中国副溶血弧菌多位点可变数目串联重复序列分型方法的建立

目的建立适合中国分离的副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法。方法以我国不同来源的420株副溶血弧菌为研究对象,针对现有的12个可变数目串联重复序列（VNTR）位点使用PCR扩增,产物进行毛细管电泳,对不同位点及其组合的分型能力结果进行分析。结果副溶血弧菌的12个VNTR位点中,VPTR7的扩增率比较低（71.90%）,VP1-17不具备多态性（Nei值＝0.00）,VP2-07的稳定性差;6个位点的组合（VP1-10、VPTR1、VPTR3、VPTR5、VPTR6、VPTR8）分型方案可将420株副溶血弧菌分为311个MLVA型,并可区分相同的ST型菌株。结论6个位点的MLVA分型方案经济性和区分度最优,建立了适合中国分离副溶血弧菌的MLVA分型方案。     

2007-2020年上海市布鲁氏菌分离株分型方法研究

  目的  对2007 — 2020年上海市人间布鲁氏菌分离株进行分子特征分析,了解菌株基因分型和聚类,为布鲁氏菌病（布病）的预防和控制提供依据。  方法  收集2007 — 2020年上海市人感染布鲁氏菌临床分离株20株;采用生化方法和AMOS-PCR进行鉴定;运用多位点序列分型（MLST）、多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（SNP）分析3种方法进行分子分型;并与参考株进行聚类分析。  结果  20株布鲁氏菌均为ST8型羊种布鲁氏菌;被MLVA-8分为4个基因型,MLVA-16分为17个基因型,panel 2B具有多态性;SNP分析表明,20株临床分离株亲缘关系较近,与羊种布鲁氏菌聚类。  结论  2007 — 2020年上海市人感染布病分离株主要为ST8型羊种布鲁氏菌,分子分型方法可为上海市布鲁氏菌的溯源研究提供依据。     

2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI 值最高,可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。     

2015－2019年四川省布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究

  目的  使用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）对四川省2015 — 2019年人间布鲁氏菌病（布病）分离菌株进行分型研究，为当地人间布病防控工作提供参考。  方法  选用MLVA-16方法对四川省布鲁氏菌株进行分型实验，通过在线数据库对比MLVA-8型别，利用Bio Numerics对MLVA-16位点重复数进行聚类分析。  结果  四川省布鲁氏菌株被分为29个MLVA-16基因型，遗传相似度在74.6%～100.0%，具有42、43、83共3个MLVA-8型，三者均起源于东地中海群，42型为主要MLVA-8基因型。 MLVA-8方法分辨率为0.356，MLVA-16分辨力为0.991，其中Bruce04、Bruce16及Bruce30位点分辨力较高，可采用MLVA-16方法作为本地暴发调查和散发疫情监测手段。  结论  四川省主要流行株为42型（MLVA-8型别）羊种布鲁氏菌，与全国流行株一致，提示该省布病疫情与北方疫情存在关联。 本研究首次将四川省布鲁氏菌进行MLVA分型，利用其构建的数据库将对四川省未来的布病监测及分子溯源工作提供基础数据支持。     

2016-2019年江苏省南京市人感染副溶血弧菌分子特征分析

  目的  了解江苏省南京市副溶血弧菌临床分离株的分子特征,为其防控提供参考。  方法  收集2016—2019年从腹泻和食物中毒患者分离的副溶血弧菌临床分离株并进行血清型分型,运用聚合酶链式反应（PCR）方法检测菌株的tlh、tdh、trh、toxRS/new、ORF8五种毒力基因,采用多位点序列分型（MLST）对菌株进行分子分型分析。  结果  2016—2019年共收集93株临床分离株,菌株优势血清型为O3∶K6（65/93,69.9%）,均携带tlh基因,73株属于tdh+trh- toxRS/new+的大流行菌群,非大流行菌群菌株中有5株为tdh-trh-非致病株。 共检出13个ST型,以ST3为主（68/93,73.1%）。  结论  南京地区副溶血弧菌以O3∶K6、ST3型大流行菌群菌株为主,非大流行菌群、非致病株并存。     

