半套式PCR和DNA探针技术检测Q热立克次体

目的 建立半套式PCR和DNA探针技术由于检测Q热立克次体。方法 依据已知的Q热立克次体的16S和23S rRNA基因及其间区的序列。设计3条引物,建立了扩增16S－23S mRNA基因间区的半套式PCR方法,并将扩增片段制成探针,建立了斑点杂交技术。结果 10株Q热立克次体分离株均可扩增出572bp的PCR条带,而对照菌都为阴性,此半套式PCR方法的灵敏度高达1pg;用九里株扩增片段标记后制成的探针,与10个Q热立克次体分离株的全DNA呈阳性杂交,对照菌为阴性,此杂交方法的灵敏度为0．5ng。结论 基于Q热立克次体16S－23S rRNA基因间区的半套式PCR和DNA探针技术具有较好的特异性和灵敏度,可联合应用于Q热的病原学诊断。     

Identification of Streptococcus species and Haemophilus influenzae by direct sequencing of PCR products from 16S-23SrDNA intergenic spacer regions

目的：利用16S-23SrRNA间区的特征建立一种简单、快速的细菌分类方法。方法：以化脓性链球菌16SrRNA的3'端和23SrRNA的5'端的保守区中合成3对引物,PCR扩增16S-23SrDNAISRs,纯化后直接测序,在GenBank上查找对应细菌的ISRs序列。用DNAMAN软件进行系统进货分析。结果：链球菌属为单拷贝16S-23SrRNAISRs片段,编码1个tRNA^Ala基因。流感嗜血杆菌各生物型出现2个大小相似的ISRs片段。与GenBank上的资料比较,7株链球菌归属5个种,流感嗜血杆菌均为b型。结论：ISRs作为细菌分类新的目标基因具有属、种、型和株特异性与灵敏性。     

10株青海湖盐单胞属菌株种间分子多样性分析

目的 对青海湖盐单胞属菌株进行种间分子多样性分析.方法 利用PCR扩增青海湖10株盐单胞菌16S rDNA序列和16S - 23S间隔序列,通过测序、Blast对比以及RFLP方法分析10株青海湖盐单胞菌的序列差异;并结合SDS-PAGE技术方法研究其全菌体蛋白的种间差异.结果 通过测定16S rDNA序列同源性、分析16S-23S rDNA ISR多态性和比较全菌体蛋白SDS -PAGE谱带,确定了10株青海湖盐单胞菌在种间具有相对的一致性.结论 初步验证了分子表型特性的多相研究对种单元初分类具有重要意义.     

检测水产品食物中副溶血弧菌基因分型方法的建立

目的建立副溶血弧菌的基因分型技术,应用于广州市水产品食物中毒居前列的致病菌——副溶血弧菌的检测,寻找一种简便快速准确的检验方法。方法分析副溶血性弧菌分离株的16S-23S rDNA IGS的相关信息(电泳图谱、序列分析等),找出合适的16S-23S rDNA IGS作为基因分型依据,建立副溶血性弧菌的基因分型技术。结果通过克隆和测序,分析了副溶血性弧菌的16S-23S rDNA IGS片段,初步确定了以16S-23S rDNA IGS为分子标记的副溶血性弧菌基因分型技术。结论本检测方法不但快速、灵敏,还对深入了解副溶血性弧菌的发病机制,研究其分子流行病学特征具有重要的意义。     

常见食源性感染致病菌属、种用PCR-RFLP及PCR-SSCP技术鉴定探讨

[目的]探讨运用聚合酶链反应．限制性片段长度多态性分析(IZCR-RFLP)和聚合酶链反应一单链构象多态性分析(PCR-SSCP)进行食源性感染常见致病菌属种鉴定的可行性。[方法]选择细菌23S rDNA基因作为鉴别细菌属的靶基因，通过设计合适的通用引物进行PCR扩增，并对13属食源性感染常见致病菌和5种不同血清型大肠杆菌扩增产物的酶切片段进行RFLP分析和SSCF，分析。[结果]运用通用引物可以扩增出13属食源性感染常见致病菌的23S rDNA基因Hpa Ⅱ酶切产物的RFLP分析表明，不同种属的致病菌表现出不同的RFLP图谱，利于进行细菌属的鉴定。不同种属食源性感染常见致病菌SSCF，图谱变异性更大，不利于进行种属间鉴别。对5种不同血清型大肠杆菌的23S rDNA基因扩增产物的RFLP和SSCP分析表明，不同血清型大肠杆菌表现出相似的RFLP图谱，SSCP图谱的变异性较大，这有利于进行血清型间鉴别甚至株间的鉴别。[结论]PCR-RFLP和PCR-SSCP具有应用于食源性感染常见致病菌种、属鉴别诊断的潜力。     

