临床难鉴定细菌和真菌核糖体基因扩增及序列分析

目的建立核糖体测序方法鉴定临床难鉴定的细菌和真菌。方法分别利用通用引物扩增细菌16S rRNA基因和真菌核糖体转录间隔区2（ITS2）,对PCR产物进行测序,在GenBank中对测序结果进行Blastn等分析。结果21株临床常见细菌和8株真菌测序结果与表型鉴定符合,检测出6株临床难鉴定细菌和真菌。结论核糖体测序可以作为临床难鉴定细菌和真菌的分子生物学诊断方法。     

16S rRNA基因序列分析鉴定非典型细菌的实验研究

目的建立以16S rRNA基因序列分析为基础的细菌鉴定方法,并初步将其应用于临床常规细菌的鉴定。方法选择临床微生物实验室不能准确鉴定的细菌,以16S rRNA为靶序列,在两端保守区设计引物,PCR反应扩增目的片段,测序后与数据库中已知细菌的16S rRNA序列进行序列比对。结果 13株菌中,有11株与数据库中的已知16S rRNA序列相似性达99.0%以上,成功鉴定到种的水平。结论 16S rRNA基因序列分析的方法可快速、准确地鉴定不典型菌株,可作为细菌常规鉴定的补充方法。     

基于16S rRNA序列鉴定临床不常见细菌

目的以16S rRNA基因为靶序列,建立核糖体测序方法鉴定临床不常见细菌。方法利用通用引物聚合酶链反应(PCR)扩增细菌16S rRNA基因,对PCR产物进行测序,在GenBank中对测序结果进行Blastn分析。结果10株临床常见细菌测序结果与表型鉴定符合,检测出4株临床不常见细菌。结论 16S rRNA基因测序可以作为鉴定临床不常见细菌的重要方法之一。     

细菌直接PCR和双引物策略鉴定16S rRNA基因技术的建立

目的探索一种基于16S rRNA基因的快速鉴定细菌方法,为临床诊断治疗及耐药菌的分子遗传分析提供科学依据。方法对卫生部室间质评菌株和临床病人标本分离培养纯菌落,用双蒸水稀释菌落,然后直接以菌液为模板优化反应体系PCR扩增16S rRNA基因片段,再测序扩增片段。将测序结果在细菌Ribosomal数据库中进行同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果本实验鉴定的卫生部质评菌株结果与卫生部报告结果一致。本实验能够一次性鉴定出临床病人标本分离的菌株。结论本研究优化了一种免纯化细菌核酸直接PCR鉴定细菌16S rRNA基因的方法。本研究建立的基于病原细菌16S rRNA基因鉴定方法可用于细菌的快速诊断。     

不同16S rDNA通用引物对DGGE进行牙周微生物群落分析的影响

目的 初步评价不同的16S rDNA片段对变性梯度凝胶电泳(DGGE)进行牙周微生物群落分析结果的影响.方法 选取3种牙周主要可疑致病菌的标准菌株,通过构建质粒DNA分别获得16S rDNA V3区、V3～V5区和V6～V8区片段,测序鉴定并进行BLAST验证;将测序正确的质粒DNA经DGGE分离和硝酸银染色后获得条带图谱.结果 由3对通用引物扩增得到的DGGE图谱并不相同.V3区引物获得的并非单一条带,且不同菌株间没有识别度;V3～V5区和V6～V8区的图谱显示:3种菌株的DNA片段均得到了单一条带,且区分性较好.结论 16S rDNA V3～V5区和V6～V8区的两对引物可用于龈下菌群多样性的研究.     

通用引物PCR-SSCP技术分析16Sr RNA基因特征快速鉴定细菌

目的探讨通用引物聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术在细菌检测中的应用.方法选取9种常见的细菌,采用通用引物对细菌的16SrRNA基因进行PCR扩增,产物进行单链构象多态性分析,并以标准菌株为对照.结果一对引物扩增产物SSCP图谱各细菌之间难以区别;两对引物扩增产物SSCP图谱条带数目、相对迁移率及条带之间的间距存在明显,可相互区别;3种细菌的标准菌株和临床菌株的SSCP图谱完全一致.结论采用针对16SrRNA的通用引物PCR-SSCP技术以标准菌株为对照可方便快捷地检测细菌.     