深圳地区致泻性大肠埃希菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方法的研究

目的通过比较多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方法,探索更优的致泻性大肠埃希菌（DEC）的快速溯源方法。方法本研究采用筛选的可变数目串联重复序列（VNTR）位点,对DEC菌株进行MLVA分型,并将该方法与金标准PFGE进行比较评估。结果PFGE分型方法将58株DEC分为43种带型,其中3种带型成簇,多样性指数（DI）值为0.965。 MLVA分型方法将58株菌分为42种带型,4种型别成簇,DI值为0.955。 此外,2种方法对2起暴发菌株的分型结果一致。结论MLVA方法与PFGE方法对深圳地区的58株DEC菌株的分型能力差异无统计学意义,但MLVA具有快速、简便、通量高的特点,使得MLVA优于PFGE分型方法,在疾病监测、疾病暴发调查中将会发挥重要的应用价值。     

某院耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLVA基因分型及流行状况研究

目的通过构建适合临床实验室常规应用的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株同源性多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法,建立昆明地区临床分离MRSA菌株的MLVA基因分型基础数据库,分析医院MRSA感染流行情况。方法收集昆明市第一人民医院临床微生物室2010年10月至2013年12月分离的111株MRSA菌株,对7个可变数目串联重复序列(VNTR)位点进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和产物电泳分析,归类各菌株的基因型别。结果 VNTR09-01位点测序结果显示9bp的重复子,重复规律性不强、易突变;111株分离株被分为25个基因型别(A~Y),其中G、A、B为主要型别,分别占47.7%、13.5%、8.1%;呼吸内科、神经外科、重症监护室(ICU)和乳腺科存在MRSA集中流行趋势。结论 MLVA分型方法可推广应用于本研究中7个VNTR位点多态性检测,部分科室存在MRSA同源菌集中流行情况,值得高度关注。     

产志贺毒素大肠埃希菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析

目的 探讨多位点可变数目串联重复序列分析[multiple-locus VNTR (variable-number tandem repeats) analysis,MLVA]分型方法对产志贺毒素大肠埃希菌分离株的分型效果,初步了解菌株分子流行病学特征。 方法 采用7个VNTR位点对70株产志贺毒素大肠埃希菌分离株进行分析,并根据多态性位点的重复数目利用BioNumerics软件进行聚类分析。 结果 70株菌株被分为46种MLVA型别,O157与非O157菌株可分为A、B两个明显不同的群。除少部分菌株外,不同宿主来源、志贺毒素型别及血清型的非O157菌株与MLVA型别存在较好的相关性。 结论 7个VNTR位点的MLVA分型方案对于产志贺毒素大肠埃希菌的菌株分型、暴发溯源等具有一定的参考价值,但仍需进一步完善。     

新疆维吾尔自治区人间布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分型研究

目的采用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法对新疆维吾尔自治区（新疆）分离的人间布鲁氏菌进行基因型分析。方法采用布鲁氏菌MLVA16-多色毛细管电泳分型方法,对2015年和2016年分离自新疆7个地（州、市）的24株人间布鲁氏菌临床分离株和3株布鲁氏菌标准菌株进行分型;利用BioNumerics（Version 7.5）软件构建菌株最小进化树,分析菌株间遗传关系。结果MLVA16分型可将不同种布鲁氏菌予以区分,24株临床分离株panel1、panel2A均为42型和108型,panel2B具有多态性;24株临床分离株被聚类为一个分支,与羊种布鲁氏菌聚类为一个大分支,个别不同地区分离株的亲缘关系较近。结论羊种3型布鲁氏菌是新疆人间布鲁氏菌病（布病）的主要流行菌株,MLVA16-多色毛细管电泳分型作为一种快速、可靠的基因分型方法,可为新疆人间布病传染源的溯源研究提供依据。     

多位点串联重复序列分析方法在嗜麦芽窄食单胞菌分子分型中的应用

目的 探讨多位点串联重复序列分析方法(multiple-locus variable-number tandem repeat analysis, MLVA)在嗜麦芽窄食单胞菌分型中的应用。 方法 选用文献报道的12个嗜麦芽窄食单胞菌串联重复序列位点及引物,采用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,根据凝胶电泳图谱计算出各位点的串联重复单元拷贝数,通过BioNumerics(Version 4.0, Applied Maths BVBA, Belium)聚类分析。 结果 设置12个位点串联重复单元拷贝数100％的相似性为判断标准,可将106株嗜麦芽窄食单胞菌分为34个MLVA基因型,流行病学上有关联的菌株具有相同的基因型。设置12个位点串联重复单元拷贝数45％相似性为判断标准,将106株菌株分为11个群,相同的地域、分离来源和分离部位的菌株具有相关性。 结论 串联重复序列位点分型技术具有简便、快速、特异、可比性、可重复性和高鉴别力等优点,适合嗜麦芽窄食单胞菌的分子流行病学研究。     

