中国柯萨奇病毒A组2型的遗传进化分析

  目的  探讨中国柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A2, CV-A2)毒株的遗传进化特征。  方法  收集中国CV-A2毒株的VP1区及全基因序列,采用MEGA 10.2.4软件构建系统进化树并开展氨基酸位点突变分析,采用SimPlot 3.5.1软件进行基因重组分析。  结果  共收集到118条VP1序列和26条全基因序列。CV-A2毒株主要来源于广东省,毒株数量自2011年开始迅速增多。基于VP1序列构建的进化树有7个分支,原型毒株为独立A组,多数CV-A2毒株聚集于G组。具有全基因组序列的CV-A2代表株的基因重组分析显示毒株间存在基因重组。另外,VP1氨基酸序列共有22个突变位点。  结论  中国流行的CV-A2毒株已发生较明显的基因重组和VP1区域氨基酸位点突变,监测CV-A2的演化对于手足口病的防控具有重要意义。     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

  目的  通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据。  方法  对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点。  结果  2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源。2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势。HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株HA蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性。2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。  结论  广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性。     

2015-2017年盐城市乙型流感病毒HA1、NA基因分子特征

  目的   对盐城市2015-2017年流行的乙型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因进行分子进化特征研究。   方法   将盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例咽拭子标本进行核酸、病毒分离检测定型, 对选取的18株乙型流感病毒分离株采用一步法RT-PCR方法扩增其HA1基因和NA基因, 扩增产物经纯化测序, 采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸以及分子进化层面对毒株进行分子特征分析。   结果   盐城市2015-2017年分离的乙型流感病毒HA1基因和NA基因聚类的分支关系基本一致, 2015年Yamagata系毒株位于Yamagata Clade 3分支, 属Phuket/3073类毒株; 2016-2017年Victoria系毒株分布于Victoria Clade 1A分支, 属Brisbane/60类毒株。Yamagata系所有毒株在190-helix抗原表位均发生了D196N位点的变异; Victoria系毒株共涉及2个抗原表位, 120-loop抗原表位的117、129位点, 190-helix抗原表位的197、199位点。盐城株未发生系内、系间重配。18株分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。   结论   2015年Yamagata系毒株与疫苗株B/Phuket/3073/2013匹配性较好。2016-2017年Victoria系毒株HA1和NA抗原基因变异位点在积累, 这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移, 降低与流感疫苗株的匹配度, 减弱流感疫苗的保护作用。     

吉林省2018—2021年柯萨奇病毒A组16型病毒基因特征分析

目的 探讨2018年、2019年和2021年流行于吉林省的柯萨奇病毒A组16型肠道病毒流行特征、种系进化及基因变异特征。方法 收集2018年、2019年和2021年吉林省手足口病例临床标本,通过病毒分离筛选出60株CVA16的阳性毒株,并对其VP1编码区全基因组核苷酸序列进行测定和分析。结果 60株CVA16分离株中有15株为B1a基因亚型,45株为B1b基因亚型;CVA16分离株氨基酸序列的14、23、164、235、251及266位点发生了氨基酸突变。结论 CVA16为吉林省手足口病的主要病原体之一,15株CVA16分离株为B1a基因亚型,45株CVA16分离株为B1b基因亚型,与2008年青海株相比共发生了6处氨基酸位点突变。     

我国柯萨奇病毒A组6型VP1区基因分子流行病学特征

  目的  分析我国2010―2018年柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CV-A6）毒株VP1区基因流行和进化规律,为手足口病的防治提供科学依据。  方法  从GenBank获得2010―2018年我国CV-A6病毒全长VP1区核苷酸序列,用MEGA V7.0和Interactive Tree of Life V5（iTOLV5）软件构建进化树,用DNAstar V8.1.3软件对核苷酸同源性进行分析。  结果  880条序列来源的CV-A6毒株以D3亚型为主,占毒株总数的95.45%,不同基因型核苷酸同源性为80.8%~86.0%,同基因型内核苷酸同源性为88.1%~100.0%。D2亚型VP1区相对稳定,无整体氨基酸变异情况;而D3毒株VP1区发生多点氨基酸替换,其中A5T、T283A、N137S、V242I、A30V、I174V氨基酸替换循环出现,这种进化模式与越南地区相似,但与日本地区却不同。VP1区5T、30A、137N、242V比例逐年增加,可能与CV-A6引起我国手足口的轻症和重症病例比例上升有关。  结论  具有VP1区遗传多样性的CV-A6 D3株的出现可能是CV-A6在反复流行的一个重要因素,这有助于解释我国CV-A6的流行情况和流行特点。     

