清肺通络合剂对气阴两虚兼痰热型社区获得性肺炎患者肠道菌群多样性的影响

目的 探讨中药清肺通络合剂（QFTLM）对气阴两虚兼痰热型社区获得性肺炎（CAP）患者肠道菌群多样性的影响。方法 采用前瞻性临床对照研究方法,根据患者采用的治疗方法不同,将23例气阴两虚兼痰热型CAP患者分为两组：予抗菌药物治疗组10例,予抗菌药物联合QFTLM治疗组13例。收集治疗前后患者粪便样本46份,利用PacBio测序平台进行16S rRNA测序,分析两组患者治疗前后样本中肠道菌群的组成、多样性和显著性差异物种。结果 （1）两组治疗前后肠道菌群的组成：在门水平为厚壁菌门、变形杆菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门;在纲水平为梭菌纲、革兰阴性菌纲、芽孢杆菌纲、丹毒丝菌纲、拟杆菌纲、γ-变形杆菌纲、疣微菌纲和放线菌纲;在目水平为拟杆菌目、梭菌目、单胞菌目、肠杆菌目、乳杆菌目、丹毒丝菌目和颤螺菌目;在科水平为拟杆菌科、乳球菌科、肠杆菌科、韦荣球菌科、艾克曼菌科、毛螺菌科、喜热菌科、链球菌科、丹毒丝菌科和肠球菌科;在属水平为拟杆菌属、粪杆菌属、埃希氏菌属、罕见小球菌属、巨单胞菌属、艾克曼菌属、梭菌属、链球菌属和肠球菌属。（2）两组治疗前后梭菌纲的相对丰度抗菌药物组治疗前后为（0.48±0...     

先天性巨结肠患儿Soave术前、术后肠道菌群组成及丰度

目的分析先天性巨结肠(HD)患儿Soave术前、术后肠道菌群组成及丰度,为HD的进展及治疗提供理论依据。方法选取2016年6月至2017年8月郑州大学附属儿童医院收治的29例Soave术前HD患儿作为术前组,选取同时期11例Soave术后1周患儿作为术后组。提取两组粪便样品细菌基因组DNA,采用16S rDNA高通量测序技术检测肠道菌群的组成及丰度。结果术前组拟杆菌门、拟杆菌科、普雷沃菌科、梭菌纲、梭菌目、消化链球菌科、韦荣球菌属、罗氏菌属、肠球菌属丰度均高于术后组,差异有统计学意义(均P<0.05);术后组芽孢杆菌目、芽孢杆菌科、屎肠球菌、微球菌目、微球菌科丰度均高于术前组,差异有统计学意义(均P<0.05)。结论 HD患儿Soave术前、术后肠道菌群丰度发生了变化。     

宏基因组测序技术在发热患者咽部微生物菌群研究中的应用

目的 通过宏基因组高通量测序分析,研究不同发热患者咽部微生物菌群多样性。方法 采用随机法选取2020年1—4月石家庄市五所医院发热门诊就诊21例发热患者作为实验组,选取同期10例健康人作为对照组,采集咽拭子样本并提取核酸,应用Illumina测序平台进行宏基因组测序并进行微生物菌群分析。结果 实验组共获得 1 716 802 816条优质序列,鉴定出4 079个物种,归属于97个门,951个属。实验组和对照组咽部微生物菌群分析显示,在门水平上,梭杆菌门和厚壁菌门在对照组中升高,拟杆菌门在实验组中升高;在纲水平上,梭杆菌纲和梭菌纲在对照组中升高,拟杆菌纲在实验组中升高;在目水平上,拟杆菌目在实验组中升高;在科水平上,瘤胃菌科在对照组中升高,拟杆菌科、理研菌科、阿克曼氏菌科、红细菌科和火色杆菌科在实验组中升高;在属水平上,拟普雷沃菌属、拟杆菌属、理研菌属、副拟杆菌属等在实验组中升高,瘤胃球菌属在对照组中升高;在种水平上,紫单胞菌科细菌（Porphyromonadaceae bacterium KA00676）、两个拟杆菌属（Bcteroidales bacterium Barb7, Bcteroidales SP. CAG:702）、五个普雷沃氏菌（CAG:617、CAG:755、CAG:732、CAG:924、CAG:1031）、卟啉单胞菌KLE1280、甲烷囊菌属的PtaU1.Bin060等在实验组中升高。实验组差异物种有消化链球菌、拟杆菌、科马加泰杆菌、明串珠菌、支原体、假棒状杆菌等。耐药基因主要为β-内酰胺酶类。结论 发热患者咽部有复杂的微生物菌群结构,本研究表明咽部菌群结构会对机体发热有显著影响。     

