临床与环境标本分离的大肠埃希菌blaCTX-M-14基因环境和菌株同源性分析

目的分析临床与环境标本分离的大肠埃希菌blaCTX-M-14基因环境和菌株同源性。方法收集2014年6月至2014年8月我院临床与环境标本分离的大肠埃希菌共255株,PhoenixTM-100鉴定细菌种类并测定最小抑菌浓度,纸片扩散法测定超广谱β-内酰胺酶表型,PCR扩增blaCTX-M-14基因;接合实验、质粒复制子分型分析质粒特征;脉冲场凝胶电泳和多位点序列分型对菌株分型。结果 blaCTX-M-14基因的阳性共26株。多数菌株(42.3%,11/26)含有F型质粒,且多具有可转移性。多位点序列分型多为ST131(30.8%,8/26)。仅有4株菌能在环境或大便标本中找到同源株。多数菌株(61.5%,16/26)blaCTX-M-14基因环境均具有相同的模式:上游有ISEcp1,同时下游有IS903。结论 blaCTX-M-14基因可通过医院环境或体内移位获得,但其广泛传播的原因可能与其编码在F型质粒上及其基因环境中存在ISEcp1和IS903有关。     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株HA基因变异分析

目的比较2010年广州市分离到的甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因和2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒HA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状病人的咽拭子标本,用H1N1流感特异性引物进行PCR检测,扩增分离到的H1N1病毒HA片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和分析,并用生物信息学方法对抗原位点和糖基化位点进行分析。结果共收集到426份标本,甲型流感阳性211份,其中H1N1流感4株,与2009年分离的甲型H1N1流感相比,有12个氨基酸碱基位点发生了有意义突变,其中6个位点位于抗原位点上;4株毒株HA基因145位氨基酸都发生了变异;其中2株毒株在第180位氨基酸位点的抗原位点发生了变异。进化分析表明4株毒株与2009年中国大陆分离的8株毒株进化关系较远。结论 2010年广州市甲型H1N1毒株与2009年相比发生了较大变异。HA基因145位和180位氨基酸位点变异对H1N1毒株抗原变异有重要意义。本文分离的A/Guangdong/ZS03/2010（H1N1）和A/Guangdong/ZS01/2010（H1N1）毒株可能已经发生了抗原性漂移。     

2009年肠道病毒71型广州分离株的全基因组序列分析

目的分析2009年肠道病毒71型广州分离株GZHY09的全基因组序列,并与GenBank中的序列进行分析比对。结论从GenBank上选不同地区的EV71全基因组序列,设计相互重叠的覆盖病毒整个基因组序列的12对引物,采用RT-PCR扩增出12个基因片段,通过测序获得全基因组序列,并参考国内外各EV71基因型的分离毒株,用MEGA4软件进行进化树分析,用DNAStar软件中的MegAlign进行同源性分析。结果 12个重叠基因片段序列拼接获得EV71全基因组序列,共7404个核苷酸,同源性分析结果表明在VP1区,GZHY09株与中国大陆的Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08的核苷酸序列同源性比较高,其中以Anhui08最高（97.7%）。结论 GZHY09属EV71病毒的C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上属于同一基因型,与Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08具有高度的同源性。     

亚胺培南耐药铜绿假单胞菌的金属β-内酰胺酶检测

目的:了解金属β-内酰胺酶在广州地区铜绿假单胞菌中的流行状况及其流行亚型,完善广州地区金属β-内酰胺酶的分子流行病学资料.方法:采用双纸片协同法和双纸片增效法对164株亚胺培南耐药的铜绿假单胞菌筛选金属β-内酰胺酶表型阳性的菌株,采用PCR检测5类金属β-内酰胺酶的编码基因(IMP家族、VIM家族、GIM-1、SPM-1和SIM-1),利用生物信息学的方法对检测到的金属β-内酰胺酶亚型进行比对分析并制作分子进化树.结果:164株亚胺培南耐药的铜绿假单胞菌中筛选出22株金属β-内酰胺酶表型阳性的菌株,IMP阳性15株(9.1%),其中11株为IMP-9亚型,另外4株携带一个新的亚型,命名为IMP.25,VIMI阳性5株(3.0%),均为VIM-2亚型,未检测到GIM-1、SPM-1和SIM-1型金属β-内酰胺酶.结论:广州地区铜绿假单胞菌产金属β-内酰胺酶的基因型已经出现多型化的特征,同时存在IMP型和VIM型金属β-内酰胺酶的流行,本次研究发现了一个新的金属β-内酰胺酶亚型(IMP-25),为IMP家族金属p.内酰胺酶的多样性及其分子流行病学资料提供了新的信息.     

