2018年济南市14株柯萨奇病毒A组6型VP1基因特征分析

目的 分析济南市导致手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)分离株VP1基因特征及氨基酸变异。方法 2018年济南市HFMD常规监测病例样本经实时荧光RT-PCR检测,随机选择部分CVA6核酸阳性样本进行细胞分离鉴定,扩增阳性分离株VP1基因序列并进行同源性比较、氨基酸变异及系统进化分析。结果 2018年共检测652份样本,其中CVA6核酸阳性率为47.85%（312/652）,远高于人肠道病毒A组71型（human enterovirus A 71, EV71）（7.06%, 46/652）和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16, CVA16)（8.44%,55/652 ）,为济南市HFMD最主要病原体。通过细胞分离成功获得14株CVA6病毒,经VP1基因系统进化分析显示,济南市CVA6分离株均为基因D5亚型,VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.2%~100%和98.0%~100%,与2017年广东株（GenBank 登录号MG385796、MG385815）、广西株（GenBank 登录号MH018512）、云南株（GenBank 登录号LC413143）及2014年江西株（GenBank 登录号KY913482）等亲缘关系较近。VP1蛋白主要存在V174I等位点变异,与国内流行的D5亚型基本一致。结论 2018年CVA6病毒为导致济南HFMD的主要病原,与广东、广西、云南和江西等省分离株亲缘关系较近,属于我国目前流行的基因D5亚型。     

盐城地区柯萨奇病毒A组16型分离株VP1区基因分子生物信息学分析

目的 分析盐城地区柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)VP1区蛋白结构和B细胞表位。方法 基于盐城地区2017年CVA16分离株J837 VP1区蛋白序列,采用分子生物信息学软件预测蛋白质理化特性、亲水性、二级结构和抗原表位等。结果 盐城地区CVA16分离株VP1区编码蛋白为亲水蛋白,无信号肽,有1个跨膜螺旋区域,二级结构以无规则卷曲为主,存在7个潜在的B细胞抗原表位。结论 本文成功预测了CVA16分离株VP1区蛋白二级结构和B细胞优势表位,为CVA16疫苗研研发提供了科学依据。     

济南市柯萨奇病毒A组6型手足口病流行病学特征分析

摘要:目的　分析济南市柯萨奇病毒A组6型手足口病（HFMD）的流行病学特征,为该病的诊治与防控提供科学依据。方法　选取2013年济南市临床诊断为HFMD的病例为对象,采集患者发病1周内的粪便、咽拭子等标本,实时荧光定量聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行病原学鉴定;对判定为柯萨奇病毒A组6型（CVA6）的手足口病确诊病例,采用描述流行病学方法进行流行病学特征分析。结果　2013年接受病原学检测的HFMD患儿共计848例（包括19例重症病例）,670例检测到肠道病毒（79.01%）。CVA6阳性141例（包括2例重症）,占阳性病例的21.04%（141/670）,在HFMD确诊病例的病原构成中居第3位;其中包括2起暴发、7起聚集性手足口病疫情。141例感染CVA6的HFMD患儿中,男女比例为1.71∶1（89/52）;病例年龄主要集中于3岁以下儿童（73.76%）,尤其是1岁以下患儿（26.95%）,两例重症病例均不到1岁;全市各县（市、区）全年均有发病,流行高峰期集中于7-11月（69.59%）。结论　CVA6是手足口病的重要病原体之一,可引起重症、暴发及聚集性疫情,应加强监测与研究。     

柯萨奇病毒A组6型手足口病的流行病学研究进展

自2008年以来,柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)在全球范围内引起了多次手足口病暴发,成为引发手足口病的主要病原体之一。作为导致手足口病流行的新病原体,目前尚无预防CVA6型手足口病的有效疫苗上市。CVA6易发生重组和变异,不仅小儿易感,也可对成年人造成感染,并常引起非典型症状,如脱甲等。因此,CVA6型手足口病已成为手足口病防控的重大挑战。本文就CVA6的病原学特征及其所致的CVA6型手足口病的流行特征、影响因素及防控措施等研究进展进行综述,为CVA6型手足口病预防控制措施的制定提供科学依据。     

