青海高原藏系绵羊鼠疫流行病学和病原学特征分析

目的 分析青海高原藏系绵羊鼠疫流行病学和病原学特征。方法 汇总1975－2009年青海省藏系绵羊鼠疫背景资料,分析其地区、时间和人间分布及感染途径和传播的生态学因素,并对藏系绵羊鼠疫分离的14株菌进行生化试验、毒力测定、毒力因子鉴定、质粒分析、差异片段(DFR)分型等研究。结果 1975－2009年从青海省藏系绵羊体内分离的鼠疫菌共14株。由藏系绵羊作为传染源引起人间鼠疫10起,鼠疫病例25例,死亡13例。首发病例均有剥食鼠疫病死藏羊史,其次为接触鼠疫病例而感染;以腺鼠疫为首发病例,由腺鼠疫继发为肺鼠疫、败血型鼠疫病例多且病死率高。藏系绵羊动物鼠疫及人间鼠疫几乎均发生于甘南生态区,与其独特的生态地理景观密切相关。藏羊动物鼠疫与藏羊引发的人间鼠疫几乎一致,其中11月(旱獭入蛰后)从藏羊体内分离的鼠疫菌株数及藏羊作为传染源引发的人间鼠疫病例数最多,构成了青海高原藏羊鼠疫流行时间明显滞后于旱獭鼠疫的特点。分离的14株鼠疫菌均为青藏高原型,其毒力因子及毒力检测均显示为强毒菌。鼠疫菌基因型DFR分析显示,玉树、治多县分离的菌株均为5型,囊谦县分离的2株菌分别为5型和7型,德令哈市分离的菌株为8型。结论 藏系绵羊可感染鼠疫并作为传染源引发人间鼠疫,分离的菌株均具备青藏高原鼠疫病原体特性,并具有青海鼠疫流行演变新特点。     

青海省玉树县果青牧场藏系绵羊鼠疫疫情调查

2005年青海省玉树县果青牧场有旱獭鼠疫发生并引起藏系绵羊鼠疫的暴发，极易引发人间鼠疫，为了监测该地区鼠疫疫情动态及流行强度，进行了鼠疫血清学调查。藏系绵羊血清2056份于2005年和2006年分别采集于玉树县果青牧场。F1抗原致敏血球；鼠疫F1抗原，均由全国鼠疫布病基地提供。鼠疫间接血凝试验按常规方法进行，阳性判定标准参照国标GB15991—1995，血清滴度 ≥1：20为阳性。     

鼠疫菌全基因组单核苷酸多态性研究进展

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括同义SNPs（synonymous SNPs,sSNPs）和非同义SNPs（non？synonymous SNPs,nSNPs）。随着测序技术的迅速发展,获得了大量细菌全基因组序列,使得通过测序技术及生物信息学方法寻找潜在的SNPs位点成为可能。并且,由于SNPs本身的特性,使其作为一种新的分子标记,在细菌分型与进化、流行病学调查研究中得到广泛应用。该文主要阐述基于全基因组寻找SNPs位点,并建立以SNPs数据为基础的鼠疫菌微进化研究分析的研究进展状况。     

青海高原鼠疫传播特征及其预防对策

青海高原部队集结区域为鼠疫自然疫源地，为摸清青海高原鼠疫传播特点，及时做好疫区的预防对策，2007年9月，笔者对青海高原鼠疫流行情况进行了初步调查，并针对具体情况提出了预防对策。     

河北省鼠疫自然疫源地鼠疫菌生物学特征的研究概述

为进一步研究河北省鼠疫疫源地的结构和性质,通过查阅大量资料,对该疫源地分离的鼠疫菌株的生物学特征做了总结,分别从生化特征、营养需求、质粒特征、毒力因子、毒力和毒素几方面进行介绍,发现河北省分离的鼠疫菌属于B群鄂尔多斯高原型,营养需求表现为对甘氨酸的半依赖和对色氨酸的营养依赖,含有4种质粒,其中13×106质粒是内蒙古长爪沙鼠疫源地所特有,有的菌株缺失45×106质粒,全部菌株表现为F1抗原和鼠疫菌素（PstⅠ）阳性,而鼠疫菌色素沉着（Pgm）和VW抗原阳性仅占一定比例,表现为遗传的不稳定性,中等毒力。     

