2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI 值最高,可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。     

中国副溶血弧菌多位点可变数目串联重复序列分型方法的建立

目的建立适合中国分离的副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法。方法以我国不同来源的420株副溶血弧菌为研究对象,针对现有的12个可变数目串联重复序列（VNTR）位点使用PCR扩增,产物进行毛细管电泳,对不同位点及其组合的分型能力结果进行分析。结果副溶血弧菌的12个VNTR位点中,VPTR7的扩增率比较低（71.90%）,VP1-17不具备多态性（Nei值＝0.00）,VP2-07的稳定性差;6个位点的组合（VP1-10、VPTR1、VPTR3、VPTR5、VPTR6、VPTR8）分型方案可将420株副溶血弧菌分为311个MLVA型,并可区分相同的ST型菌株。结论6个位点的MLVA分型方案经济性和区分度最优,建立了适合中国分离副溶血弧菌的MLVA分型方案。     

新疆维吾尔自治区人间布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分型研究

目的采用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法对新疆维吾尔自治区（新疆）分离的人间布鲁氏菌进行基因型分析。方法采用布鲁氏菌MLVA16-多色毛细管电泳分型方法,对2015年和2016年分离自新疆7个地（州、市）的24株人间布鲁氏菌临床分离株和3株布鲁氏菌标准菌株进行分型;利用BioNumerics（Version 7.5）软件构建菌株最小进化树,分析菌株间遗传关系。结果MLVA16分型可将不同种布鲁氏菌予以区分,24株临床分离株panel1、panel2A均为42型和108型,panel2B具有多态性;24株临床分离株被聚类为一个分支,与羊种布鲁氏菌聚类为一个大分支,个别不同地区分离株的亲缘关系较近。结论羊种3型布鲁氏菌是新疆人间布鲁氏菌病（布病）的主要流行菌株,MLVA16-多色毛细管电泳分型作为一种快速、可靠的基因分型方法,可为新疆人间布病传染源的溯源研究提供依据。     

多位点串联重复序列分析应用于中国肠炎沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库。方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省（直辖市）的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力。结果 289株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力（D值）为0.8433。PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6%、25.6%,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5%。采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限。MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5%,分布于各省及各年份。若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058。对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开。结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析。     

基于基因组序列的副溶血弧菌两种分型方法比较研究

  目的  比较基于全基因组测序（WGS）SNP的分型方案和多位点串联重复序列分析（MLVA）分型方案用于我国副溶血弧菌分子分型的能力,并分析两种方法的优缺点及适用情况。  方法  选取我国分离的56株副溶血弧菌,使用6个数目可变串联重复序列（VNTR）位点的MLVA方案和基于全基因组序列SNP的方案对这些菌株进行分子分型分析,通过量化指标评价这两种方法对我国分离的副溶血弧菌的分型能力。  结果  56株副溶血弧菌经MLVA分型,获得31种MLVA型,D值为0.949。 对56株副溶血弧菌进行全基因组测序,获得33个差异明显的基因型,D值为0.967。 两种分型方法对菌株的分辨能力十分接近,分型结果高度一致。  结论  6位点的MLVA分型方案与基于全基因组测序SNP的分型方案具有相似的分型能力,其分型能力稍弱。     

产志贺毒素大肠埃希菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析

目的 探讨多位点可变数目串联重复序列分析[multiple-locus VNTR (variable-number tandem repeats) analysis,MLVA]分型方法对产志贺毒素大肠埃希菌分离株的分型效果,初步了解菌株分子流行病学特征。 方法 采用7个VNTR位点对70株产志贺毒素大肠埃希菌分离株进行分析,并根据多态性位点的重复数目利用BioNumerics软件进行聚类分析。 结果 70株菌株被分为46种MLVA型别,O157与非O157菌株可分为A、B两个明显不同的群。除少部分菌株外,不同宿主来源、志贺毒素型别及血清型的非O157菌株与MLVA型别存在较好的相关性。 结论 7个VNTR位点的MLVA分型方案对于产志贺毒素大肠埃希菌的菌株分型、暴发溯源等具有一定的参考价值,但仍需进一步完善。     

脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析 应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点。 方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点, 简称MLVA_EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力。 结果 175株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823。对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型。用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758。应用MLVA_PN分析,获得98种型别, D值为0.9763。 两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性。对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性。 结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析。     

沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析

目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素（头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋）均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。     

