侵袭性垂体腺瘤中lncRNA-mRNA的共表达网络

  目的   利用二代测序技术筛选侵袭性垂体腺瘤组织中差异表达的lncRNA，分析其在侵袭性垂体腺瘤发病机制中可能发挥的潜在作用。   方法   通过RNA测序分析4例侵袭性垂体腺瘤患者和3例非侵袭性垂体腺瘤患者的lncRNA和mRNA的表达情况，筛选出差异表达的lncRNA和mRNA。据此，构建lncRNA-mRNA共表达网络，并进行GO和KEGG通路分析。   结果   对侵袭性和非侵袭性垂体瘤的lncRNA和mRNA差异表达分析，共获得35个差异表达的lncRNA和463个差异表达的mRNA。共表达网络显示FAM66A、TPTEP1、AC017116.11、RP11-1114A5.4和RP11-246K15.1在网络中处于关键位置。   结论   lncRNA-mRNA共表达网络的建立，发现一些差异表达的lncRNA可能在侵袭性垂体腺瘤的发病机制中发挥关键作用，可能成为侵袭性垂体腺瘤新的诊断标志物和治疗靶点。      

动脉旁路移植术后静脉桥再狭窄通路的机制

  目的  探索动脉旁路移植术后静脉桥再狭窄形成的信号通路机制。  方法  40只家兔随机分2组，假手术组和模型组，假手术组分离颈静脉、颈动脉，不做移植，模型组游离颈静脉，截取一段颈静脉方向调转后与颈动脉做端侧吻合，结扎两吻合口间的颈动脉，建立动脉旁路移植兔模型，移植后2 d、2周假手术组取出颈静脉，模型组取出移植静脉，肉眼观察，组织切片HE染色量化管腔狭窄程度，免疫组化检测p-p38表达水平，进行对比分析。  结果  与假手术组比较，模型组移植静脉2周后管腔显著性狭窄（P < 0.05），静脉移植后2 d、2周p-p38表达均显著性升高（P < 0.05），其中移植后2 d显著高于移植2周（P < 0.05）。  结论  冠状动脉旁路移植静脉桥再狭窄信号传导机制可能通过p38-MAPK通路。     

雄性大鼠生殖结节中相关lncRNA和mRNA可能参与邻苯二甲酸二丁酯诱导的尿道下裂形成过程

目的：探讨雄性大鼠生殖结节中长链非编码RNA（long non?coding RNA,lncRNA）和mRNA在邻苯二甲酸二丁酯（di?n?butyl phthalate,DBP）诱导雄性大鼠尿道下裂形成中的可能作用。方法：在孕鼠孕13~18 d时每天按体重800 mg/kg DBP溶于1 mL玉米油灌胃,对照组每天给予1 mL玉米油。于孕19 d时取出胎鼠,分别取下灌药组发生尿道下裂胎鼠和对照组雄性胎鼠的生殖结节,提取RNA,构建RNA测序文库测序。对测序结果的lncRNA进行筛选、差异分析和功能预测,再随机筛选8条lncRNA用qRT?PCR验证其表达量。结果：与对照组相比,尿道下裂组生殖结节中有598个差异mRNA,427个差异lncRNA,qRT?PCR结果与测序结果一致。在生物过程、细胞组成、分子功能方面,差异表达mRNA富集程度最高的分别是红细胞生长、血红蛋白合成、结合珠蛋白结合。分布最多的的信号通路为病毒性心肌炎通路。差异lncRNA功能最多分布在生长激素释放激素受体的结合;分布最多的信号通路为金葡菌感染通路。结论：邻苯二甲酸二丁酯诱导的尿道下裂雄性大鼠与正常雄性大鼠相比,其生殖结节中lncRNA和mRNA的差异表达显著,lncRNA可能通过与mRNA相互作用参与尿道下裂的形成过程。     

不同剂量天麻素对甲基苯丙胺依赖CPP大鼠海马中TLR4/MyD88/NF-κB炎症信号通路的影响

  目的  探讨不同剂量的天麻素（Gastrodin,Gas）对甲基苯丙胺（Methamphetamine,Meth）依赖条件性位置偏爱（Conditioned place preference,CPP）大鼠海马中TLR4/MyD88/NF-κB通路的作用。  方法  建立Meth（10 mg/kg,ip,14 d）依赖大鼠CPP模型,采用低中高剂量的天麻素（10、30、100 mg/kg）干预14 d后,采用Western blotting和RT-qPCR方法检测TLR4/MyD88/NF-κB信号通路中关键因子的蛋白和mRNA在海马中的表达水平。  结果  天麻素干预后TLR4、MyD88、NF-κB p65、TRAF6的蛋白和mRNA表达呈剂量依赖性降低 （P < 0.001、P < 0.01或P < 0.05）、p-NF-κB p65的蛋白表达呈剂量依赖性降低 （P < 0.01或P < 0.05） 、IκB-α的蛋白和mRNA表达呈剂量依赖性升高（P < 0.01或P < 0.05）,天麻素干预后p-IκB-α的蛋白表达降低（P < 0.01）。  结论  天麻素干预对甲基苯丙胺依赖CPP大鼠海马的神经炎症具有保护作用,且与TLR4/MyD88/NF-κB信号通路密切相关。     