青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫流行特征研究概况

青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地是我国最活跃的鼠疫疫源地之一,特别是进入20世纪90年代以来,动物疫情连年不断,且在局部地区呈现暴发流行并时有波及到人间。该文系统分析了青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地的地理、动物鼠疫及人间鼠疫流行规律、鼠疫病原学特性以及鼠疫监测的现状,为进一步发展和调整防控对策提供科学依据。     

鼠疫耶尔森菌rRNA基因识别特征研究

目的 分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的rRNA基因识别特征.方法 通过比较基因组学方法,利用Clustal W软件,对目前已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的rRNA基因序列进行分析,分别比对rRNA基因簇两侧的2000bp序列、基因簇内16S、23S、5S rRNA及16S～23S基因间隔区序列,以确定鼠疫菌rRNA基因的识别特征.结果 菌株D182038、D106004、Z176003和CO92分别有6个rRNA基因簇拷贝(6拷贝菌株),菌株91001、KIM、Nepa1516、Antiqua和Pestoides F分别有7个rRNA基因簇拷贝(7拷贝菌株).按照两侧2000bp序列不同,可将鼠疫菌rRNA基因簇分成13种类型,并可将6拷贝与7拷贝菌株进行区分;16S～23S rRNA基因间隔区含有4种不同种类和数量的tRNA基因,可将6拷贝菌株和7拷贝菌株分别进行区分;23S rRNA基因在不同菌株间及不同rRNA拷贝间的碱基突变数方差分析显示,各菌株间F=0.548,P=0.815>0.05;各拷贝间F=5.228,P<0.01.结论 鼠疫菌rRNA基因簇两侧序列、间隔区tRNA基因和23S rRNA基因可作为识别不同菌株和不同rRNA基因簇拷贝的指标,将鼠疫菌不同菌株进行分类.

Abstract：

Objective To study the identification characteristics of rRNA genes on Yersinia (Y.)pestis.Methods By means of comparative genomics,we compared the rRNA genome sequences of nine completely sequenced strains of Y. pestis isolated from China and other countries by Clustal W software.we also compared the 2000 bp sequence adjacent to the rRNA genes,rRNA genes and 16S-23S rRNA spacer region respectively to determine the identification features of rRNA genes for Y. pestis.Results There were 6 rRNA gene clusters in the strains of D182038,D106004,Z176003 and CO92 respectively(6 copies strain).There were 7 rRNA gene clusters in the strains of 91001,KIM,Nepa1516,Antiqua and Pestoides F(7 copies strain).According to the 2000 bp sequence,13 types of rRNA gene clusters could classify the strains between the 6 copies and 7 copies.There were 4 types of tRNA gene among the 16S-23S rRNA spacer region that could classify the strains among the 6 copies and 7 copies strains respectively.The number of point mutation among the 23S rRNA gene was statistically different in some copies under ANOVA analysis(F=0.548,P=0.815>0.05 among the strains and F=5.228,P<0.01 among the copies).Conclusion The 2000 bp sequence adjacent to the rRNA genes,tRNA gene and 23S rRNA gene sequence could serve as the identification sign of rRNA genes for classifing the strains of Y. pestis.     

四川石渠县鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征

目的：对四川省石渠县鼠疫耶尔森菌的遗传特性进行分析。并与其他类型的鼠疫苗株相比较。方法：特征性基因的PCR扩增，随机扩增多态性DNA，脉冲场电泳、rRNA基因指纹图分析等。结果：石渠县的菌株为典型的鼠疫菌株，具有鼠疫强毒菌的典型特征，从该县青海田鼠中分离的鼠疫菌株，其分子生物学特征与我国其他疫源地中的鼠疫菌株明显不同。结论：该地可能存在一种新类型的鼠疫自然疫源地，其鼠疫菌属于一单独型别；1999年该县发生的人间鼠疫。感染来自该疫源地之外；对该疫源地仍须密切监视，以确定其对人类的威胁。     

我国鼠疫耶尔森菌Pgm特征的研究

目的　对从我国不同类型疫源地分离的鼠疫菌进行色素沉着因子 (Pgm )表型的分析。方法　用氯化血红素培养基或刚果红培养基培养鼠疫菌 ,对不同颜色的菌落进行计数 ,计算鼠疫菌Pgm的阳性率。 结果　我国 10个疫源地的 16个生态型和新发现的四川青海田鼠型 ,除昆仑山A、B型外 ,其他各型的菌株均含有Pgm+ 菌 ,以青海田鼠型、锡林郭勒高原型、北天山东段型、北天山西段A型、北天山西段B型菌株的Pgm+ 率为高 ,Pgm+ 菌株 >90 %。结论　青海田鼠型、锡林郭勒高原型、北天山东段型、北天山西段A型、北天山西段B型菌株的Pgm+ 表型稳定。     

