深圳市一起腺病毒4型感染聚集性疫情的分子流行病学调查

目的 分析2019年2月22—28日深圳市宝安区某小学一起急性呼吸道病毒感染聚集性疫情的流行病学及病原学特点。方法 采用流行病学个案调查表对疫情进行现场调查,使用荧光定量PCR方法对采集的咽拭子标本进行流感样病例病原学筛查,筛查阴性标本进行6种常见呼吸道病毒核酸检测。对腺病毒核酸阳性的标本,用腺病毒六邻体基因作为靶基因进行序列扩增及测定,测序结果在GenBank 上进行序列比较,确定其病毒亚型并进行系统进化分析。结果 疫情发生在二年级（1）班,全班共54名学生,男29名,女25名。经调查该学校其他班级其余年级未出现相同症状病例。该起疫情共发现病例13例,其中男生7例,女生6例,男女学生罹患率分别为24.1%( 7 /29) 和24.0% ( 6 /25) 。临床特征为发热13例(100.0%),咽痛8例( 61.5%),全身肌肉酸痛8例( 61.5%),咳嗽5例(38.5%),症状均较轻,无重症病例。共采集5份咽拭子标本,经荧光定量PCR检测均为腺病毒核酸阳性,5份标本用分型引物检测并分析序列确定均为腺病毒E亚属4型。结论 此次急性呼吸道感染聚集性疫情由腺病毒4型引起,毒株序列与深圳其他区、国内其他城市分离的腺病毒4型毒株序列具有高度同源性。     

2011-2012年深圳市呼吸道腺病毒分子分型及其流行特征

目的了解2011-2012年深圳地区致病性呼吸道腺病毒(AdV)的病原体基因亚型和遗传进化及其流行特征,分析深圳地区呼吸道腺病毒的流行规律和传播途径。方法收集2011年1月至2012年12月深圳地区31个流感样病例监测哨点2 822份样本,先用荧光定量PCR方法筛查流感样病例,筛查后的阴性样本进一步进行呼吸道腺病毒等13种常见呼吸道病毒的核酸检测。对检测出的109份腺病毒阳性标本进行病毒分离,感染Hep-2受体细胞后共获得71份AdV稳定细胞毒株,用腺病毒六邻体基因作为靶基因,扩增其中的50份腺病毒阳性标本,纯化扩增产物后直接用于序列分析,在GenBank上进行序列比较,确定其病毒亚型并进行系统进化分析。结果 2011-2012年深圳市腺病毒感染患者的高发年龄段人群为小于7岁的儿童,1~2岁婴幼儿发病率最高;4-6月和10-12月为每年发病高峰期。在2 822份流感样病例咽拭子标本中,经定量PCR方法确定为AdV核酸阳性共109份,核酸阳性率为3.86%,从109份核酸阳性样本中分离病毒71份,病毒分离率为68.93%。50份分离的呼吸道腺病毒分子分型结果为1型AdV 6例,占12%;2型AdV 4例,占8%;3型AdV 27例,占54%;4型AdV 3例,占6%;5型AdV 4例,占8%;7型AdV 5例,占10%;另外有复合型AdV(HAdV-un)1例,占2%。结论近两年来深圳地区呼吸道Adv感染以3型为主,腺病毒引起的呼吸道疾病主要发生在每年的4-6月,感染人群主要是1~2岁婴幼儿。     

呼吸道感染人腺病毒的分离及鉴定

目的进行呼吸道感染人腺病毒的分离以及型别鉴定。方法标本来源于本实验室检测腺病毒阳性的1例呼吸道感染临床患者痰标本,将该例标本经处理后接种肺癌A549细胞进行病毒培养,用空斑实验进行病毒的分离和纯化,以纯化后的病毒核酸提取物为模板用PCR方法扩增腺病毒六邻体蛋白基因,对扩增产物进行序列测定,测序结果进行BLAST序列分析确定其型别。结果分离到一株人腺病毒毒株,对其六邻体蛋白基因PCR产物测序和BLAST分析结果证明该腺病毒株的六邻体序列与人7型腺病毒六邻体基因同源性均为100%。结论从哈尔滨地区呼吸道感染患者痰标本中检测到的1例腺病毒经分离鉴定为人腺病毒7型。     

