山东省新分离乙脑病毒(SD08-10株)全基因组序列特征

目的 对山东省新分离乙脑病毒SD08-10株进行全基因组序列测定和分析,全面了解其基因组特征.方法 设计乙脑病毒全基因组序列扩增引物,RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.采用Clestal X(1.8)、DNAStar、GENEDOC(3.2)、Mega(4.0)等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒SD08-10株基因组全长10 965个核苷酸,从97位到10 392位,共10 296个核苷酸编码一个开放阅读框,编码3432个氨基酸.与GenBank登录的所有59株乙脑病毒全基因组序列比较发现,其核苷酸总体差异率为0.7%～18.9%,氨基酸总体差异率为0.1%～5.2%.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2株相比较,全基因组共存在1253个核苷酸差异,82个氨基酸差异.全基因组序列系统进化分析显示SD08-10属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒SD08-10株属于基因Ⅰ型,与2007年中国分离株SH17M-07进化关系最接近.     

惠州市重症手足口病病原谱及EV71型VP1区基因特征分析

目的分析惠州市手足口病重症病例的病原谱构成,了解惠州市肠道病毒71型分离株的VPl区基因特征．为科学防治手足口病提供科学依据。方法采集300例重症手足口病（HFMD）患者标本,采用实时荧光RT-PCR检测肠道病毒核酸,并对肠道病毒7l型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）进行分型检测;选择8株EV71分离株进行VPl区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较。并用Mega5．0软件构建亲缘性进化树。结果通过实时荧光RT-PCR特异性检测,EV71阳性结果154份,阳性率为51．33％;CoxAl6阳性结果38份,阳性率为12．67％。测序结果表明,8株EV71之间的VPl基因核苷酸同源性为96．9％～99．2％。氨基酸同源性为99．3％～100％。VPI区基因遗传进化分析表明。8株EV71分离株与c4基因亚型的代表株处于同一分支,均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论惠州市手足口病疫情主要病原EV71病毒均属于C4a基因亚型,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型一致,未产生明显的抗原漂移及变异。     

2008至2009年北京地区分离的肠道病毒71型全基因组序列分析

目的了解2008至2009年从北京地区手足口病（HFMD）患儿分离到的肠道病毒71型（EV71）全基因组序列特点（未包括多聚腺苷尾）,以探讨基因序列的改变是否与病毒的致病性有关。方法选取首都儿科研究所病毒研究室2008年分离到的5株EV71毒株和2009年分离到的4株EV71毒株,其中4株来源于重症HFMD患儿（伴高热、持续抽搐及意识丧失等中枢神经系统症状）,5株来源于轻症HFMD患儿。设计覆盖病毒全基因组的10对特异性引物,对9株EV71毒株进行RT-PCR扩增、全基因组序列测定和分析。结果 9株EV71毒株的全基因组长度为7406bp或7405bp,部分毒株在5′UTR存在1处1个碱基的缺失。9株EV71毒株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为96.3%～99.4%和98.2%～99.6%,在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为96.9%～99.9%和98.3%～100.0%。重症HFMD来源的4株毒株中有3株在VP2蛋白第144位及3D聚合酶（3Dpol）第140和263位同时出现相同的氨基酸变异（T144S、R140K和I263V）,并且在5′UTR区第208和254位同时出现相同的碱基变异（G208A和A254G）。9株EV71毒株的全基因组与C4亚型毒株具有最高的核苷酸同源性,在VP1区为94.3%～95.5%;在3D及3′UTR区与CV-A16/G10的同源性（84.3%～85.0%和89.0%～91.5%）高于与EV71-B型、A型及C型（C1～3、C5）的同源性。VP1和3D基因的遗传进化分析显示,9株EV71毒株与C4亚型毒株属同一分支。结论 VP2蛋白第144位氨基酸突变（T→S）、3Dpol第140和263位氨基酸突变（R→K和I→V）及5′UTR区第254位碱基突变（A→G）可能与EV71感染后引起的不同临床症状有关。根据VP1核苷酸序列,2008至2009年北京地区流行的EV71属于C4亚型;非结构蛋白基因在EV71进化中可能有一定的作用。     

