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目的 了解北京市西城区2015年手足口病(HFMD)患儿肠道病毒71型(EV 71)分离株VP1区基因特征,分析其变异情况.方法 收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物.EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序.从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析.结果 共分离到6株EV 71(Genbank登录号为KU376383-KU376388),其VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.00%~99.00%和98.00%~100.00%,与参考序列VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.00% ~ 97.00%和93.00% ~ 100.00%.进化分析显示,6株EV 71均为C4a基因亚型.结论 2015年北京市西城区EV 71流行株属于C4a亚型,未出现明显变异. 相似文献
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目的了解北京市5岁以下腹泻儿童人博卡病毒(human bocavirus, HBoV)感染状况及分子流行病学特征。方法收集2015年11月—2016年12月北京市哨点医院5岁以下急性腹泻儿童粪便标本,用巢式PCR对HBoV部分VP1区序列进行扩增,并对阳性序列进行基因特征分析。结果共采集粪便标本396例,检出HBoV 30例(7.58%),包括3种基因型别,分别为HBoV1型(17例)、HBoV2型(11例)、HBoV3型(2例),未检出HBoV4型。进化分析表明,HBoV1序列在进化树上包括两簇,其中,BJ16-325变异程度较大,自成一簇;其他HBoV1序列共同形成一簇。北京地区所有HBoV2序列均位于一个新的HBoV2亚型分支上。结论 2015—2016年北京市5岁以下腹泻儿童检出的HBoV包括3种基因型(1~3型);北京市至少存在2组不同来源HBoV1的流行;本地区流行的HBoV2为一种新的亚型。 相似文献
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目的应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法检测和分析牡蛎中诺如病毒的基因特征。方法应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法, 对2014年11月至2015年10月北京市采集的新鲜市售牡蛎进行诺如病毒GⅠ/GⅡ组并联试验检测, 分析检出率, 应用符合率和一致性检验(Kappa值)对半巢式RT-PCR方法进行可靠性评价, 应用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒GⅠ/GⅡ衣壳蛋白区基因, 对阳性产物进行测序。采用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对、Mega 6.0软件构建进化树。结果 72份样品中, 实时荧光RT-PCR、半巢式RT-PCR和并联试验的诺如病毒检出率分别为31.94%(23/72)、38.89%(28/72)和48.61%(35/72)。2种方法符合率为73.61%, 中度一致(Kappa值=0.43)。测序成功13株诺如病毒, 11株(7株GⅡ.17、2株GⅡ.4 Sydney2012、1株GⅡ.1和1株GⅡ.21基因型)为2种RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本所得;2株(GⅡ.17和GⅡ.3基因型各1株)为半巢式RT-... 相似文献
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目的评价免疫荧光法临床应用于细菌性阴道炎患者诊断的效果。方法选择2010年10月至2011年10月杨凌示范区医院收治的临床上诊断为细菌性阴道炎的80例患者,随机分为观察组和对照组,分别对阴道分泌物涂片采用免疫荧光法和常规线索细胞检查法进行病原菌检测,每份标本涂片三张,重复三次检查,分析两组诊断结果与临床诊断的符合率。结果实验组组的检测结果在与临床诊断的符合率和特异性明显优于对照组,两组之间的差异具有统计学意义(P<0.05)。结论免疫荧光法检查法比常规线索细胞检查法对细菌性阴道炎的诊断具有更高的准确性,值得在临床上广泛应用。 相似文献
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目的了解北京市市售花蛤诺如病毒和轮状病毒检出情况,分析其基因特征。方法2014年11月-2015年10月,采集北京市三个水产品销售市场新鲜花蛤各24件。用两种方法对花蛤鳃和肠内容物进行病毒浓缩,提取核酸后用实时荧光RT-PCR法检测诺如病毒GI/GII组和A组轮状病毒核酸。用半巢式RT-PCR方法,扩增诺如病毒阳性样本衣壳蛋白VP1区基因,对PCR阳性产物进行测序,用诺如病毒分型工具进行基因亚型鉴定,用MEGA软件最大似然法构建进化树。结果72件花蛤中未检出A组轮状病毒,诺如病毒检出率为34.7%(25/72),GII组、GI组和GI/GII组混合检出率分别为27.8%(20/72)、4.2%(3/72)和2.8%(2/72)。11月诺如病毒检出率最高,为100.0%(6/6);三个水产销售市场诺如病毒检出率分别为25.0%(6/24)、50.0%(12/24)和29.2%(7/24)。10件测序成功,其中6株为GII.17,GII.6、GII.2、GI.3a和GI.4各1株。这些毒株与腹泻患者和外环境参考毒株相似性为97.9%~100.0%。结论北京市市售花蛤存在诺如病毒污染,而且与腹泻患者和外环境参考毒株高度同源,应加强花蛤及销售人群和环境的诺如病毒监测。 相似文献
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