2019－2020年浙江省湖州市副溶血弧菌临床分离株特征分析

  目的  了解2019—2020年浙江省湖州市腹泻患者副溶血弧菌分离株的特征。  方法  对2019—2020年分离自腹泻患者的109株副溶血弧菌进行血清学分型,采用荧光PCR方法检测其毒力基因,采用微量肉汤稀释法检测其耐药性,并利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对其进行分子分型。  结果  109株分离株的优势血清型为O3∶K6（72株）。 所有分离株均携带tlh基因,仅2株菌携带trh基因。 108株菌产生72种PFGE带型,不同带型的相似系数为19.10%～100%。 分离株对磺胺甲恶唑的耐药率最高（63.30%）,其次为氨苄西林（49.54%）。  结论  加强腹泻患者副溶血弧菌分离株的持续监测有助于开展副溶血弧菌引起的食源性疾病的风险评估,为其引起的肠道疾病防控及临床治疗用药提供参考。     

2016-2020年上海市松江区腹泻患者副溶血弧菌耐药性与分子分型研究

目的 了解上海市松江区腹泻患者副溶血弧菌的毒力基因、耐药性和分子分型等,为预防食源性疾病提供科学依据.方法 参照WS 271-2007进行副溶血弧菌的检测和分离,并应用微量肉汤法进行药物敏感性试验,采用PCR方法检测毒力基因,并对菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型.结果 2016-2020年采集腹泻患者肛拭子标...     

基于CRISPR-Cas12a蛋白的副溶血弧菌及tdh基因检测分析

目的 将重组酶介导等温核酸扩增技术(RAA)与成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)系统相结合,建立一种快速检测并分型副溶血弧菌的检测方法.方法 通过纯化CRISPR相关蛋白Cas12a,设计和合成RAA引物、crRNA和单链DNA报告分子,建立副溶血弧菌的荧光和试纸条检测方法.采用煮沸法提取细菌核酸,经RAA扩...     

2018－2021年湖南省人源非O1/非O139群霍乱弧菌药物敏感性及基因组特征

  目的  了解2018—2021年间湖南省从病例分离到的非O1/非O139群霍乱弧菌的药物敏感性及基因组特征。  方法  选取2018—2021年间湖南省腹泻病例肠道标本分离的非O1/非O139群霍乱弧菌分离株4株和非腹泻病例血液标本分离的非O1/非O139群霍乱弧菌分离株3株,进行药物敏感性测试以及基因组序列测定,分析其药物敏感性及基因组特征。  结果  3株血液样品分离株对氨苄西林、诺氟沙星、头孢曲松、美罗培南、米诺环素、复方磺胺甲恶唑、庆大霉素、头孢噻肟、萘啶酸、环丙沙星全部敏感,1株对四环素中介,1株对氯霉素耐药;4株粪便样品分离株对诺氟沙星、头孢曲松、美罗培南、米诺环素、复方磺胺甲恶唑、庆大霉素、头孢噻肟全部敏感,1株对四环素、氯霉素中介,1株对氯霉素耐药,2株对氨苄西林、环丙沙星、萘啶酸耐药;其中1株对氨苄西林、萘啶酸、环丙沙星二重耐药;1株对氨苄西林、萘啶酸、环丙沙星、氯霉素多重耐药。 7株非O1/非O139群霍乱弧菌的基因组序列表现出明显的多样性,但是部分菌株在核心基因组和泛基因组都高度相似。 基因组序列中均未检出ctxAB基因、VPI-1和VSPII基因组岛。 分离自粪便的菌株携带耐药基因的数量是4～8个,分离自血液的菌株携带耐药基因的数量是1～2个。  结论  湖南省非O1/非O139群霍乱弧菌基因组表现出明显的多样性,菌株对多种抗菌药物耐药,需加强腹泻病例、食品及环境水体中非O1/非O139群霍乱弧菌的菌株型别变异及药物敏感性监测。     

