SARS病毒基因及蛋白系统分析

目的：分析比较SARS病毒与冠状病毒科中病毒基因和蛋白的同源性。方法：利用互联网、分子生物学软件对SARS病毒与冠状病毒科中病毒基因和蛋白同源性分析，构建蛋白进化树。结果：SARS病毒在某些区域基因序列与冠状病毒存在相当大的差异，具有自身比较保守的基因组序列结构。SARS病毒的三个结构蛋白(S、M和N)中与同科其他病毒存在很高的同源性；不同地域SARS病毒的基因序列存在差异。结论：SARS病毒不是其他冠状病毒的变异体，而是一种与冠状病毒类似，可能早已经独立存在，此前未被人类所认识的新病毒。     

SARS相关病毒基因组序列的研究

严重急性呼吸道综合征(severe acute respiratory syndrome，SARS)是由SARS相关病毒(SARS—CoV)引起的一种新的烈性呼吸道传染病。SARS—CoV是一种新的冠状病毒，基因组结构符合典型的冠状病毒特征，编码基因从5′端起分别为：RNA依赖的RNA聚合酶、突起蛋白、包膜蛋白、膜蛋白，3′端为核衣壳蛋白。对14株SARS—CoV的4个变异点分析，可将14株病毒分成两个基因型，即第9404、19084、22222、27827位的T：T：T：T／C：G：C：C两型。对SARS—CoV的基因组的全面了解不仅为疾病的发病机理研究提供主要线索，而且将为SARS的诊断、预防和治疗提供帮助。     

小分子药物抑制SARS病毒的体外实验研究

目的:为探索SARS的治疗药物，实验观察合成的13种小分子药物抑制SARS冠状病毒的效果。方法:采用微孔塑料板病变法及MTT法，通过观察细胞病变(CPE)及OD值测定结果，判定药效。结果:13种小分子药物中3、4，7和8号药物在接种SARS病毒后20h内对SARS冠状病毒有抑制作用；9号药物在接种病毒后30h内药效显；接种SARS病毒36h后，SARS病毒繁殖迅速，48h后全部发生细胞病变，微孔板病变法与MTT法结果一致。结论:13种药物中有5种药物在24h内对SARS冠状病毒有一定的抑制作用，30h后所有药物细胞孔开始出现病变，48h后细胞全部病变、死亡，表明合成的13种小的药物均不能有效地抑制SARS病毒的繁殖。     

冠状病毒Spike蛋白及其针对性治疗研究进展

冠状病毒（coronavirus，CoV）是可以感染人类及动物的正链RNA病毒，其包含的最大RNA基因组长度为32 kb，可分为4类：α、β、γ和δ。冠状病毒颗粒包含4个标准结构蛋白：包膜蛋白（E）、膜蛋白（M）、核衣壳蛋白（N）和刺突蛋白（S）。S蛋白既包含受体结合域（receptor?binding domain，RBD），又包含融合相关结构域，使其成为CoV进入过程中的关键蛋白。本文主要阐述S蛋白的主要结构、结构域以及该蛋白在病毒入侵宿主细胞过程中的自身水解切割、构象变化等相关特点，并就该蛋白的相关中和抗体以及CoV尤其是新型冠状病毒（SARS?CoV?2）灭活疫苗、亚单位疫苗RNA疫苗等研究现状进行介绍。     

利用寡核苷酸膜芯片检测SARS病毒

目的：建立寡核苷酸膜芯片技术检测SARS病毒。方法：以SARS冠状病毒RNA聚合酶基因(P基因)作为目的基因．参考WHO公布的特异性引物序列，将SARSRNA进行P基因克隆。以地高辛标记的引物，扩增质粒DNA，在P基因上设计11条寡核苷酸探针，点于尼龙膜，制备膜芯片，与地高辛标记的PCR产物杂交显色。结果：以此特异性引物成功地扩增出了440bp的基因片段；以T载体成功的克隆了此基因；克隆的P基因为靶序列，与膜芯片杂交显示，能与probe1，probe2，probe4，probe6，probe8，probe96条正义链特异性探针稳定杂交，其中Drobe1，probe4，probe9杂交效果最好，作为最后选择的探针。结论：膜芯片技术能快速敏感地鉴定出标本中的SARS病毒RNA。     

