手足口病重症死亡1例病原分子生物学分析

目的对1例手足口病重症死亡病例及其密接者病原标本进行分子生物学研究。方法对死亡病例及密接者咽拭子标本进行手足口病毒核酸检测和VP1基因分析。结果该死亡病例和密接者之一咽拭子标本检出EV71核酸阳性,VP1基因仅存在一个碱基差异,蛋白质相差一个氨基酸,同源性较高。结论该死亡病例与密接者病毒来源相近,同属C4亚型,后者携带病毒但不发病,在疾病防控中应予以关注。     

手足口病重症死亡1例的病原分子生物学分析

目的对1例手足口病重症死亡病例及其密接者病原标本进行分子生物学研究。方法对死亡病例及密接者咽拭子标本进行手足口病毒核酸检测和VP1基因分析。结果该死亡病例和密接者之一咽拭子标本检出EV71核酸阳性,VP1基因仅存在一个碱基差异,蛋白质相差一个氨基酸,同源性较高。结论该死亡病例与密接者病毒来源相近,同属C4亚型,后者携带病毒但不发病,在疾病防控中应予以关注。     

柳州市重症手足口病病原谱及肠道病毒71型VP1基因分析

目的分析柳州市重症手足口病病原谱构成,了解引起重症手足口病的肠道病毒71型(EV71)VP1的基因特征。方法收集柳州市2015年临床诊断重症手足口病病例标本,使用逆转录聚合酶链反应技术(RT-PCR)和DNA测序技术对病例标本进行肠道病毒核酸检测,并用MEGA 5.0对EV71 VP1基因进行分析。结果 67例临床诊断重症手足口病病例标本中,肠道病毒核酸阳性49例,其中EV71阳性11例、Cox A16阳性3例、Cox A2阳性17例、Cox A4阳性2例、Cox A6阳性9例、Cox A10阳性3例及其它肠道病毒4例;11株EV71毒株VP1核苷酸同源性为94.3%~100.0%,氨基酸同源性为98.3%~100.0%;通过与各亚型代表株进行同源性比较及构建系统进化树发现,11株EV71毒株均属于C4a亚型,在VP1区存在共变异现象的6个氨基酸位点上模式为KADSTV,在3个中和抗原决定簇上,除毒株15LZ-58在163位存在差异外,其余10株毒株均高度保守。结论柳州市重症手足口病病原谱复杂,主要病原体为Cox A2及EV71,其次为Cox A6;病原体EV71均属于C4a亚型,VP1基因片段较保守,没有发生较大的有意突变。     

浙江省杭州地区手足口病病原谱分析和肠道病毒71型VP1基因分析

[目的]分析杭州地区手足口病的病原谱构成,并对肠道病毒(EV)71型的VP1基因进行核苷酸和氨基酸的序列的比对分析,了解杭州地区EV71的基因特征。[方法]采集98份手足口病确诊病例的粪便标本,用EV71和柯萨奇病毒A组(CoxA)16型特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定,并选择6例EV71检测结果阳性的标本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并进行测序,结合EV71各亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析。[结果]通过RT-PCR特异性检测,发现EV71阳性结果22份,阳性率为22.4%;CoxA16阳性结果27份,阳性率为27.6%。测序结果表明6株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为92.2%～98.5%,氨基酸同源性为99.0%～100%。通过与各代表亚型进行核苷酸同源性比较后发现此次分离得到的EV71病毒都属于C4亚型。6株EV71与部分亚型代表株间在BCloop区域的氨基酸序列存在着差别,而SP70区域的氨基酸序列则完全一致。[结论]在手足口病患者中,由EV71感染引起的比例越来越大;此外,此次在杭州地区分离的EV71病毒都属于C基因型的C4亚型,尚没有证据说明此次在杭州地区分离的6株EV71毒株的毒力有增强。     

