鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析

  目的  分析鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株间差异表达的长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA），探索lncRNA在鼻咽癌同期放化疗抵抗中可能发挥的作用。  方法  体外构建鼻咽癌CEN1和CNE2细胞同期放化疗抵抗模型，诱导鼻咽癌细胞同期放化疗抵抗细胞株CEN1CRR和CNE2CRR，应用高通量测序筛选2组细胞株间差异表达的lncRNAs，对差异表达的lncRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析。  结果  以Log2FC > 1或 < -1，FDR < 0.05为差异表达标准，和CNE1相比，CNE1CRR差异表达的lncRNAs2746个（358个上调，2063 个下调）；和CNE2相比，CNE2CRR差异表达的lncRNAs3475个（265个上调，520个下调）；此外，387个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中表达同时下调，49个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中同时上调。在GO分析中发现，2组细胞中差异表达lncRNAs的靶基因在生物过程（biological process，BP）、分子功能（molecular function，MF）、细胞成分（cellular component，CC）等方面均有参与。在KEGG分析结果中发现，CNE1组细胞中，差异lncRNAs的靶基因主要富集的信号通路有细胞凋亡、病毒致癌、代谢途径等。CNE2组细胞中，差异lncRNAs的靶基因主要富集的信号通路有代谢途径（硫辛酸、磷酸戊糖、花生四烯酸、醚脂质）、T细胞受体信号通路、核苷酸切除修复等（P < 0.05）。  结论  同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株的lncRNA表达谱存在明显差异，这些差异表达的lncRNA可能参与了鼻咽癌的同期放化疗抵抗，并为其机制研究奠定基础。     

卵巢癌转移体细胞突变及其相关功能通路分析

目的 借助癌症体细胞突变目录（COSMIC）数据库中原发性卵巢癌和转移性卵巢癌两类癌组织的全外显子测序数据,筛选转移性癌相对于原发性癌突变率差异具有统计学意义的体细胞基因群,并对其影响的功能和信号通路进行分析。方法 从COSMIC数据库下载全部肿瘤的全外显子测序数据,从中提取全部卵巢癌全外显子测序数据,在R 3.5.3环境下,对每个基因突变在原发性卵巢癌和转移性卵巢癌两类样本中的突变率行χ²检验或Fisher确切概率法分析,寻找突变率差异具有统计学意义的基因群,并进一步将差异突变基因群进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,探寻其显著富集的GO功能和KEGG通路。结果 对比原发性卵巢癌与转移性卵巢癌两类组织样本共发现520个突变率差异具有统计学意义的体细胞突变基因,包括跨膜丝氨酸蛋白酶13（TMPRSS13）、高尔基蛋白转运抑制剂A抗性因子1（GBF1）、Fos样抗体2（FOSL2）、主导控制样蛋白3（MAML3）等。突变基因群GO功能富集分析发现显著富集的GO功能包括突触前组织、树突发育、通过质膜黏附分子的细胞黏附、肌动蛋白结合等,突变基因群KEGG通路富集分析发现显著富集通路包括肌动蛋白细胞骨架的调节、三磷酸腺苷结合盒运载体等。结论 探寻原发性卵巢癌与转移性卵巢癌之间差异体细胞突变基因群及其相关功能通路可为深入揭示卵巢癌的转移调控机制提供线索,显著突变基因群可能成为卵巢癌转移诊治的生物标志物。     

基于网络药理学的消岩汤治疗胃癌机制探讨

[目的] 运用网络药理学探讨消岩汤治疗胃癌的作用机制。[方法] 通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选消岩汤的活性成分及作用靶点,后利用Uniprot获取蛋白靶点所对应的基因名称;通过DrugBank、GeneCards、OMIM数据库挖掘胃癌疾病靶点,并筛选出与消岩汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.2软件绘制药物-化合物-交集靶点网络图;运用String数据分析平台构建PPI网络,并运用MCODE插件对PPI网络进行Cluster模块分析;运用Metascape数据库进行KEGG富集分析及GO富集分析;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探索关键基因靶点对胃癌患者OS的影响,绘制生存曲线。[结果] 筛选得到消岩汤活性成分41种、靶点基因266个,胃癌靶基因1 163个,最终获得交集基因116个,剔除不含交集基因的活性成分后得到化合物35种。TP53、JUN、AKT1、MAPK3、RELA、MAPK1、ESR1、MAPK14、IL-6等为消岩汤治疗胃癌的关键靶点。GO富集分析结果显示与凋亡的信号通路、对无机物质的反应、对氧化应激的反应、对化学应激的反应等相关,KEGG通路富集分析结果显示主要涉及癌症中的蛋白多糖、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、铂类耐药等。生存分析结果显示TP53、AKT1、MAPK3、RELA、ESR1高表达的患者总生存期显著低于低表达组,JUN、MAPK1、MAPK14高表达患者的总生存期则显著高于低表达组。[结论] 基于网络药理学的研究方法有助于寻找消岩汤治疗胃癌的关键靶点及信号通路,为深入探索消岩汤治疗胃癌的作用机制提供了有益信息和数据支撑。     

