人TERT基因启动子区生物信息学分析

目的：探讨人端粒酶逆转录酶基因启动子区的序列特征、转录因子及其结合位点。方法：从NCBI数据库中获取人TERT基因组序列及其启动子序列：利用EMBOSS 6.6.0、CpGfinder 1.0和MethPrimer 1.0软件预测启动子区CpG岛的位置；利用Patch 1.0和PROMO 3.0.2软件预测可与TERT基因结合的潜在转录因子及结合位点。结果：TERT基因定位于5q 13.33,基因序列全长共41 881bp,其启动子位于TERT基因5｀端上游2500bp处，全长2043bp。TERT基因启动子区可能存在２个CpG岛和118个转录因子。结论：通过生物信息学软件对hTERT基因启动子进行预测分析，可提高对hTERT基因启动子的研究效率，以便更加深入了解hTERT基因的调控机制及其生物学功能。     

FAM19A4 基因启动子甲基化检测在 宫颈癌组织中的临床价值

〔摘 要〕 目的：探讨 FAM19A4 基因启动子甲基化检测在宫颈癌组织中的临床价值。 方法：选取 2017 年 1 月至 2018 年 12 月广东医科大学顺德妇女儿童医院病理科采集的宫颈病理样本，其中宫颈癌样本 32 例，高度鳞状上皮内病变（HSIL） 样本 28 例，正常宫颈样本 24 例，通过荧光定量聚合酶链式反应（PCR）检测对三组样本中 FAM19A4 基因启动子甲基化检 出情况进行分析。 结果：不同劳动强度之间并发症种类数量差异具有统计学意义（χ2= 10.84，P = 0.013），劳动强度越重，其并发症种类也越多；不同学历之间的是否使用虚假药物情况差异无统计学意义（χ2 = 1.83，P = 0.40），在用药选择上仍有大多数的患者曾经或正在使用伪劣药品（n = 118）。 结论：FAM19A4 基因启动子 甲基化可能是宫颈癌特异性诊断标志物，可能与宫颈癌的发生以及发展存在一定相关性。     

溃疡性结肠炎薄白苔和黄腻苔患者的肠道菌群特征分析

  目的：通过分析溃疡性结肠炎(UC)薄白苔、黄腻苔患者的肠道菌群特征,探讨UC患者舌苔与肠道菌群之间的关系。  方法：选取UC薄白苔患者、UC黄腻苔患者、健康对照者各35例,分别设为UC薄白苔组、UC黄腻苔组、健康对照组。收集粪便标本,采用16S rDNA基因测序分析技术和生物信息学方法分析比较各组肠道菌群的多样性和丰度。  结果：①与健康对照组比较,UC薄白苔、黄腻苔组患者肠道菌群物种的丰富度和多样性降低(P＜0.001),肠道菌群物种数量减少；与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群丰富度差异无统计学意义(P＞0.05),但肠道菌群物种数量减少。②门水平差异分析:与健康对照组比较,UC薄白苔、黄腻苔组患者肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)减少(P＜0.05)；与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群中蓝细菌门(Cyanobacteria)增多(P＜0.05)。③属水平差异分析:与健康对照组比较,UC薄白苔组患者肠道菌群中埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、链球菌属(Streptococcus)等增多(P＜0.05),罕见小球菌属(Subdoligranulum)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、罗氏菌属(Roseburia)等减少(P＜0.05)；UC黄腻苔组患者肠道菌群中埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、乳杆菌属(Lactobacillus)等增多(P＜0.05),多尔氏菌属(Dorea)、罕见小球菌属(Subdoligranulum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、罗氏菌属(Roseburia)等减少(P＜0.05)。与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群链球菌(Streptococcus)增多(P＜0.05),巨球型菌属(Megasphaera)、拟普氏菌属(Alloprevotella)、普氏菌属(Prevotella)、奈瑟氏菌属(Neisseria)等减少(P＜0.05)。④LDA判定(纲、目、科水平):UC薄白苔组患者肠道菌群中普氏菌科(f_Prevotellaceae)、奈瑟氏球菌目(o_Neisseriales)、奈瑟氏球菌科(f_Neisseriaceae)丰度显著多于UC黄腻苔组(LDA＞2.0),UC黄腻苔组患者肠道菌群中杆菌纲(c_Bacilli)、乳杆菌目(o_Lactobacillales)、链球菌科(f_Streptococcaceae)、消化链球菌科(f_Peptostreptococcaceae)丰度显著高于UC薄白苔组(LDA＞2.0)。  结论：UC薄白苔、黄腻苔患者肠道菌群丰富度和多样性均较健康者明显下降；UC薄白苔患者和UC黄腻苔患者在肠道菌群组成和细菌丰度上均存在差异,黄腻苔患者肠道致病性细菌增多而具有潜在保护作用的细菌减少；肠道菌群检测可以为舌诊现代化提供一定的信息。     

基于Klotho基因的生物活性探讨中医“心肾相交”理论

"心肾相交"是指肾水上济于心,心火下降于肾。Klotho作为肾精的物质基础,在生理功能上与肾精作用相同,二者均秉承于父母,具有抗衰老、主生殖和生长发育、保护骨骼调节钙磷代谢等功用。Klotho衍生物可溶性Klotho(soluble Klotho,sKlotho)延续了Klotho的生理功能,并参与调节心肌细胞和血管平滑肌细胞的钙离子代谢,抑制钙离子沉积,调节脉道,保护心血管,具有交通心藏系统的功能。Klotho基因的这种微观调节作用,使得心藏系统和肾藏系统之间的关系更加紧密,加强了中医心肾之间的交互关系,也丰富了中医"心肾相交"理论。     