砂仁复方对5-FU所致大鼠肠道菌群调节作用研究

目的 探讨砂仁复方对5-FU所致大鼠肠道菌群失衡的影响。方法 将SD大鼠随机分为正常组、阳性组、模型组、砂仁复方高、中、低剂量组;通过对大鼠粪便细菌16S rRNA 测序,i-Singer云平台数据分析,对肠道菌群物种多样性、不同分类学水平菌群丰度进行分析。结果 砂仁复方可以增加模型组肠道菌群多样性;增加乳杆菌科等的丰度;降低普雷沃氏菌科等的丰度,并以低剂量效果最佳。结论 砂仁复方可以通过平衡肠道菌群,增加菌群多样性,并在不同分类水平下调节肠道菌群稳态来发挥肠道保护作用。     

基于16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿的肠道菌群组成

目的：探讨16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿肠道菌群的结构与组成,为临床治疗提供依据。方法：选取2020 年1月至12 月湖州市妇幼保健院门诊就诊的功能性便秘婴幼儿17 例作为便秘组,正常婴幼儿15例作为对照组,收集粪便,采用16S rDNA扩增子测序的方法检测2组婴幼儿肠道菌群的组成并分析其结果。结果：2组肠道菌群Alpha多样性差异无统计学意义（P ＞0.05）,但Beta多样性差异有统计学意义（P ＜0.01）。在门水平中放线菌门、厚壁菌门、变形菌门是2组儿童肠道微生物群落中最丰富的菌群,其中疣微菌门在便秘组中丰度高于对照组（P ＜0.05）。在属水平中,双歧杆菌为2组优势菌种,乳酸菌属与阿克曼菌属在便秘儿童肠道中的丰度高于对照组（P ＜0.05）。便秘组中双歧杆菌种、疣微菌门、阿克曼菌属、副干酪乳杆菌的丰度差异有统计学意义,而对照组齿双歧杆菌、放线菌目、放线菌科、放线菌属、鼠李糖乳杆菌的丰度差异有统计学意义（均P ＜0.05）。结论：功能性便秘婴幼儿存在肠道菌群结构和多样性的改变,便秘与肠道菌群之间可能存在相关性。     

冠状动脉粥样硬化性心脏病患者肠道菌群丰度与血脂和血尿酸水平的相关性

目的探讨冠状动脉粥样硬化性心脏病(CAHD)患者肠道菌群丰度与血脂、血尿酸水平的相关性。方法选取2016年9月至2017年11月新乡医学院第一附属医院心血管内科收治的疑似CAHD进行冠状动脉造影患者106例为研究对象,根据冠状动脉造影结果分为CAHD组(n=68)和非CAHD组(对照组,n=38),均于入院次日清晨空腹抽取肘静脉血,检测血清总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白(LDL)、高密度脂蛋白(HDL)、血尿酸(UA)水平;并于治疗前收集2组受试者新鲜粪便样本5 g,参照粪便样本DNA提取试剂盒方法提取粪便样本DNA,采用Illumina MiSeq平台实施高通量测序,检测受试者肠道菌群丰度,对肠道菌群丰度与血脂、血尿酸水平进行相关性分析。结果与对照组受试者比较,CAHD组受试者的血清UA、TC、LDL水平显著升高,HDL水平显著降低(P <0. 05)。2组受试者肠道菌群共检测到8个菌门,其中拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、放线菌门的检出率均为100%,梭杆菌门、软壁菌门、互养菌门、广古菌门检出率比较差异均无统计学意义(χ2=0. 009、0. 000、0. 000、0. 000,P> 0. 05);与对照组受试者比较,CAHD组拟杆菌门细菌丰度减小(P <0. 05),厚壁菌门细菌丰度增加(P <0. 05)。CAHD组受试者β-变形菌纲细菌丰度小于对照组受试者(P <0. 05),梭菌纲细菌丰度大于对照组(P <0. 05),2组受试者β-变形菌纲、梭菌纲细菌检出率均为100%。CAHD组受试者拟杆菌目、Burkholderiales目、双歧杆菌目、乳酸杆菌目细菌丰度小于对照组(P <0. 05),2组受试者拟杆菌目、Burkholderiales目、双歧杆菌目、乳酸杆菌目细菌检出率均为100%。CAHD组受试者消化链球菌科、Erysipelotrichaceae科细菌丰度大于对照组(P <0. 05),2组受试者消化链球菌科、Erysipelotrichaceae科细菌检出率均为100%。CAHD组受试者拟杆菌属、Roseburia属、乳酸杆菌属、双歧杆菌属细菌丰度小于对照组(P <0. 05),Blautia属、Odoribacter属、Ruminococcus-2属、Faecalibacterium属、Alistipes属、Subdoligranulum属、埃希氏菌属、Stercoris种细菌丰度大于对照组(P <0. 05); CAHD组受试者Odoribacter属、Alistipe属细菌检出率小于对照组(χ2=3. 892、8. 853,P <0. 05)。2组受试者血UA水平与双歧杆菌目、乳酸杆菌属细菌丰度呈负相关(r=-0. 562、-0. 112、-0. 429、-0. 045,P <0. 05),与埃希氏菌属细菌丰度成正相关(r=0. 781、0. 193,P <0. 05); CAHD组受试者血UA水平与Burkholderiales目细菌丰度呈正相关(r=0. 716,P <0. 05),与乳酸杆菌目细菌丰度呈负相关(r=-0. 687,P <0. 05)。2组受试者血TG水平与拟杆菌目、Odoribacter属细菌丰度呈负相关(r=-0. 761、-0. 354、-0. 323、-0. 256,P <0. 05),与梭菌纲细菌丰度呈正相关(r=0. 867、0. 447,P <0. 05); CAHD组受试者血TG水平与Stercoris种细菌丰度呈正相关(r=0. 258,P <0. 05)。2组受试者血HDL水平与消化链球菌科、梭菌纲细菌丰度呈正相关(r=0. 650、0. 146、0. 597、0. 012,P <0. 05); CAHD组受试者血HDL水平与软壁菌门细菌丰度呈正相关(r=0. 656,P <0. 05)。2组受试者血LDL水平与消化链球菌科、梭菌纲细菌丰度均呈负相关(r=-0. 497、-0. 036、-0. 839、-0. 181,P <0. 05)。结论 CAHD受试者与对照组的肠道菌群丰度在门、纲、目、科、属、种水平存在一定差异;肠道菌群丰度与CAHD患者的血脂、血尿酸水平相关。     

