双重荧光实时RT-PCR技术鉴定H9N2亚型禽流感病毒

采用双重荧光实时RT-PCR技术,建立一种简便易行的H9N2亚型禽流感病毒的快速鉴定方法。通过比对GenBank甲型禽流感病毒H9N2亚型的HA和NA基因序列,设计特异性针对HA和NA的引物,分别选用FAM和JOE两种不同荧光标记探针,构建双重实时荧光PCR一步法反应体系,同时检测样本中的HA和NA基因。结果显示:扩增曲线和特异性实验结果显示,该体系具有很好的扩增效率,且仅特异性识别H9N2亚型AIV的HA、NA基因,与相关病毒或其他亚型无交叉反应。采用重组质粒pMD19-T构建HA、NA阳性质粒,10倍梯度稀释液为模板,进行荧光定量PCR。结果证实,本研究所建立的双重荧光定量RT-PCR体系敏感性能达到10个RNA拷贝数。采用本方法检测60份感染动物样品及60份环境样品,与传统PCR方法相比,检测敏感性提高了100倍;与病毒分离鉴定方法比较,二者的鉴定结果完全吻合。该方法具有特异性强、灵敏度高、快速易操作等优点,是H9N2亚型禽流感病毒鉴定的有效方法。     

Characterization of hemagglutinin gene of influenza A virus subtype H9N2

Objective　To determine the origin of human influenza A (H9N2) virus and the relationship among H9N2 strains isolated from different hosts, on the basis of molecular biology. Methods　Viruses were passed in embryonated hen eggs, and virion RNA was extracted from allantoic fluid and reverse transcribed to synthesize cDNA. cDNA was amplified by PCR and the PCR product was purified with a purification kit. Afterwards RNA sequence analysis was performed by dideoxynucleotide chain termination and a cloning method. Finally, phylogenetic analysis of the sequencing data was performed with MegAlign (version 1.03) and Editseg (version 3.69) softwares. Results　The amino acid sequences at the cleavage site between HA1 and HA2 domains of H9N2 viruses isolated in China are R-S-S-R. One pigeon strain contains seven potential glycosylation sites on the HA protein molecule, while all others have eight. There are 2 to 15 differences of amino acid sequences distributed at 24 different positions on the HA protein molecules among six H9N2 viruses. The H9N2 viruses with multiple lineages of HA genes were co-circulating in China recently. Conclusion　The highest possibility is that human influenza A (H9N2) virus was derived from Chicken H9N2 virus, and not derived from pigeon H9N2 virus. However, it is still unknown whether the H9N2 virus could transmit from person to person. The H9N2 viruses with multiple lineages of HA genes are co-circulating in China.     

甲型流感病毒H9N2亚型毒株血凝素基因特性的研究

目的　了解人甲型流感病毒H9N2亚型毒株的来源及从分子生物学角度来弄清不同宿主来源的H9N2亚型毒株间相互关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,从收获的尿囊液中提取病毒粒RNA ,通过逆转录合成cDNA。cDNA通过PCR进行扩增 ,接着PCR产物用纯化试剂盒进行纯化。而后 ,RNA序列测定是采用双脱氧链末端终止和克隆法。最后用MegAlign( 1.0 3版 )和Editseq( 3.69版 )软件进行种系发生学分析。结果　从中国所分离出的H9N2亚型毒株。它们的HA1与HA2间裂解部位的氨基酸序列均为R S S R ,除一株鸽病毒其HA蛋白分子上仅含 7个潜在的糖基化位点外 ,而其余的均含 8个。 6株H9N2毒株HA蛋白分子上氨基酸序列有 2 - 16个不同 ,这些不同分布在 2 4个不同的位点上。近来在中国同时流行着多种HA基因系的H9N2亚型毒株。结论　人甲型流感病毒H9N2亚型毒株可能性最大来自鸡的H9N2毒株 ,而不是来源于鸽的H9N2毒株。但 ,H9N2毒株是否具有人传人能力 ,至今仍不清楚。在中国同时流行着多种HA基因系的H9N2毒株。     

