局部序列比对算法及其并行加速研究进展

随着新一代测序技术的发展,传统的序列比对工具已无法满足测序产生的海量生物学数据分析处理的需求,研究如何利用最新的计算技术加速序列比对过程具有十分重要的意义。本文回顾了常用的局部序列比对算法,介绍了基于并行计算原理的序列比对算法的加速优化策略和主要进展,详细说明了如何利用最新的图形处理器（GPU）计算技术实现高性能的BLAST（basic local alignment search tool）比对算法。最后,结合实际需求,提出和讨论了综合利用云计算和GPU计算实现高性能、高能效的序列比对平台的研究思路。     

人工注射局部水囊技术辅助超声引导射频消融治疗高危部位肝肿瘤的临床研究

目的 探讨人工注射局部水囊技术辅助超声引导射频消融治疗高危部位肝肿瘤的安全性和临床疗效.方法 超声引导下用介入穿刺针从体表穿刺进入肝脏与紧要器官间隙,注入生理盐水500～1000 ml,形成人工水囊间隔带,将肝脏与邻近器官隔开,对14例患者共20个病灶行经皮超声引导射频消融治疗,术后1个月复查增强CT评价疗效.结果 1个月后肿瘤影像学评价,20个病灶中,16个完全消融,坏死率达80％.无严重并发症发生.6个月内复发2例,1年内复发3例,其中出现新病灶2例,原来坏死病灶再次强化伴CEA增高3例,全组病例目前存活9例,随访时间最长20个月,最短7个月,平均生存期10个月.结论 人工注射局部水囊技术辅助超声引导射频消融治疗高危部位肝肿瘤近期疗效确切,是一种安全、微创、有效的方法.     

超声对强直性脊柱炎髋关节病变的诊断价值

目的 探讨强直性脊柱炎(AS)患者髋关节病变的超声影像学特点及其诊断价值.方法 AS患者159例和健康志愿者30例,超声测量双侧髋关节的股骨头软骨厚度、股骨颈颈前间隙,观察有无关节积液及骨质破坏.结果 AS患者中56.6%(90/159)超声发现髋关节病变,其中38.4%(61/159)可见到积液,17.6%(28/159)合并骨质破坏,X线发现髋关节病变9.4%(15/159),超声对髋关节病变的检出率高于X线(P＜0.05).结论 超声检查有助于AS髋关节病变的早期发现.     

肿瘤患者化疗相关认知功能障碍研究现状

<正>近年来随着新的化疗药物不断涌现,肿瘤的治愈率和生存率有所提高,复发率有所减少。然而,越来越多的研究报道肿瘤化疗药物能引起认知功能障碍,严重影响肿瘤患者的生活质量,这一现象有学者称之为"化学脑",已受到越来越多的关注。本文就肿瘤患者"化学脑"的临床表现、潜在机制的研究现状进行综述。1认知功能障碍及化疗相关认知功能障碍定义认知功能障碍是指在学习、记忆、语言、情感和思维判断有关的大脑高级功能过程中出现异常,主要表现为记忆力减退、     

生物医学专题信息跟踪与服务系统的设计与实现

目的构建网络化的生物医学专题信息跟踪与服务系统,为科学研究和领导决策提供信息支持。方法以MyEclipse6.5、Mysql5.1、Tomcat6.0为开发工具,以J2EE轻型构架为技术支撑,应用网络爬虫、全文检索、信息推送等技术实现系统的各项功能。结果和结论生物医学专题信息跟踪与服务系统实现了对互联网上的生物安全等专题信息进行跟踪、抓取、转换、分类和入库,以及信息的快速发布、分类导航、全文检索和个性化服务,能够主动、及时地为用户提供最新的生物医学专题信息。     

基于高通量测序数据的人兽共患病病原微生物快速分析平台构建

目的构建基于高通量测序数据的人兽共患病病原微生物快速分析平台,实现人兽共患病病原微生物的快速分析。方法收集整理与重要人兽共患病相关的病原以及宿主的参考基因组数据库,集成并优化用于病原微生物检测分析的RINS算法,开发自动化处理流程和Web可视化界面,利用Docker容器技术对集成分析平台进行封装。结果在Linux服务器上使用鸽子宏基因组测序数据对分析平台进行验证,根据分析结果,发现除了有鸽子基因序列外,16.1%的序列注释到了细菌,2.2%注释到了病毒,32.9%的序列注释到了真菌,剩下48.8%为未知序列,对样本中细菌的携带信息进行统计,比对到巴氏杆菌、大肠埃希菌、沙门氏菌的序列数量较多,此结果与数据来源单位中鸽子相关的流行病学研究一致。结论本研究成功构建基于NGS的病原微生物检测分析平台,封装好的容器可以在云端快速部署和迁移;对已集成的RINS算法中Blat比对环节进行了优化,提高了数据分析处理速度;利用鸽子宏基因组测序数据对建成的分析平台进行验证,该平台具备人兽共患病病原微生物快速分析的能力。基于NGS的病原微生物检测方法为人兽共患病的防控和监测增添了新的解决方案。     

