基于16S rDNA基因测序技术分析不同身体质量指数人群的肠道菌群结构差异

目的:探究不同身体质量指数(BMI)人群肠道菌群的丰度及物种差异性。方法:将115例受试人群按BMI分为正常组、超重组和肥胖组,收集受试者粪便,运用16S rDNA基因测序技术结合生物信息分析,比较不同BMI受试者肠道菌群组成和丰度差异。结果:Alpha多样性分析可见超重组和肥胖组群落丰度和多样性较正常组低;不同分组的肠道菌群组成在OTU水平有明显差异;厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、变形菌门是3组肠道菌群共有的优势菌门;埃希氏菌-志贺氏菌属和瘤胃球菌属为多组比较显著差异的菌属(P<0.05)。肥胖组和正常组相比,拟杆菌属、Lachnoclostridium菌属、柯林斯氏菌属差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。结论:不同BMI人群肠道菌群结构组成有差异,肥胖和超重人群肠道菌群多样性明显降低。拟杆菌属、Lachnoclostridium菌属和柯林斯氏菌属等菌属丰度变化明显,提示其可能参与人体脂肪的积累过程。调节肠道菌群的多样性和丰度可能是预防和治疗肠道微生态相关疾病的有效途径之一。     

30例湿热蕴结型结肠癌患者的肠道菌群结构变化研究

目的探讨湿热蕴结型结肠癌患者与健康人群的肠道菌群的差异。方法30例湿热蕴结型结肠癌患者的粪便样本做为观察组,收集13名健康人体检粪便样本为对照组,分别提取两组样本中细菌总DNA,采用16S rDNA测序技术对各组的粪便样本进行分析。结果与对照组比较,观察组肠道菌群中拟杆菌门、放线菌门、变形杆菌门、拟杆菌属、大肠杆菌/志贺氏菌属丰度明显增加(P<0.01)。Ⅱ期患者的双歧杆菌属、柯林斯菌属明显高于Ⅲ期患者(P<0.05)。结论湿热蕴结型结肠癌与肠道菌群结构紊乱相关,关联度较高的为条件致病菌大肠杆菌相对丰度的升高,益生菌双歧杆菌相对丰度的减少。     

16S rRNA基因测序技术分析肝阳上亢型脑出血患者的肠道菌群结构

目的:探讨肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人群的肠道菌群差异。方法:选取2018年于广州中医药大学第一附属医院颅脑科病房收治的9例肝阳上亢型急性脑出血患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的6例健康人粪便样本为对照组,提取两组样本中细菌总DNA,根据16S rRNA V4区设计引物进行扩增,通过Illumina MiSeq平台进行双端测序(paired-end),通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本菌群组成和结构。结果:操作分类单元(OTU)的韦恩图分析(Venn分析)显示观察组与对照组之间OTU数目存在明显差异。偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人在肠道菌群组成上具有明显差异。物种及其丰度分析上,门分类水平上观察组厚壁菌门与拟杆菌门的相对丰度比值(F/B)较正常组明显增加,其中疣微菌门的相对丰度明显低于对照组(P 0. 05)。属分类水平上,两组的普雷沃氏菌属、拟杆菌属、阿克曼氏菌属、布劳特氏菌属、氨基酸球菌属相对丰度差异有统计学意义(P 0. 05,P 0. 01),其中观察组拟杆菌属和普雷沃氏菌属的相对丰度比值(B/P)显著高于对照组。种分类水平上两组在普氏菌、阿克曼粘细菌、卵形拟杆菌、脆弱拟杆菌、伶俐瘤胃球菌上具有明显差异(P 0. 05,P 0. 01)。主坐标分析显示两组样本被显著分开,说明两组样本菌群结构存在显著差异。结论:肝阳上亢型急性脑出血与肠道菌群结构紊乱有关,其中普氏菌和阿克曼粘细菌的相对丰度下降是其发生的主要原因。     