肥胖者唾液微生物宏基因组学特点

目的：探讨肥胖者口腔唾液微生物的特点,比较肥胖者与正常体重者口腔唾液微生物组成、基因功能及代谢通路上的差异。方法：研究纳入无全身系统性疾病、无牙周炎及口腔黏膜病的肥胖者及性别、年龄相匹配的正常体重者,收集研究对象的非刺激性唾液。提取唾液样本DNA,用高通量测序方法进行宏基因组分析,结果经数据质控后进行物种分类及注释,差异物种线性判别分析（linear discriminant analysis, LDA）,基因预测,基因集构建和功能注释分析。结果：过滤后每个样本得到可分类的、细菌的DNA序列平均条数为2 630 428。唾液微生物群落共包括 11个菌门、19个菌纲、26个菌目、41个菌科、62个菌属和164菌种。肥胖组与正常体重组微生物群落的优势菌门相同,为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门,两组在纲、目、科、属、种等分类水平上均发现相对丰度差异具有统计学意义的物种。在纲水平上,Negativicutes纲和丹毒丝菌纲（Erysipelotrichia）丰度在肥胖组中的相对丰度高于正常体重组（P<0.05）,黄杆菌纲（Flavobacteriia）和Bateroidetes纲在肥胖组中的相对丰度低于正常体重组（P<0.05）。9个菌属在两组间丰度差异具有统计学意义;种水平上,16个菌种的丰度差异具有统计学意义,其中产黑色素普雷沃氏菌（Prevotella melaninogenica）、唾液普雷沃氏菌（Prevotella salivae）、Solobacterium moorei和极小阿托波氏菌（Atopobium parvulum）等在肥胖组中相对丰度高于正常体重组（P<0.05）,而血链球菌（Streptococcus sanguinis）在正常体重组中相对丰度高于肥胖组（P<0.05）。对基因预测结果进行分析,发现肥胖组样本基因数目较正常体重组多,差异有统计学意义（P<0.05）,其中与营养和能量代谢、环境信息处理、人体疾病等通路相关的基因在肥胖组唾液样本中显著富集（P<0.01）。结论：肥胖者与正常体重者的口腔唾液微生物在物种组成、基因数目及代谢通路上均存在差异,值得今后扩大样本量进一步研究。     

16s rDNA扩增子测序分析慢性乙型肝炎患者肠道菌群的改变

目的应用16s rDNA扩增子测序技术分析慢性乙型肝炎（chronic hepatitis B, CHB）患者和健康人肠道菌群的差异,探讨肠道菌群对CHB患者疾病的影响及可能的作用机制。方法收集2017年1月—2018年12月就诊的CHB患者（60例）、健康对照者（30例）粪便样本,应用16s rDNA扩增子测序技术,进行菌群鉴定及差异性分析。结果与CHB组比较,健康对照组肠道菌群的丰富度、多样性、均匀度更高。在门水平,两组样本菌群均以厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）为主;健康对照组出现了独有的浮霉菌门（Planctomycetes）。在纲水平,健康对照组独有Melainabacteria和OM190;芽孢杆菌纲在CHB组较健康对照组多（P=0.000 999）。在目水平,放线菌目、假单胞菌目在CHB组中独有;Gastranaerophilales在健康对照组独有;乳酸菌目在CHB组多于健康对照组（P=0.000 999）;柄杆菌目、脱硫弧菌目、根瘤菌目在CHB组少于健康对照组（P=0.000 999、0.045 954、0.000 003 57）。在科水平,放线菌科、丛毛单胞菌科、莫拉氏菌科在CHB组中独有;叶杆菌科、柄杆菌科、氨基酸球菌科在CHB组少于健康对照组（P=0.000 003 57、0.000 999、0.039 96）;Defluviitaleaceae、链球菌科、毛螺菌科在CHB组多于健康对照组（P=0.000 067 3、0.000 999、0.018 981）。在属水平,CHB组独有12个属,健康对照组独有5个属; CHB组毛螺旋菌属UCG-010、中慢生根瘤菌属少于健康对照组（P=0.033 966、0.000 003 57）;以下菌属在CHB组多于健康对照组： 瘤胃球菌属1、伊格尔兹氏菌属、毛螺旋菌属NC2004、毛螺旋菌属FCS020、梭菌属、Defluviitaleaceae UCG-011、颤杆菌克属、Blautia（P=0.009 99、0.004 995、0.030 969、0.011 988、0.027 972、0.000 067 35、0.000 969、0.019 98）。慢乙肝患者不同个体间肠道菌群差异大,健康对照组个体差异小。结论与CHB组比较,健康对照组肠道菌群的丰富度、多样性、均匀度更高。在门、纲、目、科、属等不同分类水平,CHB组和健康对照组肠道菌群有各自独有的菌种和差异菌。     

