胆管癌染色体DNA拷贝数的变化研究

目的探讨胆管癌全基因组DNA拷贝数的变化特征,寻找与胆管癌相关的癌基因和抑癌基因的染色体候选区域。方法采用比较基因组杂交方法分析18例胆管癌组织基因组的不平衡,即DNA拷贝数的扩增和丢失。结果胆管癌常见的染色体DNA扩增区域是8q、20q、5p、17q;染色体DNA缺失区域为3p、18q、17p、8p、9p。结论胆管癌中存在多条染色体拷贝数的改变,3p、5p、8p、8q、9p、17p、17q、18q、20q等部位可能分别存在与胆管癌密切相关的癌基因和抑癌基因。     

肠型胃癌原发灶与淋巴结转移灶癌细胞染色体异常特征的比较

目的探讨胃癌发生淋巴结转移的机制,寻找和定位与胃癌转移相关基因。方法本研究应用比较基因组杂交技术分析和比较了15例肠型胃癌患者原发灶和其对应的淋巴结转移灶癌细胞染色体基因组改变特征。结果较常见染色体DNA拷贝数扩增的部位是8q,13q,20和7;较常见染色体DNA拷贝数丢失的部位是1p,17p,19,21q和22q。其中,有意义的发现是20q12-13扩增,21qcen-21丢失,4q丢失,14q22-ter丢失。结论本研究结果表明胃癌原发灶和淋巴结转移灶癌细胞染色体基因改变最显著的部位是20q扩增,及21q,4q和14q的丢失;提示在这些部位可能存在与胃癌淋巴结转移相关的基因。     

通过比较基因组杂交研究肝癌中非随机染色体畸变

目的:研究肝癌发生和发展过程中非随机染色体畸变情况。方法:采用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)分析25例肝癌标本。结果:4q、8p、16q、17p、13q和6q区域的缺失以及8q、1q、6p和17q区域的扩增为肝癌的特征性变化。结论:非随机改变区域存在的相关基因与肝癌发生有关。     

河南林州食管癌家族史阳性患者比较基因组杂交特征

目的 探讨河南食管癌高发区食管癌家族史阳性患者基因组变化特征.方法 应用比较基因组杂交技术分析13例食管癌家族史阳性和32例食管癌家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 10q染色体部位DNA拷贝数扩增在食管癌家族史阳性患者为23%(3/13)而食管癌家族史阴性患者中无发生(P<0.05).15q染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性为38%(5/13),明显高于食管癌家族史阴性的6%(2/32)(P<0.05).3q、8q、7p、5p等染色体部位DNA拷贝数增加和3p、19q、9q等染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性和阴性患者中发生率均超过20%(P>0.05).结论 10q、15q可能存在与食管癌遗传高易感性相关的关键基因,而3q、8q、7p、5p、3p、19q、9q等可能存在与环境因素相关的食管癌关键基因.     

贲门癌家族史阳性患者比较基因组杂交变化特征

目的 探讨河南食管贲门癌高发区贲门癌肿瘤家族史阳性/阴性患者基因组变化特征.方法 应用比较基冈组杂交技术分析14例贲门癌家族史阳性和28例贲门癌肿瘤家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数扩增高于阴性(>20%)者的染色体部位为20p(FH+50%与FH-21%),5p(FH+50%与FH-18%),6q(FH+43%与FH-18%),16q(FH+36%与FH-14%);贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数丢失高于阴性(>20%)者为4q(FH+43%与FH-14%)(P>0.05).1q、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p染色体部位DNA拷贝数扩增和1p、17q/p、19p染色体部位DNA拷贝数丢失在贲门癌家族史阳性和阴性患者中均超过20%(P>0.05).结论 20p、5p、6q、16q、4q、17q、18q、9p、22q可能存在与贲门癌遗传高易感性相关的关键基因;而1q/p、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p、17q/p、19p可能存在与环境因素相关的贲门癌关键基因.     