肠道病毒71型VP1及2A基因特征研究

目的 检测临床分离的肠道病毒71型(EV71)轻型、重型毒株VP1基因、2A基因的核苷酸序列,进行遗传进化途径分析.方法 将50份临床手足口病患者粪便标本处理后分离病毒,用EV71特异性引物进行RT-PCR扩增,获得EV71毒株,针对不同临床背景的标本,分别选取轻型、重型的毒株,用特异性引物分别对VP1基因及2A基因进行RT-PCR扩增,对其产物进行测序及遗传进化分析,并探讨它们之间的差别.结果 50份临床手足口病标本中有30份检测是EV71,其中轻型(手足口)13份,重型(手足口并发脑炎或心肌炎)17份.轻型和重型中各自选取5株对VP1基因和2A基因进行测序和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此10株EV71病毒和中国大陆已发表的5株EV71病毒(fuyangEU703814.1、xi_anHM003207.1、shandongEU753418.1、shenzhen-FJ607337.1、henanGU366191.1)全部属于C基因型,且核苷酸同源性较高,VP1基因和2A基因的同源性分别在94.7%～99.4%和93.6%～99.3%范围内.本次分离的10株EV71病毒与A、B基因型代表株比较,核苷酸同源性分别为81.0%～84.6%和78.4%～82.2%,差异较大.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,核苷酸同源性在87.8%～90.2%,差异≥10%,与已知的C4亚型代表株比较,核苷酸同源性在96.8%～99.6%,因此认为可将这10株病毒划分为C4亚型.在系统发生树上,这10株病毒形成一个较独立的分支.结论 EV71 C4亚型病毒在中国大陆有较广泛的传播,且毒株之间VP1基因的遗传关系紧密;2A基因在轻型和重型病例毒株之间遗传差异不大.     

中国大陆柯萨奇病毒A组16型全基因参照序列的初步建立和分析

目的建立中国大陆柯萨奇病毒A组16型（CoxA16）流行株的全基因参照序列。方法从GenBank中获得CoxA16中国大陆分离株的所有全基因序列和氨基酸序列,用DNAstar/MegAlign软件对所得序列进行多序列比对和进化分析,按照参照序列标准拟定CoxA16的全基因参照序列和氨基酸序列,并与参考序列进行比对分析。结果中国大陆分离的CoxA16毒株全基因序列共8株,分离于2005-2009年,其中2008年5株,广东省5株;通过序列比对获得了大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列;参考毒株间核苷酸序列同源性介于79.0%～98.8%,氨基酸序列同源性为94.3%～99.9%,与参照序列的核苷酸同源性为79.7%～97.0%,氨基酸同源性介于95.1%～99.5%之间,同源性最低的为2008年安徽阜阳的FY18株。结论比对分析了中国大陆CoxA16毒株全序列,成功建立了中国大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列。     

肠道病毒71型VP1及2A基因特征研究

目的 检测临床分离的肠道病毒71型(EV71)轻型、重型毒株VP1基因、2A基因的核苷酸序列,进行遗传进化途径分析.方法 将50份临床手足口病患者粪便标本处理后分离病毒,用EV71特异性引物进行RT-PCR扩增,获得EV71毒株,针对不同临床背景的标本,分别选取轻型、重型的毒株,用特异性引物分别对VP1基因及2A基因进行RT-PCR扩增,对其产物进行测序及遗传进化分析,并探讨它们之间的差别.结果 50份临床手足口病标本中有30份检测是EV71,其中轻型(手足口)13份,重型(手足口并发脑炎或心肌炎)17份.轻型和重型中各自选取5株对VP1基因和2A基因进行测序和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此10株EV71病毒和中国大陆已发表的5株EV71病毒(fuyangEU703814.1、xi_anHM003207.1、shandongEU753418.1、shenzhen-FJ607337.1、henanGU366191.1)全部属于C基因型,且核苷酸同源性较高,VP1基因和2A基因的同源性分别在94.7%～99.4%和93.6%～99.3%范围内.本次分离的10株EV71病毒与A、B基因型代表株比较,核苷酸同源性分别为81.0%～84.6%和78.4%～82.2%,差异较大.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,核苷酸同源性在87.8%～90.2%,差异≥10%,与已知的C4亚型代表株比较,核苷酸同源性在96.8%～99.6%,因此认为可将这10株病毒划分为C4亚型.在系统发生树上,这10株病毒形成一个较独立的分支.结论 EV71 C4亚型病毒在中国大陆有较广泛的传播,且毒株之间VP1基因的遗传关系紧密;2A基因在轻型和重型病例毒株之间遗传差异不大.     