冠心病急性心肌梗死患者外周血差异基因表达分析及功能

  目的  探讨冠心病急性心肌梗死患者外周循环血单核细胞中差异基因表达及功能。  方法  收集2020年9月至2021 年9月在昆明市第一人民医院接受冠脉造影的患者，提取外周血单核细胞总RNA，使用DNBSEQ平台进行第2代高通量测序。检测并筛选差异表达基因，进行KEGG及GO富集分析。  结果  冠心病急性心肌梗死组与冠脉正常组对比，其中差异基因89个，上调基因67个，下调基因22个；其中差异lncRNA14个，差异mRNA72个，差异circRNA3个。完成KEGG pathway富集分析、KEGG disease富集分析、KEGG molecular富集分析。完成GO cell composition富集分析、GO cell function富集分析、GO biological process molecular富集分析。  结论  筛选出显著差异的10个mRNA、6个lncRNA、2个circRNA。富集分析中涉及感染、转录失调、PI3K-Akt信号通路、脂类合成、吞噬泡腔、细胞外基质、脂多糖结合等，与冠状动脉粥样硬化的发生与发展及急性血栓事件的发生可能相关。     

鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析

  目的  分析鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株间差异表达的长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA），探索lncRNA在鼻咽癌同期放化疗抵抗中可能发挥的作用。  方法  体外构建鼻咽癌CEN1和CNE2细胞同期放化疗抵抗模型，诱导鼻咽癌细胞同期放化疗抵抗细胞株CEN1CRR和CNE2CRR，应用高通量测序筛选2组细胞株间差异表达的lncRNAs，对差异表达的lncRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析。  结果  以Log2FC > 1或 < -1，FDR < 0.05为差异表达标准，和CNE1相比，CNE1CRR差异表达的lncRNAs2746个（358个上调，2063 个下调）；和CNE2相比，CNE2CRR差异表达的lncRNAs3475个（265个上调，520个下调）；此外，387个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中表达同时下调，49个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中同时上调。在GO分析中发现，2组细胞中差异表达lncRNAs的靶基因在生物过程（biological process，BP）、分子功能（molecular function，MF）、细胞成分（cellular component，CC）等方面均有参与。在KEGG分析结果中发现，CNE1组细胞中，差异lncRNAs的靶基因主要富集的信号通路有细胞凋亡、病毒致癌、代谢途径等。CNE2组细胞中，差异lncRNAs的靶基因主要富集的信号通路有代谢途径（硫辛酸、磷酸戊糖、花生四烯酸、醚脂质）、T细胞受体信号通路、核苷酸切除修复等（P < 0.05）。  结论  同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株的lncRNA表达谱存在明显差异，这些差异表达的lncRNA可能参与了鼻咽癌的同期放化疗抵抗，并为其机制研究奠定基础。     

先天性巨结肠肠管lncRNA-mRNA共表达谱芯片初步筛查研究

目的：研究先天性巨结肠（Hirschsprung’s disease,HD）病变段肠管与正常段肠管lncRNA-mRNA表达谱的差异。方法：采用lncRNA-mRNA共表达谱芯片筛查5例HD肠管和5例配对的正常肠管差异表达的lncRNA和mRNA,并以17对样本对其中显著差异的5个lncRNA进行qRT-PCR验证,同时应用生物信息学的方法构建lncRNA-mRNA共表达网络,预测差异lncRNA的靶基因,并对预测的靶基因进行基因本体论（gene ontology,GO）分析和通路（pathway）分析。结果：lncRNA-mRNA共表达谱芯片筛查出HD肠管中存在353个表达上调,474个下调的lncRNA,以及865个上调,461个下调的mRNA。并验证出5个差异表达的lncRNA。lncRNA与mRNA相互关联,通过调控相应的靶mRNA,参与包括细胞增殖、分化和迁移等多种生物学过程,与HD的发病有一定相关性。结论：HD肠管中存在大量差异表达的lncRNA和mRNA。lncRNA和mRNA之间具有广泛的联系,形成共表达网络,lncRNA可能是通过调控相应的靶mRNA参与HD的发病。     