G蛋白偶联受体相关分选蛋白1在非小细胞肺癌中表达的临床意义及其与顺铂化疗抵抗的关系

目的 探究G蛋白偶联受体相关分选蛋白1(GPRASP1)的表达与非小细胞肺癌(NSCLC)细胞的顺铂(DDP)敏感性的关系。方法 收集癌旁组织、原发NSCLC组织及复发NSCLC组织，用荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)法检测GPRASP1和腺苷三磷酸结合盒式亚家族A成员5(ABCA5)mRNA的表达情况。空白组和过表达组分别用慢病毒转染空白载体和GPRASP1过表达载体于A549细胞中；对照组和抵抗组分别用慢病毒转染对照小干扰RNA(si-control)于A549细胞及DDP耐药细胞中；干扰组用慢病毒转染GPRASP1小干扰RNA(si-GPRASP1)于DDP耐药细胞中。用CCK-8实验法检测细胞对DDP的半抑制浓度(IC₅₀),用RT-PCR法检测各组细胞中GPRASP1与ABCA5的表达情况。结果 癌旁组织、NSCLC组织与复发NSCLC组织中GPRASP1 mRNA表达量分别为(1.27±0.16)×10^-2、(2.68±0.30)×10^-2和(3.89±0.72)×10^-2,ABCA...     

75岁及以上老年食管癌患者调强放疗近期疗效及影响因素

目的 探讨75岁及以上老年食管癌患者调强放疗的近期效果及安全性。方法 选择2011年11月至2015年11月安徽医学大学第二附属医院不宜或拒绝手术且无远处转移的75岁及以上老年食管癌患者49例，均行调强放疗，总剂量6 000 cGy。观察放疗过程中患者的急性不良反应，放疗结束后1个月，采用钡餐造影结合CT检查评价近期疗效。结果 49例患者中，完全缓解13例，部分缓解27例，无变化5例，病情进展4例，总有效率为81.63%（40/49）。不良反应多为1～2级，经对症处理后症状缓解。未发生3级及以上不良反应。结论 调强放疗治疗75岁及以上老年食管癌患者近期疗效较好，且较为安全，可作为老年食管癌患者改善症状，提高生活质量的主要治疗手段。     

腹膜后腔镜肾囊肿去顶术108例

目的：探讨腹膜后腔镜肾囊肿去顶术的方法、技巧和疗效。方法：108例肾囊肿均采用腹膜后腔镜肾囊肿去顶治疗,术中估计肾囊肿位置,打开Gerota筋膜,囊腔内予碘酒、酒精固化囊肿黏膜。结果：108例均顺利完成手术,用时30～90min,术中出血20～50mL,术后无尿漏及腹膜后感染发生。80例随访2年,未见囊肿复发。结论：术前检查全面,术中技巧操作,经腹膜后腔镜肾囊肿去顶术是安全有效的。     

2017—2021年湖南省人间布鲁氏菌病流行病学特征分析

目的 掌握2017—2021年湖南省重点人群布鲁氏菌的感染状况，布鲁氏菌病(简称布病)的流行规律，为制定布病防控策略提供科学依据。方法 对2017—2021年湖南省报告的布病病例流行特征进行描述性分析。结果 2017—2021年，湖南省14个市(州)共报告布病病例960例，平均发病率为0.28/10万。病例主要分布在永州市、郴州市、怀化市、邵阳市和长沙市，占病例总数的59.48%。报告病例数呈波动上升趋势，发病率由2017年的0.26/10万上升到2021年的0.36/10万。布病的发病高峰期主要集中在4—7月，各年龄组都有病例报告，年龄最小为8 d,最大90岁，以50～<60岁组人群报告病例最多，共322例(占33.54%)。男性679例，女性281例，男女性别比为2.42∶1。职业以农民占比最高，为64.06%。结论 2017—2021年湖南省报告布病病例数和发病率整体呈上升趋势，高发地区在湘西南地区。建议医疗机构建立多部门配合的联防联控机制，形成灵活、高效的布病联防联控机制。