深圳5例肠道病毒71型手足口病病毒株遗传衍化分析

目的调查来源于2008年深圳5例EV71（Enterovirus71,EV71）型手足口病患者的5株肠道病毒71型的分子流行病学特点及其分子进化关系。方法通过病毒分离培养得到5株肠道病毒71型分离株,并对其进行全基因组核苷酸序：列测定,通过生物信息学软件分析,与既往其他国家地区分离株进行全基因序列分析比较,以及进化树分析。结果通过对VP1和VP4基因序列分析,5株病毒株均属于C4基因亚型。5株EV71分离株在全长核苷酸和氨基酸水平上差异都较小,其核苷酸和氨基酸同源性分别高于93．0％和98．0％,进化树分析提示2008深圳分离株与2004深圳株同源性最为接近,与2008安徽阜阳流行株和1998深圳株亦相距很近,死亡病例株与2008安徽阜阳株距离同源性最近（同源性为99．1％和96％）。结论推测这起疫情是由同一个病毒传播链引起的,本次流行株可能系1998深圳株演变而来。     

2009年深圳地区肠道病毒71型毒株VP4基因进化分析

目的 对深圳地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)肠道病毒71型分离株(enterovirus 71,EV71)的VP4基因遗传进化进行分析.方法 2009年采集深圳市儿童医院就诊的HFMD患者的粪便标本491份,选取其中8份经细胞培养鉴定为阳性的EV71毒株用RT-PCR扩增VP4基因,利用MEGA4.0软件进行遗传进化分析.结果 2009年深圳地区8株EV71 VP4基因全长207 bp,编码69个氨基酸;8株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.2％ ～98.1％,与深圳2001至2004年分离的17株EV71毒株核苷酸同源性在89.9％ ～98.1％,与GenBank中其他EV71病毒株VP4的核苷酸同源性为79.2％～100％;其中与亚洲流行株阜阳株(EU703812)核苷酸的同源性最高(100％),其次是C4代表株及2004年深圳株(AY895144)为94.2％ ～97.1％.除了印度株和其中1株EV71的VP4编码的氨基酸在第54位(ACA)不同之外,其余7株EV71 VP4编码的氨基酸序列之间以及与GenBank报道的其他序列同源性达100％.8株EV71 VP4基因核苷酸与C4代表株相比有17处不同,除1处以外其余全在简并密码位点上;轻重症病例毒株之间VP4基因序列未见明显改变.进化树显示8株EV71均属于C4基因亚型.结论 2009年深圳市流行的EV71属于C4基因亚型,流行的EV71 VP4基因非常保守,不属于变异区段,绝大部分核苷酸的变异属无义突变,VP4基因编码的氨基酸变异几乎为0.     

浙江省基因Ⅰ型乙脑病毒全基因序列的测定及分析

目的 为了获得浙江省乙脑病毒基因组详尽的资料,研究基因Ⅰ型乙脑病毒的分子特征及变异程度,为乙脑病毒分子流行病学及其基因研究提供科学依据.方法 设计特异性引物、RT-PCR分段扩增XJ69和XJP613株全基因,PER产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.通过生物学软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒XJ69和NJP613株全基因组全长均为10 964个核苷酸,含有一个开放阅读框架,编码3432个氨基酸.与GenBank中选择的32株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸同源为83.5%～99.2%,氨基酸总体同源性为97.5%～99.7%.通过PrM/C区段、E区段及全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒XJ69和XJP613株属于基因Ⅰ型,与上海三带喙库蚊分离株SH17M-07关系最为接近.     

