抗日本血吸虫病天然分子疫苗免疫猪血清筛选日本血吸虫尾蚴cDNA文库结果分析

目的通过天然分子疫苗免疫猪血清作为探针筛选日本血吸虫尾蚴cDNA文库,应用表达序列标签获得日本血吸虫新基因.方法制备天然分子免疫猪血清,将筛选的尾蚴cDNA文库中大肠杆菌XL1-Blue侵入大肠杆菌BM25.8后环化成质粒,筛选出已转入质粒的菌株.提取质粒DNA,进行测序,得到一个表达序列标签(EST).通过NCBI网站的BLASTx及BLASTn公共数据库,编辑分析EST序列并进行同源性比较.结果从26个克隆样品中筛选出8个阳性克隆,其中有一个新基因(GenBank登录号DQ097517),该基因全长861 bp,有完整的阅读框架,与蜜蜂(Apis mellifera)SMC3蛋白编码的mRNA基因序列同源性最高.结论疫苗免疫猪血清可作为筛选日本血吸虫新基因的有效探针,新发现1个日本血吸虫相关基因.     

全长cDNA文库构建技术Vector-Capping法及其应用进展

全长cDNA文库是目前基因鉴定、基因启动子区确定和功能基因组研究的必要工具,为快速、高效获得完整的基因全序列信息提供了有效途径。高质量的全长cDNA文库要求较高比例的大片段全长cDNA克隆。Vector-Capping正是一种简单而有效的构建高质量全长cDNA文库的方法。在此重点阐述Vector-Capping法的建库依据、技术流程、特点和应用进展。     

人载脂蛋白E7转基因小鼠肾脏cDNA削减文库与cDNA文库

目的　以人apoE7基因制备的高脂血症转基因小鼠模型已建成 ,要用于探查这一突变基因致病的分子机制 ,首先揭示人apoE7在小鼠体内诱发了那些基因的表达异常 ,是重要的环节之一。cDNA削减文库是寻找异常高表达的已知和未知基因有效的手段 ,而cDNA文库更是获取全长基因所必须。方法　自正常小鼠与转基因小鼠肾脏同时提取总RNA ,再分离mRNA ,逆转录制备cDNA后 ,用两次分子杂交削除转基因鼠cDNA中与正常小鼠相同的部分 ,再用PCR与择需PCR法扩增转基因鼠特异的基因 ,克隆入pGEM T载体后 ,制备削减文库。未经削减的转基因小鼠cDNA克隆入λgt11载体 ,制备基因表达文库。结果和结论　自高脂血症转基因小鼠肾脏构建的削减文库得到约 4 0 0个削减克隆 ,测定了部分克隆的序列 ,并进行同源性比较。λgt11 cDNA文库滴度 1 7× 10 7pfu ml,随机测定的克隆其插入片段长约 5 0 0bp以上。     

肝癌相关基因HCCA2的克隆及其与肝癌的相关性研究

目的　研究和克隆新的肝癌相关基因,探索肝癌发生的分子基础。方法　采用mRNA差异显示技术,分析肝细胞癌和癌旁组织间基因的差异表达情况,获得差异表达基因片断。用此基因片断作为探针,通过筛选胎盘cDNA文库,以获得该基因cDNA全长,并用Northern印迹杂交的方法,分析所获得的新基因在43对肝细胞癌、对应癌旁组织中的差异表达和在正常组织中的分布。结果　克隆了一个新的肝癌相关基因HCCA2的全长cDNA,其在人体正常组织中分布较为广泛,在正常肝组织中不表达。该基因在43对肝癌组织中表达的阳性率是79%(34/43)。它的表达与肝癌包膜的完整性、Ki-67蛋白的表达相关（P<0.01）。结论　肝癌差异表达新基因HCCA2可能与肝癌细胞的浸润和增殖能力有关。     

缺血再灌可诱导新基因的克隆及其基本特性

目的：发现并克隆缺血再灌可诱导基因,方法：应用mRNA差异显示技术,在猪的心肌组织,分离缺血再灌可诱导基因的cDNA片段,随后筛选狸心脏cDNA文库,经克隆,测序,杂交后,分析克隆基因的基本特性,结果：发现和分离到一个缺血再灌上调基因的cDNA片段,通过筛选cDNA文库获得一个编码608个氨基酸开放式阅读框架的阳性克隆子。序列分析显示该克隆子的DNA和氨基酸序列与已知基因,蛋白质氨基酸均无同源性,Northern杂交分析显示该基因在缺血再灌猪心肌组织的表达明显增高,并且在正常猪的心,肝,肺,肾,脾,肠,脑和骨骼肌组织均可检测到其表达,Southern杂交分析显示该基因具有高度的进化保守性,结论：克隆的基因为缺血再灌可诱导新基因,它在缺血再灌的应答中可能起着重要的作用。     

