正常及饥饿大鼠胃壁组织基因表达谱的研究

目的 通过荧光芯片技术从整体水平研究正常及饥饿大鼠胃壁组织基因表达谱,探讨饥饿大鼠胃壁组织基因表达的变化.方法 用SD大鼠建立正常和饥饿两种模型,动物断头取胃壁组织抽提RNA,荧光芯片杂交,并对实验结果 采用real time PCR、Northern blot 和Western blotting方法 验证.结果 在由基因或表达序列标签(ESTs)组成的9233个杂交点的大鼠基因芯片上,共有504个在饥饿大鼠胃壁组织呈差异表达.其中263个为已知基因,87个为已知的ESTs.在差异表达的基因或ESTs中,上调262 个,下调242个,这其中包括与细胞信号转导、细胞结构运动等相关的基因或ESTs.经初步验证,芯片数据的可靠性达80%.结论 利用荧光芯片技术研究正常及饥饿大鼠胃壁组织的基因表达谱,可以大规模、高通量发现胃在饥饿状态发生改变的基因,为进一步阐明饥饿胃肠生理、寻找新的与能量代谢及食欲调节相关的基因以及发现基因的新功能奠定基础.     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

喉鳞癌组织与相邻正常黏膜的基因表达谱差异

目的:研究喉鳞癌组织与相邻正常黏膜的基因表达谱差异。方法:对2例经病理证实的喉鳞状细胞癌标本和邻近的正常黏膜组织标本与基因表达谱芯片进行杂交,利用激光共聚焦荧光检测系统扫描芯片杂交信号,获得样品中基因序列及表达信息。结果:对比2例喉癌和邻近正常组织的基因表达图谱,发现癌组织和正常组织存在差异表达,2例标本重复出现且差异表达的基因共74个,其中喉癌组织表达上调的基因(R 5)27个,表达下调的基因(0相似文献   

基因表达谱芯片筛选强直性脊柱炎差异表达基因的研究

目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与椎旁组织的RNA,制备探针后用于表达谱芯片杂交,筛选AS组织差异表达基因,并采用半定量RT-PCR法验证芯片结果。结果与正常组织样本相比,在AS组织中筛选获得差异表达基因237条,表达上调的已知基因91条,表达下调的已知基因78条;对其中20条基因进行半定量RT-PCR检测,结果与表达谱芯片结果一致。结论筛选出与AS相关的多个差异表达基因。     

不同遗传背景及增龄对大鼠高血压胰岛素抵抗相关基因表达谱的影响

目的：探讨不同遗传背景以及增龄对大鼠高血压胰岛素抵抗相关基因表达谱的影响,筛选高血压胰岛素抵抗相关基因.方法：以自发性高血压（SHR）大鼠和Wistar-Kyoto（WKY）大鼠为动物模型,用S4000点基因表达谱芯片分别检测不同遗传背景（14wk SHR大鼠和14wk WKY大鼠）的大鼠肾组织差异表达基因、增龄（SHR大鼠从5wk增龄至14wk）对SHR大鼠肾组织基因表达谱的影响,并从中随机选取2个差异表达基因,用RT-PCR方法进行验证.结果：①SHR大鼠增龄后肾组织中差异表达基因209个;14wk SHR大鼠与14wk WKY大鼠相比较肾组织差异表达基因有166个;②根据SHR大鼠增龄及不同遗传背景大鼠肾组织2种基因表达谱芯片检测结果显示,两者共同差异表达基因11个,其中免疫相关基因2个、代谢相关基因4个、其他类型基因5个.结论：代谢、免疫相关基因表达差异可能在高血压胰岛素抵抗发病中起重要作用.     

基因芯片技术筛选大鼠ARDS差异表达基因的研究

目的 用全基因表达谱芯片技术筛选大鼠急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的差异表达基因并对其进行分析,以进一步阐明ARDS发病的分子机制.方法 分别从正常和ARDS大鼠肺组织中提取总RNA,分离纯化mRNA,经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片(涵盖27044转录本,代表22012个基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析.随机选择3个差异表达基因,用荧光定量KT-PCR.验证.结果 芯片检测结果显示,在ARDS大鼠肺组织中,表达上调1.5倍以上的基因有73个,下调1.5倍以上的基因有298个.其中,代谢相关基因上调的有1个,下调的有34个;免疫相关基因上调的有3个,下调的有7个;信号传导相关基因上调的有2个,下调的有9个;神经相关的基因上调的有3个,下调的有3个.结论 全基因表达谱芯片技术是筛选AR.DS差异表达基因的有效方法,用该法筛选出一些差异表达基因,为初步阐明ARDS的发病机制奠定了基础.     