实时荧光定量PCR法在急性呼吸道传染病病原筛查中的应用

目的利用实时荧光定量PCR法筛查和鉴定某战区发热伴呼吸道症状病例的呼吸道病毒感染情况,为部队呼吸道传染病疫情的早期预警和防控提供科学依据。方法采集某战区发热伴呼吸道症状病例咽拭子标本,采用实时荧光定量PCR法对标本进行流感病毒、副流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒和冠状病毒5类常见呼吸道病毒及其亚型的检测和鉴定,评价该方法在呼吸道病毒检测中的应用价值。结果利用实时荧光定量PCR法在采集的488份咽拭子标本中筛查出了240份甲型流感病毒阳性标本(其中季节性流感H3亚型71份,其它分型未检出)、7份乙型流感病毒阳性标本,未检出副流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒和冠状病毒。结论实时荧光定量PCR法可以对呼吸道病毒进行快速、特异、准确的筛查和鉴定,科学指导部队对呼吸道传染病疫情进行早期防控和预警预测。     

1起家庭聚集性肺炎病原学检测及基因特征分析

目的：分离鉴定引起家庭聚集性肺炎的病原体,并进行基因特征分析。方法采集该家庭每个成员的血清、咽拭子和肺炎患者的肺泡灌洗液,通过 PCR 方法、病毒分离、hexon 测序、BLAST 比对和血清 IgG 酶联免疫方法检测病原,并对 hexon 序列进行进化树分析。对阳性病毒分离物进行全基因组扩增。结果父母咽拭子2份、孩子肺泡灌洗液2份经 PCR 检测均为腺病毒(AdV)阳性,肺泡灌洗液病毒分离阳性,4份标本 hexon 区域 PCR 扩增测序,核苷酸同源性为99.5%～100.0%,病毒全序扩增拼接分析,BLAST 比对与腺病毒7型核苷酸同源性97.0%,基因进化树分析显示 hexon 基因分型与腺病毒7 d 位于同一分支。ELISA 方法检测一家4口均出现恢复期与急性期血清腺病毒 IgG 4倍增高现象。结论腺病毒7型是该起家庭聚集性肺炎的病因。     

婴幼儿急性呼吸道人偏肺病毒感染分析

目的了解广州市婴幼儿急性呼吸道人类偏肺病毒(hMPV)感染的流行病学特点及临床特征,为防治hMPV感染提供指导依据。方法采集289例婴幼儿急性呼吸道感染鼻咽拭子标本,采用RT-PCR检测hMPV的核蛋白(N)基因,随机选取8例hMPV强阳性PCR产物进行测序和序列分析,同时对采集病例的临床资料进行统计学分析。结果 289例标本中有20例为N基因阳性(6.92%)。2~4月份hMPV阳性检出率较高,以4月份最高(27.9%),且多为1岁以内婴儿(80.0%)。hMPV阳性患儿的临床主要表现为卡他症状、发热、咳嗽、喘息、气促、肺部罗音和肺部影像学改变等,可引起上、下呼吸道感染。对N基因进行测序与序列分析,结果与GenBank中的序列比对,与北京株BJl897N基因的序列同源为97%。结论 hMPV感染是广州市婴幼儿急性呼吸道感染的原因之一,发病高峰在4月份,且多为1岁以内婴儿。临床表现以咳嗽、喘息、肺部罗音和肺部影像学改变为主。8例hMPV阳性PCR产物核苷酸序列与北京株BJl897N基因的序列同源为97%。     

合肥市发热伴呼吸道症候群病原学检测结果分析

目的 掌握合肥市发热伴呼吸道症候群病原谱的构成,为发热伴呼吸道症候群的防控、诊断与治疗提供科学依据。方法 按照发热伴呼吸道症候群监测方案要求,采集哨点医院2019年2月至2020年11月符合发热伴呼吸道症候群病例定义患者的咽拭子或支气管灌洗液,采用呼吸道病原体PCR检测技术,定性检测22种呼吸道病原体,对流感病毒阳性标本采样荧光PCR法进行分型,对结果进行统计分析。结果 共收集251份呼吸道标本,检出阳性标本73份,阳性率为29.08%,有3份双重感染。单一阳性检出率前4位的病原体为呼吸道腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒和肺炎链球菌,阳性率分别为8.76%、5.98%、4.38%和3.58%。出现3个阳性检出峰:2019年夏季峰、2020年冬春季峰和2020年秋季峰。结论 合肥市发热呼吸道症候群病原体主要为呼吸道腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒和肺炎链球菌,同时存在混合感染情况。     

