As2O3处理前后K562细胞基因表达变化的基因芯片检测

目的 应用基因芯片研究三氧化二砷（As2O3)处理前后K562细胞基因表达的变化。方法 提取As2O3处理前后K562细胞的总RNA，纯化为mRNA后再反转录为cDNA。cDNA经限制性内切酶Sau3AI切割后，cDNA片段分别用Cy3和Cy5标记，与自制的包含348个基因片段的胎盘库芯片杂交。结果 杂交结果经扫描和软件分析。发现了11个差异表达的基因片段，其中有3个基因片段与细胞凋亡密切相关。结论 我们构建的胎盘库基因芯片可以成功地用于研究药物作用前后基因表达的变化。     

基因芯片技术分析二氢青蒿素抑制K562细胞增殖的作用机制

[目的]利用基因芯片检测二氢青蒿素作用于K562细胞后的基因表达情况,从基因水平探讨二氢青蒿素抑制K562细胞增殖的作用机制。[方法]K562细胞经不同浓度二氢青蒿素处理24h,倒置光显微镜和荧光显微镜观察细胞形态学变化,流式细胞仪检测细胞周期变化。提取总RNA,逆转录生成cDNA,同时Cy3标记。标记好的cDNA与基因芯片杂交,用扫描仪检测杂交结果。[结果]倒置光显微镜可见细胞出现不同程度的皱缩,核分裂相减少,细胞密度下降,漂浮细胞增多。荧光显微镜下可观察到染色质高度浓缩、边缘化,凝聚成明亮的团块,即凋亡小体,同时有死亡细胞。流式细胞仪检测显示G2期细胞的比例明显增加。扫描杂交结果数据显示其中13条基因表达有差异。表达上调的基因有chk1,表达下调的基因有：PCNA、cyclinB1、cyclinD1、cyclinE1、cdk4、cdk2、E2F1、DNA-PK、DNA-TopoⅠ、mcl-1、jnk、VEGF。[结论]二氢青蒿素可以抑制K562细胞增殖,作用机制与改变细胞周期某些调控物质的基因表达、诱导K562细胞凋亡等有关。     

人参多糖对K562细胞基因表达谱的影响

目的 利用基因表达谱芯片研究人参多糖对体外培养的人红白血病K562细胞基因表达谱的影响。方法 人参多糖处理K562细胞48 h后,分别提取给药组和对照组K562细胞总RNA,将两组RNA纯化为mRNA,逆转录成cDNA,用2种不同的荧光染料Cy3和Cy5进行线性扩增标记,与Illumina全基因组表达谱基因芯片杂交,采用生物信息学方法分析人参多糖处理后K562细胞基因表达谱的改变。结果 共发现差异基因306个,其中上调基因220个,下调基因86个,并对其进行生物学功能分类。结论 诱导肿瘤细胞分化是多基因作用的综合结果,筛选的基因对研究肿瘤发生、发展与逆转分化,以及寻找潜在的抗肿瘤药物作用靶点可能有意义。     

人参皂甙对K562细胞作用的基因表达谱研究

目的 运用基因芯片技术研究人参总皂甙(TSPG)作用后K562细胞基因表达谱的变化.方法 200 μg/ml TSPG作用于K562细胞3 d后,提取总RNA,合成cRNA并分别用cy3和cy5标记,与AgilentHuman 1B寡核苷酸基因芯片杂交,研究基因表达谱的变化.结果 TSPG刺激K562细胞后共有362个基因表达发生变化,与对照组K562细胞比较,表达上调的基因有20个,主要有代谢相关基因,信号转导相关基因,细胞受体相关基因等;表达下调的有342个,包括免疫防御相关基因,DNA结合与转录因子,代谢相关基因,细胞周期相关基因等.RT-PCR技术验证了FOSL1、E2F2、CCNE2和ODZ1四个基因表达的变化.结论 TSPG刺激K562细胞后,影响了细胞内一系列基因的表达.这些基因可能与TSPG的抗肿瘤机制有关.     

