入胎脑未知基因EST的发现

目的:在人胎儿脑组织cDNA中钓取并克隆新基因.方法:以RT-PCR方法用人FGF-19特异性引物从人胎脑cDNA中扩增到一大小约660bp的片段,并连入TA克隆载体测序,得到一个表达序列标签(EST),输入GeneBank、Swissprot、dbEST等数据库中进行同源比较分析.结果:分析表明它是人胎儿脑组织未知基因EST,是一个663个碱基可编码220个氨基酸的开放读码框架.结论:在人胎儿脑组织cDNA中钓取并克隆一个人胎脑新基因EST.     

白细胞介素—6相关新基因的生物学分析

目的：通过白细胞介素－6（IL－6）相关新基因的生物学分析，研究IL－6的作用机制。方法：利用IL－6相关表达序列标签（EST）进行电子克隆获得924bp全长新基因，后采用RT－PCR方法从IL－6激活的人U937细胞所提的总RNA中钓取，此片断连到pGEM-Teasy质粒上并测序。结果：成功钓取了IL－6相关EST电子克隆的全长cDNA基因。结论：使用电子克隆技术对于发现新基因有重要的指导意义。     

白细胞介素-6相关新基因的生物学分析

目的通过白细胞介素-6(IL-6)相关新基因的生物学分析,研究IL-6的作用机制。方法利用IL-6相关表达序列标签(EST)进行电子克隆获得924 bp全长新基因,后采用RT-PCR方法从IL-6激活的人U937细胞所提的总RNA中钓取,此片断连到pGEM-Teasy质粒上并测序。结果成功钓取了IL-6相关EST电子克隆的全长cDNA基因。结论使用电子克隆技术对于发现新基因有重要的指导意义。     

新基因TMBP-1的全长cDNA克隆

目的：克隆胸腺细胞发育相关新基因。方法：本研究建立了抑制性差减杂交技术（SSH）、构建了胸腺基质细胞系cDNA差减杂交文库。应用cDNA末端快速扩增方法（RACE）进一步克隆新基因的cDNA全长序列。结果：筛选两个不同胸腺基质细胞系的差异表达基因,获得了新基因cDNA片段C91,应用RACE成功克隆新基因TMBP－1cDNA全长序列。它拥有一个969bp的开放读码框架,编码323个氨基酸。同源序列 比较发现,它编码一个未知功能的膜结合蛋白。Northem杂交分析显示,mRNA转录本长度为1．5kb;在两种胸腺基质细胞系中均有表达。新基因的cDNA全长序列。已被GenBank所接受。结论：抑制性差减杂交技术是克隆新基因片的有效方法;成功克隆新基因TMBP－1的cDNA全长序列。     

人自噬基因APG5及一个新亚型APG5β的克隆

目的克隆APG5基因并在真核细胞中进行表达,从分子水平研究自噬与凋亡之间的关系。方法应用PCR技术,从人胚脑cDNA文库和B细胞cDNA文库中钓取APG5基因,连接到pEGFP-C1载体,测序确定核苷酸序列并进行生物信息学分析。利用脂质体lipofectin将带有目的基因的载体转入人肝细胞株和Hela细胞株。在共聚焦激光显微镜下观察融合蛋白表达。结果成功地钓取APG5及一个新亚型APG5β基因片段,两者连入pEGFP-C1载体并在Hela细胞株中获得表达。在共聚焦激光显微镜下观察到两者在凋亡细胞中表达。在凋亡诱导刺激下,随着凋亡的提前出现,融合蛋白表达的时间也提前。结论成功克隆APG5/APG5β基因,首次证实并报道一个新亚型APG5β,并在GenBank核酸序列数据库中登录(AF293841)。对两者功能进行了初步研究,为进一步研究自噬与凋亡之间的关系和可变性剪切的调节机制提供了有益的线索。     

大鼠脑组织中神经生长因子基因克隆

目的：克隆大鼠脑组织中神经生长因子基因。方法：采用RT－PCR方法,大鼠脑组织中的mRNA逆转录成cDNA,再以cDNA为模板,扩增NGF基因片段,克隆入T载体,并经序列测定。结果：RT－PCR法扩增出一特异产物与预期长度504bp相符,T载体克隆测序与大鼠NGF基因100％同源。结论：采用RT－PCR和T载体技术获得了大鼠脑组织中的NGF基因克隆,为在分子水平对NGFmRNA的研究奠定了基础。     