核、膜蛋白的基因能抑制禽类流感病毒及其重组株的繁殖

对人流感病毒A/Udorn/72(H_3N_2)株与禽类流感病毒A/Mallard/NY/78/(H_2N_2)重组后的重组株分析表明,仅含禽类病毒的核蛋白(NP)或膜蛋白(M)的RNA片段的重组株,在松鼠猴的呼吸道繁殖是受限制的。另外。仅有禽类的RNAl和NS基因的重组株(Clone 12)在松鼠猴的气管内的繁殖也明显受限制,而只具有其中一个基因的Clone 9, Clone 2, 则限制就不明显。由此表明,禽类流感病毒的NP和M基因在宿主范围的繁殖限制中起主要作用,而RNAI和SN基因的结合,同样起着繁殖受限制作用。     

2010—2012年深圳市龙岗区流感病原学监测分析

目的分析2010-2012年深圳市龙岗区流感流行特点和流感病毒优势株的情况。方法对区内监测哨点流感标本进行狗肾传代细胞（MDCK）病毒分离与血凝试验鉴定,描述性分析区内流感的流行情况。选取B型流感优势病毒株进行RT-PCR扩增HA1片段并测序。测序结果与WHO流感疫苗株进行同源性比对,绘制系统发生树。结果2010—2012年共采集流感样病例咽拭子1014份,流感病毒分离率为30．6％（310／1014）,其中新甲型H1N1亚型80株（25．8％）,季节性H1N1亚型I株（0．3％）,季节性H3N2亚型85株（27．5％）,B型流感Victoria亚型138株（44．5％）,Yamagata亚型6株（1．9％）。不同年龄组病毒阳性率差异有统计学意义（X^2=21．194,P〈0．05）,以25-岁年龄组阳性率（35．5％）最高。2010—2012年龙岗区流感优势流行株依次为B型流感Victoria型、新甲H1N1型、甲型H3N2型。系统进化树显示2013年WHO推荐流感疫苗与本区流感病毒同处一个分支。结论龙岗区同时存在多种流感病毒交替流行现象,但新预测流感疫苗可有效覆盖本区流感病毒。     

Development and Assessment of Two Highly Pathogenic Avian Influenza(HPAI) H5N6 Candidate Vaccine Viruses for Pandemic Preparedness

Objective In China, 24 cases of human infection with highly pathogenic avian influenza(HPAI) H5 N6 virus have been confirmed since the first confirmed case in 2014. Therefore, we developed and assessed two H5 N6 candidate vaccine viruses(CVVs).Methods In accordance with the World Health Organization(WHO) recommendations, we constructed two reassortant viruses using reverse genetics(RG) technology to match the two different epidemic H5 N6 viruses. We performed complete genome sequencing to determine the genetic stability. We assessed the growth ability of the studied viruses in MDCK cells and conducted a hemagglutination inhibition assay to analyze their antigenicity. Pathogenicity attenuation was also evaluated in vitro and in vivo.Results The results showed that no mutations occurred in hemagglutinin or neuraminidase, and both CVVs retained their original antigenicity. The replication capacity of the two CVVs reached a level similar to that of A/Puerto Rico/8/34 in MDCK cells. The two CVVs showed low pathogenicity in vitro and in vivo, which are in line with the WHO requirements for CVVs.Conclusion We obtained two genetically stable CVVs of HPAI H5N6 with high growth characteristics,which may aid in our preparedness for a potential H5N6 pandemic.     

A Novel Reassortant H2N3 Influenza Virus Lsolated from China

Objective To analyze the genetic composition of a novel H2N3 virus isolate identified from a duck cage swab in a live poultry market （LPM） in 2009 in Guangdong province of China. Methods PCR-positive specimens were inoculated into embryonated chicken eggs and subtyped by conventional RT-PCR. All segments of the virus A/environment/Guangdong/2/2009 were sequenced, and phylogenetic trees were constructed and analyzed. Results The genes of this virus belong to Eurasian-lineage avian viruses. The virus is a reassortant with the HA gene from an H2N2 virus and the NA gene from an H5N3 virus. The PB1, PB2, and NP genes were from an H4N6 virus, the PA was from an H3N8 virus, the M gene was from an H1N3 virus, and the NS gene was from an H10N6 virus. Conclusion market. Its A novel avian-origin reassortant H2N3 influenza virus was detected in a live poultry potential impacts and evolution should be closely monitored.     