应用rDNA ITS测序检测海南岛条件致病性真菌

目的:应用内转录间隔区(ITS)引物建立一种较为敏感、特异检测和鉴定条件致病性真菌的方法,为进一步鉴定不同真菌的种、型的亲缘关系提供分子生物学依据。方法:用常规的真菌检验方法对76份口腔标本做初步鉴定,采用通用引物ITS1、ITS4对可疑真菌菌悬液进行PCR扩增,PCR扩增产物纯化、DNA测序,做序列比对分析。结果:ITS-PCR扩增出种特异的DNA条带,检测菌株76株,DNA测序鉴定出白假丝酵母菌53株(69.7%),其他真菌23株(30.3%)。结论:采用ITS引物测序法,可准确地检测出不同种的条件致病性真菌,并为进一步鉴定菌株的变异性,发现亚种提供基础。     

PCR-DGGE结合测序在检测混合细菌感染中的价值

目的探讨变性梯度凝胶电泳（Denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE）结合测序在检测混合细菌感染中的作用,为细菌多重感染的诊断提供新的思路。方法以3份临床培养鉴定为混合感染的胆囊穿刺引流液为对象,提取细菌总DNA并扩增16SrDNA-V3区,后进行DGGE分析,将所得条带切胶纯化再扩增,扩增产物进行测序及BLAST比对,比较比对结果与临床培养结果的一致性。结果DGGE可以很好地分离16SrDNA-V3区混合PCR产物,每一个扩增子的测序比对结果与临床培养结果一致。结论PCR-DGGE结合测序的方法可以很好地鉴定临床混合感染标本中的病原茵,可作为快速检测方法在临床应用。     

16S-23S rRNA基因区间细菌鉴定实验研究

目的 :探讨 16 S- 2 3S r RNA基因区间对细菌鉴定的应用。方法 :以 16 S- 2 3S r RNA基因区间为靶序列设计引物 ,采用聚合酶链反应检测标准菌株及临床菌株 DNA。结果 :对 2 7株代表 2 7个菌种的标准菌株进行 PCR扩增 ,分别出现不同的 DNA图谱 ,该图谱能直接或经核酸内切酶处理后用于细菌分类 ,敏感性可达 2 .5 CFU/ml的细菌 ,与人外周血白细胞 DNA和真菌及病毒无交叉。 32株临床细菌标本均扩增出与相应标准菌株一致的图谱。结论 :16 S- 2 3S r RNA基因区间 PCR扩增技术检测细菌 ,具有敏感、特异、快速、准确的优点 ,为临床败血症病原的快速诊断提供了新的方法     

不同16S rDNA通用引物对DGGE进行牙周微生物群落分析的影响

目的初步评价不同的16S rDNA片段对变性梯度凝胶电泳(DGGE)进行牙周微生物群落分析结果的影响。方法选取3种牙周主要可疑致病菌的标准菌株,通过构建质粒DNA分别获得16S rDNA V3区、V3～V5区和V6～V8区片段,测序鉴定并进行BLAST验证;将测序正确的质粒DNA经DGGE分离和硝酸银染色后获得条带图谱。结果由3对通用引物扩增得到的DGGE图谱并不相同。V3区引物获得的并非单一条带,且不同菌株间没有识别度;V3～V5区和V6～V8区的图谱显示:3种菌株的DNA片段均得到了单一条带,且区分性较好。结论 16S rDNA V3～V5区和V6～V8区的两对引物可用于龈下菌群多样性的研究。     

鉴定定量PCR不同引物对的扩增效率

目的:采用载体构建及荧光定量PCR的方法比较BCL2等位基因不同部位PCR引物在定量分析中的扩增效率,判断其用于不同等位基因转录活性分析的可靠性。方法:用PCR扩增包含定量PCR目的片段的序列,然后将扩增产物分别插入pGEM-TEasy载体中,构建TA3重组载体,再以TA3载体为模板,采用荧光定量PCR方法比较引物对之间扩增效率。结果:定量PCR结果显示引物对之间扩增效率无明显差异。结论:所检测的PCR引物对之间的扩增效率一致,可用于比较分析mbr /mbr-Nalm-6杂合子细胞系中两个等位基因表达活性。     