2011年郴州市手足口病病原学及EV71型分离株基因特性研究

目的了解2011年郴州市手足口病病原学特征及EV71型分离株基因特性,为郴州地区手足口病防治工作提供依据。方法收集郴州市手足口病临床诊断病例的咽拭子或肛拭子、粪便标本,采用实时荧光PCR法检测EV71、CA16和其他肠道病毒核酸。随机挑选55份EV71阳性的标本进行RD细胞分离,10株分离株用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增EV71的VP1片段,并作基因测序和序列分子系统发生树分析。结果 2011年郴州市共报告手足口病例5 128例,发病有两个高峰,分别是5-7月和11-12月。病原学检测提示,2011年检测手足口病标本574例,发病年龄以1～3岁儿童为主,男性是女性的2.04倍,检出阳性标本461份,其中EV71占30.15%,CA16占31.89%,EV71和CA16同时阳性占0.65%,其他肠道病毒占37.31%;三种型别病毒分布在病例发病时间、发病年龄和地域上有所不同(P<0.001);重症病例25例,18例检出EV71病毒核酸,死亡病例6例均为EV71病毒感染;采用实时荧光PCR法随机检测68份其他肠道病毒,其中23份CA6、8份CA10,CA6和CA10占其他EV的45.59%。10株EV71分离株基因测序均为C4a亚型,重症和普通病例EV71的VP1基因序列差异较小。结论手足口病的发病存在明显季节、地区、性别、年龄差异,EV71是2011年郴州市引起手足口病重症和死亡病例的主要毒株类型,要开展对EV71型病毒的深入研究,同时也要关注非EV71和非CA16病毒的流行趋势,以防范其快速传播。     

六安市2012年手足口病病原学监测结果分析

目的分析2012年六安市手足口病的病原构成情况,为科学防治手足口病提供实验室依据。方法对2012年六安市各县区疾控中心送检的271份手足口病病例的咽拭子标本,用RT-PCR进行肠道病毒71型（Enterovirus 71,EV71）、柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）和其它及肠道病毒核酸检测。结果 2012年全年共检测手足口病病例标本271份,检出人肠道病毒核酸阳性132份,总阳性率为48.71%。其中EV71核酸阳性82份,占62.12%;Cox A16核酸阳性28份,占21.21%;非EV71、非Cox A16的其他肠道病毒核酸阳性22份,占16.67%。132份阳性标本中4岁以下113份,占85.61%。病原检测阳性率在1月、5月和9月出现3次高峰。结论 2012年六安市手足口病最主要病原为EV71,4岁以下儿童为主要易感人群,应加强对4岁以下儿童手足口病的病原学监测。     

2012-2013年广西桂林地区肠道病毒71型所致手足口病病例的病原学分析

目的对2012-2013年广西桂林地区的手足口病病例进行肠道病毒71型(EV71)相关病原学分析。方法收集手足口病病例样本737份,采用RT-PCR方法进行检测,选取EV71阳性样本分离病毒,将获取的毒株经RT-PCR方法扩增VP1基因序列并测序,对VP1基因进行进化分析。结果 737份病例中,荧光PCR检测出EV71感染共169例,阳性率为22.93%,测序获得的89株EV71的VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性为95.01%~100.00%和98.47%~100.00%,与C4亚型代表株核苷酸同源性大于95%,氨基酸同源性大于97%,并在系统进化树中与C4a亚型代表株处于同一分支,对89份样本VP1基因编码的氨基酸序列与安徽阜阳的FY23毒株进行了比较,发现89株病毒均在791位由S(丝氨酸)变为P(脯氨酸)。结论本研究所收集的2012-2013年广西桂林地区的89例EV71所致手足口病均为C4a亚型的EV71感染。     

德阳市2010年手足口病监测结果分析

[目的]了解2010年德阳市手足口病患者中肠道病毒的主要血清型及EV71毒株的基因型别,为德阳市手足口病的预防控制提供科学依据。[方法]采用实时荧光PCR方法对四川省德阳市手足口病疑似病例的68份咽拭子或疱疹液标本进行肠道病毒通用型(EV)、肠道病毒71型(EV71)型和柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)的病毒核酸检测。并对2份EV71阳性标本进行VP1区核苷酸序列测序和进化树分析。[结果]68份标本中,CoxA16阳性率41.18%(28/68),EV71阳性率17.65%(12/68),其他肠道病毒阳性率为7.35%(5/68)。2份EV71毒株VP1区的核苷酸序列进化树分析,证实均属C4基因亚型。[结论]2010年德阳市手足口病以CoxA16感染为主,EV71及其他非CoxA16、非EV71肠道病毒并存。2份德阳EV71毒株经VP1区测序证实为C4基因亚型,与中国内地流行株基因亚型一致。     

温州地区引起重症手足口病EV71的分子流行病学研究

目的:通过对温州地区引起重症手足口病EV71型的分子流行学研究,监测基因的变异,为科学防治手足口病工作提供依据。方法:对生物标本提取病毒RNA,检测阳性标本进行病毒分离得到毒株,对EV71型VP1片段、全基因组进行测序和分析。结果:临床诊断重症病例核酸检测阳性中,EV71阳性占所有手足口病阳性的比例为81.10%。从中分离到毒株,证实均为EV71 C4亚型。结论:温州全市手足口病疫情的防控形势非常严峻,主要以2周～3周岁儿童为主,5月-7月高发。温州的重症手足口病主要由EV71导致,为C4亚型。重症和死亡病例,可能与EV71病毒5’UTR的空间结构变异有一定的相关性。     