内生湿热证人群的肠道菌群特点研究

目的探讨内生湿热证人群与健康人群的肠道菌群差异性。方法选取2019年4—9月于江苏省第二中医院门诊就诊及住院的24例内生湿热证患者作为湿热组,选取同期8~14岁健康男童20例作为对照组,取2组粪便样本,通过Illumina MiSeq平台对肠道菌群进行16S rDNA基因V3~V4可变区检测,运用QIIME、STAMP及LEfSe进行Alpha、Beta多样性分析,鉴定差异性菌属。结果湿热组的Shannon指数、Evenness指数均明显低于对照组(P均<0.05)。主坐标分析显示2组样本菌群结构分布差异有统计学意义(P<0.05)。门分类水平上,湿热组拟杆菌门与厚壁菌门的相对丰度比值呈下降趋势,疣微菌门的相对丰度比值明显低于对照组(P均<0.05);属分类水平上,湿热组布劳特氏菌属、迟缓埃格特菌的相对丰度均明显高于对照组(P均<0.05);瘤胃球菌属、双歧杆菌属、Alistipes、颤螺菌属、Odoribacter、Anaerostipes、无色杆菌属的相对丰度均明显低于对照组(P均<0.05)。结论内生湿热证患者存在肠道菌群紊乱,其发病主要与拟杆菌门与厚壁菌门的相对丰度比值下调,迟缓埃格特菌属丰度上升,瘤胃球菌属、双歧杆菌属、颤螺菌属丰度下降相关。     

16S rDNA基因测序分析阳虚质人群肠道菌群特征的研究

目的:研究阳虚质和平和质肠道微生物菌落构成变化,探讨阳虚质肠道菌群特点。方法:选取阳虚质及平和质人群,每组各30例,提取两组人群新鲜粪便样本中细菌DNA,运用Illumina MiSeq高通量测序平台对样本DNA进行338F_806R区16S rDNA测序以检测肠道菌群。应用I-Sanger生信云平台分析门水平和属水平的肠道菌群结构变化。结果:PLS-DA显示阳虚质与平和质在肠道菌群组成上差异有统计学意义(P0.05)。阳虚质Alpha多样性有下降趋势。在门水平上两组优势菌门都是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门,阳虚质拟杆菌门/厚壁菌门的比值低于平和质。属水平上与平和质相比,阳虚质中粪栖杆菌、直肠真杆菌属、拟杆菌属、巨单胞菌属、罗氏菌属丰度下降。埃希氏杆菌/志贺氏杆菌属、链球菌属、消化链球属、柯林斯菌属等菌属丰度上升。阳虚质拟杆菌丰度低于平和质,差异具有统计学意义(P0.05)。结论:阳虚质多样性呈下降趋势,丰度最高的菌门为厚壁菌门,其次为变形菌门,拟杆菌属相对丰度的显著下降是阳虚质肠道菌群的特征。     

从肠道菌群多样性探讨半夏泻心汤对PCOS大鼠胰岛素抵抗的影响

目的:探讨半夏泻心汤对多囊卵巢综合征(Polycystic ovary syndrome, PCOS)胰岛素抵抗(Insulin resistance, IR)模型大鼠肠道菌群的影响。方法:采用来曲唑连续灌胃制备多囊卵巢综合征胰岛素抵抗(PCOS IR)模型,随机分成模型对照组、二甲双胍0.135 g/kg组、半夏泻心汤5.31 g/kg组以及半夏泻心汤+二甲双胍(5.31+0.135) g/kg组,另设正常对照组,连续灌胃28 d后称大鼠体质量、卵巢,计算子宫指数,观察卵巢组织病理学,检测血清性激素水平、胰岛素指数(HOMA-IR);用16s rDNA扩增子焦磷酸测序检测肠道菌群变化。结果:与正常对照组比较,模型对照组体质量、子宫指数明显升高,大鼠动情期紊乱,血清睾酮(T)含量、黄体生成素(LH)/促卵泡生成素(FSH)比值明显升高,HOMH-IR指数明显升高,血糖升高(P<0.05),大鼠肠道Chao、ACE指数明显降低,拟杆菌门/后壁菌门比值明显升高,普氏菌属丰度明显升高,苏黎世杆菌属、乳酸杆菌属、阿克曼氏菌属、双歧杆菌属丰度明显降低(P<0.05或P<0.01...     