肝外胆管癌瘤细胞染色体的结构畸变

目的 研究肝外胆管癌瘤细胞染色体结构畸变方式和畸变率，筛选肝外胆管癌标记染色体，定位肝外胆管癌相关基因。方法 用比较基因组杂交（CGH）和光谱核型分析（SKY）技术检测12例肝外胆管癌组织瘤细胞染色体结构畸变方式和畸变率。结果 肝外胆管癌瘤细胞多条染色体存在结构畸变，畸变方式以片段重复和丢失为主，重复集中在1q，3q，8q，15q和17q，丢失主要发生在3p，4q，6q，9p，17p和18q，其中丢失率最高的2个区段分别为3p13-p21和9p21-pter（各41．7％）。结论 肝外胆管癌瘤细胞染色体存在明显结构畸变，为进一步定位肝外胆管癌发生发展相关基因靶位点提供科学依据。     

应用比较基因组杂交技术对卵巢癌耐药机制的研究

目的探讨卵巢癌化疗耐药患者组织中染色体的变化特征,寻找或定位与卵巢癌化疗耐药密切相关的基因,以便对其耐药机制进一步研究。方法采用比较基因组杂交技术分析卵巢癌化疗耐药组（浆液性卵巢癌6例、黏液性卵巢癌3例、子宫内膜样卵巢癌2例、透明细胞癌1例,共12例）和化疗敏感组（浆液性卵巢癌5例、黏液性卵巢癌3例、子宫内膜样卵巢癌2例、透明细胞癌2例,共12例）两组癌细胞基因组的不平衡,即DNA丢失或扩增。结果化疗耐药患者组织中最常见的染色体DNA拷贝数增加的部位是3q,8q,20q,11q,17q,2p,1q;常见的染色体DNA拷贝数缺失的部位是9p,5q,10q,3p。其中17q的增加,耐药组为66．7％,敏感组为16．7％;1q的增加,耐药组为66、7％,敏感组为16．7％;3p的丢失,耐药组为50．0％,敏感组为8．3％,在化疗耐药患者组织中表现更加明显。结论卵巢癌耐药患者组织中细胞染色体基因组最明显的改变为17q,1q的增加以及3p的丢失,这些部位可能存在与卵巢癌化疗耐药密切相关的癌基因及抑癌基因。     

未分类肾细胞癌的临床病理与染色体畸变研究

目的:探讨未分类肾细胞癌(undifferentiated renal carcinoma,URCC)基因组DNA的变化特征.方法:应用比较基因组杂交(CGH)技术分析2例未分类肾癌患者.根据组织学分型、临床分期、性别和年龄进行分组比较.结果:①2例URCC CGH分析结果显示:URCC中发生DNA拷贝数扩增最常见部位是1p和3q,其他依次是2q、16q和1q(>50%);DNA拷贝数缺失最常见的部位是17p,其他依次6p、16p、20p、17q、5p、3p和11q(>50%).②2例URCC免疫组化表达CD10,CK,VIM,P53强阳性表达.结论:①1p、3q、2q、16q和1q的扩增及2p、6p、16p、20p、17q、5p、3p和11q的缺失可能与URCC发病相关.②17p缺失可能与URCC的高级别类型、预后差相关.     

与印度宫颈癌患者病情进展相关的8号染色体分子改变的分析

本研究绘制了染色体(chr.)8p21.3～23详细的基因缺失图谱,以定位肿瘤抑制候选基因(TSGs)位点,并通过分析印度宫颈癌(CaCx)患者基因组中长约580kb的c-myc基因位点内的基因扩增、重组或HPV整合情况,研究位于染色体8q24.1的c-myc基因的活化机制。同时对染色体8p21.3～23的缺失与c-myc位点改变之间的相关性进行了分析。利用15个微卫星指标绘制染色体8p21.3～23缺失图谱,并应用pal-1/c-myc/mlvi-4/HPV16/18探针,对7例宫颈上皮内瘤(CIN)和55例原发性宫颈癌患者的组织标本进行Southern杂交,分析c-myc位点的改变。8号染色体p/q的改变与不同的…     

河南林州市居民贲门癌组织的比较基因组杂交分析

目的：探讨贲门癌高发区河南林州市贲门癌组织中的基因组变化，寻找相关未知基因。方法：采用比较基因组杂交的方法（comparative genomic hybridization,CGH)分析10例原发性贲门癌组织基因组变化。结果；CGH分析显示1q(4/10),11q(3/10),3q(2/10),8q(3/10),8p(2/10)为出现频率较高的扩增区，9q(3/10)的缺失可能是贲门癌的特征性变化。结论：1q,11q,3q,8q,8p,9q可能存在与贲门癌相关的未知基因。     

