应用表达谱芯片筛选增生性瘢痕形成的相关基因

目的应用基因芯片技术筛选增生性瘢痕组织的差异表达基因，探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片，检测增生性瘢痕和正常皮肤组织中基因的差异表达变化，筛选出差异表达基因，应用RT-PCR验证芯片结果；建立与增生性瘢痕形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果与正常皮肤组织相比，增生性瘢痕组织中发生显著性差异表达变化的基因有171个，其中上调99个，下调72个，涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论创面过度愈合形成增生性瘢痕是一个复杂的病理生理过程，受多种基因表达调控；差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了增生性瘢痕发生的分子生物学概貌，有助于认识异常瘢痕形成的机制。     

病理性瘢痕中IGF2基因的表达及意义

目的 研究印迹基因胰岛素样生长因子2(IGF2)在病理性瘢痕中的表达及其意义,探讨异常瘢痕发生的分子机制.方法 应用人类基因表达谱芯片,检测增生性瘢痕和瘢痕疙瘩与正常皮肤组织中IGF2基因的差异表达情况.结果 IGF2基因在增生性瘢痕和瘢痕疙瘩中的表达分别为正常皮肤组织的5.67倍和27.87倍,与正常皮肤组织中该基因的表达差异有显著性.结论 印迹基因IGF2在病理性瘢痕中的异常表达,与病理性瘢痕的发生和发展关系密切,特别是在瘢痕疙瘩中的超量表达,可能与其细胞分裂增殖及类似于良性肿瘤的特性密切相关.     

应用表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因

目的：采用表达谱芯片对病理性瘢痕组织和正常人皮肤组织进行检测,筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织的差异表达基因,对差异表达基因数据进行Go和Pathway分析。结果：病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织相比,差异表达2倍以上基因5 001个,差异表达5倍以上基因956个,差异表达20倍以上基因144个。结论：病理性瘢痕组织与正常皮肤组织在基因表达上,存在显著差异。病理性瘢痕的发生是由多种基因、多条通路共同参与作用的,基因通路间呈网络样动态连接。     

家族遗传与非家族遗传性病理性瘢痕的基因芯片谱研究

目的应用cDNA微阵列(基因芯片)技术和生物信息学分析对家族遗传与非遗传性病理性瘢痕基因表达差异进行分析和研究。方法采集临床的遗传性与非遗传性病理性瘢痕样品各5例,将480种人类基因PCR产物制成微阵列表达谱芯片;提取瘢痕疙瘩和正常皮肤的总RNA,并纯化mRNA。等量的两种瘢痕组织的mRNA分别进行标记,合成,杂交,洗膜后,计算机扫描分析比较两种组织中差异表达的基因,并利用生物学数据库进行分析。结果遗传性瘢痕组织与非遗传性瘢痕组织相比,显著差异表达基因有65个,最后通过生物信息学分析确定29个差异表达基因,构成遗传性瘢痕与非遗传性瘢痕的差异表达谱。结论遗传性瘢痕的形成是复杂的病理生理过程,受多基因表达调控。进一步的研究将有助于揭示遗传性瘢痕形成机制以及针对遗传性瘢痕的治疗。     

基因表达谱芯片筛选强直性脊柱炎差异表达基因的研究

目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与椎旁组织的RNA,制备探针后用于表达谱芯片杂交,筛选AS组织差异表达基因,并采用半定量RT-PCR法验证芯片结果。结果与正常组织样本相比,在AS组织中筛选获得差异表达基因237条,表达上调的已知基因91条,表达下调的已知基因78条;对其中20条基因进行半定量RT-PCR检测,结果与表达谱芯片结果一致。结论筛选出与AS相关的多个差异表达基因。     

通过cDNA微阵列和原位杂交技术对瘢痕疙瘩组织中上调的NNP-1(新核蛋白-1,D21S2056E)基因测序

背景:瘢痕疙瘩组织起源于胶原的过量沉积,其机制不明确。瘢痕疙瘩组织病理生理学的完整理解将有助于其适宜的治疗方案制定。目的:评估瘢痕疙瘩组织与相邻正常皮肤的基因表达来确认涉及瘢痕疙瘩组织形成的基因。方法:3例患有瘢痕疙瘩的朝鲜患者,切取其斑痕疙瘩及被用来作为正常对照的邻近正常皮肤。作者用cD NA微阵列和原位杂交技术来研究瘢痕疙瘩和正常皮肤的基因表达方式。结果:和由3063个克隆组成的正常对照cDN A微阵列相比,瘢痕疙瘩组织中9个基因出现2倍以上的持续性表达上调,其中I型胶原αI(NM000088),21号染色体(单体)D N A片段2…     