亚健康状态人群肠道菌群结构明显失调：基于某医院150例护理人员分析

目的 探索亚健康状态人群（SHS）和健康人群之间肠道菌群是否存在差异。 方法 于2020年11月~2021年5月选取南方医科大学南方医院工作的护理人员150例作为研究对象,其中亚健康人群75例为亚健康组（SHS组）,选择75例同期健康人群作为对照组（H组）。针对16S rRNA基因的V3-V4区采用高通量测序技术,对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。 结果 α多样性分析显示,Chao1指数在SHS组和H组间差异无统计学意义（P=0.619）,SHS组的Shannon指数升高且2组之间差异有统计学意义（P<0.001）;β多样性分析显示,2组间肠道菌群组成结构上差异具有统计学意义（R=0.227,P=0.001）;在门水平上2组均主要由拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteriota）组成;在属水平均主要由普雷沃菌属（Prevotella）、拟杆菌属（Bacteroides）、布劳特氏菌属（Blautia）、栖粪杆菌属（Faecalibacterium）组成;物种差异分析表明,2组在4个门3个纲3个目3个科3个属的相对丰度差异有统计学意义（P<0.05）。结论 与健康人群相比,亚健康状态人群肠道菌群结构明显失衡。     

二乙基亚硝胺诱导肝细胞癌模型鼠肠道微生态研究

目的：探索肝细胞癌模型鼠肠道微生态特征。 方法：将2周龄C57BL/6雄鼠分为正常对照组和肝癌模型组。肝癌模型组在出生后2周给予单次腹腔注射二乙基亚硝胺（DEN）,其中存活小鼠自4周龄起腹腔注射1,4-双[2-（3,5-二氯吡啶氧）]苯,每2周一次,共8次。分别于小鼠出生后第10、18和32周随机处死部分实验动物,取肝脏进行组织病理学检查。其中,在小鼠出生后第32周处死动物前无菌条件下收集两组粪便标本,并进行V3~V4高可变区16S rRNA基因组测序,进而对菌群多样性、物种丰度差异、菌群相关性、表型预测以及功能预测进行分析。 结果：α多样性分析结果显示Good’s coverage均已达到最大值1.00,且正常对照组与肝癌模型组肠道菌群Observed features、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数差异均有统计学意义（均 P<0.05）。β多样性分析结果显示基于加权或未加权Unifrac距离的主坐标PCoA均R>0,标本的组内差异小于组间差异;两组标本的分离趋势明显（P<0.05）。拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门及髌骨菌门等菌群为正常对照组与肝癌模型组门水平的优势菌群,但肝癌模型组较正常对照组拟杆菌门丰度显著减少（P<0.01）,而髌骨菌门丰度显著增加（P<0.05）。正常对照组属水平的优势菌群主要为鼠杆菌科未分类属、副鼠杆菌属、鼠杆菌属、毛螺旋菌科NK4A136属、欧陆森氏菌属等,而肝癌模型组为艾克曼菌属、杜氏杆菌属、鼠杆菌科未分类属、毛螺旋菌科NK4A136属、红椿杆菌科UCG-002属等。两组属水平菌群相对丰度差异有统计学意义的有30个菌属（均P<0.05）。两组小鼠肠道菌群LEfSe分析共发现14个多级别差异物种（均P<0.05,LDA评分超过4.0）,主要富集在拟杆菌门。其中正常对照组为拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、鼠杆菌科等10个差异菌群富集,肝癌模型组为杜氏杆菌属、消化链球菌属等4个差异菌群富集。正常对照组肠道优势菌属之间既有正相关关系又有负相关关系（|rho|>0.5,P<0.05）,肝癌模型组肠道优势菌属的相关性网络复杂程度比正常对照组降低,所有优势菌群的相互作用均呈较强的正相关。与正常对照组比较,肝癌模型组肠道菌群革兰阳性菌及移动元件菌基因相对丰度均显著上调（均P<0.05）,而革兰阴性菌（P<0.05）及潜在致病性菌基因（P<0.05）相对丰度均显著下调。两组肠道菌群的基因代谢通路差异显著,其中正常对照组富集在能量代谢、细胞分裂及核苷酸代谢等18个代谢通路,而肝癌模型组富集在能量代谢、氨基酸代谢及碳水化合物代谢等12个代谢通路（均P<0.005）。 结论：DEN诱导原发性肝癌模型小鼠肠道菌群数减少,菌群构成、菌群相关性、表型和功能均发生改变,其中门水平的拟杆菌门以及属水平的鼠杆菌科未分类属、鼠杆菌属、消化链球菌属、杜氏杆菌属等菌群可能与DEN诱导肝细胞癌的发生有关。     