应用简并引物RT—PCR扩增锌指结构域筛选新基因

目的：应用简并引物RT－PCR扩增并克隆TF－ⅢA型锌指蛋白基因表达序称标签（EST）,以最终获得新的锌指蛋白基因,方法：分别用TPA和Hemin诱导人红白血病（HEL）细胞,提取总RNA。根据TF－ⅢA型锌指蛋白保守序列设计简并引物,并以之进行RT－PCR扩增,然后将其克隆到pGEM-T easy载体中测序,应用DNAsis软件分析序列并通过GenBankblast进行序列比较。结果：克隆并测序了30个扩增片段,22个是锌指蛋白基因的EST,其中17个是新的锌指蛋白基因EST。结论：应用简并引物RT－PCR克隆一些具有保守所酸顺序结构域的蛋白基因EST是可行的。并具有简便,高效等优点,此外,还可有目的地克隆一些具有重要功能结构域的蛋白质基因。     

抑制性消减杂交法构建甲状腺癌差异表达基因文库

目的：筛选并克隆在甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的基因。方法：(1)应用抑制性消减杂交(SSH)进行基因差示表达分析,构建人甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的cDNA消减文库;(2)克隆、鉴定甲状腺癌组织特异性高／低表达的基因;(3)登录Genbank,运用Blastn程序进行同源性分析。结果：成功构建了高消减效率的人甲状腺癌cDNA消减文库,对其中数个克隆的插入cDNA片段进行测序,经检索Genbank表明,正向SSH产物中有3个片段与来源于结肠上皮腺癌和Lung Epidermoid carcinoma的EST有100％同源性,提示它们来自恶性肿瘤相关基因。反向SSH产物中有5个片段为未知新序列,提示它们可能来自于在甲状腺癌中特异性低表达的新基因。结论：通过抑制性消减杂交技术,构建了人甲状腺癌cDNA消减文库,为下一步筛选鉴定甲状腺癌特异性基因及其全长克隆、功能研究等工作打下了基础。     

人自噬基因APG5及一个新亚型APG5β的克隆

目的 克隆APG5基因并在真核细胞中进行表达，从分子水平研究自噬与凋亡之间的关系。方法 应用PCR技术，从人胚脑cDNA文库和B细胞cDNA文库中钓取APG5基因，连接到pEGFP-Cl载体，测序确定核苷酸序列并进行生物信息学分析。利用脂质体lipofectin将带有目的基因的载体转入人肝细胞株和Hela细胞株，在共聚焦激光显微镜下观察融合蛋白表达。结果 成功地钓取APG5及一个新亚型，APG5β基因片段，两者连入pEGFP-C1载体并在Hela细胞株中获得表达。在共聚焦激光显微镜下观察到两者在凋亡细胞中表达。在凋亡诱导刺激下，随着凋亡的提前出现，融合蛋白表达的时间也提前，结论 成功克隆APG5/APG5β基因。首次证实并报道一个新亚型APG5β，并在GenBank核酸序列数据库中登录（AF293841）。对两者功能进行了初步研究。为进一步研究自噬与凋亡之间的关系和可变性剪切的调节机制提供了有益的线索。     

人胃癌中Survivin基因的克隆及其剪切体的发现

目的：克隆人类抗凋亡基因survivin(SVV)。方法：提取胃癌细胞系SGC－7901总RNA，RT－PCR扩增人SVV全长cDNA，测序鉴定、原核表达。结果：得到两个SVV基因cDNA克隆，即SVV－S4A与SVV－S1B，前者与已知SVV基因cDNA序列相同，后者第3个外显子丢失。原核表达所获融合蛋白经SDS－PAGE电泳与已知SVV基因的蛋白质表达产物大小相近。结论：自人胃癌细胞中克隆出SVV基因的全长cDNA，并获得一个新的剪切体，实现了SVV基因在大肠杆菌BL21（DE3）中的高效表达。     

小鼠衰老相关新基因Arzc的克隆

目的鉴别和克隆与小鼠衰老相关的新基因.方法采用改进的差异显示反转录聚合酶链反应(DDRT-PCR)技术分析正常老化和年轻BALB/C小鼠大脑皮层mRNA的差异表达,差异显示的新表达序列标签(EST)经Northern杂交验证后,作为出发序列,利用生物信息学方法设计引物,以小鼠大脑皮层总RNA的反转录产物为模板通过PCR克隆全长cDNA.结果差异显示分析共获得表达差异明显的EST 42条,序列同源性分析显示其中29条为已知基因cDNA片段,13条可能为新EST.对新EST进行Northern杂交验证后,对确证在正常老化鼠皮层表达明显下调的1个EST,通过生物信息学方法克隆全长cDNA,得到1个新的1 382 bp的cDNA序列,命名为Arzc,获得GenBank注册号AY344585.该序列含有1个261 bp的开放阅读框,推测的编码多肽包含86个氨基酸残基,与噬菌体编码的重组酶/整合酶的一段氨基酸序列有较高同源性.结论鉴别并克隆到一个可能与小鼠衰老相关的新基因Arzc.     