柴归颗粒对慢性不可预知温和刺激抑郁大鼠模型肠道菌群的作用

目的利用16S rRNA高通量测序技术研究柴归颗粒对慢性不可预知温和刺激(chronic unpredicted mild stress,CUMS)抑郁大鼠模型肠道菌群的调节作用,探讨柴归颗粒的抗抑郁作用及机制。方法SD大鼠随机分为对照组、模型组和柴归颗粒(8.3 g/kg)组,给药1 h后造模,持续28 d。收集大鼠肠道内容物,提取总DNA,根据细菌16S rRNA V3~V4区设计引物进行扩增,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序。结果与对照组比较,模型组大鼠肠道菌群栖热菌门(Thermi)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)相对丰度水平显著降低(P<0.05),乳酸杆菌属Lactobacillus相对丰度水平显著升高(P<0.05),栖热菌属Thermus、不动杆菌属Acinetobacter、甲基杆菌属Methylobacterium、青枯菌Ralstonia、纤毛菌属Leptothrix、假单胞菌属Pseudomonas、棒状杆菌属Corynebacterium和苍白杆菌属Ochrobactrum相对丰度水平显著降低(P<0.05)。与模型组比较,柴归颗粒可调节CUMS大鼠肠道菌群的构成,显著回调栖热菌门、变形菌门、拟杆菌门和放线菌门相对丰度水平(P<0.05、0.01),显著降低乳酸杆菌属相对丰度水平(P<0.01),显著升高栖热菌属、不动杆菌属、甲基杆菌属、青枯菌属、纤毛菌属和苍白杆菌属相对丰度水平(P<0.01)。结论柴归颗粒可能通过调节参与精氨酸代谢途径的肠道菌群发挥抗抑郁作用。     

针灸“足三里”对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响

目的：观察针刺及艾灸“足三里”对高尿酸血症模型小鼠尿酸及肠道菌群的影响。方法：选取56只雄性昆明小鼠，随机分为空白组和造模组，采用氧嗪酸钾联合次黄嘌呤灌胃构建高尿酸血症模型，造模成功后随机分为模型组、针刺组、艾灸组，每组14只。选择“足三里”穴进行针刺或艾灸治疗，治疗2周后检测小鼠血清尿酸，16SrDNA测序分析肠道菌群变化。结果：与空白组相比，模型组SUA水平显著升高(P<0.01),肠道菌群多样性下降，厚壁菌门/拟杆菌门比值升高，Lachnoclostridium菌属丰度升高，颤杆菌克属、罗斯氏菌属丰度下降(P<0.05)。与模型组相比，针刺组、艾灸组SUA水平均显著下降(P<0.05),厚壁菌门/拟杆菌门比值下调，针刺组另枝菌属丰度升高，Lachnoclostridium丰度下降(P<0.05),艾灸组副拟杆菌属丰度升高，Lachnoclostridium、肠杆菌属丰度下降(P<0.05),其中Lachnoclostridium菌属与SUA含量呈正相关(r=0.388,P=0.037),另枝菌属与SUA含量呈负相关(r=-0.387,P=0.038)...     

基于16S rDNA测序技术研究痰湿质受试者肠道菌群的组成及丰度

目的探讨痰湿质体质人群肠道菌群的丰度及物种组成差异。方法收集痰湿质及平和质受试者各30例粪便样本,提取两组样本中细菌总DNA进行检测定量,构建Miseq文库并测序,Miseq测序得到的PE读长根据重叠区关系进行拼接,再根据不同的相似度水平,对所有序列进行分类单元(OTU)聚类分析,并分别在各个分类水平上统计各样本的群落组成。利用16S rDNA测序技术分析痰湿质及平和质肠道菌群结构的组成及丰度变化。结果在分类单元(OTU)水平上,偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示痰湿质与平和质在肠道菌群组成上具有明显差异;在门水平上,痰湿质肠道菌群中拟杆菌门/厚壁菌门的比值低于平和质;在属水平上,痰湿质相对丰度下降的菌属主要为拟杆菌属、罗氏菌属(P 0. 01)、粪栖杆菌属、巨单胞菌,痰湿质相对丰度上升的菌属主要为戴阿利斯特菌属、Lachnoclostridium、直肠真杆菌属、Dorea。结论痰湿质与平和质体质受试者的肠道菌群在丰度及物种组成方面均有差异,其中拟杆菌门/厚壁菌门的比值降低以及罗氏菌属相对丰度的下降是痰湿质肠道菌群的特征。     

