一种改良的亚硫酸氢盐修饰微量DNA的甲基化分析方法

目的 建立一种改良的亚硫酸氢盐修饰微量DNA的甲基化分析方法.方法 应用低熔点琼脂糖包埋不同含量的DNA进行亚硫酸氢盐修饰.通过MGMT基因甲基化与非甲基化特异PCR的扩增,与传统的亚硫酸氢盐修饰法进行分析比较.结果 改良法对于低至15.625ng的DNA修饰均可获得MGMT基因甲基化扩增产物,而传统法对于62.5ng及其以下的DNA修饰难以获得MGMT基因甲基化扩增产物.结论 改良的亚硫酸氢盐修饰方法可有效提高甲基化特异PCR的灵敏度,该方法为微量DNA的甲基化分析提供了一种较理想的研究手段.     

一种改良的亚硫酸氢盐修饰微量DNA的甲基化分析方法

目的 建立一种改良的亚硫酸氢盐修饰微量DNA的甲基化分析方法.方法 应用低熔点琼脂糖包埋不同含量的DNA,进行亚硫酸氢盐修饰,通过MGMT基凶甲基化与非甲基化特异PCR的扩增,与传统的亚硫酸氢盐修饰法进行分析比较.结果 改良法对于低至15.625ng的DNA修饰均可获得MGMT基因甲基化扩增产物,而传统法对于62.5ng及其以下的DNA修饰难以获得MGMT基因甲基化扩增产物.结论 改良的亚硫酸氢盐修饰方法可有效提高甲基化特异PCR的灵敏度,该方法为微量DNA的甲基化分析提供了一种较理想的研究手段.     

改良的甲基化特异PCR法在人宫颈癌Hela细胞检测中的应用

目的介绍一种CpG岛甲基化分析方法，即甲基化特异PCR法（methylation—specific PCR，MSP）以及对该方法的改良。方法用亚硫酸氢盐修饰被测DNA后，进行甲基化与非甲基化特异PCR的扩增，并对MSP法进行改良。应用该法分析人宫颈癌Hela细胞中RASSF1A、p16基因5＇CpG岛甲基化状态。结果发现人宫颈癌Hela细胞中有RASSF1A、p16基因的甲基化，改良后的MSP更容易获得较好的效果。结论MSP法是一种较为简便、灵敏和具特异性的甲基化检测方法，改良后该方法更加简便可行。     

p16基因甲基化特异检测方法的建立及其初步应用

目的：建立p16基因中CpG岛的甲基化分析方法，即甲基化特异的PCR（methylation-specific polymerase chain reaction,MSP）方法及其初步应用。方法：用亚硫酸氢钠修饰变性后的被测DNA，随之进行甲基化，非甲基化特异的PCR扩增。应用MSP法分析白血病患者的白细胞p16基因5'CpG岛的甲基化变异情况。结果：用加热法变性DNA，亚硫酸氢盐修饰DNA,Wizard DNA纯化树脂除盐，纯化修饰后的DNA都获得了成功，并建立了MSP分析p16基因甲基化的方法。白血病患者的白细胞p16基因的5'CpG岛有一定比2例的甲基化变异。结论：MSP是一种较为简便，敏感，且具有高度特异性的检测任何基因的CpG区域甲基化位点的分析方法。     

巢式PCR法检测不同类型标本中p16基因启动子过甲基化

目的 介绍一种高灵敏度的DNA甲基化分析方法，即巢式甲基化特异性。PCR法(nested-MSF，nMSP)，探讨该方法最佳应用条件，并用该法分析新鲜癌组织、石蜡包埋组织及肿瘤患者血清中p16基因启动子的甲基化状态。方法 将基因组DNA变性成为单链，用亚硫酸氢盐修饰单链DNA，所有未甲基化的胞嘧啶被转变为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶则不变。设计针对甲基化和非甲基化等位基因的特异引物，进行巢式PCR扩增，最后经凝胶电泳检测目的片段。结果 在3种类型的标本中都检测出了p16基因启动子的甲基化，比普通的甲基化特异性PCR法具有更高的灵敏度。结论 巢式甲基化特异性PCR是一种灵敏度高、特异性强的甲基化检测方法，可广泛应用于不同类型标本基因启动子甲基化分析。     