鼻咽癌相关肿瘤抗原基因的筛选及鉴定

目的 通过筛选鼻咽癌肿瘤抗原，为鼻咽癌提供一个早期诊断指标；同时为进一步研究鼻咽癌的免疫治疗莫定基础。方法 应用鼻咽癌细胞株异种免疫血清，采用血清学筛选重组cDNA表达文库（SEREX）技术对鼻咽癌cDNA表达文库进行筛选，对阳性克隆测序并进行生物信息学分析。Western Blot检测鼻咽癌及正常人血清中阳性克隆的抗体。结果 共筛选出18个阳性克隆，其中包括MAGE基因、CREM基因、β2-微球蛋白以及核糖体蛋白等已知基因或表达序列标签（EST），另外有6个基因或EST在GenBank数据库中没有同源性，可能是新基因或EST。选取NPC-14、NPC-15、NPC-18克隆进行鼻咽癌患者及正常人群血清的检测，结果显示鼻咽癌患者的阳性率明显高于正常人群。结论 所获得的未知基因产物有可能成为早期诊断鼻咽癌的血清学标志物。     

HBV感染培养人胎肝细胞后差异应答基因的初步分离和鉴定

目的:建立培养人胎肝细胞感染HBV后差异应答基因的消减文库,并从中克隆鉴定出新的应答基因.方法:分别从HBV感染及未感染的胎肝细胞中提取总RNA,用SMART PCR技术合成全长双链cDNA,经RsaⅠ酶切后将感染细胞的cDNA分为两组,分别衔接两个不同的接头,再与未感染细胞的cDNA进行两轮抑制性杂交及两轮抑制性PCR,将产物与T/A载体连接构建成消减cDNA文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,挑取克隆进行筛选排除假阳性,再行序列分析,鉴定胎肝细胞感染HBV后的差异应答基因.结果:成功构建高效消减的HBV感染胎肝细胞cDNA文库,得到158个白色的克隆,随机选择了128个克隆经PCR扩增获得含有明确单一目的片断的克隆99个,长约100～400 bp,经筛选后得到70个克隆,测序表明有16个差异表达的基因,其中可能的新基因有5个.结论:用抑制性消减杂交技术成功建立了HBV感染培养人胎肝细胞的消减cDNA文库,为进一步大规模筛选HBV感染后的应答基因奠定了基础,初步筛选出的新基因片断为进一步研究宫内感染的分子机制提供了依据.     

人α1微球蛋白/bikunin前体cDNA的克隆与鉴定

目的:从人胚胎肝、肾和胰腺组织RNA中钓取α1微球蛋白/bikunin前体(AMBP)cDNA序列,构建其重组克隆载体。方法:采用Trizol法提取人胚胎肝、肾和胰腺组织RNA,以此为模板,应用RT-PCR技术扩增目的基因,构建重组载体pMD18-T-ambp。采用蓝白筛选,经限制性内切酶消化和DNA测序进行鉴定。结果:RT-PCR显示,仅从肝组织RNA中扩增出ambp基因片段,而肾和胰腺组织中均未检测出其 mRNA的转录。构建的重组载体经SalⅠ/EcoRⅠ双酶消化得到1098bp大小的片段,与人AMBP cDNA片段大小一致。序列分析结果显示,克隆到载体中的目的基因与GenBank上登录的人AMBP cDNA序列完全一致。结论:从人胚胎肝组织RNA中成功钓取了AMBP cDNA序列,并正确构建其克隆载体pMD18-T-ambp。     

人胎脑中hSNF5结合蛋白的筛选、克隆及分析

目的寻找在神经细胞中与染色质重塑复合物中hSNF5亚单位相结合的靶蛋白并探索其功能,为阐明hSNF5在细胞中参与染色质重塑复合物对靶基因调控的机制提供线索.方法以hSNF5为诱饵,采用酵母双杂交系统筛选人胎脑MATCHMAKER cDNA文库.测定核苷酸序列,计算机软件分析核苷酸的同源性及功能结构域.结果获得9个阳性克隆.DNA序列分析及同源性比较表明,1个克隆的序列与推导蛋白FLJ20643羧基端的mRNA同源性高达97%,4个克隆与GenBank中可编码蛋白的序列有较高的同源性,其他4个克隆编码的氨基酸顺序与GenBank中的已知序列无同源性.结论在人胎脑cDNA文库中克隆到hSNF5的结合蛋白,这些蛋白质可能通过hSNF5募集染色质重塑复合物以调节其靶基因的转录活性,及其参与的细胞功能.     