肺炎衣原体荧光PCR检测方法的建立和应用

目的采用Taqman探针技术,组建肺炎支原体荧光PCR基因检测方法。方法对GenBank登录的肺炎衣原体的基因序列进行生物信息学分析,针对保守区域设计引物和探针,组建实时荧光PCR检测方法。对来自本院的560份临床咽拭子样本和肺泡冲洗液样本进行检测。采用流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒和腺病毒进行特异性评价。结果本实时荧光PCR方法对甲型流感病毒(甲型、乙型)、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、呼吸道腺病毒无特异性反应。本院的临床样本检出26份,其中咽拭子9份,肺泡冲洗液17份。结论肺炎支原体荧光PCR检测方法可用于肺炎衣原体感染的辅助诊断。     

614例住院患儿急性呼吸道感染病原学分析

目的:了解急性呼吸道感染(Acute respiratory infection,ARI)患儿非典型病原体及病毒感染情况。方法:选择急性呼吸道感染患儿614例,取其入院第2天的静脉血,采用间接免疫荧光法进行呼吸道病原体IgM检测,包括非典型病原体(肺炎支原体、嗜肺军团菌Ⅰ型、Q热立克次体、肺炎衣原体)和病毒(呼吸道合胞病毒、腺病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型),并对检测标本阳性的病例进行统计分析。结果:在614例患儿送检标本中,171份阳性,阳性率为27.9%,其中肺炎支原体92例(15.0%),嗜肺军团菌Ⅰ型17例(2.8%),Q热立克次体6例(1.0%),肺炎衣原体1例(0.2%);呼吸道合胞病毒17例(2.8%),腺病毒6例(1.0%),乙型流感病毒13例(2.2%),副流感病毒Ⅰ型1例(0.2%),病原体的混合感染18例(2.9%)。结论:引起急性呼吸道感染的病原体以肺炎支原体为主,其次为嗜肺军团菌Ⅰ型、呼吸道合胞病毒,混合感染以肺炎支原体加嗜肺军团菌Ⅰ型为主。     

2012年江门市急性呼吸道感染人群病毒病原学监测结果分析

目的：了解江门市急性呼吸道感染人群常见病毒感染的情况。方法对2012年于江门市某医院就诊的609例急性呼吸道感染者采集鼻、咽拭子标本,采用实时荧光PCR法检测甲型（FluA）和乙型流感病毒（FluB）、腺病毒（ADV）、博卡病毒（BoV）、鼻病毒（hRV）、呼吸道合胞病毒（RSV）、副流感病毒1、2、3型（PIV1、PIV2、PIV3）、偏肺病毒（MPV）,冠状病毒（HCoV） OC43、229E、HKU1和NL63等14种呼吸道病毒的核酸。结果609份检材中,14种常见呼吸道病毒核酸总阳性率54.84%（334/609）,检出率依次为甲乙型流感病毒21.18%、副流感病毒1、2、3型9.03%、鼻病毒7.55%、呼吸道合胞病毒4.76%、冠状病毒3.61%、人博卡病毒3.45%、偏肺病毒3.12%、腺病毒2.13%。334例阳性检材中,合并2种以上病毒感染的有43例,合并感染率7.06%;合并3种病毒感染的有3份,感染率0.49%;合并4种病毒感染的有2份,感染率0.33%。男性呼吸道病毒阳性率58.81%,女性47.98%,提示男性比女性更容易感染呼吸道病毒。结论呼吸道病毒是急性呼吸道感染的主要病因,而与年龄、季节和性别有关,流感病毒、副流感病毒、鼻病毒、合胞病毒是引起江门市人群急性呼吸道感染的主要病毒。     

临床诊断的SARS患者鼻咽拭子采集、SARS冠状病毒分离及鉴定

目的 从临床诊断的严重急性呼吸综合征(severe aeute respiratory syndrome,SARS)患者鼻咽拭子标本分离并鉴定SARS冠状病毒。方法 SARS患者鼻咽拭子标本接种于含Veto及MRC-5单层细胞的24孔培养板中。分离物使用血清学方法、电镜及基因测序进行鉴定。结果 2003年4月-5月北京协和医院共采集79例临床诊断SARS患者的158份鼻咽拭子标本。3例接种Veto细胞孔的鼻拭子标本发现细胞病变效应(cytopathic effect,CPE)。用分离物感染细胞做为抗原,免疫荧光血清学发现SARS患者急性期和恢复期血清标本存在SARS冠状病毒抗体(IgG和IgM)阳转和／或4倍及以上升高。分离物上清液负染电镜观察到冠状病毒。基因测序证实3株分离物是SARS冠状病毒。结论3株自79例SARS患者鼻咽拭子标本的病毒分离物是SARS冠状病毒。     