肥大细胞糜蛋白酶在瘢痕疙瘩组织的活性表达

目的探讨肥大细胞糜蛋白酶在人瘢痕疙瘩组织中的表达活性。方法采用免疫组织化学法检测瘢痕疙瘩组织和正常皮肤中肥大细胞的数量和糜蛋白酶的表达,并以RT-PCR和放免法检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中糜蛋白酶mRNA表达活性变化。结果瘢痕疙瘩组织中肥大细胞数量与糜蛋白酶阳性表达评分为(10±0.25)个/HP、(6.2±0.23)mm2,明显高于正常皮肤组织的(4±0.22)个/HP、(2.5±0.12)mm2(P<0.01);RT-PCR结果显示瘢痕疙瘩组织中肥大细胞mRNA和糜蛋白酶mRNA表达水平较正常皮肤组织明显增高。结论肥大细胞糜蛋白酶存在于瘢痕疙瘩中且活性表达明显高于正常皮肤组织。     

基因芯片技术对先天性巨结肠症相关基因的筛选

目的应用基因芯片技术筛选先天性巨结肠症(hirschsprung disease,HD)病变组织与自身正常组织之间的差异表达基因。方法采用全人类基因组表达谱芯片检测4对HD及其正常切缘组织的基因表达谱,并用RTPCR技术对个别差异表达基因进行验证。结果筛选出有表达意义的基因12 125个。筛选4对标本的差异表达基因共622个,其中下调基因584个(93.89%),上调基因38个(6.11%)。6个基因芯片与RT-PCR检测结果一致:其中碳酸酐酶平均上调76.05倍(芯片结果9.7倍),T细胞分化蛋白平均上调7.2倍(芯片结果5.3倍),细胞凋亡通路相关基因caspase-7平均上调3.04倍(芯片结果2.5倍),心脏和神经脊衍生蛋白2平均下调0.32倍(芯片结果0.23倍),神经降压素受体1平均下调0.32倍(芯片结果0.19倍),微管蛋白β-2B平均下调0.30倍(芯片结果0.19倍)。结论 HD组织与正常结肠组织间在基因的表达层面存在明显差异,筛选得到的基因可能参与了HD病变发生发展的生物学过程。     

应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的：应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因。方法：利用CapitalBio公司基因芯片,对肝细胞癌组织和正常组织基因表达谱进行检测,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果：按差异显著性标准,从16000条基因中筛选出在肝细胞癌组织中共同差异表达基因326个,其中已知基因194个,新基因132个。在筛选出的已知基因中,表达上调113个,表达下调81个,包括原癌基因和抑癌基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架相关基因、细胞凋亡相关基因、DNA合成和修复相关基因等。结论：基因表达谱芯片技术可以筛选出肝细胞癌表达异常的相关基因群,并高效对基因功能进行研究。基因表达谱的分析有助于研究肝细胞癌发病机制。     

胰岛素样生长因子1在病理性瘢痕中的表达

目的研究胰岛素样生长因子1（insulin—like growthfactorl,IGF-1）及其受体（IGF-1R）在病理性瘢痕中的表达及其意义,探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法收集增生性瘢痕、瘢痕疙瘩及正常皮肤标本,RT-PCR检测不同组织中IGF-1、IGF-1R表达,并进行统计学分析。结果RT—PCR显示瘢痕疙瘩中IGF-1R明显高于正常皮肤,差异有显著性（P=0．027〈0．05）;IGF-1R在增生性瘢痕中表达为弱阳性,与正常皮肤相比差异无显著性（P=0．894〉0．05）。增生性瘢痕和瘢痕疙瘩中IGF-1明显高于瘢痕周围正常皮肤,差异有显著性（P〈0．05）。结论IGF-1及IGF-1R在病理性瘢痕的形成过程中起重要作用。     

Development of gene microarray in screening differently expressed genes in keloid and normal-control skin