3’末端碱基游移混合引物提高多变区基因片段PCR检测的阳性率

目的：通过使用3′末端碱基游移混合引物，减少引物末端错配，提高多变区基因片段的PCR检阅阳性率。方法：在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物)，在原型引物序列基础上将两根引物的3′末端分别截去1个或2个碱基，设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物，在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR，比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA，将扩增产物测序并评价3′末端错配对PCR的影响。结果：原型引物和混合引物检阅阳性率分别为70．4％(19／27)和85．2％(23／27)，两者差异非常显著(P＜0．05)。引物3′末端错配能导致PCR假阴性。结论：扩增保守性相对较差的基因片段，采用3′末端单个或多个碱基截短的引物，构成3′末端碱基游移混合引物，可以避免因3′末端错配产生的PCR假阴性，提高检测阳性率。     

3’末端碱基游移混合引物提高多变区基因片段PCR检测的阳性率(英文)

目的:通过使用3’末端碱基游移混合引物,减少引物末端错配,提高多变区基因片段的PCR检测阳性率。方法:在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物),在原型引物序列基础上将两根引物的3’末端分别截去1个或2个碱基,设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物,在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR,比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA,将扩增产物测序并评价3’末端错配对PCR的影响。结果:原型引物和混合引物检测阳性率分别为70.4％(19/27)和85.2％(23/27),两者差异非常显著(P<0.05)。引物3’末端错配能导致PCR假阴性。结论:扩增保守性相对较差的基因片段,采用3’末端单个或多个碱基截短的引物,构成3’末端碱基游移混合引物,可以避免因3’末端错配产生的PCR假阴性,提高检测阳性率。     

小鼠 T-bet基因重组腺病毒载体的构建

[目的] 构建小鼠 T-bet基因重组腺病毒载体,为 T-bet基因在支气管哮喘治疗中的作用研究提供有效的 T-bet生物表达系统.[方法] 采用内切酶从质粒 T-bet/GFP-RV中切获约 1.7 kb的小鼠 T-betcDNA片段,与穿梭质粒 pShuttle连接,再通过稀有酶切位点将含 T-betcDNA的表达盒与 Adeno-X腺病毒载体骨架连接,构建重组载体 pAdeno-T-bet,测序鉴定无错配及插入移位等 DNA顺序改变,并转染 HEK293细胞,出现 CPE后取含病毒上清的细胞培养液抽提病毒 DNA行 PCR鉴定.[结果] PCR及酶切证实: T-betcDNA正确克隆到穿梭质粒 pShuttle中,带 T-betcDNA的表达盒成功重组到腺病毒载体基因组 E1A缺失区,并在 HEK293细胞中成功包装出具有感染活性的重组腺病毒 pAdeno-T-bet.[结论]本实验成功构建了小鼠 T-bet基因重组腺病毒载体,并在 HEK293细胞中成功包装出重组腺病毒.     

应用焦磷酸微测序技术行HLA-DRB基因型分析

目的应用焦磷酸微测序技术进行HLA-DRB基因型分析.方法PCR扩增外显子2基因片段,经链亲和素包被磁珠纯化、制备单链DNA测序模板,应用焦磷酸微测序技术进行实时测序和HLA-DRB基因分型.结果焦磷酸微测序技术-次可判读40～80个碱基,采用3-4个微测序可以判读全部扩增区域的多态性位点,测序结果与HLA数据库基因序列比较,可准确进行HLA-DRB基因型分析.结论焦磷酸微测序技术应用于HLA-DRB基因型分析具有高分辨率、高通量和快速等优点,该方法可应用于器官及骨髓移植的供体/受体筛查.     

噬菌体展示随机肽克隆的一种快速、高通量测序技术

目的:探索应用焦磷酸微测序(Pyrosequencing)技术建立一种针对噬菌体展示随机肽的高通量序列测定方案。方法:环7肽噬菌体展示随机肽库的淘筛后随机挑选10个蓝色噬菌斑作为模板,PCR扩增随机7肽区序列,应用Pyrosequencing技术进行实时测序和分析。结果:应用Pyrosequencing技术对10例样品的随机7肽区进行序列分析,得到一个GXXXHPQ的同源基序(X为任意氨基酸),此基序为链亲合素的结合肽基序,结果与预期相符合。结论:Pyrosequencing技术具有操作简易快速、高通量的优点,必定可以广泛应用于各种随机肽库的筛选测序。     

