hsa-miR-126和hsa-miR-518b在食管鳞癌中的表达

目的探讨食管鳞癌及正常组织微小RNA(miRNA)分子表达谱的差异,寻找并验证具有差异表达的miRNA。方法随机选3例首次诊治食管鳞癌患者的手术切除标本,取癌组织及正常粘膜。采用荧光探针杂交芯片扫描技术,获得食管鳞癌miRNA表达谱,并对表达谱的可靠性进行荧光实时定量RT-PCR验证。另取15例首次诊治食管鳞癌患者手术切除标本的癌组织及正常粘膜,对其中具有表达差异的hsa-miR-126和hsa-miR-518b进行进一步验证。结果得到了食管鳞癌及正常组织的MicroRNA表达谱,分析得到表达变化且具有统计学意义(单侧t检验,P<0.05)的miRNA11个,其中上调1个,下调10个。在另外15对验证样本中,hsa-miR-126上调10例(配对t检验,P<0.05),hsa-miR-518b下调12例(配对t检验,P<0.05)。结论 hsa-miR-126和hsa-miR-518b在食管鳞癌组织和正常组织中存在差异表达,hsa-miR-126在食管癌组织中上调,hsa-miR-518b下调。     

胃癌组织miRNA差异表达的初步分析

目的 分析胃癌组织特异性微小RNA（miRNA）表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法 利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-Time PCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431*、miR-550*、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b*和miR-638。Real-Time PCR对其中2个上调（miR-181、miR-19b）和2个下调（miR-134、miR-31）miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论 胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。     

胃癌组织miRNA差异表达的初步分析

目的分析胃癌组织特异性微小RNA（miRNA）表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-TimePCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431＊、miR-550＊、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b＊和miR-638。Real-TimePCR对其中2个上调（miR-181、miR-19b）和2个下调（miR-134、miR-31）miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。     

膀胱尿路上皮癌患者血液中微小RNA的表达

目的：通过对膀胱肿瘤患者和非肿瘤患者的血液中微小RNA（microRNA）表达谱的检测,寻找特定的异常表达微小RNA,探讨血液中微小RNA作为膀胱尿路上皮癌早期诊断标记物的价值。方法：将确诊为膀胱尿路上皮癌的6例患者纳入此项研究,另外抽取7名非肿瘤患者血液作为对照组。提取血液中的小分子RNA（small RNA）,并通过高通量测序技术获取膀胱尿路上皮癌患者及对照组血液中微小RNA表达谱,然后利用SPSS17.0的t检验对上述高通量结果进行分析,找出实验组与对照组之间存在差异表达的微小RNA。结果：高通量测序筛选出一部分膀胱尿路上皮癌患者与对照组血液中存在差异表达的微小RNA,其中5个微小RNA上调（hsa-miR-378g、hsa-miR-942、hsa-miR-106a-5p、hsa-miR-142-3p和hsa-miR-374a）,另外有许多微小RNA下调。结论：在膀胱尿路上皮癌和非肿瘤人群之间,血液中部分微小RNA的表达可能存在差异。     

芯片技术分析卵巢子宫内膜异位症外泌体microRNA表达差异

目的：探讨卵巢子宫内膜异位症（ovarian endometriosis,OEM）外泌体微小RNA（microRNA,miRNA）的表达谱。方法：采用芯片技术对3例OEM患者及3例健康对照者的在位内膜间质细胞外泌体miRNA进行分析,筛选出组间差异miRNA。结果：获得存在差异表达miRNA共12条,其中hsa-miR-6829-5p、hsa-miR-5188、hsa-miR-4430、hsa-miR-584-5p、hsa-miR-4485-5p、hsa-miR-4257在实验组表达上调,hsa-miR-188-5p、hsa-miR-4741、hsa-miR-4516、hsa-miR-1229-5p、hsa-miR-7150、hsa-miR-5787表达下调。对表达差异较大的外泌体miRNA进行靶基因预测及其基因功能（gene ontology,GO）分析和信号通路（pathway）分析,发现靶基因聚集的生物学功能多数参与生物进展过程的调控。结论：OEM患者与健康对照者的在位内膜间质细胞外泌体miRNA存在着差异性表达。差异性表达的miRNA特异性很高,对进一步阐明该疾病的发病机制和寻找新的诊断标记物具有重要意义。     

