人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

应用基因表达谱技术研究人脑动脉瘤细胞信号传导相关基因

应用基因芯片分析人脑动脉瘤基因表达谱 ,分析细胞信号传导相关基因的差异表达。提取 4例人脑动脉瘤标本及作为正常对照的人颅底动脉环标本总RNA、mRNA ,进行线性扩增 ,通过逆转录的方法标记、制成cDNA探针 ,探针与84 6 4点基因表达谱芯片杂交 ,扫描芯片荧光信号图像 ,分析比较差异表达的基因。结果 :在 84 6 4条基因中 ,有 15条细胞信号传导相关基因表达有显著差异 ,其中表达上调 13条 ,表达下调 2条。提示 :差异表达的细胞信号传导相关基因及其参与的病理过程与脑动脉瘤的病理发生有关。     

应用基因表达谱芯片研究硫化砷作用后K562细胞基因表达的变化

目的：利用基因表达谱芯片检测K562细胞在硫化砷作用前后基因表达的差异性进行比较研究。方法：研究对象为人慢性粒细胞白血病细胞株K562,用cy3和cy5两种不同的荧光染料通过逆转录反应将K562经硫化砷作用前后的mRNA分别标记成两种探针,并与载有一组靶的基因表达谱芯片进行杂交,通过计算机扫描分析得到这些基因在经硫化处理前后的表达差异,结果：筛选出包括与DNA结合,转录和转录因子,蛋白翻译,细胞周期等相关表达差异的基因共11条,其中7条表达上调,4条表达下调,结论：周期素E2,周期素G2可能参与硫化砷诱导K562细胞凋亡发生机制。     

应用基因芯片技术对2型糖尿病胰岛素抵抗脂肪信号转导相关基因的研究

目的 应用基因芯片技术比较2型糖尿病胰岛素抵抗(IR)患者与正常人大网膜脂肪组织信号转导相关基因表达谱的差异,以进一步阐明IR的发病机制并探索新的治疗方法。方法 分别以Cy5和Cy3两种荧光染料通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)将IR组和对照组脂肪组织的mRNA标记成探针,并与载有1组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度,经计算机软件分析,寻找两组差异表达基因。结果 IR组和对照组之间共筛选出82条差异表达基因。其中信号转导相关差异表达基因19条,表达增加的基因12条,表达降低的基因7条。RT-PCR验证,IR组MKP-4表达明显升高。结论 基因表达谱芯片筛选提示IR的发病涉及多个方面,并与受体信号转导密切相关,为阐明IR的信号转导机制提供强有力的工具。     

理冲生髓饮对卵巢癌细胞株SKOV3基因表达的影响

目的:研究理冲生髓饮对人卵巢浆液性乳头状囊腺癌细胞株SKOV3的抑制作用,并利用基因表达谱芯片探索其作用机制。方法:Wistar大鼠随机分组,灌胃给药,采血制备含药血清。提取对照组及理冲生髓饮组肿瘤细胞mRNA,制备cDNA探针并分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因。结果:共筛选出显著表达差异基因136种,其中16种基因表达水平下调,120种基因表达上调。结论:理冲生髓饮对SKOV3生长有抑制作用,调节癌基因及其相关的信号传导、改变肿瘤细胞蛋白合成等可能是其作用机制。     

乙型肝炎肝硬化基因表达谱的研究

目的利用寡核苷酸芯片测定乙型肝炎肝硬化基因表达谱,筛选肝硬化差异基因。方法应用含有18 993个已知基因的A ffym etrix U133p lus2.0芯片,对从肝硬化抽提及纯化标记的mRNA进行芯片杂交,用GeneP ix 4 000A荧光激光扫描系统对芯片进行扫描,GeneP ix 3.0分析软件处理杂交信号获取结果。以Northern印迹技术检验芯片分析结果的可靠性。结果芯片分析结果具有可重复性。肝硬化差异表达基因共有118个,上调基因63个,下调基因55个。结论寡核苷酸芯片是筛选肝硬化差异表达基因的有力工具,多基因差异表达参与肝硬化发生。     

基因芯片筛选非综合征型唇腭裂差异表达基因的初步研究

目的：利用全基因组表达谱芯片技术,分析非综合征型唇腭裂（nonsyndromic cleft lip with or without palate,NSCL/P）患儿与正常儿童基因表达的差异,筛选出非综合征型唇腭相关基因。方法：采用离心柱法分别提取正常儿童和NSCL/P患儿腭部组织各3例的总RNA,经纯化后逆转录为cDNA,利用荧光染料（Cy3）标记aaUTP,转录合成标记的cRNA,经纯化及质检后与Agilent 4 × 44 k人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据进行归一化处理,利用倍数差异和t检验筛选差异表达基因,采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能,选取特定的差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果：筛选出差异基因共254个,其中表达上调的有151个,表达下调的有103个。选取5条差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,ADH1C（t=5.132,P=0.000）、RDH10（t=2.960,P=0.039）、HIST1H2BD（t=4.446,P=0.001）3条基因表达下调,KAT2B（t=-4.945,P=0.000）、FOSB（t=-3.666,P=0.005）2条基因表达上调,差异有统计学意义,且与芯片结果表达趋势一致。结论：NSCL/P患儿基因表达与正常儿童存在明显差异,分析这些差异基因,有助于阐明NSCL/P的发病机制,为疾病的预防提供理论依据。     

