睡眠剥夺相关基因的筛选与生物信息学分析

目的 从分子水平揭示睡眠剥夺对小鼠大脑海马体的影响,为睡眠剥夺相关疾病的基础研究和临床治疗提供新思路。 方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载睡眠剥夺相关基因芯片数据集,利用Qlucore Omics Explorer（QOE）3.0 软件、String、Panther 等工具对睡眠剥夺差异基因进行生物信息学分析。 结果 在101个差异表达基因所编码的蛋白中,有45个存在蛋白与蛋白的相互作用关系;其中涉及主要的生物学通路包括促性腺激素 释放激素受体通路、肾上腺素和去肾上腺素生物合成通路、细胞凋亡信号通路、亨廷顿舞蹈病通路和帕金森病通路等;主要涉及的生物学过程包括代谢过程、生物调节过程、发育过程、细胞定位过程、免疫系统过程和细胞凋亡过程等。 结论 通过生物信息学分析睡眠剥夺相关芯片数据,提示睡眠剥夺能够影响大脑海马体的基因表达,对相关基因的分析可为下一步实验提供有价值的线索。     

HIV-1 B亚型核心蛋白gag基因真核表达载体的构建及其在HepG2细胞中的表达

目的 克隆人类免疫缺陷病毒Ⅰ型B亚型核心蛋白gag基因，构建真核表达载体，并在真核细胞中表达，为进一步制备自行设计的以入噬菌体作为载体的HIV核酸疫苗奠定基础。方法 以克隆好的HIV-1B亚型U26942全基因质粒DNA作为模板，根据Genbank中gag基因的核苷酸序列设计引物，并在引物的5’端分别引入BamH Ⅰ及XhoⅠ酶切位点，特异性的扩增gag基因。TA克隆后经双酶切、测序等鉴定重组质粒，再经双酶切、连接构建含gag编码基因的真核表达载体，并进行酶切鉴定分析pcDNA3．1（＋）／gag。在脂质体介导下转染HepG2细胞，经G418压力筛选建立稳定转染gag基因的细胞系，用RT-PCR及Western印迹检测其在HepG2细胞中的表达。结果 重组质粒经BarnHⅠ、XhoⅠ双酶切成5．4kb与l.5kb的片断，表明表达载体pcDNA3．1（＋）中插入了gag基因片断，测序结果表明编码框正确。RT—PCR及Western印迹证实稳定转染gag基因的HepG2细胞系中有该基因的表达。结论 成功构建了HIV-1B亚型核心蛋白gag基因的真核表达载体pcDNA3．1（＋）／gag，并在HepG2细胞中获得稳定表达。     

寡核苷酸芯片技术在甲型流感及登革病毒检测分型中的初步应用

目的 建立寡核苷酸芯片检测技术,对甲型流感病毒及登革病毒进行早期检测及分型.方法 根据Genebank中病毒基因组序列的保守区域,设计病毒的特异性检测探针,制备病毒检测芯片;利用限制性显示技术标记样品中的病毒靶序列,将标记产物与芯片杂交、清洗、扫描及结果分析.结果 该方法可以正确检测到细胞培养所获得的甲型(H1N1,H3N2)流感病毒和登革四型病毒.结论 寡核苷酸芯片技术可应用于多种病毒及其亚型的早期检测.     

结肠腺瘤和结肠癌基因表达谱分析

目的 研究结肠腺瘤、结肠癌基因表达谱,筛查结肠癌相关基因.方法 用BRB-Array Tools对公共基因芯片数据库GEO中的结肠腺瘤、结肠癌基因芯片表达数据进行统计学分析,找出在结肠腺瘤和结肠癌发生发展中均发生变化的基因及二者的特异性基因,进一步分析其功能.结果 样本聚类表明各类组织分类正确,比较后得到在腺瘤和腺癌中共同表达的104条基因,其中48条共同上调,56条共同下调;差异基因的功能涉及物质代谢、内环境稳态、细胞间通讯、细胞黏附、细胞增殖等多种肿瘤发生发展的重要生物学过程.结论 生物信息学方法发现的结肠腺瘤、结肠癌基因表达谱可为结肠癌的发病机制及治疗靶位的研究开辟新思路.     

