基于CRISPR/Cas蛋白的副溶血弧菌检测方法的研究

目的利用规律间隔性成簇短回文重复序列（CRISPR）免疫原理及Cas12a酶的特点构建一种快速检测副溶血弧菌（VP）的方法,实现对病原菌准确快速的检测和识别。方法本研究通过制备纯化Cas12a蛋白,筛选构建VP的gRNA,建立CRISPR-VP荧光检测系统,根据最终荧光扩增曲线判定CRISPR-VP检测方法的有效性。结果在CRISPR-VP检测方法中只在VP的序列存在时才会产生明显的荧光信号。结论本实验初步建立了基于CRISPR/Cas蛋白的VP的检测方法,为后续简易检测试剂的研制提供理论依据。     

O157∶H7大肠埃希菌的分子分型方法

近年来 ,分子生物学技术应用到流行病学之中 ,形成了一门新的分支学科———分子流行病学。分子流行病学中重要的一点是利用合适的分型方法对分离到的病原进行分析。所以分型方法便显得十分重要。一种方法是否能应用于分子分型以及其分型效果如何大致可以从以下几个方面考虑 :1、分型力 :是指分析的每一分离株得到明确的阳性结果的能力 ;不可分型的分离株指对分型得到一种阴性或不能解释的结果的菌株。2、重复性 :是指当重复测试相同菌株时得到相同结果的能力 ,这个标准可能受到特定方法的结果对时间的变化或者被测菌特征的稳定性的变化的影…     

聚合酶链反应与生物化学反应方法鉴定单核细胞增多性李斯特菌的比较

李斯特菌病是一种波及中枢神经系统的新发食源性疾病，以病死率高、传播迅速、波及范围广、能引起大流行为特征，单核细胞增多性李斯特菌是引起李斯特菌病的病原菌。     

徐州市2000年肠出血性大肠埃希菌O157∶H7感染性腹泻的调查

目的　了解徐州市丰县和铜山县肠出血性大肠埃希菌 (EHEC)O15 7∶H7引起的出血性结肠炎 (HC)在腹泻病患者中所占的比例 ,以及临床症状和肾功能变化的情况。方法　使用EHECO15 7胶体金快速检测试剂筛选粪便标本 ,阳性者使用免疫磁珠方法分离病原菌。对经过细菌学证实的EHECO15 7∶H7引起的HC患者 ,进行临床症状的观察和生化检验指标分析。结果　 2 0 0 0年 5月份 ,丰县由EHECO15 7∶H7引起的HC占腹泻病患者 0 .98% ,6月份铜山县的HC患者占腹泻病患者5 .89%。在出现腹泻病症状的同时 ,18.5 %患者的肾功能已经出现异常 ,表现为尿蛋白、血清肌苷或血尿素氮等指标的升高。在 2 7例HC患者中 ,有 14和 13例分别分离到不产生志贺毒素和产生志贺毒素的EHECO15 7∶H7菌株。根据分离菌株是否产生志贺毒素将患者分为两组进行比较 ,尿蛋白阳性患者的比例分别为 4 / 13和 1/ 14 ,血小板减少患者的比例分别为 6 / 13和 3/ 14。统计学分析有显著意义。提示分离到产生志贺毒素的EHECO15 7∶H7菌株的患者 ,发生肾功能异常的可能性较大。结论　此次调查证实了EHECO15 7∶H7感染所引起的HC在整个腹泻病患者中所占的比例随季节的变化而不同 ,感染产生志贺毒素EHECO15 7∶H7菌株的患者 ,发生肾功能异常的可能性要比不产生志贺     

徐州市2000年肠出血性大肠埃希菌O157：H7感染性腹泻的调查

目的 了解徐州市丰县和铜山县肠出血性大肠埃希菌（EHEC）O157：H7引起的出血性结肠炎（HC）在腹泻病患者中所占的比例，以及临床症状和肾功能变化的情况。方法 使用EHECO157胶体金快速检测试剂筛选粪便标本，阳性者使用免疫磁珠方法分离病原菌。对经过细菌学证实的EHECO157：H7引起的HC患者，进行临床症状的观察和生化检验指标分析。结果 2000年5月份，丰县由EHECO157：H7引起的HC占腹泻病患者0.98%，6月份铜山县的HC患者占腹泻病患者5.89%。在出现腹泻病症状的同时，18.5%患者的肾功能已经出现异常，表现为尿蛋白，血清肌苷或血尿素氮等指标的升高，在27例HC患者中，有14和13例分别分离到不产生志贺毒素和产生志贺毒素的EHECO157：H7菌株，根据分离菌株是否产生志贺毒素将患者分为两组进行比较，尿蛋白阳性患者的比例分别为4/13和1/14，血小板减少患者的比例分别为6/13和3/14，统计学分析有显著意义。提示分离到产生志贺毒素的EHECO157：H7菌株的患者，发生肾功能异常的可能性较大，结论 此次调查证实了EHECO157：H7感染所引起的HC在整个腹泻病患者中所占的比例随季节的变化而不同，感染产生志贺毒素EHECO157：H7菌株的患者，发生肾功能异常的可能性要比不产生志贺毒素的大，还证实了在该菌感染的初期，患者的肾功能就已经出现了异常。     