LncRNA44372在卵巢癌中的差异表达及生物信息学分析

目的: 探讨lncRNA44372在卵巢癌中的表达及其在卵巢癌发生发展过程中的作用机制。方法: 从NCBI GEO数据库中下载卵巢癌样本及其对照样本的基因芯片数据GSE119054,选用在线工具CRN分析在卵巢癌中差异表达的lncRNA;利用在线工具Annolnc筛选与lncRNA44372有关的共表达基因,然后使用David进行基因本体论（Gene Ontology,GO） 分析、信号通路富集分析;通过starbase构建lncRNA44372可能存在的竞争性内源RNA网络;用qRT PCR检测lncRNA44372在卵巢癌细胞系中的表达。结果： GSE119054数据集中筛选出在卵巢癌中表达上调的lncRNA有6个,表达下调的lncRNA有 4个;GO分析显示,与lncRNA44372相关的共表达基因在细胞凋亡、细胞周期调控和蛋白苏氨酸/酪氨酸磷酸酶活性中具有调控作用。信号通路分析显示,与lncRNA44372相关的共表达基因主要参与细胞凋亡、肿瘤形成及发展相关的信号通路。lncRNA44372可与miR 190和miR 193结合并调控Unc 51自噬激活激酶 2（ULK2）和依赖LON的过氧化物酶体 2（LONP2）在卵巢癌中的表达。qRT PCR结果显示,lncRNA44372在卵巢癌细胞系中表达量较卵巢正常细胞系低（P<0.05）。结论： lncRNA44372在卵巢癌中呈低表达,其可能通过影响细胞凋亡、细胞周期等参与卵巢癌的发生发展。     

结直肠癌差异基因筛选及功能预测

目的 基于美国癌症肿瘤基因图谱（TCGA）数据库分析结直肠癌组织及正常组织的差异表达基因,并探讨其相关分子机制。方法 从TCGA数据库下载所有结直肠癌中mRNA转录组数据。共包含样本740例,其中,结直肠癌组织为571例,正常组织为169例。在R语言环境下,采用edge R工具包处理数据,得到差异表达基因。利用DAVID数据库对差异表达的前1 000个基因进行GO分析及KEGG通路富集分析。对显著差异表达的前200个差异表达基因进行分析,基于Cysctoscape绘制蛋白互作网络图。比较关键基因在癌组织及正常组织中的表达水平。以关键基因的中位表达水平为界值,将关键基因分为高表达组与低表达组,比较高表达组与低表达组的生存情况。结果 共筛选出5 073个差异表达基因,其中,上调基因2 136个,下调基因2 937个。GO分析结果显示,其生物过程主要在细胞增殖、转运、rRNA加工、受体介导的内吞作用等功能富集。KEGG富集分析结果表明,差异表达基因的信号通路主要有细胞周期、转录失调、胆汁分泌、甲状腺激素信号通路、血小板活化等信号通路。筛选出的前7位关键基因为PLK1、BRD4、EHMT2、HIST2H4B、PRPF19、SUV39H1、TRIM28。进一步分析显示,癌组织中PLK1、PRPF19、SUV39H1表达均高于正常组织（P <0.05）。从生存分析曲线可知,PLK1和SUV39H1高表达组总生存时间与低表达组比较,差异无统计学意义（P >0.05）;HIST2H4B低表达组总生存时间高于HIST2H4B高表达组（P <0.05）。结论 基于TCGA数据库分析出PLK1在结直肠癌组织中高表达,其参与细胞增殖、有丝分裂细胞周期的G2/M转换等生物过程,通过P53信号通路发挥作用,在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,有望成为诊断结直肠癌的肿瘤标志物。     

