肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 了解2009-2010年山东省临沂市肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征,初步探讨VP1区核苷酸或氨基酸变异与不同临床类型的关系.方法 从手足口病(HFMD)病例、重症病例和死亡病例的粪便标本中分离获得23株EV71病毒株,RT-PCR扩增VP1区,并进行序列测定和分析.结果 23株分离株与A、B基因型同源性较低;与C4亚型的C4a群代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别达到92.8％～93.5％和98.3％ ～99.3％,明显高于其他亚型代表株的同源性;各分离株间的氨基酸序列比对显示无特征性改变.结论 2009-2010年临沂地区流行的EV71是C4亚型的C4a群,HFMD病例、重症病例和死亡病例分离株VP1区核苷酸序列和氨基酸序列无特征性差异.     

邯郸市2010-2012年肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的明确邯郸市2010-2012年EV71流行株的基因型及其VP1区基因特征,为手足口病防治提供分子生物学依据。方法用RD细胞分离培养EV71病毒,RT-PCR方法扩增VP1区基因片段,进行核苷酸和氨基酸序列同源性分析,构建系统进化树。结果邯郸市EV71分离株VP1区核苷酸同源性为96.4%~100.0%,与A、B基因型代表株VP1区核苷酸同源性在81.8%~82.7%与83.6%~84.5%之间。与已知基因型C1、C2、C3、C4代表株的核苷酸同源性分别在89.9%~90.3%、89.3%~90.1%、87.9%~88.7%和96.0%~96.9%之间,与1998年台湾分离株同源性为92.4%~93.2%,与2008年阜阳、2009年河南、2010年河北和2011年陕西分离的EV71代表株同源性在96.6%~99.1%之间。基于VP1区构建的EV71系统进化树显示,这14株EV71均为C4a亚型。结论邯郸市2010-2012年EV71流行株为C4a亚型,与中国大陆近年流行株分离结果一致。     

浙江省肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的研究浙江省手足口病患者中肠道病毒（EV）71型分离株的病毒基因特征。方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本，进行病毒分离和逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）特异性扩增进行鉴定，同时选取其中6株EV71分离毒株，对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树。结果从14份标本中分离出EV9株，经中和试验和RT—PCR特异性扩增，均证实为EV71。其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82．9％～85．5％和94．9％～98．0％；与C基因型比较，同源性分别为89．2％～94．1％和97．0％～99．0％。而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91．0％～92．2％、90．2％～90．3％、89．2％～89.5％、96．7％～96．9％，其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8％～97．1％。在系统发生树上，这6株毒株均在C基因型中，与属C4亚型的11株毒株属同一分支。结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型。     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒7 1型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

2008年福建省肠道病毒71型分离株的遗传特征分析

[目的]分析福建省流行的肠道病毒71（Enterovirus71,EV 71）分离株的遗传特征。[方法]对2008年手足口病例（HFMD）EV 71分离株进行RT-PCR扩增全长VP1基因,测序并分析病毒遗传学特征。[结果]从福州、泉州及龙岩3地市散发的手足口病例中分离到8株EV 71,种系发生树显示2008年福建与阜阳分离株和中国大陆1998年以来的病毒株均为C4亚型,至少分为4个谱系（lineages）。8株福建分离株核苷酸与氨基酸同源性分别为97.4%-100%和99.3%-100%,与Genbank安徽阜阳的5株分离株病毒同源性最高,核苷酸与氨基酸序列同源性为97.6%-99.5%和96.4%-99.3%,其中福建株HF08-17、HS08-140与阜阳分离株同源性为99.2%-99.5%,为同一传播链上的病毒;福清市2分离株（HA08-68和HA08-69）以及长汀县3株（HA08-124,HS08-139和HS08-140）病毒间核苷酸差异性为2.1%-2.2%,说明同一地区存在不同传播链。[结论]2008年福建省EV 71分离株均属于C4亚型,C4亚型病毒在中国大陆具有多传播链、广泛快速传播的特点;福建省内存在亲缘关系较近的EV71多传播链病毒同时流行,应加强监测与分析。     