季节性流感疫苗免疫血清与H7N9禽流感病毒交叉反应研究

目的分析接种季节性流感疫苗人群是否具有对新发H7N9流感病毒具有交叉保护,并反向检测了雪貂产生H7N9抗血清与H1／H3／H5不同亚型流感病毒的免疫反应。方法利用血凝抑制试验和微量中和实验检测疫苗免疫后人群转阳血清对A／Anhui／1（H7N9）病毒中和作用及雪貂H7N9抗血清与A／California／07／2009（H1N1）、A／PR／8／34（H1N1）、A／Brisbane／59／2007（H1N1）、A／Brisbane／10／2007（H3N2）、A／Shenzhen／406H／2006（H5NI）和A／Vietnam／1203／2004（H5N1）等不同亚型病毒的中和作用。结果季节性流感疫苗受众者转阳血清与H7N9病毒反应HI及中和抗体反应均为阴性,雪貂H7N9抗血清与H1／H3／H5不同亚型流感病毒反应HI及中和抗体反应均为阴性。结论季节性流感疫苗接种人群不具有对新发H7N9流感病毒交叉保护,并且反向验证了H7N9病毒抗血清与H1／H3／H5亚型流感病毒亦无交叉免疫反应。     

惠州市流感病原学监测结果分析

目的对我市流感样病例标本进行病原学检测,分析其病原学特点,为流感防控提供病原学依据。方法采用MDCK细胞(狗肾细胞)培养法分离流感病毒,用血凝抑制试验对病毒株进行分型鉴定。结果从哨点医院采集的520份标本中共分离出流感病毒41株,分离率为7.9%,以新甲型H1N1为主。其中新甲型H1N126株(63.4%),H3N2型5株(12.2%),B(Yamagata)型1株(2.4%),B(Victoria)型9株(22.0%)。流感流行高峰出现在春季的1-3月和秋季的8-9月。健康人群血清中流感抗体的阳性率不高,最高为新甲型H1N1抗体阳性率41.9%,最低为B(Yamagata)的抗体阳性率,仅8.1%。对2010年2株新甲型H1N1进行基因测序,结果显示甲型H1N1基因未发生变异,暂时不会造成大的流行。结论惠州市流感病毒的流行时间有明显的季节性,活动相对平缓,新甲型H1N1流感病毒是春季的优势毒株,下半年逐渐转变为H3N2型流感病毒。     

H5N1 Avian Influenza Pre-pandemic Vaccine Strains in China

Objective To prepare the 4 candidate vaccine strains of H5N1 avian influenza virus isolated in China Methods Recombinant viruses were rescued using reverse genetics. Neuraminidase （NA） and hemagglutinin （HA） segments of the A/Xinjiang/1/2006, A/Guangxi/1/2009, A/Hubei/1/2010, and A/Guangdong/1/2011 viruses were amplified by RT-PCR. Multibasic amino acid cleavage site of HA was removed and ligated into the pCIpoll vector for virus rescue. The recombinant viruses were evaluated by trypsin dependent assays. Their embnjonate survival and antigenicity were compared with those of the respective wild-type viruses. Results The 4 recombinant viruses showed similar antigenicity compared with wild-type viruses, chicken embryo survival and trypsin-dependent characteristics. Conclusion The 4 recombinant viruses rescued using reverse genetics meet the criteria for classification of low pathogenic avian influenza strains, thus supporting the use of them for the development of seeds and production of pre-pandemic vaccines.     