宁夏地区1997-2011年急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒分型鉴定分析

目的 对1997-2011年宁夏地区急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离的73株非脊髓灰质炎肠道病毒(NPEV)进行分型鉴定.方法 采用简并引物RT-PCR对分离株进行VP1区基因扩增和序列测定,测序结果进行BLAST比较和基因进化分析.结果 经过基因测序分析鉴定,73株NPEV中,有4株无法定型,另69株共包括27个血清型,分别属于A组肠道病毒(HEV-A)和HEV-B组,无HEV-C和HEV-D组毒株,其中HEV-A组毒株包括8个血清型23株,HEV-B组毒株包括19个血清型46株.69株病毒中,以EV71所占比例最大(9/69),以CVA4、CVA16、Echo24、Echo6和CoxA9所占比例较高.结论 1997-2011年宁夏地区AFP病例分离的NPEV以HEV-B组为主要型别66.7％(46/69).     

2017年深圳地区A/H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征

  目的  了解深圳市2017年上半年流行的甲型H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征,为预测流感病毒流行和变异提供科学依据。  方法  利用DNAStar、MEGA 7.0等生物信息学软件对研究分离的40株H3N2流感病毒的HA和NA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,构建分子进化树,分析基因特征和变异情况。  结果  深圳分离株的同源性均达到97.8%~100.0%,位于亚洲北美人源分支。与世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的疫苗株A/Switzerland/9715293/2013（H3N2）和A/Hong Kong/4801/2014（H3N2）相比,有较高的序列相似性;与当年疫苗株对比发现,HA发生6个抗原位点和2个受体结合位点的改变,NA出现第151位酶活性位点的改变;HA和NA的潜在N-糖基化位点在数量和位置上也发生变化。  结论  深圳市2017年上半年甲型H3N2亚型流感病毒在流行过程中尚未发生明显变异,目前推荐的疫苗株仍对深圳地区人群有一定保护作用,HA和NA多个氨基酸位点的变异提示仍需加强H3N2亚型流感病毒分子水平的动态监测。     

广州市2010-2019年4型登革热病例流行特征及其病毒E基因

  目的  了解2010-2019年广州市4型登革热病例的流行病学特征和4型登革病毒的分子生物学特征。  方法  2010-2019年,收集广州市登革热病例相关资料及血清标本,使用RT-PCR法检测血清标本并分型,对4型登革热病例标本进行登革病毒包膜(envelope, E)蛋白基因序列测定,并进行进化树构建及基因重组分析。  结果  2010-2019年,广州市共报告43 174例登革热病例,其中23例为4型登革热病例。4型登革热病例仅分布在5个区,曾在2010年出现本地流行。广州市的4型登革热输入病例主要来自东南亚国家,病毒E基因序列与东南亚国家的序列有较高相似性,病毒基因型归属于印度尼西亚基因型和东南亚基因型,未检测到基因重组。  结论  应加强对广州市4型登革热病例流行状况和输入病例的监测和关注,并进一步加强对东南亚回国人员登革热常识和个人防护的健康宣传。某些区需要预防出现4型登革病毒的扩散和蔓延。登革病毒基因型转换并未引起登革热在广州市流行强度的变化,有待进一步的观察和研究其是否会发生重组。     

2012-2019年新乡市B型流感病毒基因的变异及流行趋势

  目的  研究新乡市B型流感病毒的流行状况和基因变异特征,为当地流感疫苗接种提供政策依据。  方法  对新乡市2012年1月-2019年2月流感监测结果进行分析,随机抽取分离的23株B型流感病毒,进行血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因测序,使用DNAman软件进行序列比对,Neighbor-Joining法进行进化树分析。  结果  新乡市B型流感病毒Yamagata系（influenza B virus,Yamagata strain,BY）和Victoria系（influenza B virus,Victoria strain,BV）隔年交替流行,主要感染0~15岁人群（91.4%）;2015-2016年和2017-2018年的优势株与当年的三价疫苗成分不符。HA基因进化树显示,87.5%（7/8）的BV株与疫苗株同处一个分支;而88.98%（8/9）的2013-2015年BY株与同期疫苗株不在一个分支,其抗原表位的突变位点有N116K、S150L、N165Y、D196N和N202S。NA基因未发现耐药位点突变。有6个分离株发生了系间重配。  结论  WHO推荐的三价疫苗株很多情况下与新乡B型流行株不符,推荐使用四价疫苗,并加强对15岁以下人群的接种;新乡BY流行株与疫苗株的HA基因差异较大,期待研发出适合我国本土的疫苗株。     