不同PCR联合用于鼠疫耶尔森菌的检测

目的 建立一种用4对不同引物快速鉴定鼠疫耶尔森菌的PCR方法。方法 分别采用4对针对V抗原，cafl，pla和inv4种基因的引物，在4只管中进行相同循环参数的扩增。结果 用这4对引物能特异性地扩增出鼠疫耶尔森菌217，478，524，295bp的目的DNA片段。结论 该法可用于鼠疫耶尔森菌简便、快速和准确的检测。     

GEO-基因表达综合数据库的应用与数据挖掘

高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展,产生了大量的基因数据,生物信息迅速膨胀成为数据的海洋.为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要,各种数据库应用而生,其中,NCBI (national center for biotechnology information)的基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)是世界上最大的储存高通量分子丰度数据的公共数据库,用户可以提交、储存和检索多种形式的数据并免费使用.迄今为止,GEO已收录了300000个样本的数据,涉及16亿个基因表达丰度数据,涵盖500多种生物体,广泛覆盖各种生物学内容.GEO数据库操作简单,数据全面,免费共享的优势为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台.文章概述了GEO数据库的结构、数据的提交、检索和其在分子生物学领域中的应用前景.登陆GEO数据库的网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo.     

霍乱弧菌的分子遗传学特征及其检测研究进展

目前霍乱弧菌至少被分为 1 90多个血清群 ,霍乱弧菌新菌株不断产生、并被发现 ,使流行情况变得复杂。此外 ,针对霍乱弧菌的不同生存状态 ,采用过去的免疫学和生物学方法不能很好检测、鉴别。目前 ,分子生物学和核酸技术的发展为我们快速检测、鉴别霍乱弧菌提供了可能。现就霍乱弧菌的分子遗传学特征及其基因检测方面的研究进展作一综述。一、分子遗传学特征目前 ,引起霍乱暴发流行的主要菌株为Ｏ1群的ＣＶＣ、ＥＶＣ流行株ＥＳＥＶＣ和Ｏ1 3 9群 ,其他非Ｏ1群、非Ｏ1 3 9群一般不致病或仅引起散发腹泻或肠道外感染。能造成霍乱流行的菌株是…     

以ECHO克隆系统构建人生长激素的哺乳动物表达载体

目的：构建ECHO克隆系统构建人生长激素的哺乳动物表达载体，以克服原核生物表达系统生产人生长激素存在的缺陷。 方法：实验于2002．08在解放军广州军区广州总医院医学实验科进行。①先把人生长激素基因片段克隆到ECHO系统的供载体中，构建供载体pUni／Lox-HGH。②让该供载体与具Lox位点的受载体在Cre重组酶的作用下融合，构建出人生长激素的哺乳动物表达载体pcDNA4．1／pUni-HGH，使人生长激素基因处于CMV启动子的调控下，EcoRl单酶切及BarnHI／EcoRI双酶切鉴定重组质粒。 结果：由琼脂糖凝胶电泳和序列测定证实，用ECHO克隆系统构建的融合质粒中，确实含有人生长激素带内含子的基因序列。 结论：用ECHO克隆系统可以构建人生长激素的哺乳动物表达载体，且方便、快捷，为取代原核生物表达系统生产人生长激素，提供了依据。     

两种基因芯片杂交法荧光信号的比较研究

目的:探讨样品在流动态和静置态两种杂交环境下分别与基因芯片进行杂交,比较两种方法对杂交信号的影响。方法:人红白血病K562细胞mRNA经限制性荧光标记后在循环流动的杂交环境和传统静置的杂交环境中分别与K562表达谱芯片杂交,在同等条件下进行杂交后的清洗和芯片扫描检测。结果:流动态的样品相对于静置态的样品与芯片杂交产生的杂交信号荧光背景低,灵敏度和信噪比高,并且杂交点的同一性好。结论:样品在流动态与芯片杂交得到的杂交效果要好过传统的杂交方法,从而为基因芯片的实际应用提供了新的研究方法和思路。