单核苷酸多态性(SNP)在近交系小鼠遗传检测中的应用

目的 利用单核苷酸多态性(SNP)位点构建多重聚合酶链反应和链接酶反应(PCR-LDR)方案,为近交系小鼠的遗传检测提供一种快速、简便的方法.方法 在SNP公共数据库中挑选51个SNP位点,该51个位点分布于每条常染色体和性染色体,共分为5组,进行多重PCR-LDR方案构建,并将该方案作为遗传质量检测方法对采集的7个近交系样本进行检测.结果 在送检的7个近交系小鼠样本中,纯合度都为100％,相同来源相同品系小鼠的遗传背景一致,但在不同单位的近交系小鼠中,某些SNP位点有差异,CBA/Ca/BK1和CBA/JSlac在a9、a10、b5、b9、c1、c12、e1、e2位点的遗传检测结果不同,C57BL/6/BK1和C57BL/6JS1ac在c7、c10位点的遗传检测结果不同.另外,两家公司各有5个位点在所有品系中基因型相同,因此有效位点数各为46个.结论 构建的多重PCR-LDR方案能有效对两家动物生产单位的近交系小鼠进行检测,可用于常见近交系小鼠快速、高通量的基因分型,有利于大规模遗传质量检测和品系鉴定.     

单核苷酸多态性位点法对国内近交系小鼠遗传检测

目的利用95个单核苷酸多态性位点(SNP)对29个品系共36个不同群体来源的近交系小鼠进行遗传检测,并分析、鉴别不同品系的位点。方法对来自国内各地的C57BL/6J、BALB/c等36个群体近交系小鼠样品提取DNA后,选取参考自国内外文献的95个SNP位点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对这些样品进行等位基因型分型,并两两比较等位基因型不同的位点数目。结果共有29个群体(80.56%)的小鼠在95个SNP位点中成功进行了基因分型,有个别群体因为样品质量原因没有实现全部成功分型,主要集中于BALB/c相关背景的3个群体小鼠。被检品系中,大部分位点为纯合位点,品系内位点单态率最高为98.95%。群体两两比较显示,差异等位基因型最多的位点数达到58个,最少的只有1个,主要分布于同一品系不同群体来源的动物间及基因修饰动物和背景动物间。结论所选SNP位点可用于近交系小鼠遗传检测和品系鉴别,但SNP用于近交系遗传检测仍应优化出可代表每一个近交系品系特征的SNP位点组合。     

利用多重荧光STR技术分析上海地区7品系常用近交系小鼠核心群的遗传特性

目的 分析比较上海地区7品系常用近交系小鼠核心群的遗传特性。 方法 将筛选到的48对多态性丰富的微卫星引物组合优化，形成11组多重荧光PCR引物混合体系，对来自上海地区两大实验小鼠供应商的7品系14种群（亚系）近交系小鼠核心群的DNA样进行分型检测。利用遗传分析软件进行数据分析。结果 14种群（亚系）近交系小鼠在48个微卫星位点上都为纯合子，同品系小鼠在同一种群(亚系)内表现为单态性，在不同种群(亚系)间存在差异；但同品系不同种群(亚系)近交系小鼠间的遗传距离与品系间相比均较近，均首先两两聚成一类。C57BL/6小鼠与其他6品系小鼠的亲缘关系均较远。结论 上海地区不同供应商的同品系近交系小鼠，不论是否为相同亚系，其遗传差异均存在。     

基于PCR-LDR平台的近交系小鼠遗传质量快速检测方法

目的建立基于PCR-LDR平台的近交系小鼠SNP快速分型方法,用于检测实验小鼠的遗传质量与品系纯度。方法利用可移植性极高的PCR-LDR技术,以常见近交系小鼠为研究对象,选取了21条染色体上的45个SNP位点,分别设计引物和探针,经过筛选和验证,建立了多重PCR-LDR (polymerase chain reaction and ligase detection reaction, PCR-LDR)分型方案。结果四组多重PCR-LDR可实现45个SNP位点的基因分型,其中43个、44个与45个SNP在样本中的检出率分别为100%、90.9%与36.4%。所有样本经分型确定为纯合体,并得到了常见近交系小鼠SNP位点信息。结论实现了常见近交系小鼠快速、高通量的基因分型,可用于遗传质量检测和品系鉴定。     

4个近交系小鼠SNP位点的测定

目的将新近建立的单管双向等位基因专一性扩增（single-tube bi—directional allele specific amplification，SB—ASA）方法用于分析国内近交系小鼠基因组中的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）。方法以国内4个近交系小鼠为研究对象，采用SB-ASA方法对其16个SNP位点进行检测，并通过测序进行验证。结果16个SNP位点，SB-ASA都成功地对4个品系小鼠进行了分型，与测序结果完全一致。结论SB—ASA方法可以准确地检测国内近交系小鼠SNP位点等位基因型。     