敦化市2009-2011年致手足口病流行肠道病毒71型基因特征分析

目的分析吉林省敦化市流行的肠道病毒71型分离株的基因特征。方法对2009-2011年敦化市手足口病来源的3株EV71分离株进行逆转录-聚合酶链反应扩增VP1基因编码区后进行序列测定,并使用Bioedit和Maga4生物信息学软件进行基因特征分析。结果敦化市3株EV71流行株均为C4a基因亚型,3株EV71分离株之间核苷酸同源性为98.6%~98.8%;与吉林省和龙市的流行株核苷酸同源性为98.8%~99.8%,与吉林省其他地区的2株EV71代表株的核苷酸同源性为97.6%~99.3%,与安徽省阜阳市2008年代表株的核苷酸同源性为98.3%~99.3%。敦化市3株EV71分离株之间、与2008年阜阳株以及吉林省2009-2011年3株代表株的氨基酸同源性均达到100%。结论敦化市3株EV71分离株与同为延边州的和龙市的流行株核苷酸同源性最高,与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸也具有较近的同源性。敦化市3株EV71分离株之间以及与中国C4a基因型代表株之间都具有较高的氨基酸同源性。     

2007-2010年上海市静安区儿童手足口病情况分析和病原学研究

目的 分析上海市静安区2007 -2009年手足口病发病情况,并分析2009-2010年静安区监测点儿童手足口病病原型别及肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71) VP1区基因特征.方法 分析上海市静安区2007 -2009年手足口病流行概况;收集2009年4月～2010年12月辖区内儿童医院、幼托机构手足口病患儿咽拭标本,并进行实时荧光RT-PCR检测,确定手足口病病原型别.选择2010年不同月份共19份(含1份重症病例)EV71 PCR阳性标本,接种Vero细胞进行病毒分离培养,并设计特异引物对EV71 VP1全序列进行核苷酸序列测定、比对,构建系统发生树.结果 2008年静安区手足口病发病率明显增高,2009年发病数稳中略降,病例以发生在幼托机构为主.2009年病例咽拭标本实时荧光RT-PCR检测结果显示,柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CoxA16)阳性率为51.0％ (52/102),EV71阳性率为15.7％ (16/102),其他肠道病毒属阳性率2.9％ (3/102);2010年CoxA16和EV71阳性率均为31.3％ (36/115),其他肠道病毒属阳性率10.4％( 12/115).19株EV71分离株与2008年安徽阜阳EV71分离株同属C基因型中的C4a亚型,核苷酸同源性达95.0％ ～97.1％,氨基酸同源性为95.1％ ～98.3％.结论 静安区手足口病发病率2008年明显增高,2009年发病数稳中略降.2009-2010年静安区手足口病主要病原体为EV71和CoxA16,其他肠道病毒属引起的手足口病有所增加,需加强对其他肠道病毒属的鉴定.     

安徽省肠道病毒71型VP1区基因分析

目的阐述引起安徽省2008年手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）流行的肠道病毒71型（enterovirus71,EV71）基因特征。方法采集HFMD暴发初期患者标本,进行病毒分离、培养,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）鉴定上述培养物。扩增病毒株及核酸样本的VP1编码区全基因,并进行序列测定和分析。结果暴发初期分离出3份病毒株,经中和试验及RT-PCR证实为EV71。根据VP1全基因序列与EV71基因型、亚型参考株构建亲缘性关系树,17份测序结果与C4亚型聚为一簇,与A、B、C1、C2、C3、C4基因型别（亚型）的核苷酸的同源性分别为：82.0%-83.0%、84.3%-85.4%、89.7%-91.1%、89.1%-90.7%、88.3%-89.8%、93.0%-94.6%;氨基酸的同源性分别为：93.9%-95.2%、96.6%-97.6%、97.9%-98.6%、98.6%-99.3%、98.3%-98.9%、98.6%-99.6%;簇内比较显示,1株2006年的EV71毒株与另16份2008年样本在C4亚型内又分属两个亚簇,核苷酸、氨基酸的同源性分别为：96.2%-96.9%、98.3%-99.3%。结论引起安徽省2008年HFMD的EV71为C4亚型,与2006年分离的1份毒株有差异,提示安徽省存在C4亚型的不同分支。     

长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010年长沙市手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）重症和普通病例肠道病毒71型（human Enterovirus 71,EV71）VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株（3254-TAI-98）的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性（分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%）;12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性：同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性（92.6%-93.3%和91.8%-92.7%）。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。     