龙岩市手足口病柯萨奇A10型病毒VP1区基因特征分析

目的对从龙岩市手足口病患者分离的其他肠道病毒柯萨奇A10型进行分子鉴定,并对其VP1区序列进行基因特征分析。方法肠道病毒通用阳性未分型咽拭标本,用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离,对分离株的VP1区进行扩增并测序。通过BLAST程序比对,鉴定病毒的血清型。与GenBank中其他已知基因亚型的核酸序列进行同源性分析,构建遗传进化树。结果 55份未分型标本中,2株鉴定为CVA10病毒株。VP1区片段核苷酸序列长度分别为289bp和290bp,编码96个氨基酸。遗传进化分析显示,2株CVA10毒株为D组基因亚型。第93个氨基酸位点发生变异,由异亮氨酸(I)取代缬氨酸(V)。结论龙岩市手足口病原除EV71和CVA16外,还包含CVA10等。应加强对其他肠道病毒引发手足口病的监测,掌握其流行及病毒遗传进化特征,为防控提供科学依据。     

2015年昆明市柯萨奇病毒A16型VP1区基因特征分析

目的 研究昆明市2015-2016年手足口病患儿肠道病毒分子流行病学及探讨柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CVA16）VP1基因遗传变异与其时间和空间分布模式的相关性。方法 采集患儿的咽拭子和肛拭子样本,采用逆转录聚合酶链式反应分子鉴定法分别扩增肠道病毒71型和CVA16的VP1基因全长,随机选取2015年9份CVA16阳性样本进行测序并与数据库参考株构建系统进化树。对不同年份来源的CVA16病毒株间遗传距离与分离年份时间进行相关性和回归分析,并分析不同地理群体间的遗传距离与地理距离的相关性（Mantel检测）。结果 采样年度中大多数患儿为CVA16感染（咽拭子和肛拭子检出率分别为29.41%和15.69%）,其与肠道病毒71型感染的比率分别为2.5 ∶1和2.0 ∶1。VP1基因系统进化分析显示9株CVA16昆明分离株均属于B基因型B1b亚型,且进一步划分成两个亚簇;种系进化及统计学分析显示VP1基因变异与时间推移和地理距离均具有正相关关系（均有P<0.05）。结论 2015年昆明市9株CVA16分离株为新生成的变异毒株,提示CVA16在昆明存在一定的地域流行特点。     

柯萨奇病毒A组16型

柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A Group 16 Strain,CVA16）是手足口病（Hand,Footand Mouth Disease,HFMD）的主要致病原之一,对其生物学特征、致病机理、临床表现、实验室诊断、流行病学和分子流行病学的认识,有助于提高HFMD及其它相关疾病的防治水平。研发CVA16的诊断方法和疫苗,建立健全CVA16的流行病学和实验室监测网络,可以对CVA16引起的HFMD的流行进行预测和预警,对预防CVA16引起的HFMD有重要的意义。     

柯萨奇病毒A24型变异株VP1基因变异分析

目的:从分子水平探讨2002年-2008年柯萨奇病毒A24型变异株(Coxsackie virus type A24 vari-ant,CoxA 24v)VP1基因变异情况。方法:在GenBank基因库上下载26株2002年-2008年引起AHC的CoxA 24v病毒株VP1基因核苷酸和氨基酸全序列,分析各株之间核苷酸和氨基酸序列差异;并与CoxA24原型株Joseph株核苷酸和氨基酸序列进行比较。结果:各株之间VP1基因核苷酸全序列的同源性为94.3%～100%,氨基酸全序列的同源性为97.7%～100%;与Joseph株比较,核苷酸全序列的同源性为76.4%～77.9%,氨基酸全序列的同源性为90.5%～91.8%。结论:2002年-2008年CoxA 24v病毒株VP1基因在核苷酸水平上存在着一定的变异,在氨基酸层面上也存在变异,但变异幅度相对较小。     

2017-2018年湖州市柯萨奇病毒A6型流行情况及VP1区基因特征分析

目的 了解2017-2018年湖州市手足口病疑似病例中的柯萨奇病毒A组6型(coxackievirus A6,CVA6)的流行情况及基因特征.方法 2017-2018年收集774份手足口病疑似病例样本,采用荧光定量RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,并对检出的CVA6进行VP1全长基因序列的扩增和序列测定,利用Meg...     

