乙型肝炎病毒e抗原的B细胞表位预测

[目的]预测乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)的B细胞表位.[方法]用Lasergene软件包中的Protean软件和吴玉章的氨基酸抗原指数预测法对HBeAg的氨基酸序列进行分析,预测其B细胞表位.[结果]推测最有可能的B细胞表位位于HBeAg N-端第50～63、85～94区段和第137～146区段内或它们的附近,其他区段如HBeAg N-端第12～18、24～32、37～43、118～124区段和第150～157区段内或它们的附近也可能存在B细胞表位.[结论]用多种方法预测HBeAg的B细胞表位.为制备更好的HBV感染者血清学检测相关诊断用品的研究提供线索.     

乙型肝炎病毒e、c抗原的B细胞表位预测及其表位比较研究

目的预测乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)和c抗原(HBcAg)的B细胞表位。方法用Lasergene软件包中的Protean软件和吴玉章的氨基酸抗原指数预测法对HBeAg和HBcAg的氨基酸序列进行分析,预测其B细胞表位。结果推测HBeAg最有可能的B细胞表位位于其N端第50~63、137~146、85~94区段和第150~157区段内或它们的附近,但其他区域如HBeAg N-端第37~43、12~18区段和第24~32区段内或它们的附近也可能存在B细胞表位;HBcAg最有可能的B细胞表位位于其N-端第40~53、127~136、150~181、75~84区段和第140~147区段内或它们的附近,但其他区域如HBcAg N-端第27~33、2~8区段和第14~22区段内或它们的附近也可能存在B细胞表位。结论用多种方法预测HBeAg和HBcAg的B细胞表位,并对其表位进行比较分析,为制备更好的HBV感染者血清学检测相关诊断用品的研究提供线索。     

猪流行性腹泻病毒M蛋白B细胞表位预测分析

目的分析TGEV M蛋白的B细胞表位,为试验确定TGEV M蛋白的B细胞表位和开发TGEV重组亚单位疫苗研究奠定基础 方法以TGEV M蛋白氨基酸序列为基础,分别采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测M蛋白的二级结构,以及利用在线TMHMM Server v2.0软件分析M蛋白的跨膜区 之后,分别按Kyte-Doolittle,Emini和Jameson-Wolf方案预测TGEV M蛋白的B细胞表位 结果预测结果表明,在TGEV M蛋白N端共同α-螺旋区段为4个 共同的β-折叠区段分别为13个 共同的转角区域分别为7个 柔性区域为12个 M蛋跨膜区3个 结论TGEV M蛋白N端第19～43、103～109、138～155、198～205、220～228和237～257区段内或附近很可能是B细胞表位优势区城。     

急性传染性非典型肺炎病毒M蛋白片段抗原性鉴定及其B细胞表位分析

目的:鉴定原核表达的重组急性传染性非典型肺炎(SARS)病毒M蛋白N端1～43氨基酸(aa)的抗原性,并筛选其B细胞表位。方法:GlutathioneSepharose4B亲合层析柱纯化M融合蛋白,用SARS患者恢复期血清分别通过间接ELISA方法和Westernblot鉴定M蛋白片段的抗原性。为了定位B细胞表位,进一步将M蛋白片段截短为部分重叠的2段表达,分别表达含M蛋白N端1～28aa、16～43aa的融合蛋白,通过Westernblot检测B细胞表位所在位置。结果:获得了纯化的M融合蛋白;间接ELISA和Westernblot结果均证实,M蛋白片段有很强的抗原性;并进一步明确B细胞表位位于M蛋白N端1～15aa片段中。结论:原核表达的SARS病毒M蛋白片段N端1～15aa含有一个很强的B细胞表位,这将有助于SARS诊断试剂的研制,也可为多肽疫苗的研制提供帮助。     

人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的B细胞表位预测

目的 预测人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的B细胞表位.方法 应用互联网软件分析Hopp&Woods亲水性(Hydrophilicity)、可及性(Accessibility)、极性(Polarity)及柔韧性(Flexibility)、Welling抗原性(Antigencity)和二级结构(Secondary structures)等参数,用吴玉章等建立的B细胞表位预测法综合评价.结果 多种预测法重复了人巨细胞病毒UL23开放阅读框编码蛋白的N端第27～43、104～119、125～160位氨基酸区域内或附近,该区域含有B转角和无规卷曲结构,板可能是B细胞识别表位.结论 为应用合成肽或原核表达大片断蛋白制备抗人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的抗体提供了依据.     