北京市2010年手足口重症病例EV71检出情况及病原学分析

目的 了解2010年北京市手足 (口)重症病例肠道病毒(EV)检出情况及EV71病原学特征.方法 荧光定量RT-PCR检测EV71和柯萨奇病毒A组16型(CoxA16).采用RD细胞对检测阳性的咽拭子进行病毒分离培养和鉴定,对EV71分离株的VP1基因序列进行种系发生分析.结果2010年北京市手足口重症病例442例荧光定量RT-PCR检测阳性253例,阳性检出率为57.24％,其中EV71为54.55％ (138/253),CoxA16为5.93％(15/253),其他肠道病毒为39.53％( 100/253).VP1基因序列分析表明2010年北京市手足口重症病例的12株EV71分离株均属于C4a基因型,核苷酸同源性为97.2％ ～ 100.0％;与2007-2010年北京EV71分离株、2007年山东手足重症病例、2008年安徽阜阳及2008年广东手足口重症及死亡病例EV71分离株VP1基因序列核苷酸同源性为94.0％ ～ 99.9％.结论 北京市2010年手足口重症病例由C4a基因型EV71引起,其中至少有4个病毒链在重症病例发病中起作用.分离的12株EV71与安徽阜阳地区2008年手足口重症病例分离株亲缘关系较近.     

天津市手足口病分子流行病学分析

目的分析天津市手足口病病原学分布及肠道病毒71型(EV71)分子流行病学特点。方法采集天津市各医院2008—2010年手足口病住院患者粪便标本2 377份,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测肠道病毒核酸;选取部分EV71阳性标本分离病毒,采用RT-PCR扩增其VP1基因,进行序列测定和同源性分析,建立系统发生树。结果 2 377份手足口病粪便标本中,肠道病毒总阳性率为70.72%(1 681/2 377),其中EV71占48.30%,CV-A16占37.36%,其他EV占14.34%;31株EV71分离株与C4亚型的C4a分支参比株具有最高核苷酸序列同源性,同源性为95.7%～99.2%,在系统发生树上均归属于C4a分支。结论天津市2008—2010年手足口病主要病原体为EV71,其流行株为C4亚型中的C4a病毒株。     

2010年致白城市手足口病流行的肠道病毒71型基因特征

目的分析2010年致白城市手足口病流行的肠道病毒71型基因特征。方法对2010年白城市6株EV71分离株VP1编码区基因全长逆转录-聚合酶链反应扩增后进行序列测定,使用Bioedit软件和MEGA 4.0软件进行同源性、基因亲缘关系分析。结果白城市2010年的6株EV71分离株均属于C4a基因亚型,6株白城分离株间的核苷酸同源性为98.6%～100.0%,并形成2个传播链,传播链1的白城4株病毒与吉林省2010年流行株代表株JL-HFM-10-5病毒亲缘关系最近,核苷酸同源性99.7%～100.0%,传播链2的2株白城流行株与2008年的阜阳流行株和2009年的2株吉林省流行株亲缘关系最近,核苷酸同源性99.3%～99.4%。结论 2010年白城市至少有两个EV71传播链致手足口病流行,传播链1的病毒在吉林省内和白城部分县区循环传播导致手足口病的流行;传播链2的病毒已经在国内传播较长时间,提示EV71病毒跨地域迅速而广泛传播特点。     

北京地区2006-2008年肠道病毒71型VP1区基因特征分析

目的 了解2006-2008年北京地区分离的不同来源肠道病毒71型(EV71)VP1区基因特征.方法 从手足口病例、急性弛缓性麻痹病例和健康儿童的粪便、咽拭子和疱疹液标本中分离EV71病毒株,选取其中9株EV71分离株,采用RT-PCR扩增VPl区全长基因片段并进行序列测定、系统发生树构建、核苷酸同源性及组内和组间进化距离分析.结果 9株EV71在系统发生树上与C基因型中的C4亚型代表株属同一分支;在核苷酸同源性分析中,9株分离株与C4亚型代表株的同源性达到92.1%～93.9%,明显高于与C1、C2、C3亚型代表株的同源性(分别为88.8%～89.5%、89.4%～90.0%和88.4%～89.3%);三种不同来源的分离株病毒之间具有较高的同源性(95.9%～100.0%),但与1998年分离的C4亚型代表株的同源性却较低(分别为93.3%～93.9%和92.1%～92.9%).在进化距离的分析上,C4亚型内各组间距离较大,尤其是亚型代表株与分离株之间距离最大(D=0.052～0.071).结论 2006-2008年北京地区流行的EV71仍然是C4亚型,在同一时间不同地区、不同来源、不同疾病状态卞分离的EV71在VP1区全长基因序列上无明显差别;但是随着时间推移,核苷酸变异的不断积累,出现新亚型的概率也在不断增加,因此有必要加强分离株的监测以掌握EV71的变异趋势.