肾透明细胞癌相关特异性miRNAs差异表达谱

目的研究证实肿瘤组织miRNAs表达水平较正常组织可特异性下调或上调,这一现象揭示miRNA在肿瘤发生、发展等过程中扮演重要角色。文中就肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)肿瘤相关特异性微小RNA(mi-croRNAs,miRNAs)表达谱及意义进行探讨。方法取手术切除新鲜肾透明细胞癌及其癌旁正常肾组织,提取总RNA,进行RNA质量检测后采用微阵列基因芯片对其相关特异性miRNAs进行分析,应用荧光定量RT-PCR方法验证。结果Ⅰ级ccRCC与癌旁正常肾组织共有24个差异表达miRNAs,其中12个上调,12个下调;Ⅱ级共有35个差异表达miRNAs,其中18个上调,17个下调;Ⅲ级共有34个差异表达miRNAs,其中18个上调,16个下调;Ⅰ级+Ⅱ级+Ⅲ级ccRCC与癌旁正常肾组织共有81个差异表达miRNAs,其中33个上调,48个下调;以表达差异在2倍及以上为标准进行比较,ccRCC与癌旁正常肾组织共有11个差异表达的miRNAs,其中,hsa-miR-487a、hsa-miR-491-3p、hsa-miR-452表达上调,hsa-miR-142-3p、hsa-miR-22、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-29a、hsa-miR-429、hsa-miR-532-5p、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-125b表达下调。结论与癌旁正常肾组织中存在肿瘤相关特异性miRNAs表达谱,这种miRNAs差异可能导致ccRCC的发生及发展。     

miR-143和miR-520d-5p在胃癌组织中的异常表达

目的 应用MicroRNAs （miRNAs）芯片技术筛选胃癌组织中差异表达的miRNAs,研究与胃癌相关的miRNAs.方法 从3对手术切除的胃和相配对的正常胃组织中提取总RNA,miRNA芯片检测miRNA表达情况,然后在47例配对的胃癌和正常胃组织中,用Real-time RT-PCR（Taqman）对部分差异表达miRNA进行验证.结果 芯片结果显示：与配对的正常胃组织相比,有62个miRNAs在胃癌中异常表达,其中42个miRNA高表达,20个miRNA低表达.用Real-time RT-PCR（Taqman）验证显示：miR-143在胃癌组织中表达显著降低（JP=0.002 9）;miR-520d-5p在胃癌组织中表达显著提高（P =0.032）.结论 miR-143和miR-520d-5p可能参与了胃癌的发生过程.     

基因表达谱芯片筛选强直性脊柱炎差异表达基因的研究

目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与椎旁组织的RNA,制备探针后用于表达谱芯片杂交,筛选AS组织差异表达基因,并采用半定量RT-PCR法验证芯片结果。结果与正常组织样本相比,在AS组织中筛选获得差异表达基因237条,表达上调的已知基因91条,表达下调的已知基因78条;对其中20条基因进行半定量RT-PCR检测,结果与表达谱芯片结果一致。结论筛选出与AS相关的多个差异表达基因。     

Oncology基因芯片表达谱筛选胃癌演进过程中的差异表达基因

目的 在分子水平研究从正常胃黏膜上皮、中度异型增生（mGED）到胃癌演讲过程中的差异基因表达情况。方法 利用基因芯片技术比较筛选正常胃黏膜上皮、中度异型增生与胃癌各12例胃镜标本的差异基因表达。聚合酶链反应(RT-PCR)验证差异基因表达情况。结果 通过t检验和SAM检验筛选差异基因34个,有24个基因在以往的研究中被证实与各类癌症相关,其中6个基因在以往的胃癌研究中被证实与之相关,有10个基因尚未涉及癌症的研究; GO分析结果显示这些基因功能主要涉及细胞外分子结构、分子运动、细胞结构形成、调节细胞活性、细胞粘附、细胞生长发展和凋亡。RT-PCR验证MMP12、CARD14和CHI3L1的mRNA表达水平变化,结果与基因表达谱数据一致。结论 应用基因芯片技术比较筛选出胃癌演化形成过程中的34个显著表达异常基因。通过对这些基因的进一步研究,有望找到准确预测胃癌发生的基因、蛋白或非编码RNA,对提高早期胃癌的诊断率具有现实意义,同时可能找到治疗胃癌的新靶点。     