上海2株严重急性呼吸综合征冠状病毒2的分离与鉴定

目的 从新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者鼻/咽拭子样本中分离、培养严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）。方法 将来自上海市COVID-19患者的3份鼻/咽拭子样本以TPCK胰酶处理,然后接种Vero E6细胞;待大部分细胞出现明显病变时,取细胞培养上清用qRT-PCR法检测病毒核酸,并用反转录PCR扩增病毒受体结合区（RBD）基因片段;将病毒扩增培养后感染接种于96孔板中的Vero E6细胞,观察细胞病变效应,并用免疫荧光法检测病毒蛋白。结果 2份COVID-19患者鼻/咽拭子样本接种的Vero E6细胞出现明显细胞病变效应,细胞培养上清中检测出新复制产生的SARS-CoV-2核酸,扩增出的RBD序列与早期分离出的SARS-CoV-2相应序列完全一致;病毒感染的Vero E6细胞病变迅速,并能与SARS-CoV-2核衣壳蛋白（N蛋白）单克隆抗体、刺突蛋白（S蛋白）单克隆抗体及COVID-19患者恢复期血清发生反应。结论 从2份COVID-19患者鼻/咽拭子样本中成功分离出SARS-CoV-2,为后续开展SARS-CoV-2感染与致病机制研究、防治药物与疫苗的研发奠定了基础。     

908例急性下呼吸道感染住院儿童病毒病原学研究

目的:分析桂东地区住院急性呼吸道感染患儿病毒特异性抗体(IgM)检测结果,探讨临床儿童急性呼吸道感染病毒病原学情况,而提供病原学诊断依据,指导临床诊断和治疗。方法:选择急性呼吸道感染患儿,取其血液用XK2100生物芯片进行检测筛查4种常见呼吸道病毒的特异性抗体(IgM),包括呼吸道合胞病毒(RSV)、腺病毒(ADV)、流感病毒(IV)及副流感病毒(PIV),对检测标本阳性的病例进行统计分析。结果:908份标本中有235份检出了病毒特异性抗体(IgM)阳性,总检出率为25.88%,其中ADV最为常见,检出率为20.26%,其次为IV(9.14%),RSV(3.63%),PIV(1.76%)。检出率在男女之间差异无统计学意义(P>0.05)。病毒阳性检出率在各年龄组之间差异有统计学意义(χ2=92.549,P<0.001),以4～5岁年龄组检出率最高。病毒总检出率在四季分布差异有统计学意义(χ2=101.011,P<0.001),以夏季检出率最高。结论:病毒病原在桂东地区儿童ALRTI中占重要地位,其中ADV、IV是主要病毒病原,病毒检出率以4～5岁年龄组检出率最高;夏季病毒总检出率高于其他季节。     

非流行期在园儿童EV71和CoxA16携带率调查

目的了解非流行期在园儿童EV71和CoxA16携带水平。方法采用随机整体抽样对三家幼儿园176名5岁以下儿童采集咽拭子样,并进行实时荧光PCR法检测。结果 176名在园儿童有4人CoxA16阳性,阳性率为2.3%,2人EV71阳性,阳性率为1.1%。结论深圳某地非流行期在园儿童CoxA16和EV71携带率分别是2.3%和1.1%,且年龄、性别、户籍、幼儿园等级、病原体差异不明显。     

恒河猴感染SARS-CoV的病毒学、血清学检测

目的对感染SARS-CoV的8只恒河猴进行病毒学、血清学指标检测。方法SARS-CoV经鼻腔接种8只恒河猴,在感染的第1天开始到5、7、10、15、20、30和60天分别安乐处死时,不同时间取咽拭子、血液和脏器,进行病毒分离,RT-PCR检测和抗体测定。结果RT-PCR证实感染病毒检出时间为5~16d,8只猴中的5只分离到了病毒,感染15d后可检测到抗体。结论感染SARS-CoV的恒河猴不仅出现与SARS患者类似的临床和病理学改变,也在一定时期内排毒,出现特异免疫反应,这些指标均可作为药物筛选、疫苗评价等方面的重要参数。     