两种限制性标记方法提高基因芯片杂交结果的信噪比

目的 研究采用荧光标记的通用引物扩增或在扩增中掺人荧光标记dNTP两种限制性荧光标记方法标记探针对提高表达谱基因芯片杂交结果信噪比的作用。方法 酵母mRNA经常规逆转录标记方法及两种限制性标记方法进行标记，探针纯化后与酵母表达谱基因芯片进行杂交，在同等条件下进行杂交后清洗和芯片扫描检测。结果 两种限制性标记方法与直接逆转录标记相比杂交结果背景低，信噪比及灵敏度高，其中以荧光标记的通用引物扩增效果最佳。结论 采用限制性标记方法后杂交结果信噪比提高，有利于基因芯片技术的应用。     

基因芯片技术在胰腺癌相关基因研究中的应用

目的　应用基因芯片技术比较胰腺癌组织与正常胰腺组织基因表达谱的差异 ,以寻找新的诊断指标和治疗位点。方法　将 12 80 0 0个人类全长基因的PCR产物点样在特殊处理后的玻片上制备基因芯片。采用逆转录的方法分别将Cy5 dUTP标记胰腺癌组织mRNA、Cy3 dUTP标记正常胰腺组织mRNA以制备探针。将每一标本的混合探针与芯片杂交 ,用ScanArray 30 0 0荧光扫描仪扫描荧光信号。应用ImaGene3.0软件分析、计算每点的Cy5和Cy3信号值。以Cy5 /Cy3比值的自然对数绝对值 >0 .6 9为标准 ,筛选差异表达基因。结果　在所检测的 6例胰腺癌标本中 ,共有 5 4个基因有差异表达 ,其中胰腺癌组织中表达上调基因 32个 (包括基因库中已登录基因 2 4个 ) ,表达下调基因 2 2个 (包括基因库中已登录基因 15个 )。结论　基因芯片技术为阐明胰腺癌特异基因表达谱提供了强有力的工具。     

应用基因芯片研究环孢素对大鼠肝脏基因表达的影响

目的研究环孢素对大鼠肝脏基因表达谱的影响。方法大鼠予以环孢素灌胃1次,摘取肝脏提取总RNA。用Cy3和Cy5 两种荧光物质分别标记阴性对照组和环孢素组肝组织cDNA,制备成探针与表达谱芯片进行杂交,获得的荧光信号图象用计算机扫描后进行数据分析,计算每点的Cy5和Cy3信号强度比值。结果在被检测的4096个基因中,环孢素组差异表达基因50个,占芯片基因总数 1．22％,其中表达上调的基因17个,表达下调的基因33个。结论环孢素的免疫抑制、抗肿瘤作用以及与其他药物的相互作用可能与一系列代谢相关基因的表达变化有关。     

Development of gene microarray in screening differently expressed genes in keloid and normal-control skin

Background Keloid is an intricate lesion that is probably regulated by many genes. In this study, the authors used the technique of complementary DNA (cDNA) microarray to analyse abnormal gene expression in keloids and normal control skins.Methods The polymerase chain reaction (PCR) products of 8400 genes were spotted in an array on chemical-material-coated-glass plates. The DNAs were fixed on the glass plates. The total RNAs were isolated from freshly excised human keloid and normal control skins, and the mRNAs were then purified. The mRNA from both keloid and normal control skins were reversely transcribed to cDNAs,with the incorporation of fluorescent dUTP, for preparing the hybridisation probes. The mixed probes were then hybridised to the cDNA microarray. After thorough washing, the cDNA microarray was scanned for differing fluorescent signals from two types of tissues. Gene expression of tissue growth factor-β1 (TGF-β1) and of c-myc was detected with both RT-PCR and Northern blot hybridisation to confirm the effectiveness of cDNA microarray.Results Among the 8400 human genes, 402 were detected with different expression levels betweenkeloid and normal control skins. Two hundred and fifty genes, including TGF-β1 and c-myc, were upregulated and 152 genes were down-regulated. Higher expressions of TGF-β1 and c-myc in keloidwere also revealed using RT-PCR and Northern blot methods.Conclusion cDNA microarray analysis provides a powerful tool for investigating differential gene expression in keloid and normal control skins. Keloid is a complicated lesion with many genesin volved.     

利用基因芯片技术对小鼠隐睾相关基因谱研究

目的：利用基因芯片研究小鼠隐睾相关基因谱的改变.方法：建立小鼠隐睾模型,分别提取正常及异常睾丸组织的mRNA,制备杂交用cDNA探针,在包含小鼠4000条cDNA片段的基因芯片上点样、杂交、洗涤后,通过计算机观察二者表达谱的差异情况,并对其中表达下降的COX8a进行RNA斑点印迹杂交以验证基因芯片结果.结果：通过基因芯片筛选,获得34条与小鼠隐睾相关的基因.RNA斑点印迹支持基因芯片杂交结果.结论：利用基因芯片研究小鼠隐睾睾丸组织与正常睾丸组织差异表达的基因谱可以用于高通量筛选隐睾相关基因以及进一步的研究;COX8a可能在隐睾症的发生与进展过程中起一定的作用.     