常染色体显性遗传多囊肾差异表达基因的研究

目的:应用表达谱芯片研究常染色体显性遗传多囊肾病(ADPKD)与正常肾组织基因表达的差异,探讨此病的致病因素及可能的治疗途径.方法:等量的人正常肾和ADPKD肾组织的mRNA分别用Cy3和Cy5逆转录荧光标记,制作cDNA探针,混合后与4 096点人cDNA表达谱芯片进行杂交,ScanArray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,数字化处理和分析后比较两种组织基因表达谱的差异.RT-PCR法验证其中4条基因表达水平.结果:在ADPKD肾组织与正常肾组织中存在463条差异表达基因,其中206条基因在多囊肾组织中高表达,特别是细胞周期素D2(cyclin D2)、基质金属蛋白酶1(MMP1)、组织金属蛋白酶抑制因子1(TIMP1)、成纤维细胞活化蛋白基因等;257条基因在多囊肾组织中低表达,特别是蛋白磷酸酶1A、酸性磷酸酶1基因等.RT-PCR法验证的4条基因表达水平与芯片结果相一致.结论: ADPKD病理改变可能与细胞周期蛋白、MMPs以及各种生长因子相关基因的上调有关,钙调素抑制剂和MMPs抑制剂可能会对其有一定的治疗作用.     

应用表达谱芯片研究胶质母细胞瘤相关基因的表达及功能

目的:应用基因表达谱芯片筛选研究人脑胶质母细胞瘤发生,发展中相关基因的表达及生物信息分析功能.方法:采用含13 939条基因(设置173个对照点)的BioStarH140S型表达谱芯片;用改良的"一步法"抽提2例正常脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA,制备杂交探针;杂交芯片后用ScanArray4000扫描芯片荧光信号,提取正常脑及胶质母细胞瘤组织差异基因;对差异基因进行生物信息分析,初步分类及Northern杂交研究.结果:按照差异显著标准,在胶质母细胞瘤中共有198条(1.42%)基因表达差异显著,其中77条(0.55%)表达上调,121条(0.87%)表达下调,55条新基因尚未在GenBank登录;生物信息分析发现肿瘤相关基因与细胞信号和传递蛋白、代谢、蛋白翻译合成、细胞骨架和运动、免疫、原癌基因和抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等9类基因密切相关;Northern杂交结果与表达谱芯片一致.结论:基因表达谱芯片可低成本、高通量、高效率筛选胶质瘤相关基因,并为基因群功能研究提供了方向;本研究结果有助于揭示胶质母细胞瘤分子机制,为指导肿瘤的临床诊断、治疗和预后判断提供依据.     

用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

饥饿对大鼠脂肪细胞分化的影响

目的了解饥饿对大鼠脂肪细胞分化的影响。方法应用cDNA芯片以及Northern印迹等方法,了解在饥饿的情况下,大鼠脂肪细胞基因表达谱的变化,进一步分析饥饿对大鼠脂肪细胞分化的影响。结果在饥饿大鼠的基因表达谱中,总共有98个基因或EST发生了变化,其中许多与细胞分化有关的一些基因也发生了明显的变化。结论在饥饿的情况下,大鼠脂肪细胞的分化受到一定程度的抑制。     

