应用BiostarH-Ⅰ型基因芯片筛选肺鳞癌中细胞信号传导及免疫相关基因

目的利用基因芯片技术,寻找人类肺鳞癌组织和正常肺组织中与生物信号传导或免疫反应有关的差异表达基因。方法提取肺鳞癌和正常肺组织总RNA,反转录合成cDNA探针,混合后与BiostarH-Ⅰ型基因芯片杂交,ScanArray 4000扫描仪扫描杂交信号,计算机分析差异表达基因。结果筛选出差异表达的已知基因8条,其中5条表达上调(r>2.0),分别为METAP2、LIV-1、CUL2、CSE1L、RBBP2H1A;3条表达下调(r<0.5),分别为CX3CL1、HBB、CKB。结论利用基因芯片技术实现高通量筛选肺癌发病相关基因,发现8条在肺鳞癌中与细胞信号传导或免疫反应有关的差异表达基因,为今后更深入的研究指明了方向。     

以基因芯片技术研究Kkay小鼠2型糖尿病相关基因

目的以基因芯片技术研究Kkay2型糖尿病小鼠的差异表达基因。方法以包含8192条小鼠的cDNA基因表达谱芯片研究Kkay2型糖尿病小鼠肝脏的基因表达谱。结果共筛选出差异表达基因154条,包括全长基因68条,表达序列标识(EST)86条;其中40条基因表达增加,114条表达降低。结论多数已知功能基因的表达异常与以往的研究结论是一致的;cDNA基因芯片技术能够高通量分析糖尿病相关基因。     

老年人睾丸组织退化的基因表达谱研究

目的：研究老年人睾丸组织基因表达谱变化，为研究老年人睾丸功能衰退机制奠定基础。方法：知情同意下获取正常青年人和老年人睾丸组织标本各3例，采用QIAGEN RNA提取试剂盒提取总RNA，分别等量混合后制备探针。利用ClonTech公司生产的包含8000个已知基因的人类cDNA基因芯片[Atlas Plastic Human 8K Microarray(cat．#7905—1)]筛选差异表达基因。按基因功能分类方法对老年睾丸组织中差异表达的基因进行归类分析。用RT—PCR、T—A克隆测序等方法选择目的基因，验证基因芯片结果。结果：筛选到差异表达基因117个(1．46％)，83个基因在老年睾丸组织中表达下调，34个基因表达上调。在表达下调的基因中，代谢相关基因16个(19．3％)，与基因和蛋白表达相关的基因18个(21．7％)，信号通路相关基因16个(19．3％)，细胞分化相关基因19个(22．9％)，细胞结构和运动相关基因6个(7．2％)，细胞或内环境稳态相关基因4个(4．8％)，未知功能基因4个(4．8％)。在表达上调的基因中，代谢相关基因3个(8．8％)，与基因和蛋白表达相关的基因10个(29．4％)，信号通路相关基因2个(5．9％)，细胞分化相关基因11个(32．4％)，细胞结构和运动相关基因8个(23．5％)。RT—PCR及T—A克隆测序进一步证实呼吸链相关的基因cox7a2在老年睾丸组织显著上调，atp50显著下调。结论：老年人的睾丸组织中基因表达谱发生了明显变化，老年人睾丸功能衰退与多种基因表达变化有关，其中呼吸链功能相关cox7a2、atp50基因的显著差异表达可作为重要目的基因，可能对进一步研究睾丸功能衰退的机制具有重要意义。     

表达谱基因芯片筛选大隐静脉曲张致病相关基因的初步研究

目的:运用基因芯片技术研究曲张大隐静脉基因表达谱的变化.方法:选取原发性大隐静脉曲张病人隐-股交界瓣膜区静脉6条,取6条正常静脉作对照.提取血管组织总RNA,纯化mRNA后逆转录制备目标序列,应用含有4096种人类基因cDNA的表达谱芯片进行差异表达谱分析.结果:在原发性大隐静脉曲张的基因表达谱中差异表达基因共有168条,上调基因96条,下调基因72条,共存性差异表达基因39条,其中上调基因28条,下调基因11条.差异表达基因中有细胞凋亡相关基因、原癌基因和抑癌基因、细胞信号和传递蛋白基因等多种基因.这些基因可能与原发性大隐静脉曲张的发病机制有关.结论:采用基因芯片技术筛选大隐静脉曲张的致病相关基因,可能为其病因和发病机制的研究提供新思路.     