聚合酶链反应-反向线点杂交技术鉴定分枝杆菌的多中心评价

目的 评价以16S-23S rDNA间隔序列作为靶基因的聚合酶链反应-反向线点杂交(PCR-RLB)技术用于鉴定分枝杆菌.方法 在5个中心同时进行试验.采用PCR-RLB技术检测60株属于50个种的分枝杆菌标准株;10株非分枝杆菌标准株.以胶体金法结合测序法或是气相色谱(gas chromatography,GC)法作为对比,检测鉴定383株分枝杆菌临床分离株.结果 所有的分枝杆菌标准株和临床分离株PCR扩增产物均可与分枝杆菌属探针杂交, 而种特异性探针仅与相应的种杂交,非分枝杆菌PCR扩增产物均不与分枝杆菌属及种探针杂交.与胶体金法或是GC法结合测序法相比,PCR-RLB法准确率100%,成功地将380株分枝杆菌鉴定到种(另外3株仅鉴定到分枝杆菌层未鉴定到种),包括11株其他方法不能准确鉴定的混合感染.结论 以16S-23S rDNA间隔序列作为靶基因的PCR-RLB技术,鉴定分枝杆菌敏感性和特异性高,快速、实用,具有很好的临床应用前景.     

探析细菌快速裂解方法

16S-23S rRNA基因是位于16SrRNA基因与23S rRNA基因之间的区间序列，具有较好的保守性和相对性，被认为是细菌鉴定的合适部位。我们认为能否快速有效地开展扩增该区间，聚合酶链反应（PCR）扩增前的标本处理是关键。故比较了3种裂解细菌的方法。     

HBsAg阳性孕妇血清中乙肝病毒前S/S基因的相似株现象

目的：探讨HBsAg阳性孕妇体内HBV病毒前S/S基因变异的状况。方法：应用全长PCR技术从4例表面抗原阳性孕妇血清中扩增出HBV全长基因,将其克隆于pUC19载体,每例随机筛选5个阳性克隆,对其前S/S区进行序列分析。结果：4例患各克隆间均存在碱基的差异,此类患体内HBV株同源性较差。结论：HBsAg阳性孕妇体内HBV株呈“相似株”分布。     

常见食源性感染致病菌属、种用PCR-RFLP及PCR-SSCP技术鉴定探讨

[目的]探讨运用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)进行食源性感染常见致病菌属种鉴定的可行性.[方法]选择细菌23S rDNA基因作为鉴别细菌属的靶基因,通过设计合适的通用引物进行PCR扩增,并对13属食源性感染常见致病菌和5种不同血清型大肠杆菌扩增产物的酶切片段进行RFLP分析和SSCP分析.[结果]运用通用引物可以扩增出13属食源性感染常见致病菌的23S rDNA基因HpaⅡ酶切产物的RFLP分析表明,不同种属的致病菌表现出不同的RFLP图谱,利于进行细菌属的鉴定.不同种属食源性感染常见致病菌SSCP图谱变异性更大,不利于进行种属间鉴别.对5种不同血清型大肠杆菌的23S rDNA基因扩增产物的RFLP和SSCP分析表明,不同血清型大肠杆菌表现出相似的RFLP图谱,SSCP图谱的变异性较大,这有利于进行血清型间鉴别甚至株间的鉴别.[结论]PCR-RFLP和PCR-SSCP具有应用于食源性感染常见致病菌种、属鉴别诊断的潜力.     