应用因特网对SARS病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的：预测SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位。方法：采用EMBOSS软件结合Hopp＆woods亲水性参数、Janin可及性参数、极性参数、柔韧性参数及二级结构方案对SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位进行了预测，并用吴玉章等已建立的B细胞表位预测方法进行评述。结果：SARS冠状病毒M蛋白B细胞识别的表位可能位于第3～13和153～166位氮基酸等区域内或附近，这2个被预测的表位均含有β—转角和无规卷曲结构。结论：该研究对应用合成肽抗原进行SARS早期诊断研究及相关抗体的制备具有重要指导意义。     

SARS病毒S蛋白部分片段B-细胞表位的多参数预测

目的预测SARS病毒S蛋白(spike glycoprotein)部分片段(aa No.400～600 & aa No.1 100～1 195)的B-细胞表位.方法应用多种参数和方法进行综合分析,包括跨膜分析、保守区分析、同源性比较、Hopp ＆ Woods亲水性参数、抗原性参数、可及性参数、β-转角、万氏法等综合预测方法.结果显示B-细胞识别的表位可能在436～456和1 136～1 146残基或其附近,这两个被预测的表位均含有β-转角和不规则卷曲结构.结论本研究为应用合成肽抗原制备抗SARS病毒S蛋白抗体、诊断非典型肺炎(severe acute respiratory syndrome, SARS)提供了依据.     

应用合成的SARS病毒S蛋白重叠肽筛选B细胞表位

目的筛选SARS病毒S蛋白的B细胞表位。方法使用SARS-CoV S DNA疫苗免疫BALB/c小鼠,获得SARS病毒S蛋白的免疫血清。人工合成包含169条部分氨基酸序列重叠的SARS-CoV S蛋白的多肽库。将多肽片段包被ELISA板,利用免疫小鼠血清,通过抗体结合试验来筛选SARS病毒S蛋白的线性B细胞表位。并将筛选结果与使用B细胞表位分析软件预测的结果进行比较。结果使用重叠肽合成法筛选到SARS-CoV蛋白两条多肽片段S335-352和S442-458,能与免疫动物血清特异性结合,与使用Bcipep数据库预测B细胞表位的结果相一致。结论鉴定了两个新的SARS病毒S蛋白B细胞表位。     

微小隐孢子虫SA35与SA40蛋白的B细胞抗原表位预测

目的预测微小隐孢子虫SA35和SA40蛋白的B细胞表位。方法以单参数（亲水性、可及性、柔韧性及抗原性）预测为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCpred方案作为最终验证,预测微小隐孢子虫SA35和SA40蛋白的B细胞表位。结果SA35蛋白N端103～115和129～146和以及SA40蛋白的N端77～89、127～136、156～174和200～209区段为预测的B细胞表位。结论所得表位为这两种蛋白以后应用于合成肽检测、制备相应的抗体、发展高特异性和敏感性的诊断系统以及研制疫苗等提供了理论基础。     

人白细胞介素-33蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测

目的:预测人白细胞介素(IL)-33的二级结构和B细胞抗原表位。方法:以单参数(亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCpred方案作为最终验证,预测人IL-33蛋白的二级结构和B细胞表位。结果:人IL-33蛋白的N端1~19、59~75、108~117和204~210区段为预测的B细胞表位。结论:该预测结果将有助于确定人IL-33的B细胞表位及其生物学活性部位。     

Bat SARS coronavirus HKU3-1病毒株基因组及蛋白质的生物信息学分析

目的比较中国菊头蝠SARS冠状病毒(Bat SARS coronavirus)与人类及果子狸体内分离出来的SARS-Cov,分析它们是否存在一定的相似性。方法本文分析了Bat SARS coronavirus与已知冠状病毒Human SARS-CoV和civet SARS-CoV的系统进化关系,绘制了Bat SARS coronavirusHKU3-1的全基因序列图,同时预测了S蛋白和N蛋白的三维模型。结果对Bat SARS coronavirus HKU3-1的序列分析表明中国菊头蝠SARS-CoV与人和果子狸SARS-CoV非常相近。系统进化分析法显示Bat-SARS-CoV与SARS-CoV形成一个不同的群,称为group 2b CoV,与已知的group 2 CoV存在一定的距离。结论Bat SARS coronavirus HKU3-1不太可能是从人SARS-CoV传播过来的。另外,Bat SARS coronavirus与civet SARS-CoV可能具有共同的祖先,使得中国菊头蝠SARS病毒株同样具有感染人体的危险。     

SARS冠状病毒E蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的预测SARS冠状病毒E蛋白的HLA-A·0201限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位.方法联合应用超基序法和量化矩阵法.结果预测出13个九肽CTL表位.结论通过对SARS冠状病毒E蛋白抗原CTL表位进行预测,从而为SARS冠状病毒E蛋白CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索,为认识CTL介导的细胞免疫机制以及基于CTL表位的疫苗研制提供了基础资料.     