大鼠神经元Arnt2基因cDNA序列的分析

目的 克隆并分析神经元凋亡差异表达5号EST全长cDNA。方法 以大鼠大脑Marathon Ready cDNA为模板，采用SMART RACE技术克隆神经元凋亡差异表达5号EST全长cDNA，产物亚克隆刘pGEM-T easy质粒载体后进行序列测定以及同源性分析。结果 经过3次5’RACE扩增，得到的5号EST cDNA长度为5663bp，其中包含1个2136bp的完整的开放读码框序列，与已知大鼠基因芳香烃受体核转位因子2（Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator2，Arnt2）完全同源：该cDNA 3’瑞非编码区长达3323bp，包含3个AATAAA加尾信号和1个由12个腺嘌呤核苷酸组成的polyA序列。结论 5号EST目标基因为大鼠基因Arnt2，该基因3’端完整的非编码区cDNA序列为首次报道。神经元凋亡差异表达基因Arnt2的克隆鉴定为深入研究小脑颗粒神经元低钾性凋亡机制奠定了基础。     

肾癌差异表达基因克隆的研究

目的 克隆并鉴定肾癌与正常肾之间差异表达的基因。方法 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌组织与正常肾组织差异表达的cDNA消减文库,并从中克隆鉴定出肾癌差异表达的基因。结果 构建成功了高消减效率的人肾癌cDNA消减文库,对其中5个克隆插入的cDNA片段进行测序后经Genbank检索表明,5个片段均为未知新序列,其中GYIZ-RCC18为3个拷贝,提示以上5个cDNA征段可能来自3个新基因。Northern杂交分析显示,GYIZ-RCC18在肾癌组织中有明显表达,而在正常肾组织中无表达,这证明GYIZ-RCC18是肾癌相关的新基因。结论 人肾癌cDNA消减文库的建立为进一步筛选,克隆肾癌特异性表达的新基因奠定了基础。     

人白细胞介素18（hIL—18）的cDNA基因克隆及序列测定

目的：克隆人白细胞介素18（IL－18）全长cDNA基因,进一步探讨人白细胞介素18的功效。方法：采用RT－PCR的方法从人肝组织中扩增出人白细胞介素18（IL－18）基因,并克隆到真核表达的绿色荧光蛋白报告载体pEGFP-NI中,结果：经PCR及DNA序列测定得以证实其序列与文献报导一致,结论：该实验成功地克隆了IL－18cDNA,并将其重组构建了含有IL－18cDNA的真核表达载体pEGFP-N1-IL18。     

人B淋巴细胞活化相关新基因的克隆

目的：分离新的与B细胞活化相关基因。方法：采用差异显示反转录PCR（DDRT－PCR）技术对人扁桃体活化和静止B细胞mRNA的差异表达进行分析。差异显示的片段经过Northern杂交验证后,作为探针进行人活化B细胞cDNA文库的筛选。结果：差异显示分析共获得明显的差异表达的标签序列(expressed sequence tag,EST)62条,其中主要在静止B细胞表达的有32条,在活化B细胞表达的有30条,经Northern 杂交验证,共获得阳性的片段25条,以在活化B细胞中高表达的EST30为探针,经3轮筛选人活化B细胞文库后获得1个新的全长为2048bp的cDNA克隆,该克隆含有1个630bp的开放读码框,其推断的氨基酸序列N端与酵母的动力蛋白KAR3部分同源,结论：克隆了1条可能与B细胞活化相关的新基因。     

用差异显示杂交技术筛选与造血相关的新基因

目的 建立4月龄人胎肝组织差异表达基因EST库，并分离未知功能基因以寻找造血相关的新基因。方法 表达性差异显示技术（RDA）、核芏酸序列分析、竞争PCR及Northern杂交。结果 建立了4月龄人胎肝组织差异表达基因EST库。该文库富集了造血及肝生长调控相关基因，部分克隆序列测定及分析表明该库含有重要的未知功能新基因，具有一株新基因可能与红细胞增殖、分化有关。结论 RDA技术为寻找新的基因提供了有效的手段。该EST库内富含了与造血相关基因包括一株新基因。