巢式甲基化特异性PCR检测不同类型组织标本中WIF-1基因启动子异常甲基化

目的:采用一种高灵敏度的DNA甲基化分析方法,即巢式甲基化特异性PCR法(nested-MSP,nMSP),检测外科手术切除新鲜组织、石蜡包埋组织及纤维支气管镜活检组织中WIF-1基因启动子的异常甲基化状态。方法:将基因组DNA变性成为单链,用亚硫酸氢盐修饰单链DNA,所有未甲基化的胞嘧啶被转变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不变。设计针对甲基化和非甲基化等位基因的特异引物,进行巢式PCR扩增,最后经凝胶电泳检测目的片段。结果:在3种类型的原发性非小细胞肺癌标本中都检测出了WIF-1基因启动子的异常甲基化。结论:巢式甲基化特异性PCR是一种灵敏度高、特异性强的甲基化检测方法,可广泛应用于不同类型标本基因启动子甲基化的分析。     

基于错配杂交化学发光定量检测MGMT基因过甲基化

目的利用错配杂交和化学发光技术,建立一种检测MGMT基因启动子区过甲基化的定量分析方法。方法基因组DNA经过亚硫酸氢钠修饰,所有未甲基化的胞嘧啶都被转变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不发生变化。设计特异的PCR引物(不含CpG位点),同时扩增含有CpG位点甲基化或非甲基化目的 MGMT基因启动子区,用两条分别与甲基化及非甲基化CpG位点互补的寡核苷酸探针与扩增产物杂交,化学发光检测,通过两条探针的杂交信号强度之比确定样品DNA中MGMT甲基化的程度。结果检测混合样品中MGMT基因的甲基化水平与结果完全相符,并可用于肿瘤组织样品的MGMT甲基化定量检测。结论与现有方法相比,本法是一种检测快速、操作简便的MGMT基因甲基化的定量检测方法。     

基于错配杂交化学发光定量检测MGMT基因过甲基化简

目的 利用错配杂交和化学发光技术,建立一种检测MGMT基因启动子区过甲基化的定量分析方法.方法 基因组DNA经过亚硫酸氢钠修饰,所有未甲基化的胞嘧啶都被转变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不发生变化.设计特异的PCR引物（不合CpG位点）,同时扩增含有CpG位点甲基化或非甲基化目的MGMT基因启动子区,用两条分别与甲基化及非甲基化CpG位点互补的寡核苷酸探针与扩增产物杂交,化学发光检测,通过两条探针的杂交信号强度之比确定样品DNA中MGMT甲基化的程度.结果 检测混合样品中MGMT基因的甲基化水平与结果完全相符,并可用于肿瘤组织样品的MGMT甲基化定量检测.结论 与现有方法相比,本法是一种检测快速、操作简便的MGMT基因甲基化的定量检测方法.     

应用降落PCR及克隆测序检测2型糖尿病外周血白细胞胰岛素样生长因子受体IGF1R基因甲基化

目的:比较应用降落PCR(TD-PCR)及克隆测序检测2型糖尿病患者外周血白细胞中胰岛素样生长因子受体(IGF1R)基因启动子区DNA甲基化位点的方法。方法:提取2型糖尿病患者外周血白细胞DNA进行亚硫酸氢盐处理,设计引物扩增IGF1R基因启动子区富含CG位点序列,分别行普通PCR和TD-PCR扩增,对含目的条带产物进行直接测序和克隆后测序。结果:与普通PCR扩增结果相比,TD-PCR扩增条带清晰、产物量多、二聚体少;且TD-PCR减少了对退火温度不断摸索的过程。克隆后测序峰图清晰,碱基丢失错判频率减少。结论:推荐应用TD-PCR检测亚硫酸氢盐处理的DNA甲基化位点,并进行克隆后测序。     

石蜡包埋组织中DNA甲基化特异性PCR技术

目的 以石蜡包埋组织提取的DNA为模板进行DNA甲基化特异性PCR(MSP)检测,研究其可行性.方法 35例石蜡包埋肺癌组织DNA样品制备和亚硫酸氢盐修饰后进行MSP扩增检测.结果 石蜡包埋组织MSP检出率与文献采用新鲜组织标本报道一致.结论 MSP通过选择合适的实验条件,可适用于石蜡包埋组织DNA甲基化分析.     

胰岛素瘤中p16基因甲基化和表达下降与临床病理特征的关系

目的:探索胰岛素瘤中p16基因甲基化和表达下降与临床病理特征关系。方法:纳入2003年10月至2017年12月在北京协和医院手术切除胰岛素瘤的72例患者的资料,用免疫组织化学染色测定72例患者胰岛素瘤组织和49例对照胰腺组织中p16蛋白的表达。从组织中提取基因组DNA并且用亚硫酸氢盐修饰,用甲基化特异PCR的方法检测3...     