基于单核苷酸多态性的甘肃省鼠疫耶尔森菌基因分型研究

目的探讨基于单核苷酸多态性(SNP)的甘肃省鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)的基因分型及其地区分布特征。方法选取1962 - 2017年甘肃省喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地和阿拉善黄鼠鼠疫疫源地分离的52株鼠疫菌, 培养并提取基因组DNA, 进行Illumina PE150二代测序, 鉴定鼠疫菌SNP位点。基于SNP位点, 采用Mega 10.0软件中邻接法的Kimura-2-parameter模型确定甘肃省鼠疫菌种群特征, 并对群内菌株采用最大似然法的Hasegawa-Kishino-Yano模型构建分子进化树。结果甘肃省52株鼠疫菌共鉴定出103个SNP位点, 其中, 基因间区位点28个, 非同义突变位点43个, 同义突变位点31个, 无义突变位点1个。52株鼠疫菌划分为2个生物型3个群, 分别为古典型(1.IN2、3.ANT), 中世纪型(2.MED)。其中, 35株属于1.IN2群, 13株属于3.ANT群, 4株属于2.MED群。1.IN2群内菌株进一步划分为肃北县鱼儿红乡、党城湾镇, 肃南县马蹄乡、大河乡, 夏河县5个亚群。3.ANT群内菌株进一步划分为阿克塞县红柳湾镇和肃北县党城湾镇马...     

鼠疫噬菌体研究概述

鼠疫噬菌体是一种特异性很强的鼠疫耶尔森菌（Yersinia pestis,鼠疫菌）的细菌病毒,一直被用来进行鼠疫病原体的鉴定。鼠疫噬菌体的早期研究主要以如何在自然界分离、生物学特性、诊断和治疗鼠疫,近年来,随着微生物基因组和蛋白质组学技术的发展,揭示了鼠疫噬菌体在鼠疫菌进化过程中所发生的作用。现就鼠疫噬菌体的研究进展,尤其是基因组的结构、与宿主菌在致病和免疫相关研究做一些介绍,为研发新型分子生物学技术和鼠疫治疗药物提供帮助。     

鼠疫耶尔森菌遗传学研究进展

染色体、质粒作为鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的遗传基础,决定着鼠疫菌的生物学特征及致病力.在现有的鼠疫菌全基因组序列中,各型菌株基因组都表现出G+C含量偏差、存在丰富的插入序列、大量的假基因及频繁的基因重组等特征,这些都是鼠疫菌迅速进化的关键.鼠疫菌遗传学通过基因组学、比较和进化基因组学的研究,确定鼠疫菌对人体的毒力因子和致病机制,探索鼠疫菌致病性和进化的遗传学机制,从而为鼠疫的流行监测及疫苗研制等防治工作提供科学的理论依据.     

三氯乙烯药疹样皮炎易感性与Lag-3基因的关系

目的探索三氯乙烯药疹样皮炎的易感性基因,为其危害防治提供依据。方法将病例组及对照组基因组DNA应用降落式聚合酶链反应(PCR)扩增,然后直接测序以确定Lag-3各外显子(exon 1-8)是否存在单核苷酸多态性以及Lag3-单核苷酸多态性是否与三氯乙烯药疹样皮炎发病相关。结果56例三氯乙烯药疹样皮炎患者Lag3-基因的exon1-6及exon8基因序列相当保守,与基因库(Genebank)中一致。exon7第50bp存在多态性,但此多态性可能与该病关系不大。结论三氯乙烯药疹样皮炎的易感性与Lag3-基因单核苷酸多态性可能关系不大。     