日本血吸虫中国大陆株琥珀酸脱氢酶铁硫蛋白的克隆与表达

目的：克隆日本血吸虫琥珀酸脱氢酶铁硫蛋白（sjSDISP）全长编码基因，并对所获基因在大肠杆菌中进行表达。方法：根据基因库中SjSDISP对应的EST（BU804141）以及日本血吸虫成虫cDNA文库载体λgtl1多克隆位点邻近核苷酸序列设计引物，以日本血吸虫成虫cDNA文库为模板，采用锚式PCR对SjSDISP基因不完整的3′端和5′端进行扩增、测序，用电子软件拼接成全长cDNA，将其克隆到表达载体pGEX-4T-1上，经琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶消化、PCR和测序鉴定后，选择阳性克隆进行表达及Western印迹分析。结果：获得1071bp全长cDNA，其理论推导为编码278个氨基酸残基的蛋白质。SjSDISP基因在大肠杆菌BL2．中获得良好表达。该融合表达产物相对分子质量约为56kD，且能被日本血吸虫成虫抗原免疫血清特异识别。结论：编码日本血吸虫琥珀酸脱氢酶铁硫蛋白全长cDNA克隆及其在大肠杆菌中的表达获得成功。     

家族性急性髓系白血病相关新基因FAMLF cDNA全长的克隆及其生物功能分析

目的 克隆家族性急性髓系白血病(AML)相关新基因cDNA全长,在分子水平上探讨急性白血病发生发展的机制.方法 以构建的家族性AML抑制性消减文库中1个有差异表达的新基因EST序列zywb87(GenBank注册号CV973101)为基础,应用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆其全长cDNA,应用生物信息学对其功能进行初步分析,应用一步法半定量RT-PCR检测其在AML患者及正常人中的表达.结果 获得了家族性AML相关新基因FAMLF的cDNA全长,该基因定位于染色体lq31.3,cDNA全长2313 bp,开放读码框(ORF)为249 bp,编码82个氨基酸的蛋白质,含有信号肽,富含亮氨酸重复单位(LRR_SD22),内在固有无序结构域等功能区.Blast检索为功能未知的新基因,已被GenBank收录,并命名为FAMLF,核酸注册号为EF413001,蛋白质注册号为ABN58747.新基因FAMLF在AML患者中的表达明显高于正常人,差异有统计学意义(2.61±0.66 vs 0.97±0.51,P<0.01).结论 成功获得一个家族性AML相关新基因FAMLF cDNA全长,FAMLF基因在AML中高表达,可能是具有一定生物功能的新基因.     

全长细粒棘球蚴95抗原基因的克隆及DNA疫苗的构建

目的：克隆分析新疆地区细粒棘球蚴95（Eg95)抗原全长基因的结构特点，并构建Eg95 DNA疫苗。方法：根据细粒棘球蚴95抗原基因序列设计PCR引物，应用PCR方法从新疆株细粒棘球蚴cDNA文库中克隆获得Eg95全长抗原目的基因。利用定克隆技术将全长Eg95抗原基因片段克隆至真核表达质粒pcDNA3上，构建DNA疫苗pcDNA3-Eg95，测序确定基因碱基序列。利用DNAman软件及GeneBank/Blast功能，对其进行基因全序列分析及同源性比较。结果：从新疆株细粒棘球蚴cDNA文库中克隆均为正确连接全长Eg95抗原基因的重组质粒，可作为DNA疫苗作进一步的研究。新疆株全长Eg95抗原基因与GeneBank中已登录的新西兰株Eg95抗原基因序列一致。结论：成功克隆并构建了新疆株全长细粒棘球蚴95抗原基因DNA疫苗。     

pcDNA3.1(+)-NRP1真核表达载体的构建与鉴定

[目的]从人角质形成细胞系HaCaT中克隆NRP1(Neuropilin-1)基因全长cDNA,构建含NRP1基因的重组真核表达载体,为下一步的NRP1基因功能研究奠定基础。[方法]采用RT-PCR法从人角质形成细胞系HaCaT中扩增NRP1基因全长cDNA,扩增产物通过TA克隆连接到pMD18-T载体进行测序鉴定,然后通过双酶切将全长cDNA克隆到真核表达载体pcDNA3.1(+),最后得到pcDNA3.1(+)-NRP1重组质粒。[结果]成功克隆NRP1基因全长cDNA,并成功构建了pcDNA3.1(+)-NRP1真核表达载体。[结论]pcDNA3.1(+)-NRP1真核表达载体的成功构建可以为NRP1基因功能的进一步研究及其临床基因治疗奠定实验基础。     