Background Keloid is an intricate lesion that is probably regulated by many genes. In this study, the authors used the technique of complementary DNA (cDNA) microarray to analyse abnormal gene expression in keloids and normal control skins.Methods The polymerase chain reaction (PCR) products of 8400 genes were spotted in an array on chemical-material-coated-glass plates. The DNAs were fixed on the glass plates. The total RNAs were isolated from freshly excised human keloid and normal control skins, and the mRNAs were then purified. The mRNA from both keloid and normal control skins were reversely transcribed to cDNAs,with the incorporation of fluorescent dUTP, for preparing the hybridisation probes. The mixed probes were then hybridised to the cDNA microarray. After thorough washing, the cDNA microarray was scanned for differing fluorescent signals from two types of tissues. Gene expression of tissue growth factor-β1 (TGF-β1) and of c-myc was detected with both RT-PCR and Northern blot hybridisation to confirm the effectiveness of cDNA microarray.Results Among the 8400 human genes, 402 were detected with different expression levels betweenkeloid and normal control skins. Two hundred and fifty genes, including TGF-β1 and c-myc, were upregulated and 152 genes were down-regulated. Higher expressions of TGF-β1 and c-myc in keloidwere also revealed using RT-PCR and Northern blot methods.Conclusion cDNA microarray analysis provides a powerful tool for investigating differential gene expression in keloid and normal control skins. Keloid is a complicated lesion with many genesin volved.     

人鼻咽癌组织中转录因子相关基因的差异表达分析

目的 用cDNA微阵列膜比较鼻咽癌组织及正常组织的基因表达谱,研究鼻咽癌组织中转录因子相关基因的差异表达,为进一步探讨差异表达基因的调控机制奠定基础.方法 24例鼻咽癌组织总RNA和正常对照总RNA(24例正常鼻咽组织RNA等质量混合)分别经逆转录探针标记与微阵列膜杂交.然后用Pathway4.0软件分析杂交结果,并用RT-PCR反应验证微阵列杂交结果.结果 在1625个鼻咽癌差异表达基因中,共有转录因子相关基因35个,12个基因表达上调,23个基因表达下调.结论 在鼻咽癌组织中,多个转录因子相关基因的表达水平发生了变化,这些转录因子在鼻咽癌组织的基因表达调控中发挥重要作用.     

用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

脑胶质瘤差异表达基因的微矩阵研究

目的 用生物芯片筛选胶质母细胞瘤相关基因。方法 采用一种由包括胶质瘤cDNA文库构建的14 000个基因片段的生物芯片来杂交筛选胶质母细胞瘤的基因并分析其表达谱的变化。结果 经过杂交筛选并与正常脑组织比较,94个基因差异表达超过3倍,298个基因片段超过2倍。一些胶质瘤中上调基因在正常脑组织中几乎没有表达。几个与胶质瘤发生发展相关的新基因被证实。结论 生物芯片结合相关的cDNA文库对大规模快速筛选胶质瘤及其他肿瘤的治疗靶基因具有实际意义。     

基因芯片技术筛选结直肠癌腹膜转移相关基因

目的筛选和鉴定结直肠癌腹膜种植转移相关基因。方法收集手术切除3例伴有腹膜种植转移的结直肠腺癌病人原发病灶和正常黏膜的新鲜组织标本,提取总RNA,经逆转录合成cDNA后经体外扩增合成aRNA,Cy3荧光分子标记后和人类全基因组表达谱芯片杂交,采用经验贝叶斯方法(P≤0.05)筛选出差异表达基因,并用RT-PCR实验对部分差异表达基因进行验证。结果满足(P≤0.05)的基因共有105个。其中和正常组织相比,在肿瘤组织表达上调的基因有42个,表达下调的基因有63个。通过生物信息学分析,在表达上调基因中选择3条(S100P;PRDX1;SLPI)基因进RT-PCR行验证,结果与芯片结果完全相符。结论基因芯片技术通过筛选结直肠癌腹膜转移过程中发挥关键作用的基因,为寻找结直肠癌腹膜转移的分子标志物提供依据和参考。     

基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞差异表达基因

目的：应用基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞（PBMC）与不伴远端对称性多神经病变糖尿病患者以及正常个体相比的差异表达基因.方法：采用包含5 075个功能已知人类基因的cDNA芯片检测2名2型糖尿病并发远端对称性多神经病变患者（DSPN组）,2名2型糖尿病不伴远端对称性多神经病变患者（DM组）以及2名年龄和性别匹配的正常个体（C组）PBMC基因表达谱,分析差异表达基因,并选择其中有差异表达的部分基因进行实时定量RT-PCR验证.结果：基因芯片技术筛选出22条差异表达基因,涉及细胞代谢与信号转导基因,原癌与抑癌基因,DNA合成和修复基因,离子通道与运输蛋白基因,DNA结合、转录和转录因子基因,细胞骨架组成基因等.其中上调基因4条,下调基因18条.实时定量RT-PCR测定下调基因中的AK1和FBXO7,与基因芯片技术结果一致.结论：2型糖尿病伴DSPN患者PBMC基因表达谱存在差异;DSPN可能涉及细胞代谢,信号转导和DNA合成等多个方面.     