单管双向等位基因专一性扩增方法在近交系小鼠遗传检测中的应用

目的将新近建立的单管双向等位基因专一性扩增(single-tube bi-directional allele specific amplification,SB-ASA)方法用于分析近交系小鼠基因组中的单核苷酸多态性(SNP)。方法以5个近交系小鼠为研究对象,采用SB-ASA方法对其16个SNP位点进行检测,并通过双盲实验和测序验证该方法的可靠性;且考察了该方法中PCR反应各成分及扩增条件对结果的影响。结果16个SNP位点,SB-ASA都成功地对5个品系小鼠进行了分型,与测序结果完全一致;双盲实验结果显示通过3个SNP位点即可鉴别5个品系。结论SB-ASA方法可用于近交系小鼠SNP的遗传检测,可望作为一种新的分子生物学遗传检测方法推广应用。     

微卫星DNA分析国内24个近交系小鼠遗传状况

目的利用微卫星位点对国内24种近交系小鼠进行遗传状况分析。方法用前期筛选的富含多态性和等位基因数多的30个小鼠微卫星位点,合成荧光标记引物,对近交系小鼠基因组DNA进行PCR的扩增,经STR扫描对各近交系小鼠品系进行基因分型。结果在24个近交系小鼠品系中,有16个品系在品系内在30个位点上均具有相同基因型。而在不同品系间同一位点具有多态性,可初步对不同品系进行鉴别区分。其余品系内个别动物存在多态性。结论所选位点可以参考用于近交系小鼠遗传质量检测分析,并进行初步品系检测鉴定。     

辽宁省6种常用近交系小鼠10个微卫星位点的遗传质量检测报告

目的 利用微卫星技术对辽宁省6种近交系小鼠进行遗传质量分析.方法 根据 Mouse GenomeDatabase和相关文献选取10个多态信息丰富的位点和引物,进行PCR扩增和PAGE电泳,对小鼠的遗传多态性进行研究.结果 不同品系小鼠同一位点的扩增结果表现出多态性,同一品系同一位点表现单态性,所有小鼠的10个位点都处于纯合状态;遗传距离分析表明,C57BL/10与C57BL/6J小鼠之间的遗传距离最近,为0.1021,遗传距离最远的是BALB/c与C57BL/10、C57BL/6J,分别为0.1635和0.1614.结论 运用所筛选的10个微卫星位点可以对近交系小鼠进行遗传质量检测,说明该方法具备可行性.     

微卫星DNA多态性在十种近交系小鼠遗传监测中的应用研究

目的：研究微卫星DNA多态性在近交系小鼠遗传监测中的应用。方法：选取小鼠不同染色体上的16个微卫星位点，应用PCR技术对常用的10个近交系小鼠进行了微卫星DNA多态性分析。结果：14个微卫星DNA具有稳定扩增效果，在同一品系不同个体之间表现单态性；在不同品系之间表现多态性。结论：运用所筛选的14个位点进行微卫星多态性分析，能够快速、经济地对近交系小鼠进行遗传监测。     

单核苷酸多态性分析在近交系大鼠遗传检测中的应用

目的 研究SNP在近交系大鼠遗传检测中的应用.方法 选取大鼠20号染色体MHC所在P12区上的9个SNP位点,应用新建立的高保真酶特异性检测SNP基因分型技术对五种常用近交系大鼠(BN、F344、WKY、LEW 、SHR)和两种新培育近交系大鼠(MIJ和HFJ)进行SNP多态性分析.结果 五种常用近交系的SNP检测结果与Rat Genome Database网站提供的基因型数据一致,并检测确立了新品系的SNP基因型.同时绘制出七种近交系大鼠在该9个SNP位点的遗传扩增图谱.结论 运用所筛选的9个SNP位点进行大鼠多态性分析,能够快速、可靠地对BN、F344、WKY、LEW、SHR及MIJ、HFJ进行遗传监测.     

利用多重荧光STR技术分析上海地区7品系常用近交系小鼠核心群的遗传特性

目的 建立一种裸鼹鼠骨髓巨噬细胞分离培养的方法,并通过与小鼠骨髓巨噬细胞进行比较研究其吞噬功能.方法 分离裸鼹鼠骨髓细胞,在含60 ng/mL巨噬细胞集落刺激因子(M-CSF)完全培养基的诱导下,体外贴壁培养6～7 d,采用倒置显微镜观察细胞的生长状态.裸鼹鼠骨髓细胞诱导结束后,采用流式细胞术检测贴壁细胞表面抗原CD11b和F4/80的阳性率,鉴定骨髓巨噬细胞的纯度;采用异硫氰酸荧光素(FITC)-dextran根据荧光强度比较裸鼹鼠和ICR小鼠骨髓巨噬细胞的吞噬功能.结果 通过本方法获得的贴壁细胞具有典型的巨噬细胞的形态特征,且细胞表面抗原CD1 1b和F4/80的阳性率均高于80％;裸鼹鼠与ICR小鼠骨髓巨噬细胞的吞噬率分别为99.87％士0.13％和88.79％±0.90％.结论 本文建立的方法是一种简单实用的体外分离培养裸鼹鼠骨髓巨噬细胞的方法,且能够获得高纯度、高活性的巨噬细胞.裸鼹鼠骨髓巨噬细胞的吞噬功能高于小鼠骨髓巨噬细胞.     