2008年绍兴地区腺病毒引起咽结膜热暴发流行病原学分析

[目的]探讨2008年夏季发生于绍兴地区咽结膜热的病毒病原学。[方法]采用急性咽结膜炎患儿急性期咽及肛门拭子进行病毒分离,并同时用PCR法检查标本中病毒及分离病毒鉴定,对分离出部分毒株采用多个内切酶进行内切酶分析。此外,还测定患儿双份血中病毒的中和抗体增长。[结果]19份患儿咽拭子和肛门拭子病毒分离阳性率分别为63.2%;所有分离病毒株均为3型腺病毒。[结论]本次急性咽结膜炎暴发流行是由3型腺病毒引起。     

急性呼吸道感染门诊患者的临床特征和病毒谱分析

目的分析急性呼吸道感染门诊患者的临床特征和病毒谱,为患者的临床治疗提供依据。方法收集2015年1月~2016年12月具有急性呼吸道感染症状的门诊患者的临床资料,并采集患者的咽拭子样本。应用多重PCR方法检测15种呼吸道病毒,并利用实时荧光RT-PCR技术鉴别甲型流感病毒的3种常见亚型。结果 465例门诊患者中,呼吸道病毒阳性137例,检出率为29.5%(137/465),其中单一病毒感染94.2%(129/137),病毒共感染5.8%(8/137);单一病毒感染中,以流感病毒为主,其次为肠道;病毒共检出中以鼻病毒和季节性H3N2流感病毒共检出为主。临床特征显示,病毒阳性患者的部分临床症状比病毒阴性患者重,更容易出现高热、咽喉痛、乏力、鼻涕、痰液及呼吸急促等症状,且肺部异常多见。不同年龄段患者的感染率存在一定的差异,5岁患儿最高(50.0%),其次为≥60岁的老年人(38.6%)。结论呼吸道病毒是导致门诊患者发生急性呼吸道感染的常见原因,特别是婴幼儿和老年人,因此,加强呼吸道病毒的检测将有助于急性呼吸道感染患者的防治。     

急性呼吸道感染患儿呼吸道病毒检测结果临床分析

目的:对急性上呼吸道感染(URTI)患儿和急性下呼吸道感染(LRTI)患儿进行呼吸道病毒检测,分析病毒感染在急性呼吸道感染中的发生率,以及其与外周血的白细胞及C-反应蛋白的相关性,指导临床合理用药。方法:提取患儿的鼻咽拭子采用直接免疫荧光法(DFA)检测7种呼吸道病毒,包括流感病毒A(Flu A)、流感病毒B(Flu B)、副流感病毒1(PIV1)、副流感病2(PIV2)、副流感病3(PIV3)、合胞病毒(RSV)、腺病毒(ADV)。结果:1 430例URTI患儿呼吸道病毒检出率为53.78%,563例LRTI患儿呼吸道病毒检出率为18.12%。结论:在急性呼吸道感染患儿中进行呼吸道病毒的检测对早期明确病原体,合理用药,减少抗生素的使用有积极意义。     

鼻拭子和痰标本在新型冠状病毒核酸检测的对比研究

目的 分析新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID-19）患者鼻拭子和痰标本病毒核酸检测结果,为临床采样方式的选择提供参考依据。方法 收集深圳市第三人民医院新型冠状病毒肺炎78例患者共170例次同一天鼻拭子与痰配对标本,进行实时荧光PCR核酸检测,分析比较鼻拭子和痰标本检测情况。结果 78例患者中男性33例,女性45例,年龄1~86岁,中青年（20~<60岁）患者居多（占59.0%）,其次为老年（≥60岁）患者（占33.0%）, 4例为儿童。170例次配对标本中,鼻拭子和痰标本核酸阳性的阳性率分别为34.7%（59/170）和46.5%（79/170）,差异有统计学意义（P<0.01）。鼻拭子和痰标本同时阳性共46例次,结果显示27例痰标本Ct值低于鼻拭子Ct值（占58.7%）, 17例痰标本Ct值高于鼻拭子Ct值（占37.0%）,2例痰标本Ct值等于鼻拭子Ct值（占4.3%）,提示痰标本的病毒载量比鼻拭子的病毒载量更高。结论 在新型冠状病毒肺炎患者病毒核酸检测中,痰标本的阳性率高于鼻拭子标本,且漏检率低,痰标本的病毒载量比鼻拭子的病毒载量更高,更有利于病毒核酸的检出,同时患者更易接受,建议有痰患者优先采集痰标本。