数据库分析和验证HMMR为乳腺癌的主要生物标志物

目的 筛选并分析乳腺癌的标志性枢纽基因。方法 从GEO数据库下载3个乳腺癌基因表达数据集,筛选乳腺癌中的差异表达基因,venn图取交集;Cytoscape构建PPI网络,获取TOP10枢纽基因;GO功能分析和KEGG通路分析枢纽基因的功能和通路。通过UALCAN和HPA数据库分析了mRNA和蛋白表达水平,通过Kaplan-Meier plotter数据库进行生存分析。QRT-PCR检测验证透明质酸介导的运动受体(Recombinant Hyaluronan Mediated Motility Receptor, HMMR)在乳腺癌细胞中的表达水平。结果 筛选到217个乳腺癌差异表达基因,确定了TOP10枢纽基因;GO功能分析和KEGG通路分析结果显示,TOP10枢纽基因与DNA复制、有丝分裂细胞周期的G1/S转变、有丝分裂细胞周期的G2/M转变相关,并且主要富集在p53信号通路上。经数据库验证,HMMR在乳腺癌中表达上调,并且与临床分期以及生存率负相关。QRT-PCR结果显示,与正常乳腺细胞MCF-10A相比,HMMR mRNA在乳腺癌细胞MCF-7、MDA-MB-231、SKBR3的...     

脾虚证患者血清微RNA表达谱的筛选与生物信息学分析

目的 筛选脾虚证患者血清miRNA表达谱进行生物信息学分析,从miRNA水平探讨脾虚证的发病机制和辨证分型规律。方法 选择高脂血症脾虚证和脾胃湿热证患者各4例,以及健康志愿者5名,提取其血清RNA,进行miRNA定量PCR芯片检测。筛选脾虚证患者血清miRNA表达谱,进行层次聚类、靶基因预测和功能注释等生物信息学分析。结果 筛选出脾虚证患者9个候选血清miRNA,其中6个表达上调,3个表达下调;候选miRNA的表达在脾虚证患者、脾胃湿热证患者及健康志愿者3组样本间存在差异。京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析结果显示,6个上调miRNA调控的83个靶基因显著富集于7个通路,主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、病原虫感染性疾病、免疫/炎症相关的信号通路和胰腺癌等;3个下调miRNA调控的365个靶基因显著富集于5个通路,主要涉及神经营养因子信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、RNA运输、磷酸肌醇代谢和氨基酸代谢等。结论 本研究筛选出的9个脾虚证患者候选miRNA可作为脾虚证临床辨证的潜在血清标志物,为脾虚证患者发病机制的认识和研究提供依据。     

子痫前期胎盘中差异表达的长链非编码RNA的研究

目的通过筛选及验证在子痫前期患者胎盘组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),探讨lncRNA与子痫前期的关系。方法收集18例子痫前期胎盘样本和同期出生的20例正常妊娠产儿胎盘样本,采用lncRNA芯片进行研究,筛选出差异表达的lncRNA及基因,采用国际通用的基因本体(GO)功能注释分析法和KEGG通路分析法,对差异表达基因进行功能注释与分析,并进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。结果检测到显著差异表达的lncRNA共有14个,其中表达上调的有9个,表达下调的有5个;检测到显著差异表达基因212个,表达上调的93个,表达下调的119个。对212个差异表达的基因进行GO功能注释分析,显示差异表达基因主要参与染色质结合、γ-谷氨酰转移酶的活性和SMAD结合等信号途径;KEGG通路分析结果显示,差异表达的基因包括细胞周期相关、补体和凝血级联反应相关、全身性红斑狼疮相关等与信号通路相关的作用基因。对显著差异表达的3个lncRNA:linc-ASCL1-3、linc-KLF6-2和linc-ROBO1-3进行qRT-PCR验证,其结果与lncRNA芯片检测结果相符。结论子痫前期的胎盘组织与正常胎盘组织相比,lncRNA表达谱发生了显著变化,可能与子痫前期的发生有关。     

冠心病急性心肌梗死患者外周血差异基因表达分析及功能

  目的  探讨冠心病急性心肌梗死患者外周循环血单核细胞中差异基因表达及功能。  方法  收集2020年9月至2021 年9月在昆明市第一人民医院接受冠脉造影的患者，提取外周血单核细胞总RNA，使用DNBSEQ平台进行第2代高通量测序。检测并筛选差异表达基因，进行KEGG及GO富集分析。  结果  冠心病急性心肌梗死组与冠脉正常组对比，其中差异基因89个，上调基因67个，下调基因22个；其中差异lncRNA14个，差异mRNA72个，差异circRNA3个。完成KEGG pathway富集分析、KEGG disease富集分析、KEGG molecular富集分析。完成GO cell composition富集分析、GO cell function富集分析、GO biological process molecular富集分析。  结论  筛选出显著差异的10个mRNA、6个lncRNA、2个circRNA。富集分析中涉及感染、转录失调、PI3K-Akt信号通路、脂类合成、吞噬泡腔、细胞外基质、脂多糖结合等，与冠状动脉粥样硬化的发生与发展及急性血栓事件的发生可能相关。     