2种PCR方法扩增盐藻肌动蛋白基因3'旁侧序列比较

目的：比较扩增盐藻肌动蛋白基因3’旁侧序列的2种PCR方法。方法：用pvuⅡ、EcoR Ⅴ和StuⅠ3种限制性内切酶消化盐藻基因组DNA后，供2种PCR用，一种是连接介导法PCR(LMPCR)，与用人工合成的适配子相连并用适配子引物和盐藻肌动蛋白基因特异引物扩增未知序列；另一种是反向PCR(IPCR)，酶切后的DNA自身环化做模板，用2对基因特异引物反向扩增。结果：2轮PCR后，LMPCR中得到大量的非特异扩增产物，测序结果发现许多产物是由适配子引物AP2单独扩增引起。而反向PCR在得到pvuⅡ和Stu Ⅰ消化的自连文库中扩增得到2．5kb特异产物，经测序发现，片段两侧为基因特异引物，部分序列与已知序列相一致。Southern也进一步证实了IPCR扩增片段来源于盐藻基因组DNA。结论：IPCR技术在克隆基因旁侧序列时优于LMPCR方法。     

甲基化特异性熔点曲线分析检测FMR1基因CpG岛甲基化状态方法的建立

目的建立一种可靠的检测脆性X智力障碍1基因(FMR1)CpG岛甲基化状态的方法。方法用亚硫酸氢钠对基因组DNA进行脱氨基修饰,以修饰后的DNA为模板,利用荧光定量PCR仪扩增FMR1基因CpG岛序列并进行熔点曲线分析,并对PCR产物进行克隆测序,验证其甲基化状态。结果分析包含10个CpG位点FMR1基因CpG岛105bp片段显示,非甲基化与甲基化引物扩增产物之间熔点温度相差2.5℃;克隆测序显示两者之间未被修饰的胞嘧啶相差7个。结论所建立甲基化特异性熔点曲线分析方法可以有效地检测FMR1基因CpG岛甲基化状态,为临床诊断脆性X综合征提供依据。     

氯乙烯致DNA损伤与DNA修复基因甲基化

目的探讨氯乙烯职业接触的早期效应DNA损伤与O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶基因MG-MT、错配修复基因hMLH1启动子甲基化的关系。方法氯乙烯接触工人按淋巴细胞双核微核数分为DNA损伤组(72例)和非损伤组(43例),采用甲基化特异的PCR法检测修复基因的甲基化。结果hMLH1基因在DNA损伤组和非损伤组均未检测到甲基化,MGMT基因在DNA非损伤组未检测到甲基化,在DNA损伤组MGMT发生甲基化频率为6.9%(5/72)。结论在氯乙烯致DNA损伤阶段,可检出MGMT基因甲基化异常。     

甲基化特异性PCR检测PRAME基因启动子低甲基化30例及其临床应用

目的 建立实时定量甲基化特异性PCR(RQ-MSP)法检测急性髓系白血病(AML)患者黑色素瘤优先表达的抗原(PRAME)基因低甲基化水平,初步评价其临床意义.方法 用亚硫酸氢盐修饰后的基因组DNA为模板,建立EvaGreen染料法RQ-MSP检测PRAME基因低甲基化水平方法,检测18例(对照组)和30例(AML组)患者的骨髓单个核细胞中PRAME基因启动子低甲基化水平.结果 RQ-MSP融解曲线呈单一峰,标准品 5×107～5×102 copy/μL重复性良好;AML患者PRAME基因低甲基化水平(0.96～4 508.96,中位772.42)明显高于对照组(0～100.00,中位25.29),差异有统计学意义(P＝0.002).结论 建立的PRAME基因低甲基化RQ-MSP法特异性、重复性和灵敏性良好,可用于AML初诊和病情监测.     