从肠道菌群角度探讨金郁小柴胡汤治疗慢性胆囊炎机制

目的:从肠道菌群角度探讨金郁小柴胡汤治疗慢性胆囊炎的作用机制。方法:选取慢性胆囊炎患者30例,给予金郁小柴胡汤口服治疗,收集患者治疗前后粪便标本及症状量表信息;另选取30例健康者为健康组,收集粪便标本,将标本送检。分析慢性胆囊炎患者治疗前后症状量表、粪便标本菌群的变化。结果:治疗后慢性胆囊炎患者胆囊壁增厚缓解,各项症状评分降低。慢性胆囊炎患者肠道菌群属水平排名前10的OTU分为拟杆菌属、普氏栖粪杆菌、大肠杆菌-志贺氏菌属、普雷沃氏菌、双歧杆菌、布劳特氏菌属、小杆菌属、罗斯氏菌属、Subdoligranulum、毛螺菌属。健康组排名前10的属水平OTU分别为拟杆菌属、普氏栖粪杆菌、大肠杆菌-志贺氏菌属、巨单胞菌属、Subdoligranulum、Agathobacter、罗斯氏菌属、小杆菌属、双歧杆菌、毛螺菌属。治疗前后慢性胆囊炎患者粪便标本中Patescibacteria超门、硝化螺旋菌门的菌群数量比较,差异有统计学意义(P<0.05)。慢性胆囊炎患者治疗后菌属降低可能与硝化螺菌属、Saccharimonadales目比例降低有关。治疗前后慢性胆囊炎患者奇异菌科、伊格尔兹氏菌科的...     

中风星蒌通腑胶囊对急性缺血性中风痰热腑实证患者肠道菌群的影响及肠道菌群与痰热腑实证的相关性探讨北大核心CSCD

目的:探讨中风星蒌通腑胶囊对急性缺血性中风痰热腑实证患者肠道菌群的影响及肠菌与痰热腑实证证候间的内在联系。方法:本研究采用随机对照的试验方法,将符合纳排标准的急性缺血性中风痰热腑实证的患者67例按随机数字表法分为对照组35例和治疗组32例,对照组给予指南规范化治疗,治疗组在对照组的基础上给予中风星蒌通腑胶囊。在入院48 h和证候转变的24 h内对两组患者进行中医证候评价和粪便采集,在入院当天和14 d进行疗效观察和生活能力评定。运用16SrDNA高通量测序对采集的样本进行肠道菌群结构和多样性分析,比较两组治疗前后肠道菌群的特征。结果:治疗组临床有效率明显高于对照组(P>0.05),与治疗前比较,两组用药后NIHSS、mRS评分、临床症状中舌质、便秘、咯痰、积分、痰热腑实证证候积分明显降低,BI总体水平明显升高(P<0.05或P<0.01)。与对照组比较,治疗组临床症状中的舌质、舌苔、脉象积分,NHISS评分和痰热腑实证证候积分明显降低(P<0.05或P<0.01)。治疗组平均(5.0±1.4)d证候转变,对照组平均(7.5±3.8)d转变(P<0.05)。在门水平上,治疗组拟杆菌门、放线菌门丰度升高,厚壁菌门、变形菌门、梭杆菌门丰度明显降低(P>0.05)。在属水平上,治疗组拟杆菌属近持平,普雷沃氏菌属、粪栖杆菌属、乳酸杆菌等益生菌丰度提高,另枝菌属、副拟杆菌属、埃希氏-志贺氏菌属等条件致病菌丰度明显降低(P>0.05)。肠菌与痰热腑实证证候的相关性分析得出粪栖杆菌属丰度与咳痰、普雷沃菌属与便干便秘呈负相关,厚壁菌门与舌质,变形菌门和咳痰,梭杆菌门与咳痰、舌质之间均成正相关(P<0.05)。结论:中风星蒌通腑胶囊治疗急性缺血性中风痰热腑实证患者临床疗效显著,该药可能通过调节肠道菌群结构,增加益生菌,减少有害菌和条件致病菌来改善中医证候,减轻神经功能缺损,从而提高卒中患者日常生活能力。     