大鼠骨髓基质细胞传代培养中相关基因的差异表达

目的:研究大鼠骨髓基质细胞(BMSCs)体外传代培养中相关基因的差异表达.方法: 取大鼠骨髓,分离、培养骨髓基质细胞并传代,抽取细胞(mRNA)并逆转录成cDNA探针,用含有1176个基因片段的cDNA芯片检测相关基因的差异表达,整理、分析实验数据.结果: 传至P3代细胞与原代细胞(P0)相比有104个基因的差异表达超过了3倍,其中有53个基因表达量明显上升,51个基因表达量明显下降,主要涉及一些细胞粘附分子及胞外基质、细胞信号与传导、细胞受体和细胞骨架等方面的相关基因.结论: 通过基因芯片技术可以显示BMSCs在体外传代培养中众多基因的差异表达,而这些基因的差异表达与细胞的增殖和分化存在一定的关系,此为今后从基因水平上评价BMSCs在传代及临床应用中的稳定性提供了理论依据.     

人激肽释放酶10在卵巢癌组织中的表达及其意义

目的：研究人激肽释放酶10（hK10）在卵巢癌组织中的表达,探讨hK10基因在卵巢癌早期诊断研究中的意义。方法：①应用4 097靶基因点基因芯片对5例卵巢浆液性囊腺癌及5例正常卵巢组织进行基因表达谱分析,筛查差异表达基因。②应用RT-PCR检测32例卵巢浆液性囊腺癌组织、20例卵巢浆液性囊腺瘤组织及16例正常卵巢组织中hK10表达并对比分析。结果：①基因芯片筛查出差异表达基因58个,其中表达增高（上调趋势）基因30个,表达降低（下调趋势）基因28个,hK10基因为表达上调基因（Cy5/Cy3＝3.031）。②hK10基因在正常卵巢及卵巢瘤组织中有弱表达(0.023±0015和0.023±0.045),在卵巢癌组织中表达明显增强(0.106±0.045),hK10基因在卵巢癌组的表达明显高于正常卵巢组及卵巢瘤组（P<0.01）。结论：基因芯片能够用于筛查卵巢癌差异表达基因;hK10基因在卵巢癌组织表达明显增强,有望成为卵巢癌的肿瘤标志物。      

瘢痕疙瘩的差异表达基因谱研究

目的 应用基因芯片技术筛选瘢痕疙瘩组织的差异表达基因。探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法 应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片，检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因的差异表达变化，筛选出差异表达基因，应用RT-PCR验证芯片结果；建立与瘢痕疙瘩形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果 与正常皮肤组织相比，瘢痕疙瘩组织中发生显著性差异表达变化的基因有277个，其中上调163个、下调114个，涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论 创面过度愈合形成瘢痕疙瘩是一个复杂的病理生理过程，受多种基因表达调控：差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了瘢痕疙瘩发生的分子生物学概貌，有助于认识异常瘢痕形成的机制。     

应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

Gene expression profile differences in high and low metastatic human ovarian c ancer cell lines by gene chip

目的：用基因芯片技术研究高低转移人卵巢癌细胞系（HO-8910PM和HO-8910）基因表达谱差异,筛选与转移相关的基因。方法：按一步法分别抽提高低转移人卵巢癌细胞和对照正常卵巢组织的总RNA并纯化mRNA;分别将等量的高低转移人卵巢癌细胞及对照组织的mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在2张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。经洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用ImaGene3.0软件对扫描图像进行数字化处理,计算机分析高低转移人卵巢癌细胞系之间及与正常卵巢上皮基因表达谱差异。结果：人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有355个基因。高转移人卵巢癌细胞系HO-8910PM细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有323个基因。高转移人卵巢癌细胞系HO-8910PM与母系HO-8910比较差异2倍以上共有165个基因,其中两株细胞系比较差异3倍以上共有21个基因。结论：两株人卵巢癌细胞系与正常卵巢上皮细胞基因表达谱存在差异,提示这些基因与卵巢癌的发生和发展及高转移特性有关。本实验说明利用基因芯片对基因表达谱的检测可以为人体卵巢癌的基因诊断、治疗和预防提供新的方向。     

人类肛门直肠畸形基因表达谱的研究

目的：研究肛门直肠畸形患儿直肠末端的基因表达谱，初步筛查肛门直肠畸形的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片技术对3例先天性肛门直肠畸形患儿的直肠末端组织和3例正常直肠末端组织的基因表达进行检测。结果：在186个发育相关基因中，共发现差异表达基因54个，表达上调的52个，表达下调的2个。结论：先天性肛门直肠畸形的发生涉及多基因改变。基因表达谱芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平，是一种快捷高效的方法。