胃癌患者长链非编码 RNA 的差异表达

目的：研究胃癌患者癌组织长链非编码RNA（lncRNA）的差异表达。方法提取8例胃癌患者癌组织与癌旁对照样本中的总RNA,应用lncRNA表达谱芯片检测技术对两者之间差异表达的lncRNA进行分析。在差异表达倍数≥10的lncRNA中选择4个lncRNA（uc010lhn、uc．341、AK096257及BC048127）,利用荧光定量RT－PCR技术在细胞水平对微阵列检测结果进行验证。结果胃癌患者癌组织与癌旁对照样本间差异表达的lncRNA 共2621个,其中1215个表达上调,1406个表达下调,差异表达倍数≥10的lncRNA 22个。荧光定量RT－PCR验证结果显示,与正常胃上皮细胞系GES－1相比,4种lncRNA（uc010lhn、uc．341、AK096257及BC048127）在胃癌细胞系中的表达具有显著差异,与芯片检测结果一致。结论多种lncRNA在胃癌患者肿瘤组织中呈异常表达,其中uc010lhn及uc．341等在胃癌发生、发展过程中可能起一定的作用。     

血小板反应素蛋白家族在进展期胃癌中的异常表达及意义

目的鉴定血小板反应素（thrombospondin,THBS）蛋白家族,作为潜在分子标志物用于胃癌早期诊断和预后判断的价值。方法作者前期基于20例胃癌基因芯片数据,利用优化的生物信息学分析方法建立了一组以中国人临床病理资料为基础的胃癌差异基因表达谱。通过系统的表达谱数据分析发现,THBS家族在进展期胃癌组织中发生表达水平上调。为了验证THBS家族在进展期胃癌中的差异表达水平,采用实时荧光定量聚合酶链反应（real time fluorescence quan-titative polymerase chain reaction,real-time PCR）及免疫组织化学染色方法检测了85例胃癌测试样本中候选分子标志物的表达水平。结果基于胃癌基因芯片数据,比较分析了20例进展期胃癌与癌旁形态学正常组织的差异表达基因,鉴定了1519个差异表达基因。其中,THBS家族中的4个成员THBS 1,THBS 2,THBS 3和THBS 4均在胃癌组织中发生表达水平上调,上调倍数分别为4.887,6.242,3.194和9.384。其差异表达水平在85例测试样本中得到了验证。结论 THBS家族在进展期胃癌组织中高表达,具有识别胃癌生物学特性的潜能并可能用于临床胃癌早期诊断和预后判断。     

转化生长因子β 1 (TGF-β 1)对胃癌细胞microRNA表达谱的影响

 目的 探讨转化生长因子β 1 (transforming growth factor β 1,TGF-β 1)对胃癌细胞BGC823 microRNA (miRNA)表达谱的影响及其意义。方法 应用microRNA芯片检测TGF β1处理胃癌细胞BGC823前后的miRNA表达谱;对miRNA 表达谱进行差异性分析;实时荧光定量RT PCR验证差异表达的miRNA;用生物信息学技术分析差异表达miRNA可能调控的靶基因及其意义。结果 TGF-β1处理胃癌细胞BGC823 24 h 和36 h后,miRNA的表达谱存在6个相同的差异表达miRNA,包括3个(miR-27a,miR-29b 1和 miR-194)表达上调,3个(miR-193b,miR-574 3p和miR-130b)表达下调。实时荧光定量RT-PCR结果与芯片一致。结论 TGF-β 1能够影响胃癌细胞miRNAs的表达,这些上调或下调表达的miRNAs可能参与了胃癌的浸润转移。     