致婴幼儿腹泻星状病毒非结构蛋白诱导宿主细胞凋亡的分子机制

星状病毒(human astrovirus,HAstV)是导致婴幼儿腹泻的重要病原体,发病率高,易造成群体感染,威胁公共卫生安全。目前HAstV导致腹泻的致病机制尚不明确。本研究前期工作基础表明HAstV非结构蛋白nsP1a能够诱导细胞凋亡,是病毒诱发腹泻的主要原因。基于前期研究结果,本研究以nsP1a蛋白为研究对象,深入探讨nsP1a诱导细胞凋亡的能力及信号通路,并筛选鉴定nsP1a蛋白诱导细胞凋亡的关键结构域。【立论依据】 文献表明,病毒诱导的腹泻大多与小肠上皮细胞凋亡密切相关。前期研究表明HAstV野毒株能诱导Caco-2细胞凋亡,非结构蛋白nsP1a起到主要作用。基于前期实验结果,本研究深入开展nsP1a诱导Caco-2凋亡的分子机制研究。 【设计思路】 以nsP1a蛋白为研究对象,探讨nsP1a蛋白诱导细胞凋亡的分子机制,明确nsP1a蛋白诱导的凋亡是通过何种途径发挥作用;筛选鉴定nsP1a蛋白促凋亡作用的关键结构域。 【实验内容】 构建nsP1a蛋白真核表达载体转染宿主细胞,建立稳定表达细胞株。采用流式细胞技术检测蛋白诱导细胞凋亡的能力。实时定量及蛋白质印迹法检测细胞caspase3、caspase8、caspase9、FADD蛋白、Bcl-2、Bax的表达变化。综合分析受体途径和线粒体途径参与诱导细胞凋亡的机制。构建nsP1a蛋白不同位点的删除突变体,流式细胞仪分析筛选nsP1a蛋白中诱导细胞凋亡的主要结构域。 【材料】 载体pEGFP-N3,Caco-2细胞, Lipofectamine 2000, caspase3、6、8、9,细胞色素C、FADD、PARP、LaminA/C,EGFP抗体等。 【可行性】 本研究由国家自然基金青年基金项目(81201285)及辽宁省大学生创新创业训练计划项目(201210160005)支持。 【创新性】 本研究内容国内外未见报道。本研究为探明nsP1a蛋白参与的星状病毒致腹泻机制提供理论依据,同时也为星状病毒抗腹泻药物的筛选提供有效靶点。     

血、便、痰和尿标本中SARS冠状病毒核酸的检测和病毒基因谱的初步建立

目的：利用冠状病毒全基因组芯片检测SARS患者血、便、痰和尿标本中的冠状病毒核酸并试图建立其基因谱。方法：提取SARS患者血、便、痰和尿样本中的冠状病毒RNA，经全基因组随机反转录和PCR扩增标记成荧光探针，与SARS病毒全基因组芯片进行杂交，同时用体外培养的病毒RNA和从健康人血液中提取的RNA做对照。结果：SARS患者的4种标本中都能检测到冠状病毒核酸的存在，与整个病毒基因组相比，大都为一些不连续的片断。其中尿、痰和便标本中的基因谱较为相似，另外，发现编码S1蛋白的核酸在一些标本中是连续的，具体为23份血标本中有2份是连续的，13份痰标本中有8份是连续的，51份便标本中有48份是连续的，2份尿标本中都是连续的。结论：冠状病毒全基因组芯片能够检测出SARS患者血、便、痰和尿标本中的冠状病毒核酸，并能建立各来源标本中病毒核酸的基因谱。     

含SARS CoV RNA病毒样颗粒的构建和表达

目的:构建并表达含有SARS冠状病毒RNA片断的抗核糖核酸酶的病毒样颗粒.方法:通过克隆大肠杆菌噬菌体MS2的装配蛋白和壳蛋白基因以及SARS冠状病毒RNA聚合酶基因片段,将这些基因连接到载体 pTrc99a上表达,并进行纯化、定量分析、RT-PCR检测和稳定性试验. 结果: 获得病毒样核蛋白颗粒,在37℃稳定性可达到30 d,能抵抗核糖核酸酶降解. 结论: 该病毒样核蛋白颗粒稳定、安全、可靠,可作为SARS冠状病毒RT-PCR检测、定量分析的有效阳性参考品.     