天津市手足口病分子流行病学分析

目的分析天津市手足口病病原学分布及肠道病毒71型(EV71)分子流行病学特点。方法采集天津市各医院2008—2010年手足口病住院患者粪便标本2 377份,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测肠道病毒核酸;选取部分EV71阳性标本分离病毒,采用RT-PCR扩增其VP1基因,进行序列测定和同源性分析,建立系统发生树。结果 2 377份手足口病粪便标本中,肠道病毒总阳性率为70.72%(1 681/2 377),其中EV71占48.30%,CV-A16占37.36%,其他EV占14.34%;31株EV71分离株与C4亚型的C4a分支参比株具有最高核苷酸序列同源性,同源性为95.7%～99.2%,在系统发生树上均归属于C4a分支。结论天津市2008—2010年手足口病主要病原体为EV71,其流行株为C4亚型中的C4a病毒株。     

2008年-2010年哈尔滨市哨点医院手足口病病原学检测结果及EV71 VP1基因特征分析

目的:了解哈尔滨市手足口病病原分布情况及基因特征,为哈尔滨市手足口病的预防控制工作提供参考。方法:收集哈尔滨市哨点医院的手足口病例样本,采用RT-PCR或real-time PCR方法进行病原核酸检测,病毒核酸阳性标本进行RD细胞培养分离病毒,将分离到的EV71采用RT-PCR的方法进行VP1区全基因扩增并测序,应用DNA Man和DNA Star软件序列整理分析。结果:2008年156份临床标本中EV71 59份,CA16 4份;2009年625份临床标本中EV71146份,CA16 82份,未分型别肠道病毒4份;2010年725份临床标本中EV71 202份,CA16 13份,未分型别肠道病毒36份。结论:通过基因比对2008年-2010年哈尔滨市EV71病毒感染手足口流行型别是EV71 C4亚型,未发现变异。     

一起由肠道病毒CoxB4引起的手足口病聚集性疫情的病原学鉴定及其基因型分析

目的:对引起一起手足口病聚集性疫情的未分型肠道病毒进行病原学鉴定,并分析其基因型。方法:对采集的标本用Real-time PCR方法检测肠道病毒核酸,并选取其中通用阳性,EV71和CoxA16阴性的标本用自行设计长距离PCR通用引物进行两步法RT-PCR,将得到的PCR产物进行测序,将所得序列在GenBank中进行同源性搜索以确定是何种血清型肠道病毒,同时选取部分标本进行全序列的测定并构建分子系统树,从而确定引起本次手足口肠道病毒为何种基因型。结果:34份标本经Real-time PCR检测,19份标本肠道病毒核酸通用阳性,EV71阴性和COX16阴性,选取其中的10份测定其VP1区序列,经同源性搜索确定为肠道病毒CoxB4,且10标本的序列同源性均在99%以上。全序列测定结果与其他CoxB4进行系统发生分析显示,本次分离到的CoxB4属于第VIII类基因型。结论:引起本次手足口病聚集性病例的病原为肠道病毒CoxB4,第VIII类基因型。     

渭南市2016年手足口病病原学及EV 71型基因特征分析

目的了解2016年渭南市手足口病病原学特征和肠道病毒71型(EV 71)基因特征。方法收集渭南市2016年疑似手足口病病例咽拭子样本,采用实时荧光定量PCR法进行核酸分型检测,同时对2株EV 71型病毒株VP1片段进行核苷酸序列测定以及同源性及系统进化分析。结果共检测手足口病病例咽拭子样本1 019份,检出肠道病毒阳性689份,总阳性率为67.62%;各型别病毒阳性率由高到低依次为其他肠道病毒26.89%、EV 71型24.63%和Cox A16型16.09%,差异有统计学意义(P0.01)。病毒核酸检出阳性主要集中在5―10月,占总阳性数的91.04%(549/603)。病毒核酸检出阳性病例男女性别比为1.26∶1;年龄集中在5岁以下儿童,占93.90%(647/689);散居儿童占67.94%,托幼儿童占32.06%。重症病例以EV 71阳性率最高(72.22%),普通病例以其他肠道病毒阳性率最高(29.04%),差异有统计学意义(P0.01)。2株EV 71毒株VP1区序列与C4a基因亚型核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为96.6%~96.7%和99.3%;系统进化树分析显示,2株EV 71毒株与福建流行株(KU595899.1)同源性最高。结论 2016年渭南市手足口病主要病原体为其他肠道病毒,EV 71是引起渭南市手足口病重症病例的优势病毒型别,渭南市EV 71型毒株属于C4a基因亚型。     