宁夏地区2008年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析

目的 研究宁夏地区2008年引起手足口病(HFMD)暴发的柯萨奇病毒A组16型(CVA16)的基因特征.方法 对宁夏地区2008年HFMD患者临床标本中分离到的CVA16,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行VP1编码区基因扩增,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.根据VP1区核苷酸序列与国内其他省份以及国际报道的CVA16株序列(来源于基因库)构建基因亲缘关系树.结果 共分离到70株CVA16,其在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%～100.0%和98.9%～100.0%.亲缘进化树显示全部CVA16株可分为A和B两个基因型,B基因型又可分为B1和B2两个基因亚型.宁夏地区CVA16全部属于B1基因亚型,同时包含B1a和B1b两条进化分支,提示存在两大传播链.结论 宁夏地区分离的CVA16株与国内其他地区CVA16株类似,有B1a和B1b两个进化分支在共同循环,且与周边国家和地区流行的CVA16在基因亲缘关系和流行时间关系上都很接近,存在共同进化和循环.     

病毒性脑炎病例中Echo6河南分离株VP1基因特征分析

本研究对2008年Echo6河南分离株VP1区全基因序列进行分析,并在此基础上对Echo6的基因特征和分子流行病学进行初步分析. 1.材料与方法:     

1株九江分离的柯萨奇A6病毒VP1基因分析及B细胞表位预测

目的对1株在九江地区分离的柯萨奇A6病毒(CoxA6)VP1区域进行克隆,并对其编码蛋白的结构、功能及B细胞表位进行分析和预测,为CoxA6疫苗制备和诊断方法的研究提供理论基础。方法采用RT-PCR法对CoxA6分离株VP1区进行扩增和克隆、序列分析,应用SigaIP、TMPRED、TMHMM、Big-PI Predictor、Cell-Ploc、PSORT、NetNES、Netphos、SOPMA、NetNGlyc、MotifScan、InterProscan、SMART、PROSITE、GOR4、Bepipred Linear Epitope Prediction等生物信息学方法预测其VP1基因编码蛋白特性和潜在的B细胞表位。结果该CoxA6分离株VP1基因编码305aa的多肽,分子量为33.5kDa。该蛋白无信号肽、跨膜区,是亲水性蛋白;二级结构主要以无规则卷曲为主,其次为α-螺旋及β-片层。该蛋白共有7个可能的B细胞抗原表位,位于151~173aa区域内的表位分值最高为2.774。结论成功克隆了1株CoxA6的VP1基因,并对其进行序列分析、蛋白质结构和B细胞表位预测,为制备CoxA6疫苗和开发诊断方法提供了分子生物学基础。     

中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型的分子流行病学特征分析

目的 分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型（coxsackievirus group A type 10,CA10）流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法 利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA10毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株彼此间的核苷酸和氨基酸同源性进行计算。结果 纳入本研究的中国大陆地区CA10毒株共计218株,中国大陆地区CA10流行毒株的基因型以C型为主。与原型株CA10-Kowalik相比,中国大陆地区CA10毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为69.4%~73.9%和90.6%~93.6%;中国大陆地区CA10毒株内部的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.4%~100.0%和92.9%~100.0%。结论 本研究提示应针对CA10毒株流行趋势和基因型分布情况,采取有效措施防控手足口病。     