电针治疗周围神经损伤后损伤局部差异表达基因分析

[目的] 通过分析电针治疗周围神经损伤后损伤局部差异表达基因,进一步阐明电针治疗周围神经损伤机制。[方法] 选取大鼠坐骨神经横断伤模型为研究对象,随机分为空白组、模型组、电针模型组,于电针6 d后取损伤处坐骨神经,通过高通量技术筛选差异基因,对差异基因进行GO功能分析、KEGG通路分析。[结果] 模型组与空白组相比,上调差异基因3 001个,下调差异基因1 169个。电针模型组与模型组相比,表达上调差异基因24个,下调差异基因80个,结合GO分析结果和KEGG富集分析结果,筛选出了可能与电针治疗周围神经损伤相关的8个通路：白细胞跨内皮迁移通路、γ-氨基丁酸能突触通路、胆碱能突触通路、5-羟色胺突触通路、钙信号通路、紧密连接通路、黏着斑通路、肌动蛋白细胞骨架的调控通路。[结论] 电针可能是通过改变细胞电位平衡、神经元轴突再生骨架结构的重建以及白细胞的迁移而改变周围神经损伤后修复与再生的微环境,从而促进了受损神经的再生。     

乳腺癌紫杉醇耐药细胞中lncRNA和mRNA表达谱筛选

目的:分析紫杉醇诱导的乳腺癌MCF-7耐药细胞（MCF-7/PR）中长链非编码RNA（lncRNA）和信使RNA（mRNA）表达谱的变化,研究筛选出调控乳腺癌紫杉醇耐药的关键lncRNAs,为逆转紫杉醇耐药的分子靶点提供理论依据。方法:利用ArraystarlncRNA芯片技术检测MCF-7/PR细胞中lncRNAs和mRNAs的表达谱;使用Agilent GeneSpring GX v12.1软件筛选差异表达的lncRNAs和mRNAs,对差异mRNAs进行GO和KEGG通路分析,得到mRNA参与的生物学途径;并同时进行lncRNAs与相应mRNAs联合分析推断lncRNAs功能。结果:通过MCF-7/PR细胞和MCF-7亲本细胞相比,共有1 504个lncRNAs和2 264个mRNAs存在差异性表达（差异倍数>2.0）;通过GO聚类分析表明:上调的mRNAs和下调的mRNAs分别参与多种不同的生物过程;差异性lncRNAs可能通过影响相应mRNAs发挥其生物学功能。结论:乳腺癌紫杉醇耐药细胞中lncRNAs和mRNAs的表达存在差异,差异表达的基因可以为寻找新的化疗敏感靶点或生物标志物提供线索。     

βB2基因敲除小鼠睾丸组织长链非编码RNA的差异性表达分析

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在βB2基因敲除小鼠睾丸中的表达及其影响睾丸发育的可能机制.方法 采用lncRNA芯片技术,筛选野生型(WT)和βb2基因敲除(KO)小鼠睾丸组织(均n=3)中lncRNA及信使RNA(mRNA)表达谱的变化;对差异表达lncRNA和mRNA进行GO数据库分析及KEGG数据库分析,建立调控网络图;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的lncRNA和mRNA,探讨调控通路.结果 (1)两组小鼠睾丸组织差异表达的lncRNA共140条,mRNA共477条;(2)通过GO数据库分析,筛选出差异表达lncRNA共12条,其中上调7条,下调5条;(3)经KEGG数据库进行路径分析,发现差异表达mRNA主要经由Ca2+信号、配体-受体相互作用等信号通路起作用;(4)用关联矩阵法建立了lncRNA和mRNA共表达网络图,共有17个节点,12条连接,包含9条lncRNA和8条mRNA;其中Rsl1由3条lncRNA调控,Lpo和Mpo各由2条lncRNA调控,Hdac1、Ephb4等各由1条lncRNA调控.(5) qRT-PCR分析结果表明,在βB2基因敲除小鼠睾丸组织中,lncRNA A-30-P01019163和P2rx7的表达均下调(P＜0.05).结论 lncRNA与βB2基因的晶状体外功能密切相关,其中lncRNA A-30-P01019163可能通过调控下游P2rx7 mRNA的表达影响睾丸组织细胞周期及信号转导,进而调控睾丸发育.     