间歇性缺氧对睡眠呼吸暂停大鼠模型肠道菌群结构的影响

目的 探讨间歇性缺氧(IH)对睡眠呼吸暂停综合征(OSAS)大鼠模型肠道菌群结构的影响。方法 16只大鼠随机均分为两组,分别给予4周常氧处理(NC组)或间歇性缺氧处理(IH组)。然后采集并提取大鼠粪便DNA,进行16S rRNA焦磷酸测序,并对测序结果进行生物信息学分析。Welch T检验分析两组间样本α多样性差异,ANOSIM分析检验组间β多样性差异,KW秩和检验分析组间显著丰度差异。结果 IH组与NC组间OTUs数量无显著差异(P＞0.05)。且群落多样性(Shannon指数)和丰富度(Chao1指数)亦无显著差异(P＞0.05)。物种差异分析显示,在门水平,拟杆菌门(P＜0.05)、软壁菌门(P＜0.01)在IH组肠道中显著富集,而厚壁菌门(P＜0.05)在NC组肠道中显著富集,但并未发现IH对大鼠肠道内变形菌门(P＞0.05)物种丰度的影响。在科水平上,优势菌科中,普雷沃氏菌科(P＜0.05),克里斯滕森菌科(P＜0.001),韦荣球菌科(P＜0.05),柔膜细菌RF9(P＜0.01)在IH组显著富集,理研菌科(P＜0.001),乳杆菌科(P＜0.01)在NC组显著富集。弱势菌科中,产碱菌科(P＜0.01),红螺菌科(P＜0.05),vadinBE97(P＜0.05)IH组显著富集。网络分析显示,IH组和NC组间有广泛的物种之间的相互作用。结论 间歇性缺氧可以显著改变大鼠肠道菌群结构特征。     

强化期抗结核治疗对肺结核患者肠道菌群的影响

目的 探讨肠道菌群多样性及丰度在抗结核治疗强化期的变化。方法 收集广州市胸科医院20例初治菌阳肺结核患者使用强化方案治疗1周及强化期结束的粪便标本,所有标本进行16S rDNA测序,进行生物信息学分析。结果 强化期结束治疗组的Alpha多样性指标Chao1和observed_otus指数分别为（97.8±28.3）和（97.6±28.2）,高于治疗1周组的（81±34.7）和（81±34.7）,差异有统计学意义（P=0.04;P=0.038）。基于加权和未加权Unifrac距离的PCoA分析显示两组整体菌群结构无明显差异。在相对丰度较高的菌科中,强化期结束治疗组的拟杆菌科、肠球菌科、肠杆菌科、丹毒菌科、卟啉单胞菌科、双歧杆菌科等相对丰度下降,毛螺菌科、梭杆菌科、普氏菌科、瘤胃球菌科、韦氏菌科等相对丰度增加。通过线性判别分析效应量LEfse分析两组数据,发现在属水平上,厚壁菌门的瘤胃球菌、乳杆菌及放线菌门的柯林氏菌为组间显著差异菌种。结论 强化期治疗结束与治疗1周相比,肠道菌群多样性增加,但肠道菌群结构无明显差异。肠道拟杆菌科丰度减少,毛螺菌科丰度增加。     

树鼩大肠内容物细菌的群落多样性分析

目的应用高通量测序技术分析树鼩大肠细菌的结构与组成。方法采集3只雄性树鼩大肠内容物,用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3~V4区,采用Illumina PE250平台测序。结果共获得160 157条有效序列,聚类后得437个运算分类单位(operational taxonomic units,OTUs)。树鼩大肠中的细菌有9个门、19个纲、37个目、68个科、137个属和194个种。其中,(1)厚壁菌门和变形菌门的丰度最高,分别为63.30%和28.52%;(2)优势纲是芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲(51.46%、28.02%);(3)乳杆菌目和肠杆菌目的丰度最高,为45.33%和27.51%;(4)优势科是乳杆菌科(35.30%)和肠杆菌科(27.51%);(5)乳杆菌属和埃希氏菌属为优势属(35.30%、27.49%);(6)在种的水平,可培养细菌的丰度为37.10%,未分类细菌27.69%,不可培养细菌35.21%。可培养细菌中,唾液链球菌的丰度最高(26.66%)。在丰度最高的20个种中,8种细菌(40%)未分类,为以往未被发现的新种。个体间细菌群落存在一定差异。结论树鼩大肠内容物中的细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。     