安徽省马鞍山市2014-2018年腹泻患者中致泻性大肠埃希菌病原学及流行特征分析

目的了解安徽省马鞍山市腹泻患者中致泻性大肠埃希菌（DEC）的感染情况、毒力基因、耐药性以及分子分型,为DEC的防治提供依据。方法2014 — 2018年,对马鞍山市三家哨点医院门诊急性腹泻患者粪便标本进行DEC的分离、鉴定与毒力基因检测,并对阳性菌株进行药敏试验及脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型。结果1 711份腹泻粪便标本中有120份检出阳性,共分离得到123株DEC,标本检出阳性率为7.01%。 DEC阳性病例年龄分布以0～5岁的婴幼儿及20～39岁青壮年为主;病例集中在夏季（6 — 8月）。 DEC分型中以肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）和肠致病性大肠埃希菌（EPEC）为主,分别占58.54%和31.71%。 123株DEC菌株的药敏试验结果显示,超广谱β-内酰胺酶（ESBL）阳性菌株耐药严重,所有菌株耐≥6种药物。 PFGE分子分型产生119种带型,带型相对分散,相似度为49.7%～97.7%。结论2014 — 2018年马鞍山市腹泻患者DEC的感染类型以ETEC和EPEC为主,存在年龄及季节分布特征,本地分离DEC菌株的耐药程度较为严重,PFGE带型分散,应控制抗生素的滥用,重点关注ETEC或EPEC的流行风险。     

应用多位点串联重复序列分析方法鉴定布鲁氏菌变异株

目的 对常规的生物学鉴定方法无法准确分类的布鲁氏菌变异菌,采用多位点串联重复序列分析（MLVA）方法进行种型分类。 方法 39株经常规生物学方法鉴定为布鲁氏菌变异株,应用MLVA方法进行种型分类。 结果 39株菌株与粗糙型血清R凝集,可被Bk₂噬菌体裂解,Wb、Tb噬菌体不裂解,其生物型别不确定;9株菌株与血清A和M弱凝集,2株菌株与血清M弱凝集,其他28株菌株与血清A和M都不凝集;33株菌株可被粗糙型Iz噬菌体裂解,确定39株菌株为布鲁氏菌变异株。 应用16个位点串联重复序列分析,结合布鲁氏菌参考标准菌株,经聚类分析,39株菌中2株菌与牛种布鲁氏菌生物2和4型高度相似,37菌株与羊种布鲁氏菌生物3型高度相似。 结论 常规生物学鉴定方法与分子生物学分型方法的联合运用,可以更好地解决布鲁氏菌分离菌株的分类,尤其是适合布鲁氏菌变异菌株的鉴定。     

Comparison of multilocus variable-number tandem repeat analysis and pulsed-field gel electrophoresis in molecular subtyping of Salmonella enterica serovars Paratyphi A

Salmonella enterica serotype Paratyphi A is a highly clonal organism; pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is insufficient in discriminating isolates. A multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) was developed, and its usefulness in discriminating isolates was compared. PFGE analysis with XbaI and BlnI discriminated 55 isolates into 14 types, with a discriminatory index (DI) of 0.741 (confidence interval [CI], 0.635-0.847). MLVA divided the isolates into 23 types, with a DI of 0.937 (CI, 0.909-0.964), which was significantly higher than that for PFGE. Clustering analysis of PFGE and MLVA patterns indicated that S. Paratyphi A isolates recovered from 2000 to 2010 in South and Southeast Asia were highly clonal. Although MLVA is not sufficiently powerful in discriminating epidemiologically unrelated isolates, it can complement PFGE for epidemiologic investigation of S. Paratyphi A infections.     

黑龙江省肠出血性大肠埃希菌遗传基因型别的研究

目的 对肠出血性大肠埃希菌(EHEC)的遗传基因刑别进行不同分子分型方法的对比研究,从分子流行病学角度分析黑龙江省EHEC的检出情况,并对多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于 EHEC 的分型效果进行评价.方法 采用毒力基因鉴定、核酸脉冲场凝胶电泳(PFGE)与MLVA 3种方法对70株EHEC进行遗传基因型...     

