利用表达谱芯片数据筛选不同表达丰度的内参基因

目的 基于表达谱芯片的检测结果,筛选多个内参基因,用于小家鼠肝脏组织中具有不同表达丰度基因的定量检测。方法 应用表达谱芯片技术,完成小鼠肝脏组织的表达谱检测;依据基因表达丰度将基因分为3组,并进一步通过变异系数（coefficient of variation,CV）组内筛选候选内参基因;采用实时荧光定量PCR技术（real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR）和geNorm软件确定内参基因。结果 表达谱芯片成功采集超过60000个小鼠肝脏组织中转录本的表达量数据,并将之分为低、中、高3个组合。最终筛选了低表达Casp2和Lrrc14、中表达Nrd1和Trpc4ap、高表达Atp5a1和Clu,共6个内参基因。结论 基于表达谱芯片数据筛选的6个内参基因,可适用于qPCR技术准确定量小家鼠肝组织转录组中不同表达丰度基因的表达量。     

构建基于荧光多重cPCR的小鼠基因拷贝数检测方法

目的： 建立基于竞争性聚合酶链式反应(competitive polymerase chain reaction, cPCR)小鼠基因拷贝数变异（copy number variaitons, CNVs）的检测方法，用于检测“野生来源小家鼠一号染色体替换系”群体（Population of specific chromosome 1 substitution strains, PCSSs）的CNVs。 方法：选取小鼠一号染色体上11个CNVs位点，及7、9和X染色体上各1个内对照位点，分别构建克隆质粒为竞争性粒模板，应用cPCR技术，建立荧光通用引物多重cPCR 检测方法。结果：多重cPCR 方案适用于小鼠一号染色体上11个CNV位点的拷贝数检测，且能准确检测X染色体的拷贝数。结论：实现小鼠快速、高通量的CNVs检测，可准确检测小鼠1号染色体中11个CNV位点的拷贝数变异。     

STR和SNP对3个小鼠1号染色体替换系筛选结果的比较

目的 比较STR和SNP对3个1号染色体替换系的分型结果,并为每个替换系选择合适的基因分型方法.方法 采用20个SNP和10个STR位点分别对3个1号染色体替换系N2代各40个样本进行分型.结果 采用20个SNP位点,从C3H/He替换系中筛选到6个样本,从FVB/N替换系中筛选到9个样本,从AKR替换系中筛选到4个样本.采用10个STR位点,从C3H/He替换系中筛选到6个样本,从FVB/N替换系中筛选到10个样本,从AKR替换系中筛选到6个样本.结论 根据每个品系基因组背景不同,可选择三组多重STR方案作为C3H/He替换系的基因分型方法,三组多重SNP方案作为FVB/N和AKR替换系的基因分型方法.     

中国野生小鼠来源1号染色体替换系缺失突变的发掘及功能注释

目的 建立非酒精性脂肪性肝纤维化小鼠模型,观察其病变及炎症因子的表达情况.方法 20只雄性C57BL/6J小鼠随机分成对照组、非酒精性脂肪性肝纤维化模型组.对照组小鼠予以蛋氨酸-胆碱充足(MCS)饲料喂养,模型组小鼠予以蛋氨酸-胆碱缺乏(MCD)饲料喂养造模.于造模8周末处死小鼠.观察肝脏组织病理学变化,检测小鼠血清草氨酸氨基转移酶(AST)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)肿瘤坏死因子-α(TNF-∞、白细胞介素-6(IL-6)水平.结果 造模8周末,模型组小鼠体质量显著下降.肝组织病理学观察显示严重肝脂肪变,肝细胞水肿,可见点灶状坏死及淋巴细胞浸润,局灶见界面肝炎,汇管区扩大,纤维组织增生.模型组小鼠肝脏炎症活动度得分和纤维化得分均显著高于对照组(P＜0.01).模型组小鼠血清ALT、AST、TNF-α、IL-6与对照组比较显著升高,而TG和TC水平显著下降(P＜0.01).结论 小鼠经MCD饲料喂养8周出现严重肝脂肪变、肝纤维化和炎症因子高表达,表明成功诱导小鼠非酒精性脂肪性肝纤维化模型.该方法造模简单,成模快,存活率高,适合用于非酒精性脂肪性肝纤维化发病机制和药物干预等方面的研究.     

小鼠冷冻胚胎和精子SNP遗传鉴定方法的建立

【摘要】目的 建立小鼠冷冻胚胎和精子SNP(Single-Nucleotide Polymorphism)分型方法,用于冷冻胚胎和精子快速遗传鉴定方案。方法 本研究以中科院上海实验动物中心（国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心）提供的小鼠冷冻胚胎和精子为样本,采用全基因组扩增技术和PCR-LDR分型技术建立小鼠冷冻物SNP遗传鉴定方法。结果 全基因组扩增技术能大幅度增加冷冻胚胎样本的DNA总量;PCR-LDR分型方法适用于小鼠全基因组45个SNPs的分型;分型确定C57BL/6, BALB/c, FVB/NJ 等胚胎和精子各10种近交系,SNP位点信息与测序结果一致;小鼠冷冻胚胎个数与SNPs检出个数成正比,当胚胎数达到12以上时SNP检出率100%。结论 实现近交系小鼠冷冻胚胎和精子快速SNP基因分型,及遗传质量鉴定。     

拷贝数变异的分型检测技术

拷贝数变异（copynumbervariants,CNVs）是生物基因组中一种重要的遗传变异形式。研究发现CNVs与许多人类复杂疾病相关,在研究个体表型差异和基因组进化上具有重要意义。现就各CNVs检测技术的原理、发展现状、优缺点及意义作一综述。     

用于“野生小家鼠来源一号染色体替换系”构建的PCR-LDR分型系统

目的 建立用于“野生小家鼠来源一号染色体替换系”构建的PCR-LDR (polymerase chain reaction and ligase detection reaction,PCR-LDR)分型系统.方法 采用易于判断的二元性遗传标记单核苷酸多态性位点( single nuclear polymorphism point,SNP),应用连接酶检测技术(ligase detection reaction,LDR),建立PCR-LDR分型方案.结果 三组多重PCR-LDR分型方案适用于覆盖整条一号染色体的29个SNP遗传位标的分型,位点间平均遗传距离在6.25厘摩(centimorgan,cM).结论 实现了后代小鼠快速、高通量的基因分型,可准确检测1号染色体各区段的重组事件.