基因表达谱芯片在筛选胃腺癌相关基因中的应用

目的：应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：按一步法抽提胃腺癌和对照胃（正常）组织的RNA并纯化mRNA;将12800条人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照胃和胃腺癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后扫描荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在12800条基因中,胃腺癌与正常胃组织间存在差异表达的基因。在所检测的5例临床标本中均存在显差异表达的基因共27条（0．21％）,其中上调的11条（0．086％）,下调的16条（0．125％）,下调的基因中有2条为新基因。结论：微矩阵基因芯片在筛选胃腺癌发生相关基因的改变时、具有快速、高通量、高敏度等特点,胃腺癌基因差异表达谱的分析为胃癌的诊治提供了新的思路和线索。     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA，分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记，再与4096点基因芯片杂交，筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条，其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条；差异极显著性基因37条，表达上调24条，下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病，基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

顺铂腹腔注射对小鼠卵巢相关基因表达谱的影响

目的：应用基因芯片技术研究顺铂（Clsplatin）腹腔注射给药对小鼠卵巢相关基因表达的影响,探讨顺铂对卵巢功能损伤的作用机制。方法：建立化疗损伤后卵巢功能低下小鼠模型,按一步法抽提顺铂给药后的小鼠及对照组小鼠卵巢组织的总RNA;经逆转录分别用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组小鼠卵巢cDNA的探针,再与cDNA基因表达谱芯片杂交,结果由激光扫描仪扫描,并用计算机软件进行图像分析、标准化处理、ratio值分析和聚类分析。结果：顺铂给药后的小鼠与对照组小鼠卵巢组织基因表达谱分析发现,109个差异表达基因有19个基因低表达,90个基因高表达。结论：本研究从顺铂给药后的小鼠卵巢组织中筛选出大量的差异表达基因,说明这些基因可能参与顺铂对卵巢功能损伤的发生、发展过程,从而为化疗药物损伤性卵巢功能减退的诊治提供依据。     

应用基因芯片研究E2F-1过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,初步探讨E2F-1对胃癌细胞免疫功能影响的机制。方法分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA．纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出与免疫相关的差异表达基因,半定量RT-PCR方法验证差异表达基因。结果在21522条基因中,两组细胞间差异表达的免疫相关基因有10条,其中上调基因2条,下调基因8条。上调基因中有1条功能信息不明。其中myc的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论利用基因芯片技术筛选出E2F-1过表达影响胃癌细胞免疫功能的相关基因,为今后更深入的研究E2F-1对胃癌免疫功能的影响奠定了基础。     

利用基因芯片技术研究电击伤后心肌组织基因表达谱的改变

目的研究电击伤后心肌组织基因表达谱的改变,筛选与心肌电损伤过程相关的差异表达基因.方法将大鼠心脏电击伤3 h后的心肌组织(电击组)和正常心肌组织(对照组),分别提取总RNA,制备Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的标记的cDNA探针,并与BioStar-40基因芯片进行杂交.杂交信号经扫描后,计算机分析基因表达情况.结果电击伤后心肌组织中共有71个基因或EST发生差异表达,其中35个基因或EST表达上调,36个基因或EST(expressed sequence tags)表达下调.这些基因涉及凝血、炎症反应、信号转导及机体自稳态等多个方面,此外还有44个基因或EST的功能是未知的.结论利用基因芯片技术初步筛选出与心肌电损伤过程相关的多个差异表达基因,为揭示心脏电击伤的分子机制提供了依据.     