基于二代测序技术ghrelin作用后人卵巢癌细胞差异表达lncRNA的生物信息学分析

目的 分析二代测序技术ghrelin作用后的人卵巢癌细胞株SK-OV-3中长链非编码RNA（lncRNA）的差异表达。方法 从对照组（不添加ghrelin）和实验组（添加600 ng/mL ghrelin 24 h）的人卵巢癌细胞株SK-OV-3中分别提取RNA进行测序，筛选出实验组发生差异表达的lncRNA，对其进行靶基因预测并将预测结果与差异mRNA取交集，对取交集后的基因进行GO分析和KEGG通路分析。结果 筛选获得差异表达的lncRNA有236个（上调130个，下调106个）；差异表达mRNA有71个（上调66个，下调5个）。差异表达lncRNA靶基因与差异表达mRNA取交集筛选获得57个基因。GO和KEGG通路富集分析结果显示：这些差异表达lncRNA主要与精、赖氨酸跨膜转运，氧化应激反应及发育过程相关，并且主要富集在细胞因子受体信号通路、胰高血糖素和胰岛素信号通路及癌症相关信号通路上。结论 ghrelin作用后的人卵巢癌细胞中lncRNA的表达有差异，其可能参与卵巢癌的发生、发展，提示ghrelin可能在卵巢癌治疗中具有重要作用。     

达格列净保护PDK1基因敲除心衰小鼠表达谱系研究

探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白 2（SGLT2）抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1（PDK1）基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法 将PDK1敲除HF小鼠分为对照组（KO组,n=10）和达格列净治疗组（KO+DAPA组,n=15）；使用Arraystar小鼠lncRNA微阵列通过测序和筛选分析lncRNA表达谱；实时定量PCR验证差异表达的LncRNA；构建lncRNA-mRNA共表达网络。结果 KO+DAPA组显著延长HF小鼠生存期；两组表达水平变化＞1.5倍lncRNAs有2653个；生信分析表明lncRNAs参与能量代谢过程；差异表达大于3倍以上且人鼠同源的7个LncRNAs构建lncRNA-mRNA共表达网络提示uc.347和uc.321分别关联141个mRNA和108个mRNA；uc.347 在心肌细胞中的过表达促进了ATP能量的产生。结论 本研究揭示了达格列净影响PDK1基因敲除心衰小鼠lncRNA表达谱，差异表达的LncRNA可能参与能量代谢过程，从而改善心衰预后     

对尿道下裂大鼠生殖结节中lncRNA表达的初步研究

目的 探讨长链非编码RNA(LncRNA)在邻苯二甲酸二丁酯(DBP)诱导的尿道下裂大鼠生殖结节中的表达 方法 在孕鼠孕13-18天时按体重800mg/kg DBP溶于1ml玉米油灌胃,对照组每天给予1ml玉米油。于孕19天时取出胎鼠,分别取下灌药组发生尿道下裂和对照组雄性胎鼠的生殖结节,提取RNA,构建RNA测序文库测序。对测序结果的lncRNA进行筛选、差异分析和功能预测,再随机筛选4条lncRNA用qRT-PCR验证其表达量。结果 与对照组相比,尿道下裂组生殖结节中有195个差异lncRNA,136个差异mRNA,qRT-PCR结果与测序结果一致。差异lncRNA功能最多分布在生长激素释放激素受体的结合;分布最多的的信号通路为金葡菌感染通路 结论 邻苯二甲酸二丁酯诱导的尿道下裂雄性大鼠与正常雄性大鼠相比,其生殖结节中lncRNA和mRNA显著改变,lncRNA可能通过与mRNA相互作用参与到尿道下裂形成过程中生殖结节的发育。     

变异链球菌CRISPR-Cas9系统csn2基因突变株的转录组学分析

  目的  对变异链球菌CRISPR-Cas9系统csn2基因突变株的转录组基因表达差异进行分析。  方法  培养变异链球菌UA159、csn2基因的缺失菌株Δcsn2及回补菌株。提取总RNA,采用高通量测序技术,进行转录组测序,基于差异表达基因GO和KEGG数据库分析的基础上,对其参与的生物学过程进行挖掘,采用qRT-PCR的方法验证转录组测序结果。  结果  转录组结果显示与UA159相比,Δcsn2中基因表达量变化在1倍以上的基因有176个（P<0.05）,其中上调表达基因72个,下调表达基因104个,通过GO功能富集分析及KEGG代谢通路富集分析,发现上调和下调的差异表达基因（DEG）均参与的功能为氨基酸转运和代谢。除此之外,上调的DEG参与的生物过程主要与碳水化合物代谢、能量产生和转化、转录等有关;下调的DEG主要与脂质代谢、DNA的复制、重组和修复、信号转导机制、核苷酸转运和代谢等生物过程有关,还有部分DEG的功能尚不清楚。qRT-PCR验证发现,与UA159及Δcsn2/pDL278-csn2 菌株相比,与支链氨基酸形成相关的基因leuA、leuC和leuD在Δcsn2中的表达显著下调。  结论  通过转录组测序和qRT-PCR验证发现Δcsn2中与支链氨基酸合成与细胞膜通透性相关的基因表达量发生了明显变化。     