电针干预去势骨质疏松大鼠“骨微生态”的作用机制研究

目的:利用16S rRNA测序技术研究电针对去势骨质疏松大鼠肠道菌群的影响,探讨电针改善去势大鼠骨质疏松的作用机制。方法:SD大鼠随机分为假手术组(Con)、模型组(Mod)、电针A组(MA)和电针B组(MB)。切除双侧卵巢建立去势大鼠骨质疏松模型。MA、MB大鼠接受电针治疗,1次/d,连续治疗6 d后休息1 d。MA治疗4周,MB治疗8周。治疗结束后,进行胫骨三点抗弯实验、椎骨压缩实验和粪便16S rRNA测序。结果:与Con比较,Mod大鼠胫骨和椎骨的最大载荷、弹性模量均下降,差异具有统计学意义(P<0.01);与模型组比较,MA和MB大鼠胫骨和椎骨的最大载荷、弹性模量均升高,差异具有统计学意义(P<0.05或P<0.01);且MB的椎骨最大载荷、椎骨弹性模量、胫骨最大载荷和胫骨弹性模量均优于MA,差异均具有统计学意义(P<0.05或P<0.01)。厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门为各组排名前3的菌门。与Con比较,Mod厚壁菌门、放线菌门丰度增加,拟杆菌门减少,电针干预后出现不同程度的回调。综合LEfSe和DESeq2结果分析各组具有显著统计学差异的优势菌属,Con为考拉杆菌属、耐盐咸海鲜球菌属,MA为螺杆菌属、颤螺菌属,MB为假单胞菌属、Dysgonomonas属与紫色杆菌属。Beta多样性分析示微生物组间丰度有差异。结论:电针可能通过调节肠道菌群丰度和组成结构来发挥抗骨质疏松作用。     

基于16S rRNA测序分析肾虚证先兆流产的阴道菌群特征

目的：探讨肾虚证早期先兆流产的阴道菌群结构特征。方法：选取2018年5月至2020年12月就诊于广州中医药大学第一附属医院的肾虚证早期先兆流产患者（DK-TA组）31例、正常早孕女性（NP组）116例，收集两组人群的阴道分泌物，采用16S rRNA测序技术，对两组阴道菌群群落组成及差异菌进行分析。结果：与NP组比较，Alpha多样性显示DK-TA组阴道菌群丰富度及多样性显著增高。通过Binary jaccard及unweighted＿unifrac两种距离矩阵分析可知两组阴道菌群的相似性、分散性、丰度及进化关系存在明显差异。在门水平上，与NP组比较，DK-TA组的拟杆菌门、梭杆菌门相对丰度降低，而变形菌门及芽单胞菌门相对丰度明显增高；在属水平上，与NP组比较，DK-TA组纤毛菌属、双歧杆菌属相对丰度降低，而志贺氏菌属、卫星沙特尔沃思氏菌属明显升高。线性判别分析（LEfSe）拟杆菌门、梭杆菌门、双歧杆菌属为NP组阴道优势菌种。变形菌门、厚壁菌门是DK-TA组的阴道优势菌种。功能预测发现DK-TA组与环腺苷3’,5’-单磷酸信号通路、炎症介质对色氨酸通道的调节等38个功能路径密切相关，且两...     

结肠癌患者舌苔类型与肠道菌群相关性研究

目的：本研究旨在探讨结肠癌患者常见舌苔类型与肠道菌群的相关性。方法：选取2019年3月至2019年9月哈尔滨医科大学附属第一医院收治的4种常见舌苔类型的结肠癌患者78例作为研究对象,采用高通量16S rDNA测序方法分析各组患者菌群的生物多样性及物种组成。结果：患者中薄白苔18例、薄黄苔12例、白腻苔22例、黄腻苔26例。4种舌苔类型结肠癌患者肠道菌群多样性差异有统计学意义（均P<0.05）。在门分类水平上,各组丰度最高的5个菌门为厚壁菌门（Fimicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）、疣微菌门（Verrucomicrobia）。属分类水平上,各组排前10名的菌属丰度主要集中在肠球菌属（Enterococcus）、大肠埃希菌/志贺菌属（Escherichia/Shigella）、链球菌属（Streptococcus）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）、阿克曼氏菌属（Akkermansia）、毛螺菌属（Lachnospiracea-incertae-sedis）、布劳特氏菌属（Blautia）、拟杆菌属（Bacteroides）、丹毒丝菌科未命名属（Erysipelotrichaceae-incertae-sedis）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）。结论:结肠癌患者不同舌苔类型的肠道菌群在生物多样性与物种组成方面均具有显著的差异性,为进一步研究以舌象变化为主要辨证依据的结肠癌诊疗提供实验依据。     