卵巢癌基因表达谱的cDNA微矩阵研究

目的： 探讨cDNA微矩阵（基因芯片）研究卵巢癌基因表达谱及分析部分差异表达基因功能的可行性。方法：采用4 097个靶基因点BiostarH-40s表达谱基因芯片, 检测5例卵巢浆液性腺癌及5例正常卵巢组织（cy3-dUTP标记正常卵巢组织的RNA,用cy5-dUTP标记卵巢癌组织的RNA）的基因表达谱。结果：两组病例卵巢癌基因表达谱中,4例以上差异表达基因163个,其中基因表达增高（上调趋势）66个,基因表达降低（下调趋势）97个。明确基因功能分类的差异表达基因37个,其中原癌基因和抑癌基因类基因3个,细胞周期蛋白类基因1个,细胞骨架及运动蛋白类基因6个,DNA结合、转录和转录因子类基因1个,细胞受体类基因2个,免疫相关蛋白类基因5个,代谢类基因7个,蛋白翻译合成类基因2个,发育相关基因3个,其他类基因7个。 结论： 应用cDNA微矩阵研究卵巢癌基因表达谱, 发现差异表达基因及其基因功能分类。     

基因芯片筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因的初步研究

目的:应用基因芯片技术进行喉鳞状上皮细胞癌相关基因表达谱差异分析,筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因.方法:从4例喉鳞状上皮细胞癌中相同患者体内取喉鳞状细胞癌组织和癌旁正常组织,应用含有人类全基因组的基因芯片进行分析.结果:在4例喉鳞状上皮细胞癌中共同基因表达显著差异的有349条,其中112条表达上调,237条表达下调.结论:基因芯片能提供大量喉癌相关基因表达谱的信息,分析这些差异表达的基因能够阐明喉鳞状上皮细胞癌复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系,并识别肿瘤的标记物,为进一步研究喉鳞状上皮细胞癌发生、发展相关基因打下基础.     

人鼻咽癌组织中转录因子相关基因的差异表达分析

目的 用cDNA微阵列膜比较鼻咽癌组织及正常组织的基因表达谱,研究鼻咽癌组织中转录因子相关基因的差异表达,为进一步探讨差异表达基因的调控机制奠定基础.方法 24例鼻咽癌组织总RNA和正常对照总RNA(24例正常鼻咽组织RNA等质量混合)分别经逆转录探针标记与微阵列膜杂交.然后用Pathway4.0软件分析杂交结果,并用RT-PCR反应验证微阵列杂交结果.结果 在1625个鼻咽癌差异表达基因中,共有转录因子相关基因35个,12个基因表达上调,23个基因表达下调.结论 在鼻咽癌组织中,多个转录因子相关基因的表达水平发生了变化,这些转录因子在鼻咽癌组织的基因表达调控中发挥重要作用.     

基因芯片技术在胰腺癌相关基因研究中的应用

目的　应用基因芯片技术比较胰腺癌组织与正常胰腺组织基因表达谱的差异 ,以寻找新的诊断指标和治疗位点。方法　将 12 80 0 0个人类全长基因的PCR产物点样在特殊处理后的玻片上制备基因芯片。采用逆转录的方法分别将Cy5 dUTP标记胰腺癌组织mRNA、Cy3 dUTP标记正常胰腺组织mRNA以制备探针。将每一标本的混合探针与芯片杂交 ,用ScanArray 30 0 0荧光扫描仪扫描荧光信号。应用ImaGene3.0软件分析、计算每点的Cy5和Cy3信号值。以Cy5 /Cy3比值的自然对数绝对值 >0 .6 9为标准 ,筛选差异表达基因。结果　在所检测的 6例胰腺癌标本中 ,共有 5 4个基因有差异表达 ,其中胰腺癌组织中表达上调基因 32个 (包括基因库中已登录基因 2 4个 ) ,表达下调基因 2 2个 (包括基因库中已登录基因 15个 )。结论　基因芯片技术为阐明胰腺癌特异基因表达谱提供了强有力的工具。     

人类肛门直肠畸形基因表达谱的研究

目的：研究肛门直肠畸形患儿直肠末端的基因表达谱，初步筛查肛门直肠畸形的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片技术对3例先天性肛门直肠畸形患儿的直肠末端组织和3例正常直肠末端组织的基因表达进行检测。结果：在186个发育相关基因中，共发现差异表达基因54个，表达上调的52个，表达下调的2个。结论：先天性肛门直肠畸形的发生涉及多基因改变。基因表达谱芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平，是一种快捷高效的方法。     