2008年辽宁省乙脑病毒分离株全基因组特征分析

目的 对2008年分离自辽宁蚊虫的乙脑病毒株进行全基因组序列测定和分析,了解其全基因组特征.方法 使用针对乙脑病毒全基因组测序引物,RT-PCR扩增片段,完成对病毒全基因组序列的测定.应用Chstal X(1.83)、ATGC(V4)、DNAStar、GENEDOC(3.2)、Mega(4.0)等生物学软件完成全基因组核苷酸和氨基酸序列分析及病毒的系统进化分析.结果 乙脑病毒LN0828株基因组全长10 965个核苷酸,其中从97位到10 392位为开放读码框,编码3432个氨基酸.与GenBank中的32株乙脑病毒在全基因组水平的核苷酸总体差异率为1.6%～16.4%,氨基酸总体差异率为0.3%～5.1%.与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,编码区共存在1186个核苷酸差异,86个氨基酸差异.全基因组序列系统进化分析显示LN0828株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 与该地区2002年和2007年乙脑病毒分离株高度同源,关键位点氨基酸未见变异.     

中国大陆EV71病毒分离株的分子流行病学研究

目的了解1987-2010年中国大陆肠道病毒71型（EV71）分离株的分子流行病学特点及其种系进化、基因分型和遗传变异性。方法从GenBank/NCBI上获得中国大陆来源的具有完整VP1或近似完整VP1基因的核苷酸序列信息的413株EV71毒株进行分析,采用MEGA5.0软件,构建系统进化树,计算相同或不同基因型及基因亚型毒株的核苷酸与氨基酸的相似性。结果 1987-2010年,中国大陆20个省、市或地区均分离到具有完整VP1序列的毒株,且2008年以来数量陡增;中国大陆流行的主要是C型,只有2008年安徽和2009年湖北发现了A型;各基因型在43、58、142、164、167、184、240、249、292等氨基酸位点发生了特异性变异;从健康人体内分离的HQ129932毒株与其他序列比较,氨基酸无特异性变异。结论 C型株可能具有更强的传染力;氨基酸位点变异对于EV71病毒进化有重要意义;VP1基因与疾病的严重程度无明显关联;应加强C4a亚型疫苗候选疫苗株对其他基因型毒株的交叉保护作用研究。     

人副流感病毒广州分离株ZYMgz01全基因组序列测定及分析

目的探讨广州地区副流感病毒的基因组结构和基因型。方法参照GenBank副流感病毒（U51116）全基因组序列设计11对引物,覆盖副流感病毒基因组的全长。以副流感病毒cDNA为模板分段扩增病毒基因组的全长,各片段克隆到T载体上,并进行序列测定和分析。结果人副流感病毒ZYMgz01株全基因组核酸序列为15462bp,提交到GenBank的序列号为EU326526,与3型副流感病毒保守基因同源性为94.0%,具有3型副流感病毒的结构特征。基因组序列同源性比较结果显示,ZHYMgz01株病毒与兰州的LZ22（FJ455842）病毒株的同源性最高,为99.1%;与美国突变病毒株（U51116）同源性为95.1%;与美国病毒株（Z11575）同源性为95.2%;与日本（ABO12132）病毒株的同源性为94.8%,而与加拿大（EU424062）病毒株的同源性为94.8%。系统进化树显示ZHYMgz01病毒株与兰州的LZ22病毒株同属一个进化分支。结论广州地区儿童呼吸道感染的副流感病毒ZHYMgz01全基因组为15462bp,与3型副流感病毒的同源性最高,确定ZHYMgz01是3型副流感病毒。3型副流感病毒系统进化可能与地域差异有一定的关系。     

