胶质母细胞瘤差异表达基因的生物信息学分析

目的:应用生物信息学方法挖掘胶质母细胞瘤(GBM)的相关基因，进而探讨发病机制，为GBM临床诊断和靶向治疗提供理论依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载基因芯片数据集GSE4290和GSE15824，应用GEO2R筛选GBM的差异表达基因(DEGs)。采用DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路富集分析，分别应用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块，筛选GBM靶基因。进一步运用ONCOMINE数据库验证临床组织样本中靶基因与GBM的关系。结果:共筛选出76个DEGs，富集分析结果显示DEGs在血管生成的正调节、抗原的呈递和处理、信号转导、调节自噬等方面存在显著富集。共挖掘出POSTN、TAGLN、CALD1、EPCAM 4个GBM靶基因，经证实均在临床GBM组织样本中存在显著上调且靶基因的上调与患者的不良预后密切相关。结论:通过生物信息学共挖掘出4个与GBM显著相关的靶基因，可能是未来GBM发病机制、临床诊断、治疗的重要研究靶点。     

急性心肌梗死患者CYP2C19基因多态性分布及氯吡格雷治疗对PCI术后不良心血管事件和再狭窄的影响

目的:检测急性心肌梗死患者CYP2C19基因多态性分布情况,并分析氯吡格雷治疗对PCI术后不良心血管事件和再狭窄的影响。方法:选取我院2018-01—2019-06期间收治的214例行PCI术的急性心梗患者作为研究对象。所有患者PCI术后均给予阿司匹林和氯吡格雷治疗,采用PCR测定患者全血CYP2C19基因分布,比较患者CYP2C19基因型特征,分析其与发生心血管不良事件及再狭窄的关系。结果:214例患者CYP2C19*1、*2、*3等位基因分布频率分别为66.36%、29.21%及4.43%;快代谢型的频率为44.86%,中代谢型的频率为42.99%,慢代谢型的频率为12.15%。其中,发生心血管不良事件组患者快代谢基因型出现的频率为9.76%,中代谢型基因出现的频率为53.65%,慢代谢基因型出现频率为36.59%(P0.05);且发生心血管不良事件*1等位基因出现频率为36.59%,显著低于未发生组(P0.05),而*2等位基因及*3等位基因出现频率分别为51.22%及12.19%,均显著高于未发生组,差异有统计学意义(P0.05)。单因素分析发现患者再狭窄与氯吡格雷抵抗有关(P0.05)。结论:急性心梗患者PCI术后发生心血管不良事件患者CYP2C19基因突变率较高,主要以中代谢及慢代谢基因型为主,且患者CYP2C19*2和CYP2C19*3基因突变是导致预后发生不良心血管事件及再狭窄的重要原因。     

维生素D受体基因多态性与特发性癫痫的相关性

目的：探讨维生素D受体基因多态性与特发性癫痫的相关性。方法：通过病例对照研究方法，选取91例特发性癫痫患者作为病例组，另选取同期105例健康者作为对照组，抽取所有研究对象外周静脉血提取DNA，采用PCR直接测序法进行维生素D受体基因BsmI（rs1544410）、FokI（rs2228570）、Cdx2（rs11568820）位点多态性检测。结果：病例组与对照组的BsmI与FokI位点基因型频率和等位基因频率无显著差异（P>0.05）；Cdx2位点基因型频率存在显著差异（χ²=6.67，P=0.036），等位基因频率无显著差异，该位点发生A/G变异，分布不处于Hardy-Weinberg遗传平衡。在Cdx2位点基因型与特发性癫痫关联性分析中，病例组中Cdx2位点AG基因型是特发性癫痫发病的危险因素（OR=2.222，95% CI：1.190~4.150，P=0.027）。结论：维生素D受体基因Cdx2位点多态性与特发性癫痫具有关联性。     