tdh+与tdh?副溶血弧菌耐药表型与基因型差异分析

  目的  描述tdh+与tdh?副溶血弧菌表型与基因型耐药差异,分析耐药基因型与耐药表型之间的关系。  方法  采用K-B纸片法检测208株tdh+与73株tdh?副溶血弧菌对临床及水产养殖中常用的7类16种抗生素的敏感性,使用新一代测序技术获得实验菌株的全基因序列,通过序列比对分析基因组中耐药基因及耐药相关基因突变情况。 分析耐药表型与基因型之间的关系。  结果  tdh+菌株和tdh?菌株对亚胺培南均100%敏感。 tdh+菌株对头孢吡肟、阿奇霉素耐药率（0.48%、8.65%）高于tdh?菌株（0.00%、4.11%）;tdh?菌株对氨苄西林、头孢西汀、头孢曲松、环丙沙星、萘啶酸、链霉素、卡那霉素、庆大霉素、磺胺甲恶唑、复方新诺明、四环素、多西环素、氯霉素耐药率均高于tdh+菌株。 tdh?菌株的多重耐药率（34.25%）高于tdh+菌株（19.23%）。 耐药基因共检出5类7种,其中β-内酰胺类bla_CARB基因在所有的tdh+菌株和tdh?菌株均检出;四环素类tet（34）基因在tdh+与tdh?菌株基因携带率分别为99.52%、98.63%;喹诺酮类耐药基因qnrS5 仅在tdh+菌株中检出;tdh?菌株中叶酸代谢抑制类（sul2）、四环素类［tet（35）、tet（59）］、苯丙醇类（floR）耐药基因检出率高于tdh+菌株。 共在14株（tdh+9株,tdh?5株）细菌中检索出6种耐药基因点突变方式,均为编码16S rRNA的rrs基因突变。  结论  tdh?副溶血弧菌耐药现象较tdh+副溶血弧菌更为严重; 16S rRNA的rrs基因突变是除aph（3'）-Ib、aac（3）-Ⅱ、aac（6’） -I、aph（3'）-Id等耐药基因外副溶血弧菌对氨基糖胺类药物耐药的主要机制之一;副溶血弧菌中,可用bla_CARB耐药基因存在情况预测副溶血弧菌氨苄西林耐药表型;除此之外其余抗生素耐药表型与其对应耐药基因之间未见明确的对应的关系。     

血流感染O139群霍乱弧菌的耐药性及基因组特征分析

目的分析1株从菌血症患者血液中分离到的O139群霍乱弧菌产毒株的耐药性及基因组特征。方法使用肉汤稀释法和全自动药敏分析仪测定菌株的抗生素敏感性, 使用二代基因测序和纳米孔测序获得菌株的完整基因组序列, 使用BLAST在线比对与CARD、Resfinder、ISfinder、VFDB等数据库进行比对分析, 明确菌株携带的耐药基因、插入序列和毒力基因等, 使用MEGA 5.1软件构建基于核心基因组单核苷酸多态性的遗传系统发生树。结果霍乱弧菌SH400为O139群产霍乱毒素的菌株, 携带了多个毒力相关基因和4个毒力岛。该菌株对链霉素、四环素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶耐药并携带了相应的耐药基因。该菌株携带了大小为172 914 bp并且含有10种耐药基因的IncA/C型质粒。结合基因组进化关系发现, 菌株间携带耐药基因和耐药质粒的情况呈现出一定聚集性。菌株SH400的传统ST型为ST69, cgMLST型为与cgST-252高度相似的新型别。结论该株O139群霍乱弧菌携带ctxAB毒力基因、多种耐药基因和IncA/C型质粒, 且存在多重耐药岛。     

新中国的霍乱防控

霍乱是全球关注的烈性传染病,当前全球仍处于霍乱的第七次大流行中。1961年第七次全球大流行出现以来,霍乱在我国曾经发生过多次大范围的暴发流行。在党和国家高度重视霍乱防控、卫生医疗人员高度专业负责、及全国人民的共同努力下,霍乱流行在我国已得到了有效控制,取得了传染病防控中的一项重大成就。在这个过程中,科学研究和新技术的应用也为霍乱防治提供了必不可少的支撑。当前我国霍乱流行特点发生变化,整合多维数据及新技术、范围覆盖全国的实验室监测网络在霍乱的敏感监测和应对中正在发挥重要作用。     

基于CRISPR-Cas12a蛋白的副溶血弧菌及tdh基因检测分析

目的 将重组酶介导等温核酸扩增技术(RAA)与成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)系统相结合,建立一种快速检测并分型副溶血弧菌的检测方法.方法 通过纯化CRISPR相关蛋白Cas12a,设计和合成RAA引物、crRNA和单链DNA报告分子,建立副溶血弧菌的荧光和试纸条检测方法.采用煮沸法提取细菌核酸,经RAA扩...     

北京市顺义区三起关联性副溶血弧菌食源性疾病暴发事件的识别与分析

目的分析3起由副溶血弧菌（VP）导致的食源性疾病暴发事件，利用国家致病菌识别网（China PIN）对其进行关联性分析。方法收集2018年8月北京市顺义区3起食源性疾病暴发事件的流行病学资料，采集可疑食品、环境和病例样本48份，进行菌株分离和鉴定，对分离的VP菌株进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型，获得的指纹图谱通过致病菌识别网进行比对分析。结果3起暴发事件中，共从12份病例样本和3份可疑食品样本中分离出15株O3:K6血清型VP，其种特异性基因和毒力基因检测结果为:toxR+/tdh+/trh-，根据PFGE指纹图谱可以将15株VP分成2个簇，每个簇中的指纹图谱相似度为100%。 2个指纹图谱簇之间的相似度为93.94%；且与2014 — 2017年本地区China PIN分子分型数据库中分离自腹泻病例的VP菌株带型不成簇。结论VP引起的3起食源性疾病暴发事件由共同的传染源导致，China PIN在食源性疾病暴发识别、溯源和关联性分析中有良好的应用前景。