SARS冠状病毒基因组及其编码蛋白生物信息学分析

目的：理论分析严重急性呼吸道综合征(SARS)冠状病毒基因组及其编码蛋白的分子生物学特征，为进一步研究SARS冠状病毒蛋白质功能提供信息资料。方法：利用生物信息学序列对比分析软件、蛋白氨基酸序列分析软件及蛋白质结构预测软件对GenBank公布的SARS冠状病毒基因序列及其编码的蛋白氨基酸序列进行分析。结果：SARS冠状病毒在基因结构上具有冠状病毒属的特征，而又与其他已知的冠状病毒编码序列存在明显的不同，与其他冠状病毒相比没有明显的基因重组、大片段插入或缺失的现象。来源于不同SARS冠状病毒株的基因序列变异速度较快。出现基因序列在不同区段同源性差异的现象。S蛋白氨基酸序列不存在与其他物种相同的连续性抗原决定簇序列。结论：SARS冠状病毒与其他冠状病毒的变异程度基本相同。SARS冠状病毒可能是自然界已经存在或变异产生的新的病毒株。近期世界范围流行的SARS是同一来源的病原体引起的，认为S蛋白氨基酸序列是SARS冠状病毒的主要抗原。     

犬瘟热病毒分子生物学研究进展

犬瘟热病是由犬瘟热病毒 (CDV)感染犬和其他食肉动物的多发性、致死性传染病。CDV属于副黏病毒科麻疹病毒属有囊膜的负链线性RNA病毒 ,基因组长约 16kb。基因组中包括 6个非重叠基因区。它们的编码基因按 3′～ 5′端顺序依次为N P M F H L系列。最新研究表明CDV两个糖蛋白 (H ,F)是宿主免疫系统的主要目的抗原 ,产生中和抗体的重要抗原之一。N蛋白是保守性较强的免疫原性蛋白 ,此外N蛋白上含有T细胞表位。H ,F和N蛋白在犬瘟热的免疫预防方面起重要作用     

融合“成分-靶点-共有通路”网络和分子对接技术的清肺口服液抗新型冠状病毒肺炎的活性成分初探

目的?基于网络药理学和分子对接技术研究清肺口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分。方法?采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索清肺口服液中药材的化学成分及其作用靶点,通过Cytoscape软件构建清肺口服液治疗病毒性肺炎的“成分-靶点-共有通路”网络模型进行分析,借助分子对接软件将网络中的核心成分与潜在的抗COVID-19作用靶点对接筛选。结果?清肺口服液药材成分靶蛋白进行生物分析共得到KEGG通路129条（P<0.05）,病毒性肺炎相关靶蛋白进行生物分析得到KEGG通路104条（P<0.05）,其中KEGG共有通路83条。“成分-靶点-共有通路”网络包含成分201个和对应的靶点2?424个。网络中所含的78个核心成分与治疗COVID-19药物潜在作用靶点RdRp、3Clpro和PLpro分子对接结果显示,Phaseol、丹参新醌D、1,2,5,6-四氢丹参酮等核心成分与目前可能治疗COVID-19的多种药物亲和力相近。结论?清肺口服液的多个核心成分可以与多个潜在靶点结合而达到治疗COVID-19的目的,体现了中药多成分、多靶点和多途径的作用特点,可以为现代中药创制提供参考。      

Structural elucidation of SARS-CoV-2 vital proteins: Computational methods reveal potential drug candidates against main protease,Nsp12 polymerase and Nsp13 helicase

Recently emerged SARS-CoV-2 caused a major outbreak of coronavirus disease 2019 (COVID-19) and instigated a widespread fear, threatening global health safety. To date, no licensed antiviral drugs or vaccines are available against COVID-19 although several clinical trials are under way to test possible therapies. During this urgent situation, computational drug discovery methods provide an alternative to tiresome high-throughput screening, particularly in the hit-to-lead-optimization stage. Identification of small molecules that specifically target viral replication apparatus has indicated the highest potential towards antiviral drug discovery. In this work, we present potential compounds that specifically target SARS-CoV-2 vital proteins, including the main protease, Nsp12 RNA polymerase and Nsp13 helicase. An integrative virtual screening and molecular dynamics simulations approach has facilitated the identification of potential binding modes and favourable molecular interaction profile of corresponding compounds. Moreover, the identification of structurally important binding site residues in conserved motifs located inside the active site highlights relative importance of ligand binding based on residual energy decomposition analysis. Although the current study lacks experimental validation, the structural information obtained from this computational study has paved way for the design of targeted inhibitors to combat COVID-19 outbreak.     

人呼吸道合胞病毒非结构蛋白研究进展

病毒的非结构蛋白是一类由病毒基因组编码、存在于病毒培养液上清但不存在于病毒颗粒中的蛋白。有的病毒的非结构蛋白可直接参与病毒基因组的复制和表达调控,也有的可通过与宿主细胞组分相互作用,间接协助病毒复制和感染。人呼吸道合胞病毒（human respiratory syncytial virus,hRSV）是世界各地儿童严重呼吸道感染中最重要的病原,且能重复感染患者。hRSV是单股负链病毒目副黏液病毒科肺病毒属的成员之一,包括A和B两个抗原亚型。其基因变异快,目前A亚型含有11个基因型,B亚型含有22个基因型[1]。     