基因芯片方法研究苦参碱抗白血病细胞增殖机制

目的 探索苦参碱抗白血病细胞增殖的机制。方法 提取苦参碱诱导前后白血病细胞株K562总RNA，经逆转录合成cDNA探针后与人的细胞周期相关基因芯片杂交，用ESTblot软件分析杂交结果。结果 经苦参碱诱导后K562细胞111个周期相关基因中，有CCNB1，cyclin D1，PCNA，TFDPI等15个基因表达显著下调，CDKN2D，E2F5等5个基因表达上调，Western blotting方法证实了PCNA基因表达改变。结论 苦参碱的抗白血病细胞增殖作用与PCNA，P19-INK4D等多个细胞周期相关基因表达变化有关。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

基因芯片技术分析青蒿琥酯抑癌作用机制

目的利用基因芯片检测青蒿琥酯作用于K562细胞后的基因表达情况,从基因水平上探讨青蒿琥酯抑制K562细胞增殖的作用机制。方法K562细胞经不同浓度青蒿琥酯处理24h,倒置光显微镜和荧光显微镜观察细胞形态学变化,流式细胞仪检测细胞周期变化。提取总RNA,逆转录生成cDNA,cDNA与基因芯片杂交,扫描仪检测杂交结果。结果倒置光显微镜观察到青蒿琥酯处理的K562:细胞出现不同程度的皱缩,核分裂相减少,细胞密度下降,漂浮细胞增多。荧光显微镜观察到青蒿琥酯处理的K562:细胞染色质高度浓缩、边缘化,凝聚成明亮的团块,即凋亡小体。流式细胞仪检测青蒿琥酯处理K562细胞G2期细胞的比例明显增加。扫描信号,分析数据显示10条基因表达有差异,p21、chk1表达上调,cyclinB1、cyclinE1、E2F1、DNA-PK、hTERT、bcl-2、jnk、VEGF表达下调。结论青蒿琥酯可以抑制K562细胞增殖,作用机制与改变细胞周期某些调控物质的基因表达、诱导K562细胞凋亡有关。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的：制备人胎盘基因表达谱芯片，并用于基因差异表达分析。方法：用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探讨打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组与三氧化二砷处理的K562细胞总RNA，纯化mRNA后反转录成cDNA，再以限制性显示技术进行荧光标记，将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交，杂交后清洗芯片，干燥后对芯片进行扫描，分析杂交结果。结果：建立了较可靠的制备与检测基因表达谱芯片的方法，并筛选出45个差异表达基因片段，结论：制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

苦参碱诱导K562细胞分化的差异表达基因的研究

目的研究苦参碱诱导人红白血病K562细胞分化的分子机制。方法应用改良的mRNA差异显示逆转技术(DDRT—PCR)筛选苦参碱诱导K562细胞分化相关的差异表达基因；对差异cDNA片段纯化、克隆、测序及Blast分析，采用逆转录一聚合酶链式反应(RT—PCR)方法验证。进一步对其中的未知差异cDNA片段采用Northern杂交确定其转录本的大小及组织分布特性，进而充分利用多种生物信息学资源对差异片段进行结构和功能的预测。结果苦参碱诱导K562细胞前后存在明显的基因表达差异，筛选获得了17条差异条带。其中4个差异显著片段经RT—PCR验证后，在Genbank中分析，有3个为已知基因，1个可能为未知基因，暂命名为KH基因。Northern杂交证实KH基因转录本的大小为1．35kb，分布于正常人体脑组织中。结论苦参碱具有诱导K562细胞基因表达谱发生变化的作用，由苦参碱诱导的K562细胞分化是一个多基因参与的过程；KH基因可能是苦参碱作用K562细胞后表达量发生改变的未知基因，可能与细胞癌变有关。     

基因芯片在抗肿瘤血管生成中草药相关基因筛选中的研究

目的:利用基因芯片技术,从基因水平解释抗肿瘤血管生成中草药的有效组分T3的分子机制.方法:(1)采用两种细胞系:人胃癌BGC823细胞和血管内皮细胞(EC),每种细胞分两组,一组为对照 ,另一组为T3药物刺激组;(2)抽提细胞总RNA,经反转录制备cDNA,对照组用Cy3、药物刺激组用Cy5荧光标记,获得cDNA探针;(3)cDNA探针与BioDoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用ImaGene3.0软件进行分析统计.结果:(1)BGC823细胞组有2.53％基因表达谱发生明显的变化,其中158条基因在经T3刺激后表达量明显上升,44条明显下降;(2)EC组有0.46％的基因表达谱发生明显的变化,其中30条基因在经T3刺激后表达量明显上升,7条基因表达量明显下降.结论:利用基因芯片技术可从基因水平解释中药的作用机制,为新药的开发提供理论依据.     