Identification of chromosomal imbalances in pancreatic carcinoma using comparative genomic hybridization

Objective To identify genetic abnormalities in primary pancreatic carcinoma in humans.Methods Comparative genomic hybridization (CGH) was used to investigate genomic imbalances in 27 cases of pancreatic carcinomas. Multiple deletions and gains were observed in all tumor specimens.Results Losses affecting chromosomes 9p, 17p, 4q and 6p and gains involving 8q, 7q , 3q and 1q were commonly observed.Conclusions There are multiple regions of chromosomes with changes copy number in pancreatic carcinoma. The altered chromosomal regions may contain several candidate genes which are involved in the development and progress of pancreatic carcinogenesis.     

Novel chromosomal alterations detected in primary nasopharyngeal carcinoma by comparative genomic hybridization

Objective　To gain a better understanding of genetic changes in Cantonese nasopharyngeal carcinoma (NPC). Methods　Comparative genomic hybridization (CGH) was performed on 17 primary nasopharyngeal carcinomas. Results　A novel copy number gain an chromosome 4q and loss of chromosome 1p were found at a high frequency (&gt;50%). Conclusions　Current analysis revealed a comprehensive profile of the chromosomal regions showing gain of chromosomes 4q, 12q, and 1q as well as loss of chromosomes 1p, 3p, 11q, 14q, 15q, 13q, Xq, 9q, 10p, 10q, and 16q. Frequently altered loci may encode oncogenes or tumor suppressor genes involved in the development of primary NPC.     

Chromosomal and Genetic Analysis of a Human Lung Adenocarcinoma Cell Line OM

Background:

Lung cancer has become the leading cause of death in many regions. Carcinogenesis is caused by the stepwise accumulation of genetic and chromosomal changes. The aim of this study was to investigate the chromosome and gene alterations in the human lung adenocarcinoma cell line OM.

Methods:

We used Giemsa banding and multiplex fluorescence in situ hybridization focusing on the human lung adenocarcinoma cell line OM to analyze its chromosome alterations. In addition, the gains and losses in the specific chromosome regions were identified by comparative genomic hybridization (CGH) and the amplifications of cancer-related genes were also detected by polymerase chain reaction (PCR).

Results:

We identified a large number of chromosomal numerical alterations on all chromosomes except chromosome X and 19. Chromosome 10 is the most frequently involved in translocations with six different interchromosomal translocations. CGH revealed the gains on chromosome regions of 3q25.3-28, 5p13, 12q22-23.24, and the losses on 3p25-26, 6p25, 6q26-27, 7q34-36, 8p22-23, 9p21-24, 10q25-26.3, 12p13.31-13.33 and 17p13.1-13.3. And PCR showed the amplification of genes: Membrane metalloendopeptidase (MME), sucrase-isomaltase (SI), butyrylcholinesterase (BCHE), and kininogen (KNG).

Conclusions:

The lung adenocarcinoma cell line OM exhibited multiple complex karyotypes, and chromosome 10 was frequently involved in chromosomal translocation, which may play key roles in tumorigenesis. We speculated that the oncogenes may be located at 3q25.3-28, 5p13, 12q22-23.24, while tumor suppressor genes may exist in 3p25-26, 6p25, 6q26-27, 7q34-36, 8p22-23, 9p21-24, 10q25-26.3, 12p13.31-13.33, and 17p13.1-13.3. Moreover, at least four genes (MME, SI, BCHE, and KNG) may be involved in the human lung adenocarcinoma cell line OM.     

Analysis of comparative genomic hybridization and loss of heterozygosity in 43 primary gastric carcinomas