2009年新型甲型H1N1流感病毒进化过程中猪作为宿主及“混合器”的作用

不同种属流感病毒通过基因重排产生变异病毒导致了多次周期性全球流感大流行。2009年爆发流行的新型甲型H1N1流感病毒是猪H1N1流感病毒、禽H5N1流感病毒和人H1N1流感病毒的基因重排病毒,其8条基因片段均有自己的进化特点。禽类流感病毒是导致人类流感流行的流感病毒的起源,其常在猪体内进行基因重排进化为人类流感病毒。猪是流感病毒的中间宿主,也是不同种属流感病毒基因重排的“混合器”,在2009年新型甲型H1N1流感病毒进化过程中起重要作用,是未来流感防制的重要环节。     

江西省2004-2005年流感病原学监测结果分析

目的 对流感病毒进行病原学监测，进一步了解流感病毒的变异特点，探索流感流行的规律。方法 采集国家级监测哨点医院流感样病人的鼻咽拭子标本，用MDCK细胞分离流感病毒。结果 2004年共采集标本551份，分离出流感病毒65株，分离率11．81％，其中H3N2亚型53株；B型（Yamagata系）12株。2005年共采集标本926份，分离出流感病毒140株，分离率15．12％，其中H1N1亚型36株；H3N2亚型85株；B型（Yamagata系）28株。结论 2004年江西省有H3N2亚型和B型（Yamagata系）流感病毒流行，H3N2亚型流感病毒为流行优势株。2005年江西省有H3N2亚型、H1N1亚型和B型（Yamagata系）流感病毒流行，虽然于3月出现HlNl亚型流感病毒，但H3N2亚型流感病毒仍然为全年的流行优势株。     

2010年青海省流感病毒病原学监测及H3亚型HA1基因序列分析

目的监测青海省2010年季节性流感病毒型与亚型分布,并了解2010年部分A/H3N2分离株血凝素(HA)基因变异情况。方法采集全省各监测哨点医院鼻咽双拭子标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2010年部分H3亚型流感病毒进行HA基因测序,分析HA基因变异情况。结果2010年全省哨点医院送检标本中共分离63株流感病毒,其中42株为A/H3N2,B型15株,AH1N1流感病毒6株,型与亚型有明显分布强弱特征。选取10株H3N2亚型分离株进行HA序列分析,发现与同期南京分离株接近,与WHO2010年度疫苗推荐株相距甚远,不在同一分支。结论 2010年青海省流行的H3N2亚型流感病毒的抗原性和基因特性发生了改变。     

一步法多重RT-PCR快速筛查A型、B型和新型甲型H1N1流感病毒

目的 建立能同时筛查A型、B型和新型甲型H1N1流感病毒的多重RT-PCR技术.方法 针对A型流感病毒的M基因、B型流感病毒的NS基因设计通用扩增引物,针对新型甲型H1N1流感病毒的HA基因设计特异性扩增引物,采用一步法建立多重RT-PCR反应体系.通过盲法实验与实时荧光RT-PCR进行比对来评价方法的准确性,并应用于临床评价方法的实用性和有效性.结果 琼脂糖凝胶电泳分析多重RT-PCR产物,结果显示目的扩增片段条带清晰明亮,没有非特异性产物出现,可见该方法扩增效率高,特异性强.50份样本的盲法实验结果显示两种方法检测结果完全一致,符合率为100%.结论 建立的多重RT-PCR方法能通过一次实验快速、准确地同时筛检A型、B型和新型甲型H1N1流感病毒,是一项成本低廉、对流感的疫情监测和早期诊断具有实用价值的筛检技术.

Abstract：

Objective To developed a multiplex RT-PCR assay for simultaneous screening of type A, B and novel A (H1N1)influenza viruses. Methods Two pairs of universal primers in were designed for amplifying the M gene and NS gene of type A and B influenza viruses, respectively. A pair of specific primers of HA gene was designed to detect novel A (H1N1) influenza virus. A one-step method was used to establish the multiplex RT-PCR system. A blinded experiment was carried out to validate the accuracy of this assay in comparison with the results of real-time fluorescence RT-PCR. The clinical practicability and efficacy of this assay was also evaluated. Results The RT-PCR products were analyzed using agarose gel electrophoresis,which yielded distinct bands of the target fragments without non-specific reactions, suggesting the high efficiency and specificity of the multiplex RT-PCR. Blinded study of 50 samples demonstrated a concordance rate of 100%. Conclusion This multiplex RT-PCR assay allows one-step simultaneous detection of type A, B and novel A (H1N1) influenza viruses rapidly and accurately, and provides a valuable low-cost screening technique for influenza epidemic monitoring and early diagnosis.     