铜绿假单胞菌中Ⅰ类整合子及携带的耐药基因研究

目的 了解整合子在广州地区铜绿假单胞菌中的分布状况及其主要类型,研究Ⅰ类整合子的结构特征并探讨其与细菌多重耐药之间的相关性.方法 采用PCR检测3类整合子整合酶的编码基因,并扩增整合子的可变区,运用DNA测序技术分析整合子可变区的耐药基因及其排列顺序,利用生物信息学的方法对检测到的可变区基因序列进行比对分析.结果 在20株产金属β-内酰胺酶铜绿假单胞菌中,15株检测到Ⅰ类整合子,未检测到Ⅱ类和Ⅲ类整合子,其中一株铜绿假单胞菌整合子全长序列含有Ⅰ类整合子整合酶、Aac A4氨基糖甙乙酰转移酶、IMP-25金属β-内酰胺酶、OXA-30 β-内酰胺酶和Cat B3氯霉素乙酰转移酶的编码基因及其相应的基因重组位点,GenBank登录号为EU588392,其中IMP-25为一个新的金属β-内酰胺酶亚型.结论 广州地区铜绿假单胞菌中存在的整合子类型是Ⅰ类整合子,并且该整合子可变区携带多种耐药基因盒,其中一个是金属β-内酰胺酶新亚型IMP-25,在分子水平上阐述了I类整合子参与铜绿假单胞菌对抗生素的耐药性和多重耐药性.     

碳青霉烯类药物不敏感的产气肠杆菌产新德里金属β-内酰胺酶

目的探讨3株对碳青霉烯类药物不敏感的产气肠杆菌的耐药机制及同源性。方法用生化和16S rDNA测序的方法鉴定细菌;用Bio Mérieux公司全自动药敏分析仪测定最小抑菌浓度(MIC),对亚胺培南和美罗培南的MIC用E-test法验证;双纸片协同实验测定金属酶的表型;PCR法扩增blaIMP、blaVIM、blaGIM、blaSPM、blaSIM、blaOXA-51-like、blaOXA-23-like、blaOXA-40-like、blaOXA-58-like和blaNDM-1,阳性产物克隆转化后提取质粒进行测序和BLAST比对分析;用肠杆菌基因间重复一致序列PCR(enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR,ERIC-PCR)进行菌株分型。结果两种方法鉴定3株细菌均为产气肠杆菌,对左氧氟沙星、环丙沙星、多黏菌素B敏感,对青霉素类、头孢菌素类和碳青霉烯类均表现耐药或中介。双纸片协同实验均为阳性,扩增和序列比对的结果证明均携带blaNDM-1,其余金属β-内酰胺酶和OXA类β-内酰胺酶基因的扩增均为阴性。ERIC-PCR分型获得的条带完全一致,证明3株产气肠杆菌为同一克隆。结论产Ⅰ型新德里金属β-内酰胺酶(NDM-1)的产气肠杆菌为院内交叉感染获得,应加强产NDM-1细菌的监控。     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株NA基因变异分析

目的比较2010年从广州市分离到的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因与2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒NA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供参考资料。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状患者的咽拭子标本,用甲型H1N1流感病毒特异性引物进行聚合酶链反应(PCR)检测,扩增分离到的甲型H1N1流感病毒NA基因片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和进化分析,并用生物信息学方法对耐药位点和糖基化位点进行分析。结果共收集1 194份咽拭子标本,检测到甲型流感病毒阳性327份,其中H1N1流感病毒6株,与2009年分离的甲型H1N1流感病毒相比,有16个位点发生了有义突变,3个位点和NA活性相关,其中222位氨基酸的变异位于NA活性位点上。结论成功扩增了2010年广州市6株甲型H1N1流感病毒株NA基因并测序,未发现H275Y耐药位点的变异。3毒株在NA活性位点222位、228位和425位等氨基酸位点处发生了变异,需继续加强监测。     