Screening for genes associated with ovarian cancer prognosis

Background Human epithelial ovarian cancer cell line SKOV3.ipl is more invasive and metastatic compared with its parental line SKOV3. A total of 17 000 human genome complementary DNA microarrays were used to compare the gene expression patterns of the two cell lines. Based on this, the gene expression profiles of 22 patients with ovarian cancer were analyzed by cDNA microarray, and screened the 2-fold differentially expressed genes compared with the normal ones. We screened genes relevant to clinical prognosis of serous ovarian cancer by determining the expression profiles of ovarian cancer genes to investigate cell receptor and immunity-associated genes, and as groundwork, identify ovarian cancer-associated antigens at the gene level.
Methods Total RNA was extracted from 22 patients with ovarian cancer and DNA microarrays were prepared. After scanning, hybridization signals were collected and the genes that were differentially expressed twice as compared with the normal ones were screened.
Results We screened 236 genes relevant to the prognosis of ovarian cancer from the 17 000 human genome cDNA microarrays. According to gene classification, 48 of the 236 genes were cell receptor or immunity-associated genes, including 2 genes related to the International Federation of Gynecology and Obstetrics （FIGO） stage, 4 genes to histological grade, 18 genes to lymph node metastasis, 11 genes to residual disease, and 13 genes to the reactivity to chemotherapy. Several functionally important genes including fibronectin 1, pericentriolar material 1, beta-2-microglobulin, PPAR binding protein were identified through review of the literature.
Conclusions The cDNA microarray of ovarian cancer genes developed in this study was effective and high throughput in screening the ovarian cancer-associated genes differentially expressed. Through the studies of the cell receptor and immunity-associated genes we expect to identify the molecular biology index of ovarian cancer-associated antigens.     

胃癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

[目的]探讨胃癌淋巴结转移过程中相关基因群的表达和功能。[方法]从6例胃癌患者分别抽取胃癌和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后做探针,与含有14784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交。以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出胃癌淋巴结转移组织中差异表达的基因,并用RT—PCR实验对部分差异表达基因进行验证。[结果]在14784条基因中,胃癌原发灶与淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共80条,其中59条基因表达显著上调,21条基因表达显著下调。经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致。[结论]胃癌组织和淋巴结转移组织之间存在多个差异表达的基因,胃癌淋巴结转移的发生与发展是多种相关基因表达失常所致。     

血红素加氧酶-1基因在三氧化二砷诱导食管癌EC9706细胞凋亡过程中的表达

目的:检测三氧化二砷(As2O3)诱导食管癌EC9706细胞凋亡过程中血红素加氧酶-1(HO-1)基因的表达,探讨HO-1的表达与化疗药物诱导肿瘤细胞凋亡的内在联系。方法:以食管癌EC9706细胞系作为研究模型,3μmol/L AS2O3作用于EC9706细胞,镜下观察细胞形态变化;MTT法绘制细胞生长曲线;以RT-PCR方法检测HO-1mRNA的表达。结果:As2O3作用于EC9706细胞4 h即可检测到HO-1基因表达升高,12 h表达水平升至最高,24 h回落到正常水平。结论:As203诱导EC9706细胞凋亡过程中,HO-1基因表达升高,呈时间依赖性变化,可能起到短暂的对抗氧化应激作用。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

基因芯片技术在胰腺癌相关基因研究中的应用

目的　应用基因芯片技术比较胰腺癌组织与正常胰腺组织基因表达谱的差异 ,以寻找新的诊断指标和治疗位点。方法　将 12 80 0 0个人类全长基因的PCR产物点样在特殊处理后的玻片上制备基因芯片。采用逆转录的方法分别将Cy5 dUTP标记胰腺癌组织mRNA、Cy3 dUTP标记正常胰腺组织mRNA以制备探针。将每一标本的混合探针与芯片杂交 ,用ScanArray 30 0 0荧光扫描仪扫描荧光信号。应用ImaGene3.0软件分析、计算每点的Cy5和Cy3信号值。以Cy5 /Cy3比值的自然对数绝对值 >0 .6 9为标准 ,筛选差异表达基因。结果　在所检测的 6例胰腺癌标本中 ,共有 5 4个基因有差异表达 ,其中胰腺癌组织中表达上调基因 32个 (包括基因库中已登录基因 2 4个 ) ,表达下调基因 2 2个 (包括基因库中已登录基因 15个 )。结论　基因芯片技术为阐明胰腺癌特异基因表达谱提供了强有力的工具。     