tdh+与tdh?副溶血弧菌耐药表型与基因型差异分析

  目的  描述tdh+与tdh?副溶血弧菌表型与基因型耐药差异,分析耐药基因型与耐药表型之间的关系。  方法  采用K-B纸片法检测208株tdh+与73株tdh?副溶血弧菌对临床及水产养殖中常用的7类16种抗生素的敏感性,使用新一代测序技术获得实验菌株的全基因序列,通过序列比对分析基因组中耐药基因及耐药相关基因突变情况。 分析耐药表型与基因型之间的关系。  结果  tdh+菌株和tdh?菌株对亚胺培南均100%敏感。 tdh+菌株对头孢吡肟、阿奇霉素耐药率（0.48%、8.65%）高于tdh?菌株（0.00%、4.11%）;tdh?菌株对氨苄西林、头孢西汀、头孢曲松、环丙沙星、萘啶酸、链霉素、卡那霉素、庆大霉素、磺胺甲恶唑、复方新诺明、四环素、多西环素、氯霉素耐药率均高于tdh+菌株。 tdh?菌株的多重耐药率（34.25%）高于tdh+菌株（19.23%）。 耐药基因共检出5类7种,其中β-内酰胺类bla_CARB基因在所有的tdh+菌株和tdh?菌株均检出;四环素类tet（34）基因在tdh+与tdh?菌株基因携带率分别为99.52%、98.63%;喹诺酮类耐药基因qnrS5 仅在tdh+菌株中检出;tdh?菌株中叶酸代谢抑制类（sul2）、四环素类［tet（35）、tet（59）］、苯丙醇类（floR）耐药基因检出率高于tdh+菌株。 共在14株（tdh+9株,tdh?5株）细菌中检索出6种耐药基因点突变方式,均为编码16S rRNA的rrs基因突变。  结论  tdh?副溶血弧菌耐药现象较tdh+副溶血弧菌更为严重; 16S rRNA的rrs基因突变是除aph（3'）-Ib、aac（3）-Ⅱ、aac（6’） -I、aph（3'）-Id等耐药基因外副溶血弧菌对氨基糖胺类药物耐药的主要机制之一;副溶血弧菌中,可用bla_CARB耐药基因存在情况预测副溶血弧菌氨苄西林耐药表型;除此之外其余抗生素耐药表型与其对应耐药基因之间未见明确的对应的关系。     

2004－2021年内蒙古自治区乌兰察布市布鲁氏菌病流行病学及菌株分子特征分析

  目的  对2004—2021年内蒙古自治区乌兰察布市人间布鲁氏菌病（布病）的流行特征进行分析,为制定该地区人间布病防控策略提供理论支持。  方法  采用发病数、发病率和构成比等描述疫情。 采用AMOS-聚合酶链式反应（PCR）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）对 2016年该地区分离的菌株进行鉴定和基因分型。 基于MLVA-16分型方法对本研究的菌株与国际布鲁氏菌MLVA数据库的羊种布鲁氏菌进行比较,调查菌株间的分子流行病学关联。  结果  2004—2011年乌兰察布市人间布病呈现逐年增多态势,并在2011年到达流行顶峰, 2012—2108年显著下降,但2019—2021年再次反弹。 2004—2021年该地区共报告人间布病29 713例,年均报告1 650例,年均发病率为75.46/10万。 乌兰察布市后山地区的流行情况高于前山地区。 经AMOS-PCR和MLVA-8两种分子方法鉴定表明,22株菌均为羊种布鲁氏菌,且属于东地中海血统。 菌株间有较高的遗传相似性（80%～100%）,提示菌株来自单一的共同祖先。 此外,来自本研究的20个株菌分别与先前该地区分离菌株和该地区之外的菌株形成完全相同的MLVA-16基因型,表明菌株持续在本地区传播扩散,且呈现跨地区或跨国界传播特点。  结论  乌兰察布市人间布病疫情得到一定控制,但流行形势仍较为严重,存在疫情输入和（或）输出风险,应加强传染源（疫羊）的管控,警惕再次反弹。