广州地区2003-2007年499株铜绿假单胞菌的耐药性分析

目的 了解广州地区铜绿假单胞菌对常用抗菌药物的耐药状况,以指导临床合理选用抗生素.方法 收集广州市7家三甲医院2003-2007年分离的499株铜绿假单胞菌,利用VITEK-32全自动微生物鉴定系统对所有收集的菌株进行种属鉴定,参照美国临床和实验室标准化协会(CLSI)推荐的方法 ,分别采用K-B法和琼脂稀释法进行药敏试验,用WHONET5.4软件分析铜绿假单胞菌的耐药性,用SPSS 11.5软件进行统计分析.结果 499株铜绿假单胞菌其抗生素耐药率依次为庆大霉素(42.0%)、阿米卡星(36.6%)、亚胺培南(32.8%)、头孢吡肟(28.3%)、头孢他啶(27.1%)、美罗培南(21.4%)、氨曲南(20.5%)、哌拉西林(8.8%)、哌拉西林/三唑巴坦(8.3%)、左旋氧氟沙星(8.1%)和环丙沙星(7.6%);2003-2007年5年期间铜绿假单胞菌对亚胺培南的耐药率分别是27.7%、25.0%、31.6%、35.2%和34.3%,对美罗培南的耐药率分别是22.2%、21.0%、21.2%、19.7%和24.5%.结论 2003-2007年广州地区铜绿假单胞菌整体耐药现象严重,对氨基糖苷类、碳青霉烯类和头孢菌素类抗生素高度耐药,仅对喹诺酮类和青霉素类抗生素较为敏感.因而加强其耐药性监测不仅可以指导临床合理选用抗菌药物,而且还能为临床提供最新的流行病学和耐药性变迁资料.     

产气肠杆菌携带基因bla_(NDM-1)的质粒特征及基因环境分析

目的了解产气肠杆菌携带bla_(NDM-1)质粒的转移性、复制子分型及周围环境。方法产气肠杆菌HNNDM0711为实验菌株,利用接合实验研究其质粒的转移性,对接合子进行稳定性试验,采用质粒复制子分型法对质粒进行分型,利用染色体步移技术对基因bla_(NDM-1)上下游进行测序,使用BLASTN和BLASTP对基因组序列进行比对,使用Vector NTI 11.5.1注释并生成序列管道图,序列通过软件Banklt递交至Genbank。结果产气肠杆菌HN-NDM0711接合实验阳性,阳性接合子稳定传代4 d后,所有克隆株对亚胺培南和美罗培南的最低抑菌浓度(MIC)均未发生变化,基因bla_(NDM-1)均为阳性。质粒复制子为IncA/C型;基因bla_(NDM-1)位于不常见的插入序列ISAba14和IS91之间,在bla_(NDM-1)的上游出现一个Tn3转座子和I型整合子,整合子上含有一个由庞大镶嵌序列构成的少见耐药基因盒。结论 IncA/C型质粒pHN-NDM0711携带基因bla_(NDM-1)及耐药基因盒,可能源于不同抗菌药物选择压力下的基因重组,建议严格控制临床、工业和农业抗菌药物的使用,从源头上减少此类细菌的产生。     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株HA基因变异分析

目的比较2010年广州市分离到的甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因和2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒HA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状病人的咽拭子标本,用H1N1流感特异性引物进行PCR检测,扩增分离到的H1N1病毒HA片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和分析,并用生物信息学方法对抗原位点和糖基化位点进行分析。结果共收集到426份标本,甲型流感阳性211份,其中H1N1流感4株,与2009年分离的甲型H1N1流感相比,有12个氨基酸碱基位点发生了有意义突变,其中6个位点位于抗原位点上;4株毒株HA基因145位氨基酸都发生了变异;其中2株毒株在第180位氨基酸位点的抗原位点发生了变异。进化分析表明4株毒株与2009年中国大陆分离的8株毒株进化关系较远。结论 2010年广州市甲型H1N1毒株与2009年相比发生了较大变异。HA基因145位和180位氨基酸位点变异对H1N1毒株抗原变异有重要意义。本文分离的A/Guangdong/ZS03/2010(H1N1)和A/Guangdong/ZS01/2010(H1N1)毒株可能已经发生了抗原性漂移。