PCR技术检测孕妇外周血中胎儿细胞的研究

根据Ｙ染色体序列特点，含有Ｙ染色体特异重复ＤＮＡ族（ＤＹＺ１）８００～５０００拷贝、新设计一对引物Ｙ３、Ｙ４经聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增该序列的特定片段，来检测孕妇血中胎儿细胞。作者用此方法扩增各妊娠早、中、晚孕妇外周血标本粗提ＤＮＡ，检测男性胎儿细胞，与相应的绒毛、羊水及娩出胎儿性别相比较，符合率分别为９３％、１００％、８７．５％。本研究为无创伤性产前诊断提供了新的途径。     

环介导等温扩增检测甲型H1N1病毒核酸方法的建立

目的建立检测甲型H1N1病毒环介导等温扩增的方法(LAMP)。方法根据已公布的甲型H1N1流感病毒HA基因序列766~995bp的6个位点设计6条LAMP引物(2条内引物,2条外引物,2条环引物),优化并建立LAMP检测体系。并对36例确诊H1N1感染患者和20例健康体检者的咽式子同时采用实时荧光RT-PCR(Real-time RT-PCR)和LAMP进行H1N1病毒核酸的检测。结果所建立的甲型H1N1病毒核酸LAMP反应体系具有良好的特异性,采用该体系检测结果与Real-time RT-PCR检测结果一致,对H1N1核酸阳性的标本经LAMP扩增产物电泳图为阶梯状条带,健康对照标本未见条带产生。灵敏度试验,采用103复制的H1N1质粒进行10倍稀释后LAMP法仍能检出。特异性试验,20例体检标本经两种方法检测全阴性,对肺炎支原体和肺炎衣原体阳性标本采用该反应体系进行检测结果为阴性。结论甲型H1N1病毒核酸LAMP检测方法简便、快捷,对实验仪器设备要求不高,适合各级实验室和现场快速诊断使用。     

单细胞二重巢式PCR扩增影响因素初探

目的: 对影响单细胞二重巢式PCR扩增的因素进行初步探讨.方法:针对β-珠蛋白基因CD41-42、IVS-Ⅱ654突变位点区域采用二重巢式PCR,分别以不同的引物浓度组合、不同的Taq DNA聚合酶、不同的中和缓冲液、PCR反应前采用或不采用98 ℃预变性扩增单个淋巴细胞和/或单卵裂球,了解这些因素对PCR扩增效率的影响.结果: 不同的引物浓度组中,终浓度为0.25 μmol/L R1 F1引物对与 0.3 μmol/L R2 F2引物对配对扩增效率最高;不同的Taq DNA聚合酶中TaKaRa EX Taq的扩增效率最高;中和缓冲液-1(200 mmol/L Tricine)的扩增效率显著高于中和缓冲液-2(900 mmol/L Tris·HCl, pH 8.3/300 mmol/L KCl/200 mmol/L HCl)的扩增效率(P<0.05);单细胞PCR反应前采用98 ℃预变性与不采用98 ℃预变性的扩增效率间差异无统计学意义.结论:不同引物浓度组合、不同的Taq DNA聚合酶、不同的中和缓冲液对单细胞的二重巢式PCR的扩增效率存在明显差异,而PCR反应前采用98 ℃预变性不能提高PCR扩增效率.     

菌液SYBR实时荧光PCR快速检测金黄色葡萄球菌

目的建立菌液SYBR荧光PCR法快速检测金黄色葡萄球菌的方法。方法根据金黄色葡萄球菌的特异基因耐热核酸酶nuc设计引物,PCR方法和SYBR荧光PCR溶解曲线法验证引物的特异性;建立菌液SYBR荧光PCR快速检测方法,奶粉加标实验和菌株特异性实验评价方法的特异性,制备基因组浓度梯度和菌落梯度检验方法的灵敏性。结果利用引物对实验室的3个标准菌株进行PCR扩增,出现的条带均为单一条带,且与目的片段长度一致。16株金黄色葡萄球菌菌株的熔解曲线均呈单峰,特异性良好,无非特异性扩增。建立的菌液SYBR荧光PCR方法对金黄色葡萄球菌有很好的特异性和灵敏性,灵敏度达1pg／山DNA浓度,并可检测1 CFU／ml的复杂样品。结论本研究建立的菌液SYBR荧光PCR方法快速、特异性好、灵敏性高,对快速检测样品中金黄色葡萄球菌有重要意义。