改进的亚硫酸氢钠测序法检测HepG2 RASSF1A基因CpG岛甲基化状态

目的 改进亚硫酸氢钠测序法，并检验改进后方法在甲基化检测中的可行性。方法 提取人肝癌细胞株HepG2基因组DNA，亚硫酸氢钠化学修饰，针对修饰后Ras相关家族1A基因（RASSF1A）启动子序列设计特异引物并结合沉降PCR扩增，T-A载体克隆、测序。结果 HepG2细胞RASSF1A基因启动子CpG岛的16个CpG位点均被甲基化。结论 改进后亚硫酸氢钠测序法能明显减少非特异性扩增，提高PCR效率，更适于基因甲基化状态的检测。     

DNA修复因子MGMT甲基化与子宫颈癌的相关性研究

目的 探讨O6-甲基鸟嘌呤- DNA甲基转移酶(O6 - methylguanine - DNA methyltransferase,MGMT)基因启动子区甲基化状态与子宫颈癌的相关关系.方法 采用甲基化特异性聚合酶链反应(methylation - specific PCR,MSP)分析子宫颈癌组织中MGMT基因启动子区甲基化状态,结合定量PCR( RT - PCR)检测MGMT mRNA表达情况行综合分析.结果 宫颈癌组织中MGMT基因启动子甲基化率达71.15％ (37/52),而非癌对照组织中均无甲基化.不同临床分期的宫颈癌组织MGMT甲基化率也各不相同(P＜0.01),组织分化程度越低,MGMT甲基化率越高(P＜0.05).37例甲基化的癌组织中有MGMTmRNA表达,不同临床分期和不同组织分化程度的MGMT mRNA表达量差异均有统计学显著性(P＜0.01).结论 DNA修复因子MGMT甲基化影响其mRNA的表达,可能与子宫颈癌的发生存在联系.     

人DNA MTase反义基因转染诱导E-Cadherin基因启动子区域去甲基化

目的：观察人DNA MTase反义基因转染对肝癌细胞系SMMC－7721E－Cadherin基因启动子区域甲基化状态的影响。方法：采用脂质体法将已构建的包含正，反义DNA MTase基因片段的真核表达载体转染入肝癌细胞系SMMC－7721；用甲基化特异的PCR法检测E－Cadherin基因启动子区域甲基化状态的改变，结果：PCR法扩增外源性NeoR基因证实用脂体法成功将重组载体转染入细胞，甲基化特异的PCR法检测显示转染反义DNA MTase基因片段的SMMC－7721细胞中的E－Cadherin基因启动子区域呈现去甲基化状态。结论：人DNA MTase反义基因片段可诱导E－Cadherin基因启动子区域去甲基化，实验结果有助于进一步了解DNA MTase在肝癌发展中的作用。     

Hela细胞雄激素受体基因外显子1的甲基化检测

目的:检测Hela细胞雄激素受体(AR)基因外显子1的甲基化水平.方法:用亚硫酸氢盐克隆测序法和联合亚硫酸氢盐的限制酶法(COBRA)检测不同来源Hela细胞AR基因外显子1的甲基化水平,BiQ Analyzer软件分析测序结果.结果:在非CpG胞嘧啶转化率＞98％的前提下,Hela细胞AR基因外显子1片段的总甲基化率...     

胃癌形成过程中端粒酶反转录酶基因表达及启动子甲基化状态分析

目的探索端粒酶反转录酶(hTERT)基因表达情况及启动子区甲基化状态在胃癌形成过程中的变化情况。方法提取正常胃黏膜、胃癌前病变和胃癌3组组织样本的基因组DNA。用聚合酶链反应(PCR)特异性扩增其hTERT基因,用琼脂糖凝胶电泳检测3组组织样本中hTERT基因表达的阳性率;用亚硫酸氢盐修饰上述各组标本DNA,然后检测修饰后的hTERT序列:启动子区CpG位点,未发生甲基化的胞嘧啶(C)变为尿嘧啶(U);在启动子区不含CpG位点的位置,进行引物设计,然后利用PCR进行扩增。扩增产物序列与原序列比对,观察启动子区甲基化情况。结果 hTERT基因在胃癌组表达的阳性率最高,在癌前病变组表达的阳性率明显降低,而在正常胃黏膜组中不表达,3组组织样本hTERT表达阳性率比较差异均有统计学意义(P<0.05)。hTERT启动子区甲基化程度在胃癌组中最高,在胃癌前病变组中明显降低,而在正常胃黏膜中甲基化程度最低,3组组织样本hTERT启动子区甲基化程度比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 hTERT启动子区甲基化程度在正常胃黏膜、胃癌前病变和胃癌中依次升高,故hTERT启动子区甲基化程度的变化可作为胃癌形成过程中肿瘤早期诊断的潜在分子生物学标志。