广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析

目的 研究珠海市沙门菌1,4,［5］,12:i:–和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据。 方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–进行PFGE和MLVA分型。 结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–的多重耐药株分别为45株（45/51,88.24%）和51株（51/70,72.86%）,2种菌多重耐药率差异有统计学意义（χ2＝4.256,P＝0.039）,两者的耐药率＞50.00%的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素。 121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型。 MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化最多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87%的菌株在STTR10p位点无扩增产物。 经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建最小生成树分析发现91.74%（111株）菌株分布在Ⅰ群。 结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似。      

辽宁省1株犬种布鲁氏菌分离株的分子生物学鉴定

目的 对2010年辽宁省分离的1株疑似犬种布鲁氏菌进行生物型及分子生物学鉴定。 方法 采用布鲁氏菌常规鉴定分型方法,结合多重聚合酶链反应(PCR)和多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法。 结果 常规分型方法和MLVA方法鉴定该分离株为犬种布鲁氏菌。 结论 采用传统分型方法,同时结合MLVA方法对布鲁氏菌进行分型鉴定,可以增加鉴定工作的稳定性与正确性。但多重PCR结果也提示犬种布鲁氏菌与猪种布鲁氏菌的亲缘关系较近。     

肺炎克雷伯菌脉冲场凝胶电泳分型能力评价

目的 评价脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)技术用于肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)的分型能力。 方法 选用220株肺炎克雷伯菌,对PFGE方法的分型力、可重复性、分辨力、流行病学一致性及其与多位点序列分型(MLST)的分型一致性进行评价。挑选全部220株菌株进行实验,评价PFGE的分型力;挑选18株菌株重复2次实验评价PFGE的可重复性;分别挑选3组无流行病关联的碳青霉烯耐药临床株、腹泻患者肠道分离株、食品分离株,使用Simpson差异指数(D)评价PFGE的分辨力;挑选同一次暴发期间分离的34株菌株,评价PFGE的流行病学一致性及其与MLST对暴发菌株分型结果的一致性;挑选64株不同来源的菌株,评价PFGE和MLST分型对流行病学不相关菌株的分型一致性。用BioNumerics软件对所有实验菌株的PFGE图谱进行分析。 结果 220株肺炎克雷伯菌中有216株通过PFGE能够获得有效的图谱,其分型力为98.18%(216/220);18株菌株重复2次实验的图谱完全一致;PFGE对无流行病关联的50株碳青霉烯耐药临床株、34株腹泻患者肠道分离株、48株食品分离株分型的D值分别为0.9910、0.9964、1.0000;针对34株暴发期间分离菌株,PFGE能够很好地甄别出暴发菌株,高度相关菌株和不相关菌株,并且分型结果与菌株分离病区、分离时间具有一致性;针对暴发菌株,PFGE能够将相同MLST型别的菌株聚成一簇;针对流行病学不相关菌株,PFGE不能将相同MLST型别的菌株分成相同或相似的带型或者聚成一簇。 结论 PFGE对肺炎克雷伯菌分型具有很好的分型力、可重复性和分辨力;针对暴发菌株,PFGE能够将相同MLST型别的菌株聚成一簇;针对流行病学不相关菌株,PFGE和MLST分型一致性差。     

2017年湖北省重点急性传染病聚集性/暴发疫情防控措施效果比较

目的分析2017年湖北省重点急性传染病聚集性/暴发疫情的分布特征,比较停课、隔离、健康教育、环境消毒措施在传染病暴发早期控制传染病疫情的效果。方法建立全省聚集性/暴发疫情主动监测系统,采用描述性流行病学方法分析2017年湖北省重点急性传染病聚集性、暴发疫情的构成、场所分布等特征,采用logistic回归分析比较疫情控制措施效果。结果2017年湖北省共监测发现重点急性传染病聚集性/暴发疫情1 128起。 聚集性疫情中,手足口病的比例最高（46.6%）;暴发疫情中,流行性感冒（流感）的比例最高（46.1%）。 学校是疫情发生的主要场所（95.1%）。 单因素logistics回归分析显示,聚集性疫情中采取停课、环境消毒或健康教育能有效阻止暴发疫情的发生（OR_停课＝0.191,95%CI:0.116 ~ 0.314;OR_环境消毒＝0.505,95%CI:0.320 ~ 0.798;OR_健康教育＝0.395,95% CI:0.230 ~ 0.679）。 多因素logistics回归分析显示,停课或健康教育措施能有效阻止暴发疫情的发生（OR_停课＝0.187,95%CI:0.111 ~ 0.314;OR_健康教育＝0.439,95%CI:0.233 ~ 0.825）。结论2017年湖北省重点急性传染病聚集性/暴发疫情主要为手足口病、水痘、流行性腮腺炎等通过呼吸道和接触传播为主的传染病,停课或健康教育是控制此类疫情效果最明显的措施,应首先推行,其他防控措施也需要相应并行。