小鼠冷冻胚胎和精子SNP遗传鉴定方法的建立

【摘要】目的 建立小鼠冷冻胚胎和精子SNP(Single-Nucleotide Polymorphism)分型方法,用于冷冻胚胎和精子快速遗传鉴定方案。方法 本研究以中科院上海实验动物中心（国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心）提供的小鼠冷冻胚胎和精子为样本,采用全基因组扩增技术和PCR-LDR分型技术建立小鼠冷冻物SNP遗传鉴定方法。结果 全基因组扩增技术能大幅度增加冷冻胚胎样本的DNA总量;PCR-LDR分型方法适用于小鼠全基因组45个SNPs的分型;分型确定C57BL/6, BALB/c, FVB/NJ 等胚胎和精子各10种近交系,SNP位点信息与测序结果一致;小鼠冷冻胚胎个数与SNPs检出个数成正比,当胚胎数达到12以上时SNP检出率100%。结论 实现近交系小鼠冷冻胚胎和精子快速SNP基因分型,及遗传质量鉴定。     

微卫星技术对近交系小鼠遗传质量的分析

目的对14个品系近交系小鼠24个微卫星座位进行遗传分析,以期用微卫星位点分析法区分不同近交系小鼠。方法通过Mouse Genome Informatics数据库确定合适的微卫星位点和引物,对近交系小鼠基因组DNA进行扩增,分析不同品系小鼠在所选微卫星座位的基因片段,与数据库小鼠品系数据进行比较,并对14个品系近交小鼠进行了DNA多态性分析。结果24个微卫星位点在不同品系的小鼠之间具有多态性,不同品系小鼠之间的遗传距离为0.045~1.526;在不同的亚系之间也有具有多态性。结论微卫星标记方法能区分不同的近交小鼠品系、近交小鼠亚系,为小鼠遗传质量的检测提供了一个快捷简便的方法。     

Study on mitochondrial DNA diversity among 7 inbred strains of mice

Objective：To study the genetic variation of mitochondrial DNA （mtDNA） among common laboratory strains of inbred mice. Methods： The genetic polymorphism of mtDNA among 4 classical laboratory strains of inbred mice and 3 inbred strains of mice established in China was analyzed by polymerase chain reaction coupled with restriction fragment length polymorphism（PCR-RFLP） and PCR coupled with single-stranded conformation polymorphism（PCR-SSCP）. Results： With regard to the D-loop （Displacement loop, D-loop）, tRNA^ Met＋Glu＋Ile, and ND3 （NADH dehydrogenase subunit 3, ND3） gene fragments of mtDNA from these mice,no variation was revealed by PCR-RFLP at 46 restriction enzyme sites. Further analyzed by PCR-SSCP,the D-loop 5＇fragment and 3＇end fragment of mtDNA from these mice also showed no genetic variation. Conclusion： Owing to maternal mode of inheritance of mtDNA,the results indicate that these common inbred strains of mice share the same maternal lineage.     

天津地区汉族人群IL-13基因rs20541位点多态性研究

【目的】研究细胞因子IL-13rs20541A>G位点在天津地区汉族人群中的多态性分布特征。【方法】采用测序法及单碱基延伸-微阵列芯片法对750份标本血样的基因组DNA在该位点进行分型。检测结果与HapMap公布的不同国家人群及其它已报道国内不同地区人群的基因型及等位基因分布频率进行比较和统计学分析。【结果】(1)该位点基因型总体分布频率为G/G48.9%、G/A41.1%、A/A10.0%,等位基因频率为G69.5%、A30.5%。(2)统计学分析显示,位点基因型分布频率符合Hardy-Weinberg平衡。(3)基因型分布频率与HapMap公布的中国汉族、日本及欧洲人群无统计学差异;但与尼日利亚人群存在显著统计学差异;等位基因分布频率与中国北京汉族及日本人群无统计学差异,与尼日利亚及欧洲国家人群分布存在统计学差异。(4)位点基因型及等位基因分布频率与报道的黑龙江、内蒙古及长春地区人群分布比较,存在显著统计学差异。【结论】IL-13rs20541位点多态性分布在不同人种间存在差异,在我国不同地区间存在差异。     

豫医无毛小鼠近交系与HLC小鼠近交系遗传纯度检测

目的:检测豫医无毛小鼠近交系(YYHL)与HLC小鼠近交系的遗传纯合程度.方法:依据GB/T14927.1-2001检测分布于8条染色体上的13个生化标记基因位点:Car-2、Hbb、Es-1、Trf、Mod-1、Idh-1、Es-2、Es-3、Mup、Pgm-1、Gpd-1、Ce-2、Gpi-1;每个品系抽样4只,并用标准近交系C57BL/6、DBA/2、615、BALB/c作对照,对YYHL小鼠近交系和HLC小鼠近交系进行遗传检测.结果:YYHL与HLC小鼠近交系在所检测的13个生化标记基因位点上达到100%纯合.但2个近交系在Hbb、Idh-1、Ce-2生化标记基因位点上不同.结论:YYHL小鼠近交系与HLC小鼠近交系在遗传纯度方面均已达到近交系要求,可作为新的近交系应用于科学研究.