食管鳞癌原位模型小鼠肠道菌群分析

背景随着肠道菌群高通量测序技术的应用与发展,越来越多的研究证实肠道菌群与多种肿瘤的发生、发展密切相关。食管鳞癌是威胁我国人民健康的常见肿瘤,其与肠道菌群的关系备受关注。目的分析比较食管鳞癌原位模型小鼠与正常小鼠肠道菌群的多样性,筛选出食管鳞癌特异性改变的菌属。方法2020年8月至2021年5月,将20只雌性SPF级C57BL/6小鼠适应性喂养1周后随机分为对照组（DZ组）和模型组（MX组）,每组10只。DZ组小鼠常规喂养并给予普通饮用水32周,MX组小鼠按照造模方法常规喂养并给予含0.1 mg/ml诱癌剂4-硝基喹啉-1-氧化物（4NQO）的饮用水喂养16周,之后给予普通饮用水喂养至32周。收集两组小鼠粪便,提取DNA,应用聚合酶链式反应（PCR）扩增后进行高通量测序,获得的测序数据聚类成为基于序列间相似度的分类操作单元（OTU）,并根据物种注释情况进一步分析Alpha多样性、Beta多样性、物种丰度。结果两组小鼠在实验过程中未出现死亡,MX组小鼠均造模成功。MX组与DZ组相比,拟杆菌门（Bacteroidota）及厚壁菌门（Firmicutes）比例升高,而疣微菌门（Verrucomicrobiota）及变形菌门（Proteobacteria）比例降低。Alpha多样性结果显示,MX组小鼠肠道菌群Shannon指数低于DZ组（P<0.05）。Beta多样性分析中PCoA图显示,MX组与DZ组样本分别聚集在不同的象限,相距较远,样本间多样性差异较大（t=22.444,P=0.004）。在门水平,MX组Unidentified_ Bacteria、蓝细菌（Cyanobacteria）、易感微生物（Elusimicrobia）、弯曲杆菌（Campilobacterota）丰度高于DZ组（P<0.05）。在属水平,MX组普雷沃菌科_UCG-003（Prevotellaceae_UCG-003）、拟杆菌属（Bacteroides）、毛螺菌科NK4A136组（Lachnospiraceae_NK4A136_group）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、普雷沃菌科_UCG-001（Prevotellaceae_UCG-001）、普雷沃菌属（Prevotella）、大肠埃希菌（Colidextribacter）、毛螺菌科_UCG-006（Lachnospiraceae_UCG-006）丰度高于DZ组,罗姆布茨菌（Romboutsia）、土杆菌属（Turicibacter）丰度低于DZ组（P<0.05）。LEfSe分析结果显示,在属水平上,Prevotellaceae_UCG-003、埃希菌-志贺菌属（Escherichia-Shigella）、Bacteroides、Lachnospiraceae_ NK4A136_group在MX组丰度增高（P<0.05）;而Romboutsia丰度在DZ组增高（P<0.05）。结论食管鳞癌原位模型小鼠与正常小鼠相比肠道菌群物种多样性降低,存在特异性差异菌属,其中Prevotellaceae_UCG-003、Bacteroides、Lachnospiraceae_NK4A136_group和Romboutsia可作为食管鳞癌诊断的生物标志物。     

高通量测序分析肠易激综合征患者和健康人肠道菌群差异

目的 通过高通量测序方法分析肠易激综合征患者(Irritable Bowel Syndrome,IBS)和健康人肠道菌群差异.方法 采用Illumima系统MiSeq平台对正常组和IBS组粪便进行16S rRNA测序.结果 IBS患者的肠道菌群多样性无显著变化.在门水平上,Firmicutes丰度显著增加(P<0.01),Bacteroidete的丰度和Bacteroidetes/Firmicutes的比值下降.在科水平上,正常组和IBS组粪便肠道菌群中检测到Cryomorphaceae、Erysipelotrichaceae、Campylobacteraceae和Fibrobacteraceae,且丰度变化具有显著差异(P<0.05).结论 IBS患者和健康人相比,肠道菌群多样性未见明显差异.但某些细菌菌种存在显著差异.     