内镜联合康复新液治疗对肝硬化食管胃底静脉曲张患者口腔和肠道菌群的影响

目的 探讨内镜联合康复新液治疗对肝硬化食管胃底静脉曲张患者口腔和肠道菌群的影响。方法 收集2021年6月—2022年9月在河北工程大学附属医院和邯郸市传染病医院治疗的17例肝硬化食管胃底静脉曲张患者内镜联合康复新液治疗前、治疗3 d后、治疗7 d后的唾液和粪便样本,提取样本的细菌DNA进行16S rDNA文库制备,结果进行OTU聚类、物种分析、差异性分析和多样性分析。结果 3个时间点口腔和肠道菌群具有137个相同的OTU,且每类标本都具有不同的OTU,治疗前后菌群的Alpha多样性指数具有上升的趋势,3个时间点粪便样本被聚类为三类肠型,每个时间点聚集的肠型可能与不同时期肠道的功能有关。口腔和肠道菌群门水平主要包括拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门,属水平口腔优势菌属为普氏菌属、韦荣球菌属等,肠道菌群丰度依次是拟杆菌属、粪杆菌属、埃希杆菌属等。口腔菌群中颗粒链菌属、巨球形菌属在内镜联合康复新治疗后丰度处于下降趋势,肠道菌群中的普氏菌属在内镜联合康复新液治疗前后丰度具有差异且治疗后巨球形菌属下降而布劳特菌属上升。结论 肝硬化食管胃底静脉曲张患者经内镜联合康复新液治疗后口腔和肠道菌群中的致病菌丰度...     

七味通痹口服液对类风湿性关节炎模型大鼠肠道菌群的调节作用

目的 探讨七味通痹口服液通过调节肠道菌群对类风湿性关节炎大鼠的影响。方法 将50只大鼠随机分为空白组、模型组和七味通痹口服液低、中、高剂量组(2.7、5.4、10.8 mL/kg),采用牛Ⅱ型胶原和弗氏佐剂诱导大鼠类风湿性关节炎模型,给药21 d后,评估各组大鼠关节炎评分、足肿胀度、关节腔滑膜组织TNF-α、IL-17F、IL-6及IL-1β水平,同时通过16S rRNA高通量检测对大鼠肠道菌群进行测序分析。结果 七味通痹口服液各剂量均能有效地降低模型大鼠足肿胀(P<0.05),抑制炎症反应(P<0.05,P<0.01)。与模型组比较,七味通痹口服液组大鼠肠道菌群的结构和组成更接近正常大鼠;粪便中厚壁菌门丰度下降,拟杆菌门、变形菌门丰度升高;拟杆菌属及异拟杆菌属丰度升高,毛螺菌属、普雷沃氏菌属及梭状芽孢杆菌丰度水平降低。结论 七味通痹口服液能通过调节肠道菌群的丰度及组成,对类风湿性关节炎大鼠发挥改善作用。     

溃疡性结肠炎薄白苔和黄腻苔患者的肠道菌群特征分析

  目的：通过分析溃疡性结肠炎(UC)薄白苔、黄腻苔患者的肠道菌群特征,探讨UC患者舌苔与肠道菌群之间的关系。  方法：选取UC薄白苔患者、UC黄腻苔患者、健康对照者各35例,分别设为UC薄白苔组、UC黄腻苔组、健康对照组。收集粪便标本,采用16S rDNA基因测序分析技术和生物信息学方法分析比较各组肠道菌群的多样性和丰度。  结果：①与健康对照组比较,UC薄白苔、黄腻苔组患者肠道菌群物种的丰富度和多样性降低(P＜0.001),肠道菌群物种数量减少；与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群丰富度差异无统计学意义(P＞0.05),但肠道菌群物种数量减少。②门水平差异分析:与健康对照组比较,UC薄白苔、黄腻苔组患者肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)减少(P＜0.05)；与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群中蓝细菌门(Cyanobacteria)增多(P＜0.05)。③属水平差异分析:与健康对照组比较,UC薄白苔组患者肠道菌群中埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、链球菌属(Streptococcus)等增多(P＜0.05),罕见小球菌属(Subdoligranulum)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、罗氏菌属(Roseburia)等减少(P＜0.05)；UC黄腻苔组患者肠道菌群中埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、乳杆菌属(Lactobacillus)等增多(P＜0.05),多尔氏菌属(Dorea)、罕见小球菌属(Subdoligranulum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、罗氏菌属(Roseburia)等减少(P＜0.05)。与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群链球菌(Streptococcus)增多(P＜0.05),巨球型菌属(Megasphaera)、拟普氏菌属(Alloprevotella)、普氏菌属(Prevotella)、奈瑟氏菌属(Neisseria)等减少(P＜0.05)。④LDA判定(纲、目、科水平):UC薄白苔组患者肠道菌群中普氏菌科(f_Prevotellaceae)、奈瑟氏球菌目(o_Neisseriales)、奈瑟氏球菌科(f_Neisseriaceae)丰度显著多于UC黄腻苔组(LDA＞2.0),UC黄腻苔组患者肠道菌群中杆菌纲(c_Bacilli)、乳杆菌目(o_Lactobacillales)、链球菌科(f_Streptococcaceae)、消化链球菌科(f_Peptostreptococcaceae)丰度显著高于UC薄白苔组(LDA＞2.0)。  结论：UC薄白苔、黄腻苔患者肠道菌群丰富度和多样性均较健康者明显下降；UC薄白苔患者和UC黄腻苔患者在肠道菌群组成和细菌丰度上均存在差异,黄腻苔患者肠道致病性细菌增多而具有潜在保护作用的细菌减少；肠道菌群检测可以为舌诊现代化提供一定的信息。     

