8株为B1b基因亚型,与3株B1b代表株相比较,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为94.1%~96.1%和98.3%~100%。2013年流行株与代表株相比共发生了9处氨基酸位点变异,其中8株B1b亚型中有6株在第23位氨基酸位点发生了亮氨酸→蛋氨酸的变异。结论 B1b是引起吉林省2013年CVA16流行的主要基因亚型,并且有大部分CVA16流行株在第23氨基酸位点发生了共同变异。     

2009—2019年上海市闵行区手足口病病原谱及EV-A71和CV-A16病毒分离株VP1区基因特征分析

目的 了解2009—2019年上海市闵行区手足口病的病原谱,分析肠道病毒71型(enterovirus 71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)VP1区基因特征,为手足口病的综合防治提供科学依据。 方法 对2009—2019年闵行区手足口病监测点送检的标本应用实时荧光定量PCR进行病原学检测,分析病原学特征。EV-A71和CV-A16病毒分离株进行VP1区核苷酸序列测定,分析其同源性并构建系统进化树。 结果 2009—2019年共收集到5 364例手足口病病例标本,病原学检测阳性检出率为86.74%(4 653/5 364),其中EV-A71检出率为40.12%(2 152/5 364)、CV-A16为16.61%(891/5 364)、CV-A6为20.86%(1 119/5 364)、CV-A10为1.49%(80/5 364)。2009—2014年主要呈EV-A71和CV-A16共同流行趋势,2015—2019年主要以CV-A6和CV-A16共同流行为主。EV-A71分离株均为C4a型,VP1区核苷酸序列同源性为92.1%~99.3%、氨基酸序列同源性为98.1%~100.0%; CV-A16分离株均为B1基因型,存在B1b和B1a基因亚型的共同流行,VP1区核苷酸序列同源性为87.2%~99.6%、氨基酸序列同源性为97.9%~100.0%。 结论 2009—2019年上海市闵行区手足口病呈现EV-A71、CV-A16和CV-A6共同流行态势,不同年份的优势毒株呈现动态变化;而EV-A71流行株属于C4a亚型、CV-A16流行株存在B1b和B1a基因亚型的共同流行,与国内大部分地区的流行株基因亚型一致。     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010年长沙市手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）重症和普通病例肠道病毒71型（human Enterovirus 71,EV71）VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株（3254-TAI-98）的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性（分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%）;12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性：同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性（92.6%-93.3%和91.8%-92.7%）。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。     

安徽省肠道病毒71型VP1区基因分析

目的阐述引起安徽省2008年手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）流行的肠道病毒71型（enterovirus71,EV71）基因特征。方法采集HFMD暴发初期患者标本,进行病毒分离、培养,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）鉴定上述培养物。扩增病毒株及核酸样本的VP1编码区全基因,并进行序列测定和分析。结果暴发初期分离出3份病毒株,经中和试验及RT-PCR证实为EV71。根据VP1全基因序列与EV71基因型、亚型参考株构建亲缘性关系树,17份测序结果与C4亚型聚为一簇,与A、B、C1、C2、C3、C4基因型别（亚型）的核苷酸的同源性分别为：82.0%-83.0%、84.3%-85.4%、89.7%-91.1%、89.1%-90.7%、88.3%-89.8%、93.0%-94.6%;氨基酸的同源性分别为：93.9%-95.2%、96.6%-97.6%、97.9%-98.6%、98.6%-99.3%、98.3%-98.9%、98.6%-99.6%;簇内比较显示,1株2006年的EV71毒株与另16份2008年样本在C4亚型内又分属两个亚簇,核苷酸、氨基酸的同源性分别为：96.2%-96.9%、98.3%-99.3%。结论引起安徽省2008年HFMD的EV71为C4亚型,与2006年分离的1份毒株有差异,提示安徽省存在C4亚型的不同分支。     

Genetic characterization of enterovirus strains identified in Hand,Foot and Mouth Disease (HFMD): Emergence of B1c,C1 subgenotypes,E2 sublineage of CVA16, EV71 and CVA6 strains in India

Hand, Foot and Mouth disease (HFMD) is a common childhood disease and caused due to Enterovirus-A (EV-A), EV-B and EV-C species worldwide. Cases of HFMD were reported from, Ahmedabad (Gujarat, 2012) and Pune (Maharashtra, 2013–2014) in India. The present study highlights the identification of EV strains (CVA16, CVA6, CVA4 and Echo12), characterization of subgenotypes of CVA16, CVA6 strains during 2012–14 and CVA16, CVA6, EV71 strains reported from the earlier study (2009–10) in HFMD cases from India. A total 158 clinical specimens collected from 64 HFMD cases (2012–2014) were included in the study. EV detection was carried out by 5′NCR based RT-PCR, molecular typing and subgenotyping was by VP1/2A junction or VP1, full VP1 gene amplification respectively followed by phylogenetic analysis. The present study reports 63.92% (101/158) EV positivity by RT-PCR. Ninety four of the 101 (93.06%) EV positive strains were amplified by VP1/2A junction or VP1 regions. Sequence analysis revealed the presence of CVA16 (61.7%), CVA6 (34.04%), CVA4 and Echo12 (4.3%). A total of 114 EV positive strains were genotyped using full and partial VP1 region. All CVA16 Indian strains (n = 70) clustered with rarely reported B1c subgenotype, CVA6 (n = 43) and EV71 (n = 1) strains clustered with sub-lineage E2 and C1 subgenotypes respectively. In summary, the study reports genetic characterization of CVA16, CVA6, CVA4 and Echo12 strains in HFMD cases from India. Circulation of B1c subgenotype of CVA16, E2 sub-lineage of CVA6 and C1 subgenotype of EV 71 strains in HFMD cases were reported for the first time from India. This study helps to understand the genotype distribution, genetic diversity of EV strains associated with HFMD from Eastern, Western and Southern regions in India.     

宁夏地区2008年肠道病毒7 1型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.