杭州市急性出血性结膜炎的柯萨奇病毒分离鉴定及其VP1序列分析

目的:2010年杭州市发生了两起急性出血性结膜炎(Acute Hemorrhagic Conjunctivitis,AHC)疫情,为鉴定引起疫情的致病病原体。方法:采集了9份眼结膜拭子标本,使用实时荧光PCR或RT-PCR法分别检测临床标本中腺病毒、人肠道病毒70型(Human Enterovirus 70,HEV70)和柯萨奇病毒A组24型变种(CoxsackievirusA24 variant,CVA24v)的基因。使用Hep-2细胞和RD细胞分离病毒。对分离到的CVA24v毒株进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定和分析。结果:实时荧光PCR或RT-PCR法检测临床标本,其中有6份检测结果为CVA24v阳性,阳性率为66.7%,而腺病毒和HEV70检测结果均为阴性。使用Hep-2细胞共分离到5株病毒,通过分子定型均鉴定为CVA24v。进化树图显示,两起疫情是由两个病毒传播链引起的。结论:本研究成功地分离到5株CVA24v毒株,为今后杭州市AHC的防治及研究奠定了一定的基础。     

Molecular characterization of the Babesia caballi rap-1 gene and epidemiological survey in horses in Israel

Equine piroplasmosis imposes great concerns for the equine industry regarding international horse movement, and therefore requires reliable diagnostic tools. Recent studies from South Africa and Jordan, including a preliminary study in Israel, reported extremely low seroprevalence to Babesia caballi (B. caballi) (0–1%) using the acceptable rhoptry-associated protein-1 (RAP-1) cELISA. In accordance with the study from South Africa demonstrating a significant heterogeneity in the rap-1 gene sequence of South African B. caballi isolates, the objectives of this study were to phylogenetically characterize the rap-1 gene of the Israeli isolates and determine the prevalence of B. caballi in horses in Israel. Out of 273 horses tested using the RAP-1 cELISA, only one was sero-positive, while 9.3% were positive on PCR performed on the rap-1 gene. Phylogenetic analysis of the rap-1 gene grouped the Israeli isolates in a cluster together with the South African strains (99% nt identity), but in a separate cluster from the American/Caribbean strains (81–82% nt identity). These findings support the existence of heterogeneity in the RAP-1 amino-acid sequences of the Israeli and South African isolates as compared to that used in the cELISA commercial kit and raise doubts as to the ability of this assay to serve as a sole regulatory test for international horse movement. Risk factor analysis found management and age to significantly associate with prevalence of B. caballi, as higher prevalence was noted in horses held out on pasture and a negative association was recorded with age. In addition, B. caballi was not detected in horses in the steppe-arid and extreme-arid climatic regions as compared to the wetter regions. Findings of this study emphasize the need to combine several detection methods to ameliorate the control and spread of the disease.     

中国柯萨奇病毒A组6型分离株全基因序列特征分析

目的  分析中国2007-2019年柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)毒株遗传进化规律,以期为疾病预防及疫苗研发提供理论依据。方法  收集中国截至2021年3月1日Genbank数据库中454株CVA6毒株全基因序列,分析毒株分离年份、地区信息,构建系统发育树揭示进化规律并进行基因重组分析。结果  地区信息显示,毒株主要分布于中国沿海及南方地区,时间信息表明,自2013年起,CVA6毒株报告数量逐渐增加。系统进化结果表明,454株CVA6毒株分10个分支,A分支中3株分离自江西省的毒株与CVA6原型毒株Gdula(AY421764)亲缘关系极为接近,核酸序列相似度近乎100%,J分支是中国流行最广泛的毒株群,包含了中国较多省份如山东省、广东省等。基因重组分析显示,基因重组现象较为普遍,大部分CVA6代表毒株在P2区和P3区与其他肠道病毒A组毒株之间存在基因重组现象。结论  2007-2019年CVA6毒株在中国广泛传播,毒株间基因重组现象普遍存在。     

大连市肠道病毒71型VP1区段基因特征分析

目的:了解大连市手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征。方法:从手足口患者粪便标本中分离EV71病毒,经RT-PCR扩增VP1全长,并进行核苷酸序列分析。结果:4株EV71分离株与C4亚型代表株具有较高的核苷酸和氨基酸序列同源性。在系统进化树上,4株EV71分离株与C4亚型代表株处于同一分支。结论:大连市手足口病患者中分离的EV71属C4亚型。