Calm1基因敲除小鼠脑蛋白质组学特点及临床意义

目的探究钙调蛋白Calm1基因表达改变对小鼠脑组织蛋白表达谱的影响,挖掘与Calm1有密切靶向关系的功能蛋白及信号通路,并分析Calm1在神经系统疾病中的临床意义。方法PCR产物法初步鉴定小鼠基因型。提取野生型(WT,A组)、Calm1敲除杂合型(HE,B组)、Calm1敲除纯和型(HO,C组)小鼠脑组织的总蛋白,利用TMT标记蛋白质定量技术筛选出差异蛋白质(DEPs),再利用生物信息学技术对DEPs进行注释、富集和分析。结果C-A组脑组织中共鉴别出54个DEPs,其中23个上调,31个下调;C-B组鉴别出35个DEPs,其中19个上调,16个下调。GO分析显示,C-A组及其上调和下调的DEPs分别显著富集到多巴胺生物合成过程、蛋白质折叠和三羧酸代谢过程等条目。C-B组及其上调和下调的DEPs分别显著富集到线粒体内膜、突触结构组成、ATP代谢过程等条目。KEGG分析显示,C-A组及其上调和下调的DEPs分别显著富集到多巴胺能突触、坏死性凋亡、柠檬酸(TCA)循环等通路。C-B组及其上调和下调的DEPs分别显著富到神经退行性变途径-多种疾病、肌萎缩侧索硬化症、帕金森病等通路。STRING分析发现C-A组DEPs“Hsp90ab1”、C-B组DEPs“Cox4i1”关联度最高。结论Calm1敲除后显著改变脑组织中蛋白质表达特征并影响多条与神经退行性疾病关系密切的信号通路,这表明钙调蛋白异常表达在神经系统疾病的发病中起到重要作用。     

基于系统生物学的非小细胞肺癌气阴两虚证多组学联合分析研究

[目的]探讨气阴两虚型非小细胞肺癌肠道菌群、代谢组学和蛋白组学的基本特征。[方法]选择气阴两虚型非小细胞肺癌患者13例作为患者组,选择健康志愿者15名作为健康对照组,收集两组粪便标本,用16S rDNA技术检测肠道微生态。采集两组血清标本,通过液相色谱-质谱联用技术比较两组代谢组学和蛋白质组学差异。最后通过WGCNA软件对多组学结果进行联合分析。[结果]两组间存在6种显著差异菌,20种差异蛋白(上调5个,下调15个),11种差异代谢物(负离子模式下2个,正离子模式下9个),差异菌群、差异蛋白与差异代谢物间存在相关性,联合分析发现差异物质与癌症通路相关。[结论]气阴两虚型非小细胞肺癌具有特异的肠道菌群、蛋白质和代谢物,与肿瘤的发生发展密切相关。     

香砂六君丸对非酒精性脂肪肝大鼠肝脏线粒体蛋白组学的研究

目的:应用蛋白质组学的方法检测非酒精性脂肪肝大鼠肝脏线粒体中差异蛋白,探讨香砂六君丸治疗非酒精性脂肪肝的作用机制。方法:将24只雄性SD大鼠随机分为正常对照组、模型组与治疗组,每组8只。采用高脂饲料喂养法复制非酒精性脂肪肝模型,香砂六君丸(1.35 g/kg·d)灌胃4周治疗后取材,采用i TRAQ技术进行差异蛋白的检测。结果:与正常组大鼠相比,模型组大鼠线粒体蛋白表达具有统计学意义的差异蛋白共61个。与模型组大鼠相比,香砂六君丸组大鼠线粒体蛋白表达有统计学意义的差异蛋白共48个。3组大鼠共同的线粒体蛋白表达有统计学意义的差异蛋白有19个。结论:香砂六君丸可能通过调节线粒体能量代谢的机制以发挥治疗非酒精性脂肪肝的作用。     

系统生物学在中医药研究中的应用与进展

中医是通过长期医疗实践逐步形成并发展而成的医学理论体系,承载着中国人民同疾病作斗争的经验和理论知识。中医学在疾病预防、诊断及预后康复管理等方面具有“整体观念”和“治未病理念”,但其存在缺乏客观、量化指标等问题,因而限制了中医的发展及现代化进程。系统生物学主要包括代谢组学、基因组学、蛋白组学,其具有“整合”的特点,与中医的“整体观”有异曲同工之妙。随着现代科学技术的提升,应用中医诊治各种疾病的同时运用系统生物学的研究,能够对疾病进行更深入的诊断和治疗。本文将对近年来系统生物学在中医药研究中的应用和进展进行梳理和总结。     