河南省扩大免疫规划阶段流行性腮腺炎流行特征和时空聚集性

  目的  分析河南省2008-2019年流行性腮腺炎的时空分布特征，识别高危聚集区，为流行性腮腺炎的防控提供科学建议。  方法  基于中国传染病监测信息报告管理系统，通过描述性流行病学方法分析河南省2008-2019年流行性腮腺炎三间分布特征。采用ArcGIS 10.7软件进行三维趋势分析和结果可视化呈现，应用SaTScan 9.4软件进行时空扫描分析。  结果  河南省2008-2019年累计报告223 499例流行性腮腺炎，年平均报告发病率为19.68/10万；病例主要集中在5~10岁儿童和青少年，占病例总数的50.61%；每年的3-7月及11月-次年1月为发病高峰。三维趋势分析显示，河南省流行性腮腺炎发病由南向北逐渐升高，且东部略高于西部；时空扫描统计结果显示:共识别到6个时空聚集区，主要聚集区位于北部安阳地区，包含4个县区，聚集时间为2008-2013年。  结论  2008-2019年河南省流行性腮腺炎发病水平呈平稳的波动趋势，且存在明显季节性规律，5~10岁的儿童和青少年为其主要发病人群，2008-2019年河南省流行性腮腺炎存在时空聚集性，主要聚集区呈动态变化，近两年东南部地区出现聚集区，应重点关注。     

图们江流域中朝俄边境地区长角血蜱中SFTS病毒监测分析

  目的  掌握图们江流域中朝俄边境地区长角血蜱分布特征,了解该地区长角血蜱携带发热伴血小板减少综合征（severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS）病毒情况,分离病毒,分析其基因特征。  方法  2017年4月~9月,在吉林省图们江流域中朝俄边境地区珲春市、图们市、和龙市、龙井市采集蜱虫进行形态学分类,选择新鲜长角血蜱对其进行分组,采用实时荧光定量多聚核苷酸链式反应方法检测SFTS病毒。对阳性样品,利用绿猴肾细胞进行病毒分离,并扩增S、M、L基因片段,比对同源性,建立系统进化树,分析其基因特征。  结果  长角血蜱主要分布在图们江下游珲春市和图们市,为该两县优势种,分别达到71.85%和87.62%。在珲春市长角血蜱中分离到一株病毒,命名为YBHC-TICK2-2017/CHINA。该病毒S片段（1 746 bp）、M片段（3 336 bp）、L片段（6 376 bp）基因序列与美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI）DNA序列数据库中记录的中国和韩国SFTS病毒分离株基因序列同源性为98.00%~99.00%。系统进化树分析,该病毒株S片段基因序列与中国吉林株（KT890282）分为一簇,M片段和L片段基因序列与中国江苏株（KR230781）分为一簇。  结论  长角血蜱在图们江下游中朝俄边境地区具有广泛的分布。该研究首次在该地区长角血蜱中分离到SFTS病毒,提示该地区为SFTS防控重点区域。     

青海高原藏系绵羊鼠疫菌系统发育关系和流行特征的研究

  目的  对青海高原藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情流行病学和相关鼠疫菌遗传特征进行研究,为制定出适合青海省藏系绵羊鼠疫防控提供科学依据。  方法  汇总分析青海省1958―2020年藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情资料,描述其时间、地区和人群分布及其他流行病学特征;对38株分离自人、藏系绵羊和喜马拉雅旱獭的鼠疫杆菌进行测序,再结合其他参考菌株的基因序列分析菌株的全基因组单核苷酸多态性特征,构建菌株之间的系统发育关系。  结果  1958―2020年共发生藏羊为疫情传染源的人间鼠疫疫情16起,发病69人,死亡42人,病死率60.86%。与藏系绵羊相关的鼠疫杆菌都位于系统发育树的同一进化分支1.IN2中,并具有明显的地域性特征。同一鼠疫事件中人、藏系绵羊和周边喜马拉雅旱獭分离菌株位于同一簇群,与流行病学调查资料相符。  结论  流行病学结合系统发育关系分析,证实了青海省人间鼠疫来自藏系绵羊,而藏系绵羊鼠疫则起源于旱獭。藏系绵羊是青海高原上重要的家畜,因此不应低估藏系绵羊鼠疫的危害。     