基于高通量测序技术的2型糖尿病湿热困脾证、气阴两虚证患者肠道菌群特征及功能差异

目的:探讨2型糖尿病(T2DM)湿热困脾证、气阴两虚证患者肠道菌群的结构特征和功能差异。方法:选择2018年6月至2020年1月就诊于南京中医药大学附属南京中医院的T2DM湿热困脾证患者62例,气阴两虚证患者60例,收集其血清及粪便样本,比较两证型患者体质量指数(BMI),糖脂代谢,空腹胰岛素(FINS),空腹C肽(FCP),胰岛素抵抗指数(HOMA-IR),粪便样本提取DNA建库,采用高通量16S rDNA测序技术,对2组肠道菌群及菌群代谢通路分析比较。结果:①与气阴两虚证患者比较,湿热困脾证患者的BMI,空腹血糖(FPG),餐后2 h血糖(2 h PBG),总胆固醇(TC),甘油三酯(TG),低密底脂蛋白(LDL),FINS,FCP,HOMA-IR均明显升高,HDL明显降低(P<0.05,P<0.01)。②两组菌群物种组成及差异,在纲水平上,以拟杆菌纲,梭状芽胞杆菌纲,γ蛋白杆菌纲等为主,气阴两虚证的梭状芽胞杆菌、柔膜菌纲、疣微菌纲的相对丰度明显高于湿热困脾证(P<0.05);目水平下以拟杆菌目、梭菌目、肠杆菌目等为主,气阴两虚证的梭菌目、丹毒丝菌目、疣微菌目的相对丰度明显高于湿热困脾证,而气单胞菌目则在湿热困脾证高于气阴两虚证(P<0.05);科水平下以拟杆菌科、普氏菌科、瘤胃球菌科等为主,其中气阴两虚证的瘤胃球菌科、紫单胞菌科、丹毒丝菌科等的相对丰度明显高于湿热困脾证(P<0.05);属水平下以拟杆菌属、普氏菌属、副拟杆菌属等为主,其中气阴两虚证的副拟杆菌属、丁酸弧菌属、瘤胃梭菌属等的相对丰度显著高于湿热困脾证,而在湿热困脾组的克雷伯菌属、巨球型菌属则高于气阴两虚证(P<0.05)。③基于运算分类单位(OTU)的Venn分析发现湿热困脾证和气阴两虚证患者独有的OUT分别49,47个。④基于OTU的β多样性和α分析,结果Shannon,Simpson指数差异均具有统计学意义,Ace,Chao指数差异无统计学意义,气阴两虚证患者的肠道微生物多样性高于湿热困脾证患者(P<0.05);Anosim分析提示两组β多样性差异具有统计学意义(P<0.05)。⑤线性判别效应(LEfSe)分析发现湿热困脾证可选择克雷伯菌、巨球型菌属、气单胞菌目3种菌群作为关键的生物标志物,气阴两虚证可选择瘤胃梭菌属、伯克氏菌科、劳氏菌属、丁酸弧菌属、丹毒丝菌目等14种菌群作为关键的生物标志物。⑥功能注释及分析可见湿热困脾证涉及精氨酸和脯氨酸代谢、脂多糖生物合成、烟酸和烟酰胺代谢等9个代谢通路,气阴两虚证涉及阿卡波糖和缬草霉素生物合成,胰高血糖素信号通路,NOD样受体信号通路等10个代谢通路。结论:T2DM湿热困脾证和气阴两虚证患者存在肠道菌群明显的差异和功能差异,可作为T2DM中医辨证客观化的参考和中医药治疗的靶点。     