基于宏基因组的野生冬虫夏草周际土壤细菌多样性分析

目的:了解野生冬虫夏草周际土壤中的细菌群落组成,为优化冬虫夏草人工培育条件奠定基础。方法:采集5份四川省阿坝藏族羌族自治州小金县崇德乡野生冬虫夏草周际土壤,提取微生物DNA,利用16S rRNA高通量测序技术对土壤中细菌构成进行测定,并进行生物信息学分析。结果:5份所测土壤样品细菌群落构成相似,土壤中细菌主要有19门55纲124目194科325属350种,其中变形菌、放线菌、酸杆菌、壁厚菌、绿弯菌和拟杆菌的物种丰度较高。结论:崇德乡野生冬虫夏草土壤中细菌多样性丰富,土壤细菌群落与冬虫夏草的关系值得进一步研究。     

首发抑郁症患者肠道菌群与认知情绪调节关系研究

背景　近年来抑郁症和肠道菌群的相关研究大多集中于动物实验,而人体肠道菌群的相关研究相对较少,结合心理特征的研究则更少。目的　了解首发抑郁症患者与健康人群在肠道菌群、认知情绪调节方面的差异,进一步探讨抑郁症、肠道菌群及认知情绪调节之间的关系。方法　选取2017年1-12月就诊于宁夏医科大学总医院心理卫生中心门诊的首发抑郁症患者30例（抑郁症组）,同期选取宁夏“十三五”科技重大项目流调体检健康志愿者31例（对照组）。完成一般情况调查问卷、汉密尔顿抑郁量表、认知情绪调节量表（CERQ）的评定与粪便的收集;采用高通量测序及生物信息学方法分析微生物群落多样性和丰度变化;探讨情绪调节策略、抑郁严重程度与肠道菌群的相关性。结果　抑郁症组和对照组一般情况（年龄、性别、BMI、吸烟、文化程度）比较,差异无统计学意义（P>0.05）。本研究以97%的相似性将所有样本的有效序列聚类为Operational Taxonomic Units（OTUs）,所得稀释曲线趋向平坦,说明测序数据量合理。抑郁症组与对照组肠道菌群多样性指数比较,差异无统计学意义（P>0.05）。与对照组相比,在门水平,抑郁症组厚壁菌门、放线菌门、柔壁菌门丰度降低,拟杆菌门丰度增高（P<0.05）;在属水平,抑郁症组Ruminococcus、Subdoligranulum、Enterobacter、Coprococcus、Bifidobacterium、Lactobacillus菌属减少,而Klebsiella、Flavonifractor、Bacteroides菌属增多（P<0.05）。LEfSe分析显示,抑郁症组肠道菌群中主要以拟杆菌、产碱菌科（Alcaligenaceae）,伯克菌目（Burkholderiales）,Β-变形菌纲、Erysipelotrichaceae、幽门螺杆菌等致病菌为主;对照组以厚壁菌门、双歧杆菌、Subdoligranulum、乳酸杆菌等有益菌为优势菌。抑郁症组自我责难、沉思、灾难化、责难他人分量表得分高于对照组,积极重新评价、理性分析分量表得分低于对照组（P<0.05）。CERQ分量表中自我责难得分与Enterobacter菌属呈正相关,与Odoribacter、Alistipes菌属呈负相关（P<0.05）;沉思分量表得分与Subdoligranulum、Alistipes、Faecalibacterium、Odoribacter菌属呈负相关（P<0.05）;重新关注计划、积极重新评价分量表得分与Weissella菌属呈正相关（P<0.05）;灾难化分量表得分与Dialister菌属呈负相关（P<0.05）。抑郁严重程度与拟杆菌门及Flavonifractor菌属呈正相关（P<0.05）,与Ruminococcus、Subdoligranulum、Coprococcus、Dialister、Odoribacter、Faecalibacterium、Butyricimonas菌属呈负相关（P<0.05）。结论　抑郁症患者与健康对照者在肠道菌群、认知情绪调节策略方面均有较大差异,情绪调节策略自我责难、沉思、灾难化,肠道菌群条件致病菌的增多及丁酸盐产生菌、益生菌的减少与抑郁症密切相关。     

免疫性肝损伤大鼠肠道菌群的变化及肠黏膜屏障损伤研究*

目的: 探讨免疫性肝损伤大鼠肠道菌群及肠黏膜屏障变化。方法: 利用卡介苗(BCG)诱导建立免疫性肝损伤模型,观察大鼠肝组织的病理学改变,检测血清谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、二胺氧化酶(DAO)和D-乳酸(D-LA)水平,并留取粪便进行肠道菌群16S rDNA测序分析。结果: 模型组大鼠肠道菌群多样性较对照组显著升高(P＜0.05)。门水平上,两组的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes),正常对照组分别占59.50 %和37.90 %,造模组中依次占47.92 %、46.84 %,门水平肠道菌群构成差异分析,模型组厚壁菌门丰度明显降低,差异有统计学意义(P＜0.05);变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)与对照组相比丰度增加,差异有统计学意义(P＜0.05)。属水平肠道菌群构成差异分析,丰度较高的前20个菌属中,模型组乳酸杆菌属(Lactobacillus)、毛螺旋菌属(Lachnospiraceae)丰度均低于对照组,差异具有显著性(P＜0.05)。模型组瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)、布劳特氏菌(Blautia)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)丰度均高于对照组(P＜0.05)。结论: 卡介苗所致急性肝损伤大鼠存在肠道细菌过度生长,厚壁菌门及乳酸杆菌属丰度明显下降,变形菌门、放线菌门丰度升高,存在肠道菌群结构失衡,肠道屏障受损。     