育龄妇女不同HCY水平及叶酸利用能力对胎儿出生缺陷的影响

目的探讨育龄妇女不同同型半胱氨酸(HCY)水平及叶酸利用能力对胎儿出生缺陷的影响。方法选取2019年1月至2020年1月在海南省妇女儿童医学中心妇产科建档的537例孕妇为研究对象,在首次产检时采集其口腔黏膜上皮细胞,采用荧光定量PCR测定甲蛋氨酸合成还原酶(MTRR) A66G和5,10-亚甲基四氢叶还原酶(MTHFR) C677T、A1298C的基因分型判断叶酸利用能力,比较MTRRA66G、MTHFRC677T、A1298C不同基因型血清Hcy水平。并根据叶酸利用能力分为A组(未发现风险+低风险)及B组(中度风险+高度风险),A组给予叶酸400μg/d,B组给予叶酸800μg/d,给药至孕3个月,孕中期及孕晚期根据Hcy值调整叶酸用量,记录两组孕早期、孕中期、孕晚期及产后42 d血清Hcy水平及新生儿出生缺陷情况。结果 MTRR的A66G基因分型主要为AA、AG;MTHFR的C677T基因分型主要为CT、TT;MTHFR的A1298C基因分型主要为AA、AC。A66G中AA分型Hcy水平高于AG+GG;C677T中TT分型Hcy水平高于CT+CC;A1298C中AA分型Hcy水平高... 更多     

基于生物信息学筛选胰腺导管腺癌关键基因

目的:利用生物信息学方法分析胰腺导管腺癌（PDAC）基因表达谱芯片并筛选关键基因。方法:从公共数据库基因表达数据库（GEO）中下载PDAC基因表达谱芯片GSE28735、GSE15471、GSE101448,共纳入108例PDAC样本和97例癌旁组织样本。应用R语言limma包和impute包筛选差异表达基因。利用DAVID数据库和在线分析工具Kobas分别对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异蛋白互作网络并进一步筛选关键基因。结果:3个基因表达谱芯片共有161个差异表达基因（|log2 fold-change(FC)|>2，P<0.05），包括54个上调基因，107个下调基因。GO功能富集分析显示差异基因与extracellular exosome、extracellular space、extracellular matrix organization密切相关。KEGG通路分析显示差异基因主要富集在protein digestion and absorption、ECM-receptor interaction和focal adhesion等通路。蛋白质相互作用网络图中显示节点最多的10个枢纽基因分别是ALB、COL11A1、COL3A1、FN1、EGF、COL1A1、MMP9、COL5A2、ITGA2、COL6A3。结论:筛选所得的10个关键基因可能在PDAC发生发展中发挥重要作用，有望成为PDAC诊断及治疗的生物学靶标，为进一步研究PDAC发生发展的分子机制提供了理论依据。     

SLC4A1 复合杂合突变致遗传性球形红细胞增多症并远端肾小管酸中毒1 例报告并文献复习

目的分析SLC4A1复合杂合突变致遗传性球形红细胞增多症(HS)并远端肾小管酸中毒(dRTA)的临床表型与基因变异的关系。方法回顾分析1例确诊HS合并dRTA患儿的临床资料,以及患儿及父母外周血全外显子测序及Sanger验证结果。结果男性患儿,1岁7个月,主要临床表现为输血依赖性球形红细胞增多、代谢性酸中毒、低钾血症及生长发育迟缓。检测到患儿SLC4A1 基因2个已报道的错义变异c.2102GA p.(Gly701Asp),c.1988TC p.(Met663Thr),分别来源于父母。结论经基因检测确诊由SLC4A1复合杂合变异所致的遗传型HS合并dRTA,符合常染色体隐性遗传。     