2008-2010年湖南省哨点医院手足口病病原学检测结果及基因特征分析

目的针对2008-2010年湖南省哨点医院手足口病实验室检测结果及其基因特征进行分析,为湖南省手足口病的综合防治提供参考资料。方法收集湖南省哨点医院2008-2010年手足口病病例送检的咽拭子、粪便等标本,用RD、Hep-2细胞对标本进行病毒分离,应用RT-PCR及Real ti me-PCR技术检测原始样本和分离阳性毒株中的肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVA16）、非EV71和CVA16的其它肠道病毒（EV）,将分离到的EV71采用RT-PCR方法进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行序列测定和分析。结果 2008-2010年湖南省哨点医院HFMD患者2 448例的各类标本中检测到EV71病毒阳性1 228份,CVA16病毒阳性169份,EV71和CVA16病毒核酸同时阳性12份,非EV71和CVA16的其它肠道病毒（以下简称为EV）阳性518份,病原谱构成以EV71型为主,其构成比为63.73%（1 228/1 927）,其次EV占26.88%（518/1 927）、CVA16占8.77%（169/1 927）、EV71＋CVA16混合感染占0.62%。三种不同型别肠道病毒在每月中均有报告,EV71为优势病原体,4-7月达到峰值,其次为EV型,CVA16型每月维持在低水平的感染。HFMD病例人群男性高于女性（1.95：1）,1~3岁儿童是重症病例数及死亡病例数最多年龄段;湖南省14个地市（州）HFMD的病原谱均以EV71型为主。对845份阳性标本进行病毒分离,共获得肠道病毒211株,其中EV71型131株,CVA16病毒19株,非EV71和CVA16的其它EV型49株,混合感染12株。13株EV71 VP1编码区全长序列之间核苷酸同源性为97.35%~100%,氨基酸同源性为98.2%~100%,基因型为C4a亚型。结论 EV71型是2008-2010年湖南省手足口病流行的主要病原,也是引起手足口重症病例和死亡病例的主要毒株类型,属于C4a亚型。     

北京市西城区手足口病患儿肠道病毒71型VP1区基因进化分析

目的了解北京市西城区2015年手足口病（HFMD）患儿肠道病毒71型（EV 71）分离株VP1区基因特征,分析其变异情况。方法收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物。EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序。从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析。结果共分离到6株EV 71（Genbank登录号为KU376383-KU376388）,其VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.00%~99.00%和98.00%~100.00%,与参考序列VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.00%~97.00%和93.00%~100.00%。进化分析显示,6株EV 71均为C4a基因亚型。结论 2015年北京市西城区EV 71流行株属于C4a亚型,未出现明显变异。     

2010一2011年湖南省郴州市手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010-2011年湖南省郴州市手足口病EV71病毒的基因特征,为手足口病的预防控制提供科学依据。方法从2010-2011年郴州市各县（市、区）送检的手足口病肛拭子标本中随机挑选60份标本采用RD细胞进行病毒分离,采用Realtime—RT—PCR方法检测肠道病毒核酸,挑选14株致细胞病变阳性且EV71核酸检测阳性的标本（其中2010年的4株均为郴州市手足口流行夏季高峰期分离株,2011年的毒株主要为冬季高峰期分离株）,采用RT—PCR法扩增出EV71分离株的VP1区片段,随后进行VP1区核苷酸序列测定和分析,并使用生物信息学方法作基因特性分析。结果郴州市14株EV71毒株在生物进化树上与CAa亚型的代表株属同一分支。14株EV71毒株之间核苷酸序列的同源性在96．1％～100．0％之间,氨基酸序列的同源性在99．3％～100．0％之间;与A、B、C各基因型和亚型代表株EV71VP1编码区核苷酸和氨基酸序列同源性分析表明,郴州各分离株与安徽阜阳2008年毒株C4a亚型代表株（EU703812）的同源性最高,其中核苷酸同源性在91．8％-93．3％之间,氨基酸同源性均为99．3％。14株分离株与安徽阜阳2008年毒株（C4a亚型代表株）VP1区段的氨基酸编码序列进行比较,发现K98E、S283T和A293S3处位点变异,重症病例与普通病例的EV71病毒VPI氨基酸变异无明显差异。结论2010-2011年郴州市手足口病的优势毒株EV71属于C4a基因亚型。郴州市各县（市、区）的EV71亲缘关系近,毒株基因较稳定,未发现氨基酸突变位点与病例类型有关联。     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.