SARS冠状病毒PUMC_2株N蛋白cDNA的克隆、表达和纯化

目的原核表达并纯化SARS冠状病毒N蛋白。方法用RT-PCR技术克隆SARS冠状病毒PUMC2株N蛋白全长cDNA,cDNA经序列分析鉴定后,克隆到pET32a表达载体,转化E.coliBL21进行原核表达并纯化出SARS冠状病毒N蛋白。结果实现了SARS冠状病毒N蛋白的表达及纯化。结论用基因重组方法表达的SARS冠状病毒N蛋白可为其进一步功能研究提供条件。     

SARS冠状病毒PUMC2株N蛋白cDNA的克隆、表达和纯化

目的 原核表达并纯化SARS冠状病毒N蛋白。方法 用RT-PCR技术克隆SARS冠状病毒PUMC2株N蛋白全长cDNA,cDNA经序列分析鉴定后,克隆到pET32a表达载体,转化E．coli BL21进行原核表达并纯化出SARS冠状病毒N蛋白。结果 实现了SARS冠状病毒N蛋白的表达及纯化。结论 用基因重组方法表达的SARS冠状病毒N蛋白可为其进一步功能研究提供条件。     

2-型猪链球菌保护性抗原RfeA的B细胞表位预测

以2-型猪链球菌(SS2)保护性抗原RfeA推定的氨基酸序列为基础,采用Kyte-Doolittle法分析蛋白的亲水性,Emini法预测蛋白的表面可能性,以及Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数;辅以Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法对蛋白二级结构中柔性区域...     

SARS病毒S1蛋白N端片段在大肠杆菌中的表达、纯化与鉴定

目的:获得纯化的重组SARS病毒S1蛋白N端部分,研究其与机体产生针对SARS病毒免疫应答的规律和机制.方法:将编码SARS病毒S1蛋白N端334个氨基酸残基的基因进行克隆,并在原核表达系统中表达,获得了纯化的重组蛋白.利用SARS患者恢复期已知的SARS抗体阳性血清,鉴定纯化的重组S1蛋白片段.结果:克隆表达的重组蛋白基因序列与公布的SARS病毒S1蛋白N端的基因序列相同,所表达的重组蛋白相对分子质量约为64 000.3份SARS患者恢复期的血清均与重组蛋白反应,在相对分子质量64 000处形成特异性的反应条带,而来自SARS流行前的正常人对照血清则不能与重组蛋白反应.结论:获得的重组蛋白与SARS病毒抗体呈现特异性的反应,为进一步研究SARS病毒感染免疫应答机制和制备SARS病毒的重组疫苗奠定基础.     

人白细胞介素-17二级结构及B细胞表位的预测

目的：预测人白细胞介素（IL）-17的二级结构特征及其B细胞抗原表位。方法：采用SOPMA法预测人IL-17的二级结构;借助ProSeale、Bceprled服务器,分析人IL-17亲水性、可及性和柔韧性,并结合二级结构特征,预测IL-17的B细胞表位。结果：人IL-17的二级结构由α螺旋（14．39％）、无规卷曲（56．06％）、延伸主链〈24．24％）和β转角（5．30％）组成。其B细胞表位可能位于N端第8—20、30—47和53—63氨基酸区段。结论：该预测将有助于确定人IL-17的B细胞表位,为研制抗人IL-17中和性抗体提供理论依据。     

SARS冠状病毒M蛋白B细胞抗原表位的原核表达与抗原活性检测

目的从SARS冠状病毒M蛋白的线性重叠肽链文库中筛选出5个B细胞抗原表位,通过构建原核表达载体,表达抗原表位融合蛋白,并检测其抗原活性.方法应用大肠杆菌高频密码子设计引物,通过PCR方法合成编码SARS冠状病毒M蛋白5个抗原表位(MKY1、MKY2、MKY3、MKY4和MKY5)的DNA片段,经克隆和测序分析,亚克隆至表达载体pET-CKS,转化大肠杆菌BL21;阳性菌株经IPTG诱导,SDS-PAGE分析;大量诱导表达抗原表位融合蛋白,亲和层析予以纯化;Western检测SARS病人阳性血清对融合蛋白的识别.结果成功构建SARS冠状病毒M蛋白抗原表位的表达载体,在大肠杆菌BL21中表达,融合蛋白表达量达到细菌总蛋白30%,经亲和层析纯化,融合蛋白可被SARS病人抗血清识别.结论原核表达的抗原表位融合蛋白具有良好的抗原活性,为下一步进行SARS冠状病毒诊断试剂盒的开发研究奠定基础.     

SARS冠状病毒S2基因变异性分析

目的 测定SARS冠状病毒GD322株S2基因序列并对SARS-CoVS2基因进行系统进化树分析。方法用RT-PCR法从SARS-CoV GD322株基因组中扩增S2基因片段并克隆至pGEM—T载体，转化大肠杆菌DH5a株后测序。利用Lasergene、ClustalX、DNAman和Treeview等软件，将基因序列翻译成氨基酸序列后，与早、中、晚期各地暴发的SARS-CoVS2蛋白序列进行比对，构建系统进化树，并在Internet网数据库中对S2蛋白氨基酸序列进行T细胞抗原表位预测。结果随着SARS-CoV的传播流行，S2基因趋于稳定，晚期的SARS-CoVS2基因的同源性达到99．9％。T细胞抗原表位预测发现。SARS-CoVS2蛋白第57位氨基酸突变对T细胞抗原表位有影响。结论SARS流行过程中SARS-CoVS2基因较为稳定，S2蛋白57位氨基酸的突变可影响病毒T细胞抗原表位。