中老年痰湿质人群肠道菌群结构特征研究

目的 探究中老年痰湿质与平和质人群肠道菌群样品在物种分类、丰度及多样性等方面的差异,找出中老年痰湿质人群肠道的特征功能菌群,以期为痰湿质与代谢性疾病相关性研究提供肠道微生物层面的依据。 方法 选择于2017年5月—12月在浙江医院中医内科就诊或体检中心行健康体检的人群为研究样本,通过中医体质辨识软件结合专业人员辨证,纳入痰湿质与平和质各30人,采集粪便样品并对其总RNA进行提纯,用Miseq测序仪进行基于16SrRNA的生物多样性测序,利用R(v3.1.1)软件对样品的物种分类、丰度、多样性及组间差异等进行统计分析。 结果 ①各样品间菌群构成及相对丰度均存在差异,但主要构成菌种均为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)及放线菌门(Actinobacteria)。②痰湿质组的observed species指数、chao指数、ACE指数及shannon指数均小于平和质组(均P<0.05),simpson指数大于平和质组(P<0.05)。③痰湿质组拟杆菌门(38.439±13.545)相对丰度低于平和质组(46.669±12.984),厚壁菌门(52.802±13.861)相对丰度高于平和质组(45.742±12.990),差异有统计学意义(均P<0.05)。 结论 痰湿质人群肠道菌群的丰度及多样性均显著降低;拟杆菌门相对丰度降低及厚壁菌门相对丰度升高为痰湿质人群肠道菌群的重要结构特征。      

基于高通道测序的肠道菌群与冠心病的相关性研究

背景　冠心病是发达国家及发展中国家最常见的死亡原因之一,肠道菌群的组成在冠心病的病理过程中起重要作用,越来越多证据表明,肠道菌群失调可导致脂质代谢紊乱、低度炎性反应、胰岛素抵抗、血压升高等,进而增加冠心病风险。目的　通过检测冠心病患者肠道菌群结构及多样性,了解其肠道菌群特点,进一步寻找冠心病危险因素,为冠心病患者提供新的诊疗方法。方法　选取2016年7月-2017年6月入住新乡医学院第一附属医院心血管内科及心脏重症监护病房（CCU）的冠心病患者62例,应用Gensini评分将其分为轻度组27例,中重度组35例;同时选取同期于本院体检的30例健康者作为对照组。采集研究对象的粪便样本,提取粪便样本的DNA并对其进行细菌16S rDNA V3区的聚合酶链式反应（PCR）扩增,对最终的PCR扩增产物进行生物信息学分析。结果　三组原始PE reads数目（PE_reads）、去除嵌合体后有效序列数目（Nochimera）、有效序列平均长度（AvgLen）、有效数据的GC百分比含量（GC）、Nochimera与PE_reads的百分比（Effective）比较,差异均无统计学意义（P>0.05）。三组ACE、Chao1、Shannon、Simpson指数比较,差异均有统计学意义（P<0.05）;其中,轻度组与中重度组ACE、Chao1、Shannon、Simpson指数均低于对照组（P<0.05）。三组拟杆菌门、变形菌门相对丰度比较,差异均有统计学意义（P<0.05）,其中中重度组拟杆菌门相对丰度低于对照组,变形菌门相对丰度高于对照组（P<0.05）;三组拟杆菌纲、梭菌纲相对丰度比较,差异均有统计学意义（P<0.05）,其中中重度组拟杆菌纲相对丰度低于轻度组、梭菌纲相对丰度高于轻度组,轻度组拟杆菌纲相对丰度低于对照组、梭菌纲相对丰度高于对照组（P<0.05）;三组拟杆菌属相对丰度比较,差异有统计学意义（P<0.05）,其中中重度组相对丰度低于轻度组和对照组,轻度组相对丰度低于对照组（P<0.05）。Metastats差异分析结果显示对照组与轻度组拟杆菌属、巴斯德菌属、脱磷弧菌属、埃希杆菌-志贺杆菌属、考拉杆菌属菌落相对丰度比较,差异均有统计学意义（P<0.05）;对照组与中重度组巴斯德菌属、Dialister属、黄杆菌属、Parasutterella属、考拉杆菌属菌落相对丰度比较,差异均有统计学意义（P<0.05）;轻度组与中重度组脱磷弧菌属、Dialister属、埃希杆菌-志贺杆菌属、黄杆菌属、帕拉普菌属菌落相对丰度比较,差异均有统计学意义（P<0.05）。结论　肠道菌群多样性、结构的改变,是冠心病的危险因素,因此调节肠道菌群、粪菌移植等方法可能成为冠心病新的治疗方法。