16S—23S rDNA间隔区序列寡核苷酸探针对龟分枝杆菌暴发感染的鉴定

目的：该研究旨在采用分子生物学技术,从基因水平上对深圳市某医院及河北辛集地区发生术后及注射后龟分枝杆菌暴发感染的临床分离株进行鉴定,并建立一套快速的鉴定龟分枝杆菌脓肿亚种的探针杂交方法。方法：根据龟分枝杆菌脓肿亚种标准株16S－rDNA间隔区序列测序结果,设计一对寡核苷酸探针,对其敏感性,特异性及其对临床标本和临床分离株的检测进行了研究,结果：探针检测PCR扩增产物敏感性为1ng,只与龟分枝杆菌脓肿亚种杂交,与56株龟分枝杆菌脓肿亚种临床分离株全部杂交,检测57株临床标本阳性率为66．6％,结论：探针检测从基因水平上再次确认引起这两次暴发感染的致病菌为龟分枝杆菌脓肿亚种,结果快速可靠,可为临床诊断提供依据。     

贝氏柯克斯体sucB基因的序列分析

目的 通过sucB基因序列比较，了解贝氏柯克斯体分离株的一些遗传特征。方法 对16株贝氏柯克斯体分离株的sucB基因进行扩增、测序和分析。结果 sucB基因1137bp序列中，仅发现3个位置的碱基突变，引起3个氨基酸的改变，从3个碱基突变可大致将这些分离株分为两大群，结论 sucB基因在贝氏柯克期体是一个很保守的酶基因，群的划分似与分离株的质粒型有很大的相关性，而与疾病形式和分离株的地理分布相关性较少。     

贝氏柯克斯体毒力相关基因芯片对其他胞内寄生菌基因组DNA检测结果分析

目的用建立的贝氏柯克斯体毒力相关基因芯片研究贝氏柯克斯体与其致病性相似的专性胞内寄生菌(立克次体、埃立克体、新立克次体),以及与其密切相关的兼性胞内寄生菌(巴通体和肺炎军团菌)等病原菌的毒力基因的差异。方法贝氏柯克斯体国际标准株-九里株作为本研究参考株,从全基因序列中选取166个毒力及毒力相关基因进行PCR扩增,纯化后的产物制备基因芯片。采用双色荧光标记,待测DNA(即用于分析的各菌株基因组DNA)用Cy5标记,贝氏柯克斯体九里株参照基因组DNA用Cy3标记。芯片杂交后,采用软件GenePixPro4.1,辅助以软件Excel,进行图片处理和数据分析。结果芯片的166个基因片段中有165个存在于所有贝氏柯克斯体属的6个分离株中,另一锚定蛋白(AnkI)基因(CBU1213)仅存在于九里株及Grita株;立克次体属的5株菌株均与CBU1631和CBU1125杂交;埃立克体属的3种菌株与新立克次体属的3种菌株均含有基因CBU1125;东方属的1株菌株具有基因CBU1449,而巴通体属的菌株,军团菌和大肠杆菌与基因芯片均无杂交。结论贝氏柯克斯体种内基因组具有高度保守性,它的专性细胞内寄生菌的毒力相关基因与胞外寄生菌的毒力相关基因有非常显著差异。     

贝氏柯克斯体中国分离株com1基因的序列分析

目的 通过com1基因序列比较，了解贝氏柯克斯体中国分离株的一些遗传特征。方法 对贝氏柯克斯体中国分离株的com1基因进行扩增、测序和分析，将我们的结果与国外研究结果进行比较，结果 在7个中国分离株中，可检测到3种不同的com1基因序列。除质粒型相同的分离株表现出类似的com1基因序列外，质粒型为QpRS的中国分离株可被单独划分成一个新的基因组。结论 本研究结果显示，根据com1基因序列进行的贝氏柯克期体株基因分组与分离株所含质粒型有很大的相关性，而与以前报道的疾病形式和分离株的地理分布无关。     

应用聚合酶链反应-膜芯片技术快速鉴定分支杆菌菌种

目的建立一种简便、快速、灵敏、特异的分支杆菌菌种鉴定方法。方法通过 1 6SrDNA聚合酶链反应 单链构象多态性 (polymerasechainreaction singlestrandedconformationpolymorphism ,PCR SSCP)分析鉴定 1 4 0株分支杆菌临床分离株 ;设计与合成用于鉴定分支杆菌菌种的 1 6SrDNA寡核苷酸探针 ,制作膜芯片 ,与待测菌株生物素标记的 1 6SrDNA基因PCR产物进行反向斑点杂交。结果 1 4 0株分支杆菌临床分离株中 ,经 1 6SrDNAPCR SSCP初步鉴定 ,1 33株为结核分支杆菌复合群 ,7株为非结核分支杆菌。经膜芯片杂交分析 ,1 33株结核分支杆菌分离株鉴定为结核分支杆菌复合群 ;7株非结核分支杆菌中 ,1株鉴定为戈登分支杆菌 ,1株为土分支杆菌 ,1株为偶发分支杆菌 ,1株为胞内分支杆菌 ,另 3株与分析探针杂交阴性。分析 2 8种分支杆菌标准菌株和 9种非分支杆菌菌株 ,结果显示寡核苷酸探针是特异的。结论 1 6SrDNAPCR 膜芯片技术灵敏度高、特异性强、简便、快速 ,可用于鉴定分支杆菌菌种     