2017―2019年江西省流行性感冒时空聚集性分析

  目的  分析江西省流行性感冒的流行病学特点和时空聚集性,为流感暴发和流行预警提供依据。  方法  对“中国传染病监测管理信息系统”中2017―2019年江西省报告的流感病例个案信息进行描述性分析和时空聚集性分析。  结果  2017―2019年江西省存在流感冬春季季节性流行高峰; 以赣南地区高发,年发病率均在全省平均发病率的2倍以上; 15岁以下人群占比逐年升高,自2017年的53.90%升至2019年的72.24%。探测到四类时空聚集区域:一类聚集区域为2018年12月19日至2019年4月25日赣南地区的16个县区(RR=9.72, LLR=15 061.27, P < 0.001),二类聚集区域为2019年12月18日至2019年12月31日赣北地区的13个县区(RR=20.68, LLR=3 867.86, P < 0.001),三类聚集区域为2019年1月9日至2019年3月27日赣东北地区的18个县区(RR=3.13,LLR=1 297.439,P < 0.001),四类聚集区域为2019年12月2日至2019年12月31日赣西地区的17个县区(RR=5.09, LLR=1 233.47, P < 0.001)。  结论  2017―2019年江西省流感发病呈现较明显的时空聚集性,但是不同地区的聚集时段有差异,聚集时段主要集中在冬末和春季。     

河南省2015-2019年1岁以下婴儿麻疹流行特征与时空聚集性分析

  目的  分析河南省2015-2019年1岁以下婴儿麻疹的时空分布特征,识别高危聚集区,为麻疹防控提供理论依据。  方法  基于中国传染病监测信息报告管理系统和麻疹监测信息报告管理系统,通过描述性流行病学方法分析河南省2015-2019年1岁以下婴儿麻疹三间分布特征。采用SaTScan 9.4软件和ArcGIS 10.7软件对2015-2019年1岁以下婴儿麻疹发病情况进行分析,探索其时空分布规律和高危聚集区。  结果  2015-2019年1岁以下婴儿麻疹累计报告2 757例,年平均报告发病率为42.82/10万;病例主要集中在6~8月龄婴儿,占病例总数的49.40%;每年1-5月为发病高峰。三维趋势分析显示,河南省2015-2019年1岁以下婴儿麻疹发病由南向北逐渐降低,由东向西先升高后降低,呈轻微的倒U型分布;时空扫描统计结果显示,共识别到3个时空聚集区,主要聚集区位于南部平顶山市和南阳市的县(区),包含28个县(区)聚集,时间为2015年。  结论  2015-2019年河南省1岁以下婴儿麻疹发病率整体呈逐年下降趋势,且高发年份存在明显季节性规律,6~8月龄为其主要发病人群,2015-2019年河南省1岁以下婴儿麻疹发病存在时空聚集性,主要聚集区位于河南中南部,应重点关注。     

2019-2020流感监测年度山东省B-Victoria系流感病毒基因特征

目的 了解2019-2020流感监测年度山东省B-Victoria系流感病毒流行规律及基因特征,为B型流感疫苗的接种提供参考依据.方法 对2019-2020流感监测年度监测数据进行分析,采用多阶段抽样方法随机抽取B-Victoria系流感病毒毒株进行基因序列的测定,采用Mega X软件的Muscle方法进行多序列比对,...     

青海省2016—2019年学生肺结核病流行特征分析

  目的  研究青海省学生肺结核流行特征,为预防控制学生结核病提供科学依据。  方法  收集2016—2019年青海省学生肺结核资料,分析流行特征,使用ArcMap 10.8绘制疾病空间分布图。  结果  青海省2016—2019年学生肺结核报告病例累计2 691例,各年报告发病率为46.10/10万、68.59/10万、73.49/10万、85.96/10万,呈逐年上升趋势(χ2=116.45,P < 0.01)。每年3—9月高发;患者以18岁及以上学生人群为主,女生多于男生,其中藏族学生报告病例最多;青海南部地区学生肺结核疫情最为严重,以玉树、果洛两地居多,但西宁市2018—2019年肺结核疫情上升迅速。  结论  青海省学生肺结核疫情较为严重,学校应该加强结核病预防宣传教育,重点关注青海南部地区与西宁地区。