缺氧/复氧后鼠脑星形胶质细胞基因表达谱的初步分析

目的　该实验利用基因芯片技术研究缺氧 /复氧处理后鼠脑星形胶质细胞基因表达谱的变化 ,以深入认识星形胶质细胞在缺氧 /复氧处理后基因表达变化规律 ,为进一步全面认识神经胶质细胞在缺氧和缺血再灌注等情况下基因变化规律以及神经胶质细胞与神经元在损伤条件下相互依存关系提供实验依据和理论基础。方法　取人鼠脑星形胶质细胞作传代培养 ,传至第四代分组作缺氧 /复氧处理 ;用TRIzol试剂经过多个步骤提取制备好的星形胶质细胞样本总RNA ;利用基因芯片技术获取缺氧 /复氧处理后鼠脑星形胶质细胞的基因表达谱 ;利用GeneOntologyConsortium分析系统、OeneCards数据库和Pubmed检索系统对基因表达谱进行初步分析。结果　①基因表达谱 :在基因芯片测定了 4 0 96个点 ,共有差异表达基因 187个 ,其中 ,差异表达基因 187个 ,己知差异表达基因 4 6个 ,未知差异表达基因 14 1个 (EST片段 )。②已知差异表达基因 :在 4 6个已知差异表达基因中 ,表达下调的基因有 4 1个 ,表达上调的基因有 5个 ,未见报道的与缺氧 /复氧处理相关基因 2 3个 ,己报道的有 18个。③已知差异表达基因功能聚类 :共 10类 ,其中代谢 2 3个、信号传导 9个、细胞生长 3个、结构蛋白 2个、免疫应答 4个、运输 1个、细胞周期 1个、细胞增殖 1个     

氨基胍对隐睾所致生精细胞凋亡中p53表达的影响

目的:通过研究氨基胍对隐睾生精细胞中p53表达的影响,探讨生精细胞凋亡的分子机制。方法:雄性SD大鼠随机分为假手术组、隐睾组、隐睾+氨基胍(Aminoguanidine,AG,iNOS抑制剂)组、隐睾+生理盐水组。后三组建立单侧隐睾模型,后两组术后分别于腹腔内注射AG和生理盐水,每天一次,定时定量。7天后处死所有大鼠,取双侧睾丸称湿重。手术侧睾丸H.E染色观察常规组织学及免疫组化检测p53的表达。结果:隐睾+AG组睾丸生精上皮较隐睾组及隐睾+生理盐水组排列有序,细胞层数厚,该组中p53表达弱于隐睾组。结论:AG可降低隐睾中p53的表达,抑制隐睾生精细胞的凋亡,提示NO可能通过增强隐睾生精细胞中p53的表达而促进生精细胞凋亡。     

Development of gene microarray in screening differently expressed genes in keloid and normal-control skin

Background Keloid is an intricate lesion that is probably regulated by many genes. In this study, the authors used the technique of complementary DNA (cDNA) microarray to analyse abnormal gene expression in keloids and normal control skins.Methods The polymerase chain reaction (PCR) products of 8400 genes were spotted in an array on chemical-material-coated-glass plates. The DNAs were fixed on the glass plates. The total RNAs were isolated from freshly excised human keloid and normal control skins, and the mRNAs were then purified. The mRNA from both keloid and normal control skins were reversely transcribed to cDNAs,with the incorporation of fluorescent dUTP, for preparing the hybridisation probes. The mixed probes were then hybridised to the cDNA microarray. After thorough washing, the cDNA microarray was scanned for differing fluorescent signals from two types of tissues. Gene expression of tissue growth factor-β1 (TGF-β1) and of c-myc was detected with both RT-PCR and Northern blot hybridisation to confirm the effectiveness of cDNA microarray.Results Among the 8400 human genes, 402 were detected with different expression levels betweenkeloid and normal control skins. Two hundred and fifty genes, including TGF-β1 and c-myc, were upregulated and 152 genes were down-regulated. Higher expressions of TGF-β1 and c-myc in keloidwere also revealed using RT-PCR and Northern blot methods.Conclusion cDNA microarray analysis provides a powerful tool for investigating differential gene expression in keloid and normal control skins. Keloid is a complicated lesion with many genesin volved.