基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析

目的获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征。方法以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq~(TM) 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt。BLAST分析显示分别有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群。预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.2%。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得三叉苦转录组信息特征,为后续三叉苦功能基因的挖掘、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。     

MEX3A在非小细胞肺癌中的表达与功能研究

  目的  探究MEX3A基因在非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer，NSCLC）中的表达水平及沉默MEX3A基因后对NSCLC增殖、侵袭、迁移和凋亡及周期的影响。  方法  通过mRNA转录组分析及癌症基因图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库信息分析，筛选出在NSCLC中显著高表达的MEX3A基因。通过qRT-PCR检测MEX3A在4种常见NSCLC细胞系中的mRNA表达水平，发现MEX3A在A549和NCI-H292中显著高表达。利用RNA干扰技术（RNA interference，RNAi）沉默A549和NCI-H292中MEX3A的表达，CCK8及Transwell试验检测沉默MEX3A表达后对NSCLC增殖、侵袭及迁移的影响，流式细胞术分析沉默MEX3A表达后对A549和NCI-H292细胞周期及凋亡的影响。  结果  MEX3A在A549和NCI-H292中高表达。沉默MEX3A后NSCLC增殖、侵袭及迁移被显著抑制，细胞周期阻滞于G2/M期，促进细胞凋亡。  结论  MEX3A作为NSCLC的促癌基因，参与了NSCLC的生长及增殖过程。      

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平，及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料，比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异，统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图；利用DAVID工具对差异基因进行GO分析，采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路；STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）；ASPM表达水平与生存期相关，高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05），是肺腺癌患者预后的独立危险因素，R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个，差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路；Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差，可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

下调REV7基因对于人结肠癌HCT116细胞放射敏感性影响及机制研究

目的 研究下调REV7基因表达对人结肠癌HCT116细胞放射敏感性影响及其机制。方法 对HCT116细胞进行培养并运用RNA干扰技术实现REV7基因下调,将细胞分为空白组、转染阴性RNA oligo片段阴性对照组、转染REV7 RNA oligo的REV7基因下调组。克隆形成实验反映细胞增殖水平,蛋白印迹法检测相关基因表达水平、细胞凋亡发生水平和非同源末端连接途径发生水平。结果 6Gy照后REV7 siRNA组细胞克隆形成率降低(P<0.05)。REV7 siRNA组REV7基因下调效率>60%。REV7 siRNA组γH2AX、Caspase9表达升高(P<0.05),Ku80、XRCC4表达降低(P<0.05)。结论 下调REV7基因能提高HCT116细胞放射敏感性,其机制可能与下调REV7后非同源末端连接的发生被削弱有关。     

X- 连锁迟发性脊椎骨骺发育不良一家系TRAPPC2 基因变异分析

目的分析由TRAPPC2基因变异致X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(SEDT-XL)的临床及基因变异特点。方法回顾分析1个SEDT-XL家系的临床资料及基因检测结果。结果先证者,9岁2个月,因生长缓慢就诊,语言、运动及智力发育正常。身高115 cm(-3SD),臂间距109 cm,上部量56 cm,下部量59 cm,体质量21 kg,招风耳,尖下颌,牙列不齐,颈短,脊柱侧弯,心肺腹未见异常。采集先证者及其父母和舅舅的外周血行全外显子测序,结果显示先证者TRAPPC2基因4号外显子区域存在1个半合子变异c.115delC,导致氨基酸改变p.Q39Sfs*3。该半合子变异来自其母亲,其舅舅存在相同的半合子变异位点。结论 TRAPPC2基因4号外显子区域c.115delC突变为该家系SEDT-XL的致病原因。     

脑卒中患者MTGFR及MTRR基因多态性与Hcy水平的相关性分析

目的 探讨脑卒中患者亚甲基四氢叶酸还原酶(MTGFR)及蛋氨酸合成酶还原酶(MTRR)基因多态性与Hcy水平的关系。方法 选取2018-03—2019-06新乡市第一人民医院神经内科收治的脑卒中患者184例为脑卒中组,同期体检的健康志愿者280例为对照组。采集口腔黏膜上皮脱落细胞,使用DNA提取试剂盒(吸附柱法)提取基因组DNA,实时荧光定量PCR测定MTGFR基因677和1298位、MTRR基因66位的基因型分布情况。抽取外周静脉血,酶联免疫吸附法测定血清同型半胱氨酸(Hcy)水平。结果 脑卒中组与对照组MTGFR基因677位点等位基因分布情况差异有统计学意义(P0.05),脑卒中组TT型比例明显上升,CC型比例明显下降。脑卒中组等位基因T的频率明显高于对照组,差异无统计学意义(P0.05)。M TGFR基因1298位点等位基因分布情况、等位基因频率在2组间差异无统计学意义(P0.05)。脑卒中组与对照组MTRR基因66位点等位基因分布情况差异有统计学意义(P0.05),脑卒中组GG型比例明显上升,AG型比例明显下降。MTGFR基因677位点基因型CC、TT、CT患者的血清Hcy水平差异有统计学意义(P0.01),其中基因型TT患者的Hcy水平明显高于CC型和CT型患者。MTRR基因66位点基因型AA、AG、GG患者的血清Hcy水平差异有统计学意义(P0.05),其中基因型GG患者的Hcy水平明显高于AA型和AG型患者。MTGFR基因1298位点不同基因型患者的血清Hcy水平差异无统计学意义(P0.05)。结论 脑卒中患者MTGFR基因677位点TT基因型比例明显上升,MTRR基因66位点GG基因型比例明显上升,且上述基因突变与脑卒中患者高Hcy水平密切相关。