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目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点。
方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点, 简称MLVA_EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力。
结果 175株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823。对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型。用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758。应用MLVA_PN分析,获得98种型别, D值为0.9763。 两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性。对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性。
结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析。 相似文献
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目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库。方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省(直辖市)的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力。结果 289株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力(D值)为0.8433。PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6%、25.6%,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5%。采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限。MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5%,分布于各省及各年份。若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058。对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开。结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析。 相似文献
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目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点串联重复序列分析(MLVA)。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素(头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋)均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。 相似文献
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目的 建立常用布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的标准化方法及应用研究。 方法 选取16个位点,通过核酸提取、聚合酶链反应(PCR)、琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳等技术,结合BioNumerics(Version 5.0)软件,对16株布鲁氏菌标准菌株和不同地区分离的32株菌株进行分型。 结果 利用所建立的MLVA方法可以区分16株布鲁氏菌标准菌株,并可以将32株地方株区分为牛种和羊种两大类。 结论 初步建立了MLVA标准化方法,可以在种的水平鉴定布鲁氏菌,还可以追溯传染源,确定流行趋势。 相似文献
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目的通过构建适合临床实验室常规应用的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株同源性多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法,建立昆明地区临床分离MRSA菌株的MLVA基因分型基础数据库,分析医院MRSA感染流行情况。方法收集昆明市第一人民医院临床微生物室2010年10月至2013年12月分离的111株MRSA菌株,对7个可变数目串联重复序列(VNTR)位点进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和产物电泳分析,归类各菌株的基因型别。结果 VNTR09-01位点测序结果显示9bp的重复子,重复规律性不强、易突变;111株分离株被分为25个基因型别(A~Y),其中G、A、B为主要型别,分别占47.7%、13.5%、8.1%;呼吸内科、神经外科、重症监护室(ICU)和乳腺科存在MRSA集中流行趋势。结论 MLVA分型方法可推广应用于本研究中7个VNTR位点多态性检测,部分科室存在MRSA同源菌集中流行情况,值得高度关注。 相似文献
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目的了解食品及患者来源的37株枸橼酸杆菌的耐药性、毒力基因携带及PFGE的分型情况。方法运用K-B法选择15种抗生素进行药敏试验;以PCR方法检测志贺样毒素(Istx1/I和Istx2/I)、紧密素基因(Ieae/I)及溶血素(Ihly/I)4种毒力基因;用脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)方法进行同源性分析。结果37株枸橼酸杆菌中,25株为杨氏枸橼酸杆菌,11株为弗劳地枸橼酸杆菌,1株为布雷克氏枸橼酸杆菌。分离菌株对大多数抗生素敏感,但对头孢噻吩100%耐药。其毒力基因检测均为阴性。PFGE结果发现不同菌株带型差异较大。其中5株食品来源,1株为人来源的杨氏枸橼酸杆菌同为MAS007型,具有流行病学相关性。 结论该地区枸橼酸杆菌主要以杨氏枸橼酸杆菌为主;部分菌株具有多重耐药,应加强菌株的耐药性监测;脉冲场凝胶电泳对枸橼酸杆菌有较好的分型能力,有助于分析追踪疫情和来源;患者可能存在食源性感染,应引起疾控部门的重视。 相似文献
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Tien YY Wang YW Tung SK Liang SY Chiou CS 《Diagnostic microbiology and infectious disease》2011,69(1):1-6
Salmonella enterica serotype Paratyphi A is a highly clonal organism; pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is insufficient in discriminating isolates. A multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) was developed, and its usefulness in discriminating isolates was compared. PFGE analysis with XbaI and BlnI discriminated 55 isolates into 14 types, with a discriminatory index (DI) of 0.741 (confidence interval [CI], 0.635-0.847). MLVA divided the isolates into 23 types, with a DI of 0.937 (CI, 0.909-0.964), which was significantly higher than that for PFGE. Clustering analysis of PFGE and MLVA patterns indicated that S. Paratyphi A isolates recovered from 2000 to 2010 in South and Southeast Asia were highly clonal. Although MLVA is not sufficiently powerful in discriminating epidemiologically unrelated isolates, it can complement PFGE for epidemiologic investigation of S. Paratyphi A infections. 相似文献
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Vali L Hamouda A Hoyle DV Pearce MC Whitaker LH Jenkins C Knight HI Smith AW Amyes SG 《The Journal of antimicrobial chemotherapy》2007,59(3):403-410
OBJECTIVES: The aim of this study was to identify the profile of antibiotic resistance among E. coli O26, O103 and O145 in two cohorts of Scottish beef cattle on two farms and to determine whether there is an association between resistant phenotypes and the genotypic PFGE patterns to suggest clonality among resistant strains. METHODS: MICs of 11 antibiotics for 297 E. coli O26, 152 E. coli O103 and 13 E. coli O145 were determined. Isolates were screened for the presence integrons 1 and 2 and the virulence factors stx1, stx2, eaeA and ehxA by PCR with specific primers. PFGE subtyping was performed after digestion with XbaI endonuclease. RESULTS: Among E. coli O26, O103 and O145 there were four, four and one isolates, respectively, that harboured a class 1 integron. A class 2 integron was detected in only one O145 isolate. Diversity in PFGE patterns was higher among E. coli O103 and O145 strains compared with the O26 serotype; and PFGE demonstrated 13, 27 and 6 different patterns among O26, O103 and O145 isolates, respectively. Selective PFGE types that harboured virulence factors were widespread among the cattle population throughout the sampling period. There were multiply resistant isolates that were of similar PFGE patterns. CONCLUSIONS: The dissemination and persistence of certain PFGE genotypes among the cattle population was evident in this study. Certain resistance phenotypes, especially among E. coli O26 isolates, were associated with distinct PFGE clones. 相似文献