乙型肝炎病毒基因组前-前-S和前-X区基因分布的研究

目的研究不同基因型乙型肝炎病毒(HBV)前-前-S和前-X区核苷酸和氨基酸序列分布。方法应用DNAstar软件中的MegAlign程序分析GenBank登记的35株和3株由本室测定的不同基因型HBV全序列中前-前-S和前-X区基因分布情况，并用Blast软件对GenBank中598株HBV全基因组序列进行前-前-S和前-X区的核苷酸和氨基酸相似性分析。结果除D基因型外，在各型HBV基因组中均存在前-前-S区核苷酸序列，但仅在C、F和H型HBV基因组中存在前-前-S区开放读码框架(ORF)。但前-X区核苷酸序列及其ORF仪见于C基因型HBV。在GenBank登记的598株不同基因型HBV中，与推导的前-前-S区相似氨基酸序列有36株，而与推导的前-X区相似的氨基酸序列有47株。结论前-前-S区序列存在于除D基因型以外的所有HBV基因型，而前-X区基因仅存在于C基因型HBV基因组中。     

从病毒性脑炎患者标本分离的基因I型乙脑病毒全基因组序列特征研究

目的通过现代分子生物学理论与技术测定和分析了从脑炎患者脑脊液标本分离的基因I型乙脑病毒（GZ56株）全基因组序列特征,以了解其致病性的分子基础。方法采用RT．PCR法和核酸序列测定法获得病毒基因组全序列,并利用DNASTAR、ClustalX version2．0．9及MEGAversion4．1等生物学软件分析该乙型脑炎病毒核苷酸序列、氨基酸序列及系统进化等。结果研究结果表明从病毒性脑炎患者脑脊液标本分离的基因I型乙脑病毒（GZ56株）基因组全长为10965nt,编码3432个氨基酸。病毒全基因组分子进化分析显示GZ56株全基因组与国际上第一株从蚊虫分离的基因I型乙脑病毒（M-28株）处于同一进化分支。GZ56株与其他基因I型乙脑病毒核昔酸和氨基酸序列同源性分别为96．2％～98．6％和98．2％～99．7％。病毒E基因与乙脑病毒灭活疫苗株P3相比存在11个氨基酸差异位点,而与乙脑病毒减毒活疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白上存在14个氨基酸差异位点。结论本研究提示,从病毒性脑炎患者标本分离的基因I型乙脑病毒全基因组未见明显变化,从基因组水平可以推测该病毒可以被现行的乙脑疫苗所保护。     

肠道病毒71型60mer寡核苷酸探针的设计

目的设计肠道病毒71型（EV71）诊断芯片的寡核苷酸探针。方法使用NCBI获取全基因组序列,利用BLAST系统对基因序列进行比对,获取特异性序列;利用Array designer4．2对其进行寡核苷酸探针设计。结果设计出12条60mer寡核苷酸探针,为芯片的制备做准备。结论将BLAST系统和Array designer4．2软件相结合,能快速有效地设计出诊断芯片的探针.     

rDNA-ITS2序列作为中国按蚊分子鉴别特征的评述：Ⅱ塞蚊亚属

为评价核糖体DNA第2内转录间隔区（ rDNA-ITS2）序列作为中国按蚊属塞蚊亚属蚊种鉴别的分子特征。笔者整理和分析了数据库中注册的所有中国记录的塞蚊亚属蚊种的rDNA-ITS2序列,并应用MEGA软件计算其在种内和种间的差异性（ p距离）。截止2013年7月, GenBank中已注册ITS2序列共442条,隶属塞蚊亚属蚊27种。计算结果显示, ITS2序列在大多数种内的变异性小于1％;而注册的浅色按蚊、乌头按蚊和溪流按蚊的序列种内差异较大,无法确定其种特异序列;忽略上述3蚊种进行计算的其他种间序列差异性范围为2.80％（大劣按蚊与大劣按蚊D）～68.3％（多斑按蚊与迷走按蚊）。结果提示rDNA-ITS2序列在中国塞蚊亚属大多数蚊种中具有良好的种内保守性和种间解析度,少数种类无法区分。     

云南省新分离蚊浓核病毒的分子特征研究

对云南省新分离的14株浓核病毒进行基因序列测定和分析,以了解浓核病毒基因组结构及特性.用浓核病毒基因组扩增引物(DNV3F,DNV3R),RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得基因序列.通过Clustal X(1.8)、DNAStar、GeneDoc (3.2) 等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析...