2020年ASCO《卵巢上皮性癌胚系和体细胞肿瘤检测指南》解读

        2020年初美国临床肿瘤学会（American Society of Clinical Oncology，ASCO）首次在Journal of Clinical Oncology发布了《卵巢上皮性癌胚系和体细胞肿瘤检测指南》［1］。该指南以2007—2019年间发表的6篇Meta分析、11篇随机对照试验、2篇观察性研究的相关文献为主要参考依据，为卵巢上皮性癌肿瘤基因突变检测相关临床应用和实施提供了指导和建议。该指南的框架架构由背景、方法、结果、推荐、医患沟通、健康差异、成本影响等十几个板块组成，主要阐述了3个主要问题：应在哪些个体中进行胚系和体细胞突变肿瘤风险评估、咨询和基因检测，哪些胚系基因突变已经被证明对卵巢癌临床治疗有指导价值，以及最合适的卵巢癌基因突变检测时机。本文对该指南进行剖析和解读，以期为卵巢癌基因检测的临床应用提供相关依据和指导，为卵巢癌的规范诊治提供借鉴，也为国内同道制定相关指南提供参考。 浏览更多请关注本刊微信公众号及当期杂志。     

梅州地区TLR4基因连锁不平衡与缺血性脑卒中相关性研究

目的 检测梅州地区缺血性脑卒中患者和健康对照人群TLR4基因的（rs10759932、rs11536879、rs11536891、rs1927914）的基因多态性，经连锁不平衡分析其与缺血性脑卒中的相关性。方法 收集2018年1月1日 - 2018年7月31日住院治疗的突发缺血性脑卒中患者作为病例组，同期在体检中心收集健康人群作为对照组。应用Massarray SNP 分型技术检测两组患者TLR4基因的4个位点基因型，进行Hardy - Weinberg（H - W）平衡检测。采用不同模型分析上述位点不同基因型与脑梗死发病风险的相关性，并通过连锁不平衡分析其与缺血性脑卒中的相关性。结果 病例组纳入病例186名，对照组纳入健康人194名；4种SNP位点均符合H - W 平衡。rs1927914位点G/G基因型在对照组出现频率远远高于病例组（χ2 = 9.267，P＜0.05）。rs10759932位点T/T基因型在女性对照组中出现的频率显著高于男性[OR = 0.38 (0.18 - 0.81)，P＜0.05]。4个SNP位点之间均存在连锁不平衡，TGCG基因型组合在缺血性卒中男性患者出现的频率显著高于女性[OR = 3.54 (1.17 - 10.69)，P＜0.05]。结论 梅州地区rs1927914位点A＞G为保护性基因突变，可以降低缺血性脑卒中发生。4个位点的连锁不平衡与缺血性脑卒中发生存在部分性别差异，TGCG组合为男性人群的危险基因，脑卒中发生率显著升高。     

针灸联合活血祛痰膏方对PCOS患者卵巢早衰颗粒细胞STMN1和DENND1A基因表达的影响

目的探讨针灸联合活血祛痰膏方对PCOS患者卵巢早衰颗粒细胞STMN1和DENND1A基因表达的影响。方法选取2017年8月-2018年8月在襄阳市中医医院接受治疗的PCOS患者90例,按奇偶数字表随机分为两组,每组45例。A组予以活血祛痰膏方治疗,B组予以活血祛痰膏方联合针灸治疗。对比两组患者治疗前后STMN1、DENND1A表达情况,性激素水平,中医症候评分。结果治疗前,两组患者STMN1和DENND1A表达水平,血清卵泡刺激素(FSH)、雌二醇(E2)、黄体生成素(LH)、黄体酮(P)水平,中医症候评分比较差异均无统计学意义(均P <0. 05);治疗后,两组患者STMN1和DENND1A表达水平,血清FSH、E2、LH、P水平,中医症候评分比较差异均有统计学意义(均P<0. 05)。在两组中,治疗后患者STMN1和DENND1A表达水平,血清FSH、E2、LH、P水平,中医症候评分均低于治疗前(均P<0. 05)。结论 PCOS患者卵巢早衰颗粒细胞中可见STMN1、DENND1A高表达,活血祛痰膏方联合针灸治疗后,STMN1、DENND1A表达水平下降,患者性激素水平及中医症候评分随之改善。