2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析

目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒（A/H1N1）全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒（A/H1N1）全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA 4.0）软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot 3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2 (polymerase B2,PB2)和聚合酶A (polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrix protein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。     

H7N9禽流感病毒与其他流感病毒对雪貂致病性与传播力的比较

目的 针对2013年3月中国爆发的人感染H7N9禽流感病毒,在雪貂体内进行致病性及传播力的研究,并与甲型H1N1流感病毒、H5N1禽流感病毒进行比较。方法 对新发H7N9毒株、甲型H1N1流感病毒、H5N1禽流感病毒感染雪貂后的临床症状、体征,呼吸道排毒情况,组织病理学变化等进行评价和比较,并对H7N9毒株在雪貂群体中的传播力进行研究。结果 雪貂模型的临床症状、死亡率、病毒传播以及组织病理学分析显示：H7N9病毒的致病性低于H5N1,与2009年起源于北美的甲型H1N1流感病毒相当。新发H7N9禽流感病毒可以在雪貂的呼吸道、心脏、肝脏以及嗅球进行复制。值得注意的是H7N9禽流感可以通过飞沫在雪貂间进行低水平的传播,并且在传播过程中,病毒基因组内有多个位点的氨基酸发生了替换。结论 H7N9禽流感病毒对雪貂的致病性较H5N1禽流感病毒低,与甲型H1N1流感病毒对雪貂的致病性相当,H7N9禽流感病毒可在雪貂间进行传播。     

双重荧光定量RT-PCR快速检测流感病毒H1、H3亚型的研究

目的 利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测流感病毒H1、H3亚型的方法.方法 根据H1、H3亚型流感病毒HA基因的相对保守序列,设计两对引物及其相应的Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒建立优化反应体系后,将荧光定量RT-PCR的产物采用10倍稀释法,即107～100 copies/μl,再次用荧光定量PCR方法检验建立体系的灵敏度和重复性,并建立相对定量标准曲线;利用多种流感病毒和具有相似临床症状的呼吸道病毒检验建立体系的特异性.结果 H1和H3亚型流感病毒的检测灵敏度为102 copies/μl,扩增效率分别为101.35％和113.28％,标准曲线相关系数大于99％,重复性良好,特异度实验未发现有非特异性扩增.结论 本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H1、H3亚型流感病毒.     

用SPF莱亨鸡制备抗甲型流感病毒血清

目的：制备甲型流感病毒的抗血清作为流感病毒亚型鉴定之用。方法：用两株H11亚型流感病毒分别免疫成年、健康的SPF莱亨鸡，刺激其产生抗体。通过血凝抑制实验检测抗血清的抗体滴度。结果：所有免疫SPF莱亨鸡都产生了抗H11亚型流感病毒的抗体，且血清抗体滴度差异较大。结论：本实验所用方法简便，制备的抗体特异性强，产生的抗体可用于甲型流感病毒亚型鉴定。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲（A）型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA4.0）软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976~2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。     

常见市售流感病毒抗原试剂对 H6N2 H7N3 H9N2禽流感病毒检测效果的比较

目的：比较4种商品化的甲型/乙型流感病毒抗原检测试剂盒对甲型H6N2、H7N3和H9N2禽流感病毒抗原的检测效果。方法：以H6N2、H7N3、H9N2禽流感毒株作为检测毒株,以倍比稀释法将毒液稀释成不同浓度,严格按照试剂盒说明进行操作,观察这4种试剂盒（3种胶体金法和1种免疫渗滤法）对甲型H6N2、H7N3和H9N2禽流感病毒株的检出情况并比较其对毒株的检测下限。结果：4种试剂盒均可检测出甲型H6N2、H7N3和H9N2禽流感病毒抗原,检测下限范围（ log10 TCID50/mL）分别为国产1：1．6～2．4,国产2：3．3～4．1,国产3：3．3～4．1,进口：2．3～2．8。结论：4种试剂盒均可检出甲型H6N2、H7N3和H9N2禽流感病毒抗原;国产1的检测效果较好,操作简便快捷。这些检测试剂都可考虑作为禽流感可疑病例的筛查使用。