结核分枝杆菌异烟肼耐药基因突变的研究

目的 :了解我国结核分枝杆菌耐异烟肼 (INH)分离株katG基因突变情况 ,探讨快速检测结核分枝杆菌耐药基因型的分子药敏检测方法。方法 :用PCR单链构象多态性 (PCR SSCP)和PCR直接测序法 (PCR DS)检测 30株结核分枝杆菌临床分离株的katG基因。结果 :以结核分枝杆菌H3 7RV 标准株对照观察所有INH敏感株的PCR SSCP和PCR DS图谱 ,均未发现异常 ;而在 12株INH耐药株中 ,有 4株无PCR SSCP和PCR DS图谱异常 ,占INH耐药株的33 4% ;有 5株在 94位发生核苷酸错义突变 ,占INH耐药株 41 7% ,有 3株在 96位发生核苷酸同义突变 ,占INH耐药株的 2 5 %。结论 :多数结核分枝杆菌耐INH是由于其katG基因突变所致 ,可先用PCR SSCP筛选突变株 ,再用PCR DS方法测定其突变位点 ,达到快速检测结核分枝杆菌INH耐药基因型的目的     

耐多药结核分支杆菌突变基因检测

目的：研究耐多药结核分支杆菌耐药分子机制,建立快速检测耐药基因型的分子药敏试验方法,方法：通过16S rRNA聚合酶链反应单链的构象多态性（polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)方法对30株耐多药分离株和20株药物敏感株进行初步分子菌种鉴定。通过PCR－SSCP分析30株耐多药结核病临床分离株的rpoB,katG,rpsL基因。结果：经16S rRNA PCR-SSCP菌种鉴定,所分析菌株均为结核分支杆菌;30株耐多药分离株经SSCP分析,56．7％存在rpoB基因突变,43．3％有katG基因突变,91．3％有rpsL基因突变,结论：rpoB,rpsL,katG基因突变分别是结核分支杆菌耐利福平,链霉素,异烟肼的分子机制,耐多药结核病是药物靶基因突变所致。通过PCR－SSCP可简便,快速地检测大部分耐多药结核病的耐药基因。     

结核分枝杆菌耐异烟肼基因突变的快速检测

目的：探讨编码过氧化氢-过氧化物酶的katG基因突变与结核分枝杆菌异烟肼(INH)耐药性的相关关系。方法：根据结核分枝杆菌genebank中katG序列，自行设计特异性寡聚核苷酸引物，采用聚合酶链反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism，PCR-SSCP)分析和直接测序法(direct sequencing，DS)分析结核分枝杆菌中katG基因突变情况．以H37，Rv标准株为对照。结果：所有23株敏感菌均未有SSCP结果异常；35株耐药菌中，有2株(5．7％)katG基因扩增阴性，且发生在高度耐药菌中．进一步分析发现，SSCP法突变检出23株(65．7％)，测序法突变检出24株(68．6％)，符合率为95．8％(23／24)．结论：参照测序法对耐药菌突变序列的分析结果，PCR-SSCP敏感、特异，可快速检测结核分枝杆菌katG耐药基因突变，有利于耐药结核分枝杆菌耐药性的快速检测。     

Characterizations of Chinese isolates of Coxiella burnetii in the com1 gene sequence

Objective: To know some genetical characterizations of Coxiella burnetii Chinese isolates by comparing the coml gene sequence. Methods: com1 gene sequences of Chinese isolates were amplified, se-quenced, and analyzed by comparing our result and the previous published data. Results: Three different com1 sequences were identified in 7 Chinese isolates. Sequence comparison indicated that the isolates harboring the QpRS plasmid could be defined as a new group and, in addition, the isolates carrying the same plas-mid type showed similar com1 gene sequence. Conclusion: Study suggests that the classification of the group based on the coml gene sequence is highly associated with the plasmid type of the isolates and, however, little related to disease forms and geographical origins of the isolates.