人LIGHT基因的克隆及其在293T细胞中的表达

目的克隆人LIGHT分子的全长cDNA,构建重组真核表达质粒pCI-neo-LIGHT并在293T细胞上获得稳定表达.方法从人T细胞cDNA文库中用PCR技术克隆人LIGHT全长cDNA,装入T-Easy载体,测序证实后,将LIGHT cDNA装入质粒pCl-neo中构建真核表达载体.用电穿孔法转染293T细胞,经G418筛选后,用流式细胞仪检测LIGHT分子的表达.结果测序证实克隆的LIGHT全长cDNA阅读框正确完整,酶切证实LIGHT-pCI-neo中LIGHT插入方向正确.转染的293T细胞经G418筛选3个月后,流式细胞仪检测有78.69%的细胞表达人LIGHT分子.结论成功克隆LIGHT基因并获得稳定表达膜型LIGHT分子的293T细胞系.     

人肝脏高凝状态相关基因的筛选

目的 筛选人肝脏高凝状态（PTS）相关基因的全长cDNA序列。方法 采用差异筛选法对本室建立的PTS大鼠肝脏差异表达基因消减cDNA文库进行筛选；以获得的差异cDNA克隆为模板，采用PCR方法扩增目的片段；以PCR产物作探针，用噬菌斑原位杂交法筛选人肝脏cDNA文库，经初筛、二筛和三筛后，将获得的阳性克隆转入E．coli BM 25．8，使λTripIEx环化成质粒pTripIEx，经酶切鉴定后进行DNA测序。结果 从人肝脏cDNA文库中筛选获得4条全长cDNA序列，经序列测定及生物信息学分析发现，其中3条的表达产物分别为纤维蛋白原、纤维蛋白原相关蛋白、10号染色体开放阅读框架104mRNA；另1条与氨基甲酰磷酸合成酶1同源。结论 以PTS大鼠肝脏差异表达基因cDNA为探针，从人肝脏cDNA文库中筛选获得4条PTS相关cDNA全长序列。     

构建特发性脊柱侧弯椎间盘终板抑制消减cDNA文库的方法和意义

目的：构建青少年特发性脊柱侧弯椎间盘终板抑制消减cDNA文库，以研究特发性脊柱侧弯的基因表达变化间的内在联系及规律。方法：从来源于一位特发性脊柱侧弯患者顶椎椎间盘终板凸凹侧软骨组织分离poly(A)^ RNA，经反转录后，利用抑制消减杂交(SSH)方法，通过两轮杂交和两次抑制PCR构建了两种组织间差异表达基因的cDNA消减文库。结果：挑取300个克隆进行PCR扩增检测是否有插入片段，结果显示其中248个克隆有插入片段，片段大小范围为250-750pb。结论：应用消减杂交的方法，再经适当的改进，在去除相同遗传背景的条件下，可以建立较特异性脊柱侧弯椎间盘终板cDNA消减文库，该文库为进一步批量筛选特发性脊柱侧弯发生的相关基因群并克隆特发性脊柱侧弯相关表达基因，研究其特发性脊柱侧弯发生的分子机理与生物学特性间的关系奠定了基础。     

肺癌诊断基因的初步筛选

目的 筛选肺癌细胞恶性转化不同时期差异表达的基因，以期用于肺癌的诊断。方法 应用抑制消减杂交技术(SSH)、测序、cDNA芯片(cDNA Miemarray)、northern blot。结果 利用SSH建立了永生化人支气管上皮细胞(BEP2D)恶性转化不同时期差异表达基因的cDNA文库，其中，A消减文库(BEP2D细胞的cDNA为tester，α粒子照射BEP2D细胞后35代恶性转化细胞R15Hp35的cDNA为driver)有416个克隆，B消减文库(α粒子照射BEP2D细胞后20代转化细胞R15Hp20的cDNA为tester，BEP2D和R15Hp35细胞的cDNA混合后为driver)有301个克隆，C消减文库(R15Hp35细胞的cDNA为tester，BEP2D细胞的eDNA为driver)有586个克隆。对文库中107个克隆单向测序发现：19个克隆在GenBank中没有查到对应的同源序列，其它88个克隆共代表了76个不同的已知基因。然后，将3个文库中全部克隆的cDNA制作成cDNA芯片，用该芯片筛选了15例肺癌组织、5例肺癌旁组织和其他8种癌组织(肝癌、胃癌、食管癌、乳腺癌、白血病、子宫内膜癌、脑神经角质瘤和结肠癌)中mRNA的表达差异。结果，获得肺癌组织高于肺癌旁组织表达的eDNA26个，肺癌旁组织高于肺癌组织表达的31个，2者高于其他8种癌组织的分别为：肺癌旁组织中63个，肺癌组织中87个。将这208个具较大差异表达的基因重新制作成cDNA芯片，再选用临床上同一鳞癌病人鳞癌和鳞癌癌旁组织各1例与该芯片杂交，发现这些筛选出的基因的确在癌组织和癌旁组织中存在较大差异。结论 这些初步筛选出的差异表达基因有望成为肺癌诊断的侯选基因。     