中国鼠疫耶尔森菌差异区段分型及其地理分布特征

目的 研究中国鼠疫耶尔森菌差异区段（DFR）分型及地理分布特征。方法 对分离自中国11个疫源地3 044株鼠疫菌,应用23个DFR和质粒验证（PMT1）PCR扩增,进行鼠疫菌DFR基因组分型及地理分布特征分析。结果 3 044株鼠疫菌共包括52个基因组型,其中19个为主要基因组型、33个为次要基因组型。在以往鉴定的31个基因组型基础上又增加了 21个新基因组型。其中增加的3个新基因组型均为主要基因组型,即青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地新增加32型、44型,内蒙古高原长爪沙鼠鼠疫自然疫源地新增加50型。结论 在新增加的 21个新基因组型中有3个为主要基因组型,中国鼠疫菌DFR主要基因组型具有明显的地理分布特征。     

白三烯A4水解酶基因多态性与缺血性脑卒中的关联研究

目的 探讨白三烯A4水解酶(LTA4H)基因多态性与缺血性脑卒中(IS)及其亚型的关联性。方法 采用表型不一致同胞对研究设计, 分析4个LTA4H基因单核苷酸多态性位点(rs2072512、rs2540489、rs2540500和rs6538697)与IS及其亚型的关联关系。采用广义估计方程(GEE)进行多因素分析, 采用条件logistic回归模型和以家系为基础的关联检验(FBAT)进行关联分析。结果 对234个家系所组成的356对表型不一致同胞对进行分析, 发现高血压、糖尿病、高脂血症的患病情况与IS的发病风险存在相关。各位点与IS的关联分析发现, 在加性和隐性模型下, rs2540489基因型与IS的关联具有统计学意义, G等位基因是保护因素(加性模型OR=0.62, 95%CI: 0.41~0.94;隐性模型OR=0.48, 95%CI: 0.23~1.02);rs2540489 基因型与大动脉粥样硬化型(LAA)IS的关联具有统计学意义, G等位基因是保护因素(加性模型OR=0.48, 95%CI: 0.24~0.95;隐性模型OR=0.25, 95%CI: 0.07~0.93);在调整年龄、性别等其他因素后, 以上关联关系仍然存在。结论 LTA4H基因 rs2540489位点多态性与大动脉粥样硬化型IS存在关联。     

甘肃省202株鼠疫耶尔森菌基因型分布及流行特征分析

目的研究甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因分型分布及其流行特征。方法根据鼠疫菌基因组23个差异区段设计引物,采用PCR技术,分析甘肃省202株不同来源的鼠疫菌。结果202株鼠疫菌共分为8个基因型,即1b、5、7、8、13、26、GSl型(新基因型)和GS2型(新基因型)。自20世纪60年代起至今分离到1b、8和GSl基因型,而自1977年后再未分离到7、13、26基因型,在1995年后才分离到GS2、5基因型。结论甘肃省lb、8和GSl基因型鼠疫菌自20世纪60年代起持续流行至今,7、13和26基因型菌已有40余年未分离到,而GS2和5基因型菌自20世纪90年代才开始流行。     

The history of the plague and the research on the causative agent Yersinia pestis

The plague is an infectious bacterial disease having a high fatality rate without treatment. It has occurred in three huge pandemics since the 6th century with millions of deaths and numerous smaller epidemics and sporadic cases. Referring to specific clinical symptoms of pulmonary plague the disease became known as the Black Death. This pandemic probably originated in central Asia and began spreading westward along major trade routes. Upon the arrival in the eastern Mediterranean the disease quickly spread especially by sea traffic to Italy, Greece and France and later throughout Europe by land. Until the 18th century many European cities were frequently affected by other great plague epidemics. The worldwide spread of the third pandemic began when the plague reached Hong Kong and Canton in the year 1894. The gram-negative coccobacillus now designated as Yersinia pestis has been discovered as the causative agent of plague in this Hong Kong outbreak. In the following years the role of rats and fleas and their detailed role in the transmission of plague has been discovered and experimentally verified. Today the plague is still endemic in many countries of the world.     

遗传关联性研究Meta分析之遗传模型的选择：贝叶斯无基因模型法

近年来,遗传关联性研究的Meta分析受到越来越多的学者关注。设计遗传关联性研究的Meta分析时,传统做法是将各基因模型的结果全部计算出来,这样不仅增加了假阳性结果的概率,也使得Meta分析的结果难以进一步分析。因此,在设计遗传关联性研究的Meta分析时,一个重要的步骤是如何选择恰当的基因遗传模型。本文旨在介绍贝叶斯无基因模型法的原理,以期帮助读者在设计遗传关联性研究的Meta分析时应用此方法。