HBV+肝细胞癌患者lncRNA-mRNA共表达网络分析及作用

目的 分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用.方法 下载GEO(GSE54238) lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关系数＞0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和p-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1 I3与患者生存曲线具有极显著相关性(P＜0.01).结论 LINC01018、EHHADH-AS1、F11-AS1等lncRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,在HBV+肝细胞癌发生、发展中具有关键作用,有望成为HBV+肝细胞癌新的诊断和预后指标.     

青春期抑郁样行为小鼠脑组织外泌体miRNA测序分析

  目的  探索青春期抑郁样行为小鼠脑组织外泌体微RNA（microRNA, miRNA）差异表达情况。  方法  实验组为慢性社交挫败实验应激模型（chronic social defeat stress, CSDS）敏感型青春期小鼠,采用糖水偏好和旷场实验评估抑郁样行为。使用超速离心法提取脑组织外泌体,经透射电子显微镜、纳米流式检测技术以及蛋白质印记对外泌体形态、粒径大小和表面标志蛋白进行鉴定。采用高通量测序技术评估实验组和对照组小鼠脑组织外泌体miRNAs表达,基于生物信息学进行GO和KEGG通路富集分析。  结果  外泌体颗粒大小在50～100 nm之间、呈典型圆盘状的囊泡结构,检测到外泌体阳性蛋白TSG101和Syntenin。CSDS诱导抑郁样行为的青春期小鼠脑组织外泌体中有13个miRNA显著上调,4个miRNA显著下调,差异表达的miRNA在PI3K-Akt信号通路、轴突导向以及缺氧反应等显著富集。  结论  本研究发现脑组织外泌体miRNA可能参与胰岛素抵抗、神经可塑性、缺氧反应等生物过程调控大脑功能,从而产生抑郁样行为。     

βB2基因敲除小鼠睾丸组织长链非编码RNA的差异性表达分析

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在βB2基因敲除小鼠睾丸中的表达及其影响睾丸发育的可能机制.方法 采用lncRNA芯片技术,筛选野生型(WT)和βb2基因敲除(KO)小鼠睾丸组织(均n=3)中lncRNA及信使RNA(mRNA)表达谱的变化;对差异表达lncRNA和mRNA进行GO数据库分析及KEGG数据库分析,建立调控网络图;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的lncRNA和mRNA,探讨调控通路.结果 (1)两组小鼠睾丸组织差异表达的lncRNA共140条,mRNA共477条;(2)通过GO数据库分析,筛选出差异表达lncRNA共12条,其中上调7条,下调5条;(3)经KEGG数据库进行路径分析,发现差异表达mRNA主要经由Ca2+信号、配体-受体相互作用等信号通路起作用;(4)用关联矩阵法建立了lncRNA和mRNA共表达网络图,共有17个节点,12条连接,包含9条lncRNA和8条mRNA;其中Rsl1由3条lncRNA调控,Lpo和Mpo各由2条lncRNA调控,Hdac1、Ephb4等各由1条lncRNA调控.(5) qRT-PCR分析结果表明,在βB2基因敲除小鼠睾丸组织中,lncRNA A-30-P01019163和P2rx7的表达均下调(P＜0.05).结论 lncRNA与βB2基因的晶状体外功能密切相关,其中lncRNA A-30-P01019163可能通过调控下游P2rx7 mRNA的表达影响睾丸组织细胞周期及信号转导,进而调控睾丸发育.     

结直肠癌中差异性表达的外泌体lncRNA功能富集及通路分析

目的 通过探讨差异性表达的外泌体lncRNA及其调控的信号通路在结直肠癌发生、发展中的作用,以期为结直肠癌的诊断和治疗提供新的靶点.方法 使用R软件线性回归模型软件包limma包进行差异表达分析,根据筛选阈值得到显著差异表达的lncRNA和mRNA;通过计算差异表达lncRNA与mRNA皮尔逊相关性系数,获得其之间协同...