胃癌相关基因EST片段的筛选与gcI基因克隆

目的：结合生物信息学手段和实验途径研究mRNA差异显示方法得到的胃癌相关差异表达基因片段的特性。方法：mRNA差异显示技术筛选出的9条胃癌相关基因EST片段，通过国际互联网基因组数据库资源，分别使用BLAST软件将所得到的序列与EST数据库和基因组数据库进行比对分析，获得胃癌表达基因片段的特征信息。应用5＇RACE方法延伸序列I,BioEdit软件对延伸的序列进行ORF分析，Northern印迹检测其在各种胃组织中的表达。结果：3条序列与已知基因序列同源，1条序列与CD98A的外显子同源，1条与SPTANl同源，1条与RPS24l司源；显示有3条序列与非编码区长散布核元件LINE区域匹配；3条为新的EST序列，其中1条获得eDNA全长序列，具有完整的读码框，编码120个氨基酸，命名为gcI，定位于染色体10q21—22。Northern验证gcI在胃癌组织中表达上调。结论：利用生物信息学方法对胃癌差异显示序列进行筛选，筛选出3条序列与已知基因同源；3条序列为新EST。对其中1条克隆全长序列，它可能参与了胃癌的发病过程。     

精子细胞中基因表达谱的研究

目的 研究成熟精子细胞中的基因表达。方法 采用限制性显示PCR（RD－PCR）获得大量正常和异常精子细胞中基因表达序列标签（EST）并以表达谱图的方式显示出来。结果 通过RD－PCR技术得到大量正常精子细胞和异常精子细胞的EST及部分差异表达EST。结论 RD－PCDR技术既能针对已知基因又能针对未知基因，快速收集大量长度适宜、大小均一、适于芯片制备的EST，较通过cDNA文库等方法得到靶基因片段具有独特的优势。     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

基因芯片技术研究大黄“清热泻火解毒”作用机制

目的利用基因芯片技术探讨寒性中药大黄"清热泻火解毒"作用的分子机制。方法 SPF级Wistar雄性大鼠,随机分为大黄组和空白对照组,大黄组灌胃大黄水煎液1mL/100g,对照组予等容量生理盐水。给药20d后,提取肝组织总RNA,应用Illumina RatRef-12基因芯片检测各组大鼠肝脏基因表达,筛选差异表达基因,并对差异基因进行基因功能的显著性分析。结果按GegeOn-tology分类标准,查询2个显著性基因功能亚类:防御反应,涉及21条差异基因,包括抗真菌、急性炎性反应等5个GO功能项;脂代谢过程,涉及31条差异基因,包括细胞脂代谢、脂肪酸代谢、极长链脂肪酸代谢等4个GO功能项,主要参与花生四烯酸代谢过程。结论调控机体防御反应、花生四烯酸代谢相关基因表达,可能是大黄发挥"清热泻火解毒"作用的分子机制之一。     

Na~+-K~+-2Cl~-共转运体不同亚型在大鼠胃黏膜的差异性分布及表达

目的研究Na+-K+-2Cl-共转运体(Na+-K+-2Cl-co-transporter,NKCC)的两种亚型在胃不同部位黏膜层的差异性分布及表达的意义。方法用免疫荧光组织化学法和实时定量PCR技术检测NKCC不同亚型NKCC1与NKCC2在正常大鼠胃不同部位(胃底、胃体和胃窦)黏膜组织的分布和表达。结果①免疫荧光组织化学显示:NKCC1多分布于胃底、胃窦黏膜底部及胃体黏膜中下部,细胞膜表达最多;而NKCC2则多分布于胃体、胃窦黏膜全层及胃底黏膜上1/3部,细胞质、细胞膜均有表达。②实时定量PCR显示:NKCC1的mRNA在正常大鼠胃体表达最高,NKCC2的mRNA则在胃窦表达最高。结论正常大鼠NKCC1与NKCC2在不同部位胃黏膜上皮细胞的分布及表达含量不同,NKCC1多分布在黏膜底部或中下部,NKCC2多分布于黏膜顶部或全层。     

端粒酶逆转录酶mRNA在胃癌中的表达及其意义

目的研究人类端粒酶逆转录酶(hTERT)在胃癌组织中的表达及其在胃癌发生发展中的作用.方法应用实时荧光定量PCR技术检测22例胃癌组织及癌旁正常黏膜组织中hTERT mRNA的表达水平,分析其与肿瘤恶性程度的关系.结果胃癌组织hTERT mRNA表达水平明显高于癌旁正常组织(P＜0.01),但不同胃癌TNM分期、组织分化程度之间的hTERT mRNA表达水平差别均无显著性意义(均P＞0.05).结论在胃癌组织中hTERT mRNA表达明显高于正常组织,可作为胃癌诊断的特异性指标之一.