长链非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的表达谱分析

目的 长链非编码RNA (lncRNA)在肿瘤的发生和发展中起重要作用。本研究使用基因芯片技术筛选甲状腺乳头状癌中差异表达的lncRNA,并对这些lncRNA调控的靶基因进行预测和分析。 方法 本研究使用微阵列来研究3例甲状腺乳头状癌(PTC)和配对的邻近非癌性甲状腺组织中lncRNA的表达。基因功能通过GO (Gene Ontology,GO)和通路分析进行评估，并预测lncRNA潜在的靶基因。 结果 与邻近的非癌性甲状腺组织相比，共有855个差异表达lncRNA，上调195个，下调660个(FC>2，P<0.05)；2 370个差异表达mRNA，上调801个，下调1 569个(FC>2，P<0.05)。其中差异较大的lncRNA有23个，mRNA有79个(FC>4)。lncRNA-SLC34A2和它相关的mRNA GRCh38(NM_001177998)差异表达最为显著(FC=23.5)。差异表达的mRNA中显著富集的GO途径显示:一些与肿瘤有关，如“焦粘连”“ECM-受体相互作用”“MAPK信号传导途径”和“PI3K/AKT信号传导途径”。经过通路分析，42条信号通路在差异表达的转录后显著富集，其中“焦粘连”最为显著(P=8.499×10-7)并与47个差异表达基因有关。239个与其相关mRNA的lncRNAs可能与顺式调控有关。lncRNAs和mRNAs的位点之间的相对位置关系在基因的不同位点。 结论 本研究是甲状腺肿瘤相关的LNCRNA谱的补充，发现了一定数量的差异表达的LNCRNA，并预测其功能靶向基因和途径。今后，笔者将选择更多的样本，深化对lncRNA分子机制和生化功能的研究，为甲状腺癌的早期诊断和治疗提供新的准确方法。      

长链非编码RNA在宫颈癌中的表达及预后价值*

的 研究长链非编码RNA（lncRNA）在宫颈癌中的表达水平,鉴定在宫颈癌组织中异常表达的lncRNA,初步分析其功能,并评估其预后价值。方法 宫颈癌组织和癌旁组织的转录组数据下载自癌症基因组图谱（TCGA）,结合Genecode数据库中lncRNA注释信息,获取lncRNA的表达数据。通过limma软件包鉴定在宫颈癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA;同时对存在差异表达的lncRNA进行生存分析和功能预测。结果 在宫颈癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA有554个,其中在宫颈癌组织中表达下调245个,上调309个（校正后P?<0.05,倍数变化绝对值>2）。生存分析鉴定出11个与宫颈癌患者总体生存率相关的差异表达lncRNA（P?<0.01）。京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢途径富集分析显示这些lncRNA参与到环磷酸鸟苷酸-环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶（cGMP-PKG）信号通路、钙信号通路和细胞间隙连接等肿瘤发生、发展相关代谢途径。结论 通过对宫颈癌lncRNA数据的分析,鉴定11个具有预后意义的lncRNA,这些lncRNA有可能为宫颈癌治疗提供新的靶点和预后监测标志物。     

基于生物信息学的脑胶质瘤预后风险长链非编码RNA筛选

目的：应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA（lncRNA）。方法：从开放的癌症基因图谱（TCGA）和基因型组织表达（GTEx）数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据,采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因,使用Cox分析构建风险模型,通过DAVID基因功能和KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。利用qPCR评价HOXA-AS2的表达量与脑胶质瘤的临床组织特征之间的关系。结果：通过比较分析脑胶质瘤样本和正常脑组织样本基因组表达数据,获得差异表达的lncRNA 424个（211个上调,213个下调）,mRNA 3 827个（1 618个上调,2 209个下调）。构建了包含9个lncRNA的风险模型,参与介导的信号转导通路主要集中于免疫缺陷病毒感染,神经信号转导等相关通路。qPCR方法验证HOXA-AS2在脑胶质瘤中高表达。结论：筛选出HOXA-AS2可能是脑胶质瘤的预后风险lncRNA,为后续脑胶质瘤的机制研究提供参考依据。     