microRNA在食管癌放射抵抗细胞表达谱研究

目的 比较食管癌放射抵抗细胞株与其亲本细胞microRNA表达谱的差异.方法 应用Agilent human miRNA芯片检测人食管癌耐放射细胞株KYSE-150R与其亲本细胞KYSE-150的表达谱.GeneSpring GX 10.0.2数据分析挑选差异表达基因.应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的潜在靶基因进行预测并验证.结果 与亲本细胞相比,KYSE-150R中上调超过2倍的miRNA有l0个,为hsa-miR-1539、hsa-miR-1237、hsa-miR-92b等;表达下调超过2倍的有miRNA有25个,为hsa-miR-185、hsa-miR-18b、hsa-miR-17等.软件预测发现其中18个miRNA有潜在的靶基因,10个miRNAs的靶基因多达200个.显著差异表达的miRNA(如hsa-let-7a、hsa-miR-185、hsa-miR-141、hsa-miR-92b、hsa-miR-22和hsa-miR-301a)与放射抵抗密切相关.结论 筛选出的miRNAs可能通过调控其靶基因而参与食管癌放射抵抗,为临床上放射抵抗的逆转提供全新的靶标和策略.

Abstract：

Objective To identify the differential microRNA expression profiles of acquired radioresistant esophageal cell line established by fractionated ionizing radiation (FIR) versus parental cell line. Methods MicroRNA microarray was employed for detection. Bioinformatic software tools were used to predict the target genes of identified microRNAs. For an understanding of miRNA functions, the GO analysis of abundantly differentially expressed targets of miRNAs was performed by GeneOntology Browser. Results Compared with parental cell line, 10 microRNAs (hsa-miR-1539, bsa-miR-1237, hsa-miR-92b, etc. ) were up-regulated over 2-fold and 25 microRNAs (hsa-miR-185, hsa-miR-18b, hsa-miR-17, etc. ) downregulated in KYSE-150R. Eighteen miRNAs had their target genes, 10 of them had the potential to individually target up to 200 mRNAs. Hsa-let-7a, bsa-miR-185, hsa-miR-141, hsa-miR-92b, hsa-miR-22 and hsa-miR-301a were known as important genes associated with radioresistance. Conclusion These results confirm the involvement of miRNA in radiation resistance. It may potentially help to explain the mechanisms of gene regulation in cellular response to radioresistance.     

微阵列芯片分析miR-125b-5p在胃癌中的表达及临床意义

目的: 运用生物信息学技术分析胃癌中microRNA表达特征。方法: 使用R语言软件包分析GEO芯片数据集的两个子集中的miRNA表达量的差异;采用qRT-PCR技术检测本院60例胃癌患者癌组织及20例胃癌手术患者癌旁组织中miR-125b-5p的表达量,统计分析其表达特征与分化程度、TNM分期、性别、年龄、家族史及肿瘤直径之间的关系。结果： miR-125b-5p在GSE93415和GSE99415中的表达均上调,且其在胃癌组织与癌旁胃组织表达量差异具有统计学意义（P<0.05）。使用qRT-PCR验证了miR-125b-5p在胃癌组织中的表达高于癌旁组织的趋势,miR-125b-5p表达量与TNM分期和浸润程度有关（P<0.05）,与年龄、性别、家族史、肿瘤直径和分化程度均无关（P>0.05）;高表达miR-125b-5p的胃癌患者生存期明显缩短。结论： 胃癌组织miR-125b-5p高表达,且与胃癌TNM分期、浸润程度及总生存率有关。     

Hsa-miR-106a在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的分析hsa-miR-106a在胃癌组织中相对于正常组织的表达及其与病理分级及临床分期的关系。方法从石蜡组织包埋的19例胃癌及19例正常组织中提取总RNA,应用Real—timePCR方法检测miR-106a的表达情况,并分析其与胃癌病理分级及临床分期的关系。结果miR-106a在胃癌组织中有14例高表达,5例低表达,在胃癌组织中的表达明显高于正常组织（P〈0．01）,其表达与胃癌的病理分级、临床分期密切相关。结论miR-106a可能参与了胃癌的发生、发展过程。     