丙型肝炎病毒NS5B RNA聚合酶抑制剂研究进展

丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)是引起慢性肝炎并进而发展为肝硬化和肝细胞癌的主要病原体之一。目前,临床上采用α-干扰素(IFN-α)和利巴韦林(RBV)联合用药治疗丙型肝炎,但有效率仅为40%~50%。寻找HCV特定靶向抗病毒治疗药物是抗HCV研究的重要方向,相应靶点包括NS2 和 NS3 蛋白酶,NS4A、NS4B、NS5A 和NS5B,其中以NS5B RNA依赖性RNA聚合酶(NS5B RdRp)为靶标的抗HCV药物研究近年来颇受关注。本文在介绍NS5B及NS5B RdRp结构和功能的基础上,总结归纳以NS5B RdRp为靶点的HCV特定靶向抗病毒治疗药物研究的主要策略,以及近年来相关NS5B RdRp抑制剂的研究进展。     

SLC13A5作为代谢性疾病潜在药物作用靶点的研究进展

溶质载体超家族（solute carrier，SLC）由400多个转运蛋白组成，它们介导离子、核苷酸、糖以及其他外源和内源性物质跨生物膜的流入和流出。现已有研究证实超过80种SLC载体蛋白与人类某些疾病有关，且有超过30种SLC载体蛋白被作为潜在的药物靶点。SLC13A5介导柠檬酸等物质的跨膜转运，后者与脂质从头合成（de novo lipid synthesis，DNL）相关。越来越多的研究发现，SLC13A5与肥胖、胰岛素抵抗和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）等代谢性疾病密切相关。目前，针对脂质代谢紊乱引起的代谢性疾病尤其是NAFLD尚无临床治疗特效药。SLC13A5作为一个具有极大开发潜力的靶点，研究其参与代谢性疾病发生、发展过程的分子机制以及进行药物设计与开发意义重大。因此，将SLC13A5对代谢调节的影响以及其作为治疗代谢性疾病潜在靶点的研究进展做一综述，旨在为代谢性疾病相关药物的研究与开发提供必要的参考。     

热休克蛋白与体外循环

热休克蛋白作为一类结构保守、功能多样的应激蛋白,在体外循环手术中对心肌缺血/再灌注损伤、全身炎症反应综合征和心肌细胞凋亡均有一定的保护作用.热休克蛋白的保护作用来源于自身,这与一般药物相比具有明显优势.     

结核杆菌体内诱导基因的筛选及初步分析

目的筛选结核杆菌在人体内诱导表达的基因,进而作为候选的免疫及药物分子新靶位。方法构建结核杆菌基因组表达文库,应用体内诱导的抗原技术,用吸收过的结核患者血清筛选文库,对阳性克隆测序得到开放阅读框（ORF）。结果实验共确定了51个ORF。按照功能分为8类：毒力、解毒及调节相关基因1个,细胞壁与细胞处理相关基因13个,中间代谢和呼吸相关基因11个,脂类代谢基因7个,信号通路基因2个,PE／PPE蛋白家族基因3个,保守假设蛋白基因12个,与牛型分支杆菌同源的保守假设蛋白基因2个。结论应用体内诱导抗原技术可以筛选到结核杆菌进入人体后诱导表达的基因,其中部分基因可以作为结核病预防、诊断和治疗研究的候选靶位。     

Old and new targets of antibacterial therapy

Currently available antibiotics target bacterial cell wall synthesis, protein synthesis, or DNA replication. Antibiotics that are structurally unrelated sometimes have common targets. Mutations in these common targets frequently give rise to bacteria that are resistant to multiple antibiotics. The impact of these bacteria in clinical situations is increasing whereas development of effective antibiotics for their treatment is not keeping pace. This emerging crisis in clinical care has led to intense efforts in new antibiotic development. Both improvements in currently available classes of antibiotics as well as discovery of completely novel ones are being aggressively sought. In this review, the mechanisms of action of available antibiotics will be discussed with emphasis on newly developed drugs. Also, some of the potential new targets of antibiotic therapy in the future will be highlighted.     

胰腺癌侵袭转移分子机制和靶向治疗

胰腺癌具有高度侵袭、转移特性。研究表明,人体内多种基因、分子、蛋白的异常表达与胰腺癌侵袭转移相关,针对这些靶点研发的药物、疫苗或者采取靶向性基因干扰/导入技术等均能显著地抑制胰腺癌的侵袭转移能力。因此,多靶点治疗将有望改善胰腺癌患者的预后。现对近年来胰腺癌侵袭转移相关的分子靶标和靶向治疗的研究进展进行综述。