草酸钠结晶肾损伤肾小管上皮细胞中骨桥蛋白相关长链非编码RNA的差异表达

目的 检测草酸钠诱导的人肾小管上皮细胞结晶肾损伤模型中与骨桥蛋白(OPN)相关的长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达,并探讨OPN相关lncRNA在结晶肾损伤发病中的作用.方法 利用草酸钠(20 mmol/L)刺激人肾近曲小管上皮细胞HK-2建立草酸钠诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型.运用RNA干扰技术对其转染OPN小干扰RNA构建OPN敲低细胞模型(OPN-siRNA组),对照组细胞转染阴性随机对照序列(NC-siRNA组).采用Arraystar公司提供的人类全基因组lncRNA芯片(V4.0)检测两组结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中与OPN相关的lncRNA和mRNA的差异表达水平,并采用生物信息学方法分析lncRNA芯片结果.结果 全基因组lncRNA芯片结果显示草酸钠诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中与OPN相关的差异表达lncRNA共583个,其中OPN-siRNA组表达上调354个、下调229个;差异表达mRNA共235个,上调139个,下调96个.生物信息学分析结果显示差异表达lncRNA参与结晶肾损伤中细胞生长、酶活性调节等多种生物学过程.结论 草酸钠体外诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中存在OPN相关的差异表达的lncRNA.     

BCG感染牛肺泡巨噬细胞的转录组测序和分析

目的：通过卡介苗（BCG）感染牛肺泡巨噬细胞（BAM）的转录组测序及生物信息学分析,揭示差异表达的基因和长链非编码RNA （lncRNA）,为巨噬细胞抗结核分枝杆菌感染的免疫调控机制研究提供理论依据。方法：采用肺脏灌洗离心法收集并培养BAM,分为感染组和未感染组,感染组经BCG感染后12h,利用转录组测序技术（RNA-Seq）检测感染组和未感染组BAM mRNA表达谱及lncRNA表达谱,并进行生物信息学相关分析。结果：与未感染组比较,感染组BAM差异表达的lncRNAs共有119个（P<0.05）,差异表达的mRNA共有1 111个（P<0.05）。在差异表达基因的功能富集分析中,最显著富集项与免疫功能相关（GO：0006955,P<0.05）,共有125个基因,其中有63个基因表达上调,62个基因表达下调,且白细胞介素6（IL-6）、白细胞介素17（IL-17）和白细胞介素23A （IL-23A）等促炎因子表达上调。lncRNA靶基因预测,差异表达的lncRNA参与转化生长因子β（TGF-β）信号通路及ABC转运体信号通路的调控（P<0.05）。结论：BCG感染BAM后,激发宿主细胞产生强烈的免疫反应,引起lncRNA和mRNA表达谱的改变。     

遗忘型轻度认知功能损害血浆中竞争内源性RNA网络构建及分析

目的 探讨阿尔茨海默病（Alzheimer′s disease,AD）轻度认知功能损害阶段（amentia mild cognitive impairment,aMCI）血浆中的非编码RNA（noncoding RNA,ncRNA）功能失调与AD的病理生理相关性,并探讨潜在的AD生物标志物和发病机制。 方法 纳入金标准诊断的aMCI受试者5例和正常对照组（normal control,NC）5例,应用微阵列技术分析aMCI和NC血浆中长链非编码RNA（long noncoding RNA,lncRNA）、微小RNA（microRNA,miRNA）和信使RNA（messenger RNA,mRNA）的表达谱,应用R软件筛选出差异表达的lncRNA、miRNA、mRNA,通过PicTar 2005、TargetScan 5.1和miRanda v5数据库对差异表达的RNA的关系进行分析,建立以上调lncRNA为中心的竞争内源性RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）网络,并对其中相关差异表达的mRNA进行基因本体论功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。 结果 在外周血浆中总共筛选出lncRNA 287个、miRNA 46个和mRNA 208个在aMCI和NC的表达差异有统计学意义（P＜0.05）,分别有lncRNA3个、 miRNA5个和mRNA7个参与构建了遗忘型轻度认知功能损害ceRNA调控网络。GO和KEGG结果显示差异表达mRNAs主要在RNA代谢过程、细胞质应激颗粒、转录调控因子活性等生物学过程,单纯疱疹感染通路、催产素信号通路和叶酸合成通路上显著聚集。 结论 不同的ncRNA参与AD的发病机制,构建的ceRNA网络有助于增进对AD发病分子生物学机制的认识,ncRNAs可能成为AD诊断的生物标志物和治疗干预的新靶点。