HSV-2 LAT过表达vero细胞中microRNA的表达谱变化

目的分析过表达疱疹病毒Ⅱ型（HSV-2）潜伏相关转录子LAT后vero细胞microRNA表达谱的表达变化。方法通过化
学合成的方法获得LAT基因的全长序列。构建HSV-2LAT逆转录病毒表达载体pRetroQ- AcGFP1-C1,包装获得HSV-2LAT
基因过表达的逆转录病毒。利用microRNA芯片技术,分析感染逆转录病毒HSV-2LAT后vero细胞microRNA表达谱的变化,
得到因LAT基因过表达而产生变化的microRNA。结果通过microRNA芯片分析,逆转录病毒HSV-2LAT感染vero细胞后,
可引起hsa-miR-23a*、kshv-miR-K12-3、hsa-miR-943、hsa-miR-634、hsa-miR-12705种microRNA2倍以上上调;使hsa-miR-181a-2*、hsa-miR-450b-5p、hsa-miR-31、hsa-miR-24、kshv-miR-K12-12*5种microRNA2倍以上下调。结论LAT基因过表达后
可引起vero细胞microRNA表达谱的变化。
     

HBV整合引起HepG2细胞microRNA表达谱变化分析

目的 分析HBV整合后引起的肝细胞microRNA表达谱的变化情况.方法 利用microRNA芯片,以稳定表达HBV的HepG2.2.15细胞为HBV感染模型,以HepG2细胞为对照,分析二者microRNA表达谱的异同,得到因HBV感染而产生变化的microRNA;并用定量PCR技术来验证结果的可靠性.结果 通过microRNA芯片分析和定量PCR验证,HBV感染后可使hsa-miR-30a-5p、hsa-miR-24、hsa-let-7a、hsa-let-7c、hsa-let-7f和hsa-miR-23b 6种microRNA下调,使hsa-miR-194、hsa-miR-200a和hsa-miR-345 3种microRNA上调.结论 HBV整合后,可引起肝脏细胞microRNA表达谱变化.     

microRNA标志物在早期诊断室间隔缺损中的价值*

目的 评价血浆microRNA（miRNA）在室间隔缺损（VSD）早期诊断中的临床应用价值以及作为VSD分子诊断标志物的可行性,并建立临床早期诊断模型。方法 采用以济南市儿童医院、泰安市妇幼保健院为基础的病例-对照研究方法开展本次研究。研究分为VSD组85例和对照组80例,分3个阶段进行检测：首先选取VSD组及其匹配对照组各3例,应用miRNA全基因组表达谱芯片进行初筛;然后扩大样本量（20例VSD组vs 15例对照组）,对选定的8个有差异的miRNA采用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）进行芯片结果的验证;最后进一步扩大样本（62例VSD组vs 62例对照组）进行qRT-PCR检测,筛选先天性心血管病早期诊断的生物标志物,建立多指标的Logistic回归模型,并应用MedCalc软件进行受试者工作特征（ROC）曲线分析评价诊断模型的价值。结果 芯片杂交初筛结果显示,与对照组比较,有36个表达有差异的miRNA（P?<0.05）,两阶段大样本qRT-PCR验证,检测到5种血浆miRNA（let-7e-5p、miR-155-5p、miR-222-3p、miR-433-3p和miR-487b-5p）在VSD中的表达差异有统计学意义（P?<0.05）,可以选择作为具有VSD早期诊断意义的生物标志物。5种血浆miRNA的ROC曲线下面积（AUC）分别在0.678～0.832,其中miR-222-3p的ROC曲线下面积最大为0.832。建立多指标Logistic回归分析模型,5种血浆miRNAs联合模型可提高VSD的诊断效率,ROC曲线下面积达到0.955,敏感性和特异性分别为83.87%和95.16%;3种血浆miRNA（let-7e-5p、miR-155-5p、miR-222-3p）联合诊断模型,ROC曲线下面积达到0.910,敏感性和特异性分别为82.30%和90.30%,接近5个miRNA的诊断效率。结论 5种血浆miRNA作为VSD早期诊断标志物,具有一定的可信性。将其整合后可建立起多指标的联合诊断模型。联合3种血浆miRNA构建诊断模型可提高VSD的诊断效率,临床应用价值更大。