激活素受体相互作用蛋白4的基因克隆

目的：克隆新的与激活素受体ⅡA（ActRⅡA）相互作用蛋白,即激活素受体相互作用蛋白4 （ActRIP4）基因。方法：应用ActRIP2基因片段作为探针,从小鼠cDNA文库中钓取ActRIP4 cDNA;采用哺乳细胞双杂交进一步确定ActRIP4 与ActRⅡA的相互作用;RT-PCR检测ActRIP4 mRNA在组织中的表达情况。结果：克隆的ActRIP4基因全长691bp,ORF区编码 118个氨基酸残基;ActRIP4与ActRⅡA具有特异性结合作用;天然的ActRIP4 mRNA在小鼠多种组织中表达。结论：ActRIP4属于ActRIP家族新成员,可以与ActRⅡA相互作用,可能在多种组织中介导激活素受体信号传导过程。     

缺血再灌可诱导新基因的克隆及其基本特性

目的 :发现并克隆缺血再灌可诱导基因。方法 :应用mRNA差异显示技术 ,在猪的心肌组织 ,分离缺血再灌可诱导基因的cDNA片段 ,随后筛选猪心脏cDNA文库。经克隆、测序、杂交后 ,分析克隆基因的基本特性。结果 :发现和分离到一个缺血再灌上调基因的cDNA片段 ,通过筛选cDNA文库获得一个编码 6 0 8个氨基酸开放式阅读框架的阳性克隆子。序列分析显示该克隆子的DNA和氨基酸序列与已知基因、蛋白质氨基酸均无同源性。Northern杂交分析显示该基因在缺血再灌猪心肌组织的表达明显增高 ,并且在正常猪的心、肝、肺、肾、脾、肠、脑和骨骼肌组织均可检测到其表达。Southern杂交分析显示该基因具有高度的进化保守性。结论 :克隆的基因为缺血再灌可诱导新基因 ,它在缺血再灌的应答中可能起着重要的作用。     

一种广州管圆线虫新基因——胶原蛋白全长cDNA的克隆和鉴定

目的克隆和鉴定广州管圆线虫(Angiostrongyluscantonensis)新基因——胶原蛋白(collagen,COL)全长cDNA序列。方法根据表达序列标签(expressionsequencetag,EST)中部分序列和文库载体序列设计引物,采用PCR技术从广州管圆线虫幼虫的cDNA文库中分段扩增cDNA序列,用DNAMAN软件拼接分段扩增的序列以得到全长cDNA序列;利用多种生物信息学软件对cDNA全长序列进行同源性搜索与结构分析。根据cDNA全长序列,设计新的引物从文库中扩出包含胶原蛋白全长开放阅读框(openreadingframe,ORF)的cDNA片段,PCR产物纯化后克隆到pMD18-T载体上并测序。重组T载体经双酶切后切下的新基因AcCOL亚克隆到原核表达质粒pET32a( )中。结果克隆一个广州管圆线虫新基因全长cDNA序列;序列比对、蛋白结构域搜索及结构分析结果显示,该新基因所编码的是一种胶原蛋白。构建的新基因重组质粒经双酶切后证明含有与目的片段长度相符的插入片段。结论克隆并鉴定了广州管圆线虫新胶原蛋白编码基因全长,成功构建了该基因的原核表达重组质粒pET32a( )-AcCOL。     

人胚胎干细胞培养及其cDNA文库的构建

目的 构建人胚胎干细胞cDNA文库,为筛查疾病抗原基因奠定基础.方法 培养和收集人胚胎干细胞克隆,提取胚胎干细胞总RNA,分离纯化mRNA,利用mRNA作模板反转录合成双链cDNA,双链DNA经pfu-DNA聚合酶将链末端补平,与EcoRⅠ接头连接,XhoⅠ酶切消化产生粘端.用Sepharose CL2B柱分离纯化及除去小分子cDNA片段,与Uni-ZAP XR噬菌体连接,体外转化XL1-blue MRF菌,建成cDNA文库并计算重组效率.对cDNA文库进行扩增,测定扩增文库的滴度.阳性重组子用EcoRⅠ+XhoⅠ双酶切鉴定插入片段的大小.结果 构建成含1.2×106重组子的人胚胎干细胞cDNA文库,重组子插入外源DNA片段长度不小于1000 kb.结论 已成功构建人胚胎干细胞cDNA文库,适合用于筛选目的基因克隆.