应用基因芯片技术筛查肺癌变相关基因的研究

目的 使用基因芯片技术研究肺鳞癌及化学致癌物诱导入气管上皮细胞恶性转化的癌变相关基因。方法 应用含4096条人类全长基因的cDNA芯片分别检测6例肺鳞癌和6例正常肺组织的基因表达谱;并用上述芯片研究苯并(a)芘代谢产物BPDE[anti-Benzo(a)pyrene diolepoxide,BPDE]和结晶型硫化镍所诱导的人支气管上皮细胞恶性转化与正常的人支气管上皮细胞系(16HBE)在基因表达谱上的差异;将3类标本共同的差异表达基因确定为肺癌变的相关基因。结果 在肺鳞癌／正常肺组织之间、BPDE诱导的恶性转化细胞／正常16HBE细胞之间及硫化镍诱导的恶性转化细胞/正常16HBE细胞之间发现差异表达基因分别为171条、143条和151条。通过比较,发现89条与肺癌变相关的共同基因,其中表达显著增加的基因39条,它们是：癌基因6条;细胞周期相关基因4条;细胞增殖基因6条;肿瘤转移基因8条;神经内分泌基因3条;耐药基因1条;凋亡抑制基因1条;氧化基因1条;其他基因9条。表达显著下降的基因50条,它们是：抑癌基因7条;DNA修复基因11条;抗氧化基因1条;GST基因家族3条;细胞骨架基因3条;凋亡诱导基因2条;信号传导基因5条;细胞因子及其受体基因5条;细胞代谢基因7条,细胞外基质基因1条;其他基因5条。结论 cDNA基因芯片技术能有效地研究基因的表达谱,筛查出肺癌变相关基因。     

TRAIL诱导的白血病细胞凋亡过程中的基因差异表达

目的分离鉴定重组可溶性肿瘤坏死因子相关细胞凋亡诱导配体(rsTRAIL)在诱导JurkatT淋巴细胞白血病细胞凋亡过程中差异表达的基因。方法采用抑制性差减杂交(suppressionsubtractivehybridization,SSH)及PCR技术筛选差异表达的基因。采用狭缝杂交和Northern印迹技术鉴定差异基因片段;以DNA自动序列分析仪测定所获cDNA核苷酸顺序。结果获得了6个差异表达的基因片段,4个在TRAIL诱导的白血病细胞凋亡过程中被抑制,2个被激活;其中,A14、X1、D1、A23和C5等5个基因片段为新基因,其GeneBank登记号分别为AW731601、AW731602、AW731603、AW731604和BE239235。Northern印迹显示,基因D1在Jurkat和MCF-7中的表达明显高于其它肿瘤细胞,提示该基因可能具有肿瘤特异性。结论TRAIL诱导的细胞凋亡过程,涉及多种基因表达的改变。     

人工寒潮对RHR外周血白细胞基因表达谱的影响

目的本实验利用基因芯片技术检测人工寒潮对于肾血管性高血压大鼠（RHR）外周血白细胞的基因表达谱变化的影响。方法复制RHR经历ACE处理前后尾静脉取血提取白细胞总RNA,经过荧光标记后与5705条基因的oligoDNA芯片杂交、扫描,ACE处理前后样本对照,数据分析筛选出差异表达的基因。结果本实验RHR外周血白细胞基因在5705条基因中共表达4165条。达到显著差异标准表达（ratio≤0．5或者／〉2）的基因共61条（P〈0．01）,其中上调18,下调43个。其中转运、转录调控,细胞运动和凋亡相关基因组下调;细胞免疫相关的基因有所上调;运输,信号,代谢。发育和分化组有双向改变。结论利用eDNA芯片技术我们初步发现人工寒潮对于RHR外周血白细胞基因表达有一定影响,可能通过抑制蛋白降解、跨膜转运和免疫反应而减弱应激和炎症反应的能力使机体易于感染,以及通过抑制RHR大鼠血管内膜新生和凝血功能而与卒中前状态相关。