基于高通量测序技术的胰腺癌湿热证患者肠道菌群结构差异与功能变异研究

目的研究基于高通量测序技术的胰腺癌湿热证患者肠道菌群结构与功能的变化情况,探讨肠道菌群与胰腺癌发病的关联,以期为临床诊治提供新思路。方法将2018年1月至2018年12月期间复旦大学附属肿瘤医院和上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院收治的31例胰腺癌湿热证患者作为观察组,另选择同期接受健康体检的8例正常人员作为对照组。采集两组人员的粪便样本,提取DNA,建库,经Illumina HiSeq PE150平台实施高通量测序,获得样本的生物学信息,对组间样本进行物种注释分析比较及功能注释分析比较。结果①经去冗余后,得到328 787条线粒体开放阅读框(ORFs);两组共有基因为137 849个,观察组独有基因为114 439个,对照组独有基因为60 473个。②在门水平及属水平上,两组间的物种丰度均存在明显差异。在门水平上,观察组菌群丰度中变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、互养菌门(Synergistetes)、纤维杆菌门(Fibrobacteres)的丰度高于对照组,而拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、念珠菌门(Candidatus)、衣原体门(Chlamydiae)的丰度低于对照组。在属水平上,观察组菌群丰度中艾克曼菌(Akkermansia)、柯林斯氏菌(Collinsella)、链球菌(Streptococcus)、沃氏嗜胆菌(Bilophila)的丰度高于对照组,而双歧杆菌(Bifidobacterium)、普氏菌(Prevotella)、拟杆菌(Bacteroides)、粪杆菌(Faecalibacterium)、梭状杆菌(Clostridium)、罗斯氏菌(Roseburia)的丰度低于对照组。③基于距离矩阵的主坐标分析(PCoA)显示,两组样本的菌群组成结构差异明显。④KEGG数据库功能注释及分析结果显示,观察组在新陈代谢、环境信息处理、细胞加工相关通路上的基因表达水平高于对照组;观察组与对照组的功能丰度分布可以明显区分开。结论相较于正常人,胰腺癌湿热证患者体内存在肠道菌群结构失调及功能变异,故监测肠道菌群变化可为临床防治胰腺癌提供有价值的信息。     

高通量测序技术研究蚕沙对湿阻中焦证大鼠肠道菌群的影响

研究蚕沙对湿阻中焦证大鼠肠道菌群的影响,并从蚕沙含有的微生物角度探讨其调节肠道菌群的作用机制。采用酶联免疫吸附试验(ELISA)法测定血清中ADH,CRP及空肠中AQP3的含量;利用Illumina Miseq平台对大鼠粪便及蚕沙药材进行高通量测序。结果显示,与正常组比较,模型组大鼠ADH,CRP含量明显升高(P0.05),AQP3含量明显降低(P0.05),给予蚕沙后ADH,CRP,AQP3均回调。大鼠粪便测序结果显示,模型组大鼠肠道菌群ACE,Chao1,Shannon指数最低;同时,与正常组比较,模型组从门到属水平均发生显著变化,且模型组变形菌门、不动杆菌属、厌氧杆菌属、绿脓杆菌属、副杆状菌属明显增加(P0.05),而Marvinbryantia菌属明显减少(P0.05);与模型组比较,蚕沙低、高剂量组变形菌门明显降低(P0.05),蚕沙低、中、高剂量组不动杆菌属、厌氧杆菌属、绿脓杆菌属、副杆状菌属明显降低(P0.05),且蚕沙高剂量组毛绒厌氧杆菌属、Intestinimonas、Marvinbryantia明显增加(P0.05);蚕沙药材测序显示,勒克菌属、泛菌属、短状杆菌属、西姆惠菌属、哈特曼杆属、克雷伯菌属、沙雷菌属、橙单胞菌属、类芽孢杆菌属、芽孢杆菌属在蚕沙药材中相对丰度高,而在大鼠粪便中基本不存在或存在较少。因此,蚕沙可能通过平衡肠道菌群发挥治疗湿阻中焦的作用,而这种作用可能与蚕沙药材中微生物的代谢产物有关。