小白菊内酯降解剂的设计、合成及生物学研究

小白菊内酯作为药用历史悠久的天然产物,引起了化学家和生物学家的浓厚兴趣。现有的研究表明其具有抗炎、抗肿瘤等药理活性,也揭示了其作用于NF-κB信号通路、DNMT1酶及Wnt/β-catenin信号通路等的生物调控功能,但其确切的生物学靶点仍有待系统阐明。蛋白降解剂为天然产物的靶点发现提供了新的策略,可通过蛋白组学的考察,探究细胞中蛋白的全景变化,从而分析其潜在的靶点。本研究基于这一思路,以小白菊内酯为母体结构,设计、合成了20个小白菊内酯降解剂,测定了其体外抗肿瘤增殖活性,并优选化合物开展蛋白组学实验,鉴定出139个下调的差异表达蛋白(DEPs),对小白菊内酯的作用靶点发现进行了初步探索。     

miR-155在骨肉瘤发生发展及肺转移进程中的作用及机制

目的 初步探究miR-155在骨肉瘤发生发展及其肺转移进程中的作用,并探讨其靶蛋白及相关机制。方法 通过数据库分析,结合临床组织与细胞样本的相关检测,对骨肉瘤及其肺转移进程中miR-155差异性进行对比分析;应用iTRAQ定量蛋白质组学技术,筛选骨肉瘤及其肺转移进程中miR-155的靶蛋白;在临床组织与细胞样本中,对筛选的miR-155靶蛋白进行验证。结果 miR-155在骨肉瘤组织和肺转移瘤组织中,较对照组均出现明显升高;与人正常成骨细胞相比,人骨肉瘤细胞系miR-155亦出现明显升高。利用iTRAQ实验得到3 714个蛋白,筛选出差异表达蛋白253个,其中上调144个,下调109个。经预测分析和实验验证C/EBP β是miR-155潜在的作用靶蛋白。结论 miR-155在骨肉瘤及其肺转移进程中出现显著升高,C/EBP β是其潜在的作用靶点。     

组学技术在现代中药药理研究中的应用与思考

中医药的功效在日常临床实践中被不断地展现出来，它在改善人类健康状况以及预防和治疗疾病方面也越来越受到全世界的认可和欢迎。然而，中医药理念与现代药理学存在根本的差异，极大地阻碍了中 药现代化的发展。近年来，组学技术在中药研究中的应用备受关注，包括基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢 组学等组学技术开始被应用于中药的研究。组学的研究不仅要强调一般水平或仅限于单一方面，多组学间应 该结合起来，合理整合、科学分析将更有助于系统深入地揭示中药功效的物质基础和作用机制。目前，多组学 联合应用对中药作用机制的研究正处于起步阶段，研究深度不够，仅仅是表面结果和现象的结合，还未达到真 正的融合。如何把多组学技术进行合理的融合和恰当的对接，共同为揭示中医药的科学含义服务，是一项值得 深入思考的课题。多组学技术联合网络药理学和生物信息学的方法来阐释中药多组分在分子水平的协同作 用，再结合整体水平中药作用机制的研究，能够帮助我们更精确地揭示中药的药理学机制。     

iTRAQ技术在阿尔茨海默病早期诊断中的应用

<正>迄今为止,阿尔茨海默病(AD)的病因和发病机制尚不明确,目前尚无有效治疗措施,所以AD的早期诊断显得尤为重要。结合多维液相色谱和串联质谱分析,相对和绝对定量的等量异位标签技术(i TRAQ)现已成为蛋白组学定量研究的主要工具之一。它能够精确筛选和鉴定病理状态下差异表达蛋白并分析其功能,从而明确疾病的病因和发病机制并对疾病做出早期诊断。本文就i TRAQ技术在AD早期诊断中的应用作一     

蛋白组学相关技术在运动对骨骼肌重塑研究中的进展

运动对身体最直接的作用为重塑骨骼肌,但其潜在的分子机制仍不清楚。蛋白组学技术可为特定刺激物调节分子通路提供一个整体的视角,目前已在运动对骨骼肌重塑的作用机制方面取得一定进展。本文通过广泛查阅近些年来有关运动对骨骼肌重塑的蛋白组学研究报道,并进行总结分析。结果发现,可通过蛋白质分离技术结合蛋白质鉴定技术有效地检测出运动前后或运动组与安静对照组骨骼肌差异表达的蛋白质。通过运动可引起骨骼肌的适应性应答,蛋白质组会发生相应的调整。不同运动的类型、强度和持续时间以及肌纤维类型可引起骨骼肌蛋白质组的不同变化。随着现有技术的不断完善和更多新技术的产生,蛋白组学研究会为阐明运动对骨骼肌重塑及其改善健康的机制研究等做出更大的贡献。