Objective To investigate common chromosomal changes and the LOH frequency of microsatellite loci in primary gastric cancer samples in order to locate the deleted regions in which human gastric cancer related genes might exist.Methods Comparative genomic hybridization (CGH) was used to define global chromosomal aberrations in 43 primary gastric tumors. Based on the results of CGH, analysis of loss of heterozygosity (LOH) was performed in chromosome 19 in which the loss was first discovered in the gastric cancers. The PCR-based approach was used to investigate 22 loci, which are spaced at 1.1 -10. 9 cM intervals throughout chromosome 19. The amplified PCR fragments were subjected to electrophoresis in PAGE gel and analyzed with GenescanTM and GenotyperTM.Results CGH analysis revealed gains in chromosome 3p(8/43), 8q(8/43), 20 [20 (9/43), 20p(7/43), 20q(4/43)], 12q(16/43), 13q(12/43) and losses in 19 [19 (15/43)], 7 [17 (8/43),17p (10/43)], 16 (10/43) and lp (11/43). Among the 43 evaluated samples, the most frequent LOH was detected at locus D19S571 (27. 81% ).Conclusions The tumorigenesis of gastric cancer includes several chromosomal changes. The aberration of chromosome 19 was the first common change founded in gastric cancer. The region near the D19S571 miclht harbor potential clenes related to the tumoriQenesis of Qastric cancer.     

染色体与微卫星稳定型结直肠癌患者的染色体变异特征及其意义

目的 探讨染色体与微卫星稳定型（MACS型）结直肠癌（CRC）的染色体变异特征及其临床病理学意义。方法 分别应用流式细胞学、微卫星不稳定性分析和免疫组织化学方法对156例CRC患者组织的DNA倍性、微卫星不稳定性和DNA错配修复蛋白（hMSH2和hMLH1）表达进行了检测,筛选并确证MACS型CRC;进一步应用比较基因组杂交（CGH）方法,检测MACS型CRC的染色体变异情况,结合患者的临床病理学资料,分析其相关性。结果 在156例CRC患者中,有41例（26％）既是二倍体／近二倍体DNA含量的肿瘤,又呈现稳定的DNA微卫星序列,且均呈hMSH,和hMSH2蛋白正常表达,确证为MACS型CRC。CGH检测结果显示,41例MACS型CRC患者染色体的总体平均变异（扩增和缺失）数目为9．6;染色体DNA扩增频率≥10％的位点依次出现于：20q（68％）、13q（56％）、7q（49％）、13P（39％）、20P（37％）、8q（30％）、1q（22％）、11q（15％）、16q（12％）、2P,4q和10q（10％）;染色体DNA缺失频率≥10％的位点依次为：18q（63％）、8P（51％）、17P（37％）、1P（30％）、3P（26％）、4P、13q和14（15％）、21q和xp（10％）;在Dukes’C／D期的CRC中,分别有79％和82％的肿瘤出现染色体20q扩增和18q缺失,变异率明显高于Dukes’A／B期的CRC（46％,P=0．038;21％,P=0．0009）。结论 MACS型CRC的染色体变异频数接近于染色体不稳定（CI）型CRC,但高于微卫星不稳定（MSI）型CRC;染色体8P的高频缺失可能是MACS型CRC不同于CI型和MSI型CRC相对独特的分子事件;染色体20q扩增和18q缺失是MACS型CRC中最为频发的染色体变异,并与该型CRC的恶性临床表型密切相关,可能在其恶性进展中担当十分重要的作用。     

广泛标记系统在石蜡包埋膀胱癌组织比较基因组杂交中的应用

目的 探讨广泛标记系统（ULS）在石蜡包埋组织比较基因组杂交（CGH）中的应用价值,研究膀胱癌石蜡包埋组织中染色体基因组非平衡性情况.方法 对比实验：正常膀胱黏膜组织基因组DNA,用DNA酶进行酶切至适当大小的片段作为探针,用广泛标记系统直接标记DNA探针,并按1：1的量与经缺口平移标记的同一个组织的DNA探针进行CGH.提取膀胱移行细胞癌石蜡包埋组织中基因组DNA,经测定浓度、纯度,并经琼脂糖电泳筛选出20例适合于CGH的标本.同法进行ULS标记,并与缺口平移法标记的正常参照DNA进行CGH.结果 对比实验中,同一个正常膀胱黏膜组织应用2种标记方法进行CGH后,荧光强度相同,不需要调整探针的量.在所有膀胱癌组织中均检测到基因组DNA的畸变,其中发生频率较高的染色体增益区段或位点位于1q、3q、5p、8q、17q;缺失区段或位点位于8p、9q、11q、11p、17p.结论 膀胱癌中存在染色体基因组的不平衡.应用石蜡包埋的组织进行间接法CGH时,ULS标记系统是一种非常有价值的标记方法.这为充分利用石蜡档案进行CGH的研究提供了良好的方法.