E2F-1过表达对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理初步研究

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间的差异表达基因,探讨E2F-1对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理。方法 分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA。纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出表达差异的基因。随机选取3个差异表达基因,分别设计引物,用半定量RT-PCR检测验证。 结果 在21522条基因中,两组细胞间的差异表达基因有740条,其中上调基因405条,下调基因335条。差异基因中有73条功能信息不明。随机选取的3个差异表达基因的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论 胃癌的发生发展是多基因相互作用、多种信号通路相互调节的结果。生物信息学分析显示, E2F-1基因可以通过TP53信号传导途径影响胃癌MGC-803细胞生物学行为的改变,还与众多基因的差异性表达密切相关。     

cDNA microarray in isolation of novel differentially expressed genes related to human glioma and clone of a novel full-length gene

Background This investigation was undertaken to obtain differentially expressed genes related to human glioma using cDNA microarray and the characterization of one novel full-length gene. Methods Total RNA was extracted from human glioma tissues and normal brain tissues, and mRNA was used to make probes. After hybridization and washing, the results were scanned using a computer system. The gene named 681F05 clone was an expressed gene to human glioma through four-time hybridization and scanning. Subsequently northern blot analysis was performed by northern blot, 5‘RACE and bioinformatics. Results Fifteen differentially expressed genes to human glioma were obtained through four-time hybridization and scanning. Northern blot analysis confirmed that 681F05 clone was low-expressed in human brain tissues and over-expressed in human glioma tissues. The analysis of BLASTn and BLASTx showed that 681F05 clone is two cDNA clones encoding two novel proteins that are highly identified to the cyclophilin isoform 10 of C. Elgans, respectively. Sequence analysis revealed the two cDNA clones are two different splicing variants of a novel cycophilin-like gene (PPIL3a and PPIL3b). Conclusions cDNA microarray technology can be successfully used to identify differentially expressed genes. The novel full-length gene of human PPIL3 may be correlated with the formation of human glioma.     

病理性瘢痕成纤维细胞的增殖调控及Fas基因突变的筛选

目的 从细胞生物学及基因水平探讨正常皮肤、增生性瘢痕、瘢痕疙瘩周边部和中央部不同生长特性及瘢痕疙瘩发生的可能机制。方法 （１）取手术切除的正常皮肤、增生性瘢痕和瘢痕疙瘩组织各６例为标本,通过细胞培养６～１０代后,应用流式细胞仪、粘附式细胞仪检测不同来源的成纤维细胞ｐ５３蛋白的表达和细胞周期的分布。（２）取瘢痕疙瘩、增生性瘢痕患者的组织及外周血标本,聚合酶链式反应（ＰＣＲ）特异性扩增Ｆａｓ分子外显子     

前列腺移行带和外周带差异基因表达研究

目的研究正常前列腺移行带和外周带在基因表达上存在的差异。方法二步法提取移行带和外周带组织总RNA,应用含有6700条人cDNA微距阵基因芯片,分别检测17例正常前列腺移行带和外周带的基因表达谱并重复3次,用cy5dUTP标记移行带组织mRNA,cy3dUTP标记周围带组织mRNA。Ratio均数(RA)<0.5或>2入选为表达差异的基因,RA<0.2或>4判断为表达有极显著差异的基因。采用RT PCR法验证差异表达的基因。结果移行带和外周带有表达差异的基因共640条(移行带294条,外周带346条),在GeneBank中功能明确者371条。表达有极显著差异的基因14条,其中移行带高表达的有表皮生长因子(EGF),外周带高表达的有成骨细胞刺激因子1(OSF1)。RT PCR结果证明在17例正常前列腺移行带和20例良性前列腺增生尿道周围组织中,EGF与内参基因β肌动蛋白的相对表达量明显高于外周带。结论正常前列腺移行带和外周带存在着基因表达差异,这可能是